1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고가 원고에게 한 ××××. ×. ×.자 ××××년 제2기 부가가치세 가산세 00,000,000원 부과처분 중 0,000,000원을 초과하는 부분 및 ××××. ×. ×.자 ×××× 사업연도 법인세000,000,000원 부과처분 중 00,000,000원을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송 총비용 중 00%는 원고가, 00%는 피고가 각 부담한다.

(청구취지)

1. 청구취지

피고가 처분한 --------------- 각 처분(각 가산세 포함)을 모두 취소한다.

2. 항소취지

제1심판결을 취소한다. 원고 청구를 기각한다.

1. 처분의 경위

가. 설계용역계약의 체결

1) 원고는 건축설계업 등을 영위하는 회사로서, 2014. ×. ×. AAA과 사이에 수원시 에 신축할 건축 연면적 00,000㎡ 규모의 병원(이하 ‘이 사건 건축물’이라 한다)에 관하여 기획 및 건축설계(기본 및 실시설계) 용역을 공급하는 내용의 설계용역계약을 체결하였다(이하 ‘제1차 계약’이라 한다).

2) 위 계약에 따르면, AAA은 원고에게 부가가치세를 포함하여

① 기획업무 대금으로 0,000만 원(단, 계약금으로 갈음), 건축설계업무 대금으로

② 계획설계도서 제출시 0억 0,000만 원,

③ 중간설계도서(건축허가도서 포함) 제출시 0억 0,000만 원,

④실시설계도서 제출시 0억 0,000만 원,

⑤ 사용승인 완료 후 0,000만 원, 총 0억 0,000만 원을 지급하여야 한다.

3) 원고는 2014. ×. ×. AAA으로부터 계약금으로 0,000만 원을 지급받고, 같은 해 12. 19. 0,000만 원을 지급받았다.

나. 건축허가 신청취하 및 일부 대금의 지급

1) 원고는 2015. ×. ××. 수원시장에게 AAA의 대리인 자격으로 건축허가를 신청하였다가, 2015. ×. ×. 이를 취하하였다.

2) 원고는 AAA으로부터 2015. ×. ××. 0,000만 원, 같은 해 ×. ××. 0,000만 원을 지급받았다.

다. 추가 설계용역계약의 체결 및 건축허가

1) 원고는 2016. ×경 AAA과 다시 건축허가를 받기 위하여 인허가 및 설계 용역을 대금 9,350만(부가가치세 포함)에 공급하는 내용의 추가 설계용역계약을 체결하였다(이하 ‘제2차 계약’이라 하고, 특별히 구분이 필요한 경우를 제외하고는 제1, 2차 계약을 통틀어 ‘이 사건 계약’이라 하며, 제1, 2차 계약에 따라 공급된 용역을 ‘이 사건용역’이라 한다).

2) 원고는 2016. ××. ××. 수원시장에게 해당 부동산의 수탁자인 주식회사 코람코자산신탁의 대리인 자격으로 건축허가를 신청하였고, 같은 해 ××. ××. 건축허가를 받았다.

라. 관련 민사소송 및 정산합의

1) 원고는 2017. ××.경 AAA을 상대로 제1차 계약에 따른 미지급 대금과 제2차 계약에 따른 대금 합계 000,000,000원(부가가치세 포함)의 지급을 구하는 민사소송을 제기하였다(수원지방법원 2017가합23601, 이하 ‘관련 민사소송’이라 한다).

2) 수원시장은 2019. ×. ××. 이 사건 건축물에 관한 착공신고를 수리하였다.

3) 관련 민사소송의 법원은 2019. ×. ××. ‘AAA은 원고에게 2019. ×. ××.까지000,000,000원을 지급한다’는 내용의 화해권고결정을 하였고, 양 당사자는 위 결정에 이의를 제기하지 아니하여 확정되었다.

