마포세무서장이 2024.6.26. 청구법인에게 한 2023년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 2023.9.30. 작성된 공급가액 OOO원의 매입세금계산서를 정상적인 세금계산서로 보아 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

1.처분개요



가.청구법인은 2015년 6월 개업하여 교구ㆍ교재 도소매업와 AI코딩 및 컨텐츠 개발 등 교육서비스업을 영위하고 있고, 유한회사 a(이하  "a”라 한다)는 2022년 3월 개업하여 교육서비스업을 영위하고 있으며, 주식회사 b(이하  "b”이라 한다)은 2021년 12월 개업하여 교육서비스업을 영위하고 있는 각 법인 사업자이다.



나.청구법인은 a로부터 2023.9.11. 공급가액 OOO원의 교구 및 교재를 매입(이하  "매입거래①”이라 한다)하고, 2023.9.30. 공급가액 OOO원의 로봇 등을 매입(이하  "매입거래②”라 하고 매입거래①과 합쳐  "쟁점매입거래들”라 한다)한 후 각 거래에 따라 매입세금계산서 2매를 수취하였고, b에게 2023.9.11. 공급가액 OOO원의 교구 및 교재를 매출(이하  "매출거래①이라 한다)하고, 2023.9.30. 공급가액 OOO원의 교구 및 교재를 매출(이하  "매출거래②”라 하고 매출거래①과 합쳐  "쟁점매출거래들”라 한다)한 후 각 거래에 따라 매출세금계산서 2매를 발행하였다.



다.서울지방국세청장(이하  "조사청”이라 한다)은 2024.3.21.부터 2024.6.9.까지 청구법인에 대해 부가가치세 세목별 조사를 실시하여, 매입거래① 및 매입거래②에 따른 매입세금계산서 2매에 기재된 공급가액 합계액 OOO원 중 OOO원은 과다기재된 것으로 보고, 매출거래① 및 매출거래②에 따른 매출세금계산서 2매는 가공 세금계산서로 보아 처분청에게 과세자료를 통보하였다.



라.처분청은 과다기재된 매입세금계산서상 세액 OOO원을 매입세액 공제대상에서 제외하고, 실제 재화의 공급 없이 발행된 매출세금계산서상 세액 OOO원을 매출세액에서 제외하여 2023년 제2기분 부가가치세 OOO원을 감액 경정하고, 가공세금계산서 발급에 따른 가산세(공급가액의 3%) OOO원 및 공급가액이 실제보다 과다하게 기재된 세금계산서 수취에 따른 가산세(과다기재된 공급가액의 2%) OOO원 등 가산세 합계 OOO원을 포함하여 2024.6.26. 청구법인에게 2023년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.



마.청구법인은 이에 불복하여 2024.9.23. 심판청구를 제기하였다.





2.청구법인 주장 및 처분청 의견



가.청구법인 주장



(1) 처분청은 쟁점매입거래들에 대해 거래명세서가 부정확하며, 그 총 대가 OOO원도 a가 현금 대신 청구법인의 b에 대한 매출채권으로 받아 a의 b에 대한 매입채무와 상계하여 변제하였다는 이유로 쟁점매입거래들을 청구법인, a 및 b간 순환거래로 판단하였다.



또한 쟁점매출거래들에 대해 청구법인이 b에게 공급한 재화의 거래명세서가 부정확하고 그 총대가 OOO원도 현금 대신 b의 a에 대한 매출채권으로 받아 청구법인의 a에 대한 매입채무 OOO원 상계하여 변제 처리하고 나머지만 정산하였다는 이유로 쟁점매출거래들을 청구법인, a 및 b간 순환거래일뿐 재화의 공급이 없는 거래로 판단하였다.



더 나아가 처분청은 현지 방문조사를 통해 재화가 실물재고로 존재함을 확인하였으나, 쟁점매입거래들 및 쟁점매출거래들에 관한 세금계산서가 동일 IP를 가진 컴퓨터에서 발행되었고 특히 매입거래②는 일정 수준 이상의 마진으로 행한 거래이므로 정상거래가 아니라고 판단 하였다.



(2) 그러나, 매입거래②에 대해 살펴보면, a는 직접비용 OOO원(NANO로봇 15개×약 OOO원 개 + AI로봇 81개×약 OOO원 개)에 해외에서 수입하여 청구법인에게 OOO원(NANO로봇 15개×OOO원 개 + AI로봇 81개×OOO원 개)에 판매하여 NANO로봇은 개당 OOO원, AI로봇은 개당 OOO원이라는 과도한 이익을 남긴 것으로 보이나, 이를 매입한 청구법인은 AI로봇을 제3자에게 개당 약 OOO원에 판매함으로써 청구법인도 개당 약OOO원이라는 이익을 남겼으므로 정상적인 거래라 할 수 있다.



