예산세무서장이 2024.12.23. 및 2024.12.24. 청구법인에게 한 2014년 제2기 부가가치세 OOO원과 2014사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 이를 각각 취소한다.

1. 처분개요



가. 청구법인은 2012.11.22. 설립된 후 전기공사 등 건설업을 영위하였고, 2014년 제2기 부가가치세 과세기간 중에 a(대표자 b, 이하  "쟁점거래처”라 한다)로부터 작성일자 2014.12.30., 공급가액 OOO원의 매입세금계산서 1매를 수취(이하 해당 매입세금계산서를  "쟁점세금계산서”라 하고, 해당 수취 행위를  "쟁점거래”라 한다)한 후 부가가치세 및 법인세 신고 시 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하고, 해당 공급가액 상당액을 손금에 산입하였다.



나. 처분청은 2016.2.29.부터 2016.4.21.까지 쟁점거래처에 대한 부가가치세 조사를 실시한 결과, 쟁점거래처가 청구법인에게 발급한 쟁점세금계산서에 기재된 공급가액 중 OOO원(이하  "쟁점금액”이라 한다)을 실물거래 없이 사실과 다르게 과다 기재한 것으로 보아 이를 가공으로 확정하였고, 이후 2021.8.10. 청구법인에게 쟁점거래와 관련한 과세해명자료 제출을 요구하였으며, 청구법인은 이에 대한 소명자료 등을 처분청에 제출하였다.



다. 처분청은 위 과세해명자료 제출을 요구한 후 3년이 지난 시점인 2024.12.23. 및 2024.12.24. 쟁점세금계산서에 기재된 공급가액 중 쟁점금액을 실물거래 없이 사실과 다르게 과다 기재한 것으로 보아, 관련 부가가치세 매입세액을 불공제하여 2014년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정ㆍ ㆍ 고지하는 한편, 쟁점금액 상당액을 손금불산입하여 2014사업연도 법인세 OOO원을 경정ㆍ ㆍ 고지하였다.



라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.20. 심판청구를 각각 제기하였다.





2. 청구법인 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인 주장



(1) 처분청은 청구법인의 매출처OOO에 대한 공사용역 매출분(공급가액 합계 OOO원)에 대해서는 실제 거래로 인정하면서도, 해당 공사용역에 대응하는 매입분 쟁점거래 중에서 일부 공급가액(쟁점금액, OOO원)을 구체적인 입증 없이 가공으로 보아 관련 매입세액을 불공제하는 등 부가가치세 및 법인세를 부과하였는바, 이 건 처분은 부당하다.



(가) 청구법인은 2012.11.22. 설립된 후 매출처 확보 등으로 어려움을 겪고 있었는데, OOO(OOO의 1차 벤더업체)의 직원으로 일하다가 독립한 후 작업 인부를 데리고 개인 전기공사업체를 영위하던 c(3차 벤더업체인 쟁점거래처의 실질적 운영자이자 그의 대표자 b의 아들)의 제안으로 2014년경부터 c은 주로 영업과 3차 벤더업체의 역할을, 청구법인은 2차 벤더업체의 역할을 각각 하게 되었고, 청구법인의 매출처인 1차 벤더업체로는 OOO등을 확보하게 되었다.



(나) 청구법인이 쟁점거래를 할 무렵인 2014년경 c은 OOO를 자신 명의로 영위하다가 신용상의 문제를 겪으면서 어머니 b가 대표자로 있는 쟁점거래처를 함께 영위하게 되었고, 당시 c의 역할은 상당히 컸었다.



(다) 이후 c은 2016년경 처분청의 쟁점사업장에 대한 세무조사를 받은 후 경제적, 정신적 압박을 못 견디고 생을 마감하였다.



(라) 이 건 관련한 거래흐름도는 다음과 같다.



(마) 위 거래흐름도와 같이 쟁점거래는 국내 대기업인 OOO의 원청공사로, 원청업체인 OOO과 1차 벤더업체인 OOO간 공사용역 거래가 실질임이 명백하고, 또한 처분청은 1차 벤더업체인 OOO등과 2차 벤더업체인 청구법인 간 공사용역 거래 역시 실제 거래로 인정하였다.



