심판청구를 기각한다.

1. 처분개요



가. 청구법인은 1993년 설립되어 경기도 화성시 OOO 소재 사업장에서 디스플레이 패널 가공장비 제조업 등을 영위하고 있는 법인으로, 사업영역 확장 및 사업적 시너지 창출을 목적으로 2010.8.2. 주식회사 A(이하  "쟁점법인”이라 한다)의 유상증자에 참여하여 동 법인 발행주식 72,728주(지분율 35.44%, 이하  "쟁점주식”이라 한다)를 1주당 OOO원에 취득하였다가 이후 2023.5.15. 보유 중이던 쟁점주식을 쟁점법인에게 1주당 OOO원에 전량 매도하였다.



나. 중부지방국세청장(이하  "조사청”이라 한다)은 청구법인의 2020~ 2023사업연도에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점주식을 특수관계자인 쟁점법인에게 저가로 양도한 것으로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하여 매매가액(OOO원)과 「상속세 및 증여세법」(이하  "상증법”이라 한다)상 보충적 평가방법에 따른 가액(OOO원, 이하  "보충적 평가액”이라 한다)과의 차액을 익금산입하는 등 하여 법인세를 부과할 것을 처분청에 통보하였다.



다. 처분청은 이에 따라 위 매매차익 등을 익금산입하여 2025.4.11. 청구법인에게 2023사업연도 법인세 OOO원을 경정ㆍ 고지하였다.



라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.4. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구법인 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인 주장



(1) 대법원은 「법인세법」 제52조에서 규정한 부당행위계산의 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 같은 법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다고 판시한 바 있다(대법원 2007.12.13. 선고 2005두14257 판결 등 참조).



위와 같이 부당행위계산 부인규정은 특수관계인과의 경제적 합리성이 결여된 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 한하여 적용됨에도 처분청은 청구법인의 쟁점주식 거래가 불합리한 행위계산을 통한 경제적 합리성이 결여된 조세회피 목적의 거래임을 입증하지 못하였고, 실질과세원칙 측면에서도 청구법인과 쟁점법인은 특수관계에 있다고 할 수도 없으므로 부당행위계산 부인규정을 적용하여 과세한 이 건 처분은 부당하다.



(2) 청구법인은 쟁점주식 매도거래로 인하여 조세를 회피할 어떠한 목적이나 이유가 없었다.



(가) 청구법인의 대주주이자 대표이사인 B는 쟁점법인의 대주주이자 대표이사인 C과 친인척 등 특수관계에 해당되지 아니하고 어떠한 이해관계도 없었으므로 청구법인이 쟁점주식을 저가로 양도하여 C이 지배ㆍ 경영하는 쟁점법인에게 이익을 분여할 경제적 이유나 조세를 회피하여야 할 어떠한 이유도 없다. 청구법인은 쟁점주식을 투자 목적으로 장기간 보유하다가 쟁점주식 매도거래 이후에는 쟁점법인이나 그 지배주주 C과 지분이나 이해관계가 전혀 없는 제3자가 되었다. 또한, 청구법인은 쟁점법인에 투자한 이후 단 한 건의 거래도 한 사실이 없고 보수나 배당을 받은 사실도 없는 등 어떠한 이해관계도 없었으므로, 사업상 관계가 전혀 없는 쟁점법인에 쟁점주식 거래로 이익을 나누어 주어야 할 이유가 없었다.



(나) 쟁점주식은 주식양도가 제한된 주식으로 자유롭게 처분할 수 있는 주식이 아니다. 청구법인, 쟁점법인 및 C 간에 체결된 신주인수계약 제16조는 쟁점주식에 대한 양도제한을 규정한 것으로, 이로 인하여 경영권이 없는 청구법인이 비상장주식인 쟁점주식을 시장에서 매도하는 것은 불가능하였다. 즉, 쟁점주식에 대한 가치를 합리적으로 형성할 수 있는 시장이 없었으므로 청구법인은 부득이 위 제16조에 따라 주식 우선 매수권한이 있는 쟁점법인에게 쟁점주식의 인수를 요청하게 되었고, 이러한 상황에서 청구법인이 쟁점주식의 매매가액에 대한 협상력을 발휘하는 것은 제한적일 수밖에 없었다.



(다) 청구법인은 쟁점주식을 쟁점법인의 자기주식 취득 절차에 따라 정상적으로 매도하였다. 청구법인이 쟁점법인에게 쟁점주식을 매도하겠다는 의사를 수차례 전달하자 쟁점법인은 매수인을 주선해 주겠다고 하였으나 매수인을 찾지 못하였고, 그 대표이사인 C도 쟁점주식을 매수할 경제적 능력이 없어서 C 및 쟁점법인이 쟁점주식을 나누어 매수하는 형태로 거래를 진행하고자 하였으나 자금을 마련하는 과정에서 「특정경제범죄 가중처벌에 관한 법률」 위반(횡령)이 성립할 가능성이 있어 여러 차례의 협상을 진행한 결과 쟁점법인이 자기주식을 100% 취득하는 방식으로 쟁점주식을 매수하겠다는 의사를 전달해 옴에 따라 청구법인은 이에 동의하였다.



이후, 쟁점법인은 쟁점주식을 자기주식으로 매입하고자 이사회와 임시주주총회를 개최하여 쟁점주식을 포함한 매도희망 주주들의 주식을 매수하는 결의를 하였는데, 이는 쟁점법인의 모든 주주에게 보유주식을 쟁점법인에 매도할 기회가 공평하게 부여되었음을 의미하는 것으로 「상법」상 주주평등의 원칙에 부합하므로 이를 통하여 쟁점주식 거래가 청구법인이 쟁점법인에게 경제적 이익을 분여하기 위한 것이 아님이 입증되며, 이러한 「상법」상 절차에 따라 자기주식으로 적법하게 매도된 쟁점주식 거래에 조세를 부당히 감소시킬 목적이 없었음은 처분청도 잘 알고 있을 것이다.



