대전광역시 중구청장이 2024.4.23. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 청구법인의 ＜별지1＞ 목록 기재 주택의 취득에 대하여 「지방세특례제한법」제31조 제2항에 따른 감면을 적용하는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.

1. 처분개요



가. 청구법인은 2024.1.23. AAA 주택재개발정비사업조합(이하  "이 건 조합”이라 한다)으로부터 대전광역시 중구 OOO 중 14세대의 주택(상세내역은 ＜별지1＞ 참조, 이하  "쟁점주택”이라 한다)을 포괄양수도 계약에 의하여 취득하고, 2024.1.27. ＜별지1＞ 기재와 같이 취득세 등을 신고ㆍ납부하였다.



나. 청구법인은 2024.3.28. 처분청에게 쟁점주택은 「지방세특례제한법」제31조(임대주택 등에 대한 감면) 제1항 또는 제2항에 따른 취득세 면제 대상에 해당한다고 보아 기 납부한 취득세 등 합계 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2024.4.23. 이를 거부하였다.



다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.7.22. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구법인 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인 주장



(1) 쟁점주택은 임대사업자가 「지방세특례제한법」제31조 제1항에 따른 임대할 목적으로 공동주택을 건축하는 경우(민간건설임대주택)에 해당하므로 취득세가 감면되어야 한다.



(가) 「지방세특례제한법」제31조 제1항은 「민간임대주택에 관한 특별법」(이하  "민간임대주택법”이라 한다)에 따른 임대사업자가 임대할 목적으로 공동주택을 건축하는 경우 그 공동주택을 취득세 감면대상으로 규정하고 있는데, 이는 민간임대주택법에 따른 민간건설임대주택을 의미한다고 봄이 타당하다.



(나) 한편, 민간임대주택법에서 민간임대주택을 ‘민간건설임대주택’과 ‘민간매입임대주택’으로 구분하여 정의하고 있는 반면 「지방세특례제한법」제31조에서는 별도의 정의규정이 없으므로 ‘민간매입임대주택’의 개념을 민간임대주택법 상 차용개념으로 보아야 하고, 민간임대주택법의 주무부처인 국토교통부는 쟁점주택을 ‘민간건설임대주택’으로 보고 있으므로 쟁점주택은 「지방세특례제한법」제31조 제1항에 따른 감면적용 대상으로 보아야 한다.



(다) 민간임대주택법 제2조 제2호에서 민간건설임대주택을 ‘임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택’ 또는 ‘「주택법」제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제15조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니하여 임대하는 주택’ 중 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3호에서 민간매입임대주택을 ‘임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다’고 규정하고 있다.



쟁점주택의 경우 임대사업자인 이 건 조합이 임대를 목적으로 하여 건설한 주택으로 민간임대주택법 제2조 제2호 가목에 따른  "민간건설임대주택”에 해당한다.



(라) 한편, 민간임대주택법 제43조 제2항에서는 임대사업자는 임대의무기간 동안에도 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고한 후 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도할 수 있고, 이 경우 양도받은 자는 양도하는 자의 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 승계하며, 이러한 뜻을 양수도계약서에 명시하여야 한다고 규정하고 있다. 이렇게 임대사업자의 지위를 포괄적으로 승계받을 자는 민간임대주택을 임대하기 위하여 민간임대주택법 제5조에 따라 임대사업자 등록을 하여야 하는데, 그 임대사업자 등록신청서 및 임대사업자 등록증에는 건설임대주택인지 매입임대주택인지를 구분하고 있다.



청구법인은 임대사업자인 이 건 조합으로부터 쟁점주택을 포괄적으로 승계취득한 법인으로, 청구법인이 소유한 쟁점주택을 이 건 조합이 취득할 당시와 같이  "민간건설임대주택”으로 보아야 하는지, 청구법인이 매수하였다는 사정을 고려하여  "민간매입임대주택”으로 보아야 하는지 여부가 문제된다.



(마) 그런데, 청구법인은 포괄양수받아 취득한 쟁점주택에 대하여 민간건설임대주택으로 임대사업자 등록신청서를 제출하였고, 이에 주택 구분이 ‘건설’로 기재된 임대사업자 등록증을 교부받았다. 즉 청구법인은 이 건 조합의 임대사업자 지위를 포괄적으로 승계하였으므로, 쟁점주택 또한  "민간건설임대주택”에 해당한다고 보아야 한다.



