성동세무서장이 2025.5.9. 청구인에게 한 2024년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요



가. 청구인은 2015.7.24. 경기도 남양주시 OOO 토지 및 건물[물류시설(창고), 이하  "쟁점부동산”이라 한다]을 OOO원에 취득하였고, 쟁점부동산은 2019.10.15. 공공주택지구(국토교통부 고시 제OOO호)로 지정되었으며, 2022.9.16. 사업인정 고시 이후 경기도 ‘OOO 공공주택지구’ 조성사업(OOO)에 편입되었다.



나. 이후 청구인은 쟁점부동산을 2024.1.9. 수용을 원인으로 경기주택도시공사(지분 5분의1)와 한국토지주택공사(지분 5분의4)에 OOO원에 양도하였고, 이에 따른 양도소득세를 신고하면서 「조세특례제한법」(이하  "조특법”이라 한다) 제77조에 따른 ‘공익사업용 토지에 대한 세액감면’과 제85조의9 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제79조의10 제10항에 따른 ‘양도소득세 분할납부’를 신청하였다.



다. 처분청은 청구인에게 대한 양도소득세 신고내용을 검토한 결과, 청구인이 쟁점부동산의 양도와 관련하여 조특법 제77조의 감면규정과 같은 법 제85조의9의 분할납부를 동시에 적용함으로써 중복지원을 받은 것으로 보아, 조특법 제77조의 적용을 배제하여 2025.5.9. 청구인에게 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.



라. 청구인은 이에 불복하여 2025.7.4. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구인 주장 및 처분청 의견



가. 청구인 주장



(1) 처분청은 청구인이 2024.3.26. 조특법 제77조와 제85조의9를 적용한 양도소득세 신고내용의 적정여부에 대하여 2024.11.28. 국세청에 과세기준자문신청을 하였고, 2025년 4월 조특법 제77조 및 제85조의9가 동시에 적용받는 경우에는 같은 법 제127조 제7항 본문에 따라 그 거주자가 선택하는 하나의 감면규정을 적용한다는 내용의 과세기준자문회신내용에 따라 조특법 제77조의 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면을 배제하여 이 건 양도소득세를 경정ㆍ고지하였다.



(2) 조특법 제85조의9에 따른 분할납부 관련 과세특례는 같은 법 제127조 제7항의 ‘양도소득세 감면규정’의 감면에 해당하지 아니한다.



(가) 세법에서 ‘감면’이란 세액의 절대적인 크기를 직접 줄여주거나 면제해주는 것을 의미하는 것인데, 조특법 제77조는 세액 OOO원을 직접 감면해주는 반면, 조특법 제85조의9는 분할납부 규정으로 확정된 세액이 감면되지 않고, 다만 납부 시기만을 유예하는 납부 편의를 제공하는 제도이다.



(나) 조특법 조문의 내용을 통해 ‘감면’이란 산출된 세액 또는 과세표준을 직접적으로 차감하거나 면제함으로써 납세자가 부담할 조세액의 절대적인 크기를 줄여주는 조세지원을 의미하며 이는 법문에 세액감면, 세액면제, 세액공제, 또는 과세표준(소득)을 줄여주는 문구형태로 기술되어 있으나, 조특법 제85조의9는 확정된 세액을 3년간 균등하게 나누어 낼 수 있도록 하는 분할납부에 관한 조세특례일 뿐, 세액 자체를 줄여주지는 않는다.



(다) 처분청이 ‘기간이익’이라는 경제적 효과를 기준으로 조특법 제85조의9를 감면으로 본다면, 납세자에게 실질적 혜택이 있는 조세지원을 감면으로 확장해석한 것으로 이는 명확한 의미를 벗어난 행정편의적인 과세형태를 유지하기 위하여 법을 해석한 것이다.



(3) 처분청은 국회의 입법취지 의사를 과세편의적으로 해석함에 따라 조세법률주의 대원칙인 유추ㆍ확장해석 금지원칙에 정면으로 위배하고 있다.



(가) 조특법 제127조에는 중복지원 배제에 해당되는 감면규정들을 구체적으로 열거하고 있고, 그 중 제85조의9와 유사한 규정인 제85조의7은 제77조와 중복배제 대상이라고 명확히 별도항목으로 표기되지만 제85조의9는 별도로 표기되어 있지 않다.



