1. 처분개요



가. 청구법인은 OOO를 복합시설 용도로 개발(공동주택 2,076세대 및 오피스텔ㆍ상가 등)하는 시행사로, 2018.2.28. 부산광역시 해운대구 OOO 외 12필지의 사업부지를 매매대금 OOO원에 취득하여 2024년 10월에 착공한 후 2025년 7월에 분양개시(부산 해운대 ‘OOO’)하였다.



나. 처분청은 청구법인의 2023년 제2기 과세기간의 부가가치세 신고내용 확인을 위한 환급 현장확인을 실시한 결과, 아래 ＜표1＞의 항목이 토지 관련 매입세액으로서 불공제대상임에도 불구하고 청구법인이 이를 매출세액에서 과다공제하였다는 이유로 2024.11.15. 청구법인에게 2019년 제2기~ 2023년 제1기 부가가치세 합계 OOO원을 경정ㆍ 고지하였다.



＜표1＞ 각 사유별 처분청의 경정내역

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다. 청구법인은 위 ② 및 ③ 항목에 대한 부과처분에 불복하여 2025.2.4. 이의신청을 제기하였고, 이에 대하여 부산지방국세청장은 2025.4.21. 위 ③ 항목 중 2023년 제1기분 매입세액 OOO원을 공통매입세액으로 보아 경정하고, 나머지 신청을 기각하였다.



라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.5.22. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구인 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인 주장



(1) 이의신청에서 제기하지 아니하였던 쟁점도 심판청구에서 새로이 제기할 수 있으므로, 금융자문수수료 등에 대한 심판청구는 적법하다.



(2) 토지 취득 후에 청구법인이 지출한 각종 비용은 토지의 취득에 관한 것이라거나, 토지의 가치를 현실적으로 증가시키기 위한 것이 아니라, 부동산 개발사업의 시행을 위한 것으로서 과ㆍ 면세사업의 공통매입으로 보는 것이 타당하므로, 그와 관련된 매입세액을 「부가가치세법」제39조 제1항 제7호 및 같은 법 시행령 제80조에 따른 불공제대상으로 보아 한 이 건 처분은 위법하다.



(가) 토지 취득 후에 발생한 금융자문수수료 등의 비용은 청구법인의 주택건설 시행사업 운영 및 관리를 위해 지출된 일반관리비 성격의 비용으로, 그에 관한 매입세액은 토지 관련 매입세액이 아닌 과ㆍ 면세사업의 공통매입세액인바, 이 건 처분은 위법하다.



청구법인은 2018.2.28. 주택건설 사업부지인 부산광역시 해운대구 OOO외 12필지를 취득하고, 같은 날 사업부지 매매금액(OOO원)에 계약일(2017.2.20.)부터 잔금일(2018.2.28.)까지 발생한 각종 수수료, 이자 등 토지 관련 자본적 지출액(OOO)을 합한 OOO원을 과세표준으로 하여 취득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.



「부가가치세법 시행령」제80조에서 매입세액 불공제대상으로 ① 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액, ② 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용과 관련된 매입세액, ③ 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액으로 규정하고 있다.



한편, 「지방세법」제10조에서  "취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다.”라고 규정되어 있고, 조세심판 결정례(조심 2020지3831 2022.1.26.)에서  "취득시기 이후에 발생한 이자비용은 취득세 과세표준에서 제외한다.”고 판단하고 있으며, 「법인세법 시행령」제52조에서  "토지를 매입하는 경우 특정차입금 등에 대한 지급이자 등은 그 대금을 청산한 날까지 이를 자본적 지출로 하여 원본에 가산한다.”라고 규정하고 있다.

따라서 토지의 취득 후에 차입금 만기연장 등의 원인으로 지출된 금융자문수수료 등은 토지의 취득을 위한 것이라거나, 토지의 가치 증가와는 무관한 것이어서 위 법령에서 규정한 매입세액 불공제 대상에 해당하지 아니하고, 부동산 개발사업의 시행을 위한 일반관리비로서 공통매입세액으로 보는 것이 타당하므로, 이 건 처분은 위법하다.



