심판청구를 기각한다.

1. 처분개요



가. 청구인은 2016.6.20. 취득한 대전광역시 유성구 OOO 토지 208.3㎡ 및 건물 909.41㎡(이하  "쟁점부동산”라 합니다)를 2022.12.9. A 주식회사(이하  "양수법인”이라 한다)에 매매가액 OOO원에 양도하였다.



나. 청구인은 2023.2.28. 양도소득세 예정신고시 쟁점부동산의 취득가액에 리모델링 공사비 OOO원(이하  "쟁점금액”이라 한다)을 포함하여 양도소득금액 OOO원을 산정하였다.



다. 처분청은 2024년 9월 중부지방국세청장의 종합감사결과 지적에 따라 2025.2.26.부터 2025.3.17.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여, 청구인이 리모델링 공사 관련 공사계약서 및 대금지급 금융증빙만을 제출하였을 뿐,「소득세법 시행령」제67조에 따른 쟁점부동산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 비용으로 볼 수 있는 증빙을 제시하지 못하였다 하여 쟁점금액이 자본적지출에 해당하지 아니한다고 판단한 후, 아래 ＜표1＞과 같이 쟁점금액을 필요경비(취득가액)에서 제외하여 2025.5.1. 청구인에게 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.



＜표1＞ 양도소득세 신고 및 경정내역

○○○



라. 청구인은 이에 불복하여 2025.6.17. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구인 주장 및 처분청 의견



가. 청구인 주장



(1) 청구인은 쟁점부동산을 2022.12.9. 양수법인에게 매매가액 OOO원에 양도한 후, 양도소득세 예정신고시 취득금액을 계산하면서 당초 쟁점부동산 취득가액인 OOO원에 OOO건설 주식회사(이하  "시공사”라 한다)가 시공한 리모델링 공사 비용인 쟁점금액(OOO원, 부가가치세 제외)을 더하여 양도차익을 산정하였는바, 처분청은 쟁점금액이 자본적지출 금액에 해당함에도 아무런 법적 근거없이 필요경비 공제를 부인하였으므로 이는 부당하다.



청구인은 세무조사 당시 처분청에 리모델링 공사와 관련하여 일체의 자료(공사도급계약서, 공사내역서, 세금계산서, 금융이체내역 등)를 성실하게 제출하여 취득가액에 해당된다는 사실을 적극적으로 입증하였음에도 처분청은 이를 인정하지 아니하였다.



(2) 처분청은 답변서에서 ① 청구인이 세무조사시 제출한 서류만으로는 자본적지출에 대한 입증이 되지 아니하고, ② 리모델링 공사기간 중 외관상 변화가 전혀 없었으며, ③ 리모델링 공사기간 중 양도행위가 이루어져 공사가 중단되었고, ④ 임차인이 답변한 공사의 수준은 벽지와 시트 교체 정도로 보여지며, ⑤ 쟁점부동산이 양도 후 모텔사업에 사용되지 아니하고 재개발을 위하여 방치되었다는 이유 등을 들어 청구주장을 배척하였으나, 청구인이 리모델링 공사 대금을 지급하고 전자세금계산서를 수수한 점, 공사도급계약에 따라 쟁점금액 전액을 시공사에게 지급한 사실이 금융거래자료로 확인되는 점, 쟁점부동산의 양도사유는 통상적 거래에 의한 것이 아닌 특이사유(개발사업)로 인하여 단기간 내에 고가로 양도된 점, 인테리어 공사내역서에 자본적지출 공사로 확인되는 점, 임차인이 확인서에서 실제 공사가 있었다고 진술한 점, 양도일 이후 2년이 지났음에도 세무조사 당시 현장사진에서 일부 자본적지출 공사내역이 확인되는 점,「국세기본법」제81조의6에 따른 세무조사 대상자 선정의 위법이 있는 점 등이 확인되고 있으므로 이 건 양도소득세 부과처분은 부당하다.



(가) 쟁점부동산은 인접한 B 부지개발 프로젝트 사업 시행사의 사정으로 단기간 내에 고가의 유리한 조건으로 양수법인에 양도되었다.



1) 쟁점부동산에 인접한 B은 107년의 장구한 역사를 자랑하는 대전광역시의 랜드마크 호텔로서 한해 유성관광특구 방문객이 1,000만명을 웃도는 전국적인 호황에 편승하여 엄청난 영업이익을 누려왔으나, 변화하는 관광수요와 트랜드, 경제불황이 맞물리면서 방문객이 급속도로 감소하여 불꺼진 유성을 살리기 위한 특단의 대책이 필요하다는 진단 아래 B에 대한 매각설이 지난 5년간 꾸준히 이어져 오던 중 B은 2024년 3월을 마지막으로 영업을 마무리하였고, 마침내 아래 ＜표2＞와 같이 본격적인 개발프로젝트에 돌입하게 되었다.



