1. 대전세무서장이 2024.4.12. 청구법인에게 한 2018년 제2기부터 2022년 제2기까지 부가가치세 각 부과처분(＜표2＞ 기재)은 A OOO지사가 발급한 매입세금계산서의 매입세액 합계 OOO원(＜표4＞ 기재)을 각 부가가치세 과세기간의 매입세액으로 공제하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

2. 대전세무서장이 2024.4.3. 청구법인에게 한 2022사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 청구법인이 2022년 제1기 및 2022년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 ㈜B로부터 수취한 매입세금계산서상 공급가액 합계 OOO원(＜표6＞ 기재)을 손금산입하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

3. 대전세무서장이 2024.4.4. 청구법인에게 한 2022년 귀속 OOO원의 소득금액변동통지 처분은, 위 2.항 기재 손금산입액(OOO원)을 소득금액변동통지 금액에서 제외하는 것으로 경정한다.

4. 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요



가. 청구법인은 2000.3.1. 개업하여 대전광역시 OOO 소재에서 전기, 통신, 태양광, 소방, 건축업 등을 영위하는 법인(대표이사 C)으로, 2018년 제1기부터 2022년 제2기까지 부가가치세 과세기간 동안 태양광발전시설 공사 및 건설공사, 태양광시설물 분양과 관련하여 세금계산서를 수수하고 이에 대하여 부가가치세와 법인세를 각 신고ㆍ납부하였다.



나. 처분청은 2023.11.1.부터 2023.12.30.까지 기간동안 청구법인의 2018~ 2022사업연도를 조사대상기간으로 하여 법인통합조사를 실시하였고,



그 결과, 청구법인이 2018년 제1기부터 2022년 제2기까지 부가가치세 과세기간 동안 ① 태양광발전시설 공사와 관련하여 공제받은 매입세액 OOO원이 토지관련 매입세액이므로 매입세액 불공제대상(이하  "조사결과①”이라 하고, 과세전적부심사 결과 일부 인용되어 매입세액불공제된 OOO원을 이하  "쟁점매입세액”이라 한다)이고, ② 청구법인이 안전종합자재[대표자 D(청구법인 대표자 C의 배우자), 이하  "쟁점거래처①”이라 한다]에 발급한 세금계산서 공급가액 합계 OOO원 및 쟁점거래처①로부터 수취한 세금계산서 공급가액 합계 OOO원(이하  "조사결과②”라 한다)과, ③ 북대전세무서장이 ㈜B(이하  "쟁점거래처②”라 한다)에 대하여 조사한 결과 청구법인이 2022년 제1기부터 제2기까지 쟁점거래처②로부터 수취한 세금계산서 공급가액 합계 OOO원이 실제 재화나 용역의 공급없이 수취한 거짓세금계산서(이하  "조사결과③”이라 한다)이며, ④ 청구법인이 대표자 C의 배우자인 D에게 무상으로 건설용역을 제공(무상용역의 시가 OOO원으로 산정)하였으므로 부당행위계산부인대상(이하  "조사결과④”라 한다)이라는 내용의 세무조사결과를 2024.1.4. 청구법인에게 통지하였다.



＜표1＞ 청구법인에 대한 세무조사 결과

○○○



다. 처분청은 위 세무조사결과 등에 따라 청구법인에게 아래 ＜표2＞와 같이 2024.4.12. 및 2024.4.3. 2018년 제1기부터 2022년 제2기까지 부가가치세 합계 OOO원 및 2018사업연도부터 2022사업연도까지 법인세 합계 OOO원을 경정ㆍ고지하였고, 2024.4.4. 청구법인의 대표이사(C) 상여로 합계 OOO원을 소득금액변동통지 하였으며, 청구법인의 이사 D에 대한 2019사업연도 배당소득으로 하여 OOO원을 소득금액변동통지를 하였다.



＜표2＞ 청구법인에 대한 부가가치세 등 처분내역

○○○



라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.7.1. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구법인 주장 및 처분청 의견



(1) 쟁점매입세액과 토지분할측량대가 매입세액은 청구법인의 태양광사업 공사와 관련한 매입세액이므로 이를 매입세액불공제한 처분은 타당하지 아니하다.



＜쟁점①-1, 태양광 공사 매입세액 OOO원 공제 관련＞



(가) 통상 태양광사업의 진행절차를 보면, 태양광발전시설 공사 사업자는 토지매수 시 계약금만 지급하고 진행하는 매매예약형태의 계약을 체결하고, 토지사용승낙을 받아 분양자 모집, 태양광사업허가, 계약보증, 토목공사, 시설물 설치공사, 분양사업 등을 동시에 진행하면서 이후 토지 원소유자와 매매예약계약을 한 태양광 사업자가 토지를 이전받은 후 태양광발전시설 공사 완료ㆍ준공하여 수분양자별로 토지분할허가를 받아 수분양자의 명의로 토지소유권과 태양광시설물을 이전하면서 분양잔금을 지급받음으로써 사업을 종료하게 된다.



위와 같은 과정으로 사업이 진행되는 것은, 태양광 사업허가가 나지 않게 되면 토지매수 자체가 취소되거나 사업이 무산될 가능성이 있기 때문이다. 또한 태양광발전시설 공사 사업 진행시에는 행정처리 등 동시에 진행해야 할 사항이 많아 경험이 풍부한 전문가가 요구된다.



(나) 청구법인은 2020년 6월경 충청남도 OOO 외 7필지(이하  "쟁점토지”라 한다)를 소유자인 E 외 3명으로부터 청구법인 명의로 취득하는 매매예약 계약을 체결하여 토지 사용승낙을 받은 후 태양광발전시설의 분양을 시작하여 2020년 9월경 분양모집을 완료하였고, 이어 수분양자들과 태양광발전시설물 공사 등에 대한 하도급공사 계약을 체결하여 2020.12.24. 수분양자들 명의로 태양광발전사업 허가를 받았으며, 청구법인은 2021년 3월경 쟁점토지를 이전받았다.



청구법인이 태양광발전시설물 공사를 진행하는 과정에서 청구법인이 토목공사면허가 없어 ㈜F, G 등에 공사를 하도급하여 쟁점토지에 대한 토목공사 등을 수행하였고, 이에 대하여 2021.2.3.부터 2022.12.16.까지 총 8회 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서를 수취하여 매입세액공제를 하여 부가가치세를 신고ㆍ납부하였으며, 2022년 5월 이후 수분양자들에게 쟁점토지 소유권분할등기를 하여 소유권이전을 한 후 시설물의 대가로 지급받은 공급가액의 10%의 부가가치세를 모두 신고ㆍ납부하였다.



＜표3＞ 충청남도 OOO 소재 토지 관련 매입세금계산서 수취내역

○○○



(다) 청구법인이 태양광사업부지를 매수하는 과정에서 쟁점토지에 관한 매입예약계약을 체결하면서 토지주로부터 쟁점토지의 사용승낙을 받고, 2021년 4월 수분양자인 C 외 31명의 명의로 개발행위허가 신청을 하여 개발허가를 받았으며, 이후 모든 토목공사, 태양광시설물 설치공사 등은 수분양자들을 위하여 수분양자 32명의 명의로 진행된 것으로, 이는 청구법인이 사용할 토지에 대한 가치를 증가시키기 위해 지출한 것이 아니라 분양받은 사업자들의 태양광시설 관련 토지조성원가이자 청구법인이 수분양자들에 태양광시설물 공급사업을 위하여 사용된 금액으로서 청구법인의 매입세액에서 공제되어야 하는 공사비에 해당한다.



