삼성세무서장이 2025.3.14. 청구인 a에게 한 양도소득세 납부지연가산세 OOO원의 부과처분은 납부지연기간을 2025.1.3.까지로 재계산하여 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분 개요



가. 청구인 a(이하  "청구인1”이라 한다)와 청구인 b(이하  "청구인2”라 하고 청구인1과 함께  "청구인들”이라 한다)는 형제 관계로, 2002.12.20. 경기도 성남시 OOO을 사업장 소재지로 하여 공동(각각 지분 53.3%, 46.7%)으로 부동산임대업 개인사업자 등록(이하  "쟁점사업자”라 한다)을 하고 현재까지 계속 사업 중이다.



나. 청구인들은 2003.12.23. 경기도 성남시 OOO 토지 면적 1,210㎡(이하  "쟁점토지”라 한다)를 아버지인 c로부터 각각 지분 1/2씩 증여받았으며, 청구인들의 동생인 d이 대표이사로 재직하고 있는 주식회사 e(이하  "쟁점법인”이라 한다)는 2002.10.1. 쟁점토지 소재지에서 부동산임대업으로 사업자등록을 하고, 2005.3.3. 쟁점토지를 임차하여 연면적 951.5㎡, 지상 3층, 지하 1층의 건물(이하  "쟁점건물”이라 한다)을 신축하여 사용하였고, 쟁점법인은 2021.7.28. 부동산관리업과 전기공급업을, 2022.7.27. 태양력발전업을 부업종으로 추가하여 사업자등록 정정신고를 하였다.



다. 청구인들은 2021.8.2. 쟁점토지를 쟁점법인에 출자하고 각각 쟁점법인 주식 50,000주를 1주당 발행가액 OOO원(출자금액 OOO원)에 취득하였고, 2021.8.30. 수원지방법원 성남지원으로부터 현물출자 신주발행 조사보고서를 인가받았으며, 2021.9.30. 쟁점법인은 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 완료하였다.



라. 청구인들의 주장에 따르면 청구인들은 세무법인 OOO의 대표세무사인 세무대리인 f(이하  "대리인”이라 한다)에게 「조세특례제한법」 제31조에 따른 양도소득세 이월과세 신청을 위임하였고, 이에 대리인은 2021.10.29. 삼성ㆍ서초ㆍ역삼 통합세무서(이하  "통합세무서”라 한다)에 방문하여 신고서류를 민원인 담당직원의 안내에 따라 담당자의 책상 위에 올려놓았으며, 별도의 접수증은 수령하지 않았다.



마. 이후 청구인들은 2024년 8월 청구인2의 관할 세무서인 연수세무서 재산세과 담당직원으로부터 양도소득세가 무신고 상태라는 연락을 받았고, 2024.12.16. 현물출자에 따른 양도소득세 기한 후 신고를 하고 2025.1.3. 가산세를 제외한 양도소득세 OOO원을 각각 납부하였다.



바. 처분청은 청구인들이 가산세 없이 본세만 기한 후 신고ㆍ납부한 것에 대해 무신고 및 납부지연가산세를 부과하여 경정하는 내용으로 2025.2.24. 과세예고 통지하였고, 이에 청구인들은 조기결정 신청서를 제출하여 처분청은 2025.3.14. 청구인1에게 무신고가산세 OOO원, 납부지연가산세 OOO원(합계 OOO원), 2025.3.18. 청구인2에게 무신고가산세 OOO원, 납부지연가산세 OOO원(합계 OOO원)을 경정ㆍ고지하였다.



사. 청구인들은 이에 불복하여 2025.6.11. 각 심판청구를 제기하였다.





2. 청구인들 주장 및 처분청 의견



가. 청구인들 주장



(1) 청구인들은 적법하게 「조세특례제한법」 제31조에 따른 양도소득세 이월과세 신청서를 접수하였으며, 처분청이 가산세를 부과한 것은 신의성실의 원칙에 반하는 위법ㆍ부당한 처분이다.



(가) 대리인은 2013년 세무사 개업 이후 매년 현물출자 법인전환, 중소기업 통합에 의한 법인전환, 포괄양수도 등 수 십건 이상의 세무컨설팅을 수행하고 있는 현물출자 법인전환 전문가로서 서류 제출 누락 가능성이 없다.