(바) 같은 취지로, 국토교통부는 2023.9.26. 쟁점주택이  "민간건설임대주택”에 해당하는지 여부에 대하여, ‘민간건설임대주택’인지는 여부는 소유권 보존등기 당시 임대를 목적으로 건설된 것인지를 기준으로 판단하여야 하므로 (이 건 조합의 지위를 그대로 승계하여 청구법인이 소유하게 된) 쟁점주택도 민간건설임대주택에 해당한다고 회신한바 있다. 대법원 판결 또한 같은 취지이다(대법원 2020.12.24 선고 2020두48352 판결, 같은 뜻임).



(사) 따라서 쟁점주택은 민간임대주택법 상  "민간건설임대주택”에 해당한다고 할 것이고, 쟁점주택을 재건축조합으로부터 포괄양수한 청구법인은 「지방세특례제한법」제31조 제1항에 따른 감면적용 대상으로 보아야 한다.



(2) 설령, 「지방세특례제한법」제31조 제1항이 적용되지 아니한다 하더라도, 쟁점주택이  "민간건설임대주택”인 이상 청구법인은 위 규정에서 정의하고 있는 임대사업자(아파트를 임대하는 민간매입임대주택만 제외되므로, 아파트를 임대하는 민간건설임대주택의 경우 감면을 적용받는 임대사업자에 해당한다)에 해당하므로 「지방세특례제한법」제31조 제2항에 따른 감면을 받을 수 있다고 보아야 한다.



(가) 「지방세특례제한법」제31조 제1항은 임대사업자 중에서  "아파트를 임대하는 민간매입임대주택”을 임대목적물로 하는 임대사업자에게는 감면을 적용하지 않도록 규정하고 있다.



(나) 그러나, 앞서 살펴 본 바와 같이 쟁점주택은 임대사업자인 이 건 조합이 건설한 민간건설임대주택에 해당하고, 이 건 조합으로부터 임대사업자 지위를 포괄적으로 승계하여 청구법인이 보유하게 된 쟁점주택 또한 ‘민간매입임대주택’이 아니라 ‘민간건설임대주택’에 해당하므로, 「지방세특례제한법」제31조 제1항에서 감면 대상에서 제외하고 있는 임대사업자(아파트를 임대하는 민간매입임대주택을 임대목적물로 하는 임대사업자)에 해당하지 않는다. 따라서 청구법인은 「지방세특례제한법」제31조 제2항의 적용을 받는 임대사업자에 해당한다.



(다) 그런데, 「지방세특례제한법」제31조 제2항은  "임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택”에 대하여 취득세 감면을 적용하도록 규정하고 있고, 조세심판원에서는 이 건과 같이 조합으로부터 포괄양수로 취득한 임대주택에 대하여 분양을 받은 경우에 해당한다고 보아 인용결정한바 있다(조심 2022지776, 2022.9.21., 같은 뜻임).



(라) 그렇다면, 청구법인은 「지방세특례제한법」제31조 제2항이 규정하고 있는 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택을 최초로 분양받은 경우에 해당하므로 취득세 감면대상에 해당한다.



(마) 다만, 청구법인은 2022.1.10. 이 건 조합으로부터 쟁점주택을 포괄양수하기로 하는 계약을 체결하였고, 이 건 조합은 2022.12.1. 쟁점주택에 대한 소유권보존등기를 경료하였다. 청구법인은 그 후 1년 10개월이 경과한 2024.2.26. 쟁점주택의 소유권을 이전받았는데, 이는 이 건 조합의 조합장이 갑작스럽게 사퇴함에 따라 새롭게 비상대책위원회 회장이 업무를 수행하였는데, 이들 간에 인수인계가 미흡하여 행정처리가 늦어졌기 때문이다. 결국, 청구법인은 이 건 조합으로부터 쟁점주택을 포괄양수하기로 한 2022.1.10.부터 소유권을 이전받은 2024.2.26.까지 청구법인이 직접 임차인을 모집하거나, 쟁점주택의 인테리어 등을 직접 수행하였으나, 행정절차 지연으로 인하여 소유권이전이 늦어졌을 뿐이다.