(나) 부동산 개발사업을 위한 토양오염정화 관련 비용에 대한 매입세액은 과ㆍ 면세사업의 공통매입세액인바, 그 매입세액을 토지 관련 매입세액으로 보아 전액 매입세액 불공제하여 과세한 이 건 처분은 위법하다.



공동주택 및 오피스텔 등 주거용건물 신축판매업을 영위하는 청구법인이 지출한 사업부지의 정화 관련 비용은 주택건설사업계획승인 신청 및 건축허가 과정에 필연적으로 지출되는 것으로, 토지 관련 매입세액이 아닌 건물 신축 관련 매입세액이다.



청구법인은 2020년 제2기∼2021년 제1기분 토지 정화와 관련 비용에 대한 매입세액을 당초 부가가치세 신고 시에는 불공제대상으로 하였다가 2023년 7월에 공통매입세액으로 하여 부가가치세 경정청구를 하였는데, 이에 대해 처분청은 경정청구를 받아들여 부가가치세를 환급한 사실이 있다.



그럼에도 불구하고, 동일한 항목에 대하여 다시 환급현장확인을 실시하여 당초 환급결정을 번복하고, 다시 부가가치세를 부과하는 것은 「국세기본법」제81조의4 제2항에 따른 금지되는 중복조사에 해당할 뿐만 아니라, 같은 법 제15조에 따른 신의성실의 원칙에도 위배되어 위법하다.

(다) 광고홍보 등의 비용은 부동산 개발사업의 시행을 위한 청구법인의 목적사업에 필수적으로 지출되는 것인바, 그에 대한 매입세액은 공통매입세액으로서 공제대상으로 보는 것이 타당하다.



나. 처분청 의견



(1) 청구법인은 2023년 제2기 과세기간에 대한 부가가치세 부과처분과 그 이전 과세기간에 대한 부가가치세 부과처분에 대하여 각각 별도로 이의신청 및 심판청구를 제기하였는데, 금융자문수수료 등의 항목에 관하여는 2023년 제2기분 부가가치세에 대한 이의신청(조심 2025소1690의 전심)에서만 불복하였고, 다른 귀속시기(2019년 제2기~ 2023년 제1기)의 부과처분(이 건 심판청구 관련)에 대한 이의신청에서 해당 쟁점을 다투지 아니하였다.



따라서 2019년 제2기~ 2023년 제1기 부가가치세 부과처분에 대한 심판청구 중 금융자문수수료 등에 대한 부분은 부과처분일부터 90일이 경과된 후 제기되어 부적법하므로, 각하되어야 한다.



(2) 처분청이 전액 불공제대상으로 본 이 건의 비용은 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 그 취득원가를 구성하므로, 그와 관련된 매입세액은 전액 불공제대상으로 보는 것이 타당하다.



(가) 금융자문수수료 등이 비록 토지 취득 후에 지출된 것이기는 하나, 해당 비용은 대부분 종전 토지 매입대금에 사용된 차입금의 만기연장이나 일부 상환 후 추가 차입을 하는 과정에서 발생한 것이므로, 이는 실질적인 토지 취득과 관련된 것으로서 그 매입세액은 불공제대상이다.

차입금을 기존 토지의 구입과 관련한 차입금 상환하는데 사용한 경우는 그와 관련한 금융자문수수료에 대한 매입세액은 실질적으로 토지 관련 매입세액에 해당한다 할 것(조심 2013서3839, 2013.11.22., 같은 뜻임)이다.



따라서 당초 처분청은 금융자문수수료 중 토지 취득과 관련된 것만을 선별하여 과세하기 위해 청구법인에게 PF대출내역 및 PF대출금의 사용내역을 제출하여 달라고 요청하였으나, 청구법인이 PF대출의 실행건수가 많고, 대출금의 사용처를 일일이 확인하기 어렵다고 호소함에 따라, 처분청은 매 과세기간말 현재의 대출금 잔액 중 토지 장부가액이 차지하는 비율(최소 54.14%~ 최대 89.82%)에 상응하는 금액만을 불공제대상으로 산정하였다.



