심판청구를 기각한다.

1. 처분개요



가. 청구법인은 경기도 광명시 OOO 일원 사업시행구역 안의 건축물을 철거하고 새로운 건축물을 건설하여 조합원들의 주거환경 개선 등을 위하여 「도시 및 주거환경정비법」(이하  "도시정비법”이라 한다)에 의해 2011.7.1. 설립된 조합이다.



＜표1＞ 청구법인 정비사업 추진 내용

○○○



나. 청구법인은 주택재개발 정비사업을 진행하면서 2019사업연도에 조합원에 대한 이주비 대출이자 OOO원(이하  "쟁점이자대납액”이라 한다)을 대납하고 법인세 신고 시 재무상태표상 이주비이자대여금(자산항목)으로 신고하였다가, 2025.3.19. 이 중 일반분양분 비율에 해당하는 OOO원은 공사원가에 해당하므로 손금에 산입하여야 한다는 취지로 경정청구를 제기하였다.



＜표2＞ 이주비 이자 및 경정청구 내용

○○○



＜표3＞ 청구법인의 조합원 분양 및 일반분양분 면적 비율

○○○



다. 처분청은 2025.6.2. 쟁점이자대납액은 공통 손금에 해당하지 않는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부하였고, 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.9. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구법인 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인 주장



도시정비법 제35조에 따라 설립된 정비사업조합은 「조세특례제한법」 제104조의7에서 「법인세법」 제2조에도 불구하고 비영리내국법인으로 보아 「법인세법」을 적용하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제104조의4에서 관리처분계획인가에 따라 조합원에게 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 「법인세법」 제4조에서 수익사업이 아닌 것으로 규정하고 있다(대법원 2018.12.6. 선고 2018두54040 판결 참조).



이에 따라 조합원분양 관련 수익은 법인세 납세의무가 없으나, 일반분양분 수익은 「법인세법」 제4조 제3항에서 규정하는 비영리내국법인의 과세소득에 해당되어 청구법인은 일반분양분에 대한 법인세를 신고ㆍ 납부하였다.



청구법인은 2019사업연도에 지출한 쟁점이자대납액을 공사원가에 반영하지 아니하고 재무상태표상 이주비이자대여금(자산항목)으로 처리하여 법인세를 신고하였으므로 이를 공사원가에 반영하여 ＜표2＞ 기재와 같이 일반분양분에 해당하는 OOO원을 손금에 산입하여 2019사업연도 법인세를 경정청구 하였다.



정비사업은 종전의 건축물을 철거하고 그 대지 위에 새로운 건축물을 신축하여 분양하는 사업으로서 정비사업의 원활한 사업을 추진하기 위하여 무엇보다도 해당 조합이 설정한 이주기간 이내에 조합원들의 적극적인 협조로 빠른 이주 진행이 매우 중요하다. 이에 따라 정비사업조합은 조합원들의 조기 이주를 장려하기 위하여 금융기관으로부터 이주에 필요한 자금 중 쟁점이자대납액을 대출받도록 알선하고, 그 이주비 이자는 정비사업비로 편성하여 금융기관에 납부하고 있다.



그러한 이주비에 대한 금융비용은 정비사업 진행에 필수적인 비용으로서 정비사업조합이 정비사업비로 부담한 그 금융비용은 전체 재건축사업의 공통손금에 해당한다(서울행정법원 2023.9.15. 선고 2023구합51205 판결 참조).



청구법인은 쟁점이자대납액을 재무상태표상 이주비 이자대여금(자산항목)으로 회계처리하여 손익계산서상 분양원가에 미반영하였으나, 그 실질은 전체 재건축사업의 필수적 비용에 해당되므로, 이를 공통손금으로 보아 일반분양분에 해당하는 금액은 손금에 산입하여야 한다.



나. 처분청 의견



쟁점이자대납액은 재건축사업을 원활하게 추진하기 위하여 반드시 필요한 사업비용으로 볼 수 없다.



