심판청구를 기각한다.

1. 처분개요



가. SK에코플랜트 주식회사(이하  "SK에코플랜트”라 한다)는 아래 ＜표1＞과 같이 청구법인 리뉴원 주식회사(이하  "리뉴원”이라 한다) 등(이하  "이 건 피인수법인들”이라 한다)의 주식을 인수하여 100% 과점주주가 됨에 따라, 「지방세법」제7조 제5항에 따라 청구법인 리뉴원 주식회사 등이 소유하고 있던 부동산 등(이하  "이 건 부동산”이라 한다)에 대하여 아래 ＜표2＞와 같이 취득세 등 합계 2,002,177,840원을 신고ㆍ납부하였다.



＜표1＞ SK에코플랜트의 주식 인수내역

(단위 : 주, %)



※ 리뉴랜드청주㈜의 경우 SK에코플랜트가 전체 주식의 70%를 취득하였으나, 나머지 30%는 리뉴랜드청주㈜가 보유한 자기주식이므로, SK에코플랜트가 100% 과점주주에 해당함.



＜표2＞ SK에코플랜트의 과점주주 취득세 신고ㆍ납부 내역

(단위 : 원)



나. 청구법인 리뉴원은 2023.9.1. ㈜그린환경기술, ㈜이메디원, ㈜디디에스, 새한환경㈜, 도시환경㈜, 리뉴랜드청주㈜ 등 6개 법인(이하  "이 건 피합병법인들”이라 한다)을 흡수합병(이하  "이 건 합병”이라 한다)하여, 이 건 피합병법인들이 소유한 부동산 등(이하  "쟁점①부동산”이라 한다)을 취득함에 따라 「지방세특례제한법」제57조의2(기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면)에 따른 감면을 적용하여 아래 ＜표3＞과 같이 취득세 등 합계 897,233,550원을 신고ㆍ납부하였다.



＜표3＞ 청구법인 리뉴원의 취득세 등 신고ㆍ납부 내역

(단위 : 원)



다. 청구법인 리뉴원은 2023.10.1. 아래 ＜표4＞와 같이 물적분할(이하  "이 건 분할”이라 한다)하여 청구법인 리뉴에너지새한 주식회사(이하  "리뉴에너지새한”이라 한다), 청구법인 리뉴에너지메트로 주식회사(이하  "리뉴에너지메트로”라 한다) 등 7개 법인(이하  "이 건 분할신설법인들”이라 한다)을 설립하였고, 이 건 분할신설법인들은 이 건 분할에 따라 청구법인 리뉴원으로부터 취득한 부동산 등(이하  "쟁점②부동산”이라 하고, 쟁점①부동산과 합하여  "쟁점부동산”이라 한다)에 대하여 「지방세특례제한법」제57조의2(기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면)에 따른 감면을 적용하여 아래 ＜표5＞와 같이 취득세 등 합계 1,020,714,060원을 신고ㆍ납부하였다.



＜표4＞ 청구법인 리뉴원의 이 건 분할 내용 요약



＜표5＞ 이 건 분할신설법인들의 취득세 등 신고ㆍ납부 내역

(단위 : 원)



라. 청구법인들은 2024.9.26. 처분청들에게 ① 등록이 필요하지 아니한 기계설비는 취득세 과세대상이 아니므로 이 건 합병 및 이 건 분할 과정에서 기계설비에 대하여 신고ㆍ납부한 취득세는 환급되어야 하고, ② SK에코플랜트가 이 건 부동산에 대하여 과점주주에 따른 간주취득세를 납부하였으므로, 청구법인들은 이 건 합병 및 이 건 분할 과정에서 쟁점부동산에 대하여 취득세 등을 이중으로 납부할 의무가 없다는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청들은 2024.11.26. 청구법인들의 경정청구 중 기계설비의 취득과 관련한 취득세 등은 환급하였으나, 나머지 경정청구는 거부하였다.



마. 청구법인들은 이에 불복하여 2025.1.7. 심판청구를 제기하였다.



＜표6＞ 청구법인들의 심판청구 내용



2. 청구법인 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인 주장



(1) SK에코플랜트가 2021.8.27. 등에 이 건 피인수법인들의 주식을 인수함에 따라 이 건 부동산에 대하여 과점주주 간주취득세를 납부하였으므로, 청구법인들이 이 건 분할 및 이 건 합병에 따라 취득하는 쟁점부동산에 대하여 취득세를 다시 납부하는 것은 동일한 과세물건에 대한 이중과세에 해당한다고 할 것인바, 처분청들의 거부처분은 위법하다.