(라) 처분청의 의견대로 쟁점토지가 청구법인의 토지이므로 토지조성원가의 매입세액이어서 불공제되어야 한다고 한다면, ① 청구법인은 시설물에 대한 부가가치세는 모두 납부하면서도 관련 매입세액은 불공제받게 되므로 이는 전단계매입세액공제 법리에 맞지 않고, ② 불공제된 매입세액을 토지로 자산계상하게 되면 이는 이미 수분양자들 명의로 소유권 이전되어 장부상 없는 토지를 자산으로 계상하게 되는 것이므로 청구법인 입장에서는 가공자산을 계상하게 되는 불합리한 결과가 초래되는바, 청구법인이 태양광사업을 위하여 지출한 토목공사관련 매입세액은 모두 공제되어야 하고, 토지조성으로 인한 이득을 얻은 자는 청구법인이 아니라 수분양자라 할 것이므로 쟁점토지 태양광발전시설 공사에 대한 매입세액 불공제 처분은 부당하다.



＜쟁점①-2, 토지 분할측량대가 매입세액 OOO원 공제 관련＞



(마) 청구법인은 아래 ＜표4＞와 같이 2018년 제2기부터 2022년 제1기까지 기간 동안 A의 각 지사로부터 6건의 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서를 수취하여 부가가치세 매입세액을 각각 공제받았는데, 아래의 토지분할측량대가는 이미 과세전적부심사결정에서도 토지소유자가 아닌 청구법인이 사업과 관련된 매입세액으로 공제받은 것이므로 이는 당연히 공제대상에 해당하고, 청구법인 명의 토지에 대한 분할측량대가 또한 사실상 태양광시설물을 분양받은 사업자들을 위해 청구법인이 지출한 비용이므로 이는 태양광 공사와 관련된 매입세액으로 공제되어야 할 것이므로 분할측량대가 관련 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.



＜표4＞ A 분할측량 매입 세금계산서 수취내역

○○○



(2) 쟁점거래처①ㆍ②와 청구법인의 거래는 모두 실제 재화 또는 용역을 제공받고 세금계산서를 수수한 정상거래이다.



(가) 쟁점거래처①(대표자 D)은 태양광발전시설 등 전기공사에 필수적인 안전시설을 공급하기 위하여 청구법인의 대표자 C의 배우자가 운영하는 사업체로 대표자 D는 전기공사기사, 통신기사, 소방기사 등 3개의 자격증을 소유하고 있고, H(주)의 대표자를 겸하면서 20여년 간 전기, 소방 등의 공사를 직접 수행하여 왔으며, 청구법인에게 전기공사 자재공급뿐만 아니라 쟁점거래처① 명의로 공사를 도급받아 하도급을 주어 공사를 수행하거나 태양광사업 부지를 매입하여 태양광시설을 공사한 후 청구법인이 매입하여 분양하도록 하는 방식으로 청구법인과 함께 사업을 영위해 왔다.



(나) 청구법인과 쟁점거래처①의 거래는 아래 ＜표5＞와 같이 ① 청구법인이 안전관련 전기자재 등을 매입하는 거래, ② 쟁점거래처①이 청구법인의 공사를 도급받아 이를 F 등에 재하도급하여 건설용역을 제공하는 거래, ③ 청구법인이 쟁점거래처①이 발주한 공사를 수행하여 건설용역을 제공한 거래, ④ 기타 청구법인이 쟁점거래처①의 태양광시설물을 매입ㆍ분양하는 거래가 있고,



이에 청구법인은 쟁점거래처①로부터 2018년 제2기부터 2022년 제2기까지 공급가액 합계 OOO원에 대하여 각 부가가치세 과세기간에 매입세액공제를 받았으며, 쟁점거래처① 소유 건물 리모델링공사 및 도급공사를 하도급받아 건설용역을 제공하고(2019년 제2기 부가가치세 공급가액 OOO원), 청구법인의 미분양 태양광시설물을 쟁점거래처①이 분양받은 것 등에 대한 매출세금계산서를 발행하여(처분청이 실거래로 인정한 2021년 제2기 부가가치세 공급가액 OOO원, 2022년 제1기 부가가치세 공급가액 OOO원을 포함한 OOO원, 매출 총합계 OOO원) 이에 대하여 부가가치세를 신고ㆍ납부하였는바,



아래 ＜표5＞의 거래들은 모두 실제 재화 또는 용역을 제공받거나 제공하고 세금계산서를 수수한 정상 거래에 해당하고, 이러한 사실은 계약서, 거래명세표, 대금거래내역 등 증빙자료로 확인됨에도 제대로 사실확인을 거치지 않고 심문조서 상 일부 시인한 내용만으로 쟁점거래처①의 매입ㆍ매출거래를 부인하였으므로 이는 타당하지 아니하다.



＜표5＞ 청구법인과 쟁점거래처①의 매출ㆍ매입거래내역

○○○



(다) 청구법인은 쟁점거래처②로부터 2022년 제1기 공급가액 OOO원, 2022년 제2기 공급가액 OOO원의 공사 자재 등을 공급받아 매입세금계산서를 수취하고 대금을 지급하였으며, 이에 따라 각 부가가치세 과세기간에 매입세액 공제를 받았는데,



처분청은 이에 대하여 북대전세무서장이 쟁점거래처②를 조사할 당시 이사 I이 모두 가공거래라고 진술한 내용을 토대로 파생한 과세자료에 따라 가공거래로 판단하였으나,



청구법인은 2022년 중 OOO ㈜J 사옥신축 건축공사, OOO 근린생활시설 신축공사, OOO병원 건축공사 등을 도급받아 ㈜K과 하도급계약을 체결하여 실제 공사를 모두 진행하였고, 처분청도 ㈜K의 매출거래를 실제 거래로 인정하였으므로 자재매입도 실제 거래로 인정하나 매입거래만을 부인하였으며, 청구법인이 ㈜K에 지급해야 할 총도급금액 중 일부인 자재대금을 쟁점거래처②에 지급한 것이므로 이는 청구법인의 공사매출에 직접 관련된 비용으로서 매입세액으로 공제되어야 하고, 이는 매입원가로도 인정되어야 할 것이다.



(라) 청구법인은 ㈜K과 하도급공사 계약을 체결하면서 모든 공사진행 및 자재 등 일체의 권한을 ㈜K에 주었고, 관공사에서 하도급업체의 공사대금 지급 지연을 막기 위하여 자재납품업체가 원청에게 세금계산서를 발급하여 직불하도록 하고 있고 민간공사도 현장관행이 되어있는바, 청구법인도 ㈜K의 요청과 확인하에 쟁점거래처②로부터 매입세금계산서를 받고 대금을 직불한 것이므로 이는 정상적인 세금계산서 발행으로 보아야 할 것이며, ㈜K과 쟁점거래처②의 자재거래에 대해서는 청구법인이 관여할 사항이 아니었으므로 ㈜K과 약정한 하도급총액 내에서 사후정산을 전제로 ㈜K이 요청하는 대로 매입세금계산서를 수취하고 대금을 지급한 청구법인은 선의의 거래당사자로서 인정되어야 한다.