이 건 심판청구의 대상이 아닌 2023년 제2기 부가가치세 부과처분에 대한 이의신청에서 금융자문수수료에 대한 매입세액과 관련하여 부산지방국세청장은 금융자문수수료가 발생한 차입금의 원천을 재조사하라고 결정하였고, 이에 따른 처분청의 재조사 결과 총 신규 차입금 OOO원 중 종전 차입금 상환액은 OOO원으로, 신규 차입금의 93.3%(토지 관련)가 기존 차입금의 상환에 사용된 것으로 확인되었으며, 이 건 부과처분 시에 처분청이 적용한 불공제비율이 더 낮아 불이익변경금지의 원칙에 따라 종전 처분을 유지하였다.



(나) 오염된 토지를 개발예정지로 사용하는 데 지출된 토지정화비용은 토지의 가치 증가를 수반하므로, 해당 매입세액은 토지의 자본적 지출과 관련된 것으로서 전액 불공제 대상이고, 경정청구에 대한 검토는 단순한 사실관계 확인에 불과하여 세무조사에 해당하지 않으므로, 이 건 처분이 중복조사 금지의 원칙이나 신의성실의 원칙을 위반하였다는 청구주장은 타당하지 아니하다.



청구법인이 경정청구 시 제시한 오염토지 원상복구에 대한 서면질의(국세청 서면인터넷방문상담3팀-1739, 2004.8.25.)의 사례는 기존의 사업을 영위하면서 발생한 토지의 오염을 사업 종료 시 당초의 토지 상태로 원상복원하는 경우로, 토지의 가치 증가와 관련 없는 매입세액은 공제대상이라고 할 것이다.



그러나 이러한 일반적인 오염토지의 원상복구와는 달리 개발사업에 있어서 오염된 개발예정지의 복구작업은 개발사업에 따라 필연적으로 토지의 가치 증가를 수반할 수밖에 없으므로, 그러한 토지정화에 따른 비용은 토지의 자본적 지출로 보는 것이 타당하고, 이는 「부가가치세법 시행령」제80조 제1호 및 제3호에서 규정하고 있는 토지의 조성 등에 관련된 매입세액 또는 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액이므로 불공제하는 것이 타당하다.



(다) 세 번째 항목인 ‘기타비용’은 사전협상 광고홍보용역비, 연구용역비, 도시계획(안) 재열람 공고비 등과 관련된 것으로, 해당 토지를 개발하기 위한 전단계 작업인 토지의 용도변경과 관련된 것이므로, 토지 관련 매입세액에 해당하며, 청구법인도 그와 유사한 지출에 관한 매입세액을 불공제대상으로 신고한 바 있다.



1) 기타비용의 세부내용은 아래 ＜표2＞와 같다.



＜표2＞ 기타비용 세부내용

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2) 이 건 사업부지에 관한 사전협상의 진행경과는 아래와 같다.



이 건 사업부지는 당초 2016년까지 부산광역시 등에서 도시첨단산업단지 조성 부지로 검토되었으나 수년간 검토가 거듭되다가 결국 2021.12.15. OOO이 부산광역시 도시건축공동위원회의 심의를 통과하여 용도지역이 준공업지역에서 상업지역으로 변경되었고, 이에 따라 이 건 사업부지는 주거ㆍ업무ㆍ산업 기능을 갖춘 복합단지 개발지역으로 확정되었으며, 청구법인은 용도변경에 따른 토지 가치상승분의 100%인 OOO원을 공공기여금으로 부산광역시에 납부하기로 하였다.



＜표3＞ 이 건 사업부지 사전협상 진행경과

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3) (＜표2＞ 연번1 사전협상 광고홍보용역 관련 매입세액 OOO원) 해당 비용은 해당 토지를 개발하기 위한 전단계작업인 토지의 용도변경과 관련하여 발생된 비용이므로 당연히 토지 관련 매입세액에 해당한다.



청구인은 ㈜A로부터 받은  "OOO”에 관한 매입세액(OOO원)을 토지와 관련된 것으로 보아 전액 불공제대상으로 신고하였는데, 사전협상 광고홍보용역과 관련된 매입세액도 같은 맥락에서 불공제대상으로 보는 것이 타당하다.



