OOO세무서장이 2023.12.6. 청구법인에게 한 종합소득세(배당소득) 2019년 귀속 원천징수분 OOO원과 법인세 2019사업연도분 OOO원, 2020사업연도분 OOO원, 2021사업연도분 OOO원 및 2022사업연도분 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요



가. 청구법인은 2019.10.8. 계열회사인 ㈜A(이하  "피합병법인”이라 한다)를 흡수합병(이하  "쟁점합병”이라 한다)하는 계약을 체결한 후 2019.12.31. 흡수합병 등기를 경료하고 쟁점합병이 「법인세법」제44조에 따른 적격합병요건을 충족하였다고 보아 2020사업연도 이후 법인세 신고 시 피합병법인의 이월결손금을 승계하여 법인세를 신고하였다.



나. 서울지방국세청장(이하  "조사청”이라 한다)은 2023.7.20.부터 2023.10.11.까지 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 청구법인의 법인등기부상 목적사업이 부동산임대업이지만 청구법인이 부동산임대업에 사용하던 부동산(이하  "쟁점부동산”이라 한다)을 양도(2019.7.26.)하여 쟁점합병 당시 부동산임대업 관련 매출이 발생하지 않았고, 법인등기부상 목적사업으로 기재되지 않은 지주사업과 관련해서도 손익이 발생한 사실이 확인되지 않아 청구법인이 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하지 않은 것으로 보고,



쟁점합병을 「법인세법」제44조 제2항 제1호 요건(합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인간 합병일 것)을 충족하지 못한 비적격합병이라고 보아 과세자료를 처분청에 통보하였고,



이에 따라 처분청은 2023.12.6. 피합병법인 주주에 대한 의제배당에 따른 2019년 귀속 배당소득세 OOO원(원천징수분)과 지급명세서 미제출에 따른 2019사업연도 법인세 OOO원(가산세) 및 피합병법인의 이월결손금 승계 부인에 따른 2020~2022사업연도 법인세 합계 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.



다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.2.28. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구법인 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인 주장



(1) 청구주장에 앞서 법인등기부상 목적사업과 관계없이 ‘지주회사업’을 영위할 수 있는지 여부와 적격합병 요건 등에 대하여 살펴보면 아래와 같다.



(가) 법인등기부상 목적사업과 상관없이 지배목적 주식 보유를 통해 ‘지주회사업’을 영위할 수 있다.



1) 지주회사(Holding Company)는 다른 회사를 지배할 정도의 비율의 주식을 ‘보유’함으로써 그 회사에 대하여 실질적인 지배권을 취득하는 것을 목적으로 하는 회사로서, 자회사에 주주로서의 영향력을 행사하는 것을 그 본질적인 요소로 하는 회사를 의미한다(대전고등법원 2012.6.21. 선고 2011누2314 판결 참조).



2) 한국표준산업분류도 금융업 산하에 지주회사(64992)를 두면서, 위 업종을 ‘다른 기업체의 지배적 지분을 소유하거나 회사의 경영전략에 영향력을 행사할 목적으로 주식을 확보, 유지하는 산업활동’으로 정의하고 있다. 따라서 회사가 다른 회사의 지분을 소유하여 다른 기업의 지배적 지분을 소유하거나 회사의 경영전략에 영향력을 행사하는 영업을 하였다면, 이는 ‘지주회사업’으로서 독립된 사업에 해당하고, 위와 같은 사업을 합병등기일 현재 1년 이상 영위하고 있었다면 사업영위기간 요건을 충족한 것으로 보아야 한다.



3) 기획재정부는 ‘자본시장법상 허용되는 투자 또는 재산의 운용’을 등기부상 목적사업으로 기재한 회사가 (등기부상 목적사업이 아닌) ‘지주회사업’을 영위한 경우 사업영위기간 요건을 충족한 것인지 여부와 관하여  "내국법인이 직원을 고용하거나 물리적인 사무실을 보유하는 등 형식적 요건을 갖추지 않더라도 주주총회 참여를 통한 의결권 행사, 주식인수를 위한 차입금 원리금의 상환, 외부감사 수감, 각종 회계ㆍ법률 수수료의 지출, 경영활동에 대한 모니터링, 주식의 관리 및 이사회 결의에 의한 재무제표 승인 등 실질적으로 다른 기업체의 지배적 지분을 소유하거나 회사의 경영전략에 영향력을 행사할 목적으로 주식을 확보ㆍ유지하는 한국표준산업분류상 지주회사(64992)에 해당하는 사업을 1년 이상 계속하여 영위한 경우에는 「법인세법」 제44조 제2항 제1호의 요건을 갖춘 것으로 보는 것”이라고 판단하였다(기획재정부 법인세제과-1053, 2019.7.29.).



4) 국세청도 위와 유사하게 정관이나 법인등기부등상 목적사업으로 등재되지 않은 사업인 지주회사업을 영위한 자가 사업영위기간 요건을 충족한 것인지 여부에 관하여  "내국법인이 정관이나 등기부에 자회사의 주식 보유를 목적사업으로 규정하고 있지 아니하나, 합병등기일 현재 사실상 한국표준산업분류상 비금융 지주회사(71520)에 해당하는 사업을 1년 이상 계속하여 영위한 경우에는 「법인세법」 제44조 제1항 제1호의 요건을 갖춘 것으로 보는 것”이라고 판단하고 있다(국세청 법인세과-792, 2009.7.14.).



