이건 과세전적부심사청구는 불채택한다.

1. 통지내용

가. 청구법인은 2000년 5월 설립 이후 약물 전달시스템에 관한 원천기술을 바탕으로 패치형 의약품을 중심으로 한 의약품 연구개발 및 의약품과 화장품의 OEM, ODM을 주요사업 형태로 영위하는 제약법인이다.

나. A은 청구법인의 최대주주이자 회장으로 있으며 현재 청구법인의 CTO(최고기술책임자)이다.

다. 청구법인은 2019년 4월 2회차ㆍ3회차 전환사채 권면총액 400억원를 발행하고 권면금액의 30%에 해당하는 콜옵션(매도청구권으로 이하  "쟁점콜옵션”)을 부여하였으며, 콜옵션 행사자를 청구법인이 지정하는 내용의 계약을 체결하였다.



라. 청구법인은 2020.2.17. 이사회 의결을 통해 사주 A을 쟁점전환사채 120억원의 쟁점콜옵션 행사자로 지정하고 2021.1.12. 쟁점콜옵션 대가 120백만원(권면가액의 1%)을 수취하였다.
마. C지방국세청장(이하  "조사청”이라 한다)은 2025.1.14.부터 2025.4.22.까지 청구법인에 대해 법인세 통합조사를 실시한 결과,
청구법인이 사주 A을 쟁점콜옵션의 행사자로 지정하고 120백만원을 수령한 행위가「법인세법 시행령」제88조제1항제3호 및 제9호에 따른 쟁점콜옵션의 저가양도에 해당한다고 보아 2025.5.1. 청구법인에 쟁점콜옵션 감정평가액 166억원과 양도가액 120백만원의 차이 164.8억원을 익금산입하여 상여처분한다는 내용의 조사결과통지를 하였다.
바. 청구법인은 위 조사결과통지에 대하여 2025.5.30. 과세전적부심사청구를 제기하였다.
2. 청구 주장
가. 세법상 경제적 실질은 ‘청구법인 → B투자신탁13호(이하  "쟁점투자신탁”이라 한다)’으로 이어지는 구조와 다르지 않음에도, 조사청은 형식적 외관만을 근거로 도관에 불과한 최대주주인 A에게 소득이 귀속된 것으로 의제하여 부당행위계산부인을 적용하였는 바, 이는 실질과세원칙에 위배되는 위법한 처분이다.
1) 청구법인의 대표이사 A은 배임 관련 위험을 회피하기 위해 [청구법인 → A → 쟁점투자신탁]의 순서를 거쳐 쟁점콜옵션 관련 거래를 하였으나, 해당 거래의 실질은 쟁점콜옵션을 쟁점투자신탁에 귀속시키는 것이었다. 이러한 구조의 설계 및 거래의 진행이 형사법적 측면에서 배임행위에 해당하는지는 별론으로 하고, 최소한 세법적인 측면에서 쟁점콜옵션 행사로 발생하는 이익의 실질 귀속자는 쟁점투자신탁 또는 그 투자자(선순위 투자자 및 후순위 투자자인 법인)로 보아야 한다.
2) 대구고등법원(대구고등법원 2021.1.15. 선고 2020누2418 판결 참조)도 원고가 B에게 주식을 양도한 후 B가 교환사채를 발행하는 구조에서 이는 단지 직접 발행 시 제약 회피를 위한 우회수단에 불과하고, 실질적으로는 원고가 직접 교환사채를 발행한 것과 다름없다고 보았다. B는 단순히 외형상 발행과 대금수취 역할을 담당한 도관회사에 불과하고, 교환사채 발행의 실질은 원고에게 귀속된다고 보았다.
나. 부당행위계산부인 규정은 실질과세원칙을 구체화하기 위하여 마련된 보충적 장치에 불과하다.
1) 부당행위계산부인 규정의 적용 여부를 판단하기에 앞서, 우선적으로 당해 거래의 실질을 확정하여 소득이나 이익의 귀속자를 실질과세원칙에 따라 특정하여야 할 것이다. 만일 실질과세원칙에 따라 특정된 귀속자가 특수관계 없는 제3자로 확정된다면, 그 자체로 과세관계가 정립되는 것이므로 더 이상 부당행위계산부인의 규정을 중첩적으로 적용할 여지는 없다.
2) 다시 말해, 부당행위계산부인은 실질과세를 대체하는 것이 아니라 실질과세 판단이 선행된 후에도 여전히 특수관계인 간의 거래형식이 문제되는 경우에 한하여 적용될 수 있는 보충적 규정이다.
3) 따라서 먼저 거래의 실질을 파악하여 소득의 귀속 주체가 누구인지를 확정하여야 하고, 그 결과 실질귀속자가 청구법인과 특수관계에 있지 아니하다면 더 이상 부당행위계산부인의 적용을 논할 수 없다고 할 것이다.
다. 실질과세원칙에 따르면 최대주주인 A은 수단 내지 도관에 불과하고 쟁점투자신탁 또는 그 수익자들이 실질 귀속자이다.