(바) 한편, 청구법인의 소속 근로자는 대표자 d을 포함한 2명이고, 대표자는 현장에서 쟁점거래처의 인부 및 현장소장 c과 함께 공사용역을 제공하긴 했으나, 1차 벤더업체로부터 수주받은 공사용역을 수행함에 있어 인력투입에 상당한 어려움을 겪었다.



(사) 청구법인은 약 4년의 기간 동안 OOO등으로부터 공사를 수주할 때마다 쟁점거래처에게 공사용역을 주는 등 쟁점거래는 정상적으로 이루어졌다.



(아) 청구법인은 2021년경 처분청으로 쟁점거래와 관련 과세해명자료 제출을 요구받은 후 소명자료를 제출하였고, 이는 다음과 같이 청구법인의 계좌거래내역과 업무메일 등과도 부합한다.



1) 청구법인은 쟁점거래를 한 후 1차 벤더업체인 OOO등이 쟁점거래처 소속 현장 인부들에게 직접 인건비를 지급하게 되면서, 해당 금액(인건비)을 제외한 금액만 입금받았고, 역시 동 금액 상당액만을 3차 벤더업체인 쟁점거래처에 입금해주었다.



2) 위 쟁점거래를 시작한 2014년 5월경부터 2015년 6월경까지의 계좌거래내역과 매출ㆍ ㆍ 입세금계산서 수수내역을 보면, 입ㆍ ㆍ 출금된 대금(입금표 포함)과 매출ㆍ ㆍ 입세금계산서 수수내역이 서로 일치하고 있고, 그 중 청구법인이 1차 벤더업체인 OOO에게 발급한 작성일자 2015.1.2. 공급대가 합계 OOO원의 매출세금계산서 2매에 대한 입금내역이 없는데, 이는 청구법인의 담당 세무사사무소 여직원(e)과의 업무메일(2015.3.17.)을 보면, 청구법인이 OOO에게 OOO원의 입금표를 발행하고 OOO원(인건비)을 제외한 금액 OOO원만 법인계좌로 입금받았다는 내용과, 쟁점거래처로부터 OOO원의 입금표를 받고 OOO원(인건비 상당액)을 제외한 금액 OOO원만 입금해주었다는 내용을 주고받은 것으로 나타나는 점을 감안할 때, 쟁점거래에 따른 대금지급은 정상적으로 이루어졌다.



3) 또한 위 쟁점거래 시 청구법인의 법인계좌에서 쟁점거래처에 다른 출금내역(합계 OOO원)이 있었음에도 처분청은 이에 대한 검토도 없이 쟁점금액을 가공으로 확정하는 오류를 범하였다.



(자) 처분청은 이 건 부과처분에 앞서 쟁점세금계산서(쟁점금액 포함)가 실물거래 없이 공급가액과 세액이 사실과 다르게 과다 기재되어 발급되었음을 확신하기에 충분한 정도의 입증을 하여야 함에도 이에 대한 입증을 다하지 못하였다.



1) 쟁점거래는 2014년말에 있었고, 처분청은 2016년경 청구법인의 매입처인 쟁점거래처에 대한 세무조사를 실시하였는데, 이 과정에서 청구법인(대표자 d)은 참고인으로 참석하여 쟁점거래가 실제 거래라는 취지로 진술하였다.



2) 쟁점거래는 원청업체가 국내 대기업인 OOO의 공사현장에서 이루어진 것으로, 현장 출입대장 및 발주서 등 객관적 근거가 있어야 대금결제가 정상적으로 이루어지는바, 처분청이 당시 세무조사 시 원청업체 - 1차 벤더업체(OOO등) - 2차 벤더업체(청구법인) - 3차 벤더업체(쟁점거래처) 간 대금지급 여부 등을 확인하였다면 쟁점거래가 정상적인 거래인지 여부를 충분히 확인할 수 있었을 것이다.



3) 그러나 처분청은 쟁점거래처에 대한 세무조사 이후 약 5년이 지난 2021년경 청구법인에게 쟁점거래에 대한 과세해명자료 제출을 요구하였고, 당시 청구법인은 쟁점거래와 관련한 장부보존기간(5년)이 경과되었음에도 보유하고 있던 최대한의 증빙과 함께 소명자료를 처분청에 제출하였었다.



