이 건 과세전적부심사청구는 불채택 결정합니다.

1.세무조사결과통지 내용

가.청구법인은 영리법인으로 설립되어 1979.7.1.부터 부동산 임대업을 영위하면서, 2009.11.25. 유치원 설립 인가를 받아 2010.3.1.부터 OOOOO ○○○ OOOOOO길 ▲▲▲에서 OO유치원(이하  "쟁점유치원”이라 한다)을 운영 중에 있다.

나.청구법인은 쟁점유치원을 영리법인의 사업체로 보아 부동산임대업과 쟁점유치원의 수입ㆍ비용을 구분하지 않고 합산하여 2021∼2024 사업연도 법인세를 신고ㆍ납부하였다.

다. 통지관서는 2025.7.10.부터 2025.7.29.까지 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 뒤 쟁점유치원의 수입과 비용을 제외해 소득금액을 재계산하고, 쟁점유치원의 상시근로자 수를 제외하면 청구법인이 성실신고확인서 제출 대상이라고 보아 법인세 614,757,960원(성실신고확인서 제출 불성실 가산세 393,527,607원 포함)을 고지할 예정이라는 세무조사 결과를 통지하였다.

라.청구법인은 이에 대하여 2025.8.26. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장

가.쟁점유치원은 영리법인의 사업체로 비영리법인이 아니므로 법인세 신고 시 그 손익을 청구법인에 포함하여 신고하는 것이며, 「법인세법」 제113조의 구분경리 대상에 해당하지도 않는다.

1) 「사립학교법」 제3조는 초등학교 이상의 학교는 원칙적으로 비영리법인인 학교법인이 아니면 설립ㆍ운영할 수 없으나, 같은 법 제2조제1호는 「유아교육법」 제2조제2호에 따른 유치원은 학교법인, 공공단체 외의 법인 또는 그 밖의 사인도 설치ㆍ운영할 수 있다고 규정하고 있다. OOOOO교육청 또한 영리법인이 사립유치원을 설립할 수 있다고 유권해석한 바 있다.

따라서 쟁점유치원은 영리법인인 청구법인이 그 설립인가를 받아 운영하는 사업체이고, 청구법인과 별개의 비영리법인으로서  " 「사립학교법」 이나 그 밖의 특별법에 따라 설립된 법인”( 「법인세법」 제2조제2호나목)에 해당하지 아니한다.

그리고 「법인세법」 제4조제3항제1호는 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 대통령령으로 범위를 정하도록 하고, 같은 법 시행령 제3조제1항은  "다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것”을 수익사업의 범위에 해당하는 것으로 하고 있다.

이에 따라 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 「법인세법 시행령」 제3조제1항 각 호에 따른 사업을 제외한 사업에서 발생하는 소득으로 한정되며, 각 호에 따른 사업에서 발생하는 소득은 이른바 비영리사업에 해당한다.

그러하기 때문에 「법인세법 시행령」 제3조제1항제3호가목 상  " 「유아교육법」 에 따른 유치원”은 그 유치원을 운영하는 사업자가 비영리법인인 경우에 한해서 비영리사업에 해당하는 것으로 풀이해야 한다. 이는 기획재정부장관과 국세청장의 유권해석(기획재정부 법인세제과-81, 2011.02.01. 및 서면-2021-법인-0180, 2021.04.09. 참조)에 의해서도 분명하다.

2) 「법인세법」 제113조제1항은  "비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.”고 규정하고, 같은 조 제2항 이하에서는 「자본시장법」 적용대상 법인, 합병ㆍ분할하는 법인 등에 대해 구분경리토록 규정한다.

청구법인은 비영리법인이 아니며, 청구법인이 운영하는 OO유치원도 청구법인과 별개의 비영리법인에 해당하지 아니하고, 청구법인의 부동산 임대업은 비영리법인의 수익사업에 해당하지 않으므로 청구법인은 「법인세법」 제113조제2항에 따른 구분경리 대상에 해당하지 않는다. 또 같은 조 제2항부터 제7항까지의 어느 규정에도 해당하지 않으므로 이들 규정에 따른 구분경리의 대상에도 해당하지 않는다.

