심판청구를 기각한다.

1. 처분개요



가. 청구법인은 2006.3.8. 부산광역시 부산진구 OOO에서 아파트 건설업 등을 영위할 목적으로 설립된 법인으로, 2017.12.28. 주식회사 A(구 B 주식회사)로부터 부산광역시 기장군 OOO 일원 토지 205,881.3㎡(이하  "쟁점토지”라 한다)를 취득한 후 2019년～2022년 종합부동산세 신고 시 쟁점토지 중 201,431.1㎡에 대하여 「조세특례제한법」(이하  "조특법”이라 한다) 제104조의19 제1항에 따른  "취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지”로 하여 종합부동산세 과세표준 합산배제신고를 하였다.



나. 처분청은 청구법인이 쟁점토지 취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획 승인을 받지 못한 사실을 확인하고, 조특법 제104조의19 제1항 제1호 및 제3항(이하  "쟁점조항”이라 한다)에 따라 2024.12.16. 청구법인에게 2019년 귀속 종합부동산세 OOO원(이자상당액 OOO원 포함) 및 농어촌특별세 OOO원, 2020년 귀속 종합부동산세 OOO원(이자상당액 OOO원 포함) 및 농어촌특별세 OOO원, 2021년 귀속 종합부동산세 OOO원(이자상당액 OOO원 포함) 및 농어촌특별세 OOO원, 2022년 귀속 종합부동산세 OOO원(이자상당액 OOO원 포함) 및 농어촌특별세 OOO원을 각 경정ㆍ고지하였다.



다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.12. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구법인 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인 주장



(1) 쟁점조항에 ‘정당한 사유’라는 명문의 규정이 없더라도, 청구법인이 유예기간 내 주택건설 사업계획승인을 득하지 못한 ‘정당한 사유’가 있다면 종합부동산세 등을 추징할 수 없다.



(가) 법원은 쟁점조항에서 예외 사유를 명문으로 규정하고 있지 않음에도, 주택건설사업자가 주택건설용 토지를 취득한 후 5년 이내에 사업계획승인을 받지 못하였으나 그 원인이 납세의무자에게 책임을 돌릴 수 없는 등 ‘정당한 사유’로 인한 것일 때에는 감면된 종합부동산세 등을 추징할 수 없다고 판단하였다OOO.



또한 법원은 쟁점조항 외 명문규정이 없음에도 ‘정당한 사유’나 특별한 사유를 들어 추징처분 위법 여부에 대하여 외부적 장애사유, 납세자의 진지한 노력 정도 및 입법 취지 등에 비추어 볼 때 정당한 사유가 인정된다면 추징대상에서 제외되는 것으로 판시하여 왔다OOO.



국세청도 최근 쟁점조항을 해석함에 있어서 ‘정당한 사유’라는 명문규정이 없음에도 정당한 사유여부를 별도로 판단하고 있다(적부2024-0194, 2025.1.15.).



(나) 또한 2025년 세제개편안을 보면  "정당한 사유”로 인한 예외를 명시적으로 규정하는 것으로 발표되었고, 이는 최초 법령을 신설할 당시 주택건설사업자에게만 ‘정당한 사유’를 인정하지 않으려는 명확한 의도가 있는 것이 아니라, 단순 누락이었다는 사실을 알 수 있는 것이라 하겠다.



따라서 쟁점조항에 ‘정당한 사유’라는 명문규정이 없더라도, 감면 및 추징 규정의 취지상 납세자에게 책임을 돌릴 수 없는 사유가 있는 경우에는 종합부동산세 등을 추징할 수 없다고 봄이 타당하다.



(2) 청구법인이 취득한 쟁점토지는  "사전협상형 지구단위계획구역”으로 지정된 첫 사례로, 해당 용도로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유가 존재하고, 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였으므로 청구법인이 5년 이내에 사업계획 승인을 받지 못한 데 "정당한 사유"가 존재한다.



(가) ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 주택건설 사업자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 사업계획승인을 받기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 위와 같은 입법취지를 충분히 고려하면서 토지의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령ㆍ사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 주택건설사업자가 사업계획승인을 받기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 개별적으로 판단해야 한다OOO.



(나) 청구법인은 쟁점토지가 사전협상형 지구단위계획구역으로 지정됨에 따라 정상적인 노력을 다하였음에도, 시간적 여유가 없어 유예기간을 초과한 것이다.



