김포세무서장이 2025.5.12. 청구인에게 한 농업회사법인 주식회사 A의 체납세액 합계 OOO원에 대한 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지 처분은, 청구인이 농업회사법인 주식회사 A의 실질 주주인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 납부고지세액 등을 경정한다.

1. 처분개요



가. 농업회사법인 주식회사 A(이하  "체납법인”이라 한다)은 2014.12.29. 김치류 제조업을 영위할 목적으로 개업한 뒤, 2020.5.1. 폐업하였고, 청구인은 체납법인의 대표이사이자 주주(100%)이다.



나. 처분청은 2024.9.5.∼2024.10.14. 기간 동안 체납법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 사실과 다른 계산서 수취하였다고 보아, 체납법인에게 2015∼2016사업연도 법인세 합계 OOO원(2015사업연도분 OOO원, 2016사업연도분 OOO원)을 경정ㆍ고지하였으나, 체납법인은 이를 납부하지 않아 OOO원의 체납세액이 발생하였다.



다. 처분청은 체납법인의 재산으로는 체납세액을 징수하기 어렵다고 보아, 체납법인의 과점주주(100%)인 청구인을 체납법인의 제2차 납세의무자로 지정하여, 2025.5.12. 청구인에게 체납법인의 체납세액 OOO원을 납부ㆍ고지(이하  "쟁점처분”이라 한다)하였다.



라. 청구인은 이에 불복하여 2025.8.6. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구인 주장 및 처분청 의견



가. 청구인 주장



(1) 체납법인을 실질적으로 운영한 사람은 청구인이 아닌 주식회사 B(이하  "청구외법인”이라 한다)의 대표이사인 A으로, 청구인에게 한 쟁점처분은 위법하다. 체납법인을 실질적으로 운영한 사람은 명의상 대표자인 청구인이 아닌 A이고, 이는 A과 청구인에 대한 「조세범 처벌법」 위반 등에 대한 형사사건에서 확인된다. A은 2014년 12월경 OOO를 체납법인으로 법인전환을 한 뒤, 폐업하였는데 이 과정에서 청구인을 체납법인의 발기인으로 내세워 100% 주식을 청구인 명의로 취득하였고, 청구인을 사내이사 겸 대표이사로, 청구인의 딸 B을 감사로 각 등재하였다. 청구인은 당시 A이 시키는대로 하였고, 체납법인의 발기인이면서 100% 주식을 보유한 주주, 체납법인의 사내이사 겸 대표이사가 되었다는 사실은 전혀 모르고 있었다. 이후, A은 2015.10.6. 청구인을 체납법인의 사내이사 겸 대표이사에서 해임하고 자신을 그 자리에 선임함과 동시에 A과 허위세금계산서 발행에 공모한 거래상대방인 C을 체납법인의 사내이사로 선임하였다. 체납법인을 실질적으로 운영하던 A은 허위세금계산서 발행 등을 통한 위법행위로 막대한 이득을 취할 목적으로 청구인의 명의를 이용하였고, 본인이 운영하던 청구외법인과 유사한 상호의 체납법인을 설립하여 허위세금계산서 발행 등의 위법행위를 지속적으로 자행하였다. 두 법인의 상호가 매우 유사하고, 현재 대표이사가 모두 A으로 등재되어 있으며, 체납법인과 청구외법인의 본점 소재지도 ‘OOO’으로 동일한 점에 비추어 보면, 체납법인과 청구외법인 간의 밀접한 관계가 있고, 실질적으로 두 회사 모두 A이 실제로 운영하는 회사로 볼 수 있다. 청구인은 체납법인의 주주로서 체납법인의 운영에 실질적으로 관여한 사실이 전혀 없고, 청구인은 체납법인에 대한 의결권을 행사하는 등 주주권을 실질적으로 행사한 사실이 없으며, 체납법인으로부터 이익배당을 받은 적도 없다.