3)따라서 쟁점유치원은 영리법인인 청구법인이 운영하는 사업체로서 비영리사업에 해당하지 않고, 「법인세법」 제113조에 따른 구분경리 대상에 해당하지 않는다.

나.청구법인의 상시근로자 수는 5명 이상이므로 「법인세법」 제60조의2에 따른 성실신고확인서 제출 대상이 아니다.

1) 「법인세법」 제60조의2제1항제1호는  "부동산임대업을 주된 사업으로 하는 등 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 내국법인”을 성실신고확인서 제출 대상으로 규정하는데, 그 요건에 해당하는지 여부는 법인 전체를 기준으로 판단하여야 하지 사업부분별로 판단할 수 없다.

쟁점유치원은 별개의 독립된 법인이 운영하는 것이 아닌 청구법인의 한 사업부문으로 운영되므로 부동산임대업을 구분해서  "성실신고확인서 제출 대상 법인” 해당 여부를 판단하는 것이 아니라, 그 전부를 기준으로 판단하여야 하는 것이다.

청구법인의 경우 쟁점유치원의 상시근로자 수를 합한 상시근로자는 34.83명으로 「법인세법 시행령」 제97조의4제2항에서 인용하는 같은 법 시행령 제42조제2항제3호 상  "해당 사업연도의 상시근로자 수가 5명 미만일 것”이라는 요건에 해당하지 않아 성실신고확인서 제출 대상 법인에 해당하지 아니한다.

2)따라서 청구법인이 운영하는 쟁점유치원을 제외한 부동산 임대업 부분만을 기준으로 성실신고확인서 제출 대상이라고 판단할 수는 없다.

3. 통지관서 의견

가.쟁점유치원은 비영리법인에 해당하며 구분경리 대상이다.

1) 청구법인은 쟁점유치원을 영리법인인 청구법인이 그 설립인가를 받아 운영하는 사업체로서 청구법인과 별개로  " 「사립학교법」 이나 그 밖의 특별법에 따라 설립된 법인”이 아니라는 이유로 쟁점법인이 영리법인이라고 주장하지만,

청구법인이 제출한 OOOOO교육청 유권해석은 쟁점유치원을 「사립학교법」 제2조제1호에 의한 사립학교로 규정하고 있으며, 영리법인도 사립유치원을 설립ㆍ 운영할 수 있다고 하여 유치원을 영리법인의 수익사업으로 운영할 수 있다는 근거가 될 수는 없다.

OOOOO교육청 홈페이지의 유치원설립인가 안내에 따르면, 유치원은 영리를 목적으로 할 수 없는 기관으로 모든 수입과 지출은 세입ㆍ세출예산을 편성한 후 관계 법령에 의거 적정하게 집행하여야 한다고 규정한다.

그래서 교육청 정기감사에서 유치원은 비영리사업에 해당하므로 고유번호증을 발급받는 것이 적법하다는 지적이 있자, 청구법인은 유치원 지점을 2020.3.2. 폐업하고 고유번호증을 발급받기도 하였다.

따라서 쟁점유치원은 「사립학교법」 제2조제1항에 의하여 설립된 법인으로서 「법인세법」 제2조제2호나목에 따른 비영리내국법인에 해당하고, 그렇지 않더라도 「국세기본법」 제13조제4항에 따라 법인으로 보는 단체에 해당하므로 「법인세법」 제2조제2호다목에 의거 비영리내국법인에 해당한다.

2)청구법인은 쟁점유치원과 부동산임대업이 구분경리 대상이 아니라고 주장하나,

쟁점유치원은 청구법인과 다른 법인이므로 청구법인이 그 수익과 비용을 합산해 신고할 수 없고, 지점으로 본다고 하더라도 「법인세법 시행령」 제3조제1항제3호가목에서 유치원의 소득을 과세소득에서 제외하므로 청구법인의 과세소득에서 유치원의 수익은 제외되어야 하며, 수익비용대응원칙에 따라 비용 또한 제외되어야 한다.

3)청구법인이 제시한 사례(서면-2021-법인-0180, 2021.04.09.)는 영리법인이 노인장기요양소를 운영해 발생한 수입은 과세소득에 해당한다는 내용으로 이 건과 사실관계가 달라 적용할 수 없다.