(나) 처분청이 과세기준자문 회신내용에 따라 조특법 제85조의9가 감면에 해당된다는 해석의 근거가 제85조의7을 기준으로 해석하였다면, 이는 조세법률주의의 근간인 엄격해석의 원칙에 반하는 유추해석이자 확장해석이다.



(다) 또한 국회가 중복지원 배제규정인 조특법 제127조 제8항을 입법하면서 제85조의7은 배제규정에 포함하면서 제85조의9는 포함하지 않았던 것은 두 제도의 차이를 인지하고 명백히 다르게 취급한 것이다. 처분청은 이를 간과한 채 제85조의7과 제85조의9 규정이 유사하다고 자의적으로 해석한 것은 부당하다.



(4) 처분청이 스스로 인정한 법률의 불명확성은 납세자에게 유리하게 해석하여야 한다.



(가) 처분청은 스스로 명문규정 및 명확한 예규 등이 없다는 이유로 과세기준자문을 신청하였는바, 그렇다면 납세자에게 유리하게 적용하여야 한다.



(나) 처분청은 공장이전과 물류 이전이 유사하다는 이유만으로 조특법 제77조의 감면규정을 배제하여 이 건 양도소득세를 부과하였는바, 이는 법령의 해석을 그르친 위법 부당한 처분이므로 이는 취소되어야 한다.



나. 처분청 의견



(1) 처분청은 청구인이 2025.7.4. 심판청구를 제기함에 따라, 2025.7.14. 국세청 법령사무처리규정 및 과세기준자문 불복지원 업무처리 요령에 따라 국세청 법규과에 불복청구에 대한 의견서 작성을 요청하였고,



이에 따라 국세청 법규과는 2025.7.16. 관련 법령 및 기존해석에 따라,  "조특법 제77조와 조특법 제85조의9 규정을 동시에 적용 받은 경우 거주자가 선택하는 하나의 감면규정만을 적용하는 것이 타당하다”고 회신하였다.



(2) 중복지원 배제의 주요 판단 이유는 다음과 같다.



(가) 조특법 제85조의7과 제85조의9는 특례적용 대상인 공익사업 목적에 따라 수용된 공장임이 동일하여 조특법 제127조 제8항에서 중복지원 배제를 명확히 한 것으로 제8항은 제7항의 예시적 또는 확인적 규정으로 봄이 타당하다.



(나) 조특법 제127조 제8항은 관련 조문체계 및 기존해석 등에 비추어 확인적ㆍ예시적 규정에 불과하고, 국세청과 기획재정부는 일관되게 거주자가 선택하는 하나의 감면 규정만을 적용하도록 지속적으로 해석하고 있다.



(다) 또한 조특법 제77조 및 제85조의9을 중복적용 할 수 있는지 여부에 대한 별도 명문 규정은 없으나,



앞서 살펴본 바와 같이 조특법 제127조 제8항에서 규정한 조특법 제85조의7과는 특례 대상만 다를 뿐, 공익사업을 위한 수용에 따라 특례대상을 양도하고 이전하는 경우 특례를 적용한다는 점에서 사실상 그 내용은 동일하다.



(라) 따라서 관련 법령 및 기존 해석에 따라 조특법 제77조와 같은 법 제85조의9 규정을 동시에 적용받는 경우 거주자가 선택하는 하나의 감면 규정만을 적용하는 것이 타당하다.



(3) 거주자가 토지 등을 양도하여 둘 이상의 감면 규정을 동시에 적용받는 경우, 그 거주자가 선택하는 하나의 감면 규정만을 적용하여야 하므로, 처분청이 2024년 귀속 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 적법하다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



「조세특례제한법」 제77조와 제85조의9가 동시에 적용되는 경우 이를 중복하여 적용할 수 있는지 여부



나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.