대리인은 서류 제출 과정에서 접수증을 받지 않은 점에 대해서는 과실을 인정하나, 이월과세 신청서를 기한 내에 제출해야만 이월과세를 적용받을 수 있다는 사실과 신청서가 정상적으로 접수되지 않을 경우 무신고가산세 및 납부지연가산세가 부과될 수 있음을 충분히 이해하고 있다.



대리인은 항상 세무서를 직접 방문하여 대면접수를 하고 있으며, 대리인의 세무법인 소재지는 서울특별시 강남구 OOO로 통합세무서와 도보 5분 이내의 거리에 위치하고 있고, 수행한 다른 사건들의 경우 이월과세 신청서가 접수되지 않은 적이 없었다.



(나) 대리인이 신청서류를 접수하였음은 대리인의 업무지시 메모 기록을 통해 알 수 있으며, 2024.11.15. 고충민원신청서와 심판청구서 상 진술이 다른 부분은 단순 착오에 불과하다.



대리인은 신고업무가 완료되면 관련 신고서와 첨부서류를 별도로 보관하고 있는데 청구인들의 서류 또한 보관되어 있었고, 서류에 부착된 업무지시 메모에 따르면  "g, 청구인1, 청구인2 양도세 접수해주세요.”라고 기재되어 있다. 대리인은 2021.10.27. g의 서류를 접수했다는 접수증을 수령하였고, 접수증에 따르면 서류를 1층 재산세과 신고창구가 아닌 민원실에서 접수하였다.



고충민원신청서와 심판청구서상 접수하였다고 진술한 세무서가 다른 것은 기억의 혼동에 따른 단순 착오에 불과하다. 2021.10.29. 대리인 스케줄상 거래처 미팅이 인천광역시 연수구 지역에 있었고, 당초 청구인들의 양도소득세가 무신고 상태라는 연락을 받은 것도 연수세무서였기 때문에 연수세무서에 방문접수하였을 가능성에 무게를 두고 기억을 형성하였다. 그러나 2021.10.29. 하이패스 이동기록 등을 재검토한 결과 연수세무서에 방문접수할 수 있는 물리적 시간이 절대적으로 부족하다는 것을 확인하였고, 대리인 세무법인 소재지와의 인접성, 대리인이 통합세무서에서 서류 접수를 일괄처리하는 업무 습관 등을 고려했을 때 통합세무서에서 접수가 이루어졌다고 추정하게 되었다.



(다) 2021년 당시 세무서 직원은 이월과세 신청서를 전달받은 적이 없다고 주장하고 있으나, 대리인이 세무서를 방문했을 때 많은 민원인이 대기 중이어서 혼잡했고, 서류 처리 과정에서 이월과세 신청서만 누락하였다거나 내부 시스템에 전산입력이 누락되는 등 오히려 세무서 직원이 신청서 접수를 누락했을 가능성이 있다.



조심 2020구8458(2021.2.19.) 결정 등 과거에도 세무서 직원의 실수로 양도소득세가 부과되었다가 취소된 사례가 있으며, 일부 세무서는 양도소득세 이월과세 신청서와 같이 당장 납부해야 할 세금이 없는 경우 즉시 접수처리를 하지 않고 내부검토 후 처리하는 관행이 있다.



(라) 청구인들과 대리인은 신청서 접수 누락 여부를 자체적으로 인지하거나 통제하는 것이 사실상 불가능하다.



대리인은 2021.10.29. 안내직원의 안내에 따라 서류를 담당자의 책상 위에 놓고 갔으며, 청구인들은 3년 뒤인 2024.8. 청구인2의 관할인 연수세무서의 연락을 받기 전까지는 양도소득세 이월과세 신청서가 접수되지 않았다는 것을 인지하지 못하였다.



양도소득세 이월과세 신청의 경우 홈택스로 접수내역을 확인할 수 없고, 추가적인 자료 제출이 필요한 경우 세무서에서 연락이 오는 것이 일반적인 업무절차이다.



무신고 사실을 인지하고 약 3개월 동안 세무서에 신청서 제출 여부를 확인하기 노력하였으나, 납세자가 세무서 내부 시스템의 전산입력 누락 여부 등을 입증하기에는 무리가 있다.



