붙임과 같습니다.

1. 사실관계 및 통지내용

가. 청구법인은 2002.1.16. 설립되어 스크랩 도매업을 영위하고 있는 법인으로, 사업장은 대구 A구 000이다.

나. 청구법인, B(주)(이하  "B”이라 한다), C(주)(이하  "C”이라 한다), D(주)(이하  "D”라 한다)는 다음 <표1> 과 같이 2020.3.20., 20203.26. 코스닥상장법인인 E(주)(이하  "E”라 한다)의 사주 F의 동생 G, H으로부터 E 주식 합계 2,801,599주를 ‘블록딜 단일가 장외거래’(이하 이때 거래된 주식을  "쟁점주식”이라 하고, 이 거래를  "쟁점거래”라 한다)를 통하여 합계 7,472,670,280원에 취득하였다.

<표1> E 주식을 매수한 내역

다. 조사청은 청구법인의 2020사업연도 법인세 부분조사를 실시하고, i) 쟁점주식 1주당 시가는 「상속세 및 증여세법」(이하  "상증세법”이라 한다) 제63조 제1항에 따른 보충적 평가방법(평가기준일 이전ㆍ 이후 각 2개월 종가 평균액)으로 산출한 후 ii) 같은 법 제3항에 따라 최대주주 등이 보유한 쟁점주식은 할증대상(20%)으로 보아 산정하고, 청구법인이 시가보다 저가로 취득한 1,202,529,000원을 익금산입하여 2025.6.24. 청구법인에 법인세 345,457,856원을 경정ㆍ 고지하겠다는 세무조사결과를 통지하였다.

라. 이에 대하여 청구법인은 2025.7.18. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장

가. 쟁점주식 장외거래는 경영권의 이전이 수반되지 않았으므로 쟁점주식의 시가는 「법인세법 시행령」 제89조 제1항에 따라 해당 거래일의 최종시세가액이다.

1) 조사청은 쟁점거래가 경영권 이전이 수반된 거래이고, 그래서 시가가 불분명한 경우에 해당한다고 보아 상증세법 제63조에 따른 보충적 평가방법으로 쟁점주식을 평가한 뒤 최대주주 할증(20%)한 가액이 시가라는 의견이나, 쟁점거래에 따라 경영권이 이전된 사실이 없다.

가) 쟁점거래로 청구법인이 E에 대한 지배권은 늘었지만, 경영권을 이전받은 것은 아니다.

(1) 경영권과 지배권은 기업의 운영과 소유에서 중요한 개념으로 모두 회사 내 권력을 의미하지만 서로 다른 개념이다. 경영권은 회사 운영에 대한 실질적인 권한을 의미하고, 지배권은 회사 소유와 관련된 권한을 의미한다.

(2) D와의 거래일 2020.3.26. 이후 지배주주가 변경되어 지배권은 2020.3.26.부터 이전되었다고 볼 수 있으나, 경영권은 최대주주이자 및 대표이사인 F가 계속 행사하고 있는 등 경영권이 이전된 사실이 없다.

세법 및 해석 어디에도 실질적인 경영권 이전에 대한 사실판단 없이 지배권이 이전되면 경영권은 당연 이전된다는 규정이 없다.

나) 「법인세법」에 따르면, ‘최대주주’의 판단기준에 관하여 아무런 규정이 없는바, ‘최대주주’는 그 법문언 대로 주주 중 가장 많은 주식수를 보유한 주주를 의미하는 것으로 봄이 타당하고, 그러면 E의 최대주주는 F이다.

(1) 상증세법 제63조 제3항, 같은 법 시행령 제53조 제4항에서 규정하고 있는 ‘최대주주’ 역시 주주가 보유하고 있는 주식수가 가장 많은 1인이라고 규정하고 있다.

(2) 반면, 상증세법 제45조의3【특수관계법인과의 거래를 통한 이익의 증여 의제】제1항은  "직접 또는 간접으로 보유하는 주식보유비율”을 기준으로 ‘지배주주’를 판단하도록 규정하면서, 같은 법 시행령 제34조의3 제2항에서 그 간접보유비율의 산정 방법까지 구체적으로 규정하고 있는바, 이처럼 ‘간접보유비율’을 포함하여 최대주주 여부를 판단하기 위해서는 「법인세법」상으로도 별도의 창설적 규정이 있어야 한다.

다) 실질적인 측면에서 보더라도 쟁점거래로 인하여 경영권 이전이 있었다고 볼 수 없다.

(1) 쟁점거래 이후에도 F가 회사 경영전반에 대한 사항을 자신의 의사에 따라 통제할 수 있는 권능을 계속하여 보유하면서 실제 행사하고 있다.

i) 기업의 대표권, ii) 경영진을 포함한 임직원의 선임 및 해임 등 인사권, iii) 중요한 사업계획이나 투자에 관한 결정권, iv) 회사의 중요한 조직변경 권한, v) 중요 매출처인 현대자동차로부터 중요 수주 영업을 직접 수행하고 있다.