(라) 쟁점법인은 쟁점주식 거래에 대하여 쟁점법인의 주주인 D㈜로부터 거래를 승인하는 별도의 동의서를 받은 바 있다. 쟁점법인은 쟁점주식 거래의 종결을 위하여 2023.5.12.자로 쟁점법인의 다른 투자자인 E[업무집행조합원 : D㈜]로부터 쟁점주식 거래를 승인하는 내용의 동의서를 제출받았다. 이는 쟁점주식 거래가 다른 투자자들로부터 견제 및 감시를 받은 투명한 거래임을 의미하는 것이다. 즉, 청구법인의 쟁점주식 매도가격이 합리적인 시가보다 현저히 낮다면, 동 거래 내용을 미리 주지하고 있던 주요 주주인 D㈜가 자기주식 거래 관련 주주동의서를 제출하는 것이 아니라, 청구법인에게 주식매수 제안을 통해 향후 투자이익을 도모하였을 것이다.



(마) 위에서 살펴본 바와 같이 청구법인은 쟁점주식을 투자 목적으로 보유하고 있었고, 청구법인의 지배주주인 B와 쟁점법인의 지배주주인 C은 경제적 이해를 같이 하는 관계가 아니므로 청구법인이 쟁점법인에게 쟁점주식 거래를 통해 이익을 분여할 하등의 이유가 없었으며, 쟁점주식은 신주인수계약상 양도제한이 있는 비상장주식으로 시장에서 자유로이 처분할 수 없는 주식이고, 쟁점법인은 쟁점주식의 양수를 위하여 모든 주주에게 소유 주식을 회사에 매도할 수 있는 공평한 기회를 부여하는 「상법」상 자기주식 취득 절차를 적법하게 수행하였으며, D㈜의 동의도 받았다.



(3) 처분청이 주장하는 쟁점주식의 적정시가인 OOO원은 「상법」 제462조에 규정된 쟁점법인의 자기주식 취득 한도인 배당가능이익(OOO원)을 초과하므로, 결과적으로 「상법」 제341조가 규정하는 자기주식 취득 한도를 위반하게 되어 위법하다.



(가) 청구법인이 최초 쟁점주식 인수 시 체결한 신주인수계약서 상 쟁점주식은 주식우선매수권한 조항에 따라 쟁점법인 혹은 동 법인의 대표이사 C에게만 매도가 가능한 시장성이 제한된 주식인데, 쟁점법인의 입장에서는 쟁점주식의 취득은 자기주식 취득거래가 되므로 「상법」상 자기주식 취득 한도 내에서 매매가액을 결정할 수밖에 없다.



(나) 처분청 의견과 같이 청구법인과 쟁점법인이 쟁점주식 매매가액 결정 과정에서 상증법상 보충적 평가액을 사용하였다면, 쟁점법인은 「상법」상 자기주식 취득 한도를 초과하게 되어 「상법」상 자본충실의무를 위반하게 되었을 것이다. 따라서 청구법인과 쟁점법인은 경제적 실질을 가장 잘 고려할 수 있으면서 「상법」상 자기주식 취득한도를 초과하지 않는 가장 합리적인 시가를 측정하기 위하여 현금흐름할인법(Discounted Cash Flow, 이하  "DCF법”이라 한다)을 사용하였으므로, 이는 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 의사결정이 아닌 지극히 경제적 합리성이 있는 의사결정 과정이라 할 수 있다. 대법원도 ‘거래의 선례가 없는 비상장주식의 매매가액이 시가를 적정하게 반영하였다고 볼 사정이 있는 경우 동 매매가액이 상증법상의 평가액보다 저렴한 경우에도 저가양도로 볼 수 없다’고 판시한 바 있다(대법원 1987.5.26. 선고 86누408 판결 참조).



(다) 「상법」 제341조 및 제462조에 따르면 배당가능이익의 범위 내에서 자기주식의 취득이 허용되는바, 쟁점법인의 2022사업연도 재무상태표상 배당가능이익은 5,075,309,637원이므로, 처분청이 쟁점주식의 적정 매매가액으로 본 7,385,964,768원은 쟁점법인이 자기주식을 취득하게 될 경우, 「상법」 제341조가 규정하는 자기주식 취득한도를 초과하게 되어 결과적으로 「상법」을 위반하게 되고, 위법한 거래는 애초에 존재할 수 없는 것이므로 과세처분으로까지 이어질 수 없다. 따라서 법률을 위반하여 존재할 수 없는 거래 내용을 전제로 한 이 건 처분은 위법하다.



(4) 쟁점주식 매매가액은 외부기관에서 평가한 DCF법에 따라 산정된 것으로 쟁점법인과의 정당한 협상 과정을 거쳐 결정된 거래가액이므로 시가로 인정하기에 충분하다.



(가) 청구법인의 쟁점주식 양도는 정상적인 경영의사 결정에 의한 것이다. 청구법인은 2010년 쟁점법인에 투자한 후 2022년 초 처음으로 청구법인의 재무담당이사가 쟁점법인의 경영현황을 파악하고자 쟁점법인을 직접 방문조사한 결과, 청구법인이 쟁점법인의 주식을 약 35.44% 보유하고 있으나 양사 간에 직접적인 교류가 없어서 더 이상 사업적인 시너지를 기대할 수 없었고, 쟁점법인은 피투자기업으로서 신주인수계약에 규정된 사전협의나 보고의무를 이행한 사실이 없는 반면, 청구법인도 투자자로서 쟁점법인의 의사결정에 참여한 사실이 없음을 확인하였다.