(2) 체납법인은 2014.12.19. 설립되었는데, 1주당 OOO원, 발행주식 총수 40,000주, 설립 자본금 OOO원이었으나, 2015.9.25. 체납법인은 신주 40,000주를 추가 발행하여 발행주식 총수가 80,000주가 되었고, 같은 날 자본금을 OOO원으로 증액하였다. 체납법인은 자본금 OOO원 미만의 회사이고, 자본금 OOO원 미만의 회사를 설립하는 경우 금융기관에 주금을 예치하고 증명서를 받는 대신, 발기인 개인 명의 입출금 통장에 설립 자본금을 입금한 후 은행에서 ‘잔금증명서’를 발급받아 관할 등기소에 제출한다. 당시 청구인 명의의 해오름김치를 실질적으로 운영하던 A은 청구인 명의의 은행 계좌를 사용하고 있었고, 이를 기화로 2014.12.19. 자신이 운영하던 청구외법인에서 청구인 명의의 계좌로 OOO원(체납법인의 자본금)을 이체하였으며, 불과 4일 후인 2014.12.23. 청구인 명의 계좌에서 청구외법인 계좌로 OOO원을 다시 이체하였다. 이는 A이 자신이 운영하던 청구외법인의 자금으로 체납법인의 설립에 필요한 자본금을 청구인 명의 계좌에 임시로 입금하여 잔고증명서를 발급받은 후, 해당 자금을 즉시 회수한 것이다. 한편, 청구인 명의 계좌에서 2014.12.31. 체납법인 계좌로 총 OOO원이 이체된 내역이 있으나, 이는 청구인이 체납법인에게 자본금을 납입한 것이 아니고, 2013.1.14. A에게 돈을 빌려주었는데, A이 지정한 계좌로 돈을 이체하는 방식으로 대여하였고, 2014.12.31. A이 알려준 계좌에 돈을 이체했는데, 그 계좌가 체납법인의 계좌였던 것이다. 당시 청구인은 체납법인도 청구외법인과 마찬가지로 A이 운영하는 법인이라고만 생각하였다. 청구인이 2014.12.31. 체납법인의 계좌로 이체한 것은 체납법인에게 자본금을 납입한 것이 아니라 A에게 돈을 빌려준 것이고, 체납법인이 2015.9.25. 신주 40,000주를 추가 발행하며 자본금을 OOO원으로 증액하였을 때도, 청구인은 체납법인에게 추가 자본금을 납입한 사실이 없다. 결론적으로, 체납법인의 자본금 납입 과정을 살펴보면, A이 청구인의 명의와 계좌를 이용하여 형식적인 자본금 납입 절차만 진행했을 뿐, 실질적으로 자신이 운영하던 청구외법인의 자금을 임시로 이동시켜 잔고증명서를 발급받은 후 즉시 회수하는 방식으로 체납법인을 설립했음이 명백하다. 청구인은 이러한 과정에서 단지 명의를 대여했을 뿐, 실제 자본금 납입에 참여하거나 체납법인의 실질적 운영에 관여한 사실이 없으므로, 청구인을 체납법인의 실질적 경영자로 볼 수 없다.



나.처분청 의견



(1) 청구인은 실사업자가 아닌 체납법인에게 명의만 빌려 준 형식상 주주이고, 체납법인의 경영에 참여하거나 주주로서 배당을 받은 적도 없으며, 주주총회에 참여하는 등 주주로서의 권리를 행사한 적이 없다고 주장하나, 청구인은 A의 요청으로 청구인 명의 통장과 비밀번호, 인감도장, 텔레뱅킹용 OTP까지 모두 A에게 주었다고 진술하였고, 일반적으로 인감도장을 위임하는 것은 그 도장을 사용할 권한까지 위임한 것으로 볼 수 있다. 인감도장은 서류나 계약에서 본인의 신분과 의사를 증명하는 중요한 수단이므로 이를 타인에게 위임하는 것은 특정한 권한이나 의사표시를 대신하도록 한 것이라 볼 수 있어 명의도용과는 다르다. 제2차 납세의무자 지정은 실질에 따른 실질과세원칙을 적용하는 것이 아닌, 납세의무성립일 현재 체납법인의 과점주주인지 여부로 판단하여야 한다. 과세관청은 주주명부, 주식등변동상황명세서, 증권거래세 신고내역 또는 법인등기부 등의 주주임을 입증하면 되고, 실질주주가 아니라는 입증은 청구인이 하여야 한다. 청구인은 배당금을 받지 않았으므로 체납법인의 주주가 아니라고 주장하나, 체납법인은 사업기간 동안 법인세신고서상 이익잉여금에 대한 배당을 하지 않았고, 청구인이 배당을 받지 못한 것은 형식상 주주라서가 아닌 체납법인이 배당 자체를 하지 않았기 때문이다. 나아가, 청구인은 청구인 이외의 자가 의결권을 행사하였다고 주장하나, 이를 입증할만한 증거를 제출하지 않았다.