청구법인이 대규모 유휴부지였던 쟁점토지를 2017.12.28. 취득한 직후, ‘2030부산도시기본계획’에 따라 쟁점토지는 일반적인 지구단위계획이 아닌 사전협상형 지구단위계획으로 변경되었다.



이에 따라 쟁점토지 개발은  "대상지선정(예비협상) → 본협상 → 지구단위계획구역 고시 → 주택건설사업계획승인”의 절차를 거쳐야 했고, 행정주도의 하향식 개발이 아닌, 사업시행자에게 도시계획의  "계획변경 청구권”을 부여하는 방식으로 진행되어  "협상”의 절차가 추가되었다.



(다) 사전협상형 지구단위계획의 문제점은 협상 시, 기여분 산정에 대한 구체적인 기준이 마련되어 있지 않다는 것이고, 개발이익이 민간에게 과도하게 귀속될 경우 특혜논란이 필연적으로 제기될 수 밖에 없으므로 지방자치단체 입장에서도 매우 신중하게 접근하게 되어 협상기간은 오랜 시간이 소요될 수 밖에 없다.



실제로 각 지방자치단체의 사전협상 사례를 보면 협상기간만 2년 이상 소요되는 경우를 쉽게 찾아볼 수 있다.

(라) 청구법인은 쟁점토지 취득 후, 약 15일 뒤인 2018.1.15. 지구단위계획수립 및 건축설계용역계약을 체결하는 등 지속적인 노력을 다하였으나, 정책의 불명확성 및 구체적 기준의 미비, 제도적 미비 등으로 인해 사업의 진행 속도는 현저히 저하될 수밖에 없었다.



실제로 사전협상과정에서 부산광역시의 공문을 보면,  "지역발전에의 부합여부, 고용증진, 산업육성, 경제성장 등을 고려하여 검토한 결과 사전협상대상지로 선정하기 부적합함을 알려드립니다”라고 하여 부적합 통보를 하였는데, 부적합 사유가 매우 모호하고 구체적이지 못하여, 이를 보완하는데에도 상당한 시간이 소요되었다.



또한 부산광역시는 협상과정에서 다수의 외부자문을 요구하였는데, 일례로  "부지개발계획을 위한 국제아이디어 공모”에 약 4개월의 기간이 소요되는 등 전체적으로 상당한 시간이 소요되었다.



(마) 쟁점토지를 그 목적사업에 직접 사용하기 위하여 소요되는 준비기간의 장단 및 규모 등을 볼 때에도 ‘정당한 사유’가 인정되어야 한다.



법원은  "이 사건 사업은 예상 사업비가 약 OOO 원에 이르고 사업시행 면적도 49,393㎡, 이 사건 센터의 본동 신축 규모도 11,475,63㎡에 이를 뿐만 아니라, 그 사업의 진행을 위하여 도시계획결정, 소규모환경영향평가, 실시계획인가 등 여러 가지 단계적 행정절차 및 그 과정에서 관계 행정기관의 장과의 협의ㆍ협조 등이 필수적으로 요구되는 사업”이라는 점을 중요하게 고려하여 정당한 사유가 인정된다고 판단하였다OOO.

이 건 사업은 예상 사업비가 약 1조 원에 이르고, 사업 시행 대지면적은 145,584㎡에, 건축규모 지하 2층~ 지상 48층의 공동주택과 숙박시설, 해양문화 관광시설, 문화시설이 조성되는 대규모의 복합개발사업으로서, 사업의 규모, 준비기간, 소요되는 행정절차 및 사업 진행과정에서 행정기관과 복잡한 협의ㆍ협조를 거쳐야 한다는 점을 종합적으로 고려하면, 청구법인이 5년 이내에 사업계획 승인을 받지 못한 데 "정당한 사유"가 충분히 인정된다 할 것이다.



나. 처분청 의견



(1) 청구법인은 부산고등법원 2018.5.18. 선고 2017누23384 판결OOO 및 대법원 2013.3.25. 선고 2012두26678 판결 등을 근거로 쟁점토지의 취득일부터 5년 이내에 사업계획의 승인을 받지 못한 정당한 사유가 있으므로 이 건 종합부동산세를 추징한 것은 부당하다고 주장하나,



(가) 위 부산고등법원 2018.5.18. 선고 2017누23384 판결은 극히 이례적인 하급심 판결로서 대법원에서 실질적인 판단을 받지 못하고 심리불속행으로 종결된 사건이므로 이 건에 그대로 적용할 수 없다.



대법원은  "조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다”OOO고 판시하였다.