(가) 대법원은 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 자에 대한 간주취득세는 실제 법인의 자산을 취득하지는 아니하였지만 임의처분하거나 관리운용할 수 있는 지위를 취득한 것을 그 자산 자체를 취득한 것으로 의제하여 취득세를 부과하는 것이므로, 이후 그 과점주주가 그 법인의 자산 전부를 실제 취득하고 취득세를 납부하였다면, 그 중 과점주주가 이미 납부한 간주취득세 상당액 부분은 동일한 물건의 취득에 대한 이중과세에 해당한다고 판시한바 있다.



또한, 과점주주에 해당하는지와 관련하여 대법원은 과점주주 중 특정 주주 1명의 주식의 증가를 기준으로 판단하는 것이 아니라 과점주주 집단이 소유한 총주식 비율의 증가를 기준으로 판단하여야 하는 것으로 판시하고 있다. 즉 당해 법인의 주주가 아니었던 자가 기존의 과점주주와 친족 기타 특수관계를 형성하면서 기존의 과점주주로부터 그 주식의 일부 또는 전부를 이전받아 새로이 과점주주가 되는 경우에도 기존의 과점주주와 새로운 과점주주가 소유한 총주식의 비율에 변동이 없다면 간주취득세의 과세대상이 될 수 없다(대법원 2021.5.7. 선고 2020두49324 판결 참조).



(나) 그런데 이 사건에서 SK에코플랜트는 이 건 피인수법인들의 주식을 100% 인수하여 과점주주가 됨에 따라 이 건 부동산에 대하여 간주취득세를 납부하였는데,



그 이후 청구법인 리뉴원은 이 건 합병 과정에서 과점주주가 되었고, 과점주주 비율(100%)에 변동이 없으며, 이 건 합병에 따라 이 건 부동산 중 일부인 쟁점①부동산에 대하여 이중으로 취득세 등을 납부하였으므로, 이는 이중과세에 해당한다.



(다) 또한, 이 건 분할 과정에서 이 건 분할신설법인들이 취득한 쟁점②부동산에 대해서도, SK에코플랜트가 이미 이 건 피합병법인들의 주식을 인수하는 과정에서 간주취득세를 납부하였으므로, 이 건 분할신설법인들의 쟁점②부동산의 취득에 대해서 취득세를 다시 납부하는 것 또한 이중과세에 해당한다고 할 것이다.



(라) 따라서, 처분청들이 청구법인들이 경정청구를 거부한 이 건 처분은 위법하다.



나. 처분청 의견



이중과세란 과세물건의 전부 또는 일부에 대하여 중복적으로 과세권이 행사되는 것을 뜻하는데, 이 사건의 경우 납세의무자, 취득의 시기, 납세의무의 성립요건 등이 각각 다르기 때문에 이는 이중과세가 아닌 별개의 취득행위로서 납세의무도 각각 따로 성립하는 것으로 보아야 한다.



청구법인이 제시한 대법원 판례 등은  "과점주주가 됨에 따라 취득세를 납부한 법인”이 해당 부동산을 세법상 소유한 것으로 간주되어 취득세를 납부하였으므로, 추후 실제 해당 부동산의 소유권을 취득하였다 하더라도 이미 세법상 소유한 것으로 간주되어 취득세를 납부했던 이상 실제 취득 과정에서 다시 취득세를 부과할 수 없다는 판례이다. 즉 과점주주가 되어 부동산 등을 취득한 것으로  "간주되었던 법인”이 실제 소유권을 취득하는 경우 다시 취득세를 부과하는 것은 이중과세에 해당한다는 취지이나, 이 사건에서 청구법인 리뉴원이나 이 건 분할신설법인들은 이 건 피인수법인들의 주식을 취득하여 과점주주가 되었던 사실이 없으므로, 동일한 부동산이라 하더라도 납세의무 주체, 취득 시기, 납세의무 성립요건 등이 달라 이중과세에 해당한다고 볼 수 없다.