4) 이후 정확한 이유를 알 수 없지만, 처분청은 소명자료에 대한 별도의 검토결과통지 등도 없다가, 그로부터 3년이 지난 2024년경 청구법인에게 과세예고통지를 거쳐 이 건 부과처분을 하였다.



5) 청구법인은 그 간 매출이 거의 없어 2023년경부터 세무사사무소의 권유 등으로 휴업을 결정하면서 법인사무실을 정리하고 관련 서류를 포함한 모든 집기들을 처분한 상태이다.



6) 청구법인은 당시 기장을 담당하였던 세무사사무소에 문의하였지만, 2014년경 자료는 이미 폐기되었다는 안내만 받았고, 이 건 심판청구 세무대리인은 청구법인이 2021년경 처분청에 제출한 소명자료 등을 공개해 달라는 정보공개청구를 하였으나, 처분청은 2025.4.1. ‘제출 소명자료 없음’으로 부존재 통지를 하였다.



7) 청구법인은 현재 위에서 언급한 계좌거래내역과 업무메일 외에는 보관하고 있는 자료가 없어 추가적인 소명을 할 수 없는 상황이고, 이는 특별한 사유 없이 소명자료 검토 및 과세 절차 등을 지연한 처분청에게 이 건 부과처분에 대한 입증책임이 있음이 분명하다 할 것이다.



8) 조세심판원은 이와 동일한 쟁점사안에서 장부와 증빙자료의 보존기간 5년이 경과하여 과세자료 등이 통보된 경우에는 당해 사업자에게 장부와 증빙자료의 보존기간이 경과하지 아니한 경우와 동일한 정도의 입증책임을 부담시킬 수 없으며, 과세관청이 세금계산서를 발행한 사업자로부터 가공거래를 시인하는 내용의 확인을 받는 등 당해 세금계산서가 실물거래 없이 발급되었음을 확신하기에 충분한 정도의 입증을 하여야 할 것이라는 취지로 결정(조심 2010중2914, 조심2011중3260, 조심 2007서586 등 참조)하였다.



9) 처분청은 현재까지도 쟁점세금계산서에 기재된 공급가액 중 쟁점금액이 가공임을 주장할 뿐 그 이유에 대한 구체적인 근거를 제시하지 않고, 다만 쟁점거래처가 2014년경 제출한 일용근로소득지급명세서상 지급금액이 쟁점금액에 비해 부족하다고 하나, 이는 실제 공사현장에서 일하는 인부들의 신용불량, 불법체류 등 다양한 이유에서 관련 원천징수 및 지급명세서 제출이 제대로 이루어지지 않는 경우가 많다는 점을 고려할 때, 그러한 이유만으로 청구주장을 배척하여서는 아니된다 할 것이다.



10) 따라서 처분청이 충분한 근거의 제시 없이 쟁점금액을 가공으로 보아 관련 매입세액을 불공제하는 등으로 청구법인에게 부가가치세 및 법인세를 부과한 이 건 처분은 취소되어야 한다.



(차) 청구법인은 쟁점거래처와 실제 쟁점거래를 한 후 쟁점세금계산서(쟁점금액 포함)를 적법하게 수취하였다.



1) 청구법인은 1차 벤더업체인 OOO등에게 여러 건의 용역을 공급하면서 그에 대응하는 쟁점거래처와의 매입분 쟁점거래를 통해 1매의 쟁점세금계산서(쟁점금액 포함)를 정상 수취하였다.



2) 당시 쟁점거래처가 인부들에게 인건비 지급을 차일피일 미루면서, 청구법인은 원청업체인 OOO등과 의논하여 원청업체에서 직접 해결(지급)하기로 하고 해당 인건비에 대한 입금표(약 OOO원)를 받고서 상호 처리하기로 한 후, 나머지를 청구법인의 계좌로 순차적으로 입금받았고, 청구법인 역시 쟁점거래처에게 동일한 방식으로 처리하였다.



3) 청구법인은 쟁점거래 외에 다수의 매입거래를 하였고, 그에 대응하여 OOO등 1차 벤더업체와도 매출거래가 있었다.