1) 쟁점콜옵션에 관한 일련의 거래는 [청구법인 → A → 쟁점투자신탁]의 순서를 거쳐 이루어졌으나, A이 행사권자로 지정된 것은, 형사상 배임의 위험을 회피하기 위한 장치 내지 수단으로서 청구법인과 쟁점투자신탁 간 거래구조에서 형식적으로 끼워진 도관에 지나지 않는다.
2) 이와 같이 도관 내지 수단에 해당하는 거래가 중간에 개입된 경우, 아래와 같이 대법원 및 하급심 법원들은 조세법상 과세요건사실의 판단은 형식적 외관에 구애될 것이 아니라, 경제적 실질에 따라 귀속 주체를 확정하여야 한다고 판단하고 있다.
① 대법원 1991.12.13. 선고 91누7170 판결은, 토지 매매계약서상의 매수인 명의를 실질적 매수인인 법인 대신에 그 대표이사 개인으로 하고 개인 앞으로 소유권이전등기를 경료한 사안에서, ‘매매계약서상 대표이사 개인 명의가 개입되었더라도 이는 단순히 양도소득세 중과 부담을 피하기 위한 가장행위에 불과하고, 실질은 법인과 매도인 사이의 직접거래’라고 판시하였다.
② 대법원 2013.7.25. 선고 2012두19274 판결 역시, 해산 등기된 법인을 인수하고 대표이사로 등기한 당일 토지에 관하여 매매계약이 체결된 사안에서, 당해 법인은 이 사건 토지 매수ㆍ매도 외에는 영업활동이 없다가 직권폐업된 점 등에 비추어 해산 등기된 법인을 형식적인 당사자로 기재하여 중간에 끼워 넣은 양도 구조를 부인하고, 실질은 토지 소유자와 최종 매수인 간의 직접거래라고 판단하였다.
③ 제주지방법원 2020.1.22. 선고 2018구합5646 판결 광주고등법원 2020누1058 판결, 대법원 2021두36653 판결로 확정되었다.
은 원고가 보유토지를 농업법인에 현물 출자한 후 당일 농업법인이 곧바로 해당 토지를 매수인들에게 양도한 사안에서, 실질은 원고가 해당 토지를 직접 매수인들에게 양도한 것이라고 보았다.
④ 대법원 2021.8.26. 선고 2021두38505 판결 또한 2013.8.25.부터 2013.11. 25.까지 불과 3개월 만에 이루어진 주식양도ㆍ합병ㆍ소각 등 일련의 단계적 거래를 전체적으로 보아, 실질은 원고가 직접 주식을 양도하고 자본환원을 받은 것과 동일하다고 판단하였다.
⑤ 대법원 2024.5.17. 선고 2024두34290 판결 역시 주식증여ㆍ양도ㆍ소각으로 이어진 일련의 단계적 거래가 조세회피 목적을 이루기 위한 수단에 불과하고 실질적으로는 원고가 특정 법인에 해당 주식을 양도하고 주식소각을 통하여 이익잉여금을 배당받은 것과 동일한 경제적 효과를 갖는 거래 또는 행위라고 판시하였다.
즉, 형식적 단계나 중간자의 개입이 가장행위 내지 외형에 불과한 경우, 실질과세원칙에 따라 처음부터 최종적인 실질 귀속자를 기준으로 과세여부를 판단해야 하는 것이다.
3) 이 사건의 경우 청구법인은 (i) 2020.12.18. 청구법인이 A을 쟁점콜옵션의 행사권자로 지정하는 계약을 A과 체결하면서도 (ii) 같은 날 본건 사채권자에 대해서는 청구법인이 쟁점투자신탁을 쟁점콜옵션의 행사권자로 지정한 것으로 통지하였다. 이는 A은 배임을 피하기 위한 수단 내지 외형으로서 활용되었을 뿐, 조세법적 측면에서 거래의 실질 귀속자는 쟁점투자신탁 또는 그 수익자인 법인이라는 것을 방증한다.
4) 요컨대, (i) 최초 FN이 설계한 거래구조에서 알 수 있듯이 쟁점투자신탁이 쟁점콜옵션의 최종 실질귀속자라는 점, (ii) 제반 사정을 고려할 때 이러한 거래구조는 당시 청구법인의 최대주주이자 대표이사였던 A 등 경영진에게 배임죄가 문제되는 것을 피하기 위해 설계된 것으로 보이는 점, (iii) 청구법인은 쟁점콜옵션의 형식적 거래단계인 [청구법인 → A → 쟁점투자신탁]의 순서와 무관하게 본건 사채권자들에게 쟁점콜옵션의 행사권자를 쟁점투자신탁이라고 지정 통지한 점, (iv) 쟁점투자신탁이 실제로 쟁점콜옵션에 따른 권리와 경제적 실익을 향유한 점 등의 사정에 비추어 보면, 이러한 일련의 행위들의 형사법적 의미는 별론으로 하더라도 최소한 조세법적 측면에서 이 사건 거래의 실질적 귀속자는 쟁점투자신탁 또는 그 수익자들임이 명백하다.