따라서, 처분청들이 청구법인들의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



SK에코플랜트가 이 건 부동산에 대한 간주취득세를 납부하였으므로, 청구법인들이 이 건 합병 및 이 건 분할 과정에서 쟁점부동산에 대하여 취득세를 납부한 것은 이중과세에 해당한다는 청구주장의 당부



나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.



(가) SK에코플랜트는 2021.8.27. 등에 위 ＜표1＞과 같이 이 건 피인수법인들의 주식을 인수하여 100% 과점주주가 되었으며, 「지방세법」제7조 제5항에 따라 이 건 부동산에 대하여 위 ＜표2＞와 같이 취득세 등 합계 2,002,177,840원을 신고ㆍ납부하였다.



(나) 청구법인 리뉴원은 2023.9.1. 이 건 피합병법인들을 합병을 하여, 쟁점①부동산을 취득함에 따라 「지방세특례제한법」제57조의2(기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면)에 따른 감면을 적용하여 위 ＜표3＞과 같이 취득세 등 합계 897,233,550원을 신고ㆍ납부하였다.



(다) 청구법인 리뉴원은 2023.10.1. 위 ＜표4＞와 같이 물적분할하여 이 건 분할신설법인들을 설립하였으며, 이 건 분할신설법인들은 쟁점②부동산에 대하여 「지방세특례제한법」제57조의2(기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면)에 따른 감면을 적용하여 위 ＜표5＞와 같이 취득세 등 합계 1,020,714,060원을 신고ㆍ납부하였다.



(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인들은 SK에코플랜트가 이 건 피인수법인들의 주식을 인수하면서 이 건 부동산에 대한 간주취득세를 납부하였으므로, 청구법인들이 이 건 합병 및 이 건 분할 과정에서 쟁점부동산에 대한 취득세를 재차 납부한 것은 이중과세에 해당한다고 주장한다.



대법원 2009.4.23. 선고 2006다81257 판결 등은, 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 자에 대한 간주취득세는 실제 법인의 자산을 취득하지는 않았지만 임의처분하거나 관리운용할 수 있는 지위를 취득한 것으로 보고 그 자산 자체를 취득한 것으로 의제하여 취득세를 부과한 것이므로, 그 후 그 ‘과점주주’가 영업양수도 방식으로 법인의 자산 전부를 실제 취득하고 취득세를 납부하였다면, 그 중 ‘과점주주’가 이미 납부한 간주취득세 상당액 부분은 동일한 물건의 취득에 대한 이중과세에 해당한다고 판시한바 있다.



위 대법원 판례는 판시 내용 그대로 ‘간주취득세를 납부한 과점주주’가 그 대상 자산 전부를 실제 취득한 경우 재차 취득세를 납부하는 것이 이중과세에 해당한다는 것이므로, 만일 ‘과점주주’인 SK에코플랜트가 이 건 피합병법인들을 합병하였다면 이중과세에 해당한다고 볼 수 있을 것이다. 그러나 청구법인 리뉴원은 이 건 합병 이전에 이 건 피합병법인들에 대한 지분을 취득하여 그에 관한 권리를 실질적으로 행사할 수 있는 지위에 있었던 과점주주에 해당하지 아니하는바, 쟁점①부동산을 간주취득한 바 없다 할 것이므로, 청구법인 리뉴원이 이 건 합병 과정에서 쟁점①부동산을 취득하면서 취득세를 납부하였다 하더라도 이를 이중과세에 해당한다고 볼 수 없다.



또한 이 건 분할은 분할로 인하여 ‘새로운 법인’이 설립되면서 분할전 법인인 청구법인 리뉴원의 일부 분리독립가능한 사업부분을 승계받고 이에 대한 대가로 주식을 분할전 법인에게 교부하는 방식으로 이루어지는 물적분할에 해당하고, 이 건 분할신설법인들 중 하나인 청구법인 리뉴에너지새한과 청구법인 리뉴에너지메트로는 이 건 분할에 의하여 최초로 설립된 새로운 법인(이 건 피인수법인들과 이 건 분할신설법인들은 사업내용이 비슷하다 하더라도 법인격이 같지 아니하므로 이를 동일한 법인이라고 볼 수 없다)이므로, 이 건 피인수법인들에 대한 과점주주가 될 여지가 없다 할 것이다. 따라서 청구법인 리뉴에너지새한과 리뉴에너지메트로가 이 건 분할로 인하여 쟁점②부동산을 취득하면서 취득세를 납부하였다 하더라도 이 또한 이중과세에 해당한다고 볼 수 없다.



