서울지방국세청장이 2023.12.8. 청구법인에게 한 아래 ＜표1＞의 경정의 내역 중 연구ㆍ 인력개발비 세액공제 대상 금액의 감액에 대하여 증액을 구하는 심판청구는 각하하고, 합계 OOO원의 소득금액조정(손금불산입) 처분은 현직 교사들로부터 대학수학능력시험 대비 모의고사 문항의 출제 용역을 제공받고 지급한 금액에 대하여 당해 용역에 관한 징계나 수사결과 등에 기초한 그 비위의 정도 등의 확인을 통해 위 금액의 손비 해당 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

1. 처분개요



가. 청구법인은 OOO 설립되어 교육콘텐츠 연구개발 및 판매 등을 목적사업으로 하고 있는 법인으로, 대학수학능력시험(이하  "수능”이라 한다) OOO 모의고사 문항을 출제하여 학원이나 강사들에게 공급하거나 지난 연도 모의고사를 데이터베이스화하여 계약을 맺은 학원에 공급하고, 중학생용 교재를 전국 온라인 및 오프라인 서점을 통하여 공급하는 것을 주된 사업으로 하고 있으며, 이 과정에서 소속 연구소의 직원들이 직접 출제하거나 외주용역자가 출제한 문항을 여러 번의 감수과정을 거쳐 완성ㆍ 공급하고 있다.



나. 청구법인은 부설연구소인 OOO(이하  "쟁점연구소”라 한다)에 소속된 임직원들에게 지급하는 급여가 모두 연구ㆍ 인력개발비에 해당하는 것으로 보아 「조세특례제한법」(2022.12.31. 법률 제19199호로 개정되기 전의 것, 이하  "조특법”이라 한다) 제10조 제1항에 따라 세액공제를 적용하여 법인세를 신고하여 왔다.



다. 처분청은 2023.6.28.～2023.10.24. 청구법인에 대한 법인세 통합조사(이하  "이 사건 세무조사”라 한다)를 실시한 결과,



(1) 쟁점연구소 소속 일부 임직원들(7명, 이하  "쟁점임직원들”이라 한다)이 연구 이외의 업무를 병행한 것으로 보아 이들에게 지급한 급여(이하  "쟁점인건비”라 한다)를 연구ㆍ 인력개발비 세액공제 대상에서 제외하는 것으로,



(2) 청구법인에게 출제 ㆍ 검토 ㆍ 저술 등의 용역을 제공한 외주용역자 중 현직교사에게 지급한 용역대가(이하  "이 사건 비용”이라 한다)를 사회질서에 위반되는 비용으로서 손금요건을 충족하지 못한다고 보아 손금에서 부인하는 것으로,



(3) 청구법인이 법인신용카드로 상품권을 구입한 것에 대하여 사적사용으로 보아 손금에서 부인하고 대표자 상여로 소득처분하는 것으로 하여 2023.12.8. 청구법인에게 2018～2022사업연도에 대한 세무조사 결과 통지를 하였다.



라. 청구법인은 위 (1) 및 (2) 관련 통지에 불복하여 2024.1.28. 심판청구를 제기하였다.



마. 한편, 청구법인은 2024.3.27. 위 경정내역을 일부 반영하여 2023사업연도 법인세를 신고하였고, 반포세무서장은 이 사건 비용 중 모의고사 문항 출제가 아닌 중학생용 교재 제작과 관련된 용역대가(이 사건 비용에서 중학생용 교재 제작과 관련된 용역대가를 뺀 금액을 이하  "쟁점비용”이라 한다)를 손금에 포함하는 것으로 그 과세표준 및 공제세액을 재경정하여 2025.4.8. 청구법인에 통지하였으며, 청구법인은 2025.4.11. 중학생용 교재 제작과 관련된 용역대가에 대한 심판청구를 취하하였다.



＜표1＞ 심판청구 대상 경정내역

(단위 : 원)



1. 청구법인 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인 주장



(1) 쟁점임직원들이 모의고사 개발과정에서 수행한 원고의 검토, 수정작업과 부차적으로 수행한 일정 관리, 회의, 채용 등의 개발 관리 지원 업무는 연구개발의 일환이거나 직접적인 지원에 해당하므로 쟁점인건비를 연구개발비 세액공제 대상으로 인정하여야 한다.



(가) 처분청은 ‘연구소 관리업무 수행’, ‘팀 관리업무 병행’ 등의 이유로, 쟁점연구소 소속 소장, 부소장 2명 등 3명, 개발실장 3명OOO 편집디자이너 1명 합계 7명(쟁점임직원들)의 인건비를 연구개발비 세액공제 대상에서 제외하였다.



(나) 쟁점임직원들은 쟁점연구소의 핵심개발인력으로 기업부설연구소 연구원으로 정식 등록되었고, 연구개발이나 연구개발 지원만을 전담ㆍ 수행하는 임직원이다.



1) 청구법인의 조직 편제상 일반 관리업무는 경영관리팀이, 영업과 제작, 고객서비스는 마케팅본부가, 단행본의 개발 및 편집은 콘텐츠팀이 담당하고, 쟁점연구소에서는 모의고사의 연구ㆍ 개발업무만을 담당한다. 이처럼 일반관리와 고객관리 업무는 소관 부서가 별도로 존재하며, 쟁점임직원들은 연구소 업무 외 업무를 겸직하지 않고 있다.



2) 쟁점연구소는 조특법 시행규칙 제7조 제1항에서 정하는 연구소(등록번호 OOO)이고, 쟁점임직원들은 모두 연구전담요원으로 등록되어 있다.



3) 쟁점임직원들은 해당 기간 내내 연구원이었고, 직접 연구개발을 주업무로, 연구개발의 관리 및 직접 지원을 부업무로 수행하였다.



특히, 편집디자이너 a의 경우, 당시 연구소 실사를 나온 OOO(과학기술정보통신부의 부설연구소 인정ㆍ 관리업무 위임기관, 이하  "협회”라 하고 그 대표자를 이하  "협회장”이라 한다) 담당자에게 편집디자이너임을 밝히고 연구보조원으로 등록해야 하는지 문의한 결과에 따라 연구원으로 등록하였다.



4) 쟁점임직원들은 OOO 분야 석ㆍ 박사의 학력과 전문성을 갖추고 실제 개발에서 핵심적인 역할을 수행한다.



소장과 부소장은 OOO 석ㆍ 박사과정을 수료하고 대학이나 수능학원에서의 강의 등 해당 분야에서 10～20년 이상의 경력을 쌓았으며, 개발실장들은 OOO 석ㆍ 박사과정을 수료하고 해당분야에서 최소 8년 이상 경력을 쌓은 인력이다.



5) 청구법인은 임직원 50명 규모의 소기업으로 경험 많은 핵심개발인력을 100% 활용하여야 겨우 유지가 될 수 있는 상황으로, 연구소장을 비롯한 상급자들은 일반적인 관리만 할 수 없고, 실제 개발을 주도하고 야근도 가장 많이 하면서 개발을 책임지는 실무형 리더들이다.



(다) 연구개발을 관리하는 업무도 연구개발로 보아야 한다.



6) (업무 실태) 쟁점연구소에서는 관리자라 하더라도 문항 출제 작업, 검토 ㆍ 점독을 통한 수정작업, 원고 작성 즉, 직접 연구개발에 업무시간의 대부분을 투입하고 있다.



부차적으로 개발 진행ㆍ 관리를 위해 연구 기획, 진도 점검 회의를 통한 일정관리 및 조정, 자원의 추가 투입 등의 연구개발 관리 업무와 연구원 채용 업무를 수행하고 있다.



이러한 업무 배분 및 진행 실태는 업무보고서, 처분청이 징구한 진술서 등으로 확인 된다.



7) 연구개발의 관리, 기획 등은 연구개발업무에 해당한다.



처분청은 기획, 회의, 일정관리, 연구원 채용 등이 직접 개발업무가 아니므로 이를 수행한 것을 ‘연구개발 외 업무를 겸직’하는 것으로 보아 쟁점인건비를 연구개발비에서 제외하였다.



관련하여 구성원이 수백 명에 이르는 대기업의 연구소장이 연구과제를 직접 수행하거나 실질적으로 연구의 내용을 관리ㆍ 감독하지 않고, 연구원에게서 연구의 주제 및 방향이나 진행상황 등을 보고받고 관리하는 것을 주된 업무로 하였기에 해당 인건비가 부인된 판례(서울행정법원 2017.7.13. 선고 2016구합56905 판결)가 있다. 해당 사례와 달리 쟁점연구소의 연구소장, 부소장의 경우, 업무시간의 80% 이상을 직접 연구개발에 사용하여 개별 지문과 문항, 선지들을 일일이 검토하여 수정하는 작업을 하고 있는데, 이는 해당 판례에서 언급하고 있는 대로 ‘연구 과제의 내용에 세세하게 관여’하는 수준이다. 판례에 의하면 ‘실질적으로 연구의 내용을 관리ㆍ 감독’하는 것마저 연구개발로 인정되므로, 이들의 업무는 연구개발활동으로 인정함이 합당하다.



8) 관련하여 연구소 전반의 업무 조율, 개발 기획, 일정 계획 등 외견상 직접 연구개발이 아닌 업무에 대해, 연구업무를 직접적으로 지원하는 것으로 판단하여 세액공제를 인정한 조세심판례도 존재한다.



해당 사례를 보면, 세부 연구팀과 달리 직접 연구개발에 종사하지 않는 연구기획팀이 있었고, 조세심판원은 직접 연구개발에 종사하지 않지만, 연구업무에 대한 직접 지원을 세액공제 대상으로 인정하였다(국심 2007서1424, 2008.7.17. 참조).



