심판청구를 기각한다.

1. 처분개요



가. 청구법인은 2010.1.1. 종전의 A과 B가 통합되어 설립된 법인으로, 2004년～2009년 기간 동안 A으로서 환경시설수탁운영사업, 환경시설설치지원사업, 정부업무대행사업, 정부위탁사업, 연구용역 사업(위의 사업들 중 환경시설수탁운영사업을 제외한 나머지 사업을  "이 건 사업”이라 한다) 등을 수행하였고, 위의 용역 공급이 「부가가치세법」 제12조 제1항 제16호 및 같은 법 시행령 제37조 제1호에서 규정하는 주무관청에 등록된 단체로서 고유목적사업을 위해 실비로 공급하는 용역에 해당하여 부가가치세 면세 대상에 해당하는 것으로 보아 부가가치세를 신고ㆍ 납부하지 아니하였다.



나. 중부지방국세청장(이하  "조사청”이라 한다)은 2011.3.19.∼2011.4.29. 기간 동안 청구법인에 대한 세무조사를 실시하였고, 이 건 사업은 부가가치세 면세대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 관련 과세자료를 청구법인의 각 사업장 관할 세무서장들에게 통보하였고, 관할 세무서장들은 2012.1.2.～2012.3.13. 기간 동안 청구법인에게 2004년 제2기～2009년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 각 경정ㆍ 고지하였다.



다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.3.30. 감사원에 심사청구를 제기하였고, 위 청구가 2013.8.29. 기각되자 2013.9.13. 인천지방법원에 행정소송을 제기하였으며, 법원은 제1심 및 제2심에서 이 건 사업 중 환경시설설치지원사업은 부가가치세 과세대상이나, 나머지 사업은 면세 대상에 해당하는 것으로 판단하였고, 대법원은 부가가치세 면세 여부는 사업분야가 아니라 개별적인 재화 또는 용역의 공급을 기준으로 판단하여야 한다는 취지로 사건을 서울고등법원으로 파기환송하였다.



라. 서울고등법원은 파기환송심에서 청구법인의 각 개별 사업별로 이윤이 0% 이하인 경우 실비로 공급하는 사업으로 보아 부가가치세 면세대상으로, 나머지는 과세대상으로 판단하여 원고 일부 승소 판결을 하였고(서울고등법원 2024.7.19. 선고 OOO 판결, 이하  "쟁점판결”이라 한다), 쟁점판결은 2024.8.10. 확정되었으며, 처분청은 쟁점판결에 따라 2004년 제2기～2009년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 청구법인에게 환급하였다.



마. 한편, 쟁점판결에서는 위 법리에 따라 청구법인의 각 사업장별ㆍ 과세기간별 부가가치세 정당세액을 산출하였는데, 일부 사업장의 일부 과세기간의 경우 사업이 부가가치세 면세대상이 됨에 따라 관련 매입세액이 불공제되어 정당세액이 당초 부과세액을 초과하는 경우가 발생하였고, 처분청들은 위의 초과금액에 대하여 ＜표1＞과 같이 청구법인에게 부가가치세를 경정ㆍ 고지하였다.



＜표1＞ 처분청별 부가가치세 경정ㆍ 고지금액

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2. 청구법인 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인 주장



구 「국세기본법」 제26조의2 제2항 제3호는 일반적으로 국세 부과의 제척기간을 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 정하면서도, ‘납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우’에는 국세 부과의 제척기간을 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 정하고 있다.



청구법인은 2004년부터 2009년까지 부가가치세 과세표준신고서를 제출하였으므로, 이와 같은 경우에는 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제3호의 규정에 따라 5년의 부과제척기간이 적용된다.



그러나 이 사건 각 처분은 2005년 제1기부터 2009년 제1기까지의 부가가치세 및 가산세를 2024년 및 2025년에 각 부과하였는바, 이는 최소한 15년이 경과한 이후에 부과된 것으로 5년의 부과제척기간이 경과한 이후에 이루어진 것이므로 명백하게 위법하다.



나. 처분청 의견



(1) 「국세기본법」 제26조의2 제6항 제1호는 ‘국세기본법에 따른 이의신청ㆍ 심사청구ㆍ 심판청구, 감사원법에 의한 심사청구 또는 행정소송법에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우에는 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년이 지나기 전까지는 해당 결정ㆍ 판결에 따라 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다’고 규정하여 국세부과 제척기간의 특례를 규정하고 있다.