(2) 처분청이 양도소득세 이월과세 신청서 접수 여부를 충분히 확인하지 않고 가산세를 부과한 처분은 절차적 정당성과 적법 요건을 갖추지 못하여 위법ㆍ부당하며 형평성에 부합하지 않는다.



(가) 청구인들이 기한 후 신고를 하고 조기결정신청서를 제출한 것은 이월과세 신청의 부존재를 인정하거나 양도소득세 본세 납부의무를 인정한 것이 아니고, 가산세 부담에 대한 심리적 압박에 따른 행위에 불과하다.



청구인들의 기한 후 신고는 양도소득세 회피 의도가 없음을 입증하는 것이며, 처분청이 이러한 제반사정을 충분히 검토하지 않고 무신고가산세를 부과한 것은 실질적 제출 여부를 고려하지 않은 형식적 판단으로서 실질과세 원칙에 위배된다.



또한 보정요구를 통해 제출 누락을 시정할 수 있었음에도 불구하고 처분청이 상당한 기간이 지난 후 무신고가산세를 부과한 것은 과세의 적시성과 납세자 권리 보호 측면에서 부당하다.



조세심판원도 서류 분실 등의 사유로 무신고가산세가 부과된 경우 인용 결정[조심 2014서3637(2014.12.9.), 국심 2004서2369(2004.10.16.) 등]을 내린 바 있다.



(나) 「조세특례제한법 시행령」 제28조 제3항에 따른 이월과세 적용 신청서 제출기한을 중소기업 통합일이 속하는 과세연도의 과세표준 신고기한으로 규정하고 있는데, 양도소득세 예정신고기한의 경우 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내로 지나치게 촉박하며, 과세당국도 이러한 점을 고려하여 예정신고기한을 경과한 경우에도 확정신고기한까지 이월과세 신청을 인정하고 있다.



국세청은 「조세특례제한법」 제32조에 따른 법인전환시 양도소득세 이월과세 신청은 확정신고기한까지 할 수 있다는 입장(상속증여세과-516, 2013.8.26.)이며, 기획재정부는 「조세특례제한법」 제38조의2에 따른 지주회사 현물출자시 양도소득세 기한 후 신고를 하면서 과세이연을 신청하는 경우 무신고가산세를 부과하지 않는다고 유권해석(조세법령운용과-14, 2015.10.26.)하였다.



중소기업간 통합에 따른 양도소득세 이월과세 특례의 취지는 중소기업 간 원활한 구조조정을 지원하는 데 있으므로 이에 대하여 지나치게 촉박한 신청기한을 두어 가산세를 부과하는 것은 입법취지에 반하는 불합리한 처분이며, 이월과세는 조세감면이 아닌 과세이연으로서 국가의 조세수입에 실질적인 손실을 초래하지 않는다.



(3) 청구인들은 「조세특례제한법」 제31조에 따른 중소기업 간 통합 양도소득세 이월과세 특례를 적용받기 위한 요건을 모두 충족하였다.



(가) 처분청은 중소기업 통합 양도소득세 이월과세 특례를 적용받기 위해서 기업 전체의 모든 사업장을 통합해야 한다고 주장하고 있으나, 쟁점사업자는 여러 개의 사업장을 운영하고 있어 각 사업장 단위로 분리해서 통합ㆍ승계할 수 있으므로 처분청의 의견은 타당하지 않다.



「부가가치세법 시행령」 제8조 제1항에 따르면 부동산임대업을 영위하는 사업자의 사업장은 부동산의 등기부상 소재지이며, 쟁점사업자가 임대하고 있는 경기도 성남시 분당구 OOO토지 각각은 독립된 별개의 사업장으로 보아야 하며 처분청의 의견처럼 인근에 위치하고 있다고 하여 하나의 사업장으로 보는 것은 타당하지 않다.



「조세특례제한법 시행령」 제28조 제1항에 따르면 기업 전체가 통합되어야 하는 것은 아니고, 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되어야 하며, 국세청 질의회신(부동산거래관리과-207, 2012.4.18.)은 부동산임대업에 사용되는 토지가 법인에게 양도된 후에도 임대업에 사용되는 경우에는 사업의 동질성이 유지되는 것이라고 답변하였다.