4) 원고는 AAA으로부터 2019. ××. ××. 0억 원, 2020. ×. ××. 0,000만 원을 지급받았다. 그리고 원고는 2021. ×. ××. AAA과 사이에 신축공사의 추진이 불투명하다는 이유로 정산금 0억 0,000만 원(부가가치세 포함)에 이 사건 계약상 권리의무관계를 종료하기로 합의하고(이하 ‘이 사건 정산합의’라 한다), 같은 날 0억 0,000만 원을 지급받았다.

마. 부가가치세 가산세 및 법인세 부과처분

1) 이 사건 용역과 관련하여, 원고가 AAA에게 발급한 세금계산서의 내역은 아래 [표] 기재와 같고, 원고는 그 발급일자 또는 용역대금의 지급시기에 맞추어 부가가치세 및 법인세를 신고하였다.

[표] (생략)

2) 그런데 피고는 이 사건 용역의 공급이 완료된 때와 용역대금이 귀속된 때가 건축허가일인 2016. ××. ××.이므로, 그 후에 부가가치세가 신고된 위 표 순번 4, 5번의 공급대가 중 000,000,000원의 공급가액인 000,000,000은 2016년 제2기 부가가치세의 과세표준에 포함되어야 하고(2020년 제1기 및 2021년 제1기 부가가치세 과세표준은 감액), 같은 취지에서 이와 관련된 익금도 2016 사업연도 법인세 과세표준에 포함되어야 한다고 판단하였다.

3) 이에 따라 피고는 원고에게 2022. ×. ×. 2016년 제2기 부가가치세 가산세 00,000,000원을 부과하고, 2022. ×. ××. 2016 사업연도 법인세 000,000,000원(가산세 포함)을 부과하였다.

4) 위 각 부과처분은 조세심판원의 일부 인용결정(과세표준에서 사용승인 완료 후 지급받기로 한 00,000,000원 제외)을 거쳐 부가가치세 가산세는 00,000,000원, 법인세는 000,000,000원으로 감액경정되었다(이하 당초 처분 중 위와 같이 감액경정된 부분을 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

바. 관계 법령

별지 기재와 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 12, 14, 21호증, 을 제1, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 위법 여부

가. 원고 주장의 요지

제1차 계약은 용역을 단계적으로 수행하여 완료할 때마다 대가를 분할하여 받기로한 계약에 해당한다. 그런데 원고는 제1차 계약에 따른 용역 중 기획-계획설계-중간설계 부분은 최초 건축허가 신청일인 2015. 6.경 이전에 그 공급을 완료하였고, 나머지 실시설계 용역은 이 사건 정산일인 2021. 4.경 그 공급을 완료하였다.

그런데도 피고는 위 각 용역의 공급시기와 익금의 귀속시기가 모두 2016. 12. 30. 이라고 잘못 판단하여 이 사건 각 처분을 하였으므로, 이 사건 각 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 규정의 내용 및 관련 법리

1) 용역이 공급되는 시기는 원칙적으로 역무의 제공이 완료되는 때이나(부가가치세법 제16조 제1항 제1호), 계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 용역의 제공을 완료하는 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우로서 그 기간 이내에 계약금 외의 대가를 분할하여 받는 경우, 즉 중간지급 조건부로 용역을 공급하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 용역의 공급시기로 본다(부가가치세법 시행령 제29조 제1항 제3호, 부가가치세법 시행규칙 제20조 제1호).

2) 한편, 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 하고(법인세법 제40조 제1항), 건설ㆍ제조 기타용역(이하 ‘건설 등’이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도(이하 ‘작업진행률’이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다(법인세법 시행령 제69조 제1항).

3) 이러한 부가가치세법 및 법인세법의 규정에 따르면, 중간지급 조건부로 용역을 공급한 경우 원칙적으로 당사자 사이의 약정에 의하여 대가의 각 부분을 분할지급받기로 한 때에 용역의 공급시기와 익금의 귀속시기가 도래한다(대법원 2015. 8. 19. 선고 2015두1588 판결 참조).