조특법 제104조의19 제3항은 주택건설사업자가 그 취득일로부터 사업계획승인에 필요한 상당한 기간이라 볼 수 있는 5년 이내에 사업계획승인을 받지 못한 경우 당초 감면받은 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징하는 규정인데, 막연히 ‘정당한 사유’라는 모호하고 추상적인 사유로 종합부동산세를 감면한다면 이는 특혜에 해당하여 조세공평의 원칙에 어긋난다 할 것이다.



(나) 또한 청구법인은 취득일부터 5년 이내에 사업계획의 승인을 받지 못한 정당한 사유가 존재한다는 주요 이유로  "쟁점토지를 취득 직전 부산광역시가 공고한(2017.11.15.) ‘2030 부산도시기본계획’에 따라 쟁점토지가 ‘대상지선정(예비협상) → 본협상 → 지구단위계획 → 주택건설사업계획승인’의 절차로 개발이 진행되는 사전협상형 도시계획 주요 검토대상지에 포함되었고, 쟁점토지를 취득한 직후(2017.12.28.) 지구단위계획수립 및 건축설계용역 계약을 체결(2018.1.15.)하고 곧바로 부산광역시에 개발계획(안) 검토신청서 제출(2018.8.10.)하는 등 「주택법」에 따른 건설계획승인을 득하기 위하여 최선의 진지한 노력을 다한 결과 「주택법」에 따른 사업계획승인을 득하였다(2024.5.3.).”고 주장하나,



이와 관련된 ‘부산광역시 고시 제2023-411호’  "도시ㆍ군관리계획[일광읍 이천리 (구)한국유리부지지구단위계획구역 및 지구단위계획] 결정 및 지형도면고시의 결정 조서 ‘5) 기타사항에 관한 결정, 가) 용적률 인센티브’”를 보면 아래 ＜표1＞과 같이 청구법인은 400%의 최대용적률을 적용받은 것으로 확인된다.



＜표1＞ 용적률 산정 기준 적용



이와 같이 청구법인은 향후 주택분양에 따른 이익을 극대화하기 위하여 최대용적률을 적용받았고, 용적률 상향은 분양건설업자의 향후 분양수입 및 이익과 직결되는 중요 사안으로서 이는 기업의 목적인 이윤 극대화를 위한 중요한 사항에 해당한다.



즉, 청구법인이 5년 이내에 사업계획의 승인을 받지 못한 사유에는 최대 용적률을 적용받기 위한 일련의 노력이 포함되어 있고, 이와 같은 사정을 정당한 사유라고 보아 종합부동산세 납부의 예외로 적용한다면 이는 특정 기업에 특혜를 주는 결과를 가져오게 된다.



(2) 조특법 제104조의19에 따른 주택건설사업자의 주택신축용지에 대한 종합부동산세 과세특례는 주택건설사업자의 귀책이 없는 경우 등 달리 추징의 예외규정을 두고 있지 아니하고, 청구법인의 사업계획, 토지취득 여부와 관계없이 사전에 충분히 예측이 가능하고, 사업계획상 관련 법령을 고려하여 이를 이행하여야 하는 것으로서 이에 대한 예외를 인정할 수 없다.



(가) 그동안 조세심판원도 조특법 제104조의19 제1항을 적용함에 있어서 추징의 예외를 인정하지 않았고(조심 2015부5348, 2016.11.28. 등 다수, 같은 뜻임), 설령 정당한 사유 여부를 다툴 수 있다고 하더라도, 청구법인이 경상남도 기장군청 및 부산광역시와 적극 협의하고 요청사항을 반영하여 주택건설 사업을 진행하였더라면 쟁점토지를 취득한 이후 5년 이내에 사업계획승인을 받았을 것이다.



(나) 한편 청구법인은 2025년 7월 세제개편안에 따라 토지 취득일로부터 5년 이내에 정당한 사유로 인해 사업계획 승인을 받지 못한 경우 종합부동산세 추징의 예외사유를 신설할 예정이므로 납세자의 정당한 사정에 대한 권리구제 장치가 마련되었다고 주장하나,



해당 세제개편안이 입법화되지 않았고, 이를 소급하여 적용할 여지 또한 없으며, 설령 위 세제개편안에 따라 정당한 사유를 인정한다고 하더라도 개정이유를 보면, 과세형평 제고 및 제도 합리화를 목적으로 ‘천재지변 등 사유가 있는 경우 추징 제외’로 규정되어 있는바, 이는 과세형평을 위해 극히 제한적인 경우에만 적용되는 것임을 알 수 있다.



