남대문세무서장이 2024.8.8. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 청구법인이 심판청구 과정에서 제출한 OOO의 회계처리 방법으로 조정하여 산정한 청구법인의 자본금 추산액과 관련된 자료가 「법인세법 시행령」제129조의3 제2항의 ‘본점 회계처리 방법으로 조정한 자료’에 해당하는 지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

1.처분개요

가.청구법인은 1976.7.23. 설립된 OOO 소재 A(이하  "OOO 본점”이라 한다)의 국내 지점으로, 2017∼2018사업연도 법인세 신고시 국내 회계처리 방법(K-IFRS)에 따른 청구법인의 총자산액을 기준으로 「법인세법 시행령」제129조의3 제1항 제1호에 따른 자본금 추산액을 산정하여 이에 따라 손금불산입 대상 지급이자(이하  "간주자본 지급이자”라 한다)를 산정하고 이를 손금불산입한 후 2017∼2018사업연도 법인세를 신고ㆍ 납부하였다가, 2023.3.31. 및 2024.3.15. OOO의 회계처리 방법(OOO-GAAP, 이하  "본점 회계처리 방법”이라 한다)에 따른 청구법인의 총자산액을 기준으로「법인세법 시행령」제129조의3 제1항에 따른 자본금 추산액을 산정한 후 간주자본 지급이자를 재산정하여 2017∼2018사업연도 법인세 과세표준을 감액(2017사업연도 OOO원 및 2018사업연도 OOO원)해달라는 취지로 처분청에 경정청구를 제기하였다.

나.처분청은 당초 2017∼2018사업연도 법인세 신고시 국내 회계처리 방법에 따른 청구법인의 총자산액을 기준으로 「법인세법 시행령」제129조의3 제1항에 따른 자본금 추산액을 산정하여 간주자본 지급이자를 손금불산입하였으므로 이를 사후적으로 본점 회계처리 방법으로 변경할 수 없고, 같은 조 제2항 단서에 따라 본점 회계처리 방법으로 조정한 자료 등을 보관ㆍ 비치한 경우에 해당하지 않는 것으로 보아, 2024.8.8. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2024.11.5. 심판청구를 제기하였다.


2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

(1) 청구법인이 당초 신고시 적용한 국내 회계처리 방법이 아닌 본점 회계처리 방법으로 간주자본 지급이자를 재산정하여 법인세 과세표준을 감액해달라는 취지로 제기한 이 건 경정청구는 적법한 경정청구에 해당한다.

(가) 「법인세법 시행령」제129조의3 제1항은 외국법인 국내지점의 자본금 계정상의 금액이 법령이 정하는 바에 따라 산정한 자본금 추산액에 미달하는 경우 간주자본 지급이자를 손금불산입 하도록 규정하고 있고, 자본금 추산액의 경우 국내지점의 총자산액에 외국법인의 본ㆍ지점 전체의 해당 사업연도말 현재 재무상태표상의 총자산액에서 자기자본금이 차지하는 비율을 곱하여 산정한 금액 등으로 산정하도록 규정하고 있으며, 같은 조 제2항은 자본금 추산액을 산정할 때 본ㆍ지점간의 회계처리 방법에 차이가 있으면 본점의 회계처리 방법을 사용할 수 있다고 규정하고 있는데, 이러한 위 규정의 취지는 본ㆍ지점간의 회계처리 방법의 차이 조정을 허용하여 납세자의 부담을 완화하기 위한 것이다.

(나) 당초 청구법인은 국내 회계처리 방법에 따라 자본금 추산액을 산정하여 간주자본 지급이자를 계산한 후 이를 손금불산입하여 법인세를 신고하였으나, 본점 회계처리 방법으로 산정한 자본금 추산액에 따른 간주자본 지급이자를 계산한 결과 당초 신고시의 간주자본 지급이자 금액이 과다신고된 것을 확인하고 이 건 경정청구를 제기하였다.