(2) F는 E 및 C의 이사회 구성원으로 회사의 중요사안 의사결정권을 행사하고 있고, 청구법인의 등기이사로서 주요한 이사회 결의사항에 참여하고 의결권을 행사하고 있다.

2) 쟁점주식 양도자 G, H은 E의 주식을 단순히 투자자로서 보유하고 있었지만, 회사의 경영활동이나 중대한 의사결정 과정에 전혀 참여한 사실이 없다.

3) E는 F가 최대주주인바, 다음 <표2> 와 같이 쟁점거래 전ㆍ 후 E의 주식지분 내역을 보면 F가 여전히 15.10%를 소유하고 있는 지배주주인 사실이 나타나, 쟁점거래로 지배주주가 변경되는 사실이 발생하지 않았다.

<표2> 쟁점주식 거래 전ㆍ 후 E 주식지분 변동 내역

가) 쟁점주식 양도자들(Gㆍ H)은 본인 소유의 주식에 경영권 프리미엄이 포함되어 있다고 인식하지 않았으며, 실제로 포함되어 있지도 않았다.

상장법인의 최대주주 등이 보유주식을 장외에서 매각하는 경우, 해당 장외거래가액이 거래 당시의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영한 것으로서 불특정 다수인 간에 통상 성립될 수 있는 가액에 해당하는지 여부 등은 실질내용에 따라 판단할 사항이다(제도46012-1157, 2001.5.18., 서이46012-10378, 2001.10.18.).

나) 만약 양도자들이 경영권프리미엄이 있다고 인식했다면 주식 양도일 전일의 종가로 양도하는 어리석은 행위는 하지 않았을 것이다.

만약 경영권 프리미엄이 있다고 인식하였더라도 양도인들은 E의 주주현황 및 양수법인의 주주현황을 알지 못하고, 알 방법도 없었으므로 본인들이 보유한 주식이 양수법인에게 이전되면 양수법인에게 경영권이 이전된다는 사실을 알 수 없어, 종가가 아닌 상증세법상 평가액으로 양도한다는 것은 불가능하였다.

4) 조사청은 2020.3.20. 거래와 2020.3.26. 거래를 통정에 의한 하나의 거래로 보고 있으나, 조사청이 이에 대한 입증책임을 다하지 못하고 있다.

가) 조사청은 E 경영권을 F의 자녀들(2세)에게 이전하기 위하여 사전모의를 거쳐 쟁점거래를 하였다는 의견이다. 그러나 이는 사실이 아니거니와 이러한 의견을 펼치려면 이 사실에 관한 입증책임이 조사청에 있으나 전혀 입증하지 못하고 있다.

쟁점거래는 「상법」 및 「민법」상 권리와 의무의 주체가 각기 다른 제3자 간 거래로, 하나의 거래가 아니므로 근거도 없이 하나로 거래로 보는 것은 잘못된 것이다.

나) 쟁점거래 중 후순위로 일어난 D 주식취득(1,600,000주)를 제외하면, 조사청이 주장하는 ‘지배주주의 변경’이 없게 되고, 그러면 부당행위계산부인 규정을 적용할 여지가 없다.

나. 상장주식을 장외거래하였다고 무조건 시가가 불분명한 경우로 보는 것은 잘못이다.

1)「법인세법 시행령」제89조【시가의 범위 등】 제1항에서  "제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.”라고 규정하고 있을 뿐, 상장주식을 장외거래하면 무조건 ‘시가가 불분명한 경우’로 본다고 규정하고 있지는 않다.

2) 장외거래가액이 거래 당시의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영한 것으로서 불특정 다수인 간에 통상 성립될 수 있는 가액에 해당하는지 여부 및 경영권 이전이 수반되는 거래에 해당하는지 여부는 실질내용에 따라 판단할 사항이다(서면-2020-법령해석법인-4136, 2021.6.29.외 다수).

만약 사실관계 확인 없이 최대주주의 특수관계인이 보유하는 모든 주식에는 무조건 경영권 프리미엄이 포함되어 있고 그 주식을 장외거래하면 무조건 시가가 불분명한 경우라고 해석한다면 이는 조세법률주의에서 엄격해석의 원칙 및 실질과세의 원칙을 위반하는 것이다.

3) 양도인들이 장외거래하였으나, 이는 장내거래시 주가하락에 따른 소액주주 손실 등을 감안하여 장외거래의 형식을 취하였을 뿐이고, 장내거래 유형의 하나인 시간외대량매매의 ‘시가’인 ‘그 거래일의 종가’로 거래하였으므로, 그 실질은 쟁점주식 장외거래와 시간외대량매매는 거래내용이 동일하다.