(가) 청구인은 쟁점부동산에서 물류시설(쟁점부동산)을 운영하다가 2019.10.15. 국토교통부 고시 제OOO호에 따라 공공주택지구로 지정되면서 2021.12.7. 경기도 남양주시 OOO 소재에 물류시설이전용 토지를 대체 취득하였고, 2023.11.30. 같은 소재에 건물을 대체 취득하였으며, 2024.1.9. 경기주택도시공사 및 한국토지주택공사로부터 수용됨에 따라 수령한 보상금액은 토지분 OOO원, 건물분 OOO원 총합계 OOO원이다.



＜표 삽입을 위한 여백＞



＜표1＞ 쟁점부동산의 양도현황

(단위 : 백만원)

○○○



(나) 청구인의 사업자 이력은 아래 ＜표2＞와 같다.



＜표2＞ 청구인의 사업이력

○○○

* 2024.12.24. 사업장소재지 이전

-(변경 전) 경기도 남양주시 OOO

-(변경 후) 경기도 남양주시 OOO



(다) 청구인은 쟁점부동산의 양도와 관련하여 2024년 귀속 양도소득세 신고 시 조특법 제77조에 따른 ‘공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면’과 동시에 같은 법 제85조의9에 따른 ‘물류시설 이전에 대한 과세특례(분할납부)’를 적용하였으나, 처분청은 조특법 제127조 제7항에 따라 하나의 감면규정만을 적용하는 것으로 보아 조특법 제77조를 배제하고 이 건 처분하였다.



(2)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.



조특법 제2조 제1항 제8호에 따르면, ‘조세특례란 일정한 요건에 해당하는 경우의 특례세율 적용, 세액감면, 세액공제, 소득공제, 준비금의 손금산입 등의 조세감면과 특정 목적을 위한 익금산입, 손금불산입 등의 중과세를 말한다’고 규정하고 있고, 같은 법 제127조 제7항에서는 ‘거주자가 토지등을 양도하여 둘 이상의 양도소득세의 감면규정을 동시에 적용받는 경우에는 그 거주자가 선택하는 하나의 감면규정만을 적용한다’고 규정하고 있다.



조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다고 할 것(대법원 2004.3.12. 선고 2003두7200판결 외 다수, 같은 뜻임)인바,



쟁점부동산의 양도와 관련하여 조특법 제85조의9에 따른 ‘물류시설 이전에 대한 과세특례(분할납부)’를 제2조 제1항 제8호에서 정의하고 있는 조세감면으로 볼 수 없으므로 같은 법 제127조 제7항의 ‘양도소득세의 감면규정을 동시에 적용받는 경우’라고 보기 어려운 점, 조특법 제127조 제8항에 따르면 거주자가 토지 등을 양도하여 제77조 및 제85조의7이 동시에 적용되는 경우 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다고 명시하고 있는 반면, 조특법 제77조와 제85조의9가 동시에 적용되는 경우에 대해서는 제127조에서 중복지원을 배제한다고 명시적으로 열거하고 있지도 아니한 점, 조특법 제85조의7은 공익사업을 위한 수용등에 따른 공장 이전에 대한 과세특례이고, 제85조의9는 공익사업을 위한 수용등에 따른 물류시설 이전에 대한 과세특례로 별개의 규정임에도 이를 근거로 제127조의 중복지원 배제규정을 이 건에 적용하는 것은 조세법규를 유추 및 확대해석한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청은 청구인이 조특법 제127조 제7항에 따라 중복으로 조세감면을 지원받은 것으로 보아 조특법 제77조의 적용을 배제하고 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.





＜별지＞ : 관련 법령



(1) 조세특례제한법



제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. " 조세특례" 란 일정한 요건에 해당하는 경우의 특례세율 적용, 세액감면, 세액공제, 소득공제, 준비금의 손금산입(損金算入) 등의 조세감면과 특정 목적을 위한 익금산입, 손금불산입(損金不算入) 등의 중과세(重課稅)를 말한다.

9. " 수도권" 이란 「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권을 말한다.

10. " 수도권과밀억제권역" 이란 「수도권정비계획법」 제6조 제1항 제1호에 따른 과밀억제권역을 말한다.