(라) 연구개발을 직접 보조(지원)하는 자의 인건비는 세액공제 대상 연구개발비이다(원고의 검토와 수정 업무, 원고 편집 디자인 업무).



9) 쟁점연구소의 검토 ㆍ 수정 작업



가) (모의고사 개발과정에서 검토와 수정 작업의 성격) 청구법인의 모의고사는 ① 해당 분야의 기초적인 개념 및 논리와 부합할 것, ② 최신 연구 성과가 반영될 것, ③ 주제가 너무 학술적이거나 구태의연하지 않을 것, ④ 글의 구조가 정연하고 중복되지 않을 것, ⑤ 문장 간 논리성을 갖출 것, ⑥ 주장의 근거가 내부에 존재하거나 정규 학교 과정에서 학습한 것일 것, ⑦ 사용하는 용어나 개념 설명 시 사용하는 단어가 고교과정을 정상적으로 수학한 학생이 다른 도움 없이 이해할 수 있을 것, ⑧ OOO 등 기본사항을 준수할 것을 원칙으로 하고, ⑨ 연계교재와 연계율 ⑩ 최근 수능 혹은 한국교육과정평가원의 출제방침에 맞는 난이도 유지 등의 조건을 충족해야 한다.



이처럼 다양한 요구와 한 사람이 구비하기 어려운 조건 때문에 특정 분야의 박사급 출제진이라도 위 ①～④번 조건마저 다 충족시키기 어렵다. 이에 따라 전문적인 검토자와 교사 및 학생들의 시각에서 점검하는 게 필수적인 과정이 되었고, 그에 따른 수정작업도 뒤따른다.



출제위원이 작성한 초판을 팀 내부의 검토(일부 단계에서는 점독, 내부 감수라 표현)와 수정, 외부 검토와 2차례의 학생 검토를 거치면서 지속적으로 수정하여 완성에 이르는데, 그에 따라 수정본이 5～20회 만들어진다.



나) 많은 단계를 거치면서 빡빡한 개발목표 일정을 맞추기 위해서는 쟁점연구소 내부의 검토가 일반 출판사처럼 단순히 끝나서는 안 된다. 검토(감수)하면서 드러난 문항에 대해 같이 수정하고 대안을 제시하여 개발시간을 단축해야 한다.



따라서, 쟁점연구소에서 검토, 점독, 감수는 단순한 점검, 문항 찾기가 아니라 실제 수정 작업 참여를 통해 원고를 완성해 가는 협력적 개발 과정으로 보아야 한다. 청구법인의 모의고사에서 검토, 수정작업이 개발 완성품에 기여하는 비중이 50% 이상이다.



다) 위와 같은 업무는 청구법인의 직접 연구개발과정 중 일부이며, 설사 이를 부인하더라도 연구개발 과정을 직접 지원하는 업무로 보아야 한다.



10) 쟁점연구소의 편집, 디자인 작업



라) (수행하는 업무의 실태) 개발결과물은 모의시험의 성격상 수능과 구성 및 형식 측면에서 동일성을 유지해야 하는데, 이러한 구성, 형식상 동일성은 개별 지문+문항 세트의 품질만큼 중요한 요소이다. 개발된 지문+문항 세트들을 구성, 형식상 요건에 맞게 선별, 배치해야 하는 편집 작업은 연구개발 결과물을 구현 ㆍ 완성하는 것이다.



또한, 청구법인의 연구ㆍ 개발이 여러 검토 ㆍ 수정 단계를 거치면서 완성되어 가는데, 편집디자이너는 각 단계의 수정사항을 반영 ㆍ 취합하여 다음 단계 검토를 위한 판본을 제공해 주는 과정의 운용자(Operator)로서의 역할을 수행하며, 이는 개발 진행에 필수적이다.



이외 그래픽 디자이너로서 모의고사에 들어가는 도안, 삽화를 개발하고, 이는 텍스트와 함께 문항의 일부를 구성한다(아래 ＜그림＞ 참조). 지문에서 쉽게 설명하기 위해 그림이 필요한 경우도 있고, 그림을 제시하고 해석 ㆍ 적용하는 문항을 출제하기도 한다. 따라서 내용이나 출제의도에 맞는 도형, 삽화가 필요한데, a 연구원이 이 그림 작업을 담당한다.



＜그림＞ 출제 문항 예시



마) 연구소 외 부서(콘텐츠개발팀)의 편집디자인의 경우 별도 편집자가 수행하는데, 연구소 편집디자이너는 연구소 내 업무를 전담 수행하고, 기업부설연구소 등록 ㆍ 관리 주무기관(협회)은 쟁점연구소 실사 중 연구소 편집디자이너에 대해 직접 연구전담요원이라 판단하였고, 해당 연구원은 입사 이후 계속 같은 업무를 수행하고 있다.



바) 위와 같이 쟁점연구소의 편집디자이너는 연구소에 소속되어 연구개발을 직접 보조하는 역할을 수행하였음이 분명하고, 관련 법령(조특법 시행령 별표6)에 명시된  "기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 근무하는 직원(연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다)”에 해당하므로 해당 인건비는 연구개발비로 보는 게 타당하다.



(마) 전체 업무 시간의 10%를 연구개발 결과물의 응용 지원에 사용한 것을 연구개발 외 업무로 본 것은 사실 오인한 것이다.



11) OOO은 등록된 연구전담요원으로, 독서론 분야 지문, 문항의 직접 개발과 동시에 관할 영역인 독서 영역 전체 문항의 검토 ㆍ 수정에 참여하고 있다.



OOO은 2022년 1/4분기 업무수행 보고서에 업무를 1. 모의고사 개발(업무비중 70%), 2. 수습연구원 교육(업무비중 10%)에 이어 3. 강사 및 학원 협업 업무지원(업무비중 10%)이라고 적고 업무성과란에 ‘OOO목록 작성’이라고 기입하였으며, 동 보고서의 2/4분기 계획에도 해당 항목을 기재하였다.



‘큐레이션’은 만들어놓은 콘텐츠를 목적에 따라 분류하고 배포하는 일을 뜻하는 말로서, 청구법인의 과년도 연구개발 결과물(기출 DB)에 대한 배타적 사용권을 확보한 고객사에서 해당 연도 수능 경향에 맞는 지문, 문항을 선별해 달라는 요청이 있었고, 마케팅본부를 통해 이를 전달받은 OOO이 지문, 문항을 선별하여 목록을 만들어 전달해 준 것이다.



‘협업업무 지원’이라고 표현했지만, 풀어 설명하면 학원 영업을 담당하는 마케팅 담당자의 요청에 따라 연구개발 결과물을 재구성한 고객 맞춤형 DB 모의고사(상품)를 개발ㆍ 공급한 것으로, 고객사 학원과의 커뮤니케이션과 목록의 전달 등은 마케팅본부 마케팅팀의 직원이 별도로 수행하였기에 직접 고객관리나 고객지원 업무를 수행한 것이 아니다.



12) (해당 업무의 성격) 쟁점연구소의 연구결과물은 당해 연도에 상품화되고 해가 지나면 기출DB에 축적되는데, 당해 연도 수능 경향에 맞는 일부 지문들을 선별하여 고객 맞춤형 모의고사를 개발ㆍ 제공하기도 한다. 이 활동은 신규 개발은 아니지만, 기존 연구개발 결과물들을 파악하고 있으면서, 당해 연도 수능 출제방향과 최근 수능 경향을 파악하고 있는 연구소에서만 수행 가능한 2차적 개발에 해당하거나 연구결과물의 응용(활용)을 지원하는 활동에 해당한다.



OECD에서는 연구개발(R＆D)에 투입된 자금 및 인적자원에 대한 국제적 비교가 가능한 통계 수집을 위한 목적으로 OOO을 제작하였고, OOO은 연구결과 응용 지원 제공을 연구개발활동의 틀 안에 있는 업무로 정하고 있다.



＜OOO＞



13) OOO의 업무가 연구개발 활동으로 인정받지 못한다 하더라도, 대상자는 본인 업무시간의 90%를 신규 개발에 투여하였으므로, 10%의 시간을 연관 업무에 투입하였다 하여 대상자의 인건비 전체를 부인하는 것은 부당하다.



(2) 청구법인이 현직교사에게 집필, 검토를 의뢰한 것은 현직교사의 업무를 직접 방해하는 행위도, 법적으로 금지된 행위도 아니다. 현직교사가 신고의무 미준수 등의 규정 위반을 하였다 하더라도 이를 뇌물수수나 문항 유출 등의 중대한 반사회적 범죄와 같이 볼 수는 없다. 또한 교사와 학교(혹은 정부) 사이에서 발생한 규정 위반의 책임을, 교사와의 사적인 거래 당사자인 청구법인에게도 묻는 것은 책임자가 벌을 받아야 하는 상식에도 어긋난다. 한편, 사회상규상 일반화되고 당국인 교육부에서도 인정하던 행위를 뒤늦게 불법화하면서 소급 적용하는 것은 부당하며 법적 안정성 측면에서도 문제가 많다. 따라서 현직교사에게 지급한 청구법인의 외주용역비(쟁점비용)를 손금 부인한 처분은 부당하므로 취소되어야 한다.



(바) 지금까지 현직교사의 외부 출제, 집필 행위는 사회 상규상 아무 문제 없는 행위였고, 교육부에서도 금지한 것이 아니었다. 즉, 불법이거나 비도덕적으로 비난받거나 금지되는 행위가 아니었다.



현직교사들은 교육부, 각 시도교육청이 주도하는 교과서 집필이나 수능 ㆍ 모의고사 출제 ㆍ 검토에 참여해 왔고, 그러한 활동은 국정 교과서 폐지 이후 민간 출판사가 주도하는 교과서/참고서 집필 참여 등으로 꾸준히 확대되어 왔다.