(2) 청구인이 체납법인의 자본금을 납입하지 않았다는 주장도 이유가 없다. 체납법인은 2014.12.19. 청구인을 대표로 사업자등록을 하였으나, 2015.10.15. A으로 대표자를 변경하였는데, A은 체납법인 외에도 청구외법인의 대표이사이기도 하다. 청구외법인은 2019.3.20.∼2019.9.17. 기간 동안 서인천세무서로부터 2014사업연도 법인통합조사를 받았고, 가공세금계산서를 수취하였다고 보아 2014사업연도 법인세 OOO원을 고지받았으며, 청구인도 가공세금계산서 수취와 관련되어 여러 법인들과 자전거래를 한 사실이 있다. 청구인은 2014년 체납법인의 등기와 관련하여 필요한 서류인 개인 ‘잔고증명서’를 발급받으면서 청구외법인으로부터 입금되었으므로 체납법인에 대한 주금의 출저가 청구인이 아닌 청구외법인이라고 주장하나, 청구인이 청구외법인으로부터 받은 자금의 출처가 어디인지 정확히 알 수 없고, 청구외법인으로부터 받은 자금으로 체납법인의 주금을 납입하였다는 사실만으로 청구외법인의 대표이사인 A이 체납법인의 실질적인 운영자라고 단정할 수 없다. 「국세기본법」상 요건을 갖춘 과점주주에 해당하는지 여부는 과반수 주식의 소유 집단의 일원인지 여부에 의하여 판단하여야 하고, 구체적으로 회사경영에 관여한 사실이 없다고 하더라도 그것만으로 과점주주가 아니라고 단정할 수 없으며, 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식등변동상황명세서 또는 법인등기부등본 등의 자료에 의하여 이를 입증하면 된다. 청구인이 체납법인의 주식을 보유하여 주주로 등재되었고, 청구인이 명의상 주주라는 주장을 입증할만한 증거가 없으므로 「국세기본법」 제39조 및 「국세기본법 시행령」 제20조에 따라 청구인을 체납세액의 납세의무 성립일 현재 과점주주에 해당한다고 보아 제2차 납세의무자로 지정하여 납부고지한 이 건 처분은 정당하다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 처분의 당부



나. 관련 법률



국세기본법



제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.



제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주 또는 제3호에 따른 과점조합원의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주 또는 과점조합원이 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액(제3호 단서의 경우 그 부족한 금액과 과점조합원 간에 정한 손익분배비율을 곱한 금액으로 한다)을 한도로 한다.

1. 무한책임사원으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원

가. 합명회사의 사원

나. 합자회사의 무한책임사원

2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하  "과점주주”라 한다)

가. 합자회사의 유한책임사원

나. 유한책임회사의 사원

다. 유한회사의 사원

3. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조에 따른 영농조합법인 또는 영어조합법인의 조합원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 출자액의 합계가 해당 조합의 출자총액의 100분의 50을 초과하는 자들(이하  "과점조합원”이라 한다). 다만, 조합원 간에 손익분배비율을 정한 경우로서 그 손익분배비율이 출자액의 비율과 다른 경우에는 조합원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 손익분배비율의 합계가 100분의 50을 초과하는 자들을 과점조합원으로 한다.



다. 사실관계 및 판단



(1)청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.



(가) 체납법인은 OOO에서 김치 제조업을 영위할 목적으로 2014.12.19. 설립되었고, 설립 당시 체납법인의 발행주식 총수 40,000주, 자본금 OOO원이었으나, 2015.9.25. 발행주식 총수 80,000주, 자본금 OOO원으로 변경하였고, 2024.12.2. 해산간주되었다. 체납법인의 설립 당시, 체납법인의 대표이사는 청구인, 사내이사 A, 감사는 B이었으나, 2015.10.6. 청구인은 대표이사를, B은 감사를 각 사임하였고, 같은 날 대표이사로 A이, 사내이사로 C이, 감사로 D이 각 등기되었으며, 청구인은 체납법인의 주주(100%)이다.