제77조(공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2026년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 15로 하되, 「공공주택 특별법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)]에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

3. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따른 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득



제85조의7(공익사업을 위한 수용등에 따른 공장 이전에 대한 과세특례) ① 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업의 시행으로 해당 공익사업지역에서 그 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일로 한다. 이하 이 조에서 같다)부터 소급하여 2년 이상 가동한 공장(공장을 사업인정고시일부터 소급하여 2년 미만 가동한 경우 양도일 현재 1년 이상 가동한 공장의 토지로서 사업인정고시일부터 소급하여 5년 이상 보유한 토지를 포함한다)을 공익사업 시행지역 밖의 지역(공익사업의 시행으로 조성한 공익사업 지역 안의 토지를 사업시행자로부터 직접 취득하여 해당 공장의 용지로 사용하는 경우에는 그 공익사업 시행지역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하기 위하여 그 공장의 대지와 건물을 그 공익사업의 사업시행자에게 2026년 12월 31일까지 양도(공장의 대지의 일부만 양도하는 경우를 포함한다)함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액은 다음 각 호에 해당하는 방법에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 양도소득세를 분할납부할 수 있다.

1. 내국법인 : 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니하는 방법. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 5개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다.

2. 거주자 : 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세를 양도일이 속하는 해당 연도의 양도소득세 과세표준 확정신고기한까지 납부하여야 할 양도소득세로 보지 아니하는 방법. 이 경우 해당 세액은 양도일이 속하는 해당 연도의 양도소득세 과세표준 확정신고기한 종료일 이후 5년이 되는 날부터 5년의 기간 동안 균분한 금액 이상을 납부하여야 한다.

② 제1항을 적용받은 내국인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 공장을 이전하지 아니하거나 그 공장의 양도일부터 3년 이내에 해당 사업을 폐업하거나 해산한 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입하거나 분할납부할 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 익금에 산입할 금액 또는 납부할 세액에 대해서는 제33조 제3항 후단을 준용한다.

③ 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 양도차익명세서의 제출이나 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.



제85조의9(공익사업을 위한 수용 등에 따른 물류시설 이전에 대한 과세특례) ① 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업의 시행으로 해당 공익사업지역에서 그 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년 이상 사용한 대통령령으로 정하는 물류시설(이하 이 조에서 " 물류시설" 이라 한다)을 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하기 위하여 그 물류시설의 대지 또는 건물을 그 공익사업의 사업시행자에게 2026년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액은 다음 각 호의 구분에 따른 방법으로 익금에 산입하지 아니하거나 양도소득세를 분할납부할 수 있다.

1. 내국법인 : 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니하는 방법. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 3개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다.

2. 거주자 : 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세를 분할납부하는 방법. 이 경우 해당 세액은 양도일이 속하는 해당 연도의 양도소득세 과세표준 확정신고기한 종료일 이후 3년이 되는 날부터 3년의 기간 동안 균분한 금액 이상을 납부하여야 한다.

② 제1항을 적용받은 내국인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 물류시설을 이전하지 아니하거나 그 물류시설의 양도일부터 3년 이내에 해당 사업을 폐업하거나 해산한 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입하거나 분할납부할 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 익금에 산입할 금액 또는 납부할 세액에 대해서는 제33조 제3항 후단을 준용한다.

③ 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 양도차익명세서의 제출이나 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.



제127조(중복지원의 배제) ① 내국인이 이 법에 따라 투자한 자산 또는 출자로 취득한 지분에 대하여 제8조의3 제3항, 제24조, 제26조 및 제104조의15제1항을 적용받는 경우 다음 각 호의 금액을 투자금액, 출자금액 또는 취득금액에서 차감한다.

1. 내국인이 자산에 대한 투자 또는 출자지분의 취득을 목적으로 다음 각 목의 어느 하나에 해당되는 국가 등(이하 이 조에서 " 국가등" 이라 한다)으로부터 출연금 등의 자산을 지급받아 투자 또는 출자에 지출하는 경우: 출연금 등의 자산을 투자 또는 출자에 지출한 금액에 상당하는 금액

가. 국가

나. 지방자치단체

다. 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관

라. 「지방공기업법」에 따른 지방공기업

2. 내국인이 자산에 대한 투자 또는 출자지분의 취득을 목적으로 「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률」 제2조 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 금융회사등(이하 이 조에서 " 금융회사등" 이라 한다)으로부터 융자를 받아 투자 또는 출자에 지출하고 금융회사등에 지급하여야 할 이자비용의 전부 또는 일부를 국가등이 내국인을 대신하여 지급하는 경우: 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 국가등이 지급하는 이자비용에 상당하는 금액