따라서 청구법인이 쟁점토지에 대해 5년 이내에 사업계획 승인을 받지 못한데 대해 처분청이 이 건 종합부동산세 등을 추징한 것은 정당하다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



주택건설사업자인 청구법인이 쟁점토지 취득일부터 5년 이내에 주택사업계획 승인을 받지 못한 데에 정당한 사유가 있으므로 조특법 제104조의19 제3항의 추징규정을 적용할 수 없다는 청구주장의 당부



나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.



(가) 청구법인이 조특법 제104조의19에 따른 주택건설사업자에 해당하는 사실과 청구법인이 2017년 12월경 쟁점토지를 매입하였고 2019년~ 2022년 귀속 종합부동산세 신고 시 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받은 토지로 합산배제 신고한 사실, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간 다툼이 없다.



(나) 청구법인이 제출한 이 건 사업진행 경과의 주요 내용은 아래 ＜표2＞와 같다.



＜표2＞ 이 건 사업진행 경과

ㅇㅇㅇ



(2) 기획재정부  "2025년 세재개편안”(2025.7.31.)에 의하면, 과세형평 제고 및 제도 합리화를 위해, 토지분 종합부동산세 추징 예외사유를 아래와 같이 신설(조특법 제104조의19)하여 2026.1.1. 이후 추징사유가 발생하는 분부터 적용하는 것으로 나타난다.



(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지의 취득일부터 5년 이내에 이 건 사업계획의 승인을 받지 못하였는바, 이는 청구법인의 귀책사유에 해당하지 않는 등 정당한 사유가 있으므로 감면받은 종합부동산세액 등을 추징함은 위법ㆍ부당하다고 주장하나, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특례규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것인바OOO, 조특법 제104조의19 제3항은 주택건설사업자가 주택건설을 위한 토지를 취득한 날부터 5년 이내에 이 건 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다고 규정하고 있을 뿐, 추징의 예외규정을 두고 있지 아니하므로 청구법인이 쟁점토지의 취득일인 2017.12.28.부터 5년 이내에 이 건 사업계획의 승인을 받지 못한 이상, 이는 청구법인의 귀책이 아니라는 이유로 감면받은 종합부동산세액 등을 추징함은 위법ㆍ부당하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2020서2585, 2022.2.16., 같은 뜻임).





4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.









＜별지＞ 관련 법령



(1) 종합부동산세법(2008.12.26, 법률 제9273호로 일부 개정된 것)



제13조(과세표준) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.



(2) 조세특례제한법(2020.12.29, 법률 제17759호로 일부 개정된 것)



제104조의19(주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자(이하 이 조에서  "주택건설사업자”라 한다)가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지(토지를 취득한 후 해당 민간연도 종합부동산세 과세기준일 전까지 주택건설사업자의 지위를 얻은 자의 토지를 포함한다) 중 취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 「종합부동산세법」 제13조 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. 「주택법」에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자

2. 「주택법」 제11조에 따른 주택조합 및 고용자인 사업주체

3. 「도시 및 주거환경정비법」 제24조부터 제28조까지 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제17조부터 제19조까지의 규정에 따른 사업시행자

4. 제104조의31 제1항에 따른 법인

③ 주택건설사업자가 제1항에 따라 취득한 날부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 주택건설을 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다.



(3) 조세특례제한법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 일부개정된 것)



제104조의18(주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례) ② 법 제104조의19 제3항에서 종합부동산세액이란 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 세액을 말한다.

1. 법 제104조의19 제1항에 따라 과세표준 합산의 대상에 포함되지 아니하였던 해당 토지를 매 과세연도마다 종합부동산세 과세표준 합산의 대상이 되는 토지로 보고 계산한 세액

2. 법 제104조의19 제1항에 따라 과세표준 합산의 대상에 포함되지 아니하였던 해당 토지를 매 과세연도마다 종합부동산세 과세표준 합산의 대상에서 제외되는 토지로 보고 계산한 세액

③ 법 제104조의19 제3항에서 이자상당가산액이란 제2항에 따른 종합부동산세액에 제1호의 기간과 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 법 제104조의19 제2항에 따라 신고한 매 과세연도의 납부기한 다음 날부터 법 제104조의19 제3항에 따라 추징할 세액의 고지일까지의 기간

2. 제11조의2 제9항 제2호에 따른 율