＜표6＞ 쟁점거래처②로부터 매입한 거래내역

○○○



(마) 청구법인의 2022년 법인세 신고서상 공사원가율은 81.5%이고, 기준경비율로 계산한 공사원가율은 77%이며, 단순경비율은 91.2%인바, 처분청이 부인한 쟁점거래처②의 공급가액 OOO원을 공사원가에서 제외할 경우 공사원가율은 60%로, 전기공사 등을 수행하는 청구법인의 공사관련 배전반 등을 다른 거래처에서 구입하였다고 보지 않는 이상 쟁점거래처②의 거래를 전면 부인한다면 청구법인의 공사용역 전부가 허위의 공사라고 하는 것과 다름없고, 청구법인의 매입은 모두 매출과 관련된 실제 매입임에도 쟁점거래처①의 매출을 부인한다면 쟁점거래처①의 부가가치세와 소득세는 모두 환급되어야 한다.



＜표7＞ 청구법인의 2022년 매출액 대비 공사원가율

○○○



(바) 북대전세무서 조사당시 쟁점거래처②의 이사 I은 세무조사 직전 모친의 사망으로 경황이 없던 중 잘못된 컨설팅을 받아 자신의 매출과 매입거래를 모두 부인하였다가 이로 인해 자신의 거래처인 청구법인 등이 곤란한 상황에 처하게 된 사실을 알고 이를 바로잡기 위해 북대전세무서에서 자신이 진술했던 내용을 모두 부인하면서 실거래 사실임을 입증하기 위해 처분청의 세무조사 당시에 I의 인감증명서를 첨부한 확인서를 제출하였고,



㈜K의 실질사업자인 L는 청구법인이 쟁점거래처②로부터 매입한 거래가 모두 실제 거래이고 이는 ㈜K의 매출을 낮추어 원가절감을 하기 위한 목적이었다고 기재된 확인서(법인인감과 법인 대표이사의 날인이 되어 있음)를 제출하였다.



(사) 또한 처분청은 북대전세무서가 현장확인한 결과 쟁점거래처②의 사업장이 없었다는 점과 쟁점거래처②에 입금된 자재 대금이 D 계좌로 입금된 점을 보아 이를 가공매입이라고 단정하여 쟁점거래처②의 모든 거래를 가공거래로 보았으나, 아래와 같은 이유로 이는 실제 거래로 보아야 한다.



1) 북대전세무서 조사관들이 2023년 1월경 쟁점거래처② 방문 당시 사업장이 없었다고 하더라도 청구법인은 쟁점거래처②의 사업자등록증을 확인하였고, 쟁점거래처②의 계좌로 대금을 송금하였으며, 그동안 물품을 정상적으로 매입하여 오고 있었기에 청구법인은 쟁점거래처②의 사업장이 없었는지 전혀 모르고 있던 상황으로, 이는 I이 제대로 알려주지 않았기 때문이므로 이를 토대로 청구법인이 제대로 사업장을 확인하지 않았다고 볼 수는 없다.



2) 북대전세무서장은 쟁점거래처②의 인터넷 이용료 및 통신비 지출 사실을 인정하였고, 2022년 중 청구법인과 매입거래를 통하여 국방대 관사 등의 공사에 투입된 7건 OOO원에 대해서는 실거래로 인정하기도 하였으며, 청구법인이 쟁점거래처②에 발주를 하고 쟁점거래처②는 무자료 거래이긴 하지만 M로부터 납품받아 청구법인에게 공급하였으므로 이는 청구법인과의 거래도 실제 매입거래로 보아야 한다.



3) 또한 처분청은 쟁점거래처②에 입금된 자재 대금이 D나 C의 계좌로 다시 입금되었고, 차용증 상 이름과 다른 사람들 명의로 송금되었으므로 이는 가공거래라는 의견이나,



아래 ＜표8＞의 입금내역을 보면, 오히려 D가 태양광 사업을 시작하면서 들어가는 자금을 I으로부터 차용하였다는 사실을 알 수 있고, 부가가치세를 제외하고 송금한 경우는 3회정도이며, 청구법인이 쟁점거래처②에 송금한 공급대가 전액을 인출하여 D에게로 송금한 경우가 2회이고, 청구법인과 거래가 없었던 시기에도 I이 D에게 OOO원을 송금한 경우도 있었는바, 이는 부가가치세외에 추가로 10% 내외의 수수료를 제외한 금액을 입금하는 통상적인 자료상과 거래수법과 다르고, I이 송금한 내용은 차용증에 나타난 바와 같이 태양광 사업을 위한 사업자금이 필요한 D가 I에게 자금을 차용한 거래이며, I은 쟁점거래처②에 입금된 금원을 인출하거나 기타 자금을 활용하여 13%의 높은 이자를 선공제하는 등의 방식으로 이자수익을 실현한 후 다시 이자수익을 포함하여 재차 D에게 대여하였으므로 자료상행위자의 역송금 거래형태와는 전혀 다르다는 것을 알 수 있다.



또한 D는 N, O, I 등의 명의로 11% 내지 12%의 고율의 이자를 먼저 공제하고 차입금을 송금받았고, D는 송금받은 차입금으로 충청남도 OOO 일원에 태양광부지 OOO평을 OOO원에 매입하고, 민원해결비용, 인허가부대비용 포함 OOO원을 지급하였는바, 이는 입금했던 자재대금을 다시 입금받은 것이 아닌 차입금으로, 위 차입금의 실사용자가 D임에도 처분청은 이를 대표이사 C의 상여로 하여 소득처분하였는데, 쟁점거래처②의 매입거래가 실질거래임에도 대표이사 C에게 소득처분하였으므로 이는 잘못된 처분이다.



＜표8＞ D가 I으로부터 차용한 금액과 입금액 내역

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(아) 처분청은 위 쟁점거래처①의 거래를 가공거래로 단정하면서 그에 대하여 청구법인의 대표자 C에게로 상여로 소득처분하였는데 청구법인의 대표 C이 2차 심문조서에서 일부 시인하는 진술을 한 것이 내부거래로는 세금탈루가 없어 가산세 부담만 있기 때문이라고 소명한 바와 같이, 청구법인과 쟁점거래처①의 거래로 인한 세금탈루는 없었고, C이 이체받은 금액은 C과 I 사이의 사적 차입거래로 매입거래와 무관함에도 처분청은 이 사건 조사내용 어디에도 가공거래로 인하여 사외로 유출된 소득이 있는지, 있다면 누구에게 귀속되는지에 대하여 확인한 바가 없음에도 근거도 없이 가공매입으로 보아 대표자 상여로 소득처분하였으므로 타당하지 아니하다.



(3) 처분청은 청구법인 거래처에 대한 사실조사나 청구법인 해명에 대한 검토없이 세무조사결과를 통지하였고, 이는 청구법인의 해명할 권리를 침해한 것이므로 위법하며, 이 건 처분은 근거과세원칙에 위배되어 위법하다.



(가) 당초 청구법인에 대한 세무조사 시 태양광 사업 관련 조사를 진행한 결과 별다른 혐의가 없었으나, 쟁점거래처②에 대한 북대전세무서의 조사자료를 수보한 후 갑자기 조세범칙조사로 전환되었고, 조사기간 중 청구법인의 대표 C은 쟁점거래처①의 전체 거래를 부인당할 상황에서 태양광사업 OOO원이라도 인정받기 위하여 쟁점거래처①의 매입ㆍ매출 양쪽의 비슷한 금액을 가공거래라고 해주면 내부거래는 세금탈루가 아니므로 가산세만 부담하면 될 것으로 오인하고 인정하는 진술을 하였고, 2차 심문조서상 가공거래라고 진술한 거래(매출거래 중 OOO 리모델링 공사, 신림동 기계설비공사, 별내동 인테리어공사 및 매입거래 중 산성동 근린생활시설공사)는 모두 쟁점거래처①이 실제 수행한 것임에도 내부거래이므로 이 역시 가산세만 부담하면 될 것이라고 생각하여 가공거래라고 진술하였다.