단지, 차이점은 양도 및 양수 쌍방당사자 간의 협의에 의해 결정된 협상내용을 ‘한국거래소 시스템 내에서 거래하였는지 여부’만 다를 뿐이다.

4) 조사청은 쟁점거래가 장외거래이므로 ‘시가가 불분명한 경우’에 해당하기 때문에 「법인세법 시행령」 제89조 제2항을 적용해야 한다는 의견이나, 쟁점거래일에 적용되는 「법인세법 시행령」 제89조(2021.2.17. 대통령령 제31443호로 일부개정된 것)의 ‘상장주식의 시가’는 원칙은 ‘거래일의 종가’이며, 예외적으로 ‘장외에서 거래된 상장주식으로서 경영권 변동시에는 상증세법상 보충적 평가액을 적용한다’고 규정하고 있으므로 조사청은 법적용에 오류를 범하고 있다.

조사청은 2021.2.17.개정 규정에 현실적으로 경영권 이전의 결과가 발생하는지 등을 그 요건으로 하고 있지 않다고 주장하는데 이는 개정 시행일 이후 적용되는 것이고, 이 사건 쟁점은 개정 전 사실관계이므로 조사청의 주장대로라면 소급과세가 되므로 소급입법금지의 원칙에 위배되어 적절하지 않다.

5) 조사청 의견처럼 쟁점거래로 경영권이 이전되었다면, 조사청이 경영권을 이전받은 주체가 누구이며, 경영권 이전된 사실에 관한 객관적인 증빙을 제시하여야 한다.

가) 조사청은 단지 E의 대표이사이자 최대주주인 F의 형제들이 일자 및 양수자를 달리하여 쟁점주식 지분 16.82%를 F의 자녀들이 지배주주인 법인들에게 양도하였기 때문에 E의 지배구조가 F의 2세로 이전되는 결과가 초래되었으므로 경영권이 이전되었다는 의견이다.

(1) 그렇다면, 조사청이 2세 누구에게 경영권이 이전되었고, 그 2세가 경영권을 행사하고 있는지 밝혀야 하나 밝히지 못하고 있다.

E 주식보유 현황을 살펴보면, 자녀 중 둘째인 I가 직ㆍ간접 소유지분을 합하면 가장 많은데, I는 ㅇㅇ선수 출신으로 ㅇㅇㅇㅇ회장직을 수행하고 있고, E 경영에는 전혀 참여하고 않고 있다. 첫째 자녀인 J가 E의 임원이라는 이유를 경영권 이전의 판단근거로 삼고 있는 것으로 보인다.

E의 직급체계에서 ‘사장’이라는 직책은 파트장으로서 일반적인 대표이사가 아니라 한 부서만을 책임지는 팀장에 지나지 않는다. 조사청은 이러한 E의 고유한 직급체계를 고려하지 않은 채 J가 사장이라는 직책을 갖고 있다는 이유로 경영권을 가진 것으로 판단하고 있다.

(2) 「법인세법」 및 상증세법 어디에도 자녀들만을 묶어서 지배주주로 본다는 규정을 찾을 수 없다. 그러므로 지배주주가 변경되었으므로 경영권이 이전되었다는 조사청 의견은 법적 근거가 없다.

만약, 경영권 다툼이 발생했을 때를 가정해보면, E 주주(배우자, 자녀 중 1∼2인, 친인척, 지인) 중 일부가 F측 우호지분으로 나선다면 과연 2세 중 1인에게 경영권이 이전되었다고 볼 수 있을지 의문이다.

(3) 경영권은 통상 1인이 행사하는 것이 일반적인바, 조사청 논리대로 법률상ㆍ 현실상으로 2세들이 합의하여 공동으로 경영권을 행사한다는 것은 불가능하다.

그럼에도 조사청은 명확한 근거나 설명 없이 지배주주의 개념을 오인하여 단순히 1세대가 2세대에게 주식을 양도하였으므로 경영권이 1세대에서 2세대로 이전되었다고 판단하는 오류를 범하고 있다.

(4) 쟁점주식을 인수한 특수관계 4개 법인 및 관련 주주들이 앞으로도 E의 경영에 참여하지 않겠다고 하고 그 내용을 공증할 수 있다고 계속하여 이야기하고 있음에도 조사청은 아무런 근거없이 추정으로 경영에 참여할 것이라고 예단하고 있다.

(5) 조사청은 상증세법상 가업승계 및 가업상속공제 규정을 들어 경영권이전의 주체를 1인이 아니라 다수도 가능하다고 하는데 그 규정과 이 사건 쟁점거래시 경영권이전 포함 여부는 비교 및 준용대상이 아니며, 가업승계 및 가업상속공제 규정에 공제조건으로 경영권이전을 요하지도 않는다.