나. 처분청 의견



(1) 쟁점주택은 ‘민간건설임대주택’이 아닌 ‘민간매입임대주택’에 해당할 뿐만 아니라, 청구법인이 임대할 목적으로 공동주택을 건축하는 경우에도 해당하지 아니하므로 「지방세특례제한법」제31조 제1항에 따른 취득세 감면대상에 해당하지 않는다.



(가) 「지방세특례제한법」제31조 제1항은  "임대사업자가 임대할 목적으로 공동주택을 건축하는 경우 그 공동주택”에 대하여 취득세 감면을 적용하도록 규정하고 있는데, 청구법인은 임대사업자이기는 하나 청구법인이 쟁점주택을 건축한 것이 아니라 쟁점주택을 건축한 이 건 조합으로부터 포괄양수하였을 뿐이므로, 위 규정의 문언에 해당하지 않는다. 따라서 쟁점주택은 「지방세특례제한법」제31조 제1항 적용 대상에 해당한다고 볼 수 없다.



(나) 또한, 「지방세특례제한법」제31조 제1항이 규정하는 임대사업자는 대괄호 안에서 ‘아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 임대목적물에서 제외한다’고 규정하고 있는데, 쟁점주택은 아파트이자 민간매입임대주택에 해당하므로, 청구법인의 경우 「지방세특례제한법」제31조의 적용을 받는 임대사업자에 해당하지 아니한다.



1) 먼저, 쟁점주택이 아파트인 사실은 다툼이 없다. 다만 청구법인은 쟁점주택이 민간건설임대주택인지 또는 민간매입임대주택인지 여부는 민간임대주택법에 따라 판단하여야 한다고 전제하면서, 민간임대주택법 제2조 제2호 가목에 따라 쟁점주택은 이 건 조합이 임대를 목적으로 건설하는 임대주택에 해당하고, 청구법인은 이 건 조합의 임대사업자 지위를 포괄적으로 승계하였으므로, 청구법인이 소유하게 된 쟁점주택 또한 민간건설임대주택에 해당한다고 주장하면서, 국토교통부 해석 및 대법원 판례도 같은 취지라고 주장한다.



2) 그러나, 행정안전부 예규(지방세특례과-2102, 2022.9.21.)에 따르면, 이 건과 같은 경우 민간매입임대주택에 해당한다고 판단하였다.



3) 따라서, 이 건 조합이 보유하는 쟁점주택은 민간건설임대주택에 해당한다고 볼 수 있다 하더라도, 청구법인이 포괄적으로 양수받은 경우에는 민간매입임대주택에 해당한다 할 것이다. 그렇다면, 쟁점주택은 「지방세특례제한법」제31조 제1항 대괄호 안의  "아파트를 임대하는 민간매입임대주택”에 해당하므로, 청구법인은 위 규정의 적용을 받을 수 있는 임대사업자에 해당하지 않는다.



4) 결국, 청구법인은 임대할 목적으로 공동주택을 건축하는 경우에도 해당하지 않을 뿐만 아니라, 「지방세특례제한법」제31조의 적용을 받는 임대사업자에도 해당하지 아니하므로, 쟁점주택은 「지방세특례제한법」제31조 제1항에 따른 감면대상으로 볼 수 없다.



(2) 청구법인은 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택을 최초로 분양받은 경우에 해당하지 아니하므로 「지방세특례제한법」제31조 제2항에 따른 취득세 감면대상에도 해당하지 아니한다.



(가) 먼저, 쟁점주택은 아파트를 임대하는 ‘민간매입임대주택’에 해당하므로 청구법인은 「지방세특례제한법」제31조 제1항 대괄호 안 규정에 따라 「지방세특례제한법」제31조 제2항의 적용을 받는 임대사업자에 해당하지 아니함은 앞에서 본 바와 같다.



(나) 또한, 청구법인의 임대사업자 등록증에는 주택 구분이 포괄양수도로 인하여 건설로 되어 있다고는 하나 등록 이력에는 양수로 되어 있어 재개발조합으로부터 이전받은 것으로 명백하게 확인되고 있다. 이것은 「지방세특례제한법」제31조 제2항에서 규정하는 최초로 분양받는 경우와는 다르다 할 것이므로, 위 규정 문언에도 부합하지 아니한다.