노인장기요양소는 2008.7.1. 「노인장기요양보험법」 시행에 따라 장기요양사업을 수익사업으로 보아 주식회사 형태의 영리기업이 장기요양사업을 할 수 있도록 허용되고, 이후 2010년 「법인세법 시행령」 제2조 개정으로 비영리법인이 제공하는 장기요양사업은 비과세됨에 따라 비영리법인이 운영하는 장기요양사업과 주식회사 형태의 영리법인이 운영하는 장기요양사업이 나누어지게 되었다. 위 사례는 영리법인이 노인장기요양소를 운영할 때 법인세 과세소득에 관한 내용이므로 비영리법인으로만 운영할 수 있는 유치원과는 다른 사례인 것이다.

4)따라서 쟁점유치원은 비영리내국법인에 해당하므로 법인세 과세소득과 쟁점유치원의 소득을 구분해 법인세를 부과한 것은 정당하다.

나.상시근로자 수 계산 시 쟁점유치원의 상시근로자 수를 제외하면 청구법인은 성실신고확인서 제출 대상이다.

1)쟁점유치원의 상시근로자 수를 제외하면 청구법인은 성실신고확인서 제출 대상에 해당한다는 점에는 청구법인과 통지관서 간에 다툼이 없다.

2)청구법인은 쟁점유치원이 청구법인의 사업부문이기 때문에 성실신고확인서 제출 대상 여부 판단 시 쟁점유치원과 부동산임대업을 합산해 상시근로자 수를 계산해야 한다고 주장하나,

지점과 본점은 같은 목적을 가져야 하는데 청구법인은 「상법」 제169조에 따라 상행위나 그 밖의 영리를 목적으로 하고, 쟁점유치원은 유아교육법에 의한 유아교육을 목적으로 하는 비영리법인에 해당하므로 영리법인의 지점인 비영리법인이라는 형태는 성립될 수 없으며, 영리법인이 비영리법인을 설립하고자 하면 영리법인과는 별개의 법인으로 설립하여야 하는 것이다.

3)청구법인은 쟁점유치원을 별개의 독립된 법인이 운영하는 것이 아니라 청구법인의 한 사업 부문으로 운영하는 것이기 때문에 성실신고확인서 제출 대상 법인에 해당하는가를 판단할 때 쟁점유치원과 부동산임대사업을 구분하지 않고 전부를 기준으로 판단하여야 하므로 상시근로자 수 또한 청구법인과 쟁점유치원을 합산하여야 한다고 주장하나,

쟁점유치원은 청구법인의 지점으로 볼 수 없으므로 상시근로자 수를 합산할 수 없고, 설령 지점으로 본다 하더라도 쟁점유치원은 비영리내국법인으로 그 수익ㆍ비용을 청구법인의 소득에서 제외하여야 하므로 상시근로자 또한 영리사업과 비영리사업을 구분해 판단하여야 한다. 관련하여 국세청 과세기준자문례(기준- 2022-법무법인-0180, 2023.02.09. 참조)는 「조세특례제한법」 상 고용증대세액공제 적용 시 수익사업에 속하는 상시근로자 수와 비영리사업에 겸영하는 상시근로자 수를 구분토록 한 바 있다.

3)따라서 쟁점유치원을 청구법인의 지점으로 볼 수 없으므로, 상시근로자 수 계산 시 쟁점유치원의 상시근로자 수를 제외하고 성실신고확인서 제출 가산세를 부과한 것은 정당하다.

4.심리 및 판단

가.쟁점

쟁점유치원은 청구법인의 사업체이므로 그 수입ㆍ비용 및 상시근로자 수를 청구법인에 합산해야 한다는 청구주장의 당부

나.관련법령

1)법인세법 제2조【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2.  "비영리내국법인”이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

가. 「민법」 제32조에 따라 설립된 법인

나. 「사립학교법」 이나 그 밖의 특별법에 따라 설립된 법인으로서 「민법」 제32조에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령으로 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주ㆍ사원 또는 출자자에게 이익을 배당할 수 있는 법인은 제외한다)

다. 「국세기본법」 제13조제4항에 따른 법인으로 보는 단체

1-1)국세기본법 제13조【법인으로 보는 단체 등】

① 법인이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하  "법인 아닌 단체”라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