(나) 처분청은 쟁점법인이 쟁점토지를 사업장으로 자가사용 중이라고 판단하나, 이는 사실이 아니며 쟁점토지는 계속하여 부동산임대업에 사용되고 있으므로 사업의 동일성이 유지되고 있다.



쟁점법인은 현물출자 전까지는 쟁점사업자에게 쟁점토지에 대한 사용승낙을 받아 쟁점토지 지상에 위치한 쟁점건물의 임대업을 영위하며 쟁점사업자에게 토지 임대료를 지급하였고, 현물출자 이후에는 쟁점토지가 쟁점법인 소유가 되어 쟁점사업자에게 임대료를 지급하지 않았다.



현물출자 전후로 쟁점법인은 쟁점건물 전체를 계속하여 제3자에게 임대하고 임대료를 수취하고 있으므로 쟁점건물이 위치하고 있는 쟁점토지는 계속하여 부동산임대업에 사용되고 있는 것으로 보아야 한다.



또한 쟁점법인이 부동산임대업 외에 영위하고 있는 전기판매업이나 태양력발전업은 모두 쟁점토지 외에 쟁점법인이 소유하고 있는 다른 토지OOO에서 영위하고 있고, 쟁점토지에서 발생하는 매출액은 모두 부동산 임대수익에 해당하므로 쟁점토지는 부동산임대업에 100% 사용되고 있는 것으로 보아야 한다.



(4) 청구인1의 납부지연가산세 고지금액은 납부기한을 2025.1.10.로 하여 계산시 OOO원이나 청구인1은 실제로 2025.1.3. 양도소득세 본세를 납부하였으므로 올바른 금액은 아래 ＜표1＞과 같이 OOO원이다.



＜표1＞ 청구인1 납부지연가산세 재계산



납부지연가산세 계산시 지연기간을 양도소득세 예정신고기한의 다음날인 2021.12.1.부터 실제 납부일인 2025.1.3.로 산정하는 것이 타당하며, 청구인2의 납부지연가산세 고지금액도 OOO원이다.



나. 처분청 의견



(1) 기한 내 신청을 하지 않은 경우 「조세특례제한법」 제31조에 따른 양도소득세 이월과세 특례를 적용받을 수 없다.



법문에도 명확하게 과세표준 신고시 이월과세 적용신청서의 제출을 요건으로 규정하고 있으며, 판례(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결)도  "조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 특히 감면요건규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합”한다는 입장이다.



그러므로 청구인들이 신고기한 내에 이월과세 신청서를 제출하지 않았고, 청구인들이 양도소득세 기한 후 신고를 하면서 쟁점토지의 현물출자에 따른 이월과세 신청서를 제출하지 않았음을 이유로 처분청이 이월과세 적용을 배제하여 청구인들에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 위법하다고 볼 수 없다.



(2) 청구인들이 신고서를 제출하였다는 객관적인 증빙이 없으므로 청구인들이 기한 내 양도소득세 이월과세 신청을 하였다는 것을 인정할 수 없다.



청구인들은 2024.11.15. 고충민원신청서 및 2025.2.19. 자료 등을 제출하며, 대리인이 2021.10.29. 청구인2의 주소지 관할세무서인 연수세무서에 이월과세 신청서류를 방문접수했다고 주장하였으나, 처분청이 하이패스 통행료 등 입증자료를 요청하자 자료를 제출하지 아니하였다.



청구인들은 2025.6.11. 심판청구를 제기하며 제출한 이유서에서는 대리인이 세무법인 사업장 인근에 위치한 통합세무서에 신청서류를 방문접수했다고 주장을 번복하였는데, 이는 처분청이 요청한 입증자료를 제출하기 어려워 주장을 변경한 것으로 보인다.



통합세무서의 통합민원실에서는 사업자등록, 증명발급 등의 업무를 처리하고 있고, 별도로 재산세과 신고창구에서 양도소득세, 증여세 등 신고서 접수 업무를 처리하고 있어 대리인이 1층 민원실에 방문하여 담당자 자리에 서류를 두고 갔다는 의견은 신빙성이 떨어진다.