5) 따라서 A을 쟁점콜옵션의 실질귀속자로 본 조사청의 전제는, 실질과 괴리된 외관만을 근거로 한 잘못된 사실인정으로서, 앞서 본 일련의 판례들이 일관되게 판시한 실질과세원칙의 적용 법리에 반하는 것이다. 결국 이 사건 거래의 실질귀속자는 쟁점투자신탁 및 그 수익자들이고, A은 단순 도관에 불과하므로, 부당행위계산부인을 전제한 과세처분은 위법ㆍ부당하다고 할 것이다.
라. 실질귀속자인 쟁점투자신탁 또는 그 수익자들을 거래당사자로 하여 부당행위계산 부인 여부 및 소득처분 등을 판단해야 한다.
1) 본건 거래에서 쟁점콜옵션의 실질 귀속자인 쟁점투자신탁은 청구법인과 특수관계가 없다. 한편, 신탁재산에 귀속되는 소득은 그 신탁의 이익을 받을 수익자가 그 신탁재산을 가진 것으로 보고 법인세법을 적용하도록 하고 있으므로(「법인세법」제5조제1항), 법인세법상 부당행위계산 부인 해당 여부를 수익자를 기준으로 판단해야 할 수도 있다. 그러나 쟁점투자신탁의 선순위수익자와 후순위수익자는 모두 주식회사인 법인이므로 이들 중 청구법인과 특수관계인 자가 있더라도 청구법인은 원천징수의무를 부담하지 않는다.
2) 법인세법은 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 배당, 상여, 기타소득, 기타사외유출로 소득처분하도록 하고 있는데, 이중 귀속자가 법인인 경우에는 기타사외유출로 처분하여야 한다(「법인세법 시행령」제106조제1항제1호). 소득처분이 상여가 아닌 기타사외유출인 이상 청구법인에 원천징수의무는 발생하지 않기 때문이다.
3) 요컨대, 실질과세원칙에 의하면, 쟁점콜옵션의 실질 귀속자인 쟁점투자신탁 또는 그 수익자들과 청구법인과의 관계를 살펴 부당행위계산 부인 적용 여부를 판단해야 하며, 이들 중 청구법인과 특수관계가 있어 부당행위계산 부인 대상이 되는 당사자가 있더라도 그 당사자들이 모두 법인인 이상 소득처분은 기타사외유출이 되어야 하고, 이 경우 청구법인에 원천징수의무는 발생하지 않는다.
마. 결론
청구법인과 A 사이에 쟁점콜옵션에 관한 저가 양도거래가 있었다는 이유만으로 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 청구법인에 원천징수의무를 부과한다는 과세논리는 실질과세원칙을 위반한 것으로, 이 사건 세무조사 결과통지는 위법ㆍ부당하다
3. 조사청 의견
가. 청구법인이 사주 A을 쟁점콜옵션 행사자로 지정하고 대가를 수취한 행위는 사실상 양도거래에 해당한다.
1) 쟁점콜옵션의 법적 성격은 매매예약 완결권으로 쟁점콜옵션 행사자 지정은 양도행위에 해당한다.
전환사채는 일반사채인 채무상품에 보통주로 전환할 수 있는 전환권인 지분상품을 부여한 특수한 형태의 사채를 의미한다. 즉, 발행될 때에는 사채이지만 유가증권의 소유자가 일정한 조건으로 전환권을 행사하면 사채는 소멸하고 보통주로 전환되는 사채를 말한다. 전환사채는 일반사채에 주식의 성질을 가미함으로써 사채의 발행을 촉진시키고, 주식으로 전환될 경우에는 증자와 동일한 효과를 누릴 수 있기 때문에 증자의 대용수단으로도 많이 이용되고 있다.
옵션이란  "매매 선택권”을 의미하는데 좀 더 구체적으로 말하자면 상품, 증권, 통화, 금리 등의 기초자산을 대상으로 가격의 변동 방향을 예상하여 사전에 약정한 행사가격과 수량으로 만기까지 계약 쌍방이나 일방의 의사에 의해 매수(콜옵션)하거나 매도(풋옵션)할 수 있는 권리, 또는 그러한 권리를 매매하는 계약이나 거래를 의미한다. 쟁점콜옵션의 경우 전환사채(기초자산)를 매수할 수 있는 권리(콜옵션)에 해당한다.
즉 옵션은 일정기간 내 거래 대상물을 행사가격으로 매입하거나 매도할 수 있는 권리이므로 결국 옵션은 민법상 예약완결권에 해당한다고 볼 수 있고 이러한 매매예약 완결권은 양도성이 있는 권리로 예약완결권이 양도된 경우에는 양수인이 예약완결권을 행사할 수 있으며 예약 상대방의 승낙 또는 이에 대한 통지가 있어야만 그에게 대항할 수 있다.
또한 매매예약 완결권은 예약당사자가 아닌 제3자에게 부여되는 것이 가능하며 채권양도에 준하여 양도할 수 있다는 것이 통설이며 조세심판원은 주식을 기초자산으로 한 콜옵션의 거래에서 해당 거래가 그 양도를 제한하는 법령상 제한이 없는 한 당사자 간 의사가 합치된 콜옵션의 거래는 채권의 양도와 같이 양도할 수 있다고 본 바 있다(조심 2019서1946 결정).