다. 구체적 판단

앞서 본 사실관계와 각 증거, 갑 제22, 23, 24호증, 을 제8 내지 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 피고가 제출한 증거들만으로는 원고가 신고한 내용과 달리 이 사건 용역 전체의 공급시기 및 그 익금의 귀속시기가 2016. 12.경이라고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

1) 이 사건 용역의 공급은 계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 용역의 제공을 완료하는 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우로서 그 기간 이내에 계약금 외의 대가를 분할하여 받기로 한 중간지급 조건부 용역에 해당한다. 양 당사자 또한 이를 다투지 않고 있으므로, 이 사건 용역의 공급시기 및 익금의 귀속시기는 대가의 각 부분을 분할하여 받기로 한 때가 언제인지에 따라 달라진다.

2) 우선, 이 사건 용역 중 계획설계도서 및 중간설계도서에 대한 부분에 관하여 본다. 제1차 계약에 따르면, 원고는 건축허가도서를 포함한 중간설계도서를 제출한 때 0억 0,000만 원의 대가를 지급받기로 하였는데(이러한 절차는 국토해양부고시인 건축물의 설계표준계약서의 내용 및 형식을 그대로 따른 것이다), 원고는 2015. 6.경 수원시장에게 위와 같은 서류를 구비하여 건축허가를 신청하였음을 알 수 있다. 그러므로 이 사건 용역 중 계획설계도서 및 중간설계도서에 대한 부분은 2015. 6.경 또는 그 이전에 공급이 완료되었다고 봄이 타당하다. 한편, 위 건축허가 신청이 2015. 7.경 취하되기는 하였지만, 그 이유는 공급상대방인 AAA과 관련된 사정으로서 의료법인 설립지연과 건축주 변경 문제 때문임을 알 수 있으므로(을 제9호증 4-5면 참조), 원고가 당시 위 용역의 공급을 완료하지 못하였다고 평가할 수는 없다(피고는 2015. 6.경 허가신청과 2016. 11.경 허가신청 당시 제출된 자료에는 상당한 차이가 있다고도 주장하나, 원고는 제2차 계약에 따라 용역대금을 추가로 지급받고 2016. 11.경 새로이 허가신청을 하여 건축허가를 받은 바 있다. 따라서 각 허가신청 당시 제출된 자료에 상당한 차이가 있다는 사정만으로 종전 허가신청 당시 원고가 용역의 공급을 완료하지 못하였다고 보기는 어렵다).

피고는 원고가 AAA에게 완성된 설계도서를 제출하지 않았으므로 2015. 6.경 또는 그 이전에 계획설계 및 중간설계의 공급이 완료되지 않았다고 주장한다. 그러나 피고의 주장대로라면 건축허가일인 2016. 12. 30. 당시까지도 원고는 AAA에게 위 각 설계도서를 제출한 바 없으므로 이 사건 용역이 위 건축허가일에 완성되었음을 전제로한 이 사건 처분은 적법하다고 보기 어렵다. 또한, 원고는 ① 2015. ×. ×. 수원시청에 건축심의를 신청하면서 계획설계도서를 첨부한 것으로 보이고, 2015. ×. ×. 건축심의를 통과하였으며(갑 제22, 23, 24호증), ② 앞서 본 것과 같이 2015. ×. ××. 중간설계도서를 첨부하여 건축허가신청을 하였다가 2015. ×. ×. 이를 취하하였는데, 이러한 사정에 비추어 보면 원고가 공급상대방인 AAA의 승인 없이 건축심의 및 건축허가를 신청하였다고도 단정하기 어렵다. 따라서 피고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