「국세기본법」 제26조의2 제1항, 제2항 소정의 과세제척기간이 만료되는 경우 과세권자는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없게 되는 바, 과세처분에 대한 행정심판청구 또는 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 지연되어 그 판결 등이 제척기간이 지난 후에 행하여지는 경우 판결 등에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사례가 발생하는 것을 방지하기 위하여 같은 조 제6항이 마련된 것이다. 따라서 과세권자는 국세기본법 제26조의2 제1항, 제2항에 규정된 제척기간이 경과한 후라도 결정이나 판결이 확정된 날부터 1년 이내라면 당해 결정이나 판결에 따르는 내용의 경정결정이나 그에 부수되는 처분을 할 수 있다. 다만, 당해 판결이나 결정에 따르지 아니하는 새로운 결정이나 증액경정결정까지도 할 수 있는 것은 아니다(대법원 1994.8.26. 선고 94다3667 판결, 대법원 2010.6.24. 선고 2007두16493 판결 등 참조).



이 사건 처분은 선행소송 판결에 의해 일부 개별사업이 부가가치세 면세로 전환되면서 부수적으로 그 매입세액이 불공제됨으로 인해 정당세액이 당초 부과처분세액을 초과한 부분에 대하여 국세기본법 제26조의2 제6항 제1호에 따라 선행소송 판결이 확정된 날부터 1년이내 그 판결 취지에 따라 이루어진 것으로서 그 처분에 어떠한 위법 사유도 존재하지 않는다.



(2) 개별 용역의 공급을 기준으로 부가가치세 면세 여부를 가려야 한다는 대법원 파기환송판결의 취지를 따르기 위해서는, 파기환송심에서는 청구법인이 각 개별사업이 어떤 것이 있고 관련 수익ㆍ비용은 얼마나 되는지 그에 관한 계약서 등 근거서류를 제시했어야 하나, 청구법인은 관련 서류의 보존기간이 지나 이를 폐기하였다는 이유로 근거서류를 제시하지 않아 실제 개별 용역 공급 단위를 파악할 수 없었고, 대법원 파기환송 취지대로 실제의 개별 용역 공급을 기준으로 정확한 정당세액을 산출할 수는 없었다.



다만 청구법인은 전산상 예산코드별로 구분된 사업을 개별사업으로 하여 손익자료를 산출하였고, 이를 기준으로 이익이 0%를 초과하는 부분은 과세 나머지는 면세라는 판결이 선고되었다. 이러한 파기환송심의 판결은 대법원의 파기환송취지와 일치한다고 보기는 어렵다. 하지만 처분청으로서는 청구법인이 개별 용역 공급에 관한 서류를 제시하지 않는 이상 이를 파악하여 제대로 된 정당세액을 구할 수 있는 방법이 없었고, 장기계류 중인 소송이 더욱 장기화되는 부담이 있어 파기환송심 판결에 대해 재상고를 제기하지는 않았다.



선행사건에서 청구법인이 주장한 것은 이 건 사업은 모두 실비로 공급한 것으로서 부가가치세 면세대상이라는 주장이었다. 그런데 대법원 파기환송 취지와 일치한다고 볼 수 없는 파기환송심 판결이 일부 개별사업의 공급에 대하여 청구법인의 주장을 받아들여 면세대상이라고 판단하였고, 이 사건 부가가치세 부과처분은 이와 같은 청구법인의 주장을 받아들인 결과 부수적으로 관련 매입세액이 불공제된 결과이다. 이렇듯 청구법인의 주장이 인용됨에 따라 나타난 부수적인 결과에 대하여 판결에 의한 특례부과제척기간을 적용할 수 없다고 볼 수는 없다.



(3) 당초 부과처분 세액은 2004년 제2기부터 2009년 제2기까지의 각 부가가치세 합계 OOO원(가산세 포함)이었는데, 선행소송 파기환송심은 그 중 OOO원(본세 OOO원, 가산세 OOO원)을 취소하였고, 이에 처분청은 청구법인에게 납부일부터 환급금 지급결정일까지의 환급가산금 OOO원을 포함하여 총 OOO원을 환급하였다.



