1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2024. 3. 1. 원고에게 별지1 표 기재와 같이 한 2017년 제1기부터 2021년 제1기까지 부가가치세 및 가산세 합계 550,515,090원(가산세 199,558,399원 포함)의 경정ㆍ고지처분을 취소한다.

1. 이 사건 처분의 경위

가. 소외 BB선교회는 2014. 10. 10. ‘○○수목장림’이란 명칭으로 ○○시 ○○ ○○ 29-2 및 29-3 일대에 수목장림을 조성하기 위해, 자신을 조성자 및 관리인으로하여 ○○시장에 종교단체의 법인등자연장지 조성허가를 신청하였고, ○○시장은 2014. 11. 4. BB선교회에 종교단체 자연장지 조성허가증을 교부하였다.

나. 원고는 2013년 2월 개업하여 ○○시 ○○ ○○ 8에서 묘지ㆍ수목장 관리운영 및 알선업을 영위하는 법인으로, 2017. 12. 29. BB선교회와 ‘수목장지 관리업무 협약서’를 작성하였다. 위 업무협약서의 주요 내용은 아래와 같다(협약서의  "갑”은 BB선교회,  "을”은 원고를 말한다).

다. 원고는 위 업무협약에 따라 일반인들에게 수목장 분양 및 관리용역(이하 ‘이 사건 용역’이라 한다)을 제공하고, 이 사건 용역 제공에 따른 매출이 면세용역에 해당한다고 보아 부가가치세를 신고하지 않았다.

라. 피고는 2023. 12. 11.부터 2024. 2. 3.까지 원고에 대하여 2017년 1기부터 2021년 1기까지 부가가치세 부분조사를 실시하여, 원고가 제공한 이 사건 용역은 부가가치세법 제26조에서 정한 부가가치세 면세대상에 해당하지 않는다고 보아 2024. 3. 1. 원고에게 별지1 표 기재 같이 2017년 1기 내지 2021년 1기 부가가치세 합계 550,515,090원(가산세 합계 199,558,399원 포함)을 고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2024. 11. 7. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 6호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함. 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 원고는 BB선교회로부터 수목장 사업과 관련하여 수익의 귀속을 포함한 모든 권한을 부여받았다. 장사 등에 관한 법률(이하 ‘장사법’이라 한다) 제16조는 법인등자연장지의 ‘조성’에 관하여만 허가사항으로 규정하고 ‘관리’는 별도 허가사항으로 규정하지 않고 있으므로, 원고가 BB선교회와 맺은 관리계약에 따라 제공한 이 사건 용역은 부가가치세 면세대상에 해당한다.

나. 원고는 2013. 2. 1. 면세사업자로 등록신청하여 피고로부터 면세사업자등록증을 발급받았고, 2015. 11. 사업자등록증 재발급시 면세사업자등록증으로 재발급하여 주었다. 피고는 원고에 대한 2018년 법인통합조사 당시 이 사건 용역에 대하여 부가가치세를 과세하지 아니하는 세무조사결과통지를 하였고, 피고는 원고가 사업을 시작하고 10년 가까이 부가가치세를 과세하지 않았다. 한편 부가가치세법 시행령 제35조 제7호가 2022. 2. 15. 개정되기 전까지는 장사법 제14조부터 제15조만 면세하는 의료보건 용역의 범위로 규정하고 있었는데(장사법 제16조 사설묘지와 수목장을 포함한 자연장지는 제외되어 있었음), 사설묘지와 자연장지 모두 유해를 모시는 동일 시설임에도 자연장지를 면세대상에서 제외한 것은 입법미비이다. 이러한 사정들을 고려하면, 피고의 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙에 위반한 처분으로 취소되어야 한다.

3. 판단

가. 관계 법령

별지2 기재와 같다.

나. 이 사건 용역이 부가가치세 면세대상 용역에 해당하는지 여부

1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이지 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다(대법원 2008. 10. 9. 선고 2008두11594 판결 등).

2) 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 용역이 부가가치세 면세대상 용역에 해당한다고 할 수 없으므로, 이 부분 원고 주장은 받아들일 수 없다.

가) 구 부가가치세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32419호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법 시행령’이라 한다) 제35조 제7호는 ‘장사법 제14조 및 제15조에 따라 사설묘지, 사설화장시설 또는 사설봉안시설을 설치한 자가 제공하는 화장, 묘지분양 및 관리업 관련 용역’을 면세대상으로 규정하고 있었다. 이후 위 규정은 2022. 2. 15. 대통령령 제32419호로 ‘장사법 제14조부터 제16조까지의 규정에 따라 사설묘지, 사설화장시설, 사설봉안시설 또는 사설자연장지를 설치ㆍ관리 또는 조성하는 자가 제공하는 묘지분양, 화장, 유골 안치, 자연장지분양 및 관리업’이라고 개정되어, 면세대상 용역에 사설자연장지 관련 분양 및 관리업 관련 용역을 추가하였다.

나) 피고는 원고가 2017년 1기부터 2021년 1기까지의 과세기간(2017. 1. 1.부터 2021. 6. 30.까지)에 제공한 이 사건 용역에 대하여 부가가치세를 과세하였다. 그런데 이는 부가가치세법 시행령 제35조 제7호가 개정되기 전에 공급한 용역에 대한 것이므로 이 사건 용역에 대해서는 개정 전 규정이 적용된다.