(다) 그리고, 「지방세특례제한법」제31조는 규정 취지상 제1항에서 민간건설임대주택과 관련한 감면을, 제2항은 민간매입임대주택과 관련한 감면을 규정하고 있는 것이라고 할 것이고, 실무에서도 위와 같이 해석하고 있으므로, 청구주장과 같이 쟁점주택이 민간건설임대주택이라고 한다면, 애당초 「지방세특례제한법」제31조 제2항은 적용될 여지가 없다 할 것이므로, 설령 문언에 해당한다고 하더라도 위 규정은 적용될 수 없다고 봄이 타당하다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



① 쟁점주택의 취득에 대하여 「지방세특례제한법」제31조 제1항에 따른 감면을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부



② 쟁점주택의 취득에 대하여 「지방세특례제한법」제31조 제2항에 따른 감면을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부



나. 관련 법령 : ＜별지2＞ 기재



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.



(가) 이 건 조합은 2015.10.19. 처분청으로부터 AAA 주택재개발정비사업에 대한 사업시행인가[아파트 총 993세대 규모로 위 세대 중 임대주택은 65세대(면적 39.92㎡)]를 받고, 2016.10.14. 관리처분계획인가를 받았으며, 2022.5.30. 준공인가를 받았다. 한편, 청구법인은 2022.10.27. 이전고시를 하였다.



(나) 이 건 조합은 2021.12.6. 임대주택 포괄양수자 선정 입찰공고를 하였다.



＜입찰공고 내용 중 발췌＞

○ ○ ○



(다) 이 건 조합은 2021.12.28. 청구법인을 포함한 4개 회사를 45세대의 임대주택 포괄양수자로 선정하였고, 2022.1.10. 청구법인과 임대주택 중 쟁점주택(총 14세대)을 양수하는 계약을 체결하였다.



(라) 이 건 조합의 임대사업자 등록증에 따르면, 2022.10.26. 최초로 임대사업자로 등록되었으며, 청구법인의 임대사업자 등록증에 따르면, 청구법인은 2024.1.16. 쟁점주택을 양수하여 최초 임대사업자로 등록된 것으로 나타나며, 쟁점주택은 이 건 조합 및 청구법인의 임대사업자 등록증 모두 ‘건설임대주택’으로 등록된 것으로 나타난다.



(마) 쟁점주택 중 제101동 제802호 등기사항증명서의 내용은 아래와 같다.



＜쟁점주택 중 OOO 등기사항증명서 내용 중 발췌＞

○ ○ ○



(바) 행정안전부 지방세특례과-2102, 2022.9.21.자 예규 내용은 다음과 같다.



＜행정안전부 지방세특례과-2102, 2022.9.21. 내용 중 발췌＞

질의요지 : 재개발조합이 임대 목적으로 건설한 아파트를 준공 전에 포괄적 양수자 선정을 위한 입찰 절차를 통화여 포괄양수도 계약을 체결하고, 아파트 준공 후 임대사업자 지위와 함께 그 아파트를 임대목적물로 하여 장기 일반임대사업자등록(민간 건설임대주택)을 한 경우 「지방세특례제한법」제31조 제2항에 따른 감면 대상에 해당하는지 여부



답변 요지 : 재개발조합이 임대 목적으로 건설한 아파트를 준공 전에 포괄적 양수자 선정을 위한 입찰 절차를 통하여 포괄양수도 계약을 체결하고, 아파트 준공 후 임대사업자 지위와 함께 그 아파트를 임대목적물로 하여 장기일반임대사업자 등록을 한 경우에는 비록 민간건설임대주택으로 임대사업자등록을 하였다고 하더라도 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이므로 취득세 감면 대상에 해당하지 않음.





(사) 한편, 행정안전부 지방세특례제도과-1509, 2025.5.28.자 예규 내용은 다음과 같다.