3. 내국인이 자산에 대한 투자 또는 출자지분의 취득을 목적으로 국가등으로부터 융자를 받아 투자 또는 출자에 지출하는 경우: 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 국가등이 지원하는 이자지원금에 상당하는 금액

4. 내국인이 「법인세법」 제37조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업에 필요한 자산에 대한 투자를 목적으로 해당 자산의 수요자 또는 편익을 받는 자로부터 같은 항에 따른 공사부담금을 제공받아 투자에 지출하는 경우 : 공사부담금을 투자에 지출한 금액에 상당하는 금액

② 내국인이 이 법에 따라 투자한 자산에 대하여 제8조의3 제3항, 제24조 및 제26조가 동시에 적용되는 경우와 동일한 과세연도에 제19조 제1항과 제29조의4, 제26조와 제29조의5, 제26조와 제30조의4가 동시에 적용되는 경우에는 각각 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다.

③ 내국인에 대하여 동일한 과세연도에 제8조의 3제3항, 제24조, 제26조, 제29조의5, 제29조의7, 제29조의8제1항, 제30조의4, 제104조의14 및 제104조의15를 적용할 때 제121조의2 또는 제121조의4에 따라 소득세 또는 법인세를 감면하는 경우에는 해당 규정에 따라 공제할 세액에 해당 기업의 총주식 또는 총지분에 대한 내국인투자자의 소유주식 또는 지분의 비율을 곱하여 계산한 금액을 공제한다.

④ 내국인이 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조 제4항ㆍ제5항, 제32조 제4항, 제62조 제4항, 제63조 제1항, 제63조의2 제1항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6 제1항ㆍ제2항, 제99조의9 제2항, 제99조의11 제1항, 제104조의24 제1항, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조의20 제2항, 제121조의21 제2항, 제121조의22 제2항 및 제121조의33 제2항에 따라 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우와 제8조의3, 제13조의2, 제24조, 제25조의6, 제26조, 제30조의4(제7조와 동시에 적용되는 경우는 제외한다), 제104조의14, 제104조의15, 제104조의22, 제104조의25, 제122조의4 제1항 및 제126조의7 제8항에 따라 소득세 또는 법인세가 공제되는 경우를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다. 다만, 제6조 제7항에 따라 소득세 또는 법인세를 감면받는 경우에는 제29조의7 또는 제29조의8 제1항을 동시에 적용하지 아니한다.

⑤ 내국인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조 제4항ㆍ제5항, 제32조 제4항, 제62조 제4항, 제63조 제1항, 제63조의2 제1항, 제64조, 제85조의6 제1항ㆍ제2항, 제99조의9 제2항, 제99조의11 제1항, 제104조의24 제1항, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조의20 제2항, 제121조의21 제2항, 제121조의22 제2항, 제121조의33 제2항과 제121조의2 또는 제121조의4에 따른 소득세 또는 법인세의 감면규정 중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다.

⑥ 내국인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 제121조의2 및 제121조의4에 따른 취득세 및 재산세의 감면규정이 모두 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다.

⑦ 거주자가 토지등을 양도하여 둘 이상의 양도소득세의 감면규정을 동시에 적용받는 경우에는 그 거주자가 선택하는 하나의 감면규정만을 적용한다. 다만, 토지등의 일부에 대하여 특정의 감면규정을 적용받는 경우에는 남은 부분에 대하여 다른 감면규정을 적용받을 수 있다.

⑧ 거주자가 토지등을 양도하여 제77조 및 제85조의7이 동시에 적용되는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다.

⑨ 거주자가 주택을 양도하여 제98조의2와 제98조의3이 동시에 적용되는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다.

⑩ 제3항과 제4항을 적용할 때 제143조에 따라 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 구분경리하는 경우로서 그 밖의 사업에 공제규정이 적용되는 경우에는 해당 세액감면과 공제는 중복지원에 해당하지 아니한다.