가업승계 및 가업상속공제에서 중요요건으로 대표이사 취임을 두고 있는데, 조사청의 의견대로라면 대표이사로 취임하면 경영권을 가진 것으로 본다는 것인데 이 건에서는 F가 계속 대표이사로 유지되고 있다

5) 결론적으로, i) 2020.3.20.자 2020.3.26.자로 이루어진 쟁점거래는 하나의 거래가 아닌 별개의 거래이고, ii) 쟁점거래로 인하여 E의 경영전반에 대한 통제권을 가진 F의 지위(최대주주, 지배주주, 대표이사)가 변동되지 않았으며, iii) 단순히 특수관계자 간 주식변동이 있었다는 사실만으로 F가 통제하고 있는 경영권이 이전되었다고 볼 수 없으므로 쟁점주식 양수도는 경영권이 수반된 주식의 매매거래로 볼 수 없다.

따라서 조사청이 쟁점거래시 시가를 거래당일 종가가 아니라고 보고, 시가가 불분명한 경우에 해당된다며 상증세법상 보충적평가방법을 적용하고, 경영권 이전이 수반된 거래라며 거기에 할증평가(20%)하여 시가를 산출하여, 청구인이 쟁점주식을 시가보다 저가로 취득한 것으로 보아 이 건 세무조사결과를 통지하는 것은 잘못되었으므로 취소되어야 한다.

3. 조사청(통지관서) 의견

가. 청구법인이 쟁점주식 장외거래시 적용한 거래가액(전일 종가)은 「법인세법」상 시가에 해당되지 않고, 상증세법상 보충적평가방법에 따른 가액을 시가로 보아야 한다.

1) 쟁점거래는 장외거래이기 때문에 「법인세법 시행령」제89조 제1항의 괄호 규정인  "주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액”에 적용되지 않는다.

가) 쟁점거래는 IBK투자증권 플랫폼을 이용한 장외거래로 한국거래소에서 거래하지 않아 ‘장외거래’에 해당한다. 따라서 「법인세법 시행령」 제89조 제1항의 괄호 규정이 적용될 여지가 없다.

나) 일반적으로 「법인세법 시행령」제89조 제1항을 적용하기 위해서는 ① 해당 거래와 유사한 상황에서 ② 당해 법인이 특수관계자가 아닌 제3자와 거래한 ③ 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이라는 요건을 모두 충족하여야 한다.

그러나 쟁점주식은 장외에서 당사자 간의 계약에 의하여 대량의 주식이 거래된 반면, 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액은 가격우선ㆍ 시간우선 방식 등에 따라 거래상대방이 무작위적으로 자동 결정되는 일반적인 경쟁매매에 의한 것이므로 장내 거래가액이 쟁점거래와 유사한 상황에서 거래된 가격으로 볼 수 없다.

2) 쟁점주식 양도자 GㆍH은 E의 최대주주이자 대표이사인 F의 동생이다. 이들은 최대주주의 특수관계자로 이들이 보유한 주식은 보유하고 있는 수량 및 목적이 한국거래소에서 거래되는 일반주식과 달라 동일한 가치를 지니고 있다고 볼 수 없다.

따라서 쟁점거래는 일반적인 장내거래와는 전혀 다른 거래이고, 유사한 상황에서의 다른 장외거래도 전혀 없기 때문에 「법인세법 시행령」제89조 제2항에 따른 ‘시가가 불분명한 경우’에 해당한다 봄이 타당하고, 동 규정에 따른 가액을 시가로 보아야 한다.

3) 대법원은 특수관계인 사이 상장주식 양도에 있어, 당일 장 종료 무렵에 비교적 소량의 주문만으로도 상장주식의 종가를 의도한 방향으로 움직이게 하는 것이 용이하므로, 거래 당일의 종가만을 기준으로 상장주식의 ‘시가’를 평가하게 되면 그 상장주식의 내재적 가치를 정확하게 산정하지 못할 우려가 있다고 판단하였고, 이러한 이유로 평가의 시점 범위를 확장하여 평가기준일 당시의 상장주식의 내재적 가치를 보다 더 정확하게 산정할 필요성이 있는데, 거래일 이전ㆍ이후 각 2월의 기간은 상장주식의 내재적인 가치를 평가할 때 적절한 기간으로서 납세자의 예측가능성을 현저하게 해할 정도로 길다고 할 수도 없다고 판결하였다(대법원 2020.6.18. 선고 2016두43411 판결, 헌법재판소 2016.2.25. 선고 2014헌바363, 364(병합) 전원재판부 결정 등 참조)

나. 청구주장을 따르더라도 쟁점거래는 실질적으로 경영권 이전을 포함하고 있으므로 「법인세법 시행령」 제89조 제2항 및 상증세법 제63조에 따라 할증평가하는 것은 적법ㆍ 타당하다.