(나) 청구법인은 위 조사내용에 근거하여 쟁점법인에게 신주인수계약서상 쟁점법인의 이행의무 위반에 대하여 여러 차례 시정을 요구하였으나 문제점이 시정되지 아니하여 쟁점주식 매각의사를 전달하였고, 쟁점법인은 이에 따라 쟁점주식의 매각을 위하여 외부투자자를 물색하였으나 매수희망자를 찾을 수 없어서 결국 수차례 협상을 진행한 결과, 쟁점법인이 쟁점주식을 자기주식으로 매수하기로 한 것이다. 그러던 중 청구법인은 2023년 2월경 쟁점법인의 주주총회 사전자료로 수취한 2022.12.31. 기준 재무상태표상 기타투자자산 OOO원에 대한 보고 미이행 사실을 인지하게 되었는데, 이는 신주인수계약서상 쟁점법인의 이행의무에 대한 중대한 위반사항에 해당하여 쟁점법인에게 쟁점주식 매수를 적극적으로 요청하여 이 건 거래가 성사된 것이다.



(다) 청구법인이 쟁점주식 매각거래를 위하여 쟁점법인과 여러 차례 거래가격을 협상하였는데, 2022.12.31. 기준 재무상태표상 쟁점법인의 현금성자산은 OOO원으로 유동자산의 4%에 불과하였고, 신사업에 투자한 OOO원은 회수가능성이 거의 없는 부실채권에 해당하여 청구법인은 최대한 단기간 내에 쟁점주식 매각을 통하여 2012년 투자한 원금 OOO원이라도 회수하는 것이 회사의 이익을 극대화하는 것이라 판단하여 2023.5.10. 매각단가 협상을 위한 쟁점법인의 기업가치평가를 하였는데, 상대가치평가법(PER 및 EBITDA Multiple, PBR법) 및 외부기관의 DCF법을 통해 쟁점법인의 1주당 가치를 OOO원(총 지분가치 OOO원)에서 OOO원(총 지분가치 OOO원)으로 산정하였다.



(라) 청구법인은 기업가치 평가 후 거래가격을 주당 OOO원 사이로 쟁점법인에게 제안하고 주식매매대금 회수 방안에 대하여 논의하였는데, 쟁점법인이 2022.12.31.자 매출채권이 약 OOO원 정도로 매매대금 지급능력이 충분하다고 회신함에 따라 쟁점법인과의 협상을 진행한 결과 2023.5.15. 쟁점주식을 1주당 OOO원에 매도하기로 하는 계약을 체결하였다.



(5) 쟁점주식의 상증법상 보충적 평가액은 쟁점법인의 재무상태와 영업상황 등을 종합적으로 고려하지 아니한 것으로 시가로 볼 수 없다.



(가) 쟁점법인은 반도체ㆍ 디스플레이 Chemical 제품군을 공급하는 법인으로 2019년까지만 해도 매출액이 OOO원 정도 규모로 영업손실이 발생하였으나, 2020년부터 5G, 자율주행차, 인공지능(AI)기술의 발달로 반도체산업이 급격히 성장하여 쟁점법인의 2021ㆍ 2022사업연도 매출도 매년 10%~ 20% 이상 증가하였으며, 2022사업연도에는 OOO원 정도의 창사 이래 가장 큰 매출액을 기록하였다. 반면, 2023사업연도의 경우 반도체산업의 공급과잉에 따른 사상 최악의 하락세를 기록하면서 쟁점법인의 매출도 급격히 하락하였고 영업이익도 2022사업연도의 절반도 안되는 수준으로 하향하여 쟁점법인의 2022사업연도 매출 증대는 매우 일시적인 것으로 확인되었다.



(나) 청구법인은 디스플레이 및 반도체 장비제조업을 40년간 영위하고 있는 법인으로서, 디스플레이ㆍ 반도체 업황 변화 및 대기업 고객의 투자ㆍ 생산계획을 민감하게 모니터링하고 있었는바, 청구법인은 2022년 글로벌 디스플레이 및 반도체 기업의 대규모 투자ㆍ 생산에 따라 2023년부터 잉여재고 문제로 전방산업의 투자부진에 따른 매출 및 이익이 감소할 것으로 예상함에 따라 쟁점법인의 2020~ 2022사업연도의 순손익가치는 매우 이례적인 것이므로 상증법상 비상장주식 평가방법으로 쟁점법인의 가치를 평가하는 것은 오히려 합리성이 결여된 것이라고 판단하여 다른 합리적인 평가방법[상대가치평가법(PER 및 EBITDA Multiple, PBR법) 및 외부기관의 DCF법]을 선택한 것이다.



(다) 청구법인이 상증법상 비상장주식 평가방법을 적용하여 쟁점주식 거래가액을 산정하여 거래가격을 제시하였다면 쟁점법인은 주식매매대금을 지급할 여력이 없어서 쟁점주식 거래는 성사되지 않았을 것이고 이는 오히려 회사의 이익에 반하게 되는바, 이 건 거래에 있어서 상증법상 보충적 평가액은 회사의 상황이나 업종의 특성 등을 종합적으로 고려하지 못하는 것으로 ‘시가’에 해당하지 아니한다.



(6) 처분청이 쟁점법인을 청구법인의 특수관계자로 본 이 건 처분은 실질과세원칙에 위배되어 부당하다.



(가) 청구법인과 쟁점법인은 「법인세법」상 형식적인 특수관계만 성립할 뿐 실질적인 특수관계는 성립하지 아니한다. 1998년 이전까지는 특수관계인의 범위를 지분율에 의한 형식적 지배관계에 의하여 판단하였으며, 이에 따라 해당 법인에 사실상 영향력을 행사하는 자와 부당거래를 하는 경우에 대하여 규제하지 못하는 문제가 발생함에 따라 이를 해소하기 위하여 1998.12.31. 실질적 지배관계에 대하여도 부당행위계산 부인규정을 적용할 수 있도록 임원의 임면권 행사, 사업방침의 결정 등 해당 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자와 그 친족을 특수관계인의 범위에 포함하는 내용으로 「법인세법 시행령」이 개정되었다. 즉, 특수관계의 성립 여부는 단순히 형식적인 지분구조만이 아닌, 실질적인 영향력 행사 여부를 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다.



