1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위



가. 원고의 부동산 취득 및 양도



1) 원고는 1999년 제1토지 및 같은 동 토지(이하 ‘제2토지’라 한다)를 매수하여 각 소유권이전등기를 마친 후, 제1토지 지상에 건물 1동을, 제2토지 지상에 건물 1동을 각 신축하여(각 1층 근린생활시설 / 2ㆍ3층 주택) 2000년 각 건물에 대한 소유권보존등기를 마쳤다.



2) 이후 원고는 2021년 주식회사 OO주택에 제1토지와 그 지상 건물(이하 ’제1부동산‘이라 한다) 및 제2토지와 그 지상 건물(이하 ’제2부동산‘이라 한다)을 모두 매도하였고, 2021년 9월 제1부동산에 대하여, 2021년 11월 제2부동산에 대하여 각 주식회사 OO주택 명의의 소유권이전등기가 마쳐졌는데, 위 각 부동산이 소재한 안산시는 당시 구 주택법(2021. 8. 10. 법률 제18392호로 개정되기 전의 것) 제63조의2제1항 제1호에서 정한 조정대상지역에 해당하였다.



3) 한편 원고는 충남 태안군 주택을 매수하여 2021. 9월 소유권이전등기를 마쳤다.



나. 원고의 양도소득세 신고 및 경정청구



1) 원고는 제1부동산 양도 후인 2021. 11. 피고에게 양도소득세 예정신고를 하면서 상가 부분에 대하여는 장기보유 특별공제(공제율 30%)를 적용하였으나, 주택 부분에 대하여는 장기보유 특별공제를 적용하지 않고 중과세율을 적용하여 2021년 귀속 양도소득세를 신고하였다



2) 이후 원고는 제2부동산 양도 후인 2022. 1. 피고에게 양도소득세 예정신고를 하면서 전체 부동산에 대하여 장기보유 특별공제(공제율 30%)를 적용하여 2021년 귀속 양도소득세를 신고하였다.



3) 이후 원고는 제1, 2부동산에 대한 양도소득세 산정과 관련하여 전세보증금 반환금, 건물 신축 비용 등이 필요경비로 적용되어야 하고 장기보유특별공제가 적용되어야 한다고 주장하면서, 환급을 구하는 각 경정청구를 하였는데, 피고는 다음과 같은 이유로 원고의 경정청구를 모두 거부하는 처분을 하였다(이하 ’이 사건 처분‘이라 한다).



- 양도가액에서 공제하는 필요경비는 소득세법 제97조 및 같은 법 시행령 제163조에 열거

된 항목에 한하는 것이나 전세보증금은 위 항목에 포함되지 아니하므로 필요경비에 해당

하지 아니한바, 양도가액에서 차감할 수 없으며,



- 원고가 건물 신축에 실지 소요된 가액을 취득가액으로 해달라는 경정청구를 하여 검토한바, 상수도ㆍ전기ㆍ가스설치공사 등 일부 소액 공사비 내역만이 제출되어 확인될 뿐, 건물 신축 도급계약서 및 대금지급내역 등의 증빙은 없는 것으로 확인되며,



- 원고는 해당 부동산 양도 당시 조정대상지역 2주택 보유자로 다주택 중과대상(기본세율+20%)에 해당하고 중과대상인 경우에는 장기보유특별공제 대상에서 제외하도록 규정하고 있는바, 당초 신고내용이 적정하므로 본 경정청구 거부처분 하고자 함.





2. 원고 주장의 요지



원고는 근로상의 형편 내지 그 밖의 부득이한 사유로 제1, 2부동산을 함께 취득ㆍ사용하였으므로, 제1, 2부동산의 양도에 대하여 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제3호(제1부동산에 적용) 및 제10호(제2부동산에 적용)에 따라 중과세율의 적용이 배제되고 장기보유 특별공제에 따른 공제율 40%가 적용되어야 한다.



3. 관계 법령 별지 기재와 같다.



4. 이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단



가. 관련 규정



1) 구 소득세법(2023. 12. 31. 법률 제19933호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제1항은 ’양도소득금액은 양도가액에서 필요경비 및 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다‘고 하면서, 같은 조 제2항에서는 장기보유 특별공제의 대상에서 구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 따른 자산을 제외하고 있다. 그리고 구 소득세법 제104조 제7항은 제1호에서 ’주택법 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택‘의 양도를 양도소득세 중과세율의 적용대상으로 규정하고 있다.





2) 한편 위 위임에 따른 구 소득세법 시행령(2024. 2. 29. 대통령령 제34265호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제167조의10 제1항은 ’법 제104조 제7항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 2개 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다‘고 하면서, 각 호에서 ’수도권 및 광역시ㆍ특별자치시 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 양도 당시 3억원을 초과하지 않는 주택‘(제1호), ’1세대의 구성원 중 일부가 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 인하여 다른 시ㆍ군으로 주거를 이전하기 위하여 1주택을 취득함으로써 1세대 2주택이 된 경우의 해당 주택‘(제3호), ’1세대가 제1호부터 제7호까지의 규정에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우 그 해당 주택‘(제10호) 등을 규정하고 있다.



