심사청구를 기각한다.

가. 청구인은 2005. 12. 28. 경상북도 二 시 三 동 XXX-19번지 소재 토지(이하  "쟁점토지”라 한다) 및 건물(이하  "쟁점건물”이라 하고  "쟁점토지”와 합하여  "쟁점부동산”이라 한다)을 취득(매입가액 118,000,000원)하고, 2009. 9. 16. 추가로 三 동
XXX-17번지 소재 토지 및 건물을 C 외 2인(이하  "동업인들”이라 한다)과 공동취득한 후, 쟁점건물과 三 동 XXX-17번지 소재 건물을 동업인들이 소유하는 인접지번 XXX-18번지 소재 건물과 함께 멸실하고 2009. 11. 23. 三 동 XXX-17ㆍ18ㆍ19번지 소재 토지에 새로운 건물(이하  "신축건물”이라 한다)을 공동으로 신축하여 임대하다가, 2021. 12. 9. 신축건물과 토지를 양도하고 2022. 2. 28. 멸실한 쟁점건물의 취득가액을 쟁점토지의 필요경비에 산입하여 2021년 귀속 양도소득세를 예정신고하였다.

나. 대구지방국세청은 2024. 6. 3.부터 같은 해 6. 21.까지 二 세무서에 대한 종합감사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점건물을 취득 후 임대사업에 사용하다가 멸실하였다는 사유로 처분청에 쟁점건물의 취득가액 272,045,914원을 쟁점토지의 필요경비에서 차감할 것을 처분요구하였고, 이에 따라 처분청은 같은 해 10. 2. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 103,031,931원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지(이하  "이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유
가. 청구 취지
이 사건의 청구 취지는 이 사건 부과처분을 취소하여 달라는 것이다.
나. 청구 이유
쟁점부동산은 임대 목적으로 취득한 것이 아니라 三 동 XXX-17ㆍ18번지 소재 부동산 소유주들과 건물을 멸실한 후 공동으로 새로운 건물을 신축하여 활용할 목적으로 취득했으나, 三 동 XXX-17번지 소재 부동산 소유주와의 합의 지연으로 인해 일시적으로 소액의 임대료를 받고 쟁점건물을 단기임대한 것일 뿐이므로 쟁점건물의 취득가액은 쟁점토지의 필요경비로 인정되어야 한다.

3. 처분청의 의견
건물의 취득이 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백하게 인정될 때에 한하여 철거건물의 취득가액을 토지의 취득가액에 포함되는 양도자산의 필요경비로 인정할 수 있는데, 청구인은 쟁점부동산을 취득한 당일을 개업일자로 하여 쟁점건물에 대하여 임대사업자등록을 한 후 멸실시점인 2009년 9월까지 임대사업자등록을 유지하면서 쟁점건물을 임대한 사실이
있어 쟁점부동산의 취득이 당초부터 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 것으로 볼 수 없으므로 쟁점건물의 취득가액을 쟁점토지의 필요경비로 인정하지 않은 이 사건 부과처분은 정당하다.

4. 우리 원의 판단
가. 다툼
원칙적으로 토지의 양도가액에서 공제할 필요경비는 그에 대응하는 당해 토지와 관련된 취득가액 등이므로 토지와는 별개인 건물의 취득가액은 토지의 양도가액에서 공제할 필요경비에 해당하지 않지만, 예외적으로 토지와 건물의 취득이 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 것으로 인정될 때에는 철거된 건물의 취득가액 등을 토지의 취득가액에 포함되는 양도자산의 필요경비로 산입할 수 있다.

이 사건의 다툼은 청구인이 쟁점토지만 이용할 목적으로 쟁점부동산을 취득한 것으로 보아 쟁점건물의 취득가액을 쟁점토지의 양도와 관련하여 필요경비로 공제할 수 있는지 여부이다.

나. 인정사실
이 사건 관련 기록 등을 검토해 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.
1) 청구인은 쟁점건물에 대하여 쟁점건물 취득일인 2005. 12. 28.을 개업일로 하여 부동산임대사업자로 등록하였다가 쟁점건물을 멸실한 직후인 2009. 9.30. 폐업하였다.
2) 쟁점건물에 대한 청구인의 임대료 수입 총액은 8,559,090원으로서 필요경비에서 제외된 쟁점건물의 취득가액 272.045,914원의 약 3퍼센트에 해당하는 금액이고, 임대차계약기간은 [표 1]과 같이 약 2개월에서 12개월까지의 기간으로서 연속적이지 않다.