(나) 청구법인은 쟁점법인의 사업 양수도, 금융기관으로부터의 자금차입, 법인의 경영에 중요한 영향을 미치는 의사결정 등에 실질적으로 참여하지 아니하는 등 쟁점법인에 실질적인 영향력을 행사하지 아니하였으므로 청구법인과 쟁점법인 간에 특수관계가 형성되었다고 볼 수 없다.



청구법인과 쟁점법인 간에 작성된 신주인수계약서의 내용을 살펴보면, 대표이사 C이 이해관계인으로 쟁점법인의 실질적인 지배권을 가지고 있는 자로 명시되어 있고, 동 계약 제7조 및 제8조에 따르면 청구법인과 쟁점법인은 중요한 경영상의 변화, 금융기관 및 금융기관 이외의 자로부터 자금차입, 자산재평가 등 투자자의 의사결정이 필요한 회사의 주요 사안에 대하여 사전동의 및 자료 보고(제출) 의무를 이행할 것이 계약조건으로 명시되어 있으나, 쟁점법인은 피투자기업으로서 위 계약조건을 위반하였다. 이에 대하여 청구법인은 투자자로서 위반 사실을 쟁점법인에 여러 차례 고지하면서 시정을 요구하기 위하여 2022.5.17. ‘신주인수계약 의무사항 및 「상법」상 절차 이행 촉구의 건’이라는 제목으로 쟁점법인에 공문을 보낸 사실도 있다.



따라서 대표이사 C 및 그 친족이 58.47%의 지분을 보유하고 있는 쟁점법인은 2대 주주이자 투자기업인 청구법인을 배제하고 최대주주를 통해 모든 주요 의사결정을 하였고, 피투자기업으로서 사전동의 및 자료를 공유하여야 하는 계약조건을 명백히 위반함으로써 청구법인이 쟁점법인의 경영에 중요한 영향을 미치는 의사결정에 실질적으로 참여하지 못하게 하였으므로 특수관계가 형성되었다고 볼 수 없다.



(7) 처분청은 쟁점주식 거래와 관련하여 쟁점법인에 대한 세무조사도 실시하였으나 쟁점법인이나 그 주주에게 어떠한 처분도 하지 아니하고 종결하였는바, 이는 쟁점주식 양도거래가 정당한 거래임을 인정한 것으로 청구법인에 대하여만 부당행위계산의 부인규정을 적용하는 것은 부당하다.



(가) 쟁점주식 거래는 청구법인과 주식발행법인인 쟁점법인 간의 자기주식 거래로 실질적인 자본감소 거래로, 「법인세법 시행령」 제88조 제1항 제8호 및 제9호에 규정된 실질적인 자본의 감소에 준하는 행위에 해당하므로 같은 법 시행령 제11조 제8호에 따라 자본거래로 인하여 특수관계인으로부터 분여받은 이익은 수익의 범위에 포함될 수 있음에도 처분청은 쟁점주식 거래를 저가양도로 보아 청구법인에게 부당행위계산의 부인규정을 적용하면서도 쟁점법인에 대한 세무조사 시 청구법인으로부터 분여받은 이익에 대하여 익금에 산입하는 처분을 하지 아니하였는바, 이는 처분청도 쟁점주식 거래를 정당한 거래로 인정한 것이라 할 수 있다.



(나) 또한, 처분청이 쟁점법인의 세무조사 시 쟁점법인의 다른 주주에게 쟁점주식 저가양수에 따른 주식가치 증대분에 대해 증여세과세를 하지 아니한 것은 쟁점주식 거래가 정당한 거래임을 반증하는 것이다. 처분청 의견과 같이 쟁점법인이 청구법인으로부터 쟁점주식을 저가로 취득하여 이익을 분여받은 경우라면 쟁점법인의 다른 주주들의 주식평가액이 증가하였음을 의미함에도 처분청은 쟁점법인의 주주들에게 쟁점주식 저가양수에 따른 이익에 대하여 상증법 제35조를 적용하여 과세하지 아니하였다.



따라서 상증법 제35조 제3항에서 재산을 양수하거나 양도하는 경우 그 대가가 「법인세법」 제52조 제2항에 따른 시가에 해당되어 부당행위계산의 부인규정이 적용되지 아니하는 경우에는 상증법 제35조를 적용하지 아니한다고 규정하고 있으므로, 처분청이 쟁점주식 거래로 이익을 분여받은 쟁점법인의 주주들에 대하여 상증법 제35조를 적용하지 아니한 것은 쟁점주식 거래가 정상거래임을 인정한 것이라 아니할 수 없다.



나. 처분청 의견



(1) 청구법인은 그 지배주주이자 대표이사인 B와 쟁점법인의 지배주주이자 대표이사인 C이 친인척 등의 관계에 해당되지 아니하여 경제적 이해관계가 없으므로 쟁점주식 거래에 조세회피 의도가 없었다고 주장하나, 대법원은 ‘조세부담을 부당히 감소시키는 것으로 인정되는 경우’라 함은 당해 법인이 행한 거래형태가 객관적으로 보아 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 것이어서 조세법적 측면에서 부당한 것이라고 인정되는 경우를 뜻하는 것으로 반드시 조세부담을 회피하거나 경감시킬 의도가 있어야만 부당행위계산에 해당하는 것은 아니라고 판시하고 있는바(대법원 1996.7.15. 선고 95누7260 판결 참조), 쟁점주식 양수도 거래의 당사자인 청구법인과 쟁점법인은 「법인세법」 제2조 제12호 및 같은 법 시행령 제8항 제4호에 따른 경제적 이해관계가 성립하는 특수관계자에 해당한다.