2)법인세법 제4조【과세소득의 범위】

① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득

3. 제55조의2에 따른 토지등양도소득

③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하  "수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2-1)법인세법 시행령 제3조 【수익사업의 범위】

① 법 제4조제3항제1호에서 " 대통령령으로 정하는 것" 이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 교육시설에서 해당 법률에 따른 교육과정에 따라 제공하는 교육서비스업

가. 「유아교육법」 에 따른 유치원

3)법인세법 제60조의2 【성실신고확인서 제출】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인은 성실한 납세를 위하여 제60조에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 신고할 때 같은 조 제2항 각 호의 서류에 더하여 제112조 및 제116조에 따라 비치ㆍ기록된 장부와 증명서류에 의하여 계산한 과세표준금액의 적정성을 세무사 등 대통령령으로 정하는 자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 확인하고 작성한 확인서(이하 " 성실신고확인서" 라 한다)를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제4조에 따라 감사인에 의한 감사를 받은 내국법인은 이를 제출하지 아니할 수 있다.

1. 부동산임대업을 주된 사업으로 하는 등 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 내국법인

3-1)법인세법 시행령 제97조의4 【성실신고확인서 등의 제출】

② 법 제60조의2제1항제1호에서  "부동산임대업을 주된 사업으로 하는 등 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 내국법인”이란 제42조제2항 각 호의 요건을 모두 갖춘 내국법인(법 제51조의2제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인은 제외한다)을 말한다.

3-2)법인세법 시행령 제42조【기업업무추진비의 수입금액계산기준 등】

② 법 제25조제5항 및 법 제27조의2제5항에서 " 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 내국법인" 이란 각각 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 내국법인을 말한다.

1. 해당 사업연도 종료일 현재 내국법인의 제43조제7항에 따른 지배주주등이 보유한 주식등의 합계가 해당 내국법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과할 것

2. 해당 사업연도에 부동산 임대업을 주된 사업으로 하거나 다음 각 목의 금액 합계가 기업회계기준에 따라 계산한 매출액(가목부터 다목까지의 금액이 포함되지 않은 경우에는 이를 포함하여 계산한다)의 100분의 70 이상일 것

가. 부동산 또는 부동산상의 권리의 대여로 인하여 발생하는 수입금액( 「조세특례제한법」 제138조제1항에 따라 익금에 가산할 금액을 포함한다)

나. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득의 금액

다. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득의 금액

3. 해당 사업연도의 상시근로자 수가 5명 미만일 것

④ 제2항제3호를 적용할 때 상시근로자는 「근로기준법」 에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 근로자는 제외한다.

1. 해당 법인의 최대주주 또는 최대출자자와 그와 「국세기본법 시행령」 제1조의2제1항에 따른 친족관계인 근로자

4)법인세법 제24조 【기부금의 손금불산입】

③ 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 및 제5항에 따라 이월된 기부금 중 제1호에 따른 일반기부금은 제2호에 따라 산출한 손금산입한도액 내에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하되, 손금산입한도액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다.

1. 일반기부금 : 사회복지ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 기부금

4-1)법인세법 시행령 제39조 【공익성을 고려하여 정하는 기부금의 범위 등】

① 법 제24조제3항제1호에서  "대통령령으로 정하는 기부금”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 각 목의 비영리법인(단체 및 비영리외국법인을 포함하며, 이하 이 조에서  "공익법인등”이라 한다)에 대하여 해당 공익법인등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금.

다. 「유아교육법」 에 따른 유치원, 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」 에 따른 학교, 「국민 평생 직업능력 개발법」 에 따른 기능대학, 「평생교육법」 제31조제4항에 따른 전공대학 형태의 평생교육시설 및 같은 법 제33조제3항에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설

5)법인세법 제113조 【구분경리】

① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

6)사립학교법 제2조 【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1.  "사립학교”란 학교법인, 공공단체 외의 법인 또는 그 밖의 사인(私人)이 설치하는 「유아교육법」 제2조제2호, 「초ㆍ중등교육법」 제2조 및 「고등교육법」 제2조에 따른 학교를 말한다.