4) (＜표2＞ 연번2 연구용역비 및 가치분석수수료 등 관련 매입세액 OOO원 관련)



＜표4＞ 연구용역비 및 가치분석수수료 등 세부내역

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가) 위 가치분석수수료는 이 건 사업부지의 가치를 분석하는 데 소요된 비용으로, 토지의 가치 상승과 관련한 것이므로 토지 관련 매입세액이고, 청구법인은 개발사업에 대한 감정평가와 관련된 매입세액을 전액 토지와 관련된 것으로 보아 전액 불공제한 바 있다.



나) ㈜B로부터 수취한 매입세금계산서 2매는 이 건 사업부지에 대한 사전협상 관련 연구용역에 대한 세금계산서이고, 거래처 OOO으로부터 수령한 세금계산서는 사전협상관련 책자의 제본비용으로 모두 토지와 관련된 것이다.



특히 ㈜B로부터 수취한 세금계산서의 경우 청구법인은 2020.11.25.에도 공급가액 OOO원의 세금계산서를 수취한 후 그 매입세액을 전액 불공제하였는데, 같은 용역에 관한 것을 이 건만 공통매입세액으로 보는 것은 타당하지 아니하다.



5) (＜표2＞ 연번3 도시계획(안) 재열람공고비 등 관련 매입세액 OOO원 관련)



도시계획(안) 재열람공고비는 청구법인과 부산광역시 간의 사전협상(OOO)에 대한 제3차 도시공동위원회가 개최되기 전 부산광역시F과 관계자 등에게 일간신문에 공개적으로 열람공고한 것으로, 부산일보 및 국제신문에 2020.9.9. 실제 열람공고된 공고문의 지구단위계획구역 결정사유서는  "지역여건 변화로 유통업무설비가 본래의 기능을 상실하게 됨에 따라 본 대상지의 토지이용을 합리적이고 효율적으로 이용하기 위하여 지구단위계획구역을 지정하고 체계적이고 계획적인 지구단위계획을 수립하고자 함”이라 기재되고 있고, 지구단위계획에 관한 도시관리계획 결정 사유서에는 변경사유로  "도시내 유휴토지를 효율적으로 개발하고 활용잠재력이 높은 본 대상지의 토지이용을 합리화하여 지역발전을 증진시키기 위함”이라 기재되어 있다.



즉, 도시계획(안) 열람 공고의 주요 내용은 토지의 개발과 관련한 것이고, 청구법인은 이미 ㈜A로부터  "OOO”을 제공받고 지급한 매입세액을 토지 관련 매입세액으로 불공제하여 부가가치세를 신고한 사실이 있으므로, 이 건도 동일하게 처리되는 것이 타당하다.



또한 청구법인이 2022.5.26. ㈜C로부터 수취한 매입세금계산서의 경우 해당 경비는 개발예정지를 조성하는데 사용된 비용으므로, 그 매입세액은 토지 관련 매입세액으로서 불공제 대상이다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



①이의신청 시 불복대상으로 제기하지 아니하였던 금융자문수수료 등에 대한 심판청구가 적법한지 여부



②부동산 개발사업을 영위하는 청구법인이 사업부지를 취득한 후에 지출한 금융자문수수료, 토지정화비용 등에 대한 매입세액이 공통매입세액인지 아니면 토지 관련 매입세액으로서 전액 불공제대상인지 여부



나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의해 아래의 내용이 확인된다.



(가) 이 건 과세처분의 대상인 금융자문수수료, 토지정화비용 등 매입세액의 내역은 아래 ＜표5＞~ ＜표7＞과 같다.



＜표5＞ 금융자문수수료 등 내역(2023년 제2기분 예시)

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＜표6＞ 토지정화비용 등 내역

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＜표7＞ 기타비용 내역

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(나) 각 지출 유형별 계약내용은 아래와 같다.



1) 금융자문수수료에 관한 약정내용



가) 청구법인이 2021.4.27. D 주식회사와 체결한 금융자문수수료약정서에 따르면, 대출약정금 OOO원의 대출실행과 관련하여, 금융자문에 대한 대가로 청구법인이 OOO원을 지급하기로 약정한 내용이 나타난다.