(2) 청구법인은 처분청이 제시한 쟁점주식의 매매가액이 「상법」상 쟁점법인의 자기주식 취득 한도를 초과하므로 부당하다고 주장하나, 구「상법」 제341조 제1항에서 ‘회사는 자기의 명의와 계산으로 자기의 주식을 취득할 수 있고 그 취득가액의 총액은 직전 결산기의 대차대조표상의 순자산액에서 제462조 제1항 각 호의 금액을 뺀 금액(직전년 이익잉여금처분계산서상 미처분이익잉여금)을 초과하지 못한다’고 규정하고 있는데, 대법원은 ‘어떤 소득이 부과소득이 되는 지는 이를 경제적인 측면에서 보아 현실로 이득을 지배ㆍ관리하면서 이를 향수하고 있고 담세력이 있는 것으로 판단되면 족하고, 그 소득을 얻게 된 원인관계에 대한 법률적 평가는 반드시 적법, 유효한 것이어야 하는 것은 아니다’고 판시하였는바(대법원 1995.11.10. 선고 95누7758 판결 참조), 설사 쟁점주식 매매계약이 무효라고 하더라도 쟁점법인이 자기주식을 취득 후 제3자에게 매도하기까지 자기주식의 소유권을 보유하고 행사하는 데에 사실상 장애가 없었으므로 이를 실질적으로 지배ㆍ관리하였다.



또한, 청구법인과 쟁점법인은 「법인세법」 제2조 제12호 및 같은 법 시행령 제2조 제8항 제4호 따라 특수관계에 있고, 쟁점주식 매매거래는 양사 모두의 합의 하에 진행되었으며, 조사청의 세무조사 이전에는 주식매매 거래의 무효를 주장하거나 매매대금의 반환 등을 요구하는 분쟁 등이 없었던 점 등을 감안하면 쟁점주식 거래는 세법상 이미 완료된 매매거래이므로 특수관계자 간의 세법상 거래에 해당하여 시가보다 낮은 거래금액은 부당행위계산 부인대상에 해당한다.



(3) 또한, 청구법인은 쟁점주식 매매가액이 DCF법에 따라 산정된 가액으로 정상적인 경영의사결정에 의해 쟁점법인과의 협상에 따른 정당한 시가라고 주장하나, 청구법인의 쟁점주식 매매가액은 경제적 합리성이 없는 거래가액으로 시가로 볼 수 없다.



(가) 쟁점주식은 비상장주식으로 「법인세법 시행령」 제89조에 따라 제3자와의 매매사례가액을 1순위 시가로 적용하고, 매매사례가액이 없다면 시가가 불분명한 것으로 보아 상증법 제61부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액 즉, 상증법상 보충적 평가액을 시가로 보아 하므로 청구법인이 주장하는 DCF법 등은 이에 해당되지 아니할 뿐만 아니라 청구법인이 주식평가 시 적용한 상대가치평가법 및 DCF법은 기업평가 시 주요변수(미래현금흐름, 할인율, 성장률, 잔존가치 등)에 대한 평가자의 주관적 판단이 개입될 여지가 있을 뿐만 아니라 추정치에 근거하기 때문에 현재 자산가치가 반영되기 어렵다.



(나) 청구법인이 합리적 의사결정에 따른 적법한 시가라 주장하는 쟁점주식의 단가는 D㈜가 같은 해 9월에 제3자인 ‘F’에게 매도한 단가(OOO원)와 쟁점법인이 같은 해 11월에 제3자인 G 외 2인에게 매도한 단가(OOO원)의 3분의 1에도 미치지 못하고, 2024년 6월에는 쟁점주식의 1주당 단가가 OOO원까지 상승한 사실도 있으므로, 이 건 쟁점주식 거래가액을 경제적 합리성을 반영한 가액으로 보기는 곤란하다.



(다) 청구법인과 쟁점법인이 작성한 신주인수계약서의 제16조의 주식 우선 매수권한 조항을 확인하면, 청구주장과 같이 쟁점주식을 쟁점법인과 그 대표이사 C에게만 매도가 가능한 것이 아니라 쟁점법인 등에게 먼저 매수할 수 있는 권한을 준 것에 불과하고, C이 쟁점주식을 제3자에게 매각하고자 하는 경우 투자자인 청구법인은 제3자에 대한 매도조건과 동일한 조건으로 제3자에게 주식매수를 청구할 수 있는 것으로 확인되는바, 해당 거래가 「상법」상 자본거래충실의무를 위반할 우려가 있었다면 「상법」상 거래한도 내의 주식을 매매하거나 제3자 주식매수청구를 통하여 합법적으로 거래를 하면 해결될 사안일 뿐이므로 상증법상 보충적 평가액이 있음에도 DCF법으로 쟁점주식의 시가를 산정하여야 할 합리적인 이유는 없다.



(라) 그 외 조사청이 이 건 조사기간 중 확인한 청구법인의 내부자료인 ‘주식매매계약 준비 완료 보고’라는 제목의 문건에 따르면, 청구법인은 2023년 쟁점주식 거래단가 결정 시 DCF법에 의한 주식평가액의 합리성을 담보하기 위하여 상증법상 평가액을 비교ㆍ 검토한 것으로 확인되는데, 이때 쟁점주식의 보충적 평가액을 OOO원으로 잘못 산정함에 따라 내부 결정에 오류가 있었던 것으로 확인된다[1주당 가액 계산 시 순손익가치환원률(10%)을 누락하였고, 정상적으로 반영하는 경우 1주당 평가액은 OOO원으로 산정된다).