2.  "학교법인”이란 사립학교만을 설치ㆍ경영할 목적으로 이 법에 따라 설립되는 법인을 말한다.

3.  "사립학교경영자”란 「유아교육법」 , 「초ㆍ중등교육법」 , 「고등교육법」 및 이 법에 따라 사립학교를 설치ㆍ경영하는 공공단체 외의 법인(학교법인은 제외한다) 또는 사인을 말한다.

7)사립학교법 제3조 【학교법인이 아니면 설립할 수 없는 사립학교 등】

학교법인이 아닌 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사립학교를 설치ㆍ경영할 수 없다. 다만, 「초ㆍ중등교육법」 제52조제2항에 따라 산업체가 그 고용근로청소년의 교육을 위하여 중학교 또는 고등학교를 설치ㆍ경영하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 초등학교ㆍ중학교ㆍ고등학교ㆍ특수학교ㆍ대학

2. 산업대학ㆍ사이버대학ㆍ전문대학ㆍ기술대학

3. 대학ㆍ산업대학ㆍ전문대학 또는 기술대학에 준하는 각종학교

8)사립학교법 제29조 【회계의 구분 등】

① 학교법인의 회계는 그가 설치ㆍ경영하는 학교에 속하는 회계와 법인의 업무에 속하는 회계로 구분한다.

② 제1항에 따른 학교에 속하는 회계는 교비회계(校費會計)와 부속병원회계(부속병원이 있는 경우로 한정한다)로 구분할 수 있고, 교비회계는 등록금회계와 비등록금회계로 구분하며, 각 회계의 세입ㆍ세출에 관한 사항은 대통령령으로 정하되 학교가 받은 기부금 및 수업료와 그 밖의 납부금은 교비회계의 수입으로 하여 별도 계좌로 관리하여야 한다.

⑥ 제2항에 따른 교비회계에 속하는 수입이나 재산은 다른 회계로 전출(轉出)ㆍ대여하거나 목적 외로 부정하게 사용할 수 없다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 차입금의 원리금을 상환하는 경우

2. 공공 또는 교육ㆍ연구의 목적으로 교육용 기본재산을 국가, 지방자치단체 또는 연구기관에 무상으로 귀속하는 경우. 다만, 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 경우로 한정한다.

9)사립학교법 제51조 【준용규정】

사립학교경영자에 관하여는 제5조, 제28조제2항, 제29조, 제31조, 제31조의2, 제32조, 제32조의2부터 제32조의4까지, 제33조, 제43조, 제44조 및 제48조를 준용한다.

10)유아교육법 제8조 【유치원의 설립 등】

② 사립유치원을 설립하려는 자는 특별시ㆍ광역시ㆍ도 및 특별자치도 교육감의 인가를 받아야 한다.

다.사실관계

1)청구법인 기본사항

가) 청구법인은 1979.7.1. 개업해 부동산 임대업을 영위하고 있고, 2009.11.25. 유치원 설립 인가를 받아 OO시 ○○○ OOOOOO길 ▲▲▲에서 쟁점유치원을 운영 중이다.

나)OO시 ○○○ OOOOOO길 ▲▲▲은 토지 ***㎡ 및 지하 O층ㆍ지상 O층 건물 (교육연구및복지시설) ***㎡로 이루어져 있고, 토지 및 건물 소유자는 청구법인이나 쟁점유치원은 임차인이 아닌 것으로 나타난다.

다)OOOOOOO교육청교육장 명의의 인가서에 따르면, 유치원 설립자는 청구법인이고, 인가사항에는  "유아교육법에 의한 유아교육을 목적으로” 하며, OO학급(***명)으로 인가받았다고 적시되어 있다.

라)국세청 전산자료에 따르면, 쟁점유치원은 2009.10.23. 청구법인의 지점으로 사업자등록을 했다가 2020.2.11. 고유번호를 발급받았으며, 대표자는 청구법인의 공동대표 중 한 명인 AAA이다.

마)청구법인은 2021 사업연도(2020.7.1.∼2021.6.30.)부터 2024 사업연도 (2023.7.1.∼2024.6.30.)까지 법인세를 신고할 때 부동산임대수입과 유치원수입을 모두 청구법인의 매출액으로 계상하고, 유치원의 비용도 마찬가지로 계상하였다.