1) 청구법인은 경영권 이전이 수반되어야 「법인세법 시행령」 제89조 제2항을 적용할 수 있다고 주장한다. 그러나 쟁점거래가 장외거래이므로 ‘시가가 불분명한 경우’에 해당하기 때문에 「법인세법 시행령」 제89조 제2항을 적용하는 것이다.

일반적으로 주식은 각 단위 주식이 나누어 갖는 주식회사의 자산가치와 수익가치를 표창하는 것에 불과하지만, 최대주주 등이 보유하는 주식 등은 그 가치에 더하여 당해 회사의 경영권 내지 지배권을 행사할 수 있는 특수한 가치, 이른바 ‘경영권 프리미엄’을 지니고 있다. 그래서 상증세법상 할증평가하는 목적은 이러한 회사의 경영권이 정당한 조세부과를 받지 아니하고 낮은 액수의 세금만을 부담한 채 이전되는 것을 방지하기 위하여 적정한 과세를 위한 공정한 평가방법을 두고자 하는 것이다(대법원 2020.6.18. 선고 2016두43411 판결 참조).

2) 설령, 청구주장처럼 쟁점거래가 경영권 이전이 수반되는 거래이어야 「법인세법 시행령」 제89조 제2항이 적용될 수 있다고 본다고 하더라도 쟁점거래는 실질적으로 경영권 이전을 포함하고 있다.

가) E 대표이사인 F 및 그 형제들(G, H)인 1세대들이 E를 지배하고 있다가, 2020년 쟁점거래를 통하여 F의 자녀들(J, I, K) 2세로 지배구조가 이전되는 결과가 발생하였다.

나) 청구인들은 E 경영권은 주식 거래 전과 후 모두 대표이사인 F에게 있어 경영권 이전이 발생하지 않았다고 주장한다.

그러나 쟁점거래 후 J은 E 사장에, I는 E CFO(Chief Financial Officer, 최고재무책임자) 사장으로 활동하고 있는 사실이 각종 언론매체에서 확인되므로 자녀가 경영권을 행사하지 않고 있으며 앞으로도 하지 않을 거라는 청구인의 주장은 사실과 맞지 않는다.

다) 경영권을 이전받은 주체는 1인으로 특정할 필요가 없고, 쟁점거래로 E의 최대 의결권을 보유하게 된 2세 전체로 봄이 타당하다.

상증세법에서도 가업승계, 가업상속 등 사업을 물려받은 주체를 1인으로 규정하고 있지 않고 다수의 상속인을 사업을 이전받을 수 있는 대상자로 규정하고 있다. 따라서 이 건에 대하여도 꼭 E 경영권ㆍ인사권 등 어떠한 결정권한 보유자를 1인으로 특정할 이유가 없다.

3) 최대주주의 주식이 경영권과 관계가 있고 양도성 등에 차이가 있어 거래현실상 일반적으로 그 가치가 높게 평가되는 점이 반영되도록 법령에 규정한 것이지 지분변동의 결과로 현실적으로 경영권 이전이 발생되어야 적용하는 것이 아니다(조심 2022서6214, 2023.10.25. 등 참조).

4) 한편, 2020년 쟁점거래 이후 2021.2.17. 개정된 「법인세법 시행령」 제89조 제1항 및 신설된 같은 법 시행규칙 제42조의6 제1항 제1호 및 제2호 역시 위와 같은 최대주주등의 주식의 특성을 감안하여 할증평가하는 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우를 ① 최대주주가 변경되는 경우 또는 ② 최대주주등 간의 거래에서 주식의 보유비율이 100분의 1 이상 변동되는 경우 등만을 규정하고 있을 뿐, 현실적으로 경영권 이전의 결과가 발생하는지 등을 그 요건으로 하고 있지 않다.

5) 결론적으로, 쟁점거래 이후 F가 계속하여 E 경영권을 행사하더라도, 쟁점주식양도로 인하여 지배구조가 2세로 이전된 이상 쟁점주식에는 경영권 프리미엄이 포함되어 있다고 보아야 한다.

그래서 쟁점주식 거래의 시가는 경영권 프리미엄이 포함되어 있기 때문에 한국거래소의 거래일 종가를 바로 시가로 볼 수 없다.

조사청이 ‘시가가 불분명한 경우’로 보아 「법인세법 시행령」제89조 제2항이 적용하여 평가기준일 이전ㆍ 이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 한국거래소 최종 시세가액의 평균액을 구하고, 쟁점주식이 상증세법 제63조에서 규정하고 있는 ‘최대주주등의 주식 등’에 해당하므로 할증평가(20%)한 가액을 시가로 보아 세무조사결과를 통지한 이 건 통지는 적법ㆍ 타당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주식거래에 경영권 이전이 수반되지 않았음에도 보충적평가방법 및 할증가액을 시가로 보는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

1) 법인세법 제15조 【익금의 범위】(2019.12.30. 법률 제16833호로 일부개정된 것, 이하 같다)

② 다음 각 호의 금액은 익금으로 본다.