(2) 처분청은 2016년경 쟁점거래처에 대한 세무조사 이후 쟁점거래(쟁점세금계산서에 기재된 공급가액 중 쟁점금액 과다 기재)에 대하여 10년의 부과제척기간이 임박한 2024년경에 비로소 이 건 부과처분을 하였는데, 이는 사기 기타 부정한 행위에 대한 구체적인 입증이 없이 임의로 10년의 부과제척기간을 적용한 것인바, 이 건 처분은 부당하다.



(가) 대법원은 납세자가 사실과 다른 세금계산서를 교부받아 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우, 그러한 행위가「국세기본법」에서 규정한 ‘사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우’에 해당하기 위해서는 납세자에게 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고ㆍ납부하거나 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고ㆍ납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다는 취지로 판시(대법원 2022.5.26. 선고 2022두32825 판결 등 참조)하고 있다.



(나) 청구법인은 2021.8.10. 처분청으로부터 쟁점거래와 관련 과세해명자료 제출을 요구받았으나, 쟁점거래가 있던 2014년을 기준으로 5년의 부과제척기간 및 장부보존기간(5년)이 경과한 시점에 과세해명자료 제출을 요구한 것에 대하여 납득할 수 없다.



(다) 청구법인은 위 처분청의 요구에 따라 2021년경 일부 보관하고 있던 증빙과 함께 소명자료를 처분청에 제출하였으나, 처분청은 어떠한 이유에서인지 그에 대한 검토결과통지 등을 하지 않았다. 만약 과세대상에 해당한다면 곧바로 충분한 설명과 함께 부과처분을 하여야 함에도 이를 지연하다가 그로부터 3년이 지난 2024년경 쟁점거래를 사기 기타 부정한 행위에 해당한다고 보아 임의로 10년의 부과제척기간을 적용하여 이 건 부과처분을 하였는바, 이 또한 도저히 납득할 수 없다.



(라) 청구법인과 쟁점거래처 간 쟁점세금계산서를 수수한 쟁점거래에 대하여 사기 기타 부정한 행위로써 10년의 부과제척기간을 적용하기 위해서는 쟁점거래처가 쟁점세금계산서를 발급한 후 매출세액을 신고ㆍ납부하지 않았다거나, 신고ㆍ납부 후 경정청구를 하여 환급받는 등의 행위를 하거나, 쟁점거래처가 부가가치세 납부의무를 면탈할 것이라는 점에 대한 청구법인의 충분한 인식이 있었음이 입증되어야 하나, 처분청은 이러한 점에 대해서도 별다른 주장 또는 입증을 하지 못하고 있다.



(마) 설령, 쟁점세금계산서에 기재된 공급가액 중 쟁점금액이 사실과 다르게 과다 기재되었다 하더라도, 쟁점금액이 위장거래에 의한 것인지 아니면, 가공거래에 의한 것인지 여부에 대한 추가적인 확인등이 필요함에도, 이를 이행하지 않고 임의로 사기 기타 부정한 방법으로 단정하여 10년의 부과제척기간을 적용하고, 청구법인에게 부가가치세 및 법인세를 부과한 이 건 처분은 취소되어야 한다.



나. 처분청 의견



(1) 청구법인이 쟁점거래처로부터 수취한 쟁점세금계산서상 기재된 공급가액 중 쟁점금액은 실물거래 없이 사실과 다르게 과다 기재되었으므로, 이 건 처분은 정당하다.



(가) 청구법인은 쟁점거래처가 인부들에게 인건비를 제때 지급하지 않아 1차 벤더업체인 OOO이 쟁점거래처의 인부들에게 인건비를 직접 지급하고 이를 제외한 금액만을 청구법인에게 입금하였다는 등으로 주장하나, 이는 신뢰할 수 없다.



(나) 청구법인은 쟁점거래와 관련하여 OOO이 쟁점거래처 소속 인부들에게 인건비 등 약 OOO원을 직접 지급하였다고 주장하나, 그 지급금액이 쟁점거래와 관련한 것인지, 다른 공사용역과 관련한 것인지 여부가 불분명하다.