청구법인은 쟁점이자대납액이 재건축사업을 위한 필수적 지출로서 공통손금에 해당한다고 주장하나, 쟁점이자대납액은 조합원들의 대체주거에 필요한 자금을 금융회사로부터 대출받은 후 그에 따라 발생한 이자를 채무자인 조합원들이 아닌 조합(청구법인)이 대납한 것으로, 온전히 조합원들의 이익을 위해 지출한 비용에 해당하고, 만약 청구법인이 대납하지 않더라도 정비사업을 수행함에 있어 장애가 되지 않으므로 정비사업에 통상적으로 필요한 비용이라고 보기 어렵다. 즉, 쟁점이자대납액은 조합원을 위하여 지출한 것으로 일반분양분(수익사업)과 무관한 것임에도 이를 전체 공통비용으로 보게 되면 수익ㆍ비용의 대응 원칙에도 부합하지 않는다.



더욱이 다양한 재건축ㆍ재개발사업장의 경우 개별 여건 및 상황에 따라 이주대출금 이자를 부담한 주체가 달라서 당해 이자에 대한 회계처리가 각기 상이함에도 이 건과 같이 재건축조합이 부담한 경우만 이자대납액을 통상적으로 부담하는 사업비로서 공통경비로 인정하는 것은 불합리하다.



한편 처분청은 조합원 이주비 금융이자 대납내역을 구체적으로 파악하고자 이주비 대출 약정서 및 이주비 금융이자 조합 대납 결의와 관련된 회의록 등의 제출을 요청하였으나 청구법인은 이를 제출하지 아니하였다.




3. 심리 및 판단



가. 쟁점



청구법인이 지출한 조합원 기본이주비의 금융이자(쟁점이자대납액)가 전체 재건축사업의 공통손금에 해당하는지 여부



나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구법인은 주택재개발 정비사업을 진행하면서 2019사업연도에 조합원에 대한 이주비 대출이자OOO원(이하  "쟁점이자대납액”이라 한다)을 대납하고 법인세 신고시 재무상태표상 이주비이자대여금(자산항목)으로 신고하였다가, 2025.3.19. 이 중 일반분양분 비율에 해당하는OOO원은 공사원가에 해당하므로 손금에 산입하여야 한다는 취지로 경정청구를 제기하였다.



＜표4＞ 2019사업연도 법인세



(가) 청구법인의 2019사업연도 재무상태표는 다음과 같다.

○○○



(나) 청구법인의 2019사업연도 손익계산서는 다음과 같다.

○○○



(다) 청구법인의 2019사업연도 분양원가명세서상 차입금이자는 OOO원으로 확인된다.

○○○



(라) 청구법인의 2019사업연도 계정별원장상 이주비이자 지출액 합계는 OOO원으로 확인된다.

○○○



(2) 처분청은 2025.6.2. 청구법인의 이주대출금 이자는 공통 손금에 해당하지 않는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부하였다. 경정청구 검토보고서의 구체적 내용은 다음과 같다.

○○○



(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.



「조세특례제한법」 제104조의7 제2항 전단에서는 도시정비법 제35조에 따라 설립된 조합을 비영리내국법인으로 보도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제104조의4에서는 ‘법 제104조의7 제2항을 적용할 때 정비사업조합이 도시정비법 및 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 「법인세법」 제3조 제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다’고 규정하고 있다. 위 각 규정에 따르면 비영리내국법인인 정비사업조합이 조합원이 아닌 일반인에 대하여 한 분양사업만이 수익사업에 해당한다.



비영리내국법인에 대하여는 소득이 있더라도 그 소득이 수익사업으로 인한 것이 아닌 이상 법인세를 부과할 수 없는 것이고, 어느 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부를 가림에 있어 그 사업에서 얻는 수익이 당해 법인의 고유목적을 달성하기 위한 것인지의 여부 등 목적사업과의 관련성을 고려할 것은 아니나, 그 사업이 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 한다(대법원 2005.9.9. 선고 2003두2455 판결 등 참조).