＜표2＞ B 부지개발 프로젝트 주요 내용

○○○



2) B 바로 옆에 위치한 쟁점부동산[토지(대지) 208.3㎡, 건물 909㎡, 지하 1층 위락시설, 지상 1층~ 6층 숙박시설(여관)]은 위 B과 연접하여 자리하고 있기 때문에 B 부지 개발프로젝트에 반드시 포함되어야 할 부동산인바, 쟁점부동산의 취득자는 대전광역시 유성구 OOO에 소재하는 양수법인(A 주식회사)으로, 쟁점부동산에 대한 리모델링 공사기간 중(2022.10.15.~ 2022.11.25.)인 2022.11.10. 갑작스럽게 양도가액을 OOO원으로 하는 부동산매매계약이 체결되었고, 청구인은 매매계약 체결 당일 계약금으로 통상 양도금액의 10%가 아닌 OOO원(양도가액의 26% 상당)을 수령하였으며, 잔금 또한 통상 2~ 3개월의 기간이 소요됨에도 특이하게 1개월 이내인 2022.12.9.에 전액(잔금) 지급받은 후, 쟁점부동산이 양도되었다.



양수법인이 청구인에게 고액의 계약금을 지급한 사유는 위 매매계약이 중도에 취소될 수 없도록 중도금 명목을 포함한 액수로 추정할 수 있고, 이는 만약 중도에 계약이 취소될 경우 사업시행이 불가능하다는 판단으로 중도해약 방지를 위하여 고액의 계약금을 지급한 것이라 보여진다.



시행사의 인허가 과정에서 쟁점부동산을 포함하지 아니하고서는 사업시행 관련 인가가 상당히 불리하다는 판단을 한 것으로 보이고, 청구인은 쟁점매매계약서 작성일부터 7일 전에야 부동산중개인을 통하여 쟁점부동산 관련 양도 권유를 받게 된 것이다(아래 ＜표3＞의 진행경과 참조).



＜표3＞ 쟁점부동산 매매계약 진행 경과

○○○



위와 같이 양수법인은 청구인에게 2022.12.9. 잔금을 지급하였고, 같은 날 지역신문 등에 B이 매각되었다는 기사가 대대적으로 나왔다(OOO 제하의 기사).



3) 쟁점부동산 양도 당시(2022년 11월) 주변 부동산의 호가 시세에 비추어 쟁점부동산의 시세는 약 OOO원(평당 약 OOO원)정도였지만 취득자가 OOO원(평당 약 OOO원)을 제시하여, 고액의 양도소득세가 예상되었음에도 청구인에게 유리하다고 판단하여 건물(모텔)의 리모델링 공사비를 지출하고도 고액의 이익을 볼 수 있다고 판단한 후, 쟁점부동산을 양도하게 되었고, 이러한 결정은 자본주의 경제하에서 청구인의 당연한 권리라고 생각한다.



(나) 쟁점부동산 건물(모텔)의 노후화로 대규모 리모델링 공사가 필요하다고 판단하여 실질적으로 리모델링 공사를 하였다.



쟁점부동산은 2001.5.17. 소유권보존 등기를 경료한 건물로 22년이 된 매우 노후한 건축물이고, 건물 노후화는 시간이 지남에 따라 구조적 결함, 재료 열화, 안전성 저하로 인해 발생하는데, 주요 원인은 구조적 결함, 환경적 요인, 관리 부족 등이라 할 수 있으며, 이에 따라 각 지방자치단체는 앞다투어 현재 노후 건축물을 30년에서 각 20년으로 낮추는 등의 조례를 발의하고 있다.



1) 청구인은 2022.10.14. 시공사와 리모델링 공사 계약을 체결하였는바, 처분청은 양도소득세 예정신고 시에 제출된 공사원가명세서상 금액과 차이가 난다고 주장하지만 청구인이 제출한 공사원가명세서는 "견적서”를 제출한 것이고, 조사시 제출한 공사원가명세서는  "계약내역서”로 금액이 차이가 나는 것은 당연하다.



청구인이 시공사와 계약한 쟁점부동산에 대한 리모델링 공사내역은 아래 ＜표4＞와 같은바, 동 리모델링 공사계약에 따라 시공사의 리모델링 공사가 착수되고, 실제 진행이 되었으며, 쟁점부동산의 입주 업종은 모텔과 유흥주점으로 여성인 청구인이 왕래하기엔 어려운 곳이어서 시공사로부터 공사진행과 관련하여 수시로 구두보고를 받았고, 고층인 6층부터 순차적으로 빠르게 진행되고 있고 현재 공사가 원만하게 잘 진행되고 있다는 보고에 청구인은 만족할 수 밖에 없었으며, 청구인은 건설 관련 전문가가 아니어서 시공사의 공사에 대한 성실 이행 여부나 적정한 공사금액 견적 및 투입 여부를 자세히 짚어내거나 잘 알 수 있는 상황은 아니었다.