세무조사결과통지 내역에 따르면, 쟁점유치원의 수입과 비용을 제외했을 때 청구법인의 당기순이익은 증가하는 것으로 나타난다.

표 1 < 청구법인 법인세 신고ㆍ경정 내역>

2)쟁점유치원의 법적 성격 관련 사항

가) 국세청 전산자료에 따르면, 쟁점유치원은 2009.10.23.부터 2020.2.11.까지 사업자등록번호를 ***-85-*****으로 하여 청구법인의 지점으로 등재되어 있는데, ‘85’는 영리법인의 지점에 부여되는 번호이다.

나) 2020.2.11. 쟁점유치원은 폐업 신고해 위 사업자등록을 말소한 뒤 고유번호를 ***-82-*****로 하는 고유번호증을 발급받았는데, ‘82’는 비영리법인의 본점 및 지점과 법인으로 보는 단체에 부여되는 번호이고, 국세청 전산자료에는 그 중 ‘기타(법인으로 보는 단체)’로 입력되어 있다.

표 1 < 쟁점유치원의 사업자등록번호(고유번호) 변경이력>

위와 같이 사업자등록을 말소한 뒤 고유번호를 발급받은 경위를 확인한 결과, 통지관서는 교육청 정기감사에서 유치원은 비영리사업에 해당하므로 쟁점유치원을 영리법인의 지점으로 등록할 것이 아니라 고유번호증을 발급받는 것이 적법하다는 지적이 있었기 때문이라고 답변하였으며, 이러한 경위에 대해서는 청구법인도 다툼이 없다.

한편, 「법인세 사무처리규정」 (국세청 훈령) [별지 제5호]의 고유번호증 서식 하단에는  "이 고유번호증의 부여로 인해 고유번호증상의 대표자가 정당한 대표자임을 증명하지 않으며, 「민법」 기타 특별법에 따른 법인격이 부여되는 것은 아닙니다.”라는 문구가 명시되어 있다.

다) 교육부 「2015년 민원 질의ㆍ회신 사례집」 (발간등록번호 11-1341000- 000205-10)에 수록된 질의회신에는,  "영리법인 자격으로 유치원을 설립할 수 있으나, 설립주체는 영리법인이지 유치원이 별도의 법인으로 등록되는 것은 아닙니다. 즉, 영리법인이 설립하는 유치원은 「사립학교법」 제2조제3항의 사립학교경영자 자격으로 유치원을 설립하는 것입니다.”라고 수록되어 있다.

라) OOOOO교육지원청 홈페이지의 ‘유치원 설립 인가 안내’에서는  "유치원은 영리를 목적으로 할 수 없는 교육기관으로 모든 수입과 지출은 세입ㆍ세출예산을 편성한 후 관계 법령에 의거 적정하게 집행하여야 하며...”라고 안내하고 있다.



마) 국세청 전산자료에 따르면 쟁점유치원은 공익법인으로 등록되어 있다.

3)청구법인의 상시근로자 수 관련 사항

가) 청구법인의 최대주주는 2021∼2023 사업연도에는 BBB(지분율 90.91%), 2024 사업연도에는 BBB의 아들 CCC(지분율 41.33%)이고 CCC의 남매 DDD(지분율 16.53%), EEE(지분율 16.53%) 등이 나머지 지분을 보유하고 있다.

표 1 < 청구법인 최대주주(각 사업연도 기말 기준)>

나) 청구법인의 2021년 ∼ 2024년 귀속 근로소득지급명세서에 따르면, 청구법인의 근로자는 다음과 같으며, 쟁점유치원의 상시근로자 수를 합산하지 않고 「법인세법 시행령」 제42조제4항제1호에 따라 최대주주 및 그와 친족관계에 있는 근로자를 제외하면 매 사업연도 상시근로자 수는 5명 미만이라는 점에 당사자 간 다툼이 없다.