「법인세법」 제19조 제1항에서는 ‘손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시기는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.’고, 같은 조 제2항에서는 ‘제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.’고 각 규정하고 있다. 비영리법인의 경우 수익사업에서 얻은 소득을 고유목적사업 등에 지출한다고 하더라도, 특별한 사정이 없는 한 이는 수익사업의 소득을 얻기 위하여 지출한 비용으로 볼 수 없으므로, 이를 고유목적사업준비금의 손금산입 한도액 범위 안에서 손금에 산입할 수 있을 뿐, 이와 별도로 비영리법인의 선택에 따라 그 지출금을 수익사업의 수익에 대응하는 비용으로 보아 손금에 산입하는 것은 허용될 수 없다고 봄이 타당하다(대법원 2020.5.28. 선고 2018두32330 판결 참조).



한편 같은 법 제113조는 제1항에서 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ 부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제76조 제6항 본문은 비영리법인이 「법인세법」 제113조 제1항에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 일 정한 기준에 의하여 구분계산하도록 규정하고 있다. 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에 특정한 수익 또는 비용이 수익사업 또는 비수익사업 중 어디에서 발생하였는지가 분명한 경우에는 개별익금 또는 개별손금으로서 그 발생원천이 되는 수익사업 또는 비수익사업의 회계에 구분하여 경리하여야 하고, 특정한 수익 또는 비용이 수익

사업 또는 비수익사업 중 어디에서 발생하였는지가 불분명한 경우에는 공통익금 또는 공통손금으로서 구분경리의 필요 없이 구분계산의 방법에 따라 수익사업과 비수익사업에 안분하여야 한다.



청구법인은 쟁점이자대납액은 주택재개발사업을 진행함에 있어 반드시 필요한 지출에 해당하므로 공통경비로 보아 그 중 수익사업에 해당하는 부분은 손금에 산입되어야 한다고 주장하나, 청구법인은 ‘경기도 광명시 OOO 일원 사업시행구역 안의 건축물을 철거하고 새로운 건축물을 건설하는 것 등을 통한 조합원들의 주거환경 개선 등을 위하여 도시정비법에 의해 설립되었고, 고유목적사업인 ‘조합원에 대한 분양사업’과 수익사업인 ‘조합원이 아닌 일반인에 대한 분양사업’을 함께 시행하였다. 청구법인은 사업시행구역 안에 거주하고 있는 다수의 조합원들이 다른 지역으로 이주하는 것을 지원하기 위해 시공사 및 금융기관과 연계하여 그 이주비 대출이자를 지출하였는바, 이는 어디까지나 청구법인의 고유목적사업인 조합원에 대한 분양사업을 위한 지출 등에 해당하고, 그 행위 자체가 수익성을 가진 것이라거나 수익을 목적으로 한 것이라고 보기는 어렵다.



또한 청구법인이 고유목적사업인 ‘조합원에 대한 분양사업’과 수익사업인 ‘조합원이 아닌 일반인에 대한 분양사업’을 함께 시행하였고, 청구법인의 조합원들 이주비 대출이자 지출이 수익사업을 포함한 전체 재건축사업의 원활한 진행을 위한 필수적인 지출이라는 사정만으로 그 중 일부가 수익사업에 속하는 비용에 바로 해당한다고 보기 어렵다.



「법인세법」에서 비영리법인이 수익사업을 하는 경우의 구분경리에 관하여 규정한 취지나 법인세법령 및 조세특례제한법령 등에서 비영리법인의 수익사업과 비수익사업을 구분하여 그 중 수익사업에서 생기는 소득에 대하여만 과세하는 취지를 고려하면, 재건축사업에서 수익사업인 일반분양 사업을 함께 하는 경우에, 청구법인의 주장과 같이 비수익사업과 관련된 특정비용 지출이 결과적으로 공사원가에 포함되어 일반분양분의 분양단가 산정의 고려요소가 된다거나 또는 그 지출이 수익사업을 포함한 전체 재건축사업의 원활한 진행을 위하여 필수적이라는 등으로 수익사업과의 관련성도 인정된다는 사정만으로 이를 모두 수익사업과 비수익사업의 공통손금에 해당한다고 볼 수는 없다.