＜표4＞ 리모델링 공사 계약 주요내용

○○○



2) 청구인은 2022.11.11. 고민 끝에 한창 공사 중이던 시공사에 쟁점부동산 매각사실을 통보하였고, 시공사 대표는 아주 당황해 하였으며, 청구인 역시 갑작스러운 매각 사실에 제대로 정신이 없는 상황이었지만 사실을 정확히 전달하고 방법을 모색하고자 시공사 대표를 달래고 설득하였고, 이에 시공사는 리모델링 공사 진행이 상당한 공정에 이르러 곧 마무리에 돌입할 정도이므로 청구인의 쟁점부동산이 공사 중에 매각된다 하더라도 계약해지는 물론 공사금액에 대한 조정이 없음을 명확히 하였으며, 청구인은 이를 다툴 명분이 없어 공사계약 사항의 전부를 수용하기로 하였다.



3) 시공사는 2022.11.25. 청구인에게 쟁점부동산 리모델링 공사대금(부가가치세 포함)을 청구(세금계산서)하였고, 이에 청구인은 2022.11.30. 시공사의 OOO은행 계좌(940039493*****)로 4회에 걸쳐 OOO원을 이체송금하였다.



(다) 청구인은 세무조사 시 리모델링 공사 관련하여 ① 시공사와 체결한 건설공사 도급계약서, ② 전자세금계산서, ③ 공사대금 지급증빙(은행이체 확인서 등) 등을 모두 제출함에 따라 처분청에서 정상적인 거래로 인정받았다.



(라) 쟁점부동산 건물에 대한 리모델링 공사는 모두 자본적지출에 해당한다.



쟁점부동산 건물에 대한 리모델링 공사는 청구인과 시공사 간에 합의한 공사내역서상 공종별집계표에 확인되는 바와 같이 모두 자본적지출에 해당하는 공사(조적공사, 석공사, 타일공사, 금속공사, 창호공사, 유리공사, 도장공사, 철거공사 등)로 이는「소득세법 시행령」제67조의 규정에 의거 내용연수를 증가시키면서 쟁점부동산 건물의 가치를 증가시키는 공사임에도 수익적 지출에 해당한다는 처분청의 주장은 부당하고, 더구나 처분청은 청구인에게 세법지식의 이해가 부족하다며 청구인을 무시하는 등 비상식적인 주장을 하고 있다.



세무조사 당시 처분청은 양도소득세 예정신고 시 필요경비로 공제된 쟁점금액에 대하여 공사내역서 등을 근거로 자본적지출 여부를 판단하여야 함에도 이에 대한 판단은 하지 않고, 근거도 없이 청구인이 입증하지 못한다는 사유로 이를 부인하였으며, 당시 청구인은 조사담당 공무원에게 상기 상황(정황)을 자세히 설명하였으나 이를 인정하려 하지 않았고, 청구인의 노후건물의 자산가치 증가를 위한 리모델링공사라는 주장과 입증을 전면 외면하면서 줄곧 쟁점부동산에 실제 공사가 진행된 것이 맞느냐는 말만을 몇 번을 걸쳐 물었으며, 매각할 부동산을 누가 리모델링을 하느냐는 식의 질문과 대답을 반복했다.



1) 청구인의 쟁점부동산은 신축한지 22년 된 노후건물로 노후건물 리모델링 공사와 관련하여 발생한 일괄비용은 자산의 가치를 증대시키는데 충분한 반영구적인 자본적지출에 해당한다고 할 것이다.



또한 청구인이 쟁점부동산에 대한 리모델링 공사를 결심하게 된 계기 중 하나는 쟁점부동산(C) 인근에 위치한 앙상블 모텔이 OOO원을 들여 건물 전체를 대대적으로 리모델링을 하였다는 사실도 크게 작용하였던 것이다.



이처럼 자본적지출은 자산의  "용도변경이나 개량 또는 이용편의를 위해서 지출한 비용”으로, 이로 인해  "해당 부동산을 사용할 수 있는 기간이 늘어나거나 자산가치가 현실적으로 증가”해야 하는 두가지 요건을 모두 충족해야 하는데, 쟁점부동산에 대한 리모델링 공사를 진행한 시공사측이 6층 객실부터 1층까지 전층 객실 및 복도에 설치된 샤시의 전부 교체공사를 비롯한 건물 전층의 낡은 내.외벽 보강 공사 및 부분 교체공사 그리고 전층 배관 공사와 건물 난방 교체 공사를 비롯한 내부시설 계량 공사 등을 시공하였으므로 이는「소득세법 시행령」제67조의 규정에 의거한 쟁점부동산의 내용연수를 증가시키면서 건물의 가치를 증가시키는 공사임에도, 처분청은 이를 단지 정상적인 수선 또는 부동산 본래의 기능을 유지하기 위한 경미한 계량에 해당하는 수익적 지출에 해당한다고 판단하였으나, 이는 세법에서 구체적으로 설명하고 있는  "멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구”라고 분명 명시하고 있는 바와 같이 쟁점부동산 건물은 노후로 인하여 상당부분 훼손되어 자산의 본래 용도로의 이용가치가 현저히 떨어졌기에 이를 리모델링 공사를 통하여 자산적 가치를 증가시키는 공사를 진행한 것으로 이는 명백한 자본적지출에 해당한다고 보아야 한다.



2) 청구인은 쟁점부동산의 소유주 겸 임대인으로서 쟁점부동산의 리모델링 공사는 오직 청구인의 임대업 필요에 따른 공사이다.