반면, 이 사건 부과처분은 합계 OOO원으로 처분청이 환급한 금액의 11.7%에 불과하다. 따라서 선행소송 판결에 따른 이 사건 부가가치세 부과처분이 반드시 원고에게 불리한 증액경정에 해당한다고 보기도 어렵다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



이 건 부가가치세 부과처분이 부과제척기간을 경과하여 한 위법한 처분에 해당한다는 청구주장의 당부



나. 관련 법률



국세기본법



제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하  "부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하  "국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구 또는 「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우 : 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.



(가) 청구법인은 관할 세무서장들이 2012.1.2.～2012.3.13. 기간 동안 청구법인에게 한 2004년 제2기～2009년 제2기 부가가치세 합계 OOO원의 부과처분에 불복하여 소송을 제기하였고, 법원은 제1심 및 제2심에서 이 건 사업 중 환경시설설치지원사업은 부가가치세 과세대상이나, 나머지 사업은 면세 대상에 해당하는 것으로 판단하였고, 대법원은 부가가치세 면세 여부는 사업분야가 아니라 개별적인 재화 또는 용역의 공급을 기준으로 판단하여야 한다는 취지로 사건을 서울고등법원으로 파기환송하였다.



(나) 서울고등법원은 파기환송심에서 청구법인의 각 개별 사업별로 이윤이 0% 이하인 경우 실비로 공급하는 사업으로 보아 부가가치세 면세대상으로, 나머지는 과세대상으로 판단하여 원고 일부 승소 판결을 하였고(쟁점판결), 쟁점판결은 2024.8.10. 확정되었으며, 처분청은 쟁점판결에 따라 2004년 제2기～2009년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 청구법인에게 환급하였다.



(다) 서울고등법원은 쟁점판결에서 사업장별ㆍ 과세기간별 부가가치세 정당세액 및 취소하여야 할 부가가치세의 범위를 계산하였는데, 본사의 2005년 제1기 및 2009년 제1기 부가가치세, OOO의 2007년 제2기 부가가치세, OOO의 2009년 제1기 부가가치세, OOO의 2009년 제1기 부가가치세에 대하여는 정당한 부가가치세액의 범위가 당초 고지세액보다 증가하여 취소의 범위가 0보다 작은 금액으로 계상되어 있음이 확인된다(＜별지＞ 기재).



(2) 이상의 사실관계 및 관련법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.



청구법인은 이 사건 각 처분은 2005년 1기부터 2009년 1기까지의 부가가치세 및 가산세를 2024년 및 2025년에 각 부과하였는바, 이는 최소한 15년이 경과한 이후에 부과된 것으로 5년의 부과제척기간이 경과한 이후에 이루어진 것이므로 명백하게 위법하다고 주장한다.



그러나, 국세의 부과제척기간이 경과하였더라도 심판청구에 대한 결정, 행정쟁송의 결정이나 판결이 확정된 날로부터 1년 내에 과세관청이 행한 후속 처분이 행정쟁송 등의 결정ㆍ판결 등의 취지를 수용하는 것이라면 동 처분은 결정ㆍ판결 등에 따른 처분이라 할 수 있어「국세기본법」제26조의2 제6항에 적합한 것이라 할 것인바(조심 2023인7487, 2024.3.25.),



서울고등법원이 쟁점판결에서 산정한 사업장별ㆍ 과세기간별 부가가치세 정당세액에 따르면, 본사의 2005년 제1기 및 2009년 제1기 부가가치세, OOO의 2007년 제2기 부가가치세, OOO의 2009년 제1기 부가가치세, OOO의 2009년 제1기 부가가치세에 대하여는 정당한 부가가치세액의 범위가 당초 고지세액보다 증가한 것으로 기재되어 있으므로, 처분청의 이 건 부가가치세 부과처분은 결정ㆍ판결 등에 따른 처분이라 할 것인 점,



당초 처분에서 청구법인에게 부과된 세액은 2004년 제2기～2009년 제2기 부가가치세 합계 OOO원이고, 처분청들은 쟁점판결에 따라 2004년 제2기～2009년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 청구법인에게 환급한 후, 쟁점판결에 근거하여 2005년 제1기～2009년 제1기 부가가치세 OOO을 경정ㆍ 고지하였는바, 판결에 따른 부과 세액이 당초 부과세액을 초과하지 아니하는 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 쟁점판결에서 산정한 정당세액 계산표

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