이처럼 일반화되고 사회 상규상 문제 되지 않던 행위에 대해 교육부와 과세관청은 2023년 8월 갑자기 교사와 사교육의 밀착이라며 반사회적인 범죄로 규정하였다. 교육에서 자유주의, 사교육이 허용된 나라에서 교사가 민간 출판사의 의뢰를 받아 집필하거나 문항을 출제하는 행위가 왜 불법 혹은 반사회적 행위인지에 대해 납득할 만한 설명이 없었다. ‘뇌물이나 청탁’을 받아 해당 민간 출판사의 교재를 부당하게 채택한다거나 ‘수능 문항, 모의고사 문항을 불법 유출’하였다면 반사회적인 범죄를 볼 수 있지만, 정상적인 출판 ㆍ 출제 계약마저 범죄시하는 것은 매우 부당하다.



한편, 현직교사의 외부 문항 출제를 문제 삼기 시작한 2023년 8월말 교육부는 교사의 겸직에 대한 자진신고를 요구하였고, 이후 보도자료(2023.7.31.자 교육부 보도자료 참조)에서도 특정  "학원이나 강사 등을 통해 일부 수강생들에게만 배타적으로 제공되는 교재, 모의고사”에 문항을 제공하는 경우 등을 제한하도록 향후 규정을 보완한다고 밝혔다.



청구법인의 모의고사는 대표적인 인터넷 강의 사이트인 OOO 뿐만 아니라 취급을 희망하는 전국의 학원, 강사, 독서실에 제공되어 필요한 학생들은 누구나 구입이 가능하여 2023년 세무조사 이전까지는 교육부 기준상으로도 금지 대상도, 자진신고 대상도 아니었으므로 이를 반사회적 행위로 볼 아무런 이유가 없다.



(사) 현직교사에 대한 청구법인의 집필 의뢰는 간헐적 혹은 일회성으로 이루어져서 ‘계속성’이 없기 때문에 「국가공무원법」상의 겸직 허가 대상도 아니었다.



「국가공무원 복무규정」 제25조에 따르면, 공립학교 교사는 영리업무를 할 수 없으나, 금지 요건에 해당되지 않는 경우 겸직 허가를 받아 종사할 수 있다. 여기서 영리업무는 ‘계속적으로’ 재산상 이득을 취하는 행위를 말하므로, 계속성이 없는 일시적인 행위로 수입이 발생하는 경우는 금지 대상이 아니다. 교육부의 복무ㆍ징계 관련 내규는 ‘계속성’을 ① 매일, 매주, 매월 등 주기적으로 행해지는 것, ② 계절적으로 행해지는 것, ③ 명확한 주기는 없으나 계속적으로 행해지는 것, ④ 현재 하고 있는 일을 계속적으로 행할 의지와 가능성이 있는 것으로 정하고 있다.


금지 요건에 해당되지 않는 영리업무의 경우 사전에 겸직 허가를 받아 종사할 수 있다. 이러한 겸직에 대해서도 교육부 내규는 ‘계속성’이 없다면 신고대상이 아닌 것으로 처리하고 있다.



외주업무 현황(＜별지1＞)에 나오듯이 처분청이 당초 문제 삼은 고교 교사 22명 중 15명(이하  "쟁점교사들”이라 한다)은 청구법인의 모의고사 문항 출제진에 처음 참여하여 1∼6건(1건당 저녁시간 활용하여 1∼2주 소요)을 진행하다가 자의나 타의로 출제진에서 탈락한, 즉, ‘계속성’이 없었던 필진이다.



즉, 쟁점교사들은 청구법인과의 거래에서 계속성이 없어서 「국가공무원법」 및 교육부 내규 상 겸직 신고 의무가 없는 것으로 보이며, 기본적으로는 겸직 신고에 의해 가능한 행위, 즉 불법ㆍ금지행위가 아니다.



(아) 쟁점교사들의 외주업무현황에서 알 수 있듯이, 청구법인의 의뢰는 건수가 많지 않아 연간 1∼6건이었다. 현직교사들이 수업 준비, 시험 출제, 수학여행 등의 교육활동 때문에 의뢰받은 집필 업무를 마감하지 못한다면 사업 추진에 차질이 발생할 수 있기 때문에, 청구법인은 현직교사에 대한 의뢰를 최소화해 왔다. 실제, 해당 교사들은 개학 시기나 학교 행사로 바쁜 시기에는 외주 작업을 하지 않는 경우가 많았고, 주로 방학 등 시간 여유가 있을 때 참여하였다.



지속적으로 외주가 이루어진 현직교사는 모의고사를 출제하다가 향후 검토를 전담한 b 1명이었는데, 모의고사 문항의 검토 업무는 신규 출제, 원고 집필에 비해 정신적 노동의 부하가 낮은 편이다. 이 교사는 해당 업무를 주말에 진행하였는데, 금요일 저녁에 시험지를 이메일로 받아 주말 이틀 동안 검토해 주는 일정으로 진행하였다. 또한, 청구법인이 겸직 허가에 대해 문의한바, 해당 교사는 소속된 학교에서의 교육활동에 전혀 지장이 없고 겸직 허가에도 전혀 문제가 없다고 답변하였다.



(자) 위 겸직 허가와 관련한 법규를 보면, 신고 의무자와 허가자는 교사와 학교장이다. 교사와 청구법인이 맺은 계약은 학교 업무에 관한 것이 아니며 교사 개인 시간을 활용한 사적인 것일 뿐이다.



겸직으로 인해 학교의 업무에 지장을 준다면 교사 자신이 먼저 자율적으로 회피했어야 하며, 내규나 절차를 위반하였다면 해당 교사가, 허가 과정에서 문제가 있었다면 관련 학교장 등이 책임져야 할 일이다.



우리나라에서 모든 교사의 모든 외주용역이 금지된 상황은 아니다. 사회 상규상 허용되는 현직교사와의 정상적인 외주용역 거래에서 청구법인이 겸직 허가 여부를 확인하거나 겸직 허가서 같은 것을 계약 조건으로 요구해야 할 어떤 의무도 없다. 물론, 청구법인은 어떤 불법적인 행위나 내규 위반 같은 것을 권하거나 유인한 적도 없다.



내규를 알지 못하는 외부인인 청구법인이 정상적인 거래에 대해 책임질 일이 없다. 설사 교사가 내규를 어겼다고 하더라도 학교 업무에 관한 것이 아닌 교사 개인과의 사적인 계약에 대한 것이므로, 학교 징계 등을 이유로 사적인 거래를 금지하거나 취소시킬 근거나 명분이 없다. 곧, 청구법인이 책임질 문제는 아니라고 봐야 한다.



(차) 현직 교사의 외주 집필을 반사회적 행위로 보는 것은 부당하다.



14) (잠재적 가능성에 기초하여 모든 외주 출제를 범죄화) 처분청은 수능, 모의고사 출제 위원인 현직교사로부터 공적으로 취득한 정보와 경험이 적용된 문항을 구입한 것이 공교육에 대한 사회적 신뢰를 훼손하고 있다고 하나, 그 근거는 명확하지 않다. 출제위원이 교육청의 모의평가 문항을 직접 유출한 경우(이는 출제된 문항을 보고 나와서 알려준 경우)는 있어도 수능에서 이런 사례는 없었다. 지금도 수능 출제위원 선발 시, 최근 3년간 사교육업체와의 거래 여부를 확인한다. 수능 출제 및 검토에 다수가 참가하여 공동 수정작업을 하고, 시중 문제집과의 대조 검토 작업을 하기 때문에 우려가 현실화될 가능성은 낮다.



그리고, 위험성이 정말 크다면 교사의 외부 출제를 전면 금지하고 이를 공표하여 전 국민이 알게 한 후 시행해야 한다. 이 측면에서 이번 조치는 소급금지원칙에 위반된다.



15) (기초하고 있는 교육부 주장이 정치적임) 청구법인은 정상적인 업무 위탁 계약을 맺어 교사들에게 외주용역을 주고 세금을 신고ㆍ 납부하였는데, 이를 ‘결탁’이라고 비난하고 있다. 교육청이나 민간 출판사에서도 현직교사에게 모의고사 출제, 인정 교과서나 참고서 집필 등을 의뢰하고 비용을 지불하고 있다. 이것도 겉모양만 보면 현직 교원과 결탁하여 경제적 이익을 주고 받는 카르텔이다. 공교육 테두리 밖에 민간의 사교육을 허용하면서 ‘사교육’이란 단어를 범죄시하고, 사교육비 증가라는 정책 실패의 책임을 사교육 업체에게 전가하는 것은 원인과 결과를 혼동하는 처사이다.



16) 처분청은 청구법인이 발주한 업무량이 얼마나 되고 실제 업무에 지장을 주었는지, 해당 교사가 겸직 허가를 받았는지에 대한 조사와 판단 없이, 교육부가 발표한 보도자료와 기자회견에 기초하여 청구법인의 현직교사 외주 출제를 반사회적이라고 판단하였다.



교육부가 언급했던 특정 학원과 출제위원의 유착 사례는 처벌 대상이 되겠지만, 이를 일반화시켜 청구법인에도 적용할 근거는 없다. 청구법인은 청구법인의 상황(외주량, 현직교사의 겸직 허가 여부 등)에 맞게 위반 여부를 판단해야 한다.