＜행정안전부 지방세특례제도과-1509, 2025.5.28. 내용 중 발췌＞

＜질의요지＞

재개발조합이 건축하고 건설임대주택으로 등록한 아파트(이하  "쟁점 아파트”이라 함)를「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 임대사업자가 포괄양수하고 임대주택(임대사업자등록증 상 ‘건설임대’로 등록)으로 등록한 경우,「지방세특례제한법」(2024.12.31. 법률 제20632호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제31조 제2항에 따른 취득세 감면대상에 해당하는지 여부



＜회신내용＞

□「지방세특례제한법」제31조 제2항 본문에서는 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택에 대해서는 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다고 규정하고 있고,

○ 같은 조 제1항(이하  "쟁점 규정”이라 함)에서 임대사업자 범위를 「민간임대주택에 관한 특별법」(이하  "민간임대주택법”이라 함)에 따른 임대사업자로서 임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말하되,

○ 임대목적물이 2020년 7월 11일 이후 민간임대주택법(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말함) 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택, 같은 조 제6호에 따른 단기민간임대주택 또는 단기민간임대주택을 공공지원민간임대주택이나 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택이 아닐 것으로 규정하고 있습니다.



□ 먼저, 쟁점 아파트를 포괄양수한 임대사업자가 쟁점 규정에 따른 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 등록한 임대사업자에 해당하는지 살펴보겠습니다.

○ 쟁점 규정에 의하면 감면대상자인 임대사업자라 함은 ‘민간임대주택법에 따른 임대사업자로서 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 등록한 자’를 의미하고, 이때 감면대상이 되는 ‘임대목적물’에서 ‘민간임대주택법에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택’을 제외하고 있습니다.

- 민간임대주택법 제43조 제2항에서는 임대사업자가 임대의무기간 동안에도 일정한 절차를 거쳐 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도할 수 있도록 하면서, 이 경우 양도받는 자는 양도하는 자의 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 승계하도록 규정하고 있는바,

- 임대의무기간 중 건설임대사업자가 양수받는 임대사업자와 포괄양수계약을 체결하고 소유권 이전 절차를 완료하게 되면 양도인의 건설임대사업자 지위를 포괄 승계하면서 기존 유형 그대로 민간건설임대주택으로 양도되는 것으로(국토부 민간임대정책과- 5375, 2024.11.1.),

- 임대사업자가 건설임대주택을 다른 임대사업자에게 매각하였다고 하여 그 임대주택이 건설임대주택에서 매입임대주택으로 변경되는 것이 아니라고 할 것(대법원 2006.8.25. 선고 2006다14103 판결)입니다.



○ 아울러, 쟁점 규정을 개정하여 임대목적물에서 ‘민간임대주택법에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택’을 제외한 입법 취지를 살펴보면,

- 정부는 2020.7.10. 부동산대책에서 당시 주택시장의 과열 요인이 될 수 있는 아파트 민간매입임대 제도 폐지를 발표하고, 이에 대한 후속조치로서 민간임대주택법(아파트 민간매입임대주택 등록제도 폐지)과 「지방세특례제한법」(아파트 민간매입임대주택 감면 제외)을 개정하였습니다.

- 당시 민간임대주택법 개정의 취지가 매물잠김 등에 영향이 크지 않을 것으로 판단되는 민간건설임대주택(포괄양수도 포함)까지 등록임대주택에서 제외하고자 하는 것은 아니었으며(국토부 민간임대정책과- 5375, 2024.11.1.), 아파트 민간매입임대 등록제도가 폐지된 이후에도 민간임대주택법에 따라 법인이 건설임대주택(아파트)을 포괄 양수한 경우에는 이를 건설임대주택으로 보아 임대목적물 등록을 허용하고 있습니다.



○ 이상의 관련 법령 및 입법 취지를 살펴볼 때, 민간임대주택법에 따라 건설임대주택으로 등록된 쟁점 아파트를 임대사업자가 포괄양수한 경우 쟁점 아파트는 민간임대주택법에 따른 건설임대주택으로서, 쟁점 규정에서 규정하고 있는 임대목적물에서 제외되는 민간임대주택법에 따른 아파트를 임대하는 민간매입임대주택으로 보기 어려우며, 쟁점 아파트를 포괄양수한 임대사업자는 쟁점 규정에 따른 임대사업자에 해당한다고 판단됩니다.



□ 다음으로 재개발조합이 건축한 임대아파트를 포괄양수 계약으로 취득한 경우가 「지방세특례제한법」제31조 제2항에 따른 건축주로부터 공동주택을 최초로 ‘분양’받은 경우에 해당하는지 살펴보겠습니다.