＜표1＞ 체납법인의 임원 내역

ㅇㅇㅇ



(나) 체납법인은 2014.12.19. OOO에서 설립되었으나, 2016.12.26. OOO으로 본점을 이전하였고, 2018.1.30. OOO으로 다시 본점을 이전하였다. 또한, A이 대표이사로 등재된 주식회사 B은 2006.7.13. OOO에서 설립된 후, 2008.7.29. OOO로 본점을 이전하였고, 2019.6.28. OOO으로 본점을 다시 이전하였다.



(다) 체납법인의 주식등변동상황명세서에 의하면, 제2차 납세의무 성립일 당시 청구인은 체납법인의 1인 주주(100%)이고, 이익잉여금 처분계산서에 의하면, 2015∼2020사업연도까지 이익잉여금을 배당하지 않았다.



(라) 서인천세무서는 2024.9.5.∼2024.10.14. 기간 동안 체납법인에 대한 2014사업연도 법인통합조사를 실시한 결과, 체납법인이 사실과 다른 계산서를 수취하였다고 보아, 체납법인에 2015사업연도∼2016사업연도 법인세 합계 OOO원을 경정ㆍ고지하였으나, 체납법인은 이를 납부하지 않아 체납되었다. 처분청은 2025.5.12. 「국세기본법」 제39조에 의해 법인의 재산으로 체납액을 징수할 수 없다고 보아, 2015∼2016사업연도 법인세 납세의무 성립일 당시 과점주주(100%)인 청구인을 체납법인에 대한 제2차 납세의무자로 지정한 뒤, OOO원(2015사업연도 법인세 OOO원, 2016사업연도 법인세 OOO원)을 납부고지하였다.



(마) 서인천세무서장은 청구외법인에 대한 세무조사 후, A과 청구인을 「조세범 처벌법」 위반 혐의로 고발하였으나, 시흥경찰서는 A과 청구인을 증거가 불충분하다는 이유로 불송치 결정한 것으로 확인된다. A의 불송치결정서에 의하면, A은 체납법인을 실질적으로 운영한 사람이라고 기재되어 있는데, 시흥경찰서는 피의자의 기존 범죄행위와 포괄일죄에 해당한다는 이유로 불송치 결정(공소권 없음)하였다.



(바) 청구인은 2014.12.19. 청구외법인(대표이사 A)으로부터 받은 OOO원을 지급받았고, 체납법인의 자본금으로 사용하였으며, 이후 2014.12.23. 청구외법인(대표이사 A)에게 OOO원을 지급하였다. 청구인은 청구외법인의 대표이사인 A에게 OOO원의 대여금 청구를 하였는데, 2020.9.10. 청구인이 승소하였으나, 이는 「민사소송법」 제208조 제3항 제3호에 의한 공시송달에 의한 판결이다.



(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 체납법인의 1인 주주(100%)이므로 체납법인의 제2차 납세의무자에 해당한다는 의견이나, 청구인은 2014.12.19. 체납법인을 설립하면서 A이 운영하는 청구외법인으로부터 OOO원을 지급받았는데, 동 금액은 체납법인의 주금으로 사용된 것으로 보이고, 그로부터 4일 후인 2014.12.23. 청구인 명의의 계좌에서 청구외법인 계좌로 다시 OOO원이 이체된 것으로 나타나는 점, 청구외법인의 대표이사 A은 조세범 처벌법 위반으로 고발되었는데, 경찰은 A에 대해 불송치 결정을 하였고, A에 대한 불송치 결정서에 의하면, A은 체납법인의 실질적인 운영자이고, 청구인은 체납법인의 명의상 대표로 기재되어 있는 점, 청구외법인의 대표이사인 A이 운영하는 청구외법인과 체납법인의 상호가 유사하고, 대표이사도 동일하며, 소재지도 같은 점, 청구인이 체납법인의 실질 주주라면 체납법인으로부터 배당 등을 받았어야 하나, 청구인은 체납법인으로부터 배당을 받거나 급여를 받는 등 이익을 분여받은 사실이 확인되지 않는 점 등에 비추어, 청구인이 체납법인의 실질 주주인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 이 건 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지처분을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.