그럼에도 처분청은 쟁점부동산의 리모델링 공사를 임대인인 청구인의 공사가 아닌 단지 임차인인 세입자의 숙박업에 필요한 공사로서 천정몰딩, 바닥공사, 도배. 장판. 화장실 타일 및 변기교체 공사 등의 임차인의 숙박업에 필요한 정상적인 수선 및 본래의 기능유지를 위한 경미한 계량 또는 순수 인테리어 공사비용 및 비품설치 또는 교체비인 수익적 지출로 판단하는 오류를 범하였다.



3) 쟁점부동산에서 영업활동을 영위하던 임차인(C) D이 2022.10.14. 작성한 확인서에 따르면  "2022.10.15.부터 2022.11.25,까지 건물 내부 수리 및 리모델링 공사로 인하여 다소의 영업에 지장이 있더라도 감수하겠다”고 하였고, 동 확인서에서 청구인은 이로 인해 발생할 수 있는 영업손실 및 불편에 대하여 임차료 OOO원을 감면하여 주기까지 하였다.



이처럼 임차인의 확인서를 통해 실제 공사사실이 확인되었음에도 처분청은 거래사실확인서를 통해 임차인에게 다시금 사실관계를 재확인하고, 도배, 장판 공사(수익적 지출)를 임차인이 한 것인지에 대하여 물었는데, 이에 대하여 임차인은 ‘위층부터 한 층씩 차례로 공사를 한 것이 사실이고, 도배 장판은 임차인인 우리가 한 것이 맞습니다’라고 답한 사실이 있다.



이처럼 통상 임대건물에 하자가 발생할 경우 도배, 장판, 화장실 타일교체, 천정 몰딩 등 단순 부속설비 교체 등은 임차인이 수리하는 것이고, 건물의 구조적인 부분에 해당하는 인테리어 관련 공사인 전층 객실 및 복도에 설치된 샤시 전부 교체공사를 비롯한 건물 전층 낡은 내 외벽 보강공사 및 부분 교체공사, 전층 배관공사와 건물 난방교체 공사를 비롯한 내부시설 계량공사 등은 응당 임대인이 부담하여야 마땅한 것이다.



사정이 이러함에도 처분청은 단지 세입자가 보수한 도배를 한 정황 등 숙박업에 필요한 정상적인 수선 등의 사례를 채집한 조사결과 만으로 청구인의 노후화된 쟁점부동산의 자산적 가치를 증가시키기 위한 리모델링 공사에 대하여 민간건설공사 표준도급계약서, 계약내역서, 세금계산서, 이체확인증 및 시공사 거래사실 확인자료 등이 제출되었음에도 이를 인정하지 않는 것은 부당하다.



아울러, 통상 임차한 건물이 하자(보수 및 수리할 부분)가 발생할 경우 도배, 베개 및 침대시트 교체 등 소모품에 대하여는 당연히 임차인이 부담하지만 구조적인 부분(창호공사 및 바닥공사 등)의 공사는 임대인이 부담하는 것이 극히 상식적이고 관례임에도 처분청에서는 이를 인지하지 못하고 임차인이 도배공사를 하였다는 사실만으로 이미 제출한 공사내역서와 대금지급자료 등에 의해 확인되는 리모델링 공사를 전부 인정하지 않는 것은 부당하다.



(마) 세무조사 기간 중(2025.2.26.~ 2025.3.17.)에 촬영한 현장사진과 같이 양도일로부터 2년이 지났고, 양수법인이 쟁점부동산에 건물을 신축할 목적으로 취득하였기 때문에 건물을 모텔로 사용하지 않고 방치되어 일부 훼손된 것이 당연함에도 처분청은 양도 후 모텔사업에 사용하지 아니하고 재개발을 위하여 방치하였으므로 가치를 증대 시킨 것으로 볼 수 없다는 터무니없는 의견을 제시하고 있는바, 양도일 이후 양수법인이 모텔사업에 사용하지 아니하고 철거용으로 방치하였다 하여 자본적지출로 볼 수 없다는 처분청의 의견은 합리성이 결여된 것이다.



(바) 청구인은 당초 세무조사 대상자 선정 과정의 위법성 등을 확인하고자 처분청에  "세무조사결과 보고서(복명서)” 등을 요구하였으나 처분청은 이를 거절하였다.



처분청은 당초 청구인에 대한  "조사사유”란에「국세기본법」제81조의5 제3항 제4호의 규정에 따라  "신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우”에 해당하여 세무조사 대상자로 선정하였다고 하면서 2025.1.23. 세무조사 사전통지를 하였는바, 세무조사 착수시 조사담당 공무원은 청구인에게 조세탈루를 인정할 만한 구체적이고 명백한 자료를 제시하지 못하였고, 이에 대한 설명도 부족하여 이를 확인하고자 2025.7.21. 세무조사결과 보고서(복명서) 등에 대한 정보공개요청을 하였으나, 2025.7.31. 처리담당자(E)로부터 공개거부 전화를 받았으며, 이에 청구인은 다시금 담당자에게 공개불가 사유를 적시한 서면통보를 요구하였고, 이에 처분청은 처분청을 방문한 청구인에게 2025.7.31.자 정보비공개 결정통지서를 교부하여 주었는데, 여기에는  "귀하께서 요청한 내용은 공공기관의 정보공개에 관한 법률 제9조[비공개 대상 정보]에 해당하는 자료로 비공개 대상임을 양해하여 주시기 바랍니다”라는 내용이 기재되어 있었다.