(나) 2023.12.5. 위 2차 심문조서 작성 후 처분청 조사공무원들은 이후 아무런 조사도 진행하지 않았고, 청구법인은 미진한 부분에 대하여 해명서를 제출하였으나 이에 대한 별다른 답변이나 질문이 없었으며, 그간 조사내용이 미진하여 3차 심문조서를 작성 등 조사가 있을 것으로 예상하면서 기다렸으나, 조사종료일인 2023.12.30.까지 25일 동안 어떠한 연락도 없다가 2024.1.4. 처분청은 세무조사결과통지를 하면서 「조세범 처벌법」 위반을 사유로 수사기관에 고발하였다.



(다) 또한 처분청은 쟁점거래처①에 사실확인조사를 하지 않았고, 청구법인의 해명자료에 대한 검토도 없이 일부 가공거래라고 진술한 내용만을 근거로 하여 쟁점거래처①로부터 매입한 거래를 모두 부인(당진 태양광시설물 중 쟁점거래처①에 분양한 거래 OOO원만 제외)하였는데, 쟁점거래처①의 매입원장을 보면 P가 변압기나 전주 설치 등 전기공사를 쟁점거래처①과 계약하여 진행하고 그 대가를 받은 사실이 3회나 확인된다.



이는 쟁점거래처①이 자재 매출만을 한 것이 아니라 실제 건설용역도 제공하였음을 입증하는 것이라 할 것임에도 청구법인의 쟁점거래처①에 사실확인이나, 청구법인의 해명자료에 대한 검토도 없이 일부 가공거래라고 진술한 내용만을 근거로 하여 쟁점거래처①로부터 매입한 거래를 모두 부인(당진 태양광시설물 중 쟁점거래처①에 분양한 거래 OOO원만 제외)하였고,



조사결과통지서상 C의 배우자인 D에게 무상으로 건설 용역을 제공(무상용역의 시가 OOO원 배당소득처분)하여 부당행위계산이라는 내용은 청구법인조차 어떤 내용인지 확인을 할 수 없고, 조사결과설명도 없어 처분근거를 확인할 수 없어 인정할 수 없으며, 정당한 처분에 대한 과세근거를 처분청에서 밝혀주어야 하나 어떠한 의견도 없다.



이러한 처분청의 행위는 국세청 조사사무처리규정 제46조(조사결과의 통지) 규정을 명백히 위반하여 납세자가 정당한 해명을 할 수 있는 권리를 침해하였다고 할 수 있으므로 그 자체로 위법하다 할 것이다.



(라) 처분청이 심문조서상의 인정내용에 근거하여 과세한다 하더라도 처분청이 가공매입이라고 본 거래에 대하여 청구법인이 모두 쟁점거래처①로 대금을 지급(상계 포함)하였는바 지급된 대금이 별도로 청구법인의 대표에게 개인적으로 귀속되었거나, 청구법인에게로 다시 귀속된 것으로 볼 수 있는 근거가 없어 사외유출된 것이 확인되지 않음에도 처분청은 이를 대표자 C의 상여로 하여 소득처분하였으므로 이 역시 부당하다.



(마) 「국세기본법」 제16조 제1항 및 제2항은 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다고 규정하고 있고, 과세관청의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에 있으며,



납세의무자의 신고나 정부의 결정에 오류 또는 탈루가 있다는 것이 입증되었을 때에만 이를 경정할 수 있는 것이므로, 매출누락이 아니라거나 가공비용이 아니라는 점에 관한 납세의무자의 입증이 없다는 이유로 과세처분이 적법하다고 판단하는 것은 위법하다 할 것(대법원 2006.4.14. 선고 2005두16406 판결, 같은 뜻임)이고,



납세의무자가 제출한 매출누락사실을 자인하는 확인서에 매출사실의 구체적 내용이 들어 있지 않아 그 증거가치를 쉽게 부인할 수 없을 정도의 신빙성이 인정되지 아니한다면, 비록 납세의무자의 확인서라고 하더라도, 이는 실지조사의 근거로 될 수 있는 장부 또는 증빙서류에 갈음하는 다른 자료에 해당되지 아니하는 것(대법원 2003.6.24. 선고 2001두7770판결 참조)이다.



청구법인은 이전 심문조서의 내용을 인정하지 않고 실제 거래의 증빙자료로서 제시한 장부와 세금계산서, 입금사실 증명자료, 공사계약서 등에 따라 거래 사실을 입증하고자 하였음에도 처분청은 위 장부내용에서 구체적인 탈루혐의 사실을 찾아 과세결정의 근거를 결정서에 적어야 할 것임에도 단순히 조사 종결도 되기 전에 작성한 심문조서 상 일부 시인한 혐의사실만으로 모든 거래를 부인하였는바, 이는 근거과세원칙에 위배되어 위법하다.



나. 처분청 의견



(1) 청구법인이 주장하는 매입세액은 토지관련 원가에 해당하므로 매입세액공제대상에 해당하지 아니한다.



(가)토지 관련 매입세액을 부가가치세 매출세액에서 공제하지 않는 취지는 토지가 과세사업에 사용되는지 여부에 관계 없이 토지공급자체가 면세대상에 해당되므로 토지의 원가를 구성하는 비용에 대하여 매입세액공제를 인정할 경우 현행 「부가가치세법」상 취지에 반하고, 토지의 공급 외 면세되는 재화 또는 용역의 공급과 형평에 맞지 않기 때문이다.



(나)청구법인은 쟁점매입세액이 청구법인의 소유가 아닌 타인 소유토지에 대하여 공사비로 지출한 비용에 대한 매입세액이므로 이는매입세액공제 대상이라고 주장하나,



쟁점토지의 소유권 이전 현황을 보면 청구법인은 당초 토지를 매입한 후 분할, 합병, 지목변경을 거쳐 개인에게 소유권을 이전하였고, 청구법인은 태양광발전소를 설치하는 공사업체로 태양광발전소를 설치하는 과정에서 반드시 지출되었어야만 하는 토지조성 관련 원가로써, 이는 토지형질변경 등을 수반한 토지의 자본적 지출에 해당하는 것이므로 쟁점매입세액은「부가가치세법」 제39조 제1항 제7호에 규정된 토지 관련 매입세액에 해당하여 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.



(2) 청구법인과 쟁점거래처①ㆍ②의 거래는 아래와 같은 사유로 가공거래에 해당한다.



(가) 청구법인의 대표이사 C은 두 차례의 심문조사 시 쟁점거래처①과와 거래 중 2019년 제2기 및 2021년 제1기 부가가치세 과세기간에 쟁점거래처①에 ‘리모델링보수공사’와 ‘기계설비시설공사’ 명목으로 발급한 세금계산서 공급가액 합계 OOO원은 실제 용역의 공급 없이 발급한 거짓세금계산서임을 인정하였다.