나) 청구법인이 2022.4.26. 주식회사 E과 체결한 금융자문수수료약정서에 따르면, 청구법인은 대출약정금 OOO원의 대출실행과 관련하여 금융자문의 대가로 OOO원을 지급하기로 약정한 것으로 나타난다.



다) 청구법인이 2021.4.27. ‘법무법인(유한) F’과 체결한 법률자문계약서에 따르면, 청구법인이 대출을 받는데 필요한 서류검토, 사업위험 검토, 대출약정 체결을 위한 협의 등의 법률자문용역을 받고, 그에 대한 보수 OOO원을 지급하기로 약정한 것으로 나타난다.



2) 토지정화비용에 관한 약정 등에 관한 내용



가) 청구법인이 2020.8.31. OOO대학교산학협력단과 체결한 ‘토양오염 정밀조사 용역계약서(변경)’에 따르면, ‘쟁점토지 토양오염 정밀조사 용역’을 2020.8.31.~ 2021년 2월의 기간 동안 공급받고 OOO원을 지급하기로 약정한 것으로 나타난다.



나) 청구법인이 2021.5.28. ㈜G와 체결한 공사계약서에 따르면, 2021.5.28.~ 2022.1.31.(구청정화완료승인 2021.12.24.) 기간 동안 오염토양 현장정화(7,681㎡의 13,826톤에 대한 토양세척공법), 오염토 굴착ㆍ 되메움, 완료보고서 작성 등의 용역을 공급받고 OOO원을 지급하기로 약정한 것으로 나타난다.

다) 해운대구청장이 2020.12.24. 청구법인에게 보낸 ‘토양정밀조사에 따른 오염토양 정화 명령’에 따르면, 청구법인이 실시한 토양정밀조사 결과, 토양오염 우려기준을 초과하였으므로 「토양환경보전법」 제15조 제3항에 따라 오염토양의 정화를 명하고, 만약 정화조치 명령 불이행 시에는 같은 법 제29조에 따라 처벌될 수 있다는 내용이 기재되어 있다.



(다) 부산광역시장의 2023.2.24.자 사업계획 승인서 및 청구법인의 취득세 신고내용은 아래와 같다.



1) 부산광역시장의 2023.2.24.자 사업계획 승인서에 따르면, 부산광역시장은 부산광역시 해운대구 OOO 외 8필지 대 46,464㎡에 아파트 2,076세대에 상응하는 건물 9동을 신축하기로 하는 사업계획을 승인한 것으로 나타난다.



2) 취득세 신고서 등에 따르면, 청구법인은 2018.2.28. 부산광역시 해운대구 OOO 외 12필지의 사업부지를 매매대금 OOO원과 취득일(2018.2.28.)까지 발생한 각종 수수료, 이자비용 등을 합한 OOO원을 취득세 과세표준으로 신고한 것으로 나타난다.



(라) 청구법인의 경정청구 및 이의신청에 대한 처분청의 결정



1) 처분청 답변서 등에 따르면, 청구법인은 2020년 제2기~ 2021년 제1기 과세기간에 대한 부가가치세 신고 시 토지정화비용에 대한 매입세액을 전액 불공제대상으로 신고하였다가, 2023년 7월 해당 매입세액을 공통매입세액으로 변경하여 부가가치세 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 그 경정청구를 받아들여 환급결정한 것으로 나타난다.



2) 청구법인이 2023년 제2기분 금융자문수수료 등의 매입세액을 불공제 처분에 불복하여 제기한 이의신청(이 건이 아닌 조심 2025소1690의 전심)에 대한 부산지방국세청장의 이의신청 결정 및 그에 따른 재조사 결과보고서의 내용은 아래와 같다.



위 이의신청에 대하여 부산지방국세청장은 대출 연장 등에 따라 발생한 금융자문수수료가 토지와 관련된 것인지는 그 자금의 사용용도에 따라 결정하여야 한다고 전제한 후 청구법인이 제출한 자료만으로는 대출금의 사용 용도가 불분명하므로 신규대출금의 사용용도를 구체적으로 재조사하여 토지 관련 매입세액 해당 여부를 결정하라고 결정하였다.