그러나 처분청으로부터 세금 폭탄을 맞은 청구인 입장에서는 응당 히 사건 심판청구의 자료가 되는 조사보고서 내용을 수긍할 수 있는지 정도의 판단 근거는 당연히 제공하여야 한다고 생각하고, 청구인은 조사결과보고서 등을 통하여 세무조사 전(前) 조세탈루 사실을 입증할 만한 명백하고 구체적인 자료가 있었는지에 대하여 확인할 필요가 있다고 생각한다.



결국 위와 같은 처분청의 행정처분은「국세기본법」제81조의3의 규정에 정한  "납세자의 성실성 추정”에도 위배될 뿐만 아니라 같은 법 제81조의 2의 규정에 정한 납세자권리가 부당히 침해되어 위법하므로 당연히 취소되어야 한다.



나. 처분청 의견



(1) 양도소득세 관련 필요경비에 있어 리모델링 공사 관련 비용은 자본적지출을 한 경우에 한하여 공제하는 것이다.



「소득세법」제97조 제1항에는  "거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.”고 규정되어 있고, 제2호에는  "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이 규정되어 있으며, 같은 법 시행령 제163조 제3항에는  "법 제97조 제1항 제2호에서 ‘자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것’이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.”고 하면서 제1호에는  "제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적지출액”, 제2호에는  "양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용”이 규정되어 있고, 같은 법 시행령 제67조 제2항에는  "제1항에서 ‘자본적 지출’이라 함은 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각 호의 1에 규정하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다.”고 하면서 제1호에서  "본래의 용도를 변경하기 위한 개조”, 제2호에서  "엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치”, 제5호에서  "기타 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것”을 규정하고 있다.



대법원은 필요경비가 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증토록 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다고 판시(대법원 2009.3.26. 선고 2007두22955 판결 참조)하였고, 국세청 유권해석(서면-2016-부동산-6092, 2017.8.14.)에서는 자산의 양도차익을 계산할 때 공제하는 필요경비 중  "자본적지출액 등”에 대하여  "양도하는 자산의 내용연수를 연장시키거나 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비이거나 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용을 말하는 것으로, 귀 질의의 장판, 도배, 씽크대 교체비용은 자본적 지출에 해당한다고 볼 수 없다.”고 하였는바, 이에 비추어 볼 때 자산의 양도차익 계산 시 공제하는 자본적지출액 등은 자산의 내용연수 연장ㆍ가치 증가를 위해 지출하거나, 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용 등을 말하고, 이러한 용도로 비용이 실제 지출되었다는 데 대한 입증책임을 납세자에게 지우는 것이 합리적이라 할 것이다.



이 건에 있어 쟁점금액의 자본적지출 해당 여부는 청구인의 입증책임 여하에 달려있다 할 것인바, 처분청은 조사기간 동안 충분한 소명의 시간을 주었고, 처분청 입장에서도 거래상대방 등 주변의 탐문 과정을 통해 자본적지출로 볼만한 증언이나 증빙을 수집하려 노력을 하였으나, 결과적으로 확인된 사실들은 사실상 공사가 어느 정도 진행 된 후 중단되었는지, 공사의 구체적 내용이 무엇인지조차 청구인이 정확히 알지 못하는 상태에서 양도소득세를 신고한 것으로 파악되었고, 청구인은 추가적인 사실관계나 증명서류를 제출하지 못한 상태에서 실제 공사를 하였고 대금도 지급하였으니 양도소득세 계산 시 필요경비로 인정하여 달라는 호소만 거듭하였다.



처분청은 위에서 언급한 법리에 근거하여 공사계약서와 대금증빙만으로 쟁점금액을 자본적지출이라고 볼 수 없다고 판단하였고, 쟁점금액을 필요경비 부인하였다.



(2) 처분청은 양도소득세 조사 당시 쟁점금액의 적정성 여부 확인을 위해 청구인에게 실제 공사사실을 확인할 수 있는 증빙(세부공사내역, 현장사진, 대금증빙 등)의 제출을 요구하였고, 쟁점금액 관련 세금계산서를 발급한 시공사와 쟁점부동산 건물에서 양도 직전까지 3년여간 영업활동을 영위해온 임차인(C) 등에「소득세법」제170조(질문ㆍ조사)에 따라 거래사실 확인 관련 협조요청 공문을 송달하였으며, 현장확인을 통해 쟁점부동산 건물의 상태를 확인하였다.