(3) 청구인들은 사업의 동일성이 유지되지 않아 「조세특례제한법」 제31조에 따른 양도소득세 이월과세 특례 적용대상이 아니다.



중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세 이월과세 특례를 적용받기 위해서는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 사업용 고정자산을 통합 후 존속하는 법인에 양도하고, 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되어야 한다.



쟁점사업자는 경기도 성남시 분당구 OOO을 사업장 소재지로 하여 사업자등록하였고 현재도 계속 사업을 영위하고 있으며, 사업장 소재지는 2014.7.8. 같은 동 OOO에 합병되었고, 청구인들은 사업장 소재지 인근의 쟁점토지만 쟁점법인에 현물출자하였다.



쟁점법인은 쟁점토지를 사업장으로 자가사용하고 있으며, 쟁점사업자는 ‘부동산임대업’만을 영위하고 있는 반면 쟁점법인은 부동산임대업 외에도 ‘부동산관리업, 전기공급업, 태양력발전업’을 영위하고 있어 사업의 동일성 요건을 충족하지 못한다.



「조세특례제한법」 제31조에 따라 중소기업 간 통합 후 소멸기업의 사업구성이 유지되고 승계한 자산을 일정 비율 이상 기존 업종에 사용하는 경우에도 업종별 자산 사용 비율이 변경되면 사업의 동일성이 인정되지 않는다는 것이 국세청 및 기획재정부의 일관된 입장(재재산-1355, 2007.11.12. 등)이므로, 이 건과 같이 소멸기업의 업종 구성이 통합 후 유지되지 않는다면 사업의 동일성이 유지된다고 볼 수 없다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁 점



청구인이 양도소득세 이월과세 신청을 하지 않은 것으로 보아 이월과세를 부인하고 양도소득세 무신고가산세 및 납부지연가산세를 부과한 처분의 당부



나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구인들의 양도소득세 신고 관련 내용은 아래 ＜표2＞ㆍ＜표3＞과 같으며, 아래 ＜표3＞에서 청구인1과 청구인2의 납부지연가산세 금액 차이는 납부일을 청구인1의 경우 2025.1.10.로, 청구인2의 경우 2025.1.3.로 하여 계산한 데에서 기인한다.



＜표2＞ 2024.12.6. 쟁점토지 양도소득세 기한후신고 내역

(단위 : 원)



＜표3＞ 과세예고 통지 및 결정고지 내역

(단위 : 원)



(2) 청구인들 소유의 쟁점토지를 쟁점법인에 현물출자한 과정은 아래 ＜그림1ㆍ2＞와 같이 쟁점토지를 쟁점법인에 현물출자하여 쟁점사업자가 쟁점법인에 흡수 통합되는 형태의 중소기업 통합을 추진하였는데, 청구인들은 2021.8.2. 쟁점법인 주식 50,000주를 1주당 발행가액 OOO원에 취득하는 것을 내용으로 쟁점법인과 현물출자계약서를 체결하고 주식을 교부하였으며, 2021.8.30. 수원지방법원 성남지원으로부터 현물출자 신주발행 조사보고서를 인가받았고, 2021.9.30. 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 완료하였다.



＜그림1＞ 현물출자 과정



＜그림2＞ 현물출자계약서 주요내용



(3) 쟁점토지 및 인근 토지는 아래 ＜그림3＞과 같이 위치하고 있으며, 쟁점토지 및 인근 OOO 토지 현황은 다음과 같다.



＜그림3＞ 쟁점토지(OOO소재지



아래 ＜그림4＞와 같이 청구인들은 2003.12.23. 쟁점토지를 각각 지분 1/2씩 증여받았고, 2021.8.2. 현물출자에 따라 쟁점토지는 쟁점법인에 2021.9.30. 소유권이전등기되었다.



＜그림4＞ 쟁점토지 등기 내역



쟁점건물은 아래 ＜그림5＞와 같이 2005.3.3.부터 쟁점법인이 계속하여 소유하고 있다.