(나) 위 C의 배우자 D가 운영하는 쟁점거래처①은 안전용품 도소매업을 전문으로 하는 업체로 사업자등록이 되어 있으나 2018년부터 2022년 기간 사업장 소재지인 ‘대전광역시 OOO’는 청구법인의 이전 사업장 소재지와 동일하고 이 장소는 현재 당구장으로 사용되고 있는 등 실제 사업장이 없는 것으로 파악되며, 2018년부터 2022년까지 기간동안 쟁점거래처①의 매입처는 청구법인과 청구법인의 특수관계법인인 ㈜F으로 확인되고, 해당 매입품목 또한 안전용품이 아닌 태양광발전시설 공사나 전기자재 등으로 확인되는 등 안전용품 판매에 대응하는 매입내역이 전혀 없어 청구법인과 쟁점거래처①의 거래는 실물거래 없는 가공거래로 판단된다.



(다) 청구법인은 2022년 쟁점거래처②로부터 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서를 수취한 사실이 있고, 이는 북대전세무서에서 실시한 쟁점거래처②에 대한 부가가치세 조사 시 해당거래에 대하여 실물거래 없이 거짓세금계산서를 발급하였다고 보아 가공거래로 확정되었고, 위 거래와 관련된 대금 OOO원은 부가가치세 상당액을 제외한 나머지 대금 전액이 쟁점거래처②에서 I(쟁점거래처②의 감사)의 계좌로 출금된 후 다시 청구법인의 대표 C의 계좌로 재입금된 사실이 확인되었는바, 청구법인과 쟁점거래처②의 거래를 실물거래 없이 거짓세금계산서를 수취한 가공거래로 보았다.



(라) 청구법인의 대표 C은 두 차례에 걸쳐 심문조서를 통해 진술하였음에도 청구법인은 심문조서만으로 이 건을 과세하였으므로 위법하다고 주장하나,



1) C은 쟁점거래처①로부터 전자세금계산서를 수취한 품목인 안전화, 전기통신자재에 대해서 ㈜F으로부터 매입하였고. 2022년 제1기 공급가액 OOO원 1매, OOO원 1매는 실제거래 없이 발급하였다고 진술하였으며, 2019년 제2기 리모델링 보수공사로 공급가액 OOO원, 2021년 제2기 인테리어 보수공사 공급가액 OOO원, 2021년 제2기 인테리어 보수공사 공급가액 OOO원, 2022년 제1기 기계설비 시설공사 공급가액 OOO원과 인테리어 보수공사 공급가액 OOO원에 대해서 실제 공급 없이 전자세금계산서 발급하였다고 진술하였다.



2) 청구법인이 실제 거래라고 주장하는 거래도 쟁점거래처①이 아닌 ㈜F으로부터 실제 매입한 것이라고 진술하였고, C은 쟁점거래처①로부터 실물거래 없이 태양광발전시설 공사, 전기자재 등으로 거짓 품목을 기재하여 세금계산서 수취하였다고 진술을 통해 인정하였다.



3) 청구법인과 쟁점거래처①의 전자세금계산서 발급 아이피가 OOO와 OOO 및 OOO로 동일하여 동일 장소 동일 아이피로 발급된 이유에 대한 조사관의 질문에 대하여 C은쟁점거래처①은 영세하고 사무실 직원의 퇴사 등으로 인해 상대적으로 규모가 큰 청구법인이 부탁을 받아 대신 전자세금계산서 발급하였다고 진술하였는바, 특수관계업체가 영세하고, 원활한 업무 진행을 이유로 청구법인이 대신 발급하였다는 소명은 납득하기가 어렵다.



4) 청구법인이 ㈜F으로부터 직접 매입하지 않은 이유에 대해서 별다른 이유는 없고 안전자재를 공사업체로부터 매입하면 제3자가 이해하기 어렵기 때문이라고 답변하였는데 이 역시 합리적인 사유로 받아들이기 어렵다.



5)심문조서는 수사기관이 작성한 피의자신문조서가 아닌 진술서에 해당하고, 당사자가 부인하더라도 증거능력이 인정되며, 두 차례에 걸친 심문조서는 진술거부권, 세무대리인 등 조력을 받을 권리, 의견진술권, 추가ㆍ 변경ㆍ 삭제 후 서명날인 등 절차에 전혀 하자가 없었고, 오히려 사건의 진상을 밝히는 자료로서 중요하다고 생각된다.



(마) 청구법인은 북대전세무서에서 실시한 쟁점거래처②에 대한 세무조사 결과 파생된 과세자료만을 처분 근거로 하였으므로 위법하다고 주장하나,



1) C의 심문조서에서 진술한 내용을 보면, 청구법인은 쟁점거래처②와 직접 거래한 것이 아닌 (주)K과 거래한 것이라 진술하였고, 청구법인은 (주)K과 거래하고 쟁점거래처②로부터 2022년 제1기 공급가액 OOO원과 2022년 제2기 공급가액 OOO원 전자세금계산서 수취하였으며, 쟁점거래처②의 감사인 I의 개인계좌를 통해 청구법인의 대표이사 C과 배우자 D 개인계좌로 다시 입금받은 사실이 맞다고 진술하였다.



이에 대하여 태양광 공사 시 부지 마련을 위해 자금이 필요하여 쟁점거래처②의 감사 I과 그의 지인으로부터 차입한 금액이라고 주장하면서 차용증을 제출하였으나, I 개인 OOO계좌를 보면 쟁점거래처②로부터 자금이 입금되면 즉시 C 또는 배우자 D 개인계좌로 이체되는 형태를 보이고 있고, C의 주장대로라면 부지마련 자금을 위해 일시에 필요한 자금을 차용하는게 일반적이고 상식적일 것인데 그러하지 않은 점, 차입금의 원천이 I의 소유자금이 아닌 쟁점거래처②의 자금이 C 대표와 배우자 D 개인계좌로 재입금된 점, 상기 차입금에 대하여 C은 원금 또는 이자를 상환하지 않았고, 이로 인해 I으로부터 소송 등 어떠한 법적 절차가 진행되고 있지도 않은 점 등을 볼 때 청구주장을 신뢰하기 어렵다.



2) 청구법인의 대표 C은 I이 북대전세무서 세무조사 당시 모친상 등 이유로 경황이 없어 사실과 다른 진술을 하였다고 주장하나,



I이 경황이 없어 사실과 다른 진술을 하였다는 주장은 받아들일 수 없고 오히려 심문조서를 통한 최초 진술이 객관적인 증거 효력이 있다고 보이며, 위와 같은 객관적인 증빙과 상황을 보더라도 최초 진술이 거짓이었다고 보기 어렵고 금융거래를 보더라도 전형적인 사실과 다른 세금계산서 거래 형태(자료상)를 보이고 있으므로 C 또는 D의 계좌로 재입금된 자금을 차입금으로 보기 어렵다.



3) C은 실물거래 없이 거짓 기재한 세금계산서 수취하고 발급한 것은 인정하면서 실제 매입한 사실에 대한 근거서류 없이 단지 완공된 건축물이 있으니 수익에 대응되는 원가를 인정해 달라고 주장하나, 청구법인은 사실과 다른 세금계산서를 발급 및 수취함으로서 거래 질서를 문란하게 한 책임이 있고 이는 사업자로서 책임과 의무는 다하지 않고 권리만 주장하는 것으로 받아들이기 어렵다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



① 쟁점매입세액이 토지관련 매입세액에 해당하고, 매입세금계산서에 대한 증빙이 부족하다고 보아 매입세액불공제한 처분의 당부



② 청구법인과 쟁점거래처①ㆍ②의 거래를 가공거래로 보아 과세한 처분의 당부



③ 이 건 세무조사가 위법하고, 이 건 처분이 근거과세원칙에 위배된다는 청구주장의 당부



나. 관련 법령



(1) 국세기본법



제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.