이에 청구인은 공사계약서(이 건 심판청구에서 제출한 내역과 동일함)와 금융증빙(입금증)을 제출하였으며, 이를 통해 실제 공사행위가 양도시기 직전에 있었으며 쟁점금액을 지급한 사실이 있다고 하였고, 조사 기간 중 처분청에 출석하여 공사가 이루어지는 기간 동안에 실제 공사현장(모텔)에 가보지 않아 어떤 공사를 얼마만큼 하였는지에 대하여 확인해 보지는 않았으나, 공사업체와의 오랜 신뢰 관계가 있던 상태에서 갑작스럽게 양수법인이 나타나 높은 가격으로 매각결정이 이루어짐에 따라 기 계약한 공사대금 지급을 계약서 내용대로 이행하였다고 답변하였다.



이에 처분청은 시공사에 거래사실확인서를 송달하였는바, 시공사의 대표자인 F은 공사예정표에 따라 필요한 원자재 발주 및 구입을 하여 리모델링 공사를 진행하던 중 청구인으로부터 쟁점부동산의 양도가 있을 것이라는 통보를 받고 공사를 중단하였다는 사실확인서를 제출하였고, 또한 처분청은 쟁점부동산 건물에서 실제 영업활동을 영위하던 임차인(C)에게 인테리어 공사 여부 및 공사 내용 등에 관한 거래사실확인서를 송달하였는바, C의 G 대표는 모텔 특성 상 야간에 영업활동이 이루어지므로 주로 낮 시간을 이용해 공사를 하였으며, 도배 및 침대와 배게 시트 구입 및 교체를 본인이 직접하였다는 거래사실확인서를 이메일로 회신하였다.



처분청은 위 조사결과에 따라 공사기간 중 쟁점부동산 건물의 외관상 변화가 전혀 없는 점, 어떤 공사를 하였는지 청구인이 정확히 알지 못하는 점, 공사 진행 중 양도행위가 이루어져 공사가 중단된 점, 임차인이 답변한 공사의 수준은 벽지와 침대시트 교체 정도로 보이는 점, 양도 후 쟁점부동산 건물이 모텔사업에 사용되지 않고 재개발을 위해 방치되고 있는 점으로 보아 쟁점금액이 건물의 가치를 증대시킨 것과 관련된 것이라고 볼 수 없는 점, 모텔업계의 특성 상 손님들의 요구를 충족시키기 위해 건물의 개량 및 용도변경 수준의 대수선이 아닌 분위기에 변화만 주는 수익적 지출 수준의 벽지 교체 정도만을 한 것으로 보이는 점 등을 고려하여 쟁점금액이 쟁점부동산 건물의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출된 비용으로 보지 않았다.



(3) 청구인은 자본적지출에 대한 입증으로 공사계약서와 이체확인서 외에 자본적지출로 인정할 수 있는 구체적 증빙을 제시한 바 없어 쟁점금액을 쟁점부동산 건물의 필요경비로 인정하기는 어렵다.



청구인이 제출한 심판청구이유서상 제출목록 8건을 보면 처분청에서 세무조사 결과를 통지한 내역과 조사과정에서 제출하였던 금융증빙(이체확인서), 공사도급계약서, 건물등기사항전부증명서 등에 불과함을 알 수 있고, 조사과정에서 제시하지 않았던 새로운 증빙은 없으며, 더욱이 자본적지출임을 입증할 수 있는 추가적인 증빙을 제시하지 않으면서 처분청이 법적 근거없이 쟁점금액을 부인하였다고 주장하고 있다.



청구인이 제시한 민간건설공사 표준도급계약서와 계약내역서에 첨부된 공사원가계산서 오른쪽 상단을 보면 도급금액인 OOO원(쟁점금액에 부가가치세 포함)으로 작성되어 있으나, 처분청이 이 건 심판청구 답변서에 첨부한 증빙 중 청구인이 양도소득세 신고서 제출 당시 첨부한 공사원가명세서의 오른쪽 상단 금액을 보면 468,485,837원으로 심판청구에 제출한 원가 금액과 상이한 것을 알 수 있고, 또한 공사명세서 상 견적서에 철거, 방수, 창호, 유리, 도장 공사 등의 공사내역이 기재되어 있으나, 인터넷 포털사이트의 로드뷰를 통해 확인해 보면 양도일 전후 건물의 외관상 변화가 전혀 없음을 알 수 있고, 도급계약서에 기재된 공사기간은 2022.10.15.부터 2022.11.15.까지로 기재되어 있는데, 양도대금 중 계약금 OOO원이 입금된 날짜는 2022.11.10.이고, 시공사 측에 2022.11.30. 대금을 지급한 후인 2022.12.9.에야 등기이전이 이루어지는 등 일반적인 경우라면 양도 직전에 양도할 건물에 쟁점금액(OOO원)에 달하는 대수선 공사를 할 이유가 없을 것이고, 이 건에 있어 실제 공사행위 자체가 존재하였는지 여부가 불분명하다(다만, 조사 당시 공사를 하였다는 청구인의 강력한 주장과 대금증빙 및 사실관계를 인정하여 가공경비가 아닌 비용 지급 사실 자체는 인정하였다).