17) (공교육의 역량을 사교육으로 유출시킨다는 것은 허위) 교사의 사교육 문항 출제가 사교육 시장의 경쟁력을 강화했다고 하는데, 이는 OOO 모의고사, 적어도 청구법인의 교재 개발과는 무관하다. 공교육의 경쟁력이 낮아서 학생들이 수능 준비를 위해 수능 학원에 다니고 있는데, 공교육 교사의 출제가 사교육 경쟁력 강화나 영업에 도움이 될까 의문이다. 다른 과목이나 다른 업체의 경우에 해당 사항이 있는지 알 수 없지만, 적어도 청구법인에서 현직교사의 출제 경쟁력은 그리 높지 않다. 청구법인의 출제위원 중 현직교사의 비율은 5% 수준이며, 그들 대부분이 2∼4회 참여했던 것을 보면 알 수 있다. 실제 많은 교사들은 수능 수준의 문항 출제를 경험해 보고 싶어서 청구법인의 모의고사 출제위원에 지원하고 있다.



18) (교사의 외주출제는 영리업무이므로 겸직 허가 대상이 아니라는 것도 허위) 처분청은 교사의 영리업무는 겸직 허가의 대상이 될 수 없으므로 이를 득하였다 하더라도 규정 위반이라는 의견이나, 이는 교육부 규정을 잘못 이해한 것이다. 교육부 규정에는 지속성이 없는 영리행위는 겸직 허가를 받을 필요가 없다고 되어 있다. 청구법인의 위탁 교사들은 대부분 간헐적으로 참여, 총 2∼5회 출제에 그쳤으므로 주기성이 없었으며, 청구법인의 모의고사나 단행본처럼 공개적으로 출판되어 어디서나 구할 수 있는 경우는 2023년 교육부 겸직 허가 조사 시에도 대상에서 제외되었다고 알고 있다.



19) (교사가 위반했다고 하더라도 그 경중을 따져야 함) 해당 교사가 겸직 허가 절차를 받지 않았다 하더라도 규정ㆍ 절차 위반이 뇌물죄나 시험 문항 유출 등 반사회적 범죄와 동일할 수 없음이 분명한데도, 처분청은 공교육 신뢰성, 사회적 총비용 등의 추상적인 명분을 들어 자본주의 사회의 정상적인 상거래 활동을 반사회적이라고 판단하였다.



처분청이 거론하는 사회적 비난 가능성, 공정성 시비 가능성, 정부에 불명예스러운 영향을 끼칠 우려 등이 있긴 하나, 교육부가 발표한 특이하고 큰 규모의 위법 가능 사례에 비춰 보면, 청구법인과 해당 교사 거래의 건수, 금액은 미미한 수준인데 같은 반사회적 범죄로 분류하는 것은 부당하다.



20) (교사의 위반이 거래당사자 위반으로 이어질 수 없음) 교육부 주장대로, 현직교사의 외부 출제가 사회적 문제를 일으키는 행위라고 하더라도, 계약의 상대방인 청구법인이 명확한 불법계약을 한 것이 아니라면 청구법인이 불법행위로 처벌ㆍ 처분받을 이유는 없다. 처분청은 마치 청구법인이 해당 교사와 부정한 거래를 한 것처럼 주장하고 있으나, 그 근거는 어디에도 없다. 단순히 총액이 커서 문제라고 하나, 학습참고서나 문제집 출제 등의 원고료를 조사해 보면 청구법인의 금액이 비정상적인 것이 아님을 알 수 있을 텐데, 엉뚱하게 원고료를 사례비나 리베이트 비용과 비교하고 있다.



청구법인은 어떤 불법 거래도 하지 않았고, 정상적인 집필 작업에 사회적인 수준의 대가를 지급하였으므로, 설사 해당 교사가 당사와 무관하게 교육부 규정을 위반하였다 하더라도 청구법인이 위법행위를 한 것이 아니다.



가. 처분청 의견



(1) 쟁점임직원들은 연구 이외 업무를 병행하고 있으며, 연구 외 타업무를 병행하는 임직원의 인건비는 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 될 수 없다.



(가) 청구법인의 연구개발은 특수성을 갖고 있으므로 단계별로 분류하여 각 단계가 연구개발 활동의 정의에 부합하는지 판단해야 한다.



청구법인이 개발하는 수능 OOO 평가 콘텐츠는 크게 기획, 지문ㆍ문항개발, 검토의 과정을 통하여 제작되고 있으며, 청구법인은 이러한 과정을 통해 제작된 수능 OOO 문항들을 적절하게 1회분의 모의고사로 구성한 후 상품화하여 학원이나 강사들에게 공급하고 있다.



청구법인의 연구개발은 상당 부분 외주용역에 의존하고 있고, 외부 인력의 용역 결과물을 내부 인력이 검토하여 수정하는 작업을 여러 차례 반복하는 과정을 통하여 최종 결과물이 도출되며, 내부 인력이 자체적으로 도출한 최종 결과물과 함께 상품화되고 있다.



일반적인 연구개발의 최종 결과물은 신기술이나 논문 등 가치를 지닌 연구개발물이며 이를 통하여 수익을 창출하고자 한다면 제품을 생산하거나 지식재산권 등록 등 상업화 과정이 필수적으로 수반되어야 하나, 청구법인 연구개발의 최종 결과물은 별도의 상업화 과정 없이 그 자체로 상업성을 갖고 있다는 특성이 있다.



이러한 청구법인 연구개발용역의 특수성을 고려한다면 쟁점연구소에서 수행하는 용역을 과정별로 분류하여 각 과정이 연구개발 활동에 해당하는지, 일반적인 상업활동에 해당하는지를 판단하여야 할 것이다.



(나) 연구개발 활동이 연구비 세액공제 대상에 해당하기 위해서는 수행하는 업무가 조특법과 OOO에 따른 연구개발 활동의 정의에 부합해야 하며, 연구개발 활동 외 업무를 병행해서는 안 된다.



1) 조특법 제2조의1 제11항은 연구개발을 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동으로 정의하고 있다.



또한, 조특법 시행령 제1조의2는 ‘일반적인 관리 및 지원활동’, ‘시장조사, 판촉활동 및 일상적인 품질시험’, ‘반복적인 정보수집 활동’ 등을 연구개발에서 제외하고 있다.



2) OOO에서는 연구개발을 지식의 집적을 향상시키기 위한(인간, 문화, 사회에 대한 지식 포함), 그리고 지식을 통한 새로운 응용을 창출하기 위한 창의적이고 체계적인 활동으로 정의하고 있다.



가) OOO에서 연구개발은 독창적 개념이나 가설을 바탕으로 새로운 결과를 도출하는 것을 목적으로 하며, 최종 결과물이 대체로 불확실하고(또는 적어도 결과물 달성에 필요한 시간과 자원의 양이 불확실함), 계획이 마련되어 있으며, 예산이 확보되어 있고, 자유롭게 이전할 수 있거나 시장에서 거래할 수 있는 결과물을 생산하는 활동으로, 어떠한 활동을 연구ㆍ 개발로 정의되기 위해서는 신규성, 창의성, 불확실성, 체계성, 이전가능성 또는 재현가능성을 충족해야 하는 것으로 설명하고 있다.



나) OOO 2.34에서는 ‘연구개발’의 개념과 ‘제품개발’의 개념을 구분하여 정의하고 있으며, 2.35에서는 ‘생산 이전 단계의 개발’은 ‘연구개발’의 개념과 구분되며 신규성의 중단 및 일상적 개발로의 변경 여부가 그 구분기준이 될 수 있음을 명시하고 있다.



청구법인의 출제업무는 내부직원이 출제한 내부출제와 외주인력이 출제한 외부출제로 구분되며 검토업무는 내부출제와 외부출제의 구분 없이 내부직원이 수행하고 있다. 청구법인의 내부직원이 내부출제된 지문과 문항을 검토하는 경우 신규성을 가진 출제업무가 계속되는 것이므로 연구개발의 정의에 부합하는 것으로 볼 수 있으나, 외부출제된 지문과 문항을 내부직원이 검토만 수행하는 경우 외주인력에 의해 창출된 지문과 문항이 편집ㆍ수정되는 것에 불과하여 내부직원에 의하여 새로운 지식이 창출되는 것으로 볼 수 없다.



3) 또한 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」(「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」을 이하  "기초연구법”이라 한다) 제2조는 연구소에 근무하는 직원이 연구개발활동과 관련된 연구업무를 수행하고 있다고 하여도 연구 외의 다른 업무도 병행하고 있다면 ‘전담’ 연구원에 해당하지 않음을 명시하고 있고, 조특법 시행령 별표6에서는 연구소에 근무하는 직원일지라도 연구와 직접 관련된 연구행정, 연구지원 사무 등 연구관리 업무를 전담하여 수행한 경우(연구관리직원) 연구 목적 여부와 무관하게 공제대상으로 인정받을 수 없도록 하고 있다.



(다) 청구법인의 연구개발보고서에는 단계별 수행업무와 담당자가 명시되어 있다.



1) 이에 따르면 청구법인의 문항 개발은 조사, 기획, 출제, 합동검토, 출제진 수정의 단계를 거치고 있고, 이러한 단계를 통해 개발된 문항들이 연구소 자체 점독, 외부 교사 검토, 학생 검토 과정을 거치게 되며, 연구소 임원들의 내부 감수와 최종 검토과정을 거친 후 패키지 디자인을 통해 상품으로 출시되고 있다.



2) 청구법인 연구소의 소속 임직원들은 업무분장에 따라 아래와 같이 각 단계별 업무를 수행하고 있다.



＜표2＞ 청구법인의 업무프로세스별 담당자



(라) 청구법인의 일부 업무 단계는 연구개발의 정의에 부합하지 않는다.



3) 쟁점연구소 소속의 임직원들이 수행한 업무가 연구비 세액공제 대상에 해당하는지 여부를 판단하기 위해서는 각 단계별 업무가 OOO의 연구개발 정의에 부합하는지 그리고 쟁점 임직원들이 수행한 업무가 어떠한 업무인지를 판단할 필요가 있다.