처분청은 위 결정에 대한 재조사를 실시하여, 청구법인의 PF대출자료를 검토한 결과, 각 차입금은 3~ 6개월 주기로 상환 또는 연장상환되고 있고, 증가된 총 대출금액 OOO원 중 기존 토지의 구입과 관련한 차입금을 상환한 금액은 OOO원으로 확인되어 금융자문비용 중 93.3%는 토지 관련 매입세액에 해당(당초에는 과세기간별로 최소 54.14%에서 최대 89.82%까지를 불공제비율로 결정하였음)한다고 평가하고, 「국세기본법」제79조 불이익변경금지에 따라 당초 처분청이 정당한 것으로 보아 원처분을 유지하는 것으로 재조사결과를 통지하였다.



(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.



(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 금융자문수수료 등의 항목에 관하여는 심판청구의 전심인 이의신청 단계에서 그 부과처분의 적법 여부를 다투지 아니하였으므로, 그에 관한 심판청구는 90일을 경과하여 부적법하다는 의견이나, 과세처분의 위법 여부를 다투는 불복절차에서 심판청구인은 전심절차에서 주장하지 아니한 공격방어방법을 심판단계에서 주장할 수 있고, 그와 같은 주장이 신의성실의 원칙 등에 반하는 것이라고 할 수 없다 할 것(대법원 1992.4.14. 선고 91누7088 판결, 같은 뜻임)이므로, 금융자문수수료 등의 항목에 관한 심판청구는 적법한 것으로서 본안심리의 대상으로 보는 것이 타당하다.



(나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.



우선, 금융자문수수료 등의 항목에 관하여 보면, 처분청은 쟁점토지의 취득에 사용된 대출금의 만기연장 또는 대환과 관련하여 지출된 금융자문수수료는 토지 관련 매입세액으로서 불공제대상이라는 의견이다.



그러나, 정비사업을 시행하는 사업자가 지출한 비용이 토지의 취득원가를 구성하는 것이 아니라면, 이를 토지와 관련하여 지출한 매입세액에 해당한다고 쉽게 단정할 것은 아니라고 할 것(대법원 2016.2.18. 선고 2012두22447 판결, 같은 뜻임)이고, 토지의 경우 영구성을 갖는 특성상 내용연수를 연장시키는 자본적 지출은 생각하기 어려우므로 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이라 함은 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 지출을 의미하며, ‘토지 관련 매입세액’은 그에 대응하는 매출세액이 면제되는 경우로서, 토지의 취득원가에 산입되는 자본적 지출을 의미하는 것(헌법재판소 2010.6.24. 선고 2007헌바125 전원재판부 결정 참조)인바, 청구법인이 토지의 취득 이전에 그 토지의 취득에 필요한 자금을 마련하기 위해 금융기관 등으로부터 차입하면서 그와 직접 관련하여 지출한 금융비용이나 수수료 상당액은 토지의 취득원가를 구성한다 할 것이지만, 이 건의 금융자문수수료 등은 청구법인이 토지를 취득(2018.2.28.)한 이후에 부동산개발사업의 원활한 진행을 위하여 기존 대출금을 연장 또는 증액하기 위하여 발생한 자금조달과 관련된 비용으로서 부동산개발사업의 공통매입으로 보는 것이 타당하다 할 것(조심 2023서758, 2024.6.17. 조세심판관합동회의, 같은 뜻임)이므로, 관련 매입세액 전액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.