○ ‘분양’의 개념에는 불특정 다수를 상대로 광고 등의 방법으로 매수하기를 원하는 사람을 모집한 후 건축물 중 일부를 쪼개어 판매하는 통상적인 의미의 일반분양뿐만 아니라, 특정인들을 상대로 정해진 규정이나 절차에 따라 건축물을 일괄해서 매도하는 특별분양이나 광고 등을 통한 일반경쟁입찰이 아닌 수의계약 방식을 통해 상대방을 정하여 건축물의 일부를 판매하는 형태의 임의분양 등 다양한 형태의 ‘분양’이 존재하므로 재건축임대주택과 같이 관계법령에 따라 임대주택을 공법인에게 일괄적으로 공급하는 것도 ‘분양’의 한 형태로 충분히 포섭할 수 있다(대법원 2012.5.9. 선고 2012두751 판결)할 것입니다.

○「지방세특례제한법」제31조 제2항에서 ‘최초로 분양받은 경우’를 취득세의 감면 요건으로 정하고 있는 취지를 살펴보더라도 신축 주택을 임대주택 시장의 민간임대주택으로 유입하기 위한 인센티브를 제공하는 것이므로, 신축 주택을 민간임대주택법에 따른 민간임대주택으로 등록한 이상 거래 방식에 관계없이 감면을 적용하는 것이 당초 감면 취지에 부합한다고 판단됩니다.



○ 따라서, 민간임대주택법에 따라 재개발조합의 건설임대주택을 포괄승계의 방식으로 최초로 취득한 경우,「지방세특례제한법」제31조 제2항에서 말하는 최초로 ‘분양’받은 경우에 해당한다고 볼 수 있습니다.





(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.



(가) 논의의 편의상 쟁점②에 관하여 먼저 살펴보면, 처분청은 쟁점주택이 민간매입임대주택에 해당할 뿐만 아니라, 청구법인이 쟁점주택을 분양받은 경우에도 해당하지 아니하므로, 「지방세특례제한법」제31조 제2항에 따른 감면을 적용할 수 없다는 의견이다.



그러나, 청구법인의 임대사업자등록증에서 장기일반민간임대주택(10년)인 쟁점주택의 주택 구분을 ‘건설’로 기재하고 있을 뿐만 아니라, 청구법인은 쟁점주택을 취득하면서 쟁점주택의 임대인의 지위(권리와 의무)를 포괄양수하였으므로, 청구법인이 취득한 쟁점주택은 건설임대주택에 해당한다고 할 것이다(대법원 2020.12.24. 선고 2020두48352 판결, 같은 뜻임).



뿐만 아니라, 「건축물의 분양에 관한 법률」제2조 제2호에서는 ‘분양’이란  "건축물 분양사업자가 건축하는 건축물의 전부 또는 일부를 2인 이상에게 판매하는 것을 말한다”고 규정하고 있는데, 이 건 조합은 쟁점주택 신축 전에 포괄양수자를 선정하기 위하여 입찰공고를 게시하였고, 청구법인은 그 입찰에 참여하여 이를 낙찰받은 후 민간임대주택법 제43조 제2항에서 정하는 방식에 따라 이 건 조합의 임대사업 중 ‘일부’를 포괄승계의 방식으로 이전받았으며(청구법인은 다른 법인들과 나누어 그 일부만을 승계받았다), 이 건 조합은 기타 일반분양분 아파트도 수인에게 판매하였을 것이므로, 이는 「건축물 분양에 관한 법률」이 정의한 분양의 개념(2인 이상에게 판매하는 것)에 정확히 부합한다고 할 것이다.



아울러, 행정안전부는 청구법인과 같은 임대사업자가 재개발조합 등이 건축한 임대주택을 포괄양수해서 임대목적물로 등록한 경우 그 포괄양수인도 임대사업자에 해당하고, 해당 주택은「지방세특례제한법」제31조 제2항에서 규정하고 있는 임대주택에 해당한다고 해석하기도 하였는바(지방세특례제도과-1509, 2025.5.28.), 청구법인이 취득한 쟁점주택이 「지방세특례제한법」제31조 제2항의 적용대상이 아니라고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.



(나) 한편, 쟁점②가 인용되어 쟁점①은 심리의 실익이 없으므로 그 심리를 생략한다.