쟁점연구소의 각 업무프로세스가 연구개발의 정의에 부합하는지 여부를 검토하면 아래와 같다.



가) 조사 업무는 새로운 문항을 출제하기 위하여 기존에 출제된 모의고사 문항들을 종합적으로 검토하여 출제경향을 파악하는 것이다. OOO에서는 기업이 연구개발 활동의 결과로 이미 업계에 알려진 지식을 습득하게 된다면 ‘신규성’이 없지만, 연구활동으로 새로운 결과물을 낳으면 ‘신규성’이 있는 것으로 보아 연구개발로 분류되는 것으로 보고 있다.



나) 기획 업무는 출제될 새로운 문항들에 대해 출제 기준을 세우고 평가기준을 결정하는 업무이다. 판례(서울행정법원 2017.7.13. 선고 2016구합56905 판결)에서는 실질적으로 연구의 내용을 관리ㆍ 감독한 것이 아닌 연구원들로부터 연구주제 및 방향, 진행상황 등을 보고받고 관리하는 것은 ‘연구개발’이 아닌 ‘일반적인 관리 및 지원활동’에 해당되는 것으로 판시하였다.



다) 출제 업무는 새로운 지문을 구성하고 지문과 관련된 문항을 출제하는 것이다. OOO에서는 전문성을 갖춘 연구원들이 새로운 개념이나 아이디어를 창출하는 활동을 ‘창의성’이 있는 것으로 보아 연구개발로 분류하고 있다. 청구법인의 내부직원이 내부출제된 지문과 문항을 검토하는 경우 신규성을 가진 출제업무가 계속되는 것이므로 연구개발의 정의에 부합하는 것으로 볼 수 있으나, 외부출제된 지문과 문항을 내부직원이 검토만 수행하는 경우 외주인력에 의해 창출된 지문과 문항이 편집ㆍ수정되는 것에 불과하여 내부직원에 의하여 새로운 지식이 창출되는 것으로 볼 수 없다.



라) 합동검토 및 출제진 수정 업무는 구성된 지문과 출제된 문항이 적합한지 여부를 검토하고 이를 수정하는 것이다. OOO에서는 연구개발이 계획된 방법대로 수행되고, 진행된 프로세스와 결과물이 기록되는 경우 ‘체계성’이 있는 것으로 보아 연구개발로 분류하고 있으나, 결과물에 대하여 피드백만 수행하는 것은 연구개발 적합도가 낮은 것으로 보고 있다. 청구법인의 검토 및 수정업무는 내부 출제에 의한 것과 외부 출제에 의한 것으로 구분되며, 내부 인력이 구성한 지문과 출제한 문항을 피드백하거나 수정하는 업무는 결과물을 기록하기 위한 과정이므로 연구개발에 해당하는 것으로 볼 수 있으나, 외부 인력이 구성한 지문과 출제한 문항을 내부 인력이 검토하여 피드백하는 업무만 수행하는 경우 연구ㆍ 개발에 해당하는 것으로 볼 수 없다.



마) 점독ㆍ감수ㆍ최종검토 업무 문항개발 단계에서 구성된 지문과 출제된 문항을 최종적으로 검토하고, 난이도ㆍ완성도 등을 고려하여 어느 회차로 내보낼 것인지를 결정하는 것이다. 이미 개발된 지문과 문항을 최종 검토ㆍ수정하는 업무로 새로운 지식이 창출되는 것으로 볼 수 없고, 최종생산물인 모의고사를 구성하는 상업화과정으로 ‘생산 이전 단계의 개발’에 해당하므로 연구개발의 정의에 부합하는 것으로 볼 수 없다.



바) 디자인 업무는 지문과 문항들을 각 페이지에 배치하여 상품을 완성하고 패키지 디자인을 통해 상품을 출시하는 것이다. 조세심판례에서는 결과물을 각 페이지에 배치하는 활동이나 간행물 등의 제작활동은 ‘고유한 디자인의 개발’에 해당하지 아니한 것으로 보아 연구개발에 해당하지 않는 것으로 보고 있다(조심 2016서2469, 2016.11.10. 참조).



(마) 연구개발의 정의에 부합하지 않는 업무를 수행한 임직원들은 연구개발 전담요원으로 볼 수 없으며, 이들에 대한 인건비는 연구개발비 세액공제 대상에서 제외되어야 한다.



4) c 연구소장은 업무 및 비중이 ‘점독’ 및 ‘최종검토’ 80%, 연구소 직원의 ‘인사평가’ 20%로 진술하였으며, 연구개발보고서상으로는 ‘기획’ 업무를 수행하는 것으로 확인된다. 연구소장의 주요업무인 ‘점독’ 및 ‘최종검토’는 연구개발활동으로 보기 어렵고, 부수적으로 수행하는 ‘기획’이나 ‘인사평가’는 ‘일반적인 관리 및 지원활동’에 해당하는 것으로 볼 수 있다.


5) d 부소장은 ‘점독’ 70%, ‘감수’ 30%로 진술하였으며, e 부소장은 ‘점독’ 50%, ‘출제’ 25%, ‘감수’ 25%로 진술하였다. 연구개발보고서상 ‘점독’ 및 ‘감수’ 업무는 문항개발 단계 결과물의 완성도를 높이고 이를 모의고사로 구성하는 과정으로 ‘불확실성 요건’이 결여된 활동이므로 연구개발활동으로 보기 어렵다.



6) f 실장은 ‘검토’ 80%, ‘점독ㆍ감수’ 20%로 진술하였으나, 분기보고서에 따르면 ‘강사 및 학원 협업 업무지원’ 및 ‘Q＆A 작성 및 신규 연구원 충원’을 20% 수행하고 있는 것으로 확인되며, 연구개발보고서에서도 담당업무가 ‘독서/보조업무 총괄’인 것으로 확인된다. f 실장은 연구개발활동 업무 외에도 ‘일반행정업무’를 상당 부분 병행하고 있는 것으로 볼 수 있다.


7) g 실장은 ‘검토’ 60%, ‘최종검토’ 30%, ‘기타행정’ 10%로 진술하였고, h 실장은 ‘검토’ 70%, ‘최종검토’ 30%로 진술하였으나, 분기보고서에 따르면 g 실장은 ‘프리랜서 선생님 관리’를 15% 정도 수행하고 있는 것으로 확인되며, h 실장 역시 이와 유사한 ‘외부 출제 및 수정비율 관리’ 업무를 포함한 ‘점독’ 업무를 15% 정도 수행하고 있는 것으로 확인되었다. g 실장과 h 실장의 업무는 연구개발활동 업무 외에도 ‘외부 출제위원 관리업무’를 상당 부분 병행하고 있는 것으로 볼 수 있다.


8) e 부소장의 진술 내용에 따르면 a 디자이너는 원고를 편집하거나 이미지를 제작하는 등의 역할을 수행하고 있고, 고유 디자인 개발이 아니라 사진과 문구 등의 각 페이지 배치 등을 주 작업으로 하는 것은 일반적인 편집 업무에 해당하는바, 디자인 개발이나 연구개발 보조업무를 수행하는 것으로 보기 어렵다.



(바) 쟁점임직원들은 연구 외 업무를 병행하고 있다.



9) 전문성을 요구하는 관리업무는 연구소 직원이 직접 수행하고 있다.



청구법인은 지원업무를 담당하는 부서가 별도로 존재하고 있으므로 연구소 소속 임직원들은 오직 연구업무만 수행한다고 주장하나, 청구법인의 최종 결과물에 대한 대응 업무는 고도의 전문성을 요구하는바, 최종 결과물에 대한 Q＆A 응답 업무 및 고객사(학원) 대응 업무를 일반 지원부서에서 수행하는 것은 사실상 불가능한 것으로 볼 수 있다.



분기보고서에 따르면 Q＆A 응답 업무가 f 실장의 업무로 되어있고, OOO 큐레이션 목록 작성 업무가 g 실장의 업무로 되어있는바, 지원 업무 모두를 타 부서에서 수행한다는 청구법인의 주장은 신빙성이 부족하다.



10) 연구소 임원들의 주된 업무는 모의고사 품질관리이며 연구소장은 일반관리 업무를 병행하고 있다.



청구법인은 쟁점연구소 임원들이 대부분 연구개발에 직접 관여하고 있고, 연구소장의 관리업무는 부수적인 것에 불과하다고 주장하나, 쟁점임원들의 주된 업무인 점독ㆍ감수ㆍ최종검토는 완성된 지문과 문항의 완성도를 높이고 이를 적정하게 모의고사로 구성하는 것으로 연구개발보다는 품질관리의 영역에 가깝다.



또한 연구소장은 연구소 직원들의 선발과 평가에도 상당 부분 관여하고 있으므로 일반관리업무를 병행하고 있는 것으로 볼 수 있다.


11) 쟁점연구소 실장들의 업무는 외주용역자에 대한 관리업무를 포함하고 있고, 일반관리업무를 병행하고 있다.



청구법인은 쟁점연구소 실장들이 대부분 연구개발업무를 수행하고 있고, 기타 업무는 부수적인 것에 불과하다고 주장하나, 청구법인의 출제업무는 외부 출제를 상당 부분 포함하고 있으며, 실장들의 업무에는 외부 출제를 담당하는 인력에 대한 관리업무가 높은 비중으로 포함된 것으로 확인되므로 쟁점연구소의 실장들을 연구개발 전담인력으로 볼 수 없다.



특히 f 실장의 경우 보조업무 총괄로 일반행정 업무를 상당 부분 수행하고 있는 사실이 확인되고, g 실장의 경우 OOO 큐레이션 목록작성 업무, h 실장의 경우 모의고사 편집ㆍ인쇄ㆍ검토ㆍ일정 관리 등 기타 업무를 수행하고 있는 사실이 확인되므로 쟁점연구소의 실장들은 연구 업무 이외에도 부수적 행정 업무를 병행하고 있는 것으로 볼 수 있다.