다) 개정 전 부가가치세법 시행령 제35조 제7호는 사설묘지, 사설화장시설 또는 사설봉안시설을 설치한 자가 제공하는 화장, 묘지분양 및 관리업 관련 용역만을 면세용역으로 규정하고 있을 뿐인데, 이 사건 용역은 ‘수목장지의 관리자가 행하는 수목장지의 분양 및 관리’이므로, 법인등자연장지의 관리가 허가사항인지 여부와 무관하게 이 사건 용역은 면세용역에 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 용역이 부가가치세 면세대상이라는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

다. 이 사건 처분이 신뢰보호원칙에 위반되었는지 여부

1) 일반적으로 조세 법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되는 요건으로서는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다는 점을 들 수 있으며, 이러한 요건을 모두 충족할 때에 한하여 과세관청의 처분은 신의성실의 원칙에 위반되는 행위로서 위법하다(대법원 1995. 9. 29. 선고 95누7376 판결 등 참조).

부가가치세법상의 사업자등록은 과세관청으로 하여금 부가가치세의 납세의무자를 파악하고 그 과세자료를 확보케 하려는 데 입법취지가 있는 것으로서, 이는 단순한 사업사실의 신고로서 사업자가 소관 세무서장에게 소정의 사업자등록신청서를 제출함으로써 성립되는 것이고, 사업자등록증의 교부는 이와 같은 등록사실을 증명하는 증서의 교부행위에 불과한 것이며, 이와 마찬가지로 사업자등록증에 대한 검열 역시 과세관청이 등록된 사업을 계속하고 있는 사업자의 신고사실을 증명하는 사실행위에 지나지 않는 것으로 세무서장이 납세의무자의 면세사업자등록증을 검열하고, 이에 따른 사업자등록증을 교부하거나 면세사업자로서 한 부가가치세 예정신고 및 확정신고를 받은 행위만으로는 세무서장이 납세의무자에게 그가 영위하는 사업에 관하여 부가가치세를 과세하지 아니함을 시사하는 언동이나 공적인 견해를 표명한 것이라 할 수 없다(대법원 2000. 2. 11. 선고 98두2119 판결 등 참조).

과세관청이 사업자의 신청에 따라 면세사업자용 사업자등록증을 교부한 행위만으로는 과세관청이 부가가치세의 과세에 관하여 어떤 공적인 견해를 표명한 것이라고 할 수 없을 뿐 아니라 과세관청으로부터 부가가치세 면세사업자용 사업자등록증을 교부받은 납세자가 자신이 부가가치세 면세사업자라고 신뢰하였다고 하더라도 납세자가 그와 같이 신뢰한 데에 납세자에게 귀책사유가 없었다고도 할 수 없다(대법원 1995. 9. 29. 선고 95누7376 판결 등 참조).

국세기본법 제18조 제3항에 규정된 비과세관행이 성립하려면, 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 한다. 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하며, 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 한다(대법원 2012. 12. 13. 선고 2011두3913 판결).

2) 앞서 든 증거들, 을 제5, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 피고가 원고에 대하여 부가가치세를 부과하지 않겠다는 공적인 견해를 표명하였다고 볼 수 없으므로, 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙에 반한다고 볼 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

가) 사업자등록증의 교부는 등록사실을 증명하는 증서의 교부행위에 불과하다. 따라서 원고의 신청에 의한 사업자등록증 등의 교부만으로는 피고가 부가가치세의 과세에 관하여 어떤 공적인 견해를 표명한 것이라고 할 수 없다.

나) 피고는 2018. 4. 2.부터 2018. 4. 21.까지 원고에 대한 일반통합조사를 실시하였다. 이에 관한 ‘2018년 세무조사 종결보고서’의 혐의내용에는 ‘원고가 ○○선교회의 허가 증서를 이용하여 수목장을 불법으로 분양하고 관련 제세를 신고 누락한 혐의가 있음’이라고 기재되어 있고, 조사내용에는 ‘계약서 및 금융거래내역 등을 검토한 바 불법 분양 및 수입금액 누락에 대한 혐의 없음’이라고 기재되어 있다. 그리고 ‘2018년 세무조사 결과통지서’의 2. 세무조사 결과 부분에는 ‘조사대상(세목: 법인세, 연도 2013~2015), 조사한 내용: 법인통합조사 결과 무실적으로 종결하고자 통지합니다’라는 내용이 기재되어 있다.

비록 피고가 실시한 세무조사의 명칭이 ‘일반통합조사’이기는 하지만, 당시 법인세 부분에 대해서만 조사가 이루어졌고 부가가치세 부분에 대해서는 조사가 이루어지지 않은 점, 결과통지서에도 법인세 부분에 대해 조사를 종결한다는 내용이 기재되어 있는 점 등의 사정에 비추어 보면, 피고가 원고에게 법인세 부분에 대한 조사를 종결한다는 내용의 세무조사결과 통지를 한 것이 원고에게 부가가치세를 과세하지 않겠다는 내용을 시사하는 언동이나 공적인 견해를 표명한 것이라 보기는 어렵다.

다) 원고는 피고가 약 10년간 부가가치세를 부과하지 않았다는 점을 근거로 이 사건 처분이 신뢰보호원칙에 반한다고 주장하나, 부가가치세는 납세의무자가 과세표준가 세액을 정부에 신고했을 때 확정되는 것으로(국세기본법 제22조 제2항) 과세관청이부가가치세의 납부에 대하여 원고에게 안내하여야 할 의무가 있는 것이 아니다. 그리고 피고가 원고에게 장기간 부가가치세를 부과하지 않았다는 것 외에 부가가치세를 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있다는 점을 인정할 만한 자료는 없다.

라) 원고 주장처럼 사설자연장지와 관련된 용역을 면세용역으로 규정하지 않은 것이 입법의 미비라 하더라도, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으므로, 그러한 사정만으로는 이 사건 처분이 신뢰보호원칙에 반한다고 할 수 없다.

4. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.