표 1 < 2021∼2024년 청구법인 근로자 명세>

라.판단

1)관련 법리

「법인세법」 제2조제2호는 비영리내국법인을 「민법」 제32조에 따라 설립된 법인, 「사립학교법」 이나 그 밖의 특별법에 따라 설립된 법인, 「국세기본법」 제13조제4항에 따른 법인으로 보는 단체 중 하나로 정의하고 있고,

「사립학교법」 제2조는 「사립학교법」 에 따라 설립된 학교법인이란 사립학교만을 설치ㆍ경영할 목적으로 설립되는 법인을 말한다고 정의하면서, 「유아교육법」 제8조에 따른 사립유치원을 설치ㆍ경영하는 학교법인 외의 법인을 ‘사립학교경영자’라고 별도로 규정하고 있다.

한편, 「국세기본법」 제13조제1항제1호는 ‘주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것’을 법인으로 보는 단체 중 하나로 정의하고 있다.

2)쟁점유치원을 청구법인의 사업체로 보아야 하는지에 대한 판단

가)위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 쟁점유치원은 청구법인의 사업체가 아닌 별개의 비영리법인에 해당한다.

(1)쟁점유치원은 「국세기본법」 제13조제1항제1호에 따른 법인으로 보는 단체로서 「법인세법」 제2조제2호다목에 따른 비영리법인으로 볼 수 있다.

(가)쟁점유치원은 「유아교육법」 제8조에 따라 OOOOO교육청교육장의 인가를 받아 「사립학교법」 제2조제3호에 따른 사립학교경영자인 청구법인이 설립한 사립학교로서, 「사립학교법」 제2조ㆍ제3조 및 교육부 질의회신에 따르면 별도로 법인등기되지 아니하는 것에 해당한다.

(나)쟁점유치원은 2020.2.11. 청구법인의 대표자 중 한 명을 개인 대표자로 지정, 법인으로 보는 단체로 신청해 승인받아 결정일 현재까지 법인으로 보는 단체로 국세청에 등록되어 있으며,

교육청 감사지적에 따라 2020.2.11. 쟁점유치원을 지점으로 등록한 사업자등록을 말소했으므로 이 과정에서 쟁점유치원은 영리법인의 지점이 될 수 없다는 사실을 인식할 수 있었다고 보인다.

(2)나아가, 청구법인의 주장과 같이 쟁점유치원을 청구법인의 사업체라고 해석하는 것은 「법인세법」 규정의 취지에 부합하지 않는다고 보인다.

(가)영리법인이란 법인의 이익을 구성원에게 분배하는 것을 목적으로 하는 법인을 가리키나, 「사립학교법」 제29조 및 제51조는 사립학교경영자가 설립한 사립유치원도 교비회계를 구분해 관리해야 하며 교비회계에 속하는 수입과 재산을 다른 회계로 전출할 수 없도록 해 유치원 운영에 따른 이익을 구성원에게 분배할 수 없도록 규정하고 있으므로 유치원은 영리 목적을 추구할 수 없는 것으로 판단된다.

(나) 「법인세법」 제4조 및 같은 법 시행령 제3조제1항제3호가목은 이러한 취지에서 비영리법인의 유치원수입을 비과세소득으로 규정하고 있다고 보인다.

그런데 청구법인의 주장대로라면 학교법인이 사립유치원을 설립한 경우에는 비과세되나 학교법인이 아닌 법인이 설립한 사립유치원의 수입은 과세대상이라는 것인데, 이들 모두 「사립학교법」 제29조에 따른 엄격한 회계기준을 동일하게 적용받는데도 불구하고 영리법인이 설립하는 유치원은 영리법인의 사업체로 보아 특별히 과세대상인 것으로 해석해야 하는지는 의문이다.

(다)아울러 「법인세법 시행령」 제39조는 설립주체와 관계없이 유치원은 비영리법인 또는 비영리단체로서 기부금을 받을 수 있는 공익법인 등에 해당된다고 전제하고 있는데, 쟁점유치원이 청구법인의 사업체라고 한다면 그러한 규정에 부합하지 않는 면도 있다.

나)따라서, 통지관서가 쟁점유치원을 청구법인과 별개의 비영리법인으로 보아 유치원의 수입과 비용을 청구법인의 소득금액에서 제외하고, 유치원의 상시근로자 수를 제외해 청구법인을 「법인세법」 제60조의2에 따른 성실신고확인서 제출 대상으로 본 이 건 세무조사결과통지는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 「국세기본법」 제81조의15제5항제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.