(2) 부가가치세법



제11조(용역의 공급) ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것



제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하  "세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 이하 생략

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항



제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.



제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액



(3) 부가가치세법 시행령



제80조(토지에 관련된 매입세액) 법 제39조 제1항 제7호에서  "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액”이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용과 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액



(4) 법인세법



제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하  "손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.



제66조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.



(5) 법인세법 시행령



제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주 등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 직원인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구법인 및 쟁점거래처① 등 이 사건 관련 업체현황은 아래와 같다.



(가) 청구법인은 2000.3.1. 개업하여 전기공사, 건설업 등을 영위하는 법인으로 대표이사는 C, 이사는 D(C의 배우자)이고, C은 청구법인의 지분 36.74%를, D는 청구법인의 지분 12.37%를 보유하고 있다.



(나) 쟁점거래처①은 2000.3.1. 개업하여 안전용품 도소매업을 영위하는 사업자로 대표자는 D이고, D는 이 외 2003.11.26. 개업한 H(주)의 대표이사로 지분 39.64%를 보유하고 있고 청구법인의 대표이사는 H(주)의 이사를 겸임하고 있다.



(다) (주)F은 C이 지분 38.33%를, 청구법인이 지분 25.00%를, H(주)가 지분 20.00%를 보유하고 있는 청구법인과 특수관계가 있는 법인이다.



(2) 쟁점토지 내 태양광발전시설 공사 사업진행 경과 및 청구법인과 쟁점거래처간 주요 사업내용은 아래와 같다.



(가) 청구법인은 2020년 8월 쟁점토지를 평당 OOO원 합계 OOO원에 E 외 2인으로부터 매수하는 매매예약계약을 체결(계약금의 10%를 지급, 나머지 잔금은 일시불로 지급, 특약사항으로 토지개발행위 인ㆍ 허가 조건에 따라 잔금을 지급하고, 개발행위 신청용 토지사용 승낙서, 개발허가신청서 등을 청구법인에게 지급)하였는바, 그 이후 사업진행 경과는 아래 ＜표9＞와 같다.



＜표9＞ 쟁점토지 태양광발전시설 공사 사업진행경과

○○○



(나) 처분청이 가공매출ㆍ매입거래로 본 청구법인과 쟁점거래처①에 대한 매출거래를 보면 위 ＜표5＞와 같이 쟁점거래처①이 수주받은 공사의 공사를 청구법인이 하도급받거나, 쟁점거래처①이 소유한 대전광역시 OOO 소재 건물 리모델링 공사를 도급받았고,



쟁점거래처①의 매입거래를 보면, 쟁점거래처①의 태양광발전소 설치공사를 청구법인이 도급공사계약을 하고, 청구법인이 다시 쟁점거래처①과 하도급공사 계약을 하면, 쟁점거래처①이 다시 이를 (주)F에 하도급공사를 주는 형태(4건)를 보이고, 그 중 3건은 세금계산서상 기재내역과 거래명세표 기재내역이 다른 것으로 나타나며, 그 외 청구법인이 쟁점거래처①로부터 안전관련 자재를 매입한 거래가 나타난다.



한편, 청구법인은 청구법인과 쟁점거래처① 상호간 도급공사계약과 하도급공사계약을 내부거래라고 인식하였다고 소명하였다.



(다) 처분청이 가공매입거래로 본 청구법인의 쟁점거래처②에 대한 매입거래를 보면 위 ＜표6＞과 같이 청구법인이 도급계약을 하였거나 쟁점거래처①로부터 하도급공사를 발주받은 계약건에 대하여 청구법인은 자재포함 (주)K에게 하도급을 주거나, (주)K이 쟁점거래처②로부터 매입하여 청구법인에게 공급하였음에도, 청구법인은 쟁점거래처②로부터 자재매입에 대한 세금계산서를 수취하고 대금을 지급한 것으로 나타난다.



(3) 청구법인에 대한 과세전적부심사 결과에 의하면 청구법인은 세무조사결과통지 중 토지조성비용으로 부가가치세 매입세액 불공제 대상 세액 OOO원에 대하여 청구법인 소유가 아닌 개인소유 토지에 토지공사용역을 제공한 것이므로 이는 매입세액공제가 가능하다는 내용의 과세전적부심사를 청구하였고, 그 결과 2024.2.1. 아래 ＜표10＞과 같이 토지관련 불공제 대상 매입세액 OOO원 중 OOO원에 대하여 매입세액 불공제하는 일부인용 결정(공제하는 매입세액 OOO원)이 있었다.



＜표10＞ 과세전적부심사 결과

○○○



(4) 청구법인이 청구주장을 입증하기 위하여 제시한 자료는 아래와 같다.



(가) 토지관련 매입세액 공제와 관련하여, 청구법인은 청구법인이 태양광시설물 분양을 위하여 토목공사 등을 개별분양자들로부터 하도급받아 수행하였으므로 이를 청구법인의 사업관련 매입세액으로 공제하여야 한다고 주장하며 쟁점토지 매매계약(예약)서, 토지 등기사항전부증명서, 개별분양자들의 공사계약서, 세금계산서, 금융거래내역 등 내역을 제시하였다.



(나) 쟁점거래처①ㆍ②의 거래와 관련하여, 아래와 같은 자료를 제시하였다.



1) 청구법인은 청구법인의 대표 C의 심문조서(2건)과 쟁점거래처②의 감사 I의 심문조서상 내용만으로 가공거래로 보아서는 안된다고 주장하면서, 쟁점거래처①의 거래현장별 공사계약서, 세금계산서, 거래명세표, 거래처별 매출ㆍ매입장, 금융거래내역을 제시하였고, 쟁점거래처①에 대한 매출거래 중 OOO근린생활 시설 건축물공사 공사계약서와 건축물대장, 이전 쟁점거래처①의 창고 사진자료를 제시하였고, 건축물대장에는 지상1층 창고시설 81.92㎡를 제2종근린생활시설(일반음식점) 81.92㎡로 용도변경하고 지상2층 제2종근린생활시설(사무소) 81.92㎡를 증축하였으며 2019.4.18. 사용승인된 것으로 나타난다.



2) 쟁점거래처②의 감사 I의 사실확인서 및 ㈜K 실제사업자 L의 확인서, ㈜K의 거래내역서, 공사계약서, 자재대금 견적서 및 보증서, 쟁점거래처②의 매입ㆍ매출장, 청구법인의 대금입금내역을 제시하였다.



＜표11＞ I과 ㈜K 실제사업자 L의 확인서

○○○



3) 청구법인은 쟁점거래처②의 I으로부터 입금된 자금이 자료상으로서 매입금액을 돌려받은 것이 아니라는 것을 입증하기 위하여 D의 금융거래내역과 I으로부터 태양광사업자금을 선이자를 지급하고 차용하였다는 차용증 14매를 제출하였고, 위 차용증의 작성형식은 2가지로 I이 채권자인 경우 I과 D가 작성자로 기재되어 있고, 다른 사람이 채권자인 경우 I이 보증인으로 기재되어 있으며, 모든 차용증의 형식이 동일(I과 D의 도장만 날인)하다.