다만, 공사계약서가 있고 대금을 지급하였다고 하여 모든 경비가 양도소득 계산에 있어서의 자본적지출에 해당한다고 볼 수는 없고, 해당 금액이 양도소득세 필요경비에 해당하는지 여부에 대한 입증책임은 청구인에게 있다 할 것임에도 청구인은 자본적지출에 해당함을 입증할 수 있는 추가 증빙도 없이 이 건 심판청구를 제기하였다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁 점



쟁점금액이 자본적지출로서 양도소득세 필요경비에 해당하는지 여부



나. 관련 법령 등



(1) 소득세법 제97조【양도소득의 필요경비 계산】① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

가. 제1항 제1호 가목 본문에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

나. (생략)

다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서, 같은 호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.

가. 제1항 제1호 나목에 따른 환산가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액

나. 제1항 제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액

⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.



(2) 소득세법 시행령 제67조【즉시상각의 의제】② 제1항에서 " 자본적 지출" 이라 함은 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각호의 1에 규정하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다.

1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조

2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치

3. 빌딩 등의 피난시설 등의 설치

4. 재해 등으로 인하여 건물ㆍ 기계ㆍ 설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구

5. 기타 개량ㆍ 확장ㆍ 증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것



제163조【양도자산의 필요경비】③ 법 제97조 제1항 제2호에서 " 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것" 이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용(재해ㆍ노후화 등 부득이한 사유로 인하여 건물을 재건축한 경우 그 철거비용을 포함한다)

4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것

⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 " 대통령령으로 정하는 것" 이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

가. 「증권거래세법」에 따라 납부한 증권거래세

나. 양도소득세 과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용

다. 공증비용, 인지대 및 소개비

라. 매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용

마. 가목부터 라목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용



다. 사실관계 및 판단



(1) 처분청 조사담당자가 2025년 3월 작성한 양도소득세 조사종결보고서에 의하면, 청구인이 양도소득세 신고시 리모델링 공사비용인 쟁점금액을 쟁점부동산의 취득가액에 포함한 것에 대하여, 사업(숙박업)에 사용하던 쟁점부동산 건물에 대하여 인테리어 공사를 진행하였음이 공사계약서, 금융거래내역서 등으로 확인되나 주변 탐문 결과 관련업계의 특성상 주기적으로 리모델링 공사를 해오고는 있음에도 수익적지출 수준의 공사로 판단되어 전액 필요경비 부인한다고 조사한 것으로 나타난다.



(2)쟁점금액(인테리어 공사비용)과 관련하여 청구인과 시공사인 OOO건설 주식회사 간에 2022.10.14. 작성한 민간건설공사 표준도급계약서에 의하면, 공사기간은 2022.10.15.부터 2022.11.25.까지로 되어 있고, 계약금액은 쟁점금액에 부가가치세를 더한 OOO원이며, 대금지급은 2022.11.30.에 준공금으로 계약금액 전액을 일시 지불하는 것으로 기재되어 있다.



(3)쟁점부동산 건물 인테리어 공사와 관련하여 시공사인 OOO건설 주식회사가 2022년 10월 작성한 견적서의 공사원가계산서에 의하면, 총 공사원가는 OOO원으로 기재되어 있고, 공종별 집계표의 세부 공사내역서에는 공사항목이 건축공사로서 세부적으로는 조적공사, 석공사, 타일공사, 목공 및 수장공사, 방수공사, 금속공사, 미장공사, 창호공사, 유리공사, 도장공사, 철거공사, 기계설비공사, 전기소방 설비공사 등으로 기재되어 있으며, 각 세부건축공사는 세부건축공사 항목별로 각 공정별 작업과 관련된 재료비, 노무비, 경비 등이 세부적으로 산정되어 기재된 것으로 나타나는바, 처분청은 청구인이 양도소득세 예정신고시 필요경비 증빙으로 제시한 위의 견적서상 공사원가금액(OOO원)과 쟁점금액(OOO원)에 차이가 있는 사실을 들어 실제공사의 신빙성에 의문을 제기하였다.



(4) 처분청은 쟁점금액 관련 시공사의 실제 거래사실(시공) 확인을 위해 2025.2.28. 시공사인 OOO건설 주식회사에 쟁점금액과 관련하여 당사가 발급한 전자세금계산서 거래의 실제 거래사실(시공) 여부에 대한 확인자료 제출을 요청하였고, 이에 대하여 시공사인 OOO건설 주식회사는 2025.3.10. 처분청에 발송한 공문에서 거래내용으로 공사기간은 2022.10.15.~ 2022.11.25.이고, 인테리어 공사 진행순서는 6층부터 1층 순으로 하였다고 기재하였으며, 2022.11.25.까지의 예정공정표 자료와 2022.10.1.부터 2022.11.30.까지의 노무비 지급조서 등을 제출하였다.



또한, 시공사는 대표이사 F이 2025.3.7. 작성한 사실확인서를 제출하였는데, 여기에는 시공사가 공사계약 체결 후 2022.10.15.부터 공사에 필요한 원자재 발주 및 구입을 하고 공사인부를 확보하여 리모델링 공사를 진행하던 중 2022.11.10.(공사시작 25일 경과, 공사종료 15일 전)경 청구인으로부터 인테리어 공사 중인 쟁점부동산 건물을 양수법인에 양도하게 되었다는 통보를 받고 리모델링 공사를 중단하게 되었고, 이후 청구인에게 현재까지 진행된 공사금액만 정산될 경우 시공사 입장에서 막대한 손실이 발생할 수 있다는 사실을 호소하여 당초 공사계약 금액을 전액 지급받은 사실이 있다고 확인한 것으로 나타난다.