12) 쟁점연구소 디자이너의 업무는 일반 편집 업무에 해당하며 이를 디자인 개발이나 연구개발 보조 업무로 볼 수 없다.



청구법인은 디자이너의 급여가 협회의 안내에 따라 연구원으로 등록되었음을 이유로 연구비 세액공제 대상임을 주장하나, 쟁점연구소 디자이너의 업무는 일반 편집 업무에 해당하고, 협회에 연구원으로 등록되었다는 사실만으로 연구 업무를 수행하지 않는 해당 디자이너를 연구개발 보조 인력으로 볼 수 없다.



또한 조세심판례에서는 일반 편집 업무를 디자인 개발과 구분하여 연구비 세액공제 대상에 해당하지 않는 것으로 판단(조심 2016서2469, 2016.11.10. 참조)하고 있으므로 쟁점연구소의 디자이너가 수행하는 편집 업무는 디자인 개발과는 구분되어야 할 것이다.



(1) 현직교사에게 지급한 용역비용은 사회질서에 위반한 비용에 해당하여 손금에 해당하지 않는다.



(사) 사회질서에 위반하여 지출된 비용은 손금의 요건 중 통상성을 만족하지 않으며, 수익에 관련된 비용에도 해당하지 않는다.



13) 「법인세법」 제19조 제1항은 ‘손금’을  "자본 또는 출자의 환급, 잉여금 처분 및 「법인세법」에서 손금불산입하도록 정한 것을 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용의 금액”이라 정의하고, 제2항에서  "그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것을 손금으로서 공제한다”고 규정하고 있다.



따라서 손금으로 공제되기 위해서는 그 비용이 순자산을 감소시키는 거래로 인한 것이어야 하고, 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 것으로 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것이어야 한다.



14) 최근 대법원은 ‘일반적으로 용인되는 통상적인 비용’이란 납세자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 판단해야 하는데, 특별한 사정이 없는 한, 사회질서에 위반하여 지출된 비용은 여기에서 제외되며, 수익과 관련된 비용에 해당하지 않는다고 판단하였는바(대법원 2017.10.26. 선고 2017두51310 판결 등 참조), 사회질서에 위반하여 지출된 비용은 일반적으로 용인되는 통상적인 비용이 아니며, 수익과 관련된 비용에 해당하지 않는다.



또한 의약품 도매업을 하는 법인이 약국 등 소매상에게 의약품 매출실적에 따라 리베이트를 지급한 사건에서 대법원은 의약품 도매상이 약국 등 개설자에게 의약품 판매촉진의 목적으로 이른바 ‘리베이트’라고 불리는 금전을 지급하는 것은 「약사법」 등 관계 법령이 이를 명시적으로 금지하고 있지 않더라도 사회질서에 위반하여 지출된 것에 해당하여 그 비용은 손금산입할 수 없다고 보아야 할 것이라며(대법원 2015.1.15. 선고 2012두7608 판결 참조), 사회질서에 위반하여 지출된 비용의 판단기준을 마련하였다.



(아) 아래의 제반사정을 종합적으로 고려하면, 쟁점비용은 사회질서에 위반하여 지출된 비용에 해당한다.



15) 쟁점비용을 손금으로 인정하는 경우 야기되는 부작용이 심각하다.



사) (공교육에 대한 신뢰도 훼손 및 사교육의 의존도 심화) 청구법인과 같은 교육컨텐츠 공급업체가 사교육 시장의 활성화를 위해 잠재적 수능 ㆍ 모의고사 출제위원인 현직교사들로부터 이들이 공적으로 취득한 정보와 경험이 적용된 문항을 구입하며 사교육 시장으로 끌어들인 사실만으로도 일반 국민들이 기대하는 공교육에 대한 사회적 신뢰를 심각하게 훼손시키고 있고, 반복하여 문항을 출제하여 사교육 영역에 제공하는 것은 공교육에 복무하는 교사 본연의 직무 능률 저하는 물론 사교육 시장의 경쟁력을 강화함으로써 정부 정책에 반하여 사교육 의존도를 심화시키는 부작용을 초래하였다.



위와 같은 부작용으로 인한 피해는 고스란히 학생들의 교육권 침해로 이어진다.



아) (경제적ㆍ사회적 비용 발생) 청구법인과 같은 교육컨텐츠 공급업체가 현직 교원과 결탁하여 경제적 이익을 주고받는 소위 ‘사교육 카르텔’은 수험생들이 사교육 시장에 참여할 수밖에 없게끔 하여 직접적인 경제적 비용을 발생시킬 뿐만 아니라, 사교육에서 소외되는 계층과의 갈등을 유발하여 사회적 비용이 발생한다.



따라서, 쟁점비용을 청구법인의 손금으로 인정하게 되면 청구법인 등 사교육 업체가 조장한 공교육 질서 교란 행위를 국가가 적극적으로 조장하는 결과를 초래한다.



자) 공교육의 가치는 대한민국 사회를 지탱해 가는 커다란 축으로서 어떠한 사회현상보다 국민의 관심이 집중되는 영역이라 할 것인데, 청구법인 등 교육컨텐츠 공급업체가 현직교사와 유착한 사실이 언론 등에 보도되면서 공교육의 신뢰가 저하되고 이미 사회적인 공분이 일고 있다.



잠재적 수능 출제 위원이자 공교육의 핵심축을 담당하는 현직교사로부터 사교육 시장의 경쟁력 강화를 위해 문항을 제공받고 대가를 지급하는 행위는 공교육에 대한 신뢰뿐만 아니라 국가에 대한 국민의 신뢰까지 훼손시키므로 의약품 리베이트나 담합사례금과 비교하여 결코 그 부작용 및 사회ㆍ 경제적 영향이 작다고 할 수 없다.



16) 공정한 거래를 교란하는 영향을 미치고 있다.



차) 청구법인 등 교육컨텐츠 공급업체에 문항을 제공한 현직교사가 수능 출제위원이 되거나 학원에 제공한 문항과 유사한 문항이 학교시험에 출제되는 경우 수능이나 학교시험 업무의 공정성에 시비가 발생할 우려가 크다.



특히, 수능 문항이 출제되는 과정을 알 수 있고 수능과 유사한 문항을 만들면 수능 적중률을 높일 수 있기 때문에 사교육 업체들은 수능 출제 경험이 있는 교사에게 눈독을 들이고 있고, 이해관계가 맞는 일부 교사들은 수능 출제 경력을 자신들의 몸값을 높이는 용도로 사용하고 있다.



유명 학원강사가 수능 출제 교사에게 예상문항을 사들여 물의를 빚는 일이 언론에 보도되는 등 실제 부정한 행위가 공공연히 이루어지고 있는바, 사교육 시장에서 공정한 거래를 교란하는 영향을 주고 있다.



카) 또한, 대다수 중ㆍ소규모 교육컨텐츠 공급업체들은 현직교사들로부터 용역을 제공받고 대가를 지급하는 등의 유착행위가 없으나, 청구법인은 제공받은 문항을 무기로 독과점시장을 형성하여, 사교육 시장 내에서도 매출이 집중되고 수익이 급증하는 등 불공정 시장을 조성하였다.



＜표3＞ 청구법인의 매출내역

(명, 백만원)



17) 사교육업체가 현직교사들로부터 문항 출제 등의 용역을 제공받는 것에 대한 사회적 비난 가능성이 매우 크다.



타) 교육부는 현직교사가 사설학원이나 강사에게 문항을 파는 것은 학생을 사교육으로 내몰고 공교육에 대한 신뢰를 심각하게 훼손하는 행위로 엄단할 필요가 있다고 하였고(2023.7.25.자 교육부 보도자료 참조), 감사원도 고도의 공적 책무성이 요구되는 현직 교원 등이 학원과 같은 사교육 업체와 결탁하여 경제적 이익을 주고받는 소위 ‘사교육 카르텔’ 현상은 수능ㆍ내신 등 공교육 체계의 공정성과 신뢰성을 심각하게 훼손시킬뿐 아니라 정부 정책에 반하여 사교육 의존도를 심화시키는 부작용을 초래하므로 관련 법령에 따라 엄중 조치가 필요하다고 하였다(2023.8.28.자 감사원 보도자료 참조).



파) 한편, 현직교사 약 300명이 사교육 업체에 수능 킬러 문항을 만들어 판매하는 등 영리행위를 했다고 교육부에 신고하였고, 5년간 OOO원 이상 받은 경우가 총 45명이었으며, OOO원 가까이 번 경우도 있다는 내용이 언론보도를 통해 확인되었는바, 사교육업체가 조성한 문항 시장에 유상의 대가를 전제로 현직교사들을 참여시키는 것은 위와 같은 부작용을 초래할 뿐만 아니라, 일반인의 상식 내지는 법감정상 허용될 수 있는 범위를 벗어나므로 사회적 비난 가능성이 매우 크다.



하) 특히, 청구법인 등 교육컨텐츠 공급업체가 공교육에 종사하는 교사들이 공적으로 취득한 정보와 경험이 반영된 문항을 구매하여 사교육 번성에 활용하였다는 비난을 피할 수 없고, 의약품 리베이트의 경우 기업 간 거래임에도 불구하고 사회적 비난 등을 문제로 사회질서를 위반했다고 판단한 바 있으며, 의약품 리베이트를 규제하기 위해 「의료법 시행규칙」에 허용되는 경제적 이익 등의 범위를 소액으로 설정하고 있는 반면, 현직교사들이 사교육업체로부터 받은 대가가 수백에서 수천만원에 이르는 점을 고려하면,



공무원과의 직접거래가 있고 대가의 규모가 더 큰 당해 사안은 보다 높은 수준의 사회적 비난이 있을 것으로 보인다.