(2) 조세특례제한법 시행령



제79조의10(공익사업을 위한 수용 등에 따른 물류시설 이전에 대한 과세특례) ① 법 제85조의9 제1항 각 호 외의 부분에서 " 대통령령으로 정하는 물류시설" 이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설로서 기획재정부령으로 정하는 것을 말한다.

1.제조업자가 생산한 제품(제품생산에 사용되는 부품을 포함한다)의 보관ㆍ조립 및 수선 등을 위한 시설

2.「물류정책기본법」 제2조에 따른 물류사업을 하는 자가 보유한 물류시설

② 법 제85조의9 제1항 각 호 외의 부분에서 " 대통령령으로 정하는 지역" 이란 해당 공익사업 시행지역 밖의 지역으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 지역(이하 이 조에서 " 지방" 이라 한다)을 말한다.

1. 수도권과밀억제권역

2. 부산광역시(기장군은 제외한다)ㆍ대구광역시(달성군 및 군위군은 제외한다)ㆍ광주광역시ㆍ대전광역시 및 울산광역시의 관할 구역. 다만, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지는 제외한다.

3. 행정중심복합도시등

③ 법 제85조의9 제1항 제1호 전단에서 " 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액" 이란 제1호의 금액에 제2호의 비율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 해당 공익사업 시행지역에 소재하는 물류시설(이하 이 조에서 " 기존물류시설" 이라 한다)의 양도가액에서 장부가액과 직전 사업연도 종료일 현재 「법인세법」 제13조제1항제1호에 따른 이월결손금의 합계액을 뺀 금액

2. 기존물류시설의 양도가액 중 지방에 소재하는 물류시설(이하 이 조에서 " 지방물류시설" 이라 한다)의 취득(지방에서 물류시설을 준공하여 취득하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가액이 차지하는 비율(100분의 100을 한도로 한다)

④ 법 제85조의9 제1항 제2호 전단에서 " 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세" 란 제1호의 금액에 제2호의 비율을 곱하여 계산한 양도소득세를 말한다.

1. 「소득세법」 제95조 제1항에 따른 양도차익

2. 기존물류시설 양도가액 중 지방물류시설의 취득가액이 차지하는 비율(100분의 100을 한도로 한다)

⑤ 제3항 및 제4항을 적용할 때 기존물류시설의 양도일이 속하는 과세연도 종료일까지 지방물류시설을 취득하지 아니한 경우 지방물류시설의 취득가액은 이전(예정)명세서상의 예정가액으로 한다.

⑥ 법 제85조의9 제1항이 적용되는 지방이전은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다.

1. 지방물류시설을 취득하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 기존물류시설을 양도하는 경우

2. 기존물류시설을 양도한 날부터 3년(공사의 허가 또는 인가의 지연 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 6년) 이내에 지방물류시설을 취득하여 사업을 개시하는 경우

⑦ 법 제85조의9 제2항 전단에서 " 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액" 이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 말한다.

1. 법 제85조의9 제1항 제1호에 따라 양도차익을 익금에 산입하지 아니한 경우에는 익금에 산입하지 아니한 금액 전액

2. 법 제85조의9 제1항 제2호에 따라 분할납부를 적용받은 경우에는 분할납부할 세액 전액

⑧ 법 제85조의9 제1항을 적용할 때 제5항에 따른 취득 예정가액에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 분할납부를 적용받은 경우에는 실제 취득가액을 기준으로 제3항 및 제4항에 따라 계산한 금액을 초과하여 적용받은 금액을 지방물류시설을 취득하여 사업을 개시한 날이 속하는 과세연도의 익금에 산입하거나 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 익금에 산입하거나 양도소득세로 납부하여야 할 금액에 대해서는 법 제33조제3항 후단을 준용한다.

⑨ 법 제85조의9 제1항 제1호를 적용받으려는 내국법인은 기존물류시설의 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 양도차익명세 및 분할익금산입조정명세서와 이전(예정)명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑩ 법 제85조의9 제1항 제2호에 따라 분할납부를 적용받으려는 거주자는 기존물류시설의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)를 할 때 기획재정부령으로 정하는 분할납부신청서와 이전(예정)명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑪ 제5항을 적용받은 후 지방물류시설을 취득하여 사업을 개시하였을 때에는 그 사업개시일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 이전완료 보고서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.