(5) 처분청은 쟁점부동산 건물의 임차인인 C 대표 G에게 쟁점금액 관련 시공사의 실제 거래사실(시공) 확인과 관련하여 2025.3.10. 거래사실 확인자료 제출을 요청하였고, 이에 대하여 G은 임대차계약 기간 동안 내부 또는 외부 인테리어 공사를 진행하였고, 자루베개 및 시트구입, 도배 명목의 세금계산서 등을 받은 사실이 있으며, 실제 도배 등을 자신이 진행한 사실이 있다고 기재한 것으로 나타난다.



(6)청구인은 쟁점금액이 쟁점부동산 건물의 자본적지출과 관련된 인테리어 공사비용으로 지출되었다고 주장하며, 그 증빙으로 시공사가 발급한 전자세금계산서와 공사대금 이체확인서, 공사도급계약서, 공사내역이 기재된 공사원가명세서(견적서상), 건물 내부 철거공사 사진, 쟁점부동산 건물 후면 외관 사진, 건물 등기사항전부증명서를 제시하였는바, 전자세금계산서에는 쟁점금액이 인테리어 공사의 공급가액으로 기재되어 있고, 공사대금 이체확인서에는 쟁점금액을 시공사에게 전액 지급한 것으로 나타나며, 공사도급계약서에는 시공사의 인테리어 공사와 관련하여 쟁점금액이 계약금액(부가가치세 별도)으로 기재되어 있고, 공사원가명세서에는 자본적지출과 관련된 건축공사별 세부 공사내역과 공정별 공사금액이 기재되어 있으며, 제시된 공사사진에는 전기ㆍ배선ㆍ배관 등에 대한 철거작업이 이루어진 것으로 나타나고, 건물의 후면 사진에는 외부 창문과 샷시가 교체된 정황이 나타난다.



또한, 청구인은 쟁점부동산 건물이 인테리어 공사 도중에 B 부지 개발사업과 관련하여 부득이하게 양도되면서 시세 보다 높게 양도된 사실이 있다고 주장하며, 그 증빙으로 연접부지인 B 부지 개발사업이 설명된 네이버 블로그의 설명내역(2022년 12월 게재)과 B 매각 사실이 게재된 OOO 내용, 쟁점부동산 양도 당시(2022년 11월, 평당 약 OOO원) 인접 상가 부동산 매물이 평당 OOO원 또는 OOO원으로 나온 사실이 나타나는 포털사이트 부동산 매물정보 캡처화면(2022.11.4.자) 등을 제시하였다.



(7)포털사이트 네이버의 로드뷰 화면에서 조회되는 쟁점부동산 건물 전면의 사진내역에는 인테리어 공사 전후 건물 외벽의 외형상 변화가 명확히 확인되지는 아니한다.



(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 처분청이 불명확하게 자신을 세무조사 대상으로 선정하였고, 현장조사도 실시하지 않았으며, 세무조사 당시 청구인이 리모델링 공사와 관련된 공사도급계약서, 공사내역서, 세금계산서, 금융이체내역 등 객관적 증빙을 제출하였음에도 처분청이 쟁점금액을 자본적지출액으로 인정하지 아니하였으므로 이 건 양도소득세 부과처분이 부당하다는 주장이나,「소득세법」제114조 제2항에서는 양도소득세 예정신고 또는 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우 양도소득세 과세표준과 세액을 경정한다고 하고 있고,「국세기본법」제81조의6 제3항 제4호에서는 신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 비정기조사를 할 수 있다고 되어 있어 쟁점금액의 자본적 지출 관련 필요경비 해당 여부 확인을 위해 실시한 이 건 세무조사가 위법하다고 보기 어려운 점, 인테리어 공사의 시공사가 작성한 확인서에 리모델링 공사를 진행하던 중 청구인으로부터 인테리어 공사 중인 쟁점부동산 건물을 양수법인에 양도하게 되었다는 통보를 받고 공사종료 예정시기보다 15일 앞서 공사를 중단하게 되었다고 기술되어 있고, 쟁점부동산 건물의 임차인인 G이 임대차계약 기간 동안 내부 또는 외부 인테리어공사를 진행하였고, 자루베개 및 시트구입, 도배 명목의 세금계산서 등을 받은 사실이 있으며, 실제 도배 등을 자신이 진행한 사실이 있다고 확인한 점, 공사원가명세서에 기재된 공종별공사항목과 관련하여 공사진행 사항이 나타나는 현장사진 등의 제시가 없어 실제 자본적 지출과 관련된 공사가 있었다고 단정하기 어려운 점 등에 비추어 쟁점금액 상당의 자본적지출 관련 인테리어 공사가 있었는지 여부가 불분명해 보이므로 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.





4. 결 론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.