3) 다음으로, 이 사건 용역 중 실시설계도서에 대한 부분에 관하여 본다. 원고는건축허가 당시 실시설계도서를 작성한 사실이 없고, 일반적으로 실시설계도서는 건축허가를 받은 후 작성하는 것이 관행이라고 다투고 있다. AAA은 관련 민사소송에서 건축허가 시점은 물론 2018. 3.경까지도 실시설계도서와 관련된 부분을 공급받지 못하였다고 주장하였고(을 제9호증 1, 8면, 을 제10호증 2면), 원고 또한 용역비가 지급되지 않아 AAA에게 설계도서를 교부하지 않았다고 주장한 것으로 보인다(을 제11호증5면). 관련 민사소송에서 확정된 화해권고결정의 내용(2019. ×. ××.까지 용역대금 지급)에도 불구하고, 원고는 2021. 4.경에서야 비로소 AAA과 사이에 4억 4,000만 원의 정산금을 지급받고 이 사건 계약에 따른 양 당사자의 채무가 모두 변제되었음을 확인하는 내용의 이 사건 정산합의를 하였다.

이러한 사실관계에 비추어 보면, 원고는 건축허가 시점인 2016. 12.경까지도 AAA에게 이 사건 용역 중 실시설계도서에 관한 부분의 공급을 완료하지 않았을 가능성이 있다. 이와 달리, 단지 원고가 건축허가 당시 제출한 설계도서의 목록(을 제5, 6호증)과 착공신고에 필요한 설계도서의 목록에 큰 차이가 없어 보인다는 피고의 주장만으로는, 이 사건 용역 전체의 공급이 2016. 12.경 완료되었다고 단정하기 어렵다. 한편, 을 제12호증의 기재에 의하면 수원시장은 2024. ×. ×. 피고에게 ‘착공신고에 필요한 건축, 구조, 설비에 관한 관련도서는 건축허가 당시 모두 제출되었다’고 회신한 사실이 인정되나, 이는 착공신고에 필요한 각종 설계도서(을 제4호증) 중 토목설계 도서에 한정된 답변으로 보일 뿐만 아니라 건축허가 당시 위 건축, 구조, 설비에 관한 부분을 제외한 나머지 실시설계도서 전부가 제출되었다는 사실을 인정할 수 있는 증거에도 해당하지 않는다.

피고는 원고가 관련 민사소송에서 ‘2015. 8.경부터 2016. 3.경까지 실시설계(도면, 계산서, 시방서 등) 진행 및 완료’라는 내용이 기재된 준비서면을 제출한 바 있으므로 (을 제11호증), 원고가 건축허가 시점인 2016. 12. 당시에 이미 실시설계도서에 관한 부분의 공급을 완료한 것으로 보아야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 원고는 관련 민사소송의 해당 준비서면을 통하여 ‘실시설계까지 모두 완료하였다’는 취지로 위와 같이 진술하였던 것으로 보이고, 해당 부분 기재만으로 원고가 건축허가 시점까지 실시설계 용역의 공급을 완료하였다고 보기는 어렵다.

라. 취소의 범위

이 사건 각 처분 중 제2차 계약에 따른 추가설계용역의 공급과 관련된 부분2)을 제외한 나머지 용역의 공급시기 및 그 익금의 귀속시기가 2016. 12.경임을 전제로 한 부분은 위법하다. 나아가 취소의 범위에 관하여 보건대, 과세처분 취소소송에서 법원은 제출한 자료에 따라 적법하게 부과할 정당한 세액을 산출할 수 있는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 한다. 따라서 이를 기초로 정당한 세액을 계산하면, 피고가 제출한 정당세액 산정 내역과 같이(을 제14, 15호증) ① 2016년 제2기 부가가치세 가산세는 0,000,000원이 되고, ② 2016 사업연도 법인세의 경우 00,000,000원이 된다. 결국, 이 사건 각 처분 중 위 각 금액을 초과한 금액 부분은 위법하므로, 위 정당세액 범위를 넘어서는 부분은 취소되어야 한다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로 피고의 항소를 일부 받아들여, 제1심판결을 주문과 같이 변경한다.