다음으로, 토지정화비용 및 기타비용 등에 관하여 살피건대, 처분청은 해당 비용이 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 그 취득원가를 구성하는 것으로서 관련 매입세액이 불공제대상이라는 의견이나, 청구법인이 실시한 토양정밀조사 결과, 토양오염 우려기준을 초과한 것으로 확인되어 해운대구청장이 청구법인에게 「토양환경보전법」 제15조 제3항에 따라 오염토양의 정화를 명한 것으로 나타나고, 이러한 사정을 보면, 청구법인이 실시한 토양오염 정화작업은 토지의 가치를 증가시키기 위한 것이라기보다는 오염된 토양의 원상회복을 위한 것으로 보이는 점, 정화작업의 결과로 토지가치가 증가한다고 하더라도 이는 원상회복 활동의 부수적인 결과로 보이므로, 그 수반되는 결과만을 이유로 원인되는 지출을 「부가가치세법 시행령」 제80조 각 호에서 정하고 있는 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출’이라고 단정할 수 없는 점, 청구법인이 이 건 개발사업의 과정에서 사업부지의 오염을 감안하여 시가보다 낮게 취득하였다거나 그 후 토지가치의 상승을 위해 이 건 토양정화작업을 이행하였다고 볼만한 사정도 확인되지 아니하는 점 등에 비추어, 이 건 토지정화비용과 관련한 매입세액은 부동산개발사업의 공통매입으로 보는 것이 타당하다(조심 2024서822, 2024.10.22., 같은 뜻임)고 판단된다.

또한, 기타비용의 경우에도 사전협상 광고홍보비, 연구용역비, 도시계획(안) 재열람공고비 등으로, 청구법인의 목적사업으로서 과ㆍ 면세 겸영사업인 부동산 개발사업의 원활한 진행을 위한 것으로 보이고, 해당 비용이 토지의 가치를 직접적으로 높이는 것으로 보기는 어려우므로, 관련 매입세액을 공통매입세액으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.



































＜별지＞ 관련 법령



(1) 부가가치세법



제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)



제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.



(2) 부가가치세법 시행령



제80조(토지에 관련된 매입세액) 법 제39조 제1항 제7호에서 " 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액" 이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액



제40조(공통매입세액의 안분) 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 " 공통매입세액" 이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 " 공통매입세액 안분기준" 이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.



제81조(공통매입세액 안분 계산) ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 " 공통매입세액" 이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.



④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율



제82조(공통매입세액의 정산) 사업자가 제81조 제4항에 따라 매입세액을 안분하여 계산한 경우에는 해당 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업등의 공급가액, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고할 때에 다음 각 호의 계산식에 따라 정산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율, 총사용면적에 대한 면세 또는 비과세 사용면적의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

1. 제81조 제4항 제1호 및 제2호에 따라 매입세액을 안분하여 계산한 경우





(3) 지방세법

제10조의3(유상승계취득의 경우 과세표준) ① 부동산등을 유상거래(매매 또는 교환 등 취득에 대한 대가를 지급하는 거래를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로 승계취득하는 경우 취득당시가액은 취득시기 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 다음 각 호의 자가 거래 상대방이나 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용으로서 대통령령으로 정하는 사실상의 취득가격(이하  "사실상취득가격”이라 한다)으로 한다.

1. 납세의무자

2. 「신탁법」에 따른 신탁의 방식으로 해당 물건을 취득하는 경우에는 같은 법에 따른 위탁자

3. 그 밖에 해당 물건을 취득하기 위하여 비용을 지급하였거나 지급하여야 할 자로서 대통령령으로 정하는 자



(4) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률



제56조(개발행위의 허가) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 대통령령으로 정하는 행위(이하  "개발행위”라 한다)를 하려는 자는 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수의 허가(이하  "개발행위허가”라 한다)를 받아야 한다. 다만, 도시ㆍ군계획사업(다른 법률에 따라 도시ㆍ군계획사업을 의제한 사업을 포함한다)에 의한 행위는 그러하지 아니하다.

2. 토지의 형질 변경(경작을 위한 경우로서 대통령령으로 정하는 토지의 형질 변경은 제외한다)



(5) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령



제51조(개발행위허가의 대상) ① 법 제56조 제1항에 따라 개발행위허가를 받아야 하는 행위는 다음 각 호와 같다.

3. 토지의 형질변경 : 절토(땅깎기)ㆍ성토(흙쌓기)ㆍ정지(땅고르기)ㆍ포장 등의 방법으로 토지의 형상을 변경하는 행위와 공유수면의 매립(경작을 위한 토지의 형질변경을 제외한다)