(다) 쟁점거래처는 2014년 귀속 근로소득지급명세서를 제출한 바가 없고, 일용근로소득지급명세서상 지급금액이 3분기 OOO원 및 4분기 OOO원 합계 OOO원에 불과하여 청구주장에 신빙성이 부족하다.



(라) 위 지급금액 OOO원 중 쟁점거래처의 실질 운영자인 c 자신에 대한 인건비 OOO원이 포함되어 있는 등 인건비를 임의로 계상한 것으로 나타나는바, 쟁점거래와 관련한 인건비 지급 여부가 객관적으로 확인되지 않는다.



(마) 쟁점거래처는 2016년경 처분청의 세무조사 당시 입금증 등을 제시하며 쟁점세금계산서를 포함한 모든 세금계산서의 수수에 대하여 실제 거래라고 주장하였으나, 입증이 부족하다는 등의 이유로 가공거래로 판정되었는바, 청구법인이 제시한 쟁점거래와 관련한 입금증도 진실한 것이라 볼 수 없다.



(바) 또한 청구법인은 청구주장을 뒷받침하는 현장별 일용근로지급대장, 금융거래내역 등 객관적인 자료를 제시하지 못하고 있다.



(2) 쟁점거래(쟁점세금계산서에 기재되어 있는 공급가액 중 쟁점금액을 사실과 다르게 과다 기재)는 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당하여「국세기본법」상 10년의 부과제척기간을 적용하는 것이 타당하므로, 이 건 처분은 정당하다.



(가) 관련 법령상 ‘사기 기타 부정한 행위’란 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적인 행위를 의미하고, 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장, 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취, 장부와 기록의 파기, 소득ㆍ수익ㆍ행위 ㆍ거래의 조작 또는 은폐 등을 ‘사기 기타 부정한 행위’로 보고 있다.



(나) 청구법인은 c이 신용도 등이 좋지 않다는 점, 어머니 b 명의의 쟁점거래처를 실제 운영한 점 및 쟁점세금계산서를 발급해주고 관련 부가가치세액을 성실히 납부하지 않을 것이라는 점 등에 대한 충분한 인식을 갖고 쟁점거래를 하였다고 보인다.



(다) 따라서 청구법인이 쟁점거래처로부터 쟁점세금계산서(쟁점금액 포함)를 수취하여, 관련 부가가치세 매입세액을 공제받고 쟁점금액 상당액을 손금산입한 것은 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당하므로 10년의 부과제척기간을 적용하여야 한다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



쟁점세금계산서상 쟁점금액을 실물거래 없이 과다 기재한 세금계산서로 보아, 10년의 부과제척기간을 적용하여 관련 매입세액을 불공제하고 해당 공급가액 상당액을 손금불산입하여 2014년 제2기 부가가치세 및 2014사업연도 법인세를 각각 부과한 처분의 당부



나. 관련 법령



(1) 국세기본법



제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 ㆍ " 조세조약ㆍ " 이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는「국제조세조정에 관한 법률」제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 ㆍ " 부정행위ㆍ " 라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여「법인세법」제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다.

1의2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간

가.「소득세법」제81조 제3항 제4호

나.「법인세법」제76조 제9항 제4호

다.「부가가치세법」제60조 제2항 제2호ㆍ제3항 및 제4항



제85조(장부 등의 비치와 보존) ② 제1항에 따른 장부와 증거서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 해당 국세의 법정신고기한이



지난 날부터 5년간 보존하여야 한다.



(2) 국세기본법 시행령



제12조의2(부정행위의 유형 등) ① 법 제26조의2 제1항 제1호에서 ㆍ " 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위ㆍ " 란「조세범 처벌법」제3조 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다.



(3) 조세범 처벌법



제3조(조세 포탈 등) ① 사기나 그 밖의 부정한 행위로써 조세를 포탈하거나 조세의 환급ㆍ공제를 받은 자는 2년 이하의 징역 또는 포탈세액, 환급ㆍ공제받은 세액(이하 ㆍ " 포탈세액등ㆍ " 이라 한다)의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.

⑥ 제1항에서 ㆍ " 사기나 그 밖의 부정한 행위ㆍ " 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장

2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취

3. 장부와 기록의 파기

4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐

5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작

6.「조세특례제한법」제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리 설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작

7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위



(4) 부가가치세법



제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하  "필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.