오히려 처분청이 주장하는 방식대로 a가 청구법인에게 마진 없이 수입원가 그대로 판매하였다면 a는 이익이 전혀 없고 청구법인은 개당 약 OOO원(=OOO원-OOO원)의 막대한 이익을 독식하는 비상식적 거래가 되므로, 매입거래②는 당사자 모두 적정 마진을 취하는 정상적인 거래에 해당한다.



(3) 매입거래①에 대해 살펴보면, 매입거래①은 유치원 교구 및 교재의 판매거래로, 처분청은 재화의 인도 여부가 불분명하며, 거래명세서 작성 또한 불완전하다는 의견이나, a는 코로나와 유아 인구의 급감으로 유아 관련 시장이 침체되어 초ㆍ중등 시장 대상 사업으로 전환을 추진하던 중 재고로 보유 중이던 유치원 교구 및 교재를 청구법인에게 반납하는 계약을 한 것이다.



그런데 a와 b은 개업한지 1∼2년에 불과한 신설법인이어서, 청구법인의 물류창고를 공동으로 사용하다 보니 거래 계약시 재화의 물리적 인도는 제한적이나, 법적 소유권의 양도는 이루어진 것이고 창고 내부 공간을 구분하여 재화의 소유자를 구별하고 있으므로 「부가가치세법」상 재화의 공급에 해당된다.



다만, 사업장이 영세하고 재무 담당자의 과중한 업무로 인해 실시간 재고 파악과 동시에 정확한 거래명세서를 작성하는 것은 쉽지 않아서 향후 차이가 발견되면 조정하는 방식으로 업무를 진행 하다보니 거래명세서가 부정확한 면이 있었던 것이나, 거래명세서가 불완전하다고 곧 재화의 공급이 없었다고 판단할 수는 없다.



평소에도 제3자로부터 납품 요청을 받으면 즉시 납품을 위해 서로 간에 재고를 대여ㆍ반환하는 일이 잦았고, 쟁점매출거래들 또한 사업의 재편 차원에서 청구법인이 b에게 초ㆍ중등 교재 및 교구를 공급한 것이고, 계약에 따라 정상적인 재화의 공급이 이루어 졌으며, 매입거래①과 마찬가지로 재화에 대한 소유권 양도가 이루어 졌으므로 단지 거래명세서의 부정확을 이유로 거래를 부인하는 것은 타당하지 않다.



(4) 쟁점매입거래들 및 쟁점매출거래들 등 모든 거래에 대한 세금계산서가 동일한 IP에서 발행된 것은 a와 b이 영세하여 관리 인력이 부족하다 보니 발생된 문제로, 법원은 동일한 IP주소를 사용한 것이 실물거래의 허위성을 증명할 증거가 되기에는 부족하다고 판시한바 있다(인천지방법원 2022.8.11. 선고 2021구합52345 판결).






(5) 이를 종합하면, 매입거래②는 a와 청구법인이 각각 적정 마진을 취한 정상적인 거래이며, 매입거래① 및 쟁점매출거래들도 처분청이 현지조사에서 재화가 실재 존재함을 확인하여 이에 대한 다툼이 없을 뿐 아니라 청구법인과 a, b은 사업재편 차원에서 계약에 따라 재화를 교환하고 각 공급시기에 맞춰 적정한 세금계산서를 발급ㆍ수수한 거래이다.



청구법인과 a 및 b은 해당 거래를 통해 부가가치세와 법인세 및 기타 어떠한 경제적 이익도 취하지 않았고, 재화의 교환거래를 재화의 대여ㆍ반환 거래로 착각하였음에도 「부가가치세법」을 준수하기 위해 세금계산서를 발급 및 수수한 것이다. 대여ㆍ반환 거래로 오해한 결과 a와 b은 2023년 법인세 신고시 손익계산서상 매출과 매출원가로 계상하지 않았다.



재화의 교환 거래이던 대여ㆍ반환 거래이던 재화의 공급이 발생하였음에도 세금계산서 발행 및 수수를 하지 않는다면 오히려 거래 질서를 해치는 「부가가치세법」 위반에 해당한다.



판례는 재화의 공급 없이 세금계산서를 발급하거나 발급받는 경우(이른바 자료상거래)에 해당하기 위해서는 실물거래 없이 가공의 세금계산서를 수수 하여야 하고 청구법인처럼 재화의 공급약정을 체결하는 등 실물거래가 있는 거래 경우에는 이에 해당하지 아니한다 하였다(대법원 2004.6.25. 선고 2004도655 판결).