＜그림5＞ 쟁점건물 등기 내역



쟁점사업자는 쟁점토지(대지면적 1,210㎡), 청구인2 소유 경기도 성남시 OOO토지(대지면적 1,249㎡), 청구인1 소유 같은 동 OOO토지(대지면적 1,311㎡), 청구인들이 각 1/2 지분을 소유하는 같은 동 OOO소재 건물(지도상 OOO건물)을 아래 ＜표4＞와 같이 임대하였다.



＜표4＞ 쟁점사업자의 부동산 임대공급 내역

청구인들은 2021.8.2. 쟁점토지를 쟁점법인에 현물출자하고, 경기도 성남시 분당구 OOO소재 건물은 2020.4.6. 청구인1의 자녀와 배우자에게 매매ㆍ증여를 통해 양도한 뒤 2023.4.17. 쟁점법인에 현물출자하였다.



경기도 성남시 분당구 OOO에서 쟁점법인이 전기자동차충전, 태양력발전 등 사업을 영위하고 있음을 아래 ＜그림6ㆍ7＞과 같이 확인할 수 있다.



＜그림6＞ 쟁점건물 전경



＜그림7＞ 쟁점토지 인근 경기도 성남시 분당구 OOO건물 및 토지 전경



(4) 쟁점사업자와 쟁점법인의 사업자등록 현황 및 매출액은 다음과 같다.



＜표5＞ 사업자등록 현황



쟁점법인의 대표이사는 d으로, 청구인들과 형제 관계이며, d 외 쟁점법인의 사내이사는 청구인들 및 d의 배우자 정애자, 총 3인으로 구성되어 있다.



＜표6＞ 2021년～2024년 매출액 현황

(단위 : 백만원, %)



(5) 청구인들이 2021.10.29. 통합세무서에 신청서류를 제출했다고 주장하며 제시한 근거자료는 아래와 같고, 대리인은 g, 청구인들의 양도소득세 서류를 접수해 달라는 내용으로 세무법인 소속 직원에게 업무지시 메모를 남겼으며, g의 양도소득세 서류는 2021.10.27. 서초세무서에 접수된 것으로 나타난다.



＜그림8＞ 2021.10.27. 타 고객 서류 접수증 및 업무지시 메모



(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인들은 적법하게 양도소득세 이월과세 신청서를 접수하였고 처분청이 착오로 다른 서류에 포함하여 접수를 누락할 개연성이 있으므로 이 건 가산세의 부과처분은 부당하다고 주장하나,



조세감면의 경우 감면요건을 충족하는 경우에는 감면신청을 하지 않더라도 감면대상이 되는 것으로 해석함으로써 위와 같은 기한 내의 제출규정을 단순한 협력의무에 불과한 것으로 보고 있으나, 이 건의 경우는 조세감면이 아니라 이월과세에 관한 것이고, 조세감면의 경우는 납세자가 변경되지 않지만 이월과세의 경우는 납세자가 개인에서 법인으로 변경되어 부과하여야 할 조세가 개인에서 법인으로 전가되는 문제가 있기 때문에 납세자의 명확한 의사표시가 요구되는 점을 감안할 때, 이월과세적용신청서의 기한(당해 과세연도의 양도소득 과세표준확정 신고)내의 제출규정을 납세자의 단순한 협력의무로 보기보다는 최소한 당해 과세연도 양도소득 과세표준확정신고 기한까지 납세자가 이를 선택하도록 한 것으로 봄이 타당하다(조심 2010중1618, 2010.9.15., 같은 뜻임) 할 것이다.



이 건의 경우, 청구인들의 대리인은 직원에게 다른 고객인 g과 청구인들의 양도소득세 접수지시 메모를 하였고 g의 서류를 접수했다는 접수증을 수령한 것으로 볼 때 청구인들의 신청서류도 제출하였을 개연성이 높다고 주장하면서도 대리인의 직원이 g의 접수증을 받고 청구인들의 접수증을 받지 못한 경우 의문을 제기할 수 있음에도 g의 접수증만 받은 이유가 설명되지 아니하는 점, 청구인들의 대리인은 당초 연수세무서에 접수하였다고 주장하다가 통합세무서에 접수하였다고 주장하여 실제 어디에 접수하였는지도 불명확한 점, 처분청은 민원서류를 접수할 경우 바로 스캔하여 보관하기 때문에 다른 서류가 함께 포함될 수 없으며, 원칙적으로 민원 담당직원의 안내에 따라 담당자 책상 위에 올려놓기는 어렵다고 진술하고 있는 점 등에 비추어, 처분청이 청구인들의 양도소득세 이월과세 신청서류가 접수되지 아니한 것으로 보아 청구인들의 기한 후 신고에 대하여 무신고가산세 및 납부지연가산세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.