(다) 한편 처분청은 본ㆍ 지점간의 회계처리 방법이 상이하더라도 당초 법인세 신고시 선택한 회계처리 방법을 임의로 변경하여 간주자본 지급이자를 재산정하는 것이 불가능하므로 이 건 경정청구는 부적법한 경정청구에 해당한다는 의견이나, 법인세법령상 납세의무자가 어느 하나의 방법을 선택하여 법인세를 신고ㆍ 납부할 경우 그 방법을 계속해서 적용하도록 하여 변경을 금지(「법인세법 시행령」제26조 제5항 및 제29조의2 제2항)하거나 일정 기간 이후에나 다른 방법으로 변경이 가능하도록 제한(「법인세법 시행령」제48조 및 제76조 제3항)할 경우 금지 또는 제한을 명시적으로 규정하고 있는 반면, 별도의 금지 또는 제한을 명시하지 않는 경우(「법인세법」제27조 제1항 및 제57조 제1항, 같은 법 시행령 제94조 제7항) 납세의무자의 선택을 존중하도록 해석하고 있고, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는 것인바, 「법인세법 시행령」제129조의3 제2항은 자본금 추산액을 산정할 때 본ㆍ 지점간의 회계처리 방법에 차이가 있으면 본점의 회계처리 방법을 사용할 수 있다고 규정하고 있을 뿐이고, 회계처리 방법의 변경을 일정 기간동안 금지하거나 제한한다는 명문의 규정이 없는 이상, 위 규정에 따라 본점의 회계처리 방법으로 변경하여 간주자본 지급이자를 재산정할 수 있다고 볼 수 있으므로, 청구법인이 제기한 이 건 경정청구는 적법한 경정청구에 해당한다고 볼 수 있다.

(2) 한편 처분청은 청구법인이 본점 회계처리 방법으로 조정한 자료를 보관ㆍ비치하지 않았고, 청구법인이 제출한 본점 회계처리 방법에 따른 재무상태표를 신뢰하기 어려우므로 「법인세법 시행령」제129조의3 제2항에 따라 본점 회계처리 방법으로 조정한 자본금 추산액에 따라 간주자본 지급이자를 재산정할 수 없다는 의견이나, 「국세기본법」제81조의3은 납세자가 제출한 신고서 등을 진실한 것으로 추정하여야 한다고 규정하고 있고, 이에 대하여 조세심판원도 특별한 사정이 없다면 장부에 기록된 내용은 진실한 것으로 추정되고, 장부에 기록된 것이 사실과 다르다면 이는 사실과 다르다는 것을 주장하는 자가 입증해야한다고 결정(조심 2023부10189, 2023.12.27.)하였는바, 국내 회계처리 방법에 따라 작성된 청구법인의 재무상태표 자료를 본점 회계처리 방법에 따라 전환하는 프로그램(Matise, 이하  "쟁점프로그램”이라 한다)을 통해 본점 회계처리 방법으로 작성한 청구법인의 재무상태표 등을 처분청에도 제출하였고, 이는 OOO 본점이 청구법인을 포함한 각 지점의 재무상태표를 쟁점프로그램에 따라 본점 회계처리 방법으로 전환하여 OOO 본점의 재무상태표를 작성하는 방식과 동일한 것으로, OOO 본점이 작성한 재무상태표의 경우 청구법인을 포함한 각 지점의 재무상태표 상세 내역이 기재되어 있지는 않으나 각 지점의 재무상태표상 내용이 모두 반영되어 OOO에서 외부 감사인의 감사를 받아 OOO 금융당국에 신고ㆍ제출된 감사보고서에 포함된 것이므로, 청구법인이 본점 회계처리 방법으로 조정한 자료를 보관ㆍ비치하지 않았다거나 청구법인이 제출한 본점 회계처리 방법에 따른 재무상태표상 구체적인 오류 여부를 판단하지 않고 단순히 신뢰하기 어렵다는 처분청의 의견을 받아들이기 어렵다.

나. 처분청 의견

(1) 「법인세법 시행령」제129조의3 제2항은 본ㆍ 지점 회계처리 방법이 다를 경우 본점의 회계처리 방법을 사용할 수 있다고 규정하고 있을 뿐, 회계처리 방법의 변경에 대하여는 별도로 규정하고 있지 않고, 청구법인의 주장과 같이 각 사업연도별로 회계처리 방법을 변경할 수 있다고 해석한다면 기존에 선택한 회계처리 방법에 따라 발생한 손익의 누적된 차이 금액을 한꺼번에 반영하게 되어 이러한 손익차이로 발생한 총 자산금액의 차이를 과세관청이 조정할 수 없어 납세자의 편의에 따라 납세의무가 변동되고 과세관청의 과세권 행사가 제한되는 결과를 초래하는바, 위 규정의 경우 본ㆍ 지점 회계처리 방법의 차이가 있을 경우 최초 법인세 신고시 외국 본점의 회계처리 방법을 선택할 수 있다는 것으로 해석하는 것이 합리적이므로, 본점 회계처리 방법에 따라 간주자본 지급이자를 재산정하여 법인세 과세표준의 감액을 청구한 이 건 경정청구는 부적법한 경정청구에 해당한다고 보아야 한다.