또한 과세처분 취소를 구하는 소송 등에서 과세처분의 적법성 및 과세요건 사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에 있으므로  "실물거래 없는 세금계산서등”에 해당한다는 점에 관한 증명책임 역시 과세관청이 부담함이 원칙이고, 다만 납세의무자의 세금계산서등이 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 납세자가 주장하는 거래가 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 거래가 실제로 존재하였다는 점에 관하여 장부와 증빙등 자료를 제시하기 용이한 납세 의무자가 이를 증명할 필요가 있다는 판례(대법원 2006.4.14. 선고 2005두16406 판결)에 비추어 보더라도 과세관청은 상당한 정도의 증명책임을 다하지 아니 하였고, 그럼에도 청구법인은 거래의 필요성과 실물의 존재 및 거래명세서를 제시하여 거래의 사실성을 확인하였다.



설령 전체 거래 중 아주 미미한 결함이 있다고 하더라도 그 미미한 결함 부분만 치유하면 되지, 전체의 거래를 부인하고 청구법인을 조세포탈을 목적으로 하는 자료상처럼 보는 것은 납세자가 수용 가능한 범위를 넘어 경제적 파산을 초래할 정도여서 법익간 균형성 즉 과잉금지 원칙에도 벗어난 가혹한 처분이다.



나.처분청 의견



(1) 청구법인이 쟁점매입거래들에 따라 수취한 매입세금계산서들은 공급가액을 과다기재한 세금계산서 수취임이 명백하다.



a는 아래 ＜표1＞과 같이 2022년 제2기 및 2023년 제1기에 청구법인으로부터 과세 및 면세 품목인 교구 및 교재를 매입하여 재고로 계상하였는데 2023.9.11.의 매입거래①은 매출 급감 등의 이유로 다시 청구법인이 재매입하는 거래이다.



＜표1＞ a의 매입가액 및 재고품



매입거래②는 기존에 청구법인이 직접 중국으로부터 수입하던 교구(AI로봇)를 청구법인의 체납 발생으로 직접 수입이 불가능해지자 a를 통해 수입하면서 발생한 거래이다.



(나) 청구법인은 매입거래①과 같이 재매입 거래를 하면서 과ㆍ면세 구분 없이 면세 품목을 포함하여 과다 기재한 공급가액 세금계산서를 수취하였고, 이에 처분청은 과세 품목은 정상 수취로, 면세 품목에 대한 세금계산서는 과다 수취로 본 것이므로 처분청의 처분은 타당하다.



매입거래②의 경우, 수입신고필증 운송통관 수수료 청구서 등 자료를 근거로 실제 객관적으로 확인되는 a의 수입가격 OOO원은 정상 거래로 판단하였다. 그러나 OOO원의 재화를 청구법인이 OOO원에 매입한 것으로 하여 세금계산서를 수취하였고, 이에 대해 청구법인은 연구개발에 대한 수수료 내지는 매출 부진에 대한 대가로 주장하였으나, 600% 가까운 마진율을 붙이면서도 세금계산서상 구분 기재가 없고 금액 산정에 대한 근거나 계약서류도 없어 이를 정상거래로 보기 어렵다.



더욱이 2022년 신설법인이었던 a는 연구개발인력이나 시설 등도 없었고, 창고 및 회계처리 인력도 모두 청구법인이 제공하였다.



(2) 청구법인이 쟁점매출거래들에 따라 발행한 매출세금계산서들은 실제 재화의 공급 없이 발행한 가공세금계산서임이 명백하다.



청구법인은 b에게 쟁점매출거래들과 관련하여 2023.9.11., 2023.9.30. 각각 2건의 세금계산서 총 OOO원을 발행하였으나, 문답서 등 내용에 따르면 세금계산서 발행 당시 매출 품목에 대한 재고조차 확정되지 않은 상태였으며 거래명세서 역시 마포세무서장의 부가가치세 환급 현장확인 당시 사후 가공으로 작성된 것으로 확인되었다.



거래명세서가 사후 작성된 점, 매출에 대한 대가 수령이 없었다는 점, 창고의 재고품이 업체간 구분 ㆍ 관리되어 있지 않았다는 점, a에 대한 대가 발행이라고 하면서 거래 대상인 a에게 직접 발행하지 않고 순환거래하여 세금계산서를 b에게 발행했다는 점에서 쟁점매출거래들에 따라 발급한 매출세금계산서를 가공 세금계산서로 판단한 것은 타당하다.



＜문답서 발췌1＞



＜문답서 발췌2＞



세무조사 당시 조사청은 본사 지하 창고, 향동 지식산업센터 창고를 실지 방문하여 교구(AI포함), 교재 등 실물은 확인하였으나, 당시 창고 내부 공간을 구분하거나 재화의 소유자별 구분은 없었고 업체별 재고 파악도 어려웠다.