쟁점콜옵션의 행사자 지정의 당사자인 청구법인(양도인)과 A(양수인)간의 쟁점콜옵션의 이전 사실에는 의사가 합치되었다는 점, 이전의 대가로서 120백만원을 수취한 점으로 볼 때 쟁점콜옵션을 양도한 것에 해당한다.
그리고, 조세심판원 역시 이와 유사한 콜옵션의 제3자를 지정한 사안에서 이러한 계약조건인 경우에 콜옵션은 발행회사의 제3자 지정행위를 통해 지정된 자에게 양도할 수 있는 자산이라고 결정한 바 있다(조심2023중3454 결정).
2) 회계적 관점에서도 쟁점콜옵션의 행사자 지정은 금융상품의 양도에 해당한다.
금융위원회는 2022.5.4.보도자료를 통해 전환사채 콜옵션 회계처리에 대한 감독지침을 발표한 바 있는데  "제3자 지정 콜옵션부 전환사채 발행기업은 해당 콜옵션을 별도로 구분하여 회계처리 해야 한다.”라는 해석을 내놓은 바 있다(붙임1-1 금융위원회 감독지침 참고)
한국회계기준원도 전환사채에 대한 콜옵션 계약의 분리가능 여부와 관련한 질의에 대하여  "기업회계기준서 제1109호 문단 4.3.1에 따르면, 특정 금융상품에 부가되어 있는 파생상품이더라도, 해당 금융상품과 독립적으로 양도할 수 있거나, 해당 금융상품과는 다른 거래상대방이 있는 파생상품은 내재파생상품이 아니라 별도의 금융상품이다.”라는 회신을 내놓은 바 있다(한국회계기준원 질의회신, [2022-I- KQA006]  "전환사채에 대한 콜옵션 계약의 분리가능 여부”, 한국회계기준원(2022.), 제3조).
이어서 발행자가 콜옵션의 행사자로서 발행자가 아닌 제3자를 지정할 수 있다는 것은 발행자가 실질적으로 해당 콜옵션을 제3자에게 양도할 수 있다는 것을 의미한다는 답변을 통해 제3자 지정이 가능한 콜옵션의 성질에 있어 양도 가능함을 규정하였다.
또한 한국회계기준원은  "회사가 전환사채를 발행하면서 동시에, 회사가 지정하는 제삼자가 특정 행사가격으로 해당전환사채를 매수할 수 있는 콜옵션계약을 전환사채 투자자와 체결한 경우 회사가 지배주주(임직원은 아니고, 주주로서의 자격을 행사하는 소유주임)를 제삼자로 지정하여 무상으로 콜옵션을 양도한 경우의 회계처리는?”이라는 질의에 대하여
 "회사가 특정주주에게만 콜옵션을 무상으로 양도한 것은 동일한 종류의 지분상품의 소유주가 모두 동등하게 취급된 것이 아니므로, 소유주에 대한 분배가 아닌 교환거래의 성격에 가까우며(제2117호 문단 BC6) 따라서 제거된 금융자산의 장부금액(제거일에 측정)과 수취한 대가의 차액을 당기손익으로 인식”하여야 한다는 회신을 내놓았다(붙임1-2 한국회계기준원의 회신내용, 2022년 5월).
따라서 회계기준원은 콜옵션의 제3자 지정을 교환거래로 보고 그 차익을 당기손익으로 인식한다는 회신을 통해 전환사채의 발행법인이 콜옵션을 제3자에게 지정하는 행위가 기업회계의 관점에서 법인과 주주간의 자본거래가 아닌 손익거래(양도)로 보아야 한다고 본 것으로 확인된다.
이렇듯「법인세법」제43조(기업회계기준과 관행의 적용)와 상기 회계기준원 및 금융감독원의 고시 등을 토대로 본다면 쟁점콜옵션은 분리가능하며 양도가 가능한 금융자산으로서 쟁점콜옵션을 A에게 부여한 행위는 손익거래에 해당한다고 볼 수 있다.
나. 청구법인이 쟁점콜옵션을 사주 A에게 지정한 행위(양도)는 저가양도로서 부당행위계산부인 대상에 해당한다.
1) 청구법인이 이 사건 특수관계인인 A에게 쟁점콜옵션을 저가로 양도한 행위는 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 거래에 해당한다.
청구법인은 2020.12.17. 이사회의사록에서 위 품의서의 내용대로 사주 A을 콜옵션 행사자로 지정하고 그 대가로 콜옵션 원금 120억원의 1%를 수취하는 것으로 의결하였으나 콜옵션 대가에 대한 구체적인 산정 근거는 없으며 이후 조사기간 동안 대가의 적정 여부에 대한 소명자료를 제출하지 못하였다.
이에 조사청은 제3의 자산평가기관인 ㈜E평가에 쟁점콜옵션에 대해 평가기준일을 쟁점콜옵션의 행사자를 A으로 지정한 청구법인의 이사회 결의일(2020.12.17.)로 하여 평가 의뢰하였으며, 다음과 같은 콜옵션 평가금액을 회신받았으며 이를 시가로 보아 과세할 예정이다.