다. 사실관계 및 판단



(1) 국세청 전산자료 등에 의하면, 청구법인은 2012.11.22. 설립된 후 2023.3.1. 휴업신고를 한 것으로 나타난다.



(2) 국세청 전산자료 등에 의하면, 쟁점거래처의 2014년 일용근로소득지급명세서상 지급금액은 3분기 OOO원 및 4분기 OOO원 합계 OOO원인 것으로 나타난다.



(3) 국세청 전산자료 등에 의하면, 청구법인이 OOO등에게 한 전자매출세금계산서 발급내역 및 쟁점거래처로부터의 쟁점세금계산서 수취내역은 다음과 같다.

(단위 : 원)





(4) 처분청의 2016년경 쟁점거래처에 대한 부가가치세 조사종결보고서(보충조서)상 주요내용(청구법인과 관련한 조사내용 포함)은 다음과 같다.



(5) 청구법인은 다음과 같이 증빙 등을 제시하면서 이 건 처분이 부당하다고 항변한다.



(가) 청구법인이 제시한 법인계좌를 보면, 쟁점거래가 있던 시기인 2014.12.2.부터 2015.1.5.까지 쟁점세금계산서에 기재되어 있는 공급가액(쟁점금액 포함) 중 일부 금액(합계 OOO원)이 쟁점거래처 등에게 출금된 것으로 나타난다.



＜청구법인의 계좌거래내역(일부 발췌)＞

(단위 : 원)



(나) 계좌거래내역 및 세금계산서 발급내역 등에 의하면, OOO의 1차 벤더업체들에게 공사용역을 제공하던 시기인 2014년 5월부터 2015년 6월까지 쟁점거래에 대응하는 매출 공사용역으로 입금된 매출금액과 매출세금계산서 발급내역은 서로 일치하는 것으로 나타나고, 다만 OOO을 매출처로, 작성일자를 2015.1.2.로 발급된 매출세금계산서상 공급대가 합계 OOO원에 대한 입금내역이 없으나, 이는 담당 세무사사무실 직원(e)과의 업무메일(2015.3.17.) 및 입금표 등과 같이 OOO이 청구법인을 거치지 않고 청구법인으로부터 위 금액에 해당하는 입금표를 받은 후 쟁점거래처 소속 인부들에게 인건비OOO를 직접 지급하고 나머지 금액OOO만 수취하였으며, 청구법인도 쟁점거래처에게 매입분 OOO원의 입금표를 받고 인건비 상당액OOO을 제외한 나머지 금액OOO만 지급해 주었던 것으로 확인된다.



(다) 청구법인이 제시한 처분청의 정보공개청구 결정통지(2025.4. 1.)를 보면, 이 건 심판청구 세무대리인은 청구법인이 2021년경 처분청에 제출한 소명자료 등을 공개해 달라는 정보공개청구를 하였고, 처분청은 2025.4.1. ‘제출 소명자료 없음’으로 부존재 통지를 한 것으로 나타나고, 주요내용은 다음과 같다.



＜정보공개청구 결정통지＞



(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.



(가) 처분청은 청구법인이 쟁점거래처로부터 실물거래 없이 공급가액과 세액을 사실과 다르게 과다 기재한 쟁점세금계산서를 수취하였으므로 이 건 처분이 정당하다는 의견이나, 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 ‘사실과 다른’ 세금계산서에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이고(대법원 2009.6.23. 선고 2008두13446 판결, 같은 뜻임), 과세관청은 당해 세금계산서가 실물거래 없이 발행되었음을 확신하기에 충분한 정도의 입증을 하여야 할 것이며(조심 2007서586, 2007.8.21. 외 다수 같은 뜻임),「국세기본법」제85조 제2항은 납세자가 거래에 관한 장부 및 증빙서류를 당해 국세의 법정신고기한이 경과한 날부터 5년간 보존하여야 한다고 규정하고 있는바,