특히 a에 대한 매입 대가로 대물 상환을 위해 청구법인이 b에게 발행했다는 거래명세서(이는 세무서 현장확인시 사후작성 된 것으로 확인된 것임) 상 거래품목과 b이 a에게 발행한 거래명세서상 품목은 99.9% 일치하고 있어 대물 교재 및 교구가 부족하여 굳이 b을 끼워 넣는 방식으로 대물 상환했다는 청구법인의 주장은 타당성이 없다.



위와 같이 청구법인의 회계 담당자가 동일 컴퓨터에서 동일 날짜에 발행한 매입 ㆍ 매출 세금계산서 관련하여 면세분 등 매입에 대한 세금계산서 수취를 과다기재에 따른 수취로 보고, 대가없고 실물이동 없이 세금계산서만 발행한 매출거래를 가공으로 보아 이를 부인한 처분은 적법하다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



쟁점매출ㆍ매입거래에 대해 발급된 세금계산서를 공급가액이 과다기재된 세금계산서 및 실제 재화의 공급 없이 발행된 세금계산서로 보아 가산세를 포함하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부



나. 관련 법률 : ＜별지＞ 참조



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다.



(가) 쟁점매입거래들 및 쟁점매출거래들과 관련된 세금계산서는 모두 동일한 IP주소(220.71**.***)를 가진 컴퓨터에서 발급된 것으로 나타난다.



(나) 쟁점매출거래 및 쟁점매입거래와 관련하여 재화의 실제 이동이 없었다는 것은 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없고, 청구법인은 이에 대해 법률적 소유권의 양도 또한 「부가가치세법」상 재화의 인도로 보아야 한다고 주장한다.



(다) 청구법인은 쟁점매출거래 및 쟁점매입거래와 관련한 공급 계약서 등의 증거자료를 제출하지 아니하였고, 거래명세서만을 제출하였으나, 처분청은 이에 대해 거래 이후 사후작성된 것이고 세금계산서 기재와 내용이 상이 하여 신뢰할 수 없다는 의견이다.



(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 처분청이 쟁점매출거래들에 따른 세금계산서를 재화를 실제로 공급하지 않고 발급한 세금계산서로 보고, 쟁점매입거래들에 따른 세금계산서를 공급가액이 실제보다 과다하게 기재된 세금계산서로 보아 청구법인의 매출 및 매입에서 제외하고 가산세를 포함하여 부가가치세를 부과한 처분이 부당하다고 주장하나, 「부가가치세법」 제9조 제1항에 의하면 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것을 말하는바, 청구법인은 b에게 공급된 교재 및 교구 등 쟁점매출거래들과 관련하여 재화의 실제 인도가 없었음을 인정하고 있는 점, 청구법인은 쟁점매출거래들과 관련한 공급계약서를 제출하지 아니하였고, 청구법인이 제출한 거래명세서 등은 쟁점매출거래들 관련 세금계산서와 작성일 및 금액 등이 상이하여 신뢰하기 어려워 보이므로 법률상의 원인에 따른 공급으로 보기에도 어려워 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점매출거래들을 실제 재화의 공급으로 인정하지 않고 가산세를 부과한 처분은 잘못이 없어 보인다. 또한 처분청은 쟁점매입거래들 중 매입거래①에 대해 재화의 공급이 있었다는 점은 인정하되 부가가치세 면세 품목의 공급가액 부분은 과다기재된 것으로 본바, 「부가가치세법」제26조 제1항 제8호에 의하면 도서는 면세품목에 해당하는 점, 청구법인은 이에 대해 다른 반증을 하지 못하고 있는 점 등에 비추어 매입거래①과 관련된 매입세금계산서를 공급가액이 과다하게 기재된 세금계산서로 보아 가산세를 부과한 처분은 잘못이 없어 보인다.



다만, 매입거래②의 경우, 처분청은 청구법인의 체납 발생으로 직접 수입이 불가능해지자 a를 통해 우회 수입하면서 발생한 거래이므로 a의 수입가격을 청구법인의 매입가액으로 보아야 하며, 공급가액 OOO원은 과다기재된 것으로 보았으나, 처분청은 이에 대해 마진율이 지나치게 높다는 주관적인 의견만을 과세 근거로 들고 있을 뿐 적정한 공급가액이 얼마인지에 대한 입증이 부족한 점, 처분청이 제출한 자료만으로는 a의 재화 수입 행위가 명의만 a일뿐 청구법인에게 사실상 귀속되는 가장 행위로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 매입거래②에 따른 세금계산서를 공급가액이 과다기재된 세금계산서로 보아 부가가치세(과다기재된 공급가액의 2% 가산세 포함)를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률



(1) 부가가치세법



제9조(재화의 공급) ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.



제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하  "세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항



제60조(가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하  "세금계산서등”이라 한다)을 발급한 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

6. 재화 또는 용역을 공급받고 제5호가 적용되는 세금계산서등을 발급받은 경우 : 실제보다 과다하게 기재된 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트