(2) 또한 청구법인은 국내 회계처리 방법에 따라 작성된 청구법인의 재무상태표를 본점 회계처리 방법으로 변환하는 쟁점프로그램을 통해 조정한 자료를 보관ㆍ비치하고 있고 이를 제출하였다고 주장하나, 청구법인이 제출한 자료의 경우 청구법인이 사용한 쟁점프로그램을 통해 국내 회계처리 방법에 따라 작성된 청구법인의 재무상태표가 본점 회계처리 방법을 적용한 재무상태표라고 주장만 할뿐, 실제 본점 회계처리 방법에 따라 청구법인의 재무상태표상 각 계정 항목별 구체적으로 어떠한 차이가 있는지를 처분청에서 확인할 수 있도록 조정한 자료라고 보기 어렵고, OOO 본점의 감사보고서상에도 본점 회계처리 방법에 따라 청구법인의 자산 등 세부 내역이 기재되어 있지 않고 관계 기관에 별도로 보고된 자료도 없는 상태이므로 청구법인이 본점 회계처리 방법으로 조정한 자료를 보관ㆍ비치한 경우에 해당한다고 볼 수 없어 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.


3.심리 및 판단

가.쟁점

「법인세법 시행령」제129조의3 제2항에 따라 본ㆍ 지점간 회계처리 방법에 차이가 있는 경우로서 본점의 회계처리 방법(OOO-GAAP)으로 청구법인(A 서울지점)의 자본금추산액을 산정하여 그에 미달하는 청구법인의 자본금 금액에 대한 지급이자를 재계산할 수 있다는 청구주장의 당부

나.관련 법령 : < 별지> 기재

다.사실관계 및 판단

(1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다.

(가) 청구법인은 당초 국내 회계처리 방법에 따라 「법인세법 시행령」제129조의3 제1항의 자본금 추산액을 산정하고 그에 따라 간주자본 지급이자를 계산한 후 이를 손금불산입하여 법인세를 신고하였다가, 이후 본점 회계처리 방법에 따라 청구법인의 총자산을 다시 산정하여 그에 따라「법인세법 시행령」제129조의3 제1항의 자본금 추산액 및 간주자본 지급이자를 계산하여 법인세 과세표준을 경정해달라는 취지로 이 건 경정청구를 제기하였다.

<표1> 자본금 추산액 및 간주자본 지급이자 상세내역
○○○

(나) 처분청은 당초 법인세 신고시 선택한 국내 회계처리 방법에 따라 산정한 간주자본 지급이자를 사후적으로 본점 회계처리 방법으로 변경할 수 없고, 청구법인이 본점 회계처리 방법으로 조정한 자료를 비치ㆍ 보관한 경우에 해당하지 않는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

(2) 청구법인이 본점 회계처리 방법에 따라 산정한 청구법인의 총자산을 기준으로 조정한 자료를 보관ㆍ비치하였다고 주장하면서, 다음과 같은 자료를 제출하였다.

(가) OOO 관계법령상 청구법인을 포함한 OOO 본점의 해외 소재 각 지점에 대한 재무제표 공시의무는 없어 OOO 본점의 재무제표가 포함된 감사보고서상 본점 회계처리 방법에 따른 청구법인의 총자산 내역이 계상된 재무제표는 없으나, 아래 <표2>와 같이 OOO 본점으로부터 쟁점프로그램을 활용하여 본점 회계처리 방법으로 산정한 청구법인의 총자산 금액 회신내역을 제출하였다.

<표2> 본점 회계처리 방법에 따른 청구법인의 총자산 내역
○○○

(나) 청구법인은 아래 <표3>, <표4> 및 <표5>와 같이 청구법인의 자산 중 본점 회계처리 방법 및 국내 회계처리 방법상 차이가 있는 규정 및 이에 따라 전환되는 상세 내역을 제출하였다.

<표3> 국내 회계처리 방법 및 본점 회계처리 방법상 관련 규정



<표4> 국내 및 본점 회계처리 방법에 따른 청구법인 자산 항목 조정 세부내역
○○○


<표5> 국내 및 본점 회계처리 방법에 따른 청구법인 자산 항목 조정 세부내역(2017사업연도 기준)
○○○

(3) 「법인세법 시행령」제129조의3 규정과 관련 개정세법해설 자료는 아래 <표3>과 같다.

<표3>「법인세법 시행령」제129조의3 관련 개정세법해설(2009년 개정세법 해설)



(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.