쟁점콜옵션의 행사기간은 2020년 4월 18일부터 2024년 3월 18일까지로 쟁점콜옵션의 행사자로 A을 지정한 날(2020년 12월 17일)에는 콜옵션을 행사할 수 있는 상황에 있었고 이 당시 주식의 종가는 69,700원(당일 일일시세가액 68,100원∼73,200원)으로 전환가액 29,791원보다 컸기 때문에 쟁점콜옵션을 행사하여 전환사채를 매수한 후에 주식으로 전환하고 매각만 한다하더라도 160억원의 소득을 얻을 수 있어 그 가치는 최소 160억원 이상이라고 할 수 있었으며 감정평가액 역시 166억이 산정된 것이다.
또한 쟁점콜옵션의 행사자 지정 당시 청구법인은 세계 최초 치매 패치 치료제인 도네페질의 최종 임상실험인 3상 결과를 기다리고 있던 시점으로 전고점을 연일 경신하던 시기였고 쟁점콜옵션의 행사자 지정 즈음에 증권사에서도 청구법인의 주가에 대해 긍정적인 보고서를 발표하고 있는 상황으로 추후의 주가흐름을 토대로 기대이익이 상당하던 시점인 상황을 보더라도 청구법인이 A에게 양도한 1.2억원은 터무니 없이 저가에 해당한다.
2) 청구법인은 A에게 이익을 분여하기 위하여 쟁점콜옵션을 저가로 양도하였다.
2024.9.27. 금융감독원이 실시한 청구법인의 주식 불공정거래 조사와 관련하여  "조치예정내용 사전통지서(고발)”에서는 금융감독원의 조사에서 사주 A과 ㈜FN 대표 F이 공모하여 쟁점콜옵션 거래를 한 사실을 알 수 있다(붙임2 금융감독원의 조치사전통지서).
당시 신문기사( "[CB콜옵션 사각지대]최대주주를 위한 구조…규제강화도 무용지물”, 이데일리(2021.5.11.))에서도 쟁점콜옵션의 행사자 지정이  "사모펀드를 활용한 대주주 배불리기”에 불과하며  "표면상으로는 경영권 방어라고 하지만 사모펀드의 허점을 노리고 사익을 추구하는 것으로 보인다”는 지적을 내세운 바 있다(붙임3 이데일리 신문기사).
실제로 사주 A의 자녀 소유법인KK㈜는 5.5억원, JJ㈜는 5억원을 2021.1월 펀드에 투자하였으며, 2021.11월 펀드투자수익 14억원과 13억원을 얻었다. 그리고 사주 A은 각 법인으로부터 펀드투자수익 중 11억원(G㈜ 7억원, JJ㈜ 4억원)을 이체받았다.
따라서 쟁점콜옵션의 행사자 지정은 처음부터 청구법인이 사주 A에게 이익을 분여하려는 목적으로 계획된 것으로서 위 일련의 거래에는 경제적 합리성이 결여되어 있다.
다. 청구법인의 사주 A은 청구법인의 회장이자 CTO로서 급여를 지급받았는 바, 청구법인의 쟁점콜옵션 저가 양도와 관련하여 청구법인으로부터 이익을 분여받았으므로 쟁점콜옵션의 시가 166억원과 대가 1.2억원과의 차액 약 165억원에 대해 사주 A에게  "상여” 소득처분은 정당하다.
4.심리 및 판단
가.쟁점
쟁점콜옵션거래의 실질 귀속자는 쟁점투자신탁 또는 그 수익자들이므로 사주 A은 단순 도관에 불과하여 부당행위계산부인 대상거래가 아니라는 청구주장의 당부
나.관련 법령
1)법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】(2019.12.31. 법률 제16833호로 개정된 것)
① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 " 부당행위계산" 이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.
② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 " 시가" 라 한다)을 기준으로 한다.
③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

2)법인세법 시행령 제88조【부당행위계산의 유형】(2020.10.7. 대통령령 제31084호로 개정된 것)
① 법 제52조제1항에서 " 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우" 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우.
9. 그 밖에 제1호부터 제3호까지, 제3호의2, 제4호부터 제7호까지, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우
3) 법인세법 시행령 제89조【시가의 범위】
① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다.
② 법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.
1.「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액
2.「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액.
다. 사실관계
청구법인과 조사청이 제출한 심리자료 등에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.
1) 본 건 과세예고통지세액 내역
청구법인은 2020.2.17. 이사회 의결을 통해 사주 A을 쟁점전환사채 120억원의 쟁점콜옵션 행사자로 지정하고 2021.1.12. 쟁점콜옵션 대가 120백만원(권면가액의 1%)을 수취하였음에도 법인세법 규정에 따라 아무런 세무조정 신고를 하지 아니하였으나, 조사청은 청구법인이 사주 A에게 쟁점콜옵션을 저가에 양도한 것으로 보아 쟁점콜옵션 감정평가액 166억원과 양도가액 120백만원의 차이 164.8억원을 익금산입하고 대표이사에게 165억원(신용카드사적사용분 등 포함)을 소득금액 변동통지(상여)한 사실이 다음과 같이 확인된다.





