○ 질의기업은 202년 개업하여 정보통신업을 영위하는 사업자로,

- 같은 업종의 법인을 설립하여 조특법§32의 법인전환 요건을 검토하던 중 자본금 요건이 미충족된 사실을 확인하고 포괄양수도를 진행하지 않은 상태에서 해당 법인을 청산한 뒤

- 조특법§32의 요건을 갖춘 법인을 새로 설립하고 질의기업과의 포괄적양수도를 통해 법인으로 전환함

○ 개인사업자를 조특법§32에 따라 법인전환을 한 경우, 해당 법인이 최초로 설립한 법인이 아니더라도

- 개인사업자의 창업중소기업 세액감면에 대한 잔여감면기간의 승계가 가능한지 여부

「조세특례제한법」 제6조제1항에 따른 창업중소기업에 해당하는 거주자가 감면기간이 지나기 전에 같은 법 제32조제1항 및 「조세특례제한법 시행령」 제29조제2항에서 규정한 사업 양도ㆍ 양수의 방법에 따라 법인으로 전환하는 경우 해당 전환법인은 거주자로부터 승계받은 사업에서 발생하는 소득에 대하여 전환 당시의 잔존감면기간내 종료하는 과세연도까지 그 감면을 적용받을 수 있는 것이며, 이때 해당 전환법인은 거주자가 개인사업자 등록 이후 최초로 설립한 법인일 필요는 없는 것입니다.
다만, 질의기업이 「조세특례제한법」 제32조제1항 및 동법 시행령 제29조제2항의 방법에 따라 법인으로 전환하였는지는 최초 설립한 법인의 설립ㆍ 청산 경위, 현재 전환법인의 설립 경위, 사업의 승계와 관련된 제반 상황을 종합적으로 고려하여 사실판단할 사항입니다.

○ 조세특례제한법 6조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】

① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 " 중소기업" 이라 한다) 중 2027년 12월 31일 이전에 제3항 각 호에 따른 업종으로 창업한 중소기업(이하 이 조에서 " 창업중소기업" 이라 한다)과 「중소기업창업 지원법」 제53조제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인(이하 이 조에서 " 창업보육센터사업자" 라 한다)에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다. 이하 제6항에서 같다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 창업중소기업의 경우: 다음 각 목의 구분에 따른 비율

가. 2025년 12월 31일 이전에 창업한 경우

1) 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 대통령령으로 정하는 청년창업중소기업(이하 " 청년창업중소기업" 이라 한다)의 경우: 100분의 100

2) 수도권과밀억제권역에서 창업한 청년창업중소기업과 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업의 경우: 100분의 50

나. 2026년 1월 1일 이후에 창업한 경우

1) 수도권 외의 지역 또는 수도권의 인구감소지역에서 창업한 청년창업중소기업의 경우: 100분의 100

2) 수도권(수도권과밀억제권역과 인구감소지역은 제외한다)에서 창업한 청년창업중소기업의 경우: 100분의 75

3) 수도권과밀억제권역에서 창업한 청년창업중소기업과 수도권 외의 지역 또는 수도권의 인구감소지역에서 창업한 창업중소기업의 경우: 100분의 50

4) 수도권(수도권과밀억제권역과 인구감소지역은 제외한다)에서 창업한 창업중소기업의 경우: 100분의 25

2. 창업보육센터사업자의 경우: 100분의 50

③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다.

8. 정보통신업

⑩ 제1항부터 제9항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.

2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우

○ 조세특례제한법 시행령 제5조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】

23. 법 제6조제10항을 적용할 때 같은 종류의 사업의 분류는「통계법」제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 표준분류(이하 " 한국표준산업분류" 라 한다)에 따른 세분류를 따른다.

○ 조세특례제한법 제32조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】

① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다. 다만, 해당 사업용고정자산이 주택 또는 주택을 취득할 수 있는 권리인 경우는 제외한다.

④ 제1항에 따라 설립되는 법인에 대해서는 제31조제4항부터 제6항까지의 규정을 준용한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제29조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】

② 법 제32조제1항 본문에서 " 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법" 이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

⑤ 법 제32조제2항에서 " 대통령령으로 정하는 금액" 이란 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조제1항제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

○ 조세특례제한법 제31조 【중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등】

① 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용고정자산(이하 " 사업용고정자산" 이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인(이하 이 조에서 " 통합법인" 이라 한다)에 양도하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

④ 제6조제1항 및 제2항에 따른 창업중소기업 및 창업벤처중소기업 또는 제64조제1항에 따라 세액감면을 받는 내국인이 제6조 또는 제64조에 따른 감면기간이 지나기 전에 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 감면기간에 대하여 제6조 또는 제64조를 적용받을 수 있다.

⑤ 제63조에 따른 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업 또는 제68조에 따른 농업회사법인이 제63조 또는 제68조에 따른 감면기간이 지나기 전에 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 감면기간에 대하여 제63조 또는 제68조를 적용받을 수 있다.

⑥ 제144조에 따른 미공제 세액이 있는 내국인이 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 내국인의 미공제 세액을 승계하여 공제받을 수 있다.

○ 조세특례제한법 제144조 【세액공제액의 이월공제】

① 제7조의2, 제7조의4, 제8조의3, 제10조, 제12조제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제13조의2, 제13조의3, 제19조제1항, 제24조, 제25조의6, 제26조, 제29조의2부터 제29조의5까지, 제29조의7, 제30조의2부터 제30조의4까지, 제96조의3, 제99조의12, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의22, 제104조의25, 제104조의30, 제104조의32, 제122조의4제1항, 제126조의6, 제126조의7제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 10년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제96조의3 및 제126조의6을 적용하는 경우에는 「소득세법」 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.

4. 관련사례

○ 서면-2021-법규법인-20, 2022.1.25.

「조세특례제한법」 제144조에 따른 미공제 세액이 있는 개인사업자가 법인으로 전환하는 경우로서 같은 법 제32조제1항에 따른 법인전환에 해당하지 않는 경우, 전환 후 법인은 해당 개인사업자의 미공제 세액을 승계하여 공제받을 수 없는 것임

○ 서면-2018-법인-3657, 2019.10.31.

「조세특례제한법」 제6조제2항에 따른 세액감면을 적용받던 개인기업이 감면기간이 지나기 전에 중소기업인 법인으로 전환 시, 동법 제32조 및 동법 시행령 제29조 제2항 및 제5항에서 규정한 법인 전환에 해당하지 아니한 경우에는 전환 후 법인은 남은 감면기간에 대하여 동 법 제6조제2항을 적용받을 수 없는 것임

○ 사전-2023-법규법인-0149, 2023.6.27.

거주자가 「조세특례제한법」 제29조의7에 따른 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제 및 같은 법 제30조의4에 따른 중소기업 사회보험료 세액공제를 적용받은 후 영위하던 사업을 법인에 사업의 양수도를 통해 승계시킨 경우 해당 사업을 양수한 법인은 거주자의 잔여 공제연도에 대하여 고용증대세액공제 및 중소기업 사회보험료 세액공제를 승계하여 적용받을 수 없는 것임