(가) 「법인세법 시행령」제129조의3 제2항은 자본금 추산액을 산정할 때 본ㆍ지점 간 회계처리 방법에 차이가 있으면 본점의 회계처리 방법을 사용할 수 있다고 규정하고 있는바, 국내 회계처리 방법으로 자본금 추산액을 산정하였다고 하더라도 위 규정의 문언상 이는 당초 법인세 신고시 본점 회계처리 방법을 선택하여야 한다거나 신고 이후 본점 회계처리 방법으로 변경하는 것을 제한한다고 해석할 특별한 사정이 없는 것으로 보이므로, 본점 회계처리 방법으로 자본금 추산액을 산정하여 간주자본 지급이자를 계산하고 그에 따라 법인세 과세표준을 감액해달라는 취지의 경정청구를 제기할 수 있다고 보아야 할 것이다.

(나) 「법인세법 시행령」제129조의3 제2항은 단서조항으로 본점의 회계처리 방법으로 조정한 자료를 보관ㆍ비치한 경우에 본점의 회계처리 방법을 사용하여 자본금 추산액을 산정할 수 있도록 규정하고 있는데, 청구법인이 이 건 경정청구시 처분청에 본점 회계처리 방법으로 조정한 자료로서 제출한 청구법인의 총자산액 회신내역의 경우 OOO 본점 감사보고서상 기재된 내용이거나 외부에 공시된 자료가 아니나, OOO 본점의 감사보고서상 기재된 OOO 본점의 재무제표상 청구법인을 포함한 모든 지점의 재무제표가 포함되어 작성되었고, 청구법인이 이 건 심판청구시 본점 회계처리 방법에 따라 청구법인의 자산 항목별 세부 조정 내역 및 관련 규정 등의 소명자료를 제출하였는바, 위 자료가 본점 회계처리 방법으로 조정한 자료에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 할 것이다.

4.결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

< 별지> 관련 법령 등

(1)국세기본법

제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 3개월 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

(2)법인세법

제92조(국내원천소득 금액의 계산) ⑦ 외국법인의 국내사업장과 관련된 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 국외의 본점 및 다른 지점의 손비 배분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3)법인세법 시행령

제129조의3(외국법인 본ㆍ지점 간의 자금거래에 따른 이자의 손익 계산) ① 외국법인 국내지점의 자본금 계정상의 금액이 다음 각 호에 따라 산정한 금액(이하 이 조에서  "자본금 추산액”이라 한다)에 미달하는 경우에는 외국법인의 본점 또는 해외지점으로부터 공급받은 총자금 중 그 미달하는 금액에 상당하는 금액에 대한 지급이자(이하 이 조에서  "간주자본 지급이자”라 한다)를 손금에 산입하지 않는다. 이 경우 국내지점은 다음 각 호의 어느 하나의 금액을 선택하여 적용할 수 있다.
1. 국내지점의 총자산액에 외국법인의 본ㆍ지점 전체의 해당 사업연도 말 현재 재무상태표상의 총자산액에서 자기자본금이 차지하는 비율을 곱하여 산정한 금액
2. 국내지점의 기능, 소유자산, 부담한 위험 등을 반영하여 기획재정부령으로 정하는 방법으로 산정한 금액
② 자본금 추산액을 산정할 때 본ㆍ지점 간 회계처리 방법에 차이가 있으면 본점의 회계처리 방법을 사용할 수 있다. 이 경우 국내지점은 본점의 회계처리 방법으로 조정한 자료를 보관ㆍ비치하여야 한다.
③ 「국제조세조정에 관한 법률」 제22조에 따라 손금에 산입되지 않는 지급이자(이하 이 항에서  "과소자본 지급이자”라 한다)와 간주자본 지급이자가 동시에 발생한 경우에는 다음 각 호에 따른다.
1. 간주자본 지급이자가 과소자본 지급이자보다 적은 경우에는 손금에 산입하지 아니하는 간주자본 지급이자는 없는 것으로 본다.
2. 간주자본 지급이자가 과소자본 지급이자보다 많은 경우에는 간주자본 지급이자에서 과소자본 지급이자를 뺀 금액만을 손금에 산입하지 아니한다.
④ 제1항의 적용대상 국내지점 등 그 밖의 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

(4)법인세법 시행규칙

제63조의2(외국법인 본ㆍ지점 간의 자금거래에 따른 이자의 손익 계산) ① 영 제129조의3 제1항 제2호에서  "기획재정부령으로 정하는 방법”이란 국제결제은행이 정하는 기준에 따라 국내지점의 위험가중자산에 외국법인 본ㆍ지점의 자기자본(영 제129조의3 제1항 제1호의 자기자본금을 말한다)이 위험가중자산에서 차지하는 비율을 곱하여 산정한 방법을 말한다. 이 경우 외국법인 본ㆍ지점이 국제결제은행이 정하는 기준을 다른 방법으로 적용하고 있는 경우에는 본점의 적용방법으로 조정할 수 있다.
② 영 제129조의3 제1항의 적용대상 국내지점은 외국은행 국내지점으로 한다.