4. 결 론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞ 쟁점주택 내역 및 취득세 등 신고ㆍ납부내역

(단위 : 원)

○ ○ ○



＜별지2＞ 관련 법령



(1) 지방세특례제한법(2024.12.31. 법률 제20632호로 개정되기 전의 것)



제31조(임대주택 등에 대한 감면) ① 「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자 및 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자[임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물{2020년 7월 11일 이후 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위하여 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 " 장기일반민간임대주택" 이라 한다) 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이거나 같은 조 제6호에 따른 단기민간임대주택(이하 이 조에서 " 단기민간임대주택" 이라 한다)인 경우 또는 같은 법 제5조에 따라 등록한 단기민간임대주택을 같은 조 제3항에 따라 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택이나 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다}로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말하되, 토지에 대해서는 「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인을 받은 날 또는「건축법」 제11조에 따른 건축허가를 받은 날부터 60일 이내로서 토지 취득일부터 1년 6개월 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 " 임대사업자" 라 한다]가 임대할 목적으로 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 건축하는 경우 그 공동주택에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다. 다만, 토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우는 제외한다.

1. 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다.

2. 「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따라 10년 이상의 장기임대 목적으로 전용면적 60제곱미터 초과 85제곱미터 이하인 임대주택(이하 이 조에서 " 장기임대주택" 이라 한다)을 20호(戶) 이상 취득하거나, 20호 이상의 장기임대주택을 보유한 임대사업자가 추가로 장기임대주택을 취득하는 경우(추가로 취득한 결과로 20호 이상을 보유하게 되었을 때에는 그 20호부터 초과분까지를 포함한다)에는 취득세의 100분의 50을 경감한다.

② 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제1호에 따른 준주택 중 오피스텔(그 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서 " 오피스텔" 이라 한다)을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택 또는 오피스텔에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다. 다만, 「지방세법」 제10조의3에 따른 취득 당시의 가액이 3억원(「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권은 6억원으로 한다)을 초과하는 경우에는 감면 대상에서 제외한다.

1. 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택 또는 오피스텔을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다.

2. 장기임대주택을 20호(戶) 이상 취득하거나, 20호 이상의 장기임대주택을 보유한 임대사업자가 추가로 장기임대주택을 취득하는 경우(추가로 취득한 결과로 20호 이상을 보유하게 되었을 때에는 그 20호부터 초과분까지를 포함한다)에는 취득세의 100분의 50을 경감한다.



(2) 민간임대주택에 관한 특별법



제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1.  "민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하  "준주택”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

2.  "민간건설임대주택”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.

가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택

나. 「주택법」 제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제15조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니하여 임대하는 주택

3.  "민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5.  "장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택[아파트(「주택법」 제2조 제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다]을 말한다.

7.  "임대사업자”란 「공공주택 특별법」 제4조 제1항에 따른 공공주택사업자(이하  "공공주택사업자”라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다.



제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하  "시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다. 다만, 외국인은 국내에 체류하는 자로서 「출입국관리법」 제10조의 체류자격에 따른 활동범위를 고려하여 대통령령으로 정하는 체류자격에 해당하는 경우에 한정하여 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

1. 삭제 ＜2018. 1. 16.＞

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택



43조(임대의무기간 및 양도 등) ① 임대사업자는 임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점부터 제2조 제4호 또는 제5호의 규정에 따른 기간(이하  "임대의무기간”이라 한다) 동안 민간임대주택을 계속 임대하여야 하며, 그 기간이 지나지 아니하면 이를 양도할 수 없다.

② 제1항에도 불구하고 임대사업자는 임대의무기간 동안에도 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고한 후 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도할 수 있다. 이 경우 양도받는 자는 양도하는 자의 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 승계하며, 이러한 뜻을 양수도계약서에 명시하여야 한다.

③ 임대사업자가 임대의무기간이 지난 후 민간임대주택을 양도하려는 경우 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 한다. 이 경우 양도받는 자가 임대사업자로 등록하는 경우에는 제2항 후단을 적용한다.

④ 제1항에도 불구하고 임대사업자는 임대의무기간 중에도 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 임대의무기간 내에도 계속 임대하지 아니하고 말소하거나, 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 허가를 받아 임대사업자가 아닌 자에게 민간임대주택을 양도할 수 있다.