청구법인은 이 건 2014년 제2기 부가가치세 확정신고기한(2015.1. 25.), 2014사업연도 법인세 신고기한(2015.3.31.)으로부터 5년 및 일반적인 부과제척기간이 각각 경과한 시점(2021년 8월경)에 처분청으로부터 쟁점거래에 대한 과세해명자료의 제출을 요구받은 것으로 확인되고, 청구법인이 제출한 당시 소명자료에 대하여 2025년 정보공개청구하였으나 처분청은 ‘소명자료 부존재’로 답변한 점, 처분청의 쟁점거래처에 대한 조사종결보고서상 처분청은 2016.3.16. 쟁점거래처에 대한 조사를 조세범칙조사로 전환하면서「조세범 처벌법」등에 따라 고발 조치한다는 내용만 기재되어 있을 뿐, 실제로 사법기관에 고발하였는지 여부 및 그에 따른 처벌 등의 결과에 대한 증빙의 제시가 없는 점, 청구법인의 대표자는 2025.9.11. 조세심판관회의에 참석하여「조세범 처벌법」등에 따른 고발 등의 처벌을 받지 아니하였다고 진술하고 있는 점, 청구법인은 쟁점거래의 직접적인 거래 당사자로서 처분청의 쟁점거래처에 대한 조사 당시 쟁점세금계산서를 적법하게 수취하였다는 취지로 진술하였음에도 처분청은 이와 관련하여 청구법인에 대한 어떠한 확인 또는 조사 절차를 밟지 아니한 것으로 확인되는 점,



처분청은 쟁점거래에 따른 청구법인의 매출분 공사용역(1차 벤더업체 OOO등과 청구법인 간 거래)은 정상으로 인정하면서도 그와 대응하는 매입거래인 쟁점세금계산서 수취내용(쟁점금액)을 구체적인 증빙 없이 부인한 점, 청구법인은 쟁점거래와 관련하여 1차 벤더업체인 OOO으로 하여금 쟁점거래처 소속 인부들에게 인건비를 직접 지급하기로 하고 나머지 금액을 지급받은 후, 같은 방식으로 쟁점거래처에 인건비 상당액을 제외한 나머지 금액을 지급해주었다고 진술하였고, 청구법인이 제시한 입금증 및 세금계산서 발급내역 등이 서로 일치하는 점 등을 감안할 때 청구주장에 신빙성이 있어 보이는 점, 청구법인의 계좌거래내역상 쟁점거래 당시 OOO원이 청구법인 계좌에서 쟁점거래처 등에게 출금된 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 처분청의 쟁점거래처에 대한 조사내용만으로 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 공급가액과 세액을 사실과 다르게 과다 기재한 것이라 단정하기는 어렵다 하겠다.



따라서, 처분청이 쟁점세금계산서상 공급가액 중 쟁점금액을 실물거래 없이 사실과 다르게 과다 기재한 것으로 보아, 관련 부가가치세 매입세액을 불공제하고, 쟁점금액 상당액을 손금불산입하여 부가가치세 및 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.



(나) 또한, 처분청은 쟁점거래에 대하여 10년의 부과제척기간을 적용한 이 건 처분이 정당하다는 의견이나,「국세기본법」제26조의2 제1항에서 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출한 경우 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 부과제척기간 5년이 만료된 날 후에는 부과할 수 없는 것을 원칙으로 하되, 다만 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ ㆍ 공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년을 적용하도록 규정하고 있고, 동 규정에서 ‘사기 기타 부정한 행위’라 함은 ‘조세포탈을 가능케 하는 사회통념상 부정이라고 인정되는 행위로서 조세의 부과ㆍ ㆍ 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위’를 말하는 것이며, 10년의 부과제척기간이 적용되기 위해서는, 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고ㆍ납부하거나 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고ㆍ납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 하는 것인바(대법원 2022.5.26. 선고 2022두32825 판결 등, 같은 뜻임),



처분청은 쟁점거래처에 대한 조사내용만으로 쟁점세금계산서를 가공의 것으로 단정하였을 뿐, 청구법인 및 쟁점거래처가 쟁점거래를 통해 부가가치세 등 납부의무를 면탈하고자 함이 있었는지 등을 구체적으로 입증하지 못한 점, 청구법인 및 쟁점거래처가「조세범 처벌법」등에 따라 고발 및 처벌 등의 이력이 구체적으로 확인되지 않는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점거래에 대하여 10년의 부과제척기간을 적용한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.