(4) 한편, 청구법인은 쟁점법인과 「법인세법」상 형식적인 특수관계만 성립할 뿐 실질적인 특수관계는 성립되지 않는다고 주장하나, 「법인세법 시행령」 제2조 제8항 제4호 및 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제4항에 따른 특수관계인의 범위는 각 호의 요건을 모두 충족해야 하는 것이 아닌 형식적 요건(지분)과 실질적 요건(사실상 지배) 중 어느 하나만 충족하여도 특수관계가 성립하는 것인바, 청구법인은 거래 당시 쟁점법인 발행주식총수의 30% 이상을 보유하고 있어서 형식적 요건을 충족하였을 뿐만 아니라 쟁점법인의 임원에 대한 임명권을 행사한 사실이 확인되어 실질적 요건도 충족된다. 설사 청구법인이 쟁점법인의 경영에 참여하지 못하였다고 할지라도 이는 청구법인이 이를 행사하지 아니한 것일 뿐 쟁점법인에 대한 지배력이 없다고 볼 수 없다.



(5) 청구법인은 조사청이 쟁점주식 거래에 대하여 청구법인에게만 부당행위계산 부인규정을 적용하고 쟁점법인과 그 주주들에게 어떠한 처분도 하지 아니한 것을 조사청이 쟁점주식 거래를 정당한 거래로 인정한 것으로 보았으나, 「법인세법」 제52조에 따른 부당행위계산부인은 그 거래 사실 자체를 부인하는 것이 아닌 그 부당행위 결과 조세의 부담이 부당히 감소된 거래자에 대하여만 과세소득을 다시 계산하는 것으로 그 거래로 인하여 실제 이득을 본 상대방 기업의 소득에 대하여 경정(또는 수정)까지 하는 것은 아니다.



즉, 법인이 주식을 저가 양수한 경우 양도자가 법인인 경우와 개인인 경우 양수법인에 대한 과세처리는 각기 다르다. 쟁점주식을 양수한 쟁점법인의 수증이익 익금산입은 양도자가 개인인 경우에 해당되는 것이고, 양도자가 법인인 이 건의 경우에는 청구법인에 대해서만 과소계상한 양도대금을 익금으로 세무조정할 뿐 쟁점주식을 저가로 취득한 쟁점법인은 향후 이를 양도하는 경우 과소 반영된 취득원가에 따라 주식처분이익으로 법인세가 과세되는 것이며, 청구법인이 주장한 쟁점법인의 쟁점주식 저가 취득에 따른 기존 주주의 증여세 과세의 경우도 상증법 제4조의2 제4항에 따라 법인세가 부과될 시 같은 법 제45조의3부터 제45조의5까지의 규정에 따른 경우를 제외하고는 증여세를 부과하지 아니한다. 따라서 쟁점법인 등에 대한 과세처분 여부가 이 건 처분의 판단에 영향을 미칠 수 없다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



쟁점주식의 시가를 상증법상 보충적 평가액으로 보아 부당행위계산부인규정을 적용하여 청구법인에게 법인세를 부과한 처분의 당부



나. 관련 법령



(1) 법인세법



제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하  "부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ 이자율ㆍ 임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하  "시가”라 한다)을 기준으로 한다.



제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ 제39조ㆍ 제39조의2ㆍ 제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액.



(2) 법인세법 시행령



제2조【정의】⑧ 법 제2조 제12호에서  "경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

1. 임원(제40조 제1항에 따른 임원을 말한다. 이하 이 항, 제10조, 제11조, 제19조, 제38조 및 제39조에서 같다)의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 해당 법인의 경영에 대해 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(상법 제401조의2 제1항에 따라 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족(국세기본법 시행령 제1조의2 제1항에 따른 자를 말한다. 이하 같다)

2. 제50조 제2항에 따른 소액주주 등이 아닌 주주 또는 출자자(이하  "비소액주주등”이라 한다)와 그 친족

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자 및 이들과 생계를 함께하는 친족

가. 법인의 임원ㆍ 직원 또는 비소액주주등의 직원(비소액주주등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)

나. 법인 또는 비소액주주등의 금전이나 그 밖의 자산에 의해 생계를 유지하는 자

4. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제4항에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인



제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서  "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제19조 제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권 등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다.



(3) 국세기본법 시행령



제1조의2【특수관계인의 범위】④ 제3항 제1호 각 목, 같은 항 제2호 가목부터 다목까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 구분에 따른 요건에 해당하는 경우 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다.

1. 영리법인인 경우

가. 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자한 경우

나. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액



(4) 상속세 및 증여세법



제4조의2【증여세 납부의무】④ 영리법인이 증여받은 재산 또는 이익에 대하여 「법인세법」에 따른 법인세가 부과되는 경우(법인세가 「법인세법」 또는 다른 법률에 따라 비과세되거나 감면되는 경우를 포함한다) 해당 법인의 주주 등에 대해서는 제45조의3부터 제45조의5까지의 규정에 따른 경우를 제외하고는 증여세를 부과하지 아니한다.



제45조의3【특수관계법인과의 거래를 통한 이익의 증여 의제】① 법인이 제1호에 해당하는 경우에는 그 법인(이하 이 조 및 제68조에서  "수혜법인”이라 한다)의 지배주주와 그 지배주주의 친족[수혜법인의 발행주식총수 또는 출자총액에 대하여 직접 또는 간접으로 보유하는 주식보유비율(이하 이 조에서  "주식보유비율”이라 한다)이 대통령령으로 정하는 보유비율(이하 이 조에서  "한계보유비율”이라 한다)을 초과하는 주주에 한정한다. 이하 이 조에서 같다]이 제2호의 이익(이하 이 조 및 제55조에서  "증여의제이익”이라 한다)을 각각 증여받은 것으로 본다. 이 경우 수혜법인이 사업부문별로 회계를 구분하여 기록하는 등 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 경우에는 제1호 및 제2호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업부문별로 특수관계법인 거래비율 및 세후영업이익 등을 계산할 수 있다.