1. 부도, 파산, 그 밖의 대통령령으로 정하는 경제적 사정 등으로 임대를 계속할 수 없는 경우

2. 공공지원임대주택을 20년 이상 임대하기 위한 경우로서 필요한 운영비용 등을 마련하기 위하여 제21조의2 제1항 제4호에 따라 20년 이상 공급하기로 한 주택 중 일부를 10년 임대 이후 매각하는 경우

3. 제6조 제1항 제11호에 따라 말소하는 경우

⑤ 임대사업자가 제2항에 따라 임대의무기간 동안 다른 임대사업자에게 민간임대주택을 양도하기 위하여 신고하거나 제3항에 따라 임대의무기간이 지난 후 공공지원민간임대주택을 양도하기 위하여 신고하는 경우 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 그 내용을 검토하여 이 법에 적합하면 신고를 수리하여야 한다.

⑥ 임대사업자는 제3항에 따라 신고된 장기일반민간임대주택과 제5항에 따라 신고가 수리된 공공지원민간임대주택을 양도할 수 있다.



(3) 민간임대주택에 관한 특별법 시행령



제4조(임대사업자 등록 및 변경신고 등) ① 법 제5조 제1항 단서에서  "대통령령으로 정하는 체류자격”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 체류자격을 말한다.

1. 「출입국관리법 시행령」 별표 1의2 제24호(마목 및 아목은 제외한다)에 따른 거주(F-2) 체류자격

2. 「출입국관리법 시행령」 별표 1의2 제26호에 따른 재외동포(F-4) 체류자격

3. 「출입국관리법 시행령」 별표 1의2 제27호에 따른 결혼이민(F-6) 체류자격

4. 「출입국관리법 시행령」 별표 1의3에 따른 영주(F-5) 체류자격

② 법 제5조 제1항에 따라 임대사업자로 등록할 수 있는 자는 다음 각 호와 같다. 이 경우 2인 이상이 공동으로 건설하거나 소유하는 주택의 경우에는 공동 명의로 등록해야 한다.

1. 민간임대주택으로 등록할 주택을 소유한 자

2. 민간임대주택으로 등록할 주택을 취득하려는 계획이 확정되어 있는 자로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자

가. 민간임대주택으로 등록할 주택을 건설하기 위하여 「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인(이하  "사업계획승인”이라 한다)을 받은 자

나. 민간임대주택으로 등록할 주택을 건설하기 위하여 「건축법」 제11조에 따른 건축허가(이하  "건축허가”라 한다)를 받은 자

다. 민간임대주택으로 등록할 주택을 매입하기 위하여 매매계약을 체결한 자

라. 민간임대주택으로 등록할 주택을 매입하기 위해 분양계약을 체결한 자로서 다음의 어느 하나에 해당하는 자

1) 등록 신청일을 기준으로 분양계약서에 따른 잔금지급일이 3개월 이내인 자

2) 등록 신청일이 분양계약서에 따른 잔금지급일 이후인 자

3. 민간임대주택으로 등록할 주택을 취득하려는 제2호 외의 자로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자

가. 「주택법」 제4조에 따라 등록한 주택건설사업자

나. 「부동산투자회사법」 제2조제1호에 따른 부동산투자회사(이하  "부동산투자회사”라 한다)

다. 「조세특례제한법」 제104조의31 제1항에 해당하는 투자회사(이하  "투자회사”라 한다)

라. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제18항에 따른 집합투자기구(이하  "집합투자기구”라 한다)

마. 소속 근로자에게 임대하기 위하여 민간임대주택을 건설하려는 고용자(법인으로 한정한다)

4. 삭제 ＜2018. 7. 16.＞



(4) 건축물의 분양에 관한 법률



제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2.  "분양”이란 분양사업자가 건축하는 건축물의 전부 또는 일부를 2인 이상에게 판매하는 것을 말한다. 다만, 「건축법」제2조 제2항에 따른 건축물의 용도 중 둘 이상의 용도로 사용하기 위하여 건축하는 건축물을 판매하는 경우 어느 하나의 용도에 해당하는 부분의 바닥면적이 제3조 제1항 제1호에서 정한 규모 이상에 해당하고 그 부분을 1인에게 판매하는 것은 제외한다.