1. 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 제52조제2항에 따른 시가보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액

2) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 " 부당행위계산" 이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 " 시가" 라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

가) 3) 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】(2021.2.17. 대통령령 제31443호로 일부개정되기 전의 것)

① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등은 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」제101조를 준용하여 평가한 가액.(후단 생략)

4) 상속세 및 증여세법 제63조 【유가증권 등의 평가】 (2019.12.31. 법률 제16846호로 일 일부개정된 것)

① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식등의 평가

가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식등 중 대통령령으로 정하는 주식등(이하 이 호에서 " 상장주식" 이라 한다)은 평가기준일(평가기준일이 공휴일 등 대통령령으로 정하는 매매가 없는 날인 경우에는 그 전일을 기준으로 한다) 이전ㆍ이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따라 거래소허가를 받은 거래소(이하 " 거래소" 라 한다) 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니한다)의 평균액(평균액을 계산할 때 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월 동안에 증자ㆍ합병 등의 사유가 발생하여 그 평균액으로 하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월의 기간 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액으로 한다).(단서 생략)

③ 제1항제1호,제2항 및 제60조제2항을 적용할 때 대통령령으로 정하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그의 특수관계인에 해당하는 주주등(이하 이 항에서 " 최대주주등" 이라 한다)의 주식등(대통령령으로 정하는 중소기업 및 평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」제14조제2항에 따른 결손금이 있는 법인의 주식등 등 대통령령으로 정하는 주식등은 제외한다)에 대해서는 제1항제1호및제2항에 따라 평가한 가액 또는 제60조제2항에 따라 인정되는 가액에 그 가액의 100분의 20을 가산한다. 이 경우 최대주주등이 보유하는 주식등의 계산방법은 대통령령으로 정한다.

4-1) 상속세 및 증여세법 시행령 제53조 【코스닥시장에 상장신청을 한 법인의 주식등의 평가 등】 (2019.12.31. 법률 제16846호로 일부개정된 것)

④ 법 제63조제3항 전단에서 " 대통령령으로 정하는 최대주주 또는 최대출자자" 란 최대주주등 중 보유주식등의 수가 가장 많은 1인을 말한다.

⑤ 법 제63조제3항의 규정에 의한 최대주주등이 보유하는 주식등의 지분을 계산함에 있어서는 평가기준일부터 소급하여 1년 이내에 양도하거나 증여한 주식등을 최대주주등이 보유하는 주식등에 합산하여 이를 계산한다.

나) 5) 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】(2021.2.17. 대통령령 제31443호로 일부개정된 것)

① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. 다만, 주권상장법인이 발행한 주식을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제8조의2제2항에 따른 거래소(이하 " 거래소" 라 한다) 최종시세가액(거래소 휴장 중에 거래한 경우에는 그 거래일의 직전 최종시세가액)으로 하며, 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우에는 「상속세 및 증여세법」제63조제3항을 준용하여 그 가액의 100분의 20을 가산한다.

1. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제8조의2제4항제1호에 따른 증권시장 외에서 거래하는 방법

2. 대량매매 등 기획재정부령으로 정하는 방법

다) 5-1) 법인세법 시행규칙 제42조의6 【주권상장법인이 발행한 주식의 시가】(2021.3.16. 기획재정부령 제844호로 일부개정된 것)

① 영 제89조제1항 각 호 외의 부분 단서에서 " 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우" 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 「상속세 및 증여세법」제63조제3항에 따른 최대주주 또는 최대출자자가 변경되는 경우

2. 「상속세 및 증여세법」제63조제3항에 따른 최대주주등 간의 거래에서 주식등의 보유비율이 100분의 1 이상 변동되는 경우

② 영 제89조제1항제2호에서 " 대량매매 등 기획재정부령으로 정하는 방법" 이란 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제393조에 따른 거래소의 증권시장업무규정에서 일정 수량 또는 금액 이상의 요건을 충족하는 경우에 한정하여 매매가 성립하는 거래방법을 말한다.

라) ※ 2021년 개정세법 중 일부

2) ○ 상장주식 시가 산정방법 합리화

다. 사실관계

1) 기초 사실관계

가) E를 母회사로 하여, 특수관계법인의 지배구조를 그림으로 보면 다음과 같다.

나) 청구법인, B, C, D가 쟁점주식을 취득한 내역과 거래 당시(2020.3.20., 2020.6.26.) 이들 법인이 주식 소유지분을 보면 다음과 같다.