4) 청구법인의 대표 C은 우리 원 조사단계에서 처분청 세무조사시 가공거래를 인정할 수밖에 없었던 사정에 관한 사유서를 작성하여 제출하였다.



(다) 세무조사와 관련하여, 2023.10.27.자 청구법인에 대한 세무조사통지서에 의하면 조사대상 세목은 통합조사, 조사대상 과세기간은 2018.1.1.부터 2022.12.31.까지이고, 조사기간은 2023.11.1.부터 2023.12.30.까지이며, 조사사유는 「국세기본법」 제81조의6 제3항 제4호에 따라 신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당하여 세무조사를 실시한다고 기재되어 있다.



2024.1.4.자 청구법인에 대한 세무조사결과 통지서에 의하면, 처분청은 2024.1.4. 청구법인에 대한 2018사업연도부터 2022사업연도까지 법인통합조사 결과, 과세연도별 부가가치세와 법인세 부과처분에 대하여 과세표준과 세액, 가산세의 산출명세 및 소득처분의 내용을 기재하여 청구법인에게 통지한 것으로 나타난다.



청구법인은 세무조사가 위법하다고 주장하나, 2차 심문조서 이후 조사종료일까지 25일 동안 청구법인의 해명자료에 대한 검토도 없이 세무조사결과를 통보하였다는 주장 외 위법한 세무조사와 관련한 근거를 제시하지 아니하였다.



(5) 처분청의 조사결과에 의하면 아래와 같은 내용이 확인된다.



(가) 청구법인의 대표이사 C은 두 차례의 심문시 쟁점거래처①과 거래 중 2019년 제2기 및 2022년 제1기 부가가치세 과세기간에 쟁점거래처①에 ‘리모델링 보수공사’와 ‘기계설비시설공사’ 명목으로 발급한 총 공급가액 OOO원은 실제 용역의 공급 없이 발급한 거짓 세금계산서라고 진술하였다.



(나) C의 배우자 D가 운영하는 쟁점거래처①은 안전용품 도소매업을 전문으로 하는 업체로 사업자등록이 되어 있으나 2018년부터 2022년 기간 사업장 소재지인 ‘대전광역시 OOO’는 청구법인의 이전 사업장 소재지와 동일하며, 동 장소는 현재 당구장으로 사용되고 있는 등 실제 사업장은 없는 것으로 파악되었다.



(다) 2018년부터 2022년 기간 쟁점거래처①의 매입처를 확인한바, 청구법인 및 청구법인의 특수관계법인인 ㈜F으로 확인되며 해당 매입품목 또한 안전용품이 아닌 태양광발전시설 공사나 전기자재 등으로 확인되는 등 안전용품 판매에 대응되는 매입 내역이 전혀 없는 것을 근거로 2018년부터 2022년 기간 청구법인이 쟁점거래처①로부터 수취한 총 공급가액 OOO원의 세금계산서 거래는 실제 재화의 공급 없이 수취한 거짓 세금계산서로 보았다고 기재되어 있다.



(라) 아래 ＜표13＞을 보면 쟁점거래처②에 대한 세무조사시 청구법인이 수취한 세금계산서 거래와 관련된 대금 OOO원이 부가가치세 상당액을 제외한 대금 전액이 쟁점거래처②의 계좌에서 I(쟁점거래처②의 감사)의 계좌로 출금된 후 다시 C 계좌(OOO원)과 D의 계좌(OOO원)로 재입금(합계 OOO원)된 사실이 확인되고,



아래 ＜표12＞에 따르면, C은 이에 대해 태양광 발전 공사를 위한 토지 매입을 위해 자금이 필요하여 I에게 차입한 것이라 주장하지만 이에 대한 객관적인 증빙 자료는 제출하지 못하고 있으며, 차입 거래를 입증할 이자 및 원금상환 내역도 없어 총 공급가액 OOO원의 세금계산서는 실물거래 없이 수취한 거짓 세금계산서로 판단하였다고 기재되어 있다.



＜표12＞ C의 범칙혐의자 심문조서(일부 발췌)

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＜표13＞ 청구법인이 쟁점거래처②에 입금한 금액이 D와 C에게 입금되었다는 근거자료

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(마) 북대전세무서장은 2023.2.1.부터 2023.4.6.까지 쟁점거래처②에 대한 세무조사를 실시하였고, 아래 ＜표14＞와 같이 쟁점거래처②의 매출 OOO원 중 OOO원이 가공거래에 의한 것으로 보았는데,



① 실제 사업장이 존재하지 않았고, 실제 임대차계약을 체결하지도 않았으며, ② 매출에 대응하는 재료비 등과 관련된 증빙을 제출하지 아니하였고, ③ 쟁점거래처②에 입금된 대부분의 자금이 I의 개인계좌로 출금되어 I이 이를 C에게 재이체(부가가치세액 제외)하였으며, ④ I이 가공거래를 시인하였다는 것을 과세근거로 하고 있다.



＜표14＞ 쟁점거래처② 조사내용 요약

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(6) 북대전세무서장이 쟁점거래처②에 대한 세무조사결과 자료를 파생하여 논산세무서장이 H(주)(대표이사 D)와 쟁점거래처②의 거래에 대하여 가공거래로 보아 과세한 처분과 관련하여, H(주)가 제기한 심판청구(조심 2024전4874)에 대하여 우리 원은 아래 ＜표15＞와 같이 2024.12.23. 기각결정을 하였다.



＜표15＞ H(주)가 제기한 심판청구에 대한 결정(조심 2024전4874, 2024.12.23.)

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(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 태양광시설을 설치하여 분양하고자 한 목적이었고, 개별분양자의 명의로 토지조성공사 등이 진행되었으며, 청구법인은 태양광사업을 위한 공사를 한 것이므로 쟁점매입세액을 공제하여야 하고, A에 지급한 토지분할측량대가 역시 매입세액 공제대상이라고 주장하나,



토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 토지 소유자인 사업자가 당해 토지의 조성 등을 위하여 한 자본적 지출을 의미한다고 봄이 타당(대법원 2010.1.14. 선고 2007두20744 판결, 같은 뜻임)하고,



청구법인은 2020년 8월경 태양광발전시설 공사를 위하여 쟁점토지의 전 소유자와 토지매매예약계약을 체결하면서 특약사항으로 토지개발행위 인ㆍ 허가 조건에 따라 잔금을 지급하고, 개발행위 신청용 토지사용 승낙서와 개발허가신청서 등을 청구법인에게 지급하기로 하였고, 이에 따라 청구법인은 쟁점토지에 태양광 부지 분양사업을 진행하였으며, 2021.3.26. 쟁점토지의 전 소유자로부터 소유권을 이전받아 2022년 5월 개별 분양자들에게 분할된 쟁점토지의 소유권을 이전하였는바, 쟁점토지의 매입과 태양광발전시설 공사를 분리하여 보기 어렵고, 쟁점매입세액은 청구법인이 태양광발전시설을 설치하는 과정에서 반드시 지출되었어야만 하는 토지조성 원가에 해당하는 점,



쟁점매입세액의 대부분은 청구법인이 쟁점토지의 등기상 소유자일 때 발생한 것으로 특별한 사정이 없는 한 등기상 소유권자를 기준으로 토지의 소유자인지 여부를 판단하여야 할 것이고, 개별 분양자들의 명의로 발전사업허가를 받은 것은 태양광발전사업주를 개별 분양자로 한 것일 뿐, 해당 토지의 소유여부와는 무관하며, 향후 개별 분양자들에게 토지의 분할 및 이전이 예정되어 있었다하더라도 토지관련 매입세액을 공제하기는 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점매입세액 중 태양광발전시설 공사 관련 매입세액 OOO원을 불공제한 처분은 타당하다고 판단된다.