3) 그리고 소득세법 시행규칙 제83조 제1항은 ’영 제167조의10 제1항 제3호에서 "기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유"란 세대의 구성원 중 일부가 제71조 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다‘고 규정하고 있고, 같은 규칙 제71조 제3항은 각 호에서 ’초ㆍ중등교육법에 따른 학교(초등학교 및 중학교를 제외한다) 및 고등교육법에 따른 학교에의 취학‘(제1호), ’ 직장의 변경이나 전근등 근무상의 형편‘(제2호), ’1년 이상의 치료나 요양을 필요로 하는 질병의 치료 또는 요양‘(제3호)을 규정하고 있다.



나. 제1부동산 중 주택 부분이 장기보유 특별공제의 적용대상인지 여부



1) 앞서 본 인정사실에 의하면 원고는 조정대상지역 내에 제1, 2부동산을 보유한 상태에서 제1부동산을 매도하였으므로, 원고가 제1부동산 중 주택 부분을 매도한 것은 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 2주택에 해당하는 주택을 매도한 것이어서 구 소득세법 제104조 제7항 제1호에서 정한 중과세율 적용대상에 해당하고, 따라서 같은 법 제95조 제2항에 따라 장기보유 특별공제의 대상이 될 수 없다.



2) 다만 원고는 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제3호에 따라 제1부동산 중 주택 부분의 양도에 중과세율이 적용되어서는 안 된다고 주장하는바, 앞서 본 관련 규정을 종합하여 보면 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제3호에 따라 중과세율 적용대상에서 제외되기 위하여는 ’1세대의 구성원 중 일부가 기획재정부령으로 정하는 취학 등의 사유로 인하여 다른 시ㆍ군으로 주거를 이전하기 위하여 1주택을 취득함으로써 1세대 2주택이 된 경우의 해당 주택‘에 해당하여야 한다. 그런데 원고의 주장에 의하더라도 원고는 사업장을 이전하면서 근무의 효율성 및 생산성 향상을 위하여 안산시의 제1부동산 및 제2부동산을 함께 취득하게 되었다는 것인바, 이는 위와 같은 규정의 요건, 즉 소득세법 시행규칙 제71조 제3항에서 정한 ’취학‘(제1호), ’직장의 변경이나 전근등 근무상의 형편‘(제2호), ’1년 이상의 치료나 요양을 필요로 하는 질병의 치료 또는 요양‘(제3호)의 사유로 인하여 다른 시ㆍ군으로 주거를 이전하기 위해서 1주택을 추가로 취득한 경우에 해당하지 아니한다.

따라서 제1부동산 중 주택 부분의 양도가 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제3호에서 정한 중과세율 적용 제외대상에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이를 전제로 한 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.



다. 제2부동산 중 주택 부분이 장기보유 특별공제의 적용대상인지 여부 및 공제율



1) 앞서 본 인정사실에 의하면 원고가 조정대상지역에 소재한 제2부동산 및 충남 태안군 소재 주택을 보유한 상태에서 제2부동산을 매도하였음은 인정된다. 다만 충남 태안군 주택이 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제1호에서 정한 ’수도권 및 광역시ㆍ특별자치시 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 양도 당시 3억원을 초과하지 않는 주택‘에 해당함은 원ㆍ피고 사이에 다툼이 없는바, 그렇다면 제2부동산 중 주택 부분은 같은 항 제10호(’1세대가 제1호부터 제7호까지의 규정에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우 그 해당 주택‘)에 따라 그 양도에 중과세율이 적용되지 않음과 동시에 장기보유 특별공제가 적용되어야 하고, 원고 역시 이와 같은 전제에서

제2부동산 양도 후에 피고에게 양도소득세 예정신고를 하면서 전체 부동산에 대하여 장기보유 특별공제(공제율 30%)를 적용한 것으로 보인다.



2) 다만 원고는 제2부동산 중 주택 부분에 대하여 장기보유 특별공제에 따른 공제율 40%가 적용되어야 한다고 주장하는바, 구 소득세법 제95조 2항은 본문에서 원칙적으로 장기보유 특별공제의 공제율 상한을 30%으로 정하되, 단서에서 ’대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우‘에는 공제율 상한을 40%로 정하고 있다. 그리고 그 위임에 따른 구 소득세법 시행령 제159조의4는 ’법 제95조 제2항 단서에서  "대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다‘고 규정하고 있다.



그런데 원고의 주장에 의하더라도 원고는 제1부동산에 거주하였고 제2부동산에는 원고의 동생이 거주하였다는 것인바, 원고가 제2부동산에 거주한 사실이 없는 이상 제2부동산 중 주택 부분이 구 소득세법 제95조 제2항 단서에서 정한 ’대통령령으로 정하는 1세대 1주택‘에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.



라. 소결론



결국 장기보유특례에 관한 원고의 주장은 모두 이유 없다(한편 원고는 변론종결 이후에 제출한 2025. 9. 25.자 참고서면에서 양도소득금액 산정 시 양도가액에서 전세보증금 반환금액이 공제되어야 한다고도 주장하나, 전세보증금은 구 소득세법 제97조 및 같은 법 시행령 제163조에서 정한 필요경비에 해당하지 아니한다).





5. 결론



원고의 청구는 이유 없으므로 기각한다.