(1) 청구법인은 2020.3.20. G(F의 동생)으로부터 E 주식 421,940주(2.64%)를 1주당 2,370원(전일 2020.3.19. 종가) 합계 999,997,800원에 장외거래로 취득하였다.

청구법인은 2002.1.16. 설립되어 주업으로 스크랩 도매업을 영위하고 있는 자본금 2억원인 법인으로, 2020.3.20. 현재 주주는 다음과 같다.

(2) B는 2020.3.26. G으로부터 E 주식 367,647주(2.19%)를 1주당 2,720원(전일 2020.3.25. 종가) 합계 999,999,840원에 장외거래로 취득하였다.

B는 2020.3.19. 설립되어 주업으로 정보통신업/ 소프트웨어 개발 및 공급업을 영위하고 있는 자본금 301백만원인 법인으로, 2020.3.26. 현재 주주는 다음과 같다.

(3) C는 2020.3.26. H(F의 동생)으로부터 E 주식 412,012주(2.46%)를 1주당 2,720원(전일 2020.3.25. 종가) 합계 1,120,672,640원에 장외거래로 취득하였다.

C는 1997.8.18. 설립되어 주업으로 자동차부품 제조업을 영위하고 있는 자본금 4,257백만원인 법인으로, 2020.3.26. 현재 주주는 다음과 같다.

(4) D는 2020.3.26. G으로부터 E 주식 700,000주(지분 4.17%)를 1주당 2,720원(전일 2020.3.25. 종가), H으로부터 E 주식 900,000주(5.36%)를 1주당 2,720원(전일 2020.3.25. 종가) 합계 4,352,000,000원에 장외거래로 취득하였다.

D는 1999.10.1. 설립되어 주업으로 자동차부품 제조업을 영위하고 있는 자본금 4,257백만원인 법인으로, 2020.3.26. 현재 주주는 다음과 같다.

(5) 쟁점주식 양도자 G, H이 청구인들 등에게 쟁점주식을 양도한 결과, E 보유주식이 G이 1,511,071주(9.47%)에서 21,484주(0.13%)로 줄어들었고, H은 보유한 주식 1,312,012주(8.22%) 전량이 양도되었다.

(6) 쟁점주식은 G, H이 소유한 ***증권 계좌에서 청구인들 등 양수법인의 명의의 주식계좌로 이체하는 방법으로 양도된 것으로 나타나고 이에 대한 다툼은 없다.

2) 쟁점주식 거래 전ㆍ 후 E 주식 장내거래 현황

가) 코스닥상장법인인 E의 2020.3.17.~ 2020.3.30.까지 장내거래 현황은 다음 <표3> 과 같다.

<표3> 쟁점거래 전ㆍ 후 E 주식 장내거래 현황

나) Gㆍ H이 쟁점거래를 통하여 청구법인, B, C에 E 주식을 양도하였는데, 그 주식수는 거래당일 한국거래소 거래량 보다 많은 421,940주(2020.3.20.), 779,659주(2020.3.26.) 합계 1,201,599주(7.29%, D 포함시 2,801,599주 16.82%)인 것으로 나타난다.

3) 쟁점주식 거래 후 E의 소유지분 변동

조사청은 다음 <표4> 와 같이, E는 F를 비롯한 창업주 1세대(F, G, H)가 지배하였는데, 쟁점주식을 거래한 이후 2020사업연도말 현재 창업주 1세대 소유지분이 줄고(27.59%→12.71%), 대신 F의 자녀들(창업주 2세)의 소유지분이 늘어났다(9.27%→25.40%)는 의견이다.

<표4> 쟁점주식 거래 전ㆍ 후 E의 지배구조 변동 내역

4) 쟁점주식 거래 후 E 등 임원 현황

법인등기부에 따라, 2025년 9월 심리일 현재 F 및 자녀들이 E를 비롯한 주요 법인들의 임원으로 등기된 내역을 정리하면 다음과 같다. 2020년 쟁점주식 거래 이후 J가 E의 사내이사로 새로 등기된 것 이외 별다른 변동내역이 나타나지 않는다.

라. 판단

1) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

가) 관련 법리

(1) 「법인세법」 제52조 제1항은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 일정한 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 납세지 관할세무서장 등이 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 행위 또는 소득금액을 계산할 수 있도록 하는 부당행위계산부인 규정을 두고 있다.

그리고 「법인세법 시행령」 제89조 제1항은 이때 기준이 되는 ‘시가’는 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다고 규정하고 있고, ‘시가가 불분명한 상장법인 주식의 경우’에는 같은 조 제2항에 따라 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 계산된 금액을 시가로 볼 수 있다(제2호).