제63조【유가증권 등의 평가】① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 가목 외의 주식 등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.



(5) 상속세 및 증여세법 시행령



제54조【비상장주식 등의 평가】① 법 제63조 제1항 제1호 나목에 따른 주식 등(이하 이 조에서  "비상장주식등”이라 한다)은 1주당 다음의 계산식에 따라 평가한 가액(이하  "순손익가치”라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율[부동산과다보유법인(「소득세법」 제94조 제1항 제4호 다목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다]로 가중평균한 가액으로 한다.



(6) 상법



제341조【자기주식의 취득】① 회사는 다음의 방법에 따라 자기의 명의와 계산으로 자기의 주식을 취득할 수 있다. 다만, 그 취득가액의 총액은 직전 결산기의 대차대조표상의 순자산액에서 제462조 제1항 각 호의 금액을 뺀 금액을 초과하지 못한다.

1. 거래소에서 시세가 있는 주식의 경우에는 거래소에서 취득하는 방법

2. 제345조 제1항의 주식의 상환에 관한 종류 주식의 경우 외에 각 주주가 가진 주식 수에 따라 균등한 조건으로 취득하는 것으로서 대통령령으로 정하는 방법



제462조【이익의 배당】① 회사는 대차대조표의 순자산액으로부터 다음의 금액을 공제한 액을 한도로 하여 이익배당을 할 수 있다.

1. 자본금의 액

2. 그 결산기까지 적립된 자본준비금과 이익준비금의 합계액

3. 그 결산기에 적립하여야 할 이익준비금의 액

4. 대통령령으로 정하는 미실현이익



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구법인은 2010.8.2. 쟁점법인의 유상증자에 참여하여 1주당 OOO원에 취득한 쟁점주식을 2023.5.15. 쟁점법인에게 1주당 OOO원에 양도한 후 그 양도차익을 익금산입하였으나, 조사청이 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시하여 청구법인이 쟁점주식을 특수관계자인 쟁점법인에게 저가로 양도한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 매매가액(OOO원)과 보충적 평가액(OOO원)과의 차액 등을 익금산입하여 법인세를 부과할 것을 통보함에 따라 처분청은 아래 ＜표1＞과 같이 청구법인에게 이 건 법인세를 경정ㆍ 고지하였다.



＜표1＞ 이 건 처분 내역

○○○



(2) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.



(가) 청구법인의 쟁점주식 매도거래 전ㆍ 후의 쟁점법인 등의 지배구조는 다음과 같다.

○○○



(나) 청구법인이 쟁점주식 취득 시 쟁점법인과 그 대표이사인 C과 작성한 신주인수계약서의 주요 내용은 다음과 같다.

○○○



(다) 조사청의 조사종결보고서상 주요 내용은 다음과 같다.

○○○



(라) 청구법인은 쟁점주식 매도 당시 1주당 평가액을 DCF법을 적용하여 OOO원으로 평가한 반면, 조사청은 아래 ＜표2＞와 같이 상증법상 보충적 평가방법을 적용하여 OOO원으로 평가한 것으로 나타난다.



＜표2＞ 보충적 평가액 산정 내역

○○○



(마) 쟁점주식 양도일 이후 거래된 쟁점주식 매매 내역은 다음과 같다.

○○○



(바) 청구법인은 쟁점법인과의 협상을 통하여 쟁점주식 매매가액을 적법한 절차를 거쳐 합리적으로 결정하였다고 주장하며 다음과 같은 증빙자료 등을 제시하고 있다.



1) 청구법인은 「상법」 제341조에 따르면 배당가능이익의 범위 내에서 자기주식 취득이 허용되는데, 보충적 평가액으로 거래할 경우 이를 초과하여 위법하다고 주장하며 쟁점법인의 2022.12.31. 현재 재무상태표를 제시하였는바, 동 재무상태표에 따르면 배당가능이익(미처분이익잉여금)은 OOO원으로 보충적 평가액[OOO원(=72,723주×OOO원)에 미치지 못하는 것으로 나타난다.



2) 청구법인은 쟁점주식 매각에 관하여 외부기관의 자문을 받아 적법한 절차를 거쳐 진행하였다고 주장하며 법무법인 H의 검토의견서(2022.9.23. 작성), 쟁점법인의 자사주 매입에 대한 임시주주총회 및 이사회 의사록, 자사주 매입에 대한 주주 동의서[D㈜ 2023.5.12.] 등을 제시하였다.



3) 청구법인이 쟁점주식 매각과 관련하여 작성한 ‘A 가치평가_매각관련보고’라는 제목의 내부 문건에 따르면, 쟁점주식을 아래 ＜표3＞과 같이 평가한 가액 등을 고려하여 매매가액을 결정한 것으로 나타난다.



＜표3＞ 쟁점주식 평가 내역

○○○



4) 청구법인은 반도체산업의 급격한 성장으로 쟁점법인의 2021ㆍ 2022사업연도 매출이 매년 10%~ 20% 이상 일시적으로 증가하였으나, 2023년부터 공급과잉으로 최악의 하락세를 보이는 상황에서 상증법상 보충적 평가방법으로 기업가치를 평가하는 것은 합리성이 결여된 것으로 보아 DCF법에 따라 쟁점주식을 평가하였다고 주장하며 쟁점법인의 재무상태표 등을 제시하였다.



5) 그 밖에 청구법인은 쟁점법인에게 ‘회사의 주요 사안에 대한 사전 동의 및 자료보고 의무’ 위반을 시정해 줄 것을 여러 차례 고지하였다며 다음과 같이 쟁점법인에 송부한 ‘신주인수계약 의무사항 및 상법상 절차 이행 촉구의 건’이라는 제목의 문서를 제시하였다.