18) 현직교사가 사교육업체에 문항 출제 등의 용역을 제공하고 대가를 지급받은 행위는 「국가공무원법」 등 현행 법령상 금지규정을 위반한 것이다.



현직교사가 고액의 대가를 받고 교육 컨텐츠 공급업체에 문항 출제 용역을 제공하는 것은 현행 법령에 위배되며, 청구법인은 현직교사들에게 금전적 대가를 수단으로 문항 제공 등을 적극적으로 유인하였는바, 현직교사와 위법행위를 공모한 것과 같다.



교육부 등에서도 현직교사가 사교육업체에 문항을 판매ㆍ검토한 사실이 확인될 시 엄정하게 처벌할 것을 예고하고 있고, 재발 방지책을 검토 중이므로 엄격한 규제의 필요성이 인정된다.





2. 심리 및 판단



나. 쟁점



① 이월공제세액의 증액을 구하는 심판청구가 적법한지



② 쟁점인건비가 연구ㆍ 인력개발비 세액공제 대상인지 여부



③ 쟁점비용이 사회질서 위반 비용인지 여부



가. 관련 법령 등 : ＜별지2＞ 기재



나. 사실관계 및 판단



(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 내용이 나타난다.



(가) 협회장이 발급한 기업부설연구소 인정서에 따르면, 쟁점연구소는 기초연구법 제14조의2 제1항 및 같은 법 시행령 제27조 제1항에 따라 2014.12.19. 기업부설연구소로 인정되었다.



(나) 쟁점연구소가 기초연구법 시행규칙 제3조에 따라 협회에 제출한 2024.9.10.자 연구개발인력 현황은 아래 ＜표4＞와 같고, ＜표4＞의 인원 중 처분청이 세액공제 대상에서 제외한 쟁점임직원들의 명단은 아래 ＜표5＞와 같다.



＜표4＞ 쟁점연구소 연구개발 인력현황



＜표5＞ 쟁점임직원들의 명단



(다) 조사청의 세무조사 시 확인된 내용은 아래와 같다.



1) 세무조사 시 작성된 쟁점연구소 임직원들의 업무와 관련한 진술서 주요내용은 아래와 같다.



2) 조사청은 쟁점연구소의 업무을 단계별로 구분한 후, 아래 ＜표6＞과 같이 일부 업무단계가 연구개발에 해당하지 않는다고 보았다.



＜표6＞ 조사청의 업무과정별 연구개발 여부 구분 내역



3) 청구법인은 ＜별지1＞과 같이 현직교사에게 모의고사 문항 출제 등을 의뢰하고 지급한 대가 현황을 제출하였고, 처분청은 이 중 쟁점비용(OOO 교재 관련 대가를 제외한 금액)을 사회질서에 반하는 비용으로 보아 손금에서 부인하였다.



(라) 청구법인은 일반 관리ㆍ 지원 업무는 별도의 부서에서 담당한다고 주장하며 ＜별지3＞의 조직도를 제출하였다.



(가) 2025.2.17.자 감사원 보도자료에 따르면, 감사원은 ‘교원 등의 사교육시장 참여 관련 복무실태 점검’ 감사 결과, 최근 5년간(2018∼2022년) 사교육업체로부터 고액(OOO원 이상)을 수취한 교원의 문항 거래 행위를 중점 점검하여 교원 249명이 사교육업체에 문항을 제작ㆍ 판매함으로써 총 OOO원의 수취하는 등 재산상 이득을 취한 사실을 확인하고, 이에 비위 정도가 중하다고 판단되는 교원 29명의 경우 징계요구 등을 하고, 나머지 220명에 대해서는 교육부에 적정 조치토록 통보한 것으로 나타난다.



(1) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 「국세기본법」 제55조 제1항에서 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다고 규정하고 있는바,



청구법인의 쟁점인건비를 연구ㆍ 인력개발비 세액공제 대상에 포함하여야 한다는 취지로 세액공제 대상 금액의 증액을 구하는 이 사건 심판청구를 하였으나, 2018～2022사업연도 청구법인의 산출세액은 전액 공제되어 이 사건 처분에 따라 변동된 과세표준 및 세액이 없어 쟁점인건비를 연구ㆍ 인력개발비 세액공제 대상에서 제외한 경정은 결국 이월세액공제액만을 감액한 것이고, 이에 대한 심판청구 역시 과세표준 또는 세액의 감액이 아닌 이월세액공제액의 증액만을 구하는 심판청구라 할 것인데, 이월세액공제액 자체만을 감액하는 경정행위는 납부할 세액을 증가시키거나 환급세액을 감소시키는 처분이 아니므로 납세자의 권리ㆍ 의무에 직접적인 영향을 미치는 행정행위로 보기 어려운 점, 차후 사업연도에서 공제한도 미달액이 발생한 사업연도에 그 이월된 금액을 세액공제액에 포함하여 그 공제 후의 세액으로 법인세를 신고ㆍ 납부하거나 환급받을 수 있는 점, 처분청이 이를 부인하는 경정 등을 하는 경우 그 경정 등에 대하여 불복을 통해 다툴 수 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점인건비를 연구ㆍ 인력개발비 세액공제 대상에서 제외하여 이월세액공제액만을 감액경정한 것에 대한 심판청구는 부적법하다고 판단된다(조심 2024중4748, 2024.12.23., 참조).



(2) 쟁점②는 쟁점①이 각하되어 심리의 실익이 없으므로 이를 생략한다.



(3) 다음으로, 쟁점③에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점비용은 반사회질서 비용으로 손금불산입 대상에 해당한다는 의견이나,



「법인세법」 제19조 제2항은  "손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다”고 규정하고 있고, 여기에서 말하는 ‘일반적으로 용인되는 통상적인 것’이란 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 사업자도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 말하며, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 고려하여 객관적으로 판단하여야 할 것인데, 특별한 사정이 없는 한 사회질서에 위반하여 지출된 비용은 여기에서 제외되고, 수익과 직접 관련된 비용에 해당한다고 볼 수 없는바(대법원 2017.10.26. 선고 2017두51310 판결, 같은 뜻임),



쟁점비용은 성매매 대가, 의약업계 리베이트 등 사회질서에 반하는 행위로 지출된 비용임이 비교적 명확한 경우와 달리, 학원생들에게 학교 수업에서 부족한 부분에 대한 심층적인 강의를 제공하고 내신 및 모의고사, 수능 등에 대한 대비를 할 수 있도록 하는데 지출된 비용인바, 학원생의 성적 향상을 지원해야 할 청구법인이 현직 교사와 용역 계약을 체결하여 대가를 지급하고 수준 있는 시험 문항을 제공받았다는 사실만으로 국민들의 공교육에 대한 신뢰가 심하게 훼손되었다거나 교육의 공정성을 저해하였다고 단정하기는 어려워 쟁점비용 전체를 사회질서에 심히 반하는 비용에 해당하는 것으로 볼 수는 없다고 판단된다.



다만, 우리나라에서 대학입시 문제는 단순히 대학입학의 의미를 넘어 학생들과 학부모뿐만 아니라 전국민들에게 매우 민감하게 받아들여지는 사회적 주제라 할 수 있는데, 이러한 환경에서 교육의 공정성과 기회의 균등 문제는 매우 중요하다 할 것이다. 현직 교사가 청구법인에 용역을 제공하는 과정에서 수능 ㆍ 모의평가 등의 출제위원으로 참여하였거나, 학교 시험에 위 용역에서 제공된 문항을 출제하는 등 그 비위의 정도가 중대하다고 판단되어 중징계 등을 받은 사실이 있다면, 청구법인에게도 이에 대한 비난가능성이 적지 않다고 보이는바, 쟁점비용 중에 그에 해당하는 부분은 사회질서에 심히 반하는 비용으로서 손금성이 부인된다고 보는 것이 타당해 보이므로, 현직 교사들의 위 용역 수행에 대해 지급된 금액과 관련하여 당해 용역에 관한 징계나 수사결과 등에 기초한 그 비위의 정도 등의 확인을 통해 위 지급 금액의 손비 해당 여부를 재조사하여 그에 따라 이 건 처분을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다(조심 2024서1844, 2025.7.21., 같은 뜻임).





1. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나, 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제1호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞ 현직교사 외주업무 현황(2018∼2022년, 청구법인 제출)



＜별지2＞ 관련 법령 등



(1) 국세기본법



제55조(불복) ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. (단서 및 각 호 생략)



(1) 조세특례제한법(2022.12.31. 법률 제19199호로 개정되기 전의 것)



제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

11. " 연구개발" 이란 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하며, 대통령령으로 정하는 활동을 제외한다.



제10조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인의 연구개발 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 " 연구ㆍ인력개발비" 라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2024년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용하며, 제1호 및 제2호를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 납세의무자의 선택에 따라 그 중 하나만을 적용한다.

3.제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 " 일반연구ㆍ인력개발비" 라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

가.해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 25(중견기업의 경우에는 100분의 40, 중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

나.해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1)중소기업인 경우: 100분의 25

2)중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율

가)최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15

나)가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10

3)중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8

4)1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 2를 한도로 한다)

　 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑤ 제1항을 적용할 때 새로운 서비스 및 서비스전달체계를 개발하기 위한 활동을 위하여 발생한 비용 중 과학기술분야와 결합되어 있지 아니한 금액에 대해서는 자체 연구개발을 위하여 발생한 것에 한정한다.