결국 쟁점이자대납액의 지출이 수익사업에 속하는 비용에 해당하기 위해서는 원칙적으로 「법인세법」 제19조 제2항에서 규정한 손금의 기본 개념에 따라 위 지출이 청구법인의 수익사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것이라고 인정될 수 있어야 하는데, ① 조합원 기본이주비는 조합원이 금융기관으로부터 직접 차입하되 쟁점이자대납액은 청구법인이 시공사로부터 차용하여 금융기관에 상환하고 청구법인은 위 이자 상당 비용을 조합원 분담금으로 회수하게 되는바, 쟁점이자대납액의 실질적이고 최종적인 부담주체는 청구법인의 조합원들로 보이는 점, ② 쟁점이자대납액은 그 발생원천 및 최종적인 부담 주체의 측면 모두에서 기본적으로 청구법인의 고유목적사업에 대응하는 것(고유목적사업을 위하여 지출된 비용)으로 보이고, 개별 조합원들의 이주에 소요되는 비용이자 개별 조합원들이 최종적으로 부담하여야 할 비용을 청구법인이 사업 시행 과정에서 대신 부담한 주된 목적도 개별 조합원들의 원활한 이주를 지원하기 위한 것이며, 그것이 결과적으로 수익사업을 포함한 청구법인의 전체 재개발사업의 원활한 진행에 직ㆍ 간접적인 영향을 미쳤다는 사정만으로 이를 수익사업인 일반분양을 위하여 지출된 비용이라고 볼 수 없는 점, 청구법인이 쟁점이자대납액을 부담함으로 인하여 전체 재개발사업의 일부인 수익사업 부분(일반분양 사업)에도 신속하고 원활한 사업 진행과 같은 효과가 발생하였다고 하더라도, 이는 고유목적사업을 수행하기 위한 비용 지출로 인한 반사적이고 부수적인 이익에 불과한 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점이자대납액은 수익사업이 아닌 청구법인의 고유목적사업에 속하는 비용으로서 비수익사업의 개별손금에 해당한다고 봄이 타당하고, 이를 비수익사업과 수익사업의 공통손금에 해당한다고 볼 수 없으므로, 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.





4. 결 론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령



(1) 조세특례제한법



제104조의7(정비사업조합에 대한 과세특례) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 조합(이하 이 조에서  "정비사업조합”이라 한다)에 대해서는 「법인세법」 제2조에도 불구하고 비영리내국법인으로 보아 「법인세법」(같은 법 제29조는 제외한다)을 적용한다. 이 경우 전환정비사업조합은 제1항 단서에 따라 신고한 경우만 해당한다.

1. 「도시 및 주거환경정비법」 제35조에 따라 설립된 조합(전환정비사업조합을 포함한다)



(2) 조세특례제한법 시행령



제104조의4(정비사업조합의 수익사업의 범위) 법 제104조의7 제2항을 적용할 때 정비사업조합이 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 「법인세법」 제4조 제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다.



(3) 법인세법



제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하  "손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.



제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산: 제작원가(制作原價)에 부대비용을 더한 금액



제113조(구분경리) ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.



(4) 법인세법 시행령



제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

2. 자기가 제조ㆍ생산ㆍ건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산：원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액



(5) 법인세법 시행규칙



제75조(구분경리의 범위) ② 법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 제1항과 제76조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 구분경리하여야 한다.



(6) 도시 및 주거환경정비법



제40조(정관의 기재사항 등) ① 조합의 정관에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다.

8. 조합의 비용부담 및 조합의 회계



제45조(총회의 의결) ① 다음 각 호의 사항은 총회의 의결을 거쳐야 한다.

3. 정비사업비의 세부 항목별 사용계획이 포함된 예산안 및 예산의 사용내역



제92조(비용부담의 원칙) ① 정비사업비는 이 법 또는 다른 법령에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사업시행자가 부담한다.