○○○



(바) 청구법인 및 쟁점법인의 등기사항일부증명서에 따르면, 아래 ＜표4＞와 같이 청구법인의 임원 등이 쟁점법인의 임원으로 재직한 것으로 확인된다.



＜표4＞ 쟁점법인 임원에 관한 사항

○○○



(3) 「국세기본법」상 특수관계인에 관한 개정 연혁 등은 다음과 같다.



(가) 「국세기본법」은 세법상 특수관계인의 범위를 통합ㆍ 단순화하기 위하여 특수관계인의 정의규정을 신설하는 등의 내용으로 2011.12.31. 법률 제11124호로 개정되었고, 이에 따라 특수관계인에 해당하는 친족관계, 경제적 연관관계, 경영지배관계의 범위를 경제현실의 변화와 관련 법령의 개정에 맞추어 합리적으로 조정하는 등 법률에서 위임한 사항과 그 시행에 필요한 사항을 정하였다.



(나) 「국세기본법 시행령」 제1조의2는 특수관계인에 해당하는 친족관계의 범위를 6촌 이내의 혈족 및 4촌 이내의 혈족으로 통일하고, 경제적 연관관계의 범위를 임원과 그 밖의 사용인, 본인의 금전이나 그 밖의 재산으로 생계를 유지하는 자 및 이들과 생계를 함께하는 친족으로 하며, 경영지배관계의 기준을 원칙적으로 영리법인은 해당 법인에 100분의 30 이상 출자하거나 해당 법인을 사실상 지배하는 경우로 하고, 비영리법인은 해당 법인의 이사의 과반수를 차지하거나 해당 법인에 100분의 30 이상 출연하고 그 중 1명이 설립자인 경우로 통일하는 등 특수관계인의 범위를 경제현실에 맞게 통일적으로 개정되었는바, 그 주요 개정 내용은 다음과 같다.



(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점주식 매매가액은 외부기관에서 평가한 DCF법에 따라 산정된 것으로 쟁점법인과의 정당한 협상 과정을 거쳐 결정된 거래가액이므로 시가로 인정하기에 충분하다고 주장하나, 「법인세법 시행령」 제88조 제1항 제3호는 「법인세법」 제52조가 규정하고 있는 부당행위계산 부인 적용 대상의 하나로 출자자 등 특수관계에 있는 자에게 자산을 시가보다 낮은 가격으로 양도한 때를 들고 있고, 여기서 부당행위계산의 부인이 되는 저가양도의 기준으로 규정되어 있는 ‘시가’라고 함은 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치를 의미한다고 할 것인바(대법원 2006.1.13. 선고 2004두183 판결 등 같은 뜻임),



DCF법은 「법인세법 시행령」 제89조에서 비상장주식의 시가로 규정하고 있는 상증법 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액에 해당하지 아니하고, 비상장주식을 DCF법을 적용하여 평가하는 것은 기업의 과거실적을 바탕으로 미래 영업활동을 통해 기대되는 순현금흐름을 할인율로 할인하여 기업가치를 산출하고 주식가액을 평가하는 것으로서, 기업 평가 시 주요 변수(미래현금흐름, 할인율, 성장률, 잔존가치 등)에 대한 평가자의 주관적 판단이 개입될 여지가 있으며, 무엇보다 추정치에 근거하기 때문에 현재 자산가치가 반영되기 어려운 측면이 있으므로 시가 적용 시에는 엄격한 해석이 필요해 보이는 점(조심 2023서320, 2023.12.12. 등 참조), 쟁점주식 거래 이후 6개월 이내에 제3자들이 쟁점법인 주식을 거래한 가격이 1주당 OOO원(G 외 2명)에서 OOO원(I)의 범위에서 형성되었는데, 청구법인의 매매가액(OOO원)은 이에 현저하게 미치지 못하는 점, 청구법인은 쟁점주식을 보충적 평가액으로 거래할 경우 쟁점법인은 「상법」 제341조를 위반하여 자기주식을 취득하게 되어 위법하다고 주장하나, 위 규정은 회사의 자본적 기초를 위태롭게 하거나 주주 등의 이익을 해하는 것을 방지하기 위한 「상법」상 제한규정일 뿐이고, 설사 쟁점법인의 쟁점주식 매수가 「상법」상 위법하다고 하더라도 그 이후 쟁점법인이 G 외 2명에게 쟁점주식 일부를 매각하는 데 있어서 실질적인 권리 행사에 제한이나 다툼이 있었던 것이 아니므로 세법상 유효한 거래로 볼 수 있는 점, 청구법인이 쟁점주식 매각과 관련하여 작성한 ‘A 가치평가_매각관련보고’라는 제목의 내부 문건에 따르면, 청구법인은 쟁점주식을 상대가치평가법(OOO원), DCF법(OOO) 및 보충적 평가방법(OOO원) 등을 고려하여 매매가액을 1주당 OOO원으로 결정한 것으로 나타나는바, 청구법인이 산정한 보충적 평가액과 처분청의 보충적 평가액(OOO원)이 크게 차이가 나는 것은 청구법인의 계산과정에 오류가 존재하였기 때문인데, 저가로 잘못 산정된 보충적 평가액 등을 기준으로 매매가액을 결정함으로써 동 매매가액이 시가보다 저가로 선정되었을 가능성도 배제하기 어려운 점, 그 밖에 청구법인은 쟁점주식 매매 당시 쟁점법인의 지분 35.44%를 보유하고 있었을 뿐만 아니라 청구법인의 임원(J)이 쟁점법인의 임원으로 재직하고 있는 등 쟁점법인의 경영에 사실상 영향력을 행사하고 있었던 것으로 보이므로 쟁점법인과 특수관계에 있었다고 봄이 타당한 점 등에 비추어, 청구법인의 쟁점주식 매매가액을 시가로 보기는 어려우므로, 처분청이 쟁점주식의 보충적 평가액을 시가로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하여 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.