⑥ 자체 연구개발을 위한 연구개발비가 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의3 제1항 각 호에 해당하는 사유 등 대통령령으로 정하는 사유로 인하여 연구개발비에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 대통령령으로 정하는 날 이후 발생하는 비용에 대하여 제1항에 따른 세액공제를 적용하지 아니한다.



(2) 조세특례제한법 시행령(2023.2.28. 대통령령 제33264호로 개정되기 전의 것)



제1조의2(정의) 「조세특례제한법」(이하 " 법" 이라 한다) 제2조 제1항 제11호에서 " 대통령령으로 정하는 활동" 이란 다음 각 호의 활동을 말한다.

1. 일반적인 관리 및 지원활동



제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) ① 법 제10조 제1항 각 호 외의 부분 전단에서 " 대통령령으로 정하는 비용" 이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. (단서 및 각 호 생략)

⑬ 법 제10조 제1항을 적용받으려는 내국인은 연구개발계획서, 연구개발보고서 및 연구노트 등 증거서류를 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 작성ㆍ보관해야 한다.

18. 법 제10조 제6항에서 " 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의3 제1항 각 호에 해당하는 사유 등 대통령령으로 정하는 사유" 란 다음 각 호의 어느 하나의 해당하는 경우를 말한다.

1.「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정이 취소된 경우

2.「문화산업진흥 기본법」 제17조의3 제4항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서의 인정이 취소된 경우



■ 조세특례제한법 시행령 [별표 6] ＜개정 2022. 2. 17.＞



연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제9조제1항 관련)



1. 연구개발

가. 자체연구개발

1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하  "전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원(연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. 다만, 다음의 인건비를 제외한다.

가)「소득세법」 제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액

나)「소득세법」 제29조 및 「법인세법」 제33조에 따른 퇴직급여충당금

다)「법인세법 시행령」 제44조의2 제2항에 따른 퇴직연금등의 부담금 및 「소득세법 시행령」 제40조의2 제1항 제2호에 따른 퇴직연금계좌에 납부한 부담금



(2) 조세특례제한법 시행규칙



제7조(연구 및 인력개발비의 범위) ① 영 별표 6 제1호 가목 1) 가)부터 다)까지 외의 부분 본문에서  "기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하  "전담부서등”이라 한다)를 말하며, 영 별표 6 제1호 가목 1) 가)부터 다)까지 외의 부분 본문에 따른 연구개발서비스업이란 「연구산업진흥법」에 따른 전문연구사업자가 영위하는 같은 법 제2조 제1호 가목의 연구산업(이하 이 조에서  "연구개발서비스업”이라 한다)을 말한다.

1.「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2 제1항에 따라 과학기술정보통신부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

2.「문화산업진흥 기본법」 제17조의3 제1항에 따른 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서

3.「산업디자인진흥법」 제9조에 따른 산업디자인전문회사(이하 이 조에서  "산업디자인전문회사”라 한다)

③ 영 별표 6 제1호 가목 1) 가)부터 다)까지 외의 부분 본문에서  "기획재정부령으로 정하는 자”란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」에 따른 연구전담요원(산업디자인전문회사의 경우 연구업무에 종사하는 「산업디자인진흥법 시행규칙」 제9조 제1항 제1호에 따른 전문인력을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 및 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」에 따른 연구보조원과 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다. (단서 및 각 호 생략)



(3) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률



제14조의2(기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정 등) ① 과학기술정보통신부장관은 기업의 연구개발활동을 효율적으로 지원하고 관리하기 위하여 연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서를 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 인정할 수 있다.

④ 제1항부터 제3항까지에서 규정한 사항 외에 기업부설연구소등의 인정 및 변경신고 절차 등에 관하여 필요한 사항은 과학기술정보통신부령으로 정한다.



(4) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령



제2조(정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

5. "연구개발활동”이란 과학기술 분야 또는 서비스 분야(별표 1의 유흥 등 관련분야는 제외한다)의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정(工程)을 개발하기 위한 시험제품의 설계ㆍ제작 및 시험, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 등 사업화 전까지의 모든 과정을 말한다.

6. "연구시설”이란 연구개발활동을 위하여 배타적으로 사용하는 독립된 연구공간과 연구개발활동에 직접 사용하는 연구 기자재 및 부대시설을 말한다.

7. "연구전담요원”이란 연구개발활동과 관련된 연구업무를 하면서 다른 업무를 겸하지 아니하는 사람을 말한다.

8. "연구보조원”이란 연구전담요원의 지시에 따라 실험ㆍ검사 및 측정 등 연구보조업무를 하면서 다른 업무를 겸하지 아니하는 사람을 말한다.

9. "연구관리직원”이란 연구행정, 연구지원 사무 등 연구관리업무를 하면서 다른 업무를 겸하지 아니하는 사람을 말한다.



제16조의2(기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정기준) ③ 제1항 및 제2항에서 규정한 사항 외에 기업부설 연구기관 및 기업의 연구개발부서가 확보하여야 하는 연구전담요원의 자격기준은 과학기술정보통신부령으로 정한다.



(1) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙



제2조(기업부설연구소 등의 연구시설 및 연구전담요원에 대한 기준) ④ 제3항에도 불구하고 산업디자인 분야의 연구개발활동을 수행하는 기업부설연구기관등과 영 별표 1의 유흥 등 관련분야를 제외한 서비스 분야(이하  "인정대상 서비스 분야”라 한다)의 업종을 주 업종으로 하는 기업의 해당 업종과 관련한 연구개발활동을 수행하는 기업부설연구기관등의 연구전담요원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자격기준을 갖춘 사람으로 할 수 있다. 이 경우 제3호 및 제4호의 기준은 중소기업에만 적용하되, 중소기업이 설립한 기업부설연구기관등에서 제3호 및 제4호의 자격 중 어느 하나에 해당하는 자격을 갖추고 연구전담요원으로 근무하던 사람이 영 제16조의2 제1항 제4호에 따른 중견기업이 된 후에도 계속하여 그 기업부설연구기관등의 연구전담요원으로 근무하는 경우에는 해당 기업이 영 제16조의2 제1항 제4호에 따른 중견기업에 해당할 때까지는 연구전담요원의 자격을 갖춘 것으로 본다.

1. 학사 이상 학위를 가진 사람



제3조(기업부설연구소의 신청 등) ① 법 제14조의2 제1항에 따른 기업부설연구소(이하  "기업부설연구소”라 한다)로 인정을 받으려는 기업은 별지 제1호서식의 기업부설연구소 신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 영 제27조 제1항에 따른 한국산업기술진흥협회(이하  "협회”라 한다)에 제출(정보통신망을 통한 제출을 포함한다)해야 한다.

1. 연구개발활동 개요서(별지 제2호서식)

2. 연구기자재 현황(별지 제3호서식)


(이하 각 호 생략)

③ 협회는 제1항에 따른 신청을 받아 기업부설연구소로 인정한 경우에는 별지 제5호서식의 기업부설연구소 인정서를 발급해야 한다.



(2) 법인세법



제14조(각 사업연도의 소득) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 뺀 금액으로 한다.



제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하  "손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.



제66조(결정 및 경정) ② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우



제70조(과세표준과 세액의 통지) 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제53조 또는 제66조에 따라 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 그 내국법인에 알려야 한다.



(3) 법인세법 시행령



제109조(과세표준과 세액의 통지) ① 납세지 관할세무서장이 법 제70조에 따라 과세표준과 그 세액을 통지하는 경우에는 납부고지서에 그 과세표준과 세액의 계산명세를 첨부하여 고지해야 하며, 각 사업연도의 과세표준이 되는 금액이 없거나 납부할 세액이 없는 경우에는 그 결정된 내용을 통지해야 한다. 이 경우 제103조 제1항 단서에 따라 과세표준이 결정된 것은 납세지 관할지방국세청장이 조사ㆍ결정하였다는 뜻을 덧붙여 적어야 한다.



(4) 국가공무원법



제64조(영리 업무 및 겸직 금지) ① 공무원은 공무 외에 영리를 목적으로 하는 업무에 종사하지 못하며 소속 기관장의 허가 없이 다른 직무를 겸할 수 없다.

② 제1항에 따른 영리를 목적으로 하는 업무의 한계는 대통령령등으로 정한다.



(5) 국가공무원 복무규정



제25조(영리 업무의 금지) 공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 업무에 종사함으로써 공무원의 직무 능률을 떨어뜨리거나, 공무에 대하여 부당한 영향을 끼치거나, 국가의 이익과 상반되는 이익을 취득하거나, 정부에 불명예스러운 영향을 끼칠 우려가 있는 경우에는 그 업무에 종사할 수 없다.

1.공무원이 상업, 공업, 금융업 또는 그 밖의 영리적인 업무를 스스로 경영하여 영리를 추구함이 뚜렷한 업무

2.공무원이 상업, 공업, 금융업 또는 그 밖에 영리를 목적으로 하는 사기업체(私企業體)의 이사ㆍ감사 업무를 집행하는 무한책임사원ㆍ지배인ㆍ발기인 또는 그 밖의 임원이 되는 것

3.공무원 본인의 직무와 관련 있는 타인의 기업에 대한 투자

4.그 밖에 계속적으로 재산상 이득을 목적으로 하는 업무



제26조(겸직 허가) ① 공무원이 제25조의 영리 업무에 해당하지 아니하는 다른 직무를 겸하려는 경우에는 소속 기관의 장의 사전 허가를 받아야 한다.

② 제1항의 허가는 담당 직무 수행에 지장이 없는 경우에만 한다.

③ 제1항에서  "소속 기관의 장”이란 고위공무원단에 속하는 공무원 이상의 공무원에 대해서는 임용제청권자, 3급 이하 공무원 및 우정직공무원에 대해서는 임용권자를 말한다.

＜별지3＞ 청구법인 조직도(청구법인 제출)