따라서, 처분청들이 청구법인들을 쟁점부동산에 대한 취득세 납세의무자에 해당한다고 보아 청구법인들의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.





4. 결 론



이 건 심판청구는 심리 결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.





2025. 10. 23.





주심조세심판관 이 화 진

배석조세심판관 홍 삼 기

오 광 욱

허 원

＜별지＞ 관련 법령



(1) 지방세법



제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주 중 대통령령으로 정하는 과점주주(이하  "과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 「지방세기본법」 제44조를 준용한다.



(2) 지방세법 시행령



제10조의2(과점주주의 범위) ① 법 제7조 제5항 전단에서  "대통령령으로 정하는 과점주주”란 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주 중 주주 또는 유한책임사원(이하  "본인”이라 한다) 1명과 그의 특수관계인 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 특수관계인을 말한다.

1. 「지방세기본법 시행령」 제2조 제1항 각 호의 사람

2. 「지방세기본법 시행령」 제2조 제2항 제1호의 사람으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사람

가. 주주

나. 유한책임사원

3. 「지방세기본법 시행령」 제2조 제3항 제1호 가목에 따른 법인 중 본인이 직접 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

4. 「지방세기본법 시행령」 제2조 제3항 제2호 가목에 따른 개인ㆍ법인 중 해당 개인ㆍ법인이 직접 본인인 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 개인ㆍ법인

5. 「지방세기본법 시행령」 제2조 제3항 제2호 나목에 따른 법인 중 본인이 직접 또는 제4호에 해당하는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

② 제1항 제3호부터 제5호까지에 따른 법인의 경영에 대한 지배적인 영향력의 기준에 관하여는 「지방세기본법 시행령」 제2조 제4항 제1호 가목 및 같은 항 제2호를 적용한다. 이 경우 같은 항 제1호 가목 및 제2호 나목 중  "100분의 30”은 각각  "100분의 50”으로 본다.



(3) 지방세기본법



제46조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목의 경우에는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하  "과점주주”라 한다)



(4) 지방세기본법 시행령



제2조(특수관계인의 범위) ① 「지방세기본법」(이하  "법”이라 한다) 제2조 제1항 제34호 가목에서  "혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하  "친족관계”라 한다)를 말한다.

1. 4촌 이내의 혈족

2. 3촌 이내의 인척

3. 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 사람을 포함한다)

4. 친생자로서 다른 사람에게 친양자로 입양된 사람 및 그 배우자ㆍ직계비속

5. 본인이 「민법」에 따라 인지한 혼인 외 출생자의 생부나 생모(본인의 금전이나 그 밖의 재산으로 생계를 유지하는 사람 또는 생계를 함께 하는 사람으로 한정한다)

② 법 제2조 제1항 제34호 나목에서  "임원ㆍ사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하  "경제적 연관관계”라 한다)를 말한다.

1. 임원과 그 밖의 사용인

2. 본인의 금전이나 그 밖의 재산으로 생계를 유지하는 사람

3. 제1호 또는 제2호의 사람과 생계를 함께하는 친족

③ 법 제2조 제1항 제34호 다목에서  "주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계”란 다음 각 호의 구분에 따른 관계(이하  "경영지배관계”라 한다)를 말한다.

1. 본인이 개인인 경우

가. 본인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

나. 본인이 직접 또는 그와 친족관계, 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

2. 본인이 법인인 경우

가. 개인 또는 법인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 본인인 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 개인 또는 법인

나. 본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

다. 본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계, 가목 또는 나목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

라. 본인이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 기업집단에 속하는 경우 그 기업집단에 속하는 다른 계열회사 및 그 임원

④ 제3항 제1호 각 목, 같은 항 제2호 가목부터 다목까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 구분에 따른 요건에 해당하는 경우 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다.

1. 영리법인인 경우

가. 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자한 경우

나. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우

2. 비영리법인인 경우

가. 법인의 이사의 과반수를 차지하는 경우

나. 법인의 출연재산(설립을 위한 출연재산만 해당한다)의 100분의 30 이상을 출연하고 그 중 1명이 설립자인 경우