가) (2) 한편, 한국거래소에서 거래되는 상장주식은 증권시장의 동향에 따라 시세 변동의 폭이 매우 커 거래가 체결된 특정 시점의 시세가액만으로는 주식의 내재적 가치를 합리적으로 평가하기 어렵다. 거래 당일의 종가만을 기준으로 상장주식의 ‘시가’를 평가하게 되면 그 상장주식의 내재적 가치를 정확하게 산정하지 못할 우려가 있다.

이러한 이유로 평가의 시적 범위를 확장하여 평가기준일 당시의 상장주식의 내재적 가치를 보다 더 정확하게 산정할 필요성이 있는데, 거래일 이전ㆍ이후 각 2월의 기간은 상장주식의 내재적인 가치를 평가할 때 적절한 기간으로서 납세자의 예측가능성을 현저하게 해할 정도로 길다고 할 수도 없다[대법원 2020.6.18. 선고 2016두43411 판결, 헌법재판소 2016.2.25. 선고 2014헌바363, 364(병합) 전원재판부 결정, 대법원 등 참조].

(3) 일반적으로 주식은 각 단위 주식이 나누어 갖는 주식회사의 자산가치와 수익가치를 표창하는 것에 불과하지만, 최대주주 등이 보유하는 주식 등은 그 가치에 더하여 당해 회사의 경영권 내지 지배권을 행사할 수 있는 특수한 가치, 이른바 ‘경영권 프리미엄’을 지니고 있다. 그래서 상증세법상 할증평가하는 목적은 이러한 회사의 경영권이 정당한 조세부과를 받지 아니하고 낮은 액수의 세금만을 부담한 채 이전되는 것을 방지하기 위하여 적정한 과세를 위한 공정한 평가방법을 두고자 하는 것이다(대법원 2020.6.18. 선고 2016두43411 판결 참조).

나) 쟁점주식을 보충적 평가방법으로 평가한 후 할증평가(20%)한 가액을 시가로 볼 수 있는지에 대한 판단

청구법인은 쟁점거래의 실질이 장내거래(시간외대량매매)와 동일하므로 거래일 한국거래소 최종시세가액이 쟁점주식의 시가로 보아야 한다고 주장한다. 그러나 다음과 같은 이유에서 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

첫째, 쟁점주식 거래(2,801,559주)와 장내 거래(290,025주)를 비교하면 거래량이 크게 차이가 나므로 쟁점거래를 「법인세법 시행령」제89조 제1항에 정하고 있는 ‘해당 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자가 아닌 제3자와 거래한 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격’(상장주식은 거래일 종가)이 있는 거래로 보기 어렵다.

둘째, 쟁점거래는 한국거래소에서 거래하지 아니한 ‘장외거래’이므로 「법인세법 시행령」제89조 제1항의 괄호 규정(상장주식은 거래일 종가)이 적용될 여지가 없어 ‘시가가 불분명한 경우’에 해당되어, 「법인세법 시행령」제89조 제2항 제2호에 따라 상증세법 제63조 제1항을 준용하여 평가(평가기준일 전 2개월의 평균액, 보충적 평가방법)한 가액을 시가로 봄이 타당하다(조심 2023전0589, 2023.8.31. 등 참조).

셋째, 쟁점주식이 상증세법 제63조 제3항에서 할증평가 대상으로 정하고 있는 ‘최대출자주주 및 그의 특수관계인에 해당하는 주주등의 주식등’에 해당하므로 보충적 평가방법으로 평가한 가액에 20% 할증평가한 가액을 시가로 봄이 타당하다.

넷째, 청구법인은 쟁점주식 거래에 경영권 이전이 수반되지 않았으므로 쟁점거래일 한국거래소 종가를 시가로 보아야 하고, 할증평가하는 것은 부당하다고 주장하나, 최대주주 할증평가 규정은 지배주주가 소유하는 주식은 경영권과 관계가 있고 소액주주가 소유하는 주식에 비하여 양도성 등에 차이가 있어 거래현실상 일반적으로 그 가치가 높게 평가되는 점을 반영하자는 것이지 해당 지배주주의 주식이 이전됨으로써 현실적으로 경영권 이전의 결과가 발생하는지 여부에 따라 그 주식의 평가가 달라진다는 취지를 규정한 것이 아닌 점(대법원 2003.2.11. 선고 2001두8292 판결, 대법원 2018.2.8. 선고 2017두48451 판결), 쟁점주식에는 단순 주식가치 이외 회사의 경영권 내지 지배권을 행사할 수 있는 특수한 가치, 이른바 ‘경영권 프리미엄’이 포함되어 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다.

2) 따라서, 조사청이 쟁점주식을 보충적 평가방법으로 평가한 후 할증평가(20%)한 가액을 시가로 산정하고, 청구법인이 특수관계인인 개인으로부터 저가로 취득한 것으로 보아 법인세를 과세예고한 이 건 과세예고통지는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

이 건 과세전적부심사청구는 심리결과 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 「국세기본법」제81조의15 제5항 제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.