다만, 처분청은 기한 후 신고에 대한 양도소득세 미납기간을 2025.1.10.까지로 산정하여 청구인1에게 납부지연가산세 OOO원을 부과하였으나, 청구인1이 미납한 양도소득세는 2025.1.3. 납부된 것으로 나타나므로 이를 기준으로 미납 지연기간을 2025.1.3.까지로 재산정하여 그 가산세를 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령



(1) 국세기본법



제21조(납세의무의 성립시기) ① 국세를 납부할 의무는 이 법 및 세법에서 정하는 과세요건이 충족되면 성립한다.

② 제1항에 따른 국세를 납부할 의무의 성립시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

11. 가산세: 다음 각 목의 구분에 따른 시기. 다만, 나목과 다목의 경우 제39조를 적용할 때에는 이 법 및 세법에 따른 납부기한(이하  "법정납부기한”이라 한다)이 경과하는 때로 한다.

가. 제47조의2에 따른 무신고가산세 및 제47조의3에 따른 과소신고ㆍ초과환급신고가산세: 법정신고기한이 경과하는 때

나. 제47조의4 제1항 제1호ㆍ제2호에 따른 납부지연가산세 및 제47조의5 제1항 제2호에 따른 원천징수 등 납부지연가산세: 법정납부기한 경과 후 1일마다 그 날이 경과하는 때



제45조의3(기한 후 신고) ① 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장이 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있다.

② 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 자로서 세법에 따라 납부하여야 할 세액이 있는 자는 그 세액을 납부하여야 한다.

③ 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출하거나 제45조 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 자가 과세표준수정신고서를 제출한 경우 관할 세무서장은 세법에 따라 신고일부터 3개월 이내에 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 신고인에게 통지하여야 한다. 다만, 그 과세표준과 세액을 조사할 때 조사 등에 장기간이 걸리는 등 부득이한 사유로 신고일부터 3개월 이내에 결정 또는 경정할 수 없는 경우에는 그 사유를 신고인에게 통지하여야 한다.



제47조의2(무신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 제9조에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 「농어촌특별세법」 및 「종합부동산세법」에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하  "무신고납부세액”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액을 가산세로 한다.

2. 제1호 외의 경우 : 100분의 20



제47조의4(납부지연가산세) ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 법정납부기한까지 국세(「인지세법」 제8조 제1항에 따른 인지세는 제외한다)의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하  "과소납부”라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하  "초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 법정납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납부고지일부터 납부고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율



(2) 소득세법



제105조(양도소득과세표준 예정신고) ① 제94조 제1항 각 호(같은 항 제3호 다목 및 같은 항 제5호는 제외한다)에서 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항에 따라 계산한 양도소득과세표준을 다음 각 호의 구분에 따른 기간에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호ㆍ제4호 및 제6호에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월. 다만, 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제10조 제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 양도할 때 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일(토지거래계약허가를 받기 전에 허가구역의 지정이 해제된 경우에는 그 해제일을 말한다)이 속하는 달의 말일부터 2개월로 한다.

② 제1항에 따른 양도소득 과세표준의 신고를 예정신고라 한다.

③ 제1항은 양도차익이 없거나 양도차손이 발생한 경우에도 적용한다.



제106조(예정신고납부) ① 거주자가 예정신고를 할 때에는 제107조에 따라 계산한 산출세액에서 「조세특례제한법」이나 그 밖의 법률에 따른 감면세액을 뺀 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.

② 제1항에 따른 납부를 이 장에서  "예정신고납부”라 한다.

③ 예정신고납부를 하는 경우 제82조 및 제118조에 따른 수시부과세액이 있을 때에는 이를 공제하여 납부한다.