* 액면가액(@500원)
3) 쟁점전환사채 발행 주요내용
청구법인이 2019.4.18. 2차와 3차 전환사채를 각 발행한 계약의 주요 내용은 다음과 같고, 사채권자는 각 전환사채 발행일부터 1년 6개월이 되는 날부터 조기상환 청구권(Put Option)을 행사할 수 있는 것으로 나타난다.



4) 쟁점전환사채 발행 및 협약의 체결 경위
청구법인은 2019년 무렵 경피약물전달시스템(TDDS) 기술을 기반으로 도네페질 패치(치매 치료용) 관련 다국가 임상을 추진하는 등 다수의 사업을 수행하기 위한 자금이 필요한 상황이었으나, 2018 사업연도 당기 순손실이 약 99억 원에 이를 정도로 자금 상황이 좋지 못하였다.
이에 청구법인은 2019.4.17. 본건 사채권자(사채인수인)들과 제2회 및 제3회 전환사채 발행 및 인수에 관한 계약을 체결하고, 위 인수계약과 별도로 전환사채에 관한  "발행회사의 콜옵션 행사에 관한 협약”을 체결하였다(붙임4 청구법인(발행회사)의 콜옵션 행사에 관한 협약_제2회 전환사채).
본건 협약 제1조에 따르면, 청구법인 및 청구법인이 지정하는 자는 본건 전환사채의 발행일로부터 12개월이 되는 날부터 24개월이 되는 날까지 매 3개월에 해당하는 날에 본건 사채권자들이 보유하고 있는 전환사채 최초 권면총액의 30% 내에서 해당 전환사채를 매수할 수 있는 쟁점콜옵션을 보유하며, 쟁점콜옵션 청구기간과 행사기간은 다음과 같다.



청구법인 및 청구법인이 지정하는 자가 쟁점콜옵션을 행사하기 위해서는 ① 각 차수별 행사일로부터 60일 전부터 30일 전까지 사이에 쟁점사채권자에게 행사청구인명, 콜옵션 행사대상 사채의 수량 및 행사가격을 서면으로 통지해야 하고, ② 이러한 행사통지가 도달한 때에 콜옵션 대상 전환사채에 대한 매매계약이 체결된다(붙임4 발행회사의 콜옵션행사에 관한 협약 제1조제3항 참조).
이후 청구법인은 2019.4.18. 발행금액 합계 400억원 규모의 쟁점전환사채를 발행하였다.
5) 청구법인이 제출한 증빙자료 검토
가) 쟁점투자신탁의 설정 경위
청구법인은 쟁점전환사채를 발행할 무렵 추후 청구법인의 경영안정성을 확보할 목적으로, 쟁점협약에 따라 직접 쟁점콜옵션을 행사할 수 있도록 약정하였다.
이후 청구법인은 최초 콜옵션을 행사할 수 있게 된 2020.4.18.은 물론이고, 재차 콜옵션을 행사할 수 있었던 2020.7.18.에도 직접 쟁점콜옵션을 행사하거나 다른 자를 콜옵션 행사권자로 지정하지 않았다. 2020년 초부터 3분기 말까지 당기 순손실이 약 65억원에 이른 청구법인이나 최대주주는 콜옵션을 행사할 자금 여력이 없었고, 쟁점콜옵션을 제3자가 행사할 경우 쟁점전환사채 발행금액 30% 상당의 주식을 제3자가 보유하게 되어 최대주주의 지분이 희석될 우려가 있었기 때문이다.
다만, 청구법인 및 청구법인이 지정하는 자가 쟁점전환사채 발행일로부터 24개월이 경과한 2021.4.17.까지 쟁점콜옵션을 행사하지 않을 경우, 해당콜옵션은 소멸하게 되고, 쟁점사채권자들이 전환권을 행사하게 되어 최대주주 지분 등이 희석될 우려도 있었다.
이러한 상황에서 FN이 청구법인의 대표이사 A에게 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」(이하 ‘자본시장법’이라 한다)에 따른 집합투자기구를 조성하여 해당 집합투자기구를 쟁점

콜옵션 행사권자로 지정받은 다음, 해당 집합투자기구가 쟁점콜옵션을 행사한 후 쟁점전환사채에 부가된 전환권을 행사하여 주식을 취득하는 방안을 제안하게 되었다.
나) 쟁점투자신탁의 구조
FN은 위 방안을 실행하기 위하여, 2020년 11월 경 투자자를 모집하기 위해 쟁점투자신탁인 B투자신탁제13호에 대한 상품설명서를 작성하였다.
해당 상품설명서에 의하면, 쟁점투자신탁은 선순위 투자자 펀드 청산시점에 신탁원본의 연 복리 5%를 선순위로 분배받고, 본건 투자신탁에 발생한 잔여수익 15%를 추가배당받게 된다.
가 출자하는 합계 120억 원과 후순위 투자자 펀드 청산시점에 신탁원본의 연 복리 5%를 후순위로 분배받고, 본건 투자신탁에 발생한 잔여수익 85%를 추가배당받게 된다.
가 출자하는 합계 15억 원을 재원으로 조성하기로 예정되었다.