2) 청구인은 이 사건 부과처분에 대해 불복하여 감사원에 심사청구를 제기한 후 처분청의 답변서를 송달받고서 쟁점부동산은 인접한 三 동 XXX-18번지
소재 부동산과 공동으로 건물 철거 후 레지던스 건물을 신축하기 위한 목적으로 취득한 것이므로 취득 당시부터 쟁점토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 것으로 볼 수 있다고 주장하면서 [표 2]와 같은 내용의  "레지던스 사업계획서” 를 제출하였으나 레지던스 사업은 계획대로 추진되지 못하였으며, 청구인과 동업인들은 2009년 9월경 쟁점건물과 三 동 XXX-17ㆍ18번지 소재 건물을 멸실하고
2009. 11. 23. 해당 토지에 공동으로 대형마트를 신축하여 임대하였다.




다. 관계 법령
이 사건과 관계되는 법령은 「소득세법」 제97조 제1항 등 [별지] 기재와 같다.

라. 판단
「소득세법」 제97조 제1항 제 1호에 따르면 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 자산 취득에 든 실지거래가액과 자본적지출액, 양도비 등으로 한다.
토지와 그 지상건물을 함께 취득하였다가 토지만을 이용하기 위하여 건물을 철거하고 나대지 상태로 토지만을 양도하는 경우, 취득 후 단시일 내에 건물의
철거에 착수하는 등 토지와 건물의 취득이 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 것으로 인정될 때에는 철거된 건물의 취득가액
과 철거비용 등을 토지의 취득가액에 포함되는 양도자산의 필요경비로 산입할 수 있는 것이며, 기존건물을 철거하여 나대지 상태로 양도하지 아니하고 그 지상에 새 건물을 건축하여 양도하는 경우에도 위와 같은 요건을 갖춘 때에는 기존건물의 취득가액이나 철거비용 등은 양도소득의 필요경비로서 공제할 수 있다.

위 관계 법령 및 법리 등에 비추어 청구인이 쟁점토지만 이용할 목적으로 쟁점건물을 취득한 것으로 보아 쟁점건물의 취득가액을 쟁점토지의 양도와 관련
하여 필요경비로 공제할 수 있는지 여부를 살펴보면, ① 청구인은 쟁점건물을 취득 후 즉시 멸실하지 않고 취득일을 개업일로 하여 쟁점건물에 대하여 임대사업자등록을 한 후 멸실할 때까지 3년 8개월여 기간 동안 임대사업자등록을 유지하면서 쟁점건물을 임대한 사실이 있는 점,

② 청구인은 쟁점건물을 즉시 멸실하지 않고 임대를 한 것은 三 동 XXX-17번지 소재 부동산 소유주와의 합의 지연으로 인한 것이라고 주장하나  "레지던스 사업계획서”상 사업 대상 토지는 三
동 XXX-18ㆍ19번지 소재 토지로만 되어 있어 청구인의 주장과 청구인이 제출한 증거가 일치하지 않고 모순되어 신뢰하기 어려운 점 등을 종합적으로 고려할 때
청구인의 쟁점부동산 취득이 당초부터 쟁점건물을 철거하여 쟁점토지만 이용하려는 목적이었음이 명백한 경우에 해당한다고 보기 어려우므로 쟁점건물의 취득가액을 쟁점토지의 양도와 관련한 필요경비에서 제외한 이 사건 부과처분은 정당하다


5. 결론
그렇다면 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법」 제46조 「제2항에 따라 주문과 같이 결정한다.

□ 「소득세법」
관계 법령
○ 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액
(「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적 공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다).
다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.
가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액
등으로서 대통령령으로 정하는 것
3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것
②~④ (생략)
⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(이하 생략)

□ 「소득세법 시행령」
○ 제67조(즉시상각의 의제)
① (생략)
② 제1항에서  "자본적 지출
”이란 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 해당 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위해 지출한 수선비를 말하며, 다음 각 호에 해당하는 지출을 포함하는 것으로 한다.
1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조
2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치
3. 빌딩 등의 피난시설 등의 설치
4. 재해 등으로 인하여 건물ㆍ기계ㆍ설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구
5. 기타 개량ㆍ확장ㆍ증설
등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것
○ 제89조(자산의 취득가액등) ① 법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다.
1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액
(이하 생략)
○ 제163조(양도자산의 필요경비) ① 법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.
1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액
(제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금과 「부가가치세법」 제10조 제1항 및 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)
2.~5. (생략)
② (생략)
③ 법 제97조 제1항 제2호에서  "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액
2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액 2의2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 이나 그 밖의 법률에 따라 토지 등이 협의 매수 또는 수용되는 경우로서 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액. 이 경우 증액보상금을 한도로 한다.

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용(재해ㆍ노후화 등 부득이한 사유로 인하여 건물을 재건축한 경우 그 철거비용을 포함한다)
(이하 생략)