제110조(양도소득과세표준 확정신고) ① 해당 과세기간의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지[제105조 제1항 제1호 단서에 해당하는 경우에는 토지거래계약에 관한 허가일(토지거래계약허가를 받기 전에 허가구역의 지정이 해제된 경우에는 그 해제일을 말한다)이 속하는 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지] 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항은 해당 과세기간의 과세표준이 없거나 결손금액이 있는 경우에도 적용한다.

③ 제1항에 따른 양도소득 과세표준의 신고를 확정신고라 한다.

④ 예정신고를 한 자는 제1항에도 불구하고 해당 소득에 대한 확정신고를 하지 아니할 수 있다. 다만, 해당 과세기간에 누진세율 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 하는 경우 등으로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑤ 확정신고를 하는 경우 그 신고서에 양도소득금액 계산의 기초가 된 양도가액과 필요경비 계산에 필요한 서류로서 대통령령으로 정하는 것을 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑥ 납세지 관할 세무서장은 제5항에 따라 제출된 신고서나 그 밖의 서류에 미비한 사항 또는 오류가 있는 경우에는 그 보정을 요구할 수 있다.



제111조(확정신고납부) ① 거주자는 해당 과세기간의 과세표준에 대한 양도소득 산출세액에서 감면세액과 세액공제액을 공제한 금액을 제110조 제1항(제118조에 따라 준용되는 제74조제 1항부터 제4항까지의 규정을 포함한다)에 따른 확정신고기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.

② 제1항에 따른 납부를 이 장에서  "확정신고납부”라 한다.

③ 확정신고납부를 하는 경우 제107조에 따른 예정신고 산출세액, 제114조에 따라 결정ㆍ경정한 세액 또는 제82조ㆍ제118조에 따른 수시부과세액이 있을 때에는 이를 공제하여 납부한다.



(3) 소득세법 시행령



제169조(양도소득과세표준 예정신고) ① 법 제105조 제1항에 따라 예정신고를 하려는 자는 기획재정부령으로 정하는 양도소득과세표준예정신고및납부계산서에 다음 각 호의 구분에 따른 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출해야 한다.

② 제1항에 따라 예정신고를 받은 납세지 관할세무서장은 「전자정부법」 제36조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산의 양도와 관련된 다음 각 호의 서류를 확인하여야 한다. 다만, 행정정보의 공동이용을 통하여 해당 서류의 확인이 불가능한 경우에는 납세자에게 다음 각 호의 서류의 제출을 요구할 수 있다.

1. 토지대장 및 건축물대장 등본

2. 토지 및 건물 등기사항증명서



(4) 조세특레제한법



제31조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등) ① 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용고정자산(이하  "사업용고정자산”이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인(이하 이 조에서  "통합법인”이라 한다)에 양도하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항의 적용대상이 되는 중소기업 간 통합의 범위 및 요건에 관하여는 대통령령으로 정한다.

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.

④ 제6조제1항 및 제2항에 따른 창업중소기업 및 창업벤처중소기업 또는 제64조 제1항에 따라 세액감면을 받는 내국인이 제6조 또는 제64조에 따른 감면기간이 지나기 전에 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 감면기간에 대하여 제6조 또는 제64조를 적용받을 수 있다.

⑤ 제63조에 따른 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업 또는 제68조에 따른 농업회사법인이 제63조 또는 제68조에 따른 감면기간이 지나기 전에 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 감면기간에 대하여 제63조 또는 제68조를 적용받을 수 있다.

⑥ 제144조에 따른 미공제 세액이 있는 내국인이 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 내국인의 미공제 세액을 승계하여 공제받을 수 있다.

⑦ 제1항을 적용받은 내국인이 사업용고정자산을 양도한 날부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 해당 내국인은 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1항에 따른 이월과세액(통합법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 통합법인이 소멸되는 중소기업으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

2. 제1항을 적용받은 내국인이 통합으로 취득한 통합법인의 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우



(4) 조세특레제한법 시행령



제28조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등) ① 법 제31조 제1항에서  "대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합”이란 제29조 제3항에 따른 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(「중소기업기본법」에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(「국세기본법」 제39조 제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다.

1. 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인(이하 이 조에서  "통합법인”이라 한다)의 주주 또는 출자자일 것

2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다) 이상일 것

③ 법 제31조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 통합일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 통합법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.