다만, 절차적으로는 (배임의 리스크를 줄이기 위해) 청구법인이 최대주주에게 쟁점콜옵션을 권면금액의 1%인 1.2억원에 매도하고, 최대주주는 곧바로 쟁점콜옵션을 쟁점투자신탁에게 동일한 금액으로 매도하여 최종적으로는 쟁점투자신탁이 쟁점콜옵션을 행사하여 수익을 실현하는 구조를 택하였다.

다) 투자구조 변경 관련 법률자문
당초 청구법인의 대표이사였던 A과 FN는 쟁점콜옵션을 [청구법인 → 최대주주 → 쟁점투자신탁]의 단계로 이전하는 구조를 택하였다.
이후 위 계획을 설계한 FN은, [청구법인 → 최대주주 → 쟁점투자신탁]의 단계를 거치지 않고 청구법인이 쟁점투자신탁을 쟁점콜옵션의 행사권자로 곧바로 지정하는 것에 법률상 리스크가 있는지에 관하여 법무법인(유한) G(이하 ‘법무법인 G’)에 법률 자문을 요청하였다.
이에 법무법인 G은 2020.12.14. ‘청구법인이 쟁점투자신탁을 쟁점콜옵션의 행사권자로 직접 지정하는 것은 청구법인 경영진의 형사상 배임죄를 구성할 여지가 있고, 청구법인과 무관한 제3자인 쟁점투자신탁을 쟁점콜옵션 행사권자로 지정하는 것보다 최대주주인 A을 행사권자로 지정하는 것이 배임죄 성립가능성을 낮출 수 있다’는 취지의 법률 검토의견을 송부하였다.
이러한 법률자문 결과에 따라 청구법인의 대표이사였던 A과 FN은 기존에 설계한 대로 [청구법인 → 최대주주 → 쟁점투자신탁]의 단계를 거쳐 쟁점투자신탁이 쟁점콜옵션을 취득할 수 있도록 하였다.
라) 쟁점투자신탁의 (예정된 거래순서에 따라) 쟁점콜옵션 취득
청구법인의 대표이사였던 A은 최초 설계된 구조대로 쟁점투자신탁이 쟁점콜옵션을 취득할 수 있도록 (i) 2020.12.17. 청구법인의 이사회를 개최하여 청구법인이 쟁점콜옵션 행사를 포기하는 대신 그 행사자를 최대주주인 A 자신으로 하는 내용의 이사회 안건을 의결하였고, (ii) 2020.12.18. 청구법인이 최대주주 A을 쟁점콜옵션 행사권자로 지정하고 그 대가로 1억 2,000만 원을 지급받는 계약을 체결하였으며, (iii) 같은 날 본건 사채권자들에게는 쟁점투자신탁이 쟁점콜옵션 행사권자로 지정되었다는 것과 콜옵션 행사대상 전환사채의 수량 및 매매금액 역시 구체적으로 특정되었다는 것을 통지하였으며(붙임 쟁점콜옵션 행사 공문 5 참고), 그에 따라 쟁점투자신탁과 본건 사채권자들 사이에 전환사채에 관한 매매계약이 체결되었다. 청구법인이 본건 사채권자들에게 A이 아니라 쟁점투자신탁을 콜옵션 행사권자로 지정 통지한 것은 예정한 거래구조인 [청구법인 → 최대주주 → 쟁점투자신탁]의 순서에 따라 쟁점투자신탁이 쟁점콜옵션의 최종적이고 실질적인 귀속자였기 때문이다.
이후 A은 2021.1.12. 청구법인에 콜옵션지정 대금을 지급함으로서 청구법인과 A 사이에 체결된 콜옵션 계약은 종결되었고, 이틀 후인 2021. 1.14. A과 쟁점투자신탁의 집합투자업자(위탁자)인 FN 및 피지정자(수탁자)인 J증권 주식회사 사이에, J증권을 쟁점콜옵션 행사권자로 지정하고 그 대가로 1억 2,000만 원을 지급받는 계약도 체결되었다.
한편, 쟁점투자신탁에는 다수의 금융기관이 선순위 투자자로 참여하기로 하였고, 청구법인의 최대주주인 A의 자녀들이 설립한 각 법인(A의 아들이 설립한 JJ 주식회사 및 딸이 설립한KK 주식회사, 이하 각 ‘JJ’ 및 ‘G’, 통칭하여 ‘자녀법인’ 이라 한다) 및 A과 특수관계가 없는 다른 법인이 후순위 투자자로 참여하기로 하였다. 자녀법인 중 JJ는 5억 원을,KK는 5.5억 원을 쟁점투자신탁에 출자하였다.
마) 쟁점투자신탁의 전환권 행사
쟁점투자신탁은 2021.1월경 쟁점콜옵션을 통해 청구법인의 전환사채를 취득한 이후 2021.8월경부터 같은 해 11월경에 걸쳐 전환사채를 제3자에게 매도하여 발생한 차익을 수익권자들에게 배분한 후 청산하였다.
그 결과 쟁점투자신탁에 5억 원을 출자한 JJ(A의 아들이 설립한 법인)는 (세전) 1,434,138,515원을, 5.5억 원을 출자한 KK(A의 딸이 설립한 법인)은 (세전) 1,577,552,367원을 각 수취하게 되었다.