또한 쟁점매입세액 중 위 ＜표4＞의 토지분할측량 대가에 대한 매입세금계산서를 보면 공급자 상호가 A OOO지사, OOO지사, OOO지사로 기재되어 있고, 과세전적부심사 시 OOO지역의 태양광발전시설 공사관련 토지공사비용에 대하여 매입세액공제 결정을 받았는바, A OOO지사가 발행한 세금계산서의 공급가액 OOO원의 세액 OOO원은 청구법인의 태양광발전시설 공사 관련 매입세액으로 보아 이를 공제하는 것이 타당하다고 판단된다.



(8) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점거래처①의 거래는 내부거래이고, 쟁점거래처②의 거래는 실제 거래임에도 이를 가공거래로 보아 과세하였고, 청구법인의 대표자에 대한 소득금액변동통지는 위 거래로 인해 사외유출된 소득이 없음에도 이를 대표자 C의 상여로 소득처분하였으므로 이 건 처분은 타당하지 않다고 주장하나,



먼저 쟁점② 중 청구법인과 쟁점거래처①과 매입ㆍ매출거래를 보면, 청구법인과 쟁점거래처① 및 이들의 매입처인 ㈜F은 청구법인과 특수관계인 업체들이고, 이들의 거래흐름을 보면 쟁점거래처①이 발주하거나 수급받은 공사용역계약을 청구법인에게 하도급용역을 위탁하고, 청구법인은 다시 쟁점거래처①에게 하도급용역을 위탁한 후 쟁점거래처①이 이를 다시 ㈜F에 하도급용역을 위탁하는 거래형태를 보이고 있어 이를 정상적인 거래라고 보기는 어려운 점,



C의 배우자 D가 운영하는 쟁점거래처①은 안전용품 도소매업을 전문으로 하는 업체로 사업자등록이 되어 있고, 쟁점거래처①의 매입품목을 보면 2018년부터 2022년까지 안전용품이 아닌 태양광시설 공사 자재나 전기자재 등으로 확인되는 등 안전용품 판매에 대응되는 매입 내역이 전혀 없음에도 매입세금계산서에 안전용품을 매입한 것으로 기재되어 있는바, 쟁점거래처①의 매입ㆍ매출거래는 실제 재화의 공급없이 세금계산서를 수취한 가공거래로 보이는 점,



청구법인의 대표이사 C의 2023.11.27.자 및 2023.12.5.자 심문조서를 보면 C은 쟁점거래처①의 거래 일부에 대하여 가공거래라고 시인하였고, 쟁점거래처①과 (주)F은 자재창고를 함께 사용하면서 동일한 IP를 사용하여 전자세금계산서를 발급하였다고 진술하였으며, 사업장 소재지가 청구법인의 이전 사업장 소재지와 동일하고, 처분청 확인결과 동 장소는 현재 당구장으로 사용되고 있는 등 쟁점거래처①의 실제 사업장이 없는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구법인과 쟁점거래처①의 매입ㆍ매출거래가 내부거래인 정상거래라는 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.



다음으로 쟁점② 중 청구법인과 쟁점거래처②의 매입거래에 대하여 보면, 청구법인은 자기가 직접 도급계약을 하였거나 쟁점거래처①로부터 하도급공사를 발주받은 계약 건에 대하여 공사자재를 포함하여 (주)K에게 하도급을 주었으나, (주)K이 쟁점거래처②로부터 자재를 매입하여 청구법인에게 공급하였음에도, 청구법인이 쟁점거래처②로부터 직접 매입세금계산서를 수취하고 쟁점거래처②에 대금을 지급한 것으로 나타나는 점,



청구법인이 쟁점거래처②에 대금을 지급하면 쟁점거래처②에 입금된 대부분의 자금이 I의 개인계좌로 출금되었으며, I은 부가가치세액을 제외한 전액을 C과 D의 개인계좌로 재이체하는 자금흐름을 보이고 있는 점, C은 이에 대해 태양광 발전 공사를 위한 토지 매입을 위해 자금이 필요하여 I에게 차입한 것이라 주장하지만 이에 대한 객관적인 증빙 자료는 제출하지 못하고 있고, 차입 거래를 입증할 이자 및 원금상환 내역도 없으므로 쟁점거래처②의 매입거래가 정상거래라는 청구주장은 받아들이기가 어렵다고 판단된다.



한편, 청구법인은 2022사업연도 중 OOO ㈜J 사옥신축 건축공사, OOO 근린생활시설 신축공사, OOO병원 건축공사 등을 도급받아 ㈜K과 하도급계약을 체결하여 실제 공사를 진행하였고, 위 공사현장은 모두 완공된 것으로 보이며, 처분청도 ㈜K과 거래를 실제 거래로 인정한 것으로 보이고, 청구법인은 ㈜K의 요청에 따라 쟁점거래처②로부터 매입세금계산서를 받고 대금을 직접 지급하였다고 소명하고 있는바,



쟁점거래처②가 발급한 매입세금계산서에 의한 실물거래를 부인할 경우 매출액은 존재하는 반면, 이에 대응되는 매입액은 부인되어 이 건 과세기간 동안의 원가율이 낮게 산출되어 불합리한바, 위 3곳의 공사현장과 관련한 쟁점거래처②의 세금계산서는 실물거래가 수반된 것으로 봄이 경험칙상 타당하다 할 것이다.



따라서 처분청은 청구법인이 2022년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간 동안 쟁점거래처②로부터 수취한 매입세금계산서 공급가액OOO원을 손금산입하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정하고, 위 손금산입액을 대표자 C의 소득금액변동통지 금액에서 제외함이 타당하다고 판단된다.



(9) 다음으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 현장조사나 청구법인의 해명에 대한 검토도 없이 쟁점거래처의 거래를 가공거래로 판단하였고, 탈루혐의가 없음에도 근거없이 과세하였으므로 이 건 세무조사가 위법하고, 이 건 처분이 근거과세원칙에 위배된다고 주장하나,



처분청은 청구법인에게 조사대상기간을 명시하여 조사개시통보를 하였고, 세무조사 기간동안 2차례 C에 대한 심문조사를 하였으며, 심문조사시 쟁점거래처①의 거래에 대하여 실제 공급없이 전자세금계산서를 수수하였다고 진술하였고, 쟁점거래처②에 대한 거래 역시 (주)K과 거래하고 세금계산서는 쟁점거래처②로부터 발급받았으며 거래대금은 Q의 개인계좌를 통해 C의 개인계좌 등으로 입금받은 사실이 맞다고 진술하였으며, 세무조사시 청구법인의 사업장을 방문하여 사실확인을 하였던 점, 처분청은 쟁점거래처②에 대한 북대전세무서의 조사자료와 금융거래내역 등을 근거로 하여 과세하였던 점 등에 비추어, 청구법인에게 해명기회를 제공하지 아니하였다거나 이 건 처분이 근거과세원칙에 위배된다는 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.