바) 청구법인의 최대주주인 A의 특별경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률위반 등 혐의
청구법인의 최대 주주이자 당시 대표이사였던 A은 2020.12.16. 쟁점콜옵션을 권면금액 120억 원의 1%인 1억 2,000만 원에 양수하여, 실제 가치 대비 현저히 저가로 취득함으로써 청구법인의 업무에 위배하여 약 165억 원 상당의 재산상 이득을 취득하고 청구법인에 손해를 입힌 혐의[특별경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률 위반(배임)]로 검찰에 기소되었다.
6) 조사청이 제시한 증빙자료 검토
가) 쟁점콜옵션 행사자 지정내용
청구법인은 제2회, 제3회 전환사채의 쟁점콜옵션과 관련하여 청구법인이 직접 행사하지 않고 그 행사자를 당사 최대주주 A에게 행사 부여하겠다는 내용이 품의서(붙임5 청구법인 품의서)와 2020.12.17. 실시한 청구법인의 이사회의 의사록에서 확인된다.
나) 청구법인의 주가에 대한 증권사들의 긍정적 전망
쟁점콜옵션의 행사자 지정(2020.12.17.) 당시 청구법인은 세계 최초 치매 패치 치료제인 도네페질의 최종 임상실험인 3상 결과를 기다리고 있던 시점으로 전고점을 연일 경신하던 시기였고, 쟁점콜옵션의 행사자 지정 즈음에 증권사들은 청구법인의 주가에 대해 다음과 같이 긍정적인 보고서를 발표한 것으로 나타난다.
다) 쟁점콜옵션에 대한 감정평가자료
조사청은 ㈜E평가에 쟁점콜옵션에 대하여 감정평가를 의뢰하였고 그 결과 쟁점콜옵션의 평가금액은 다음과 같이 확인된다.



라) 자녀소유 법인의 투자수익 실현
사주 A의 자녀 소유법인KK㈜는 5.5억원, JJ㈜는 5억원을 2021.1월 쟁점투자신탁에 투자하였으며, 2021.11월 투자수익 14억원과 13억원을 얻었다. 그리고 사주 A은 각 법인으로부터 투자수익 중 11억원(G㈜ 7억원, JJ㈜ 4억원)을 이체받은 사실이 금융거래내역에서 확인된다.
라. 판단
1) 관련 법리
「법인세법」제52조에 정한 부당행위계산부인이란, 법인이 특수관계에 있는 자와 거래할 때 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 「법인세법 시행령」제88조제1항 각호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 이는 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2018.10.25. 선고 2016두39573 판결 등).
2) 위 법리와 다음과 같은 사정등을 종합해 볼 때 청구법인의 이사회 의사록과 쟁점콜옵션양수도계약에 따라 쟁점콜옵션거래의 당사자는 청구법인과 사주 A임이 명백히 확인되므로 A이 단순도관에 불과하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.
① 쟁점콜옵션 일련의 거래는 전환사채 발행법인인 청구법인의 전환사채 콜옵션 양도거래와 자녀법인의 펀드 투자거래로 구분되는데, 조사청이 부당행위계산부인규정을 적용하여 과세한 것은 쟁점콜옵션 양도거래이며, 자녀법인의 펀드 투자거래에 대해서는 별도로 법인세를 과세하였는바, 펀드 투자거래에 대하여는 부당행위계산부인규정이 적용될 여지가 없다.

② 사주 A은 전환사채를 발행한 청구법인의 최대주주이자 경영권을 가진 자이고, A 본인이 직접 이사회에 참석하여 쟁점콜옵션을 본인에게 양도하기로 의사결정을 하였으므로 의사결정 능력이 있고 직접 의사결정에 관여한 A 본인이 도관에 불과하다는 논리는 성립될 수 없다.
③ 금융감독원이 2024.9월 실시한 청구법인의 주식 불공정거래 조사 결과 사전통지서 상에 금융감독원은 사주 A과 FN 대표 F이 공모하여 쟁점콜옵션 거래를 한 사실이 확인되는 등 청구법인이 A에게 이익을 분여하기 위하여 쟁점콜옵션을 저가로 양도한 사실이 감독기관에 의해 확인되고 있다.
④ 쟁점콜옵션의 행사자 지정 당시 청구법인은 세계 최초 치매치료제의 최종 임상실험 3상 결과를 기다리고 있던 시점으로 주가 또한 상승세에 있던 시기였고 증권사 또한 긍정적인 보고서를 발표하는 상황으로 추후 기대이익이 상당히 예상되는 시점에 쟁점콜옵션의 감정가액 166억원의 1% 정도인 1.2억원에 양도한 행위는 경제적 합리성을 무시하였다고 볼 수 있다.
3) 따라서 조사청이 청구법인과 사주 A 간의 쟁점콜옵션 저가양수도거래에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세를 과세하겠다는 세무조사결과 통지는 잘못이 없다.
5. 결론
이 건 과세전적부심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 「국세기본법」 제81조의15 제5항 제1호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.