5) 즉, 사업영위기간 요건 총족여부에 대한 판단에 있어서 ‘사업’을 계속하였는지 여부는 정관 또는 등기부상목적사업 등 형식적 요건과 관계없이 실질적으로 해당 업무를 수행했는지 여부에 따라 판단해야 하고, 주식 보유를 통하여 계열회사에 대한 실질적인 지배권을 취득하고 영향력을 행사하는 것도 ‘지주회사’에 해당하는 ‘사업’을 영위한 경우에 해당하는바, 이를 1년 이상 영위한 경우 사업영위기간 요건을 충족하는 것이다.



(나) 적격합병 등에 관한 법원 판례와「법인세법」상 규정 등을 살펴보면 아래와 같다.



1) 대법원은  "법해석의 목표는 어디까지나 법적 안정성을 저해하지 않는 범위 내에서 구체적 타당성을 찾는 데 두어야 한다. 그리고 그 과정에서 가능한 한 법률에 사용된 문언의 통상적인 의미에 충실하게 해석하는 것을 원칙으로 하고, 나아가 법률의 입법 취지와 목적, 그 제ㆍ개정 연혁, 법질서 전체와의 조화, 다른 법령과의 관계 등을 고려하는 체계적ㆍ논리적 해석방법을 추가적으로 동원함으로써, 앞서 본 법 해석의 요청에 부응하는 타당한 해석이 되도록 하여야 한다”라고 판시함으로써 법질서 전체와의 조화, 다른 법령과의 관계를 고려하는 체계적ㆍ논리적 해석방법을 통한 법해석도 법의 ‘문언상 해석’의 한 방법으로 인정하고 있다(대법원 2009.4.23. 선고 2006다81035 판결).



2) 「법인세법」은 1998.12.28. 전부 개정을 통하여, 기업조직재편을 촉진할 목적에서, 사업의 계속성과 지분의 연속성이 유지되는 합병ㆍ분할의 경우, 이를 과세의 계기로 삼지 않도록 하는 적격합병 및 적격분할 규정을 동시에 도입하였다(대법원 2018.6.28. 선고 2016두40986 판결 참조). 즉, 적격합병 및 분할에 관한 「법인세법」 규정은, 동일한 입법목적(기업조직재편 지원)을 달성하기 위하여, 기업조직재편의 각 방법(기업결합, 기업분할)에 대하여 각각 규정하고 있는 것이므로, 적격합병 및 분할 관련 규정은 법령 상호 간의 관계를 종합하여 체계적으로 해석하여야 한다.



3) 「법인세법」은 적격분할의 요건 중 하나로 ‘분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문’을 분할할 것을 요하고 있는데(「법인세법」 제46조 제2항 제1호 가목), 이때 ‘지배목적으로 보유한 주식 등과 그와 관련된 자산ㆍ부채만으로 구성된 사업부문’을 독립된 사업부문으로 인정하고 있다. 즉, 법인세 법령은 ‘지배목적으로 주식 및 관련 자산을 보유하는 사업부문’을 분리하여 위 사업부문만으로도 법인을 설립하기에 적합한 사업부문이라고 여기고, 그러한 점을 법 문언에 명확히 규정한 것이다.



4) 따라서 적격합병 요건 중 사업영위기간 요건을 해석함에 있어서도 법인이 ‘지배목적으로 주식 및 관련 자산을 보유’하였다면 이는 독립된 사업을 영위한 것으로 보아야 한다. 그렇게 해석하지 않는다면, 어떠한 법인이 지배목적으로 보유하는 주식 및 그와 관련된 자산, 부채만을 보유하고 있는 경우에 대하여, ① 적격분할 세제에서는 이를 분리하여 사업이 가능하고, 위 사업부문만으로 법인을 설립하기에 적합한 독립된 사업부문으로 보는 반면, ② 적격합병 세제에서는 이를 ‘사업’을 영위하고 있지도 않은, 사실상의 폐업 중인 법인이라고 보는 불일치가 발생하게 되는바, 이는 「법인세법」체계정합성에 반한다. 따라서, 적격분할 세제와의 체계적ㆍ논리적 해석 방법을 고려할 때, 법인이 주식 보유를 통하여 계열회사에 대한 실질적인 지배권을 취득하고 영향력을 행사하였다면, 이는 ‘사업’을 영위한 경우에 해당함이 명백하다.



(2) 청구법인은 지배목적으로 주식을 보유하고 지주업을 영위하였으므로 쟁점합병은 적격합병요건을 충족한 적격합병에 해당한다.



(가) 청구법인의 지배목적 주식보유를 통한 지주회사 사업을 수행하였다.



1) 청구법인은 합병등기일 현재 1년 이상, 지배목적으로 ㈜B 주식을 보유함으로써 ㈜B를 자회사로 두고(지분비율 50.53%), 지배력을 행사하고 있었다(2019년 감사보고서).



2) 아래 ＜표1＞의 C 지분구조도를 보면, 청구법인은 ㈜B를 자회사로 지배하고, ㈜B는 다시 ㈜D(100%), ㈜E(49%), ㈜F(48.3%), ㈜G(50.61%), ㈜H(100%), ㈜I(61.1%), ㈜J(100%) 등을 지배하고 있으며, 그 중 ㈜D은 ㈜K 지분 47.62%를 확보함으로써 위 회사를 지배하고, ㈜K는 ㈜L(지분 100%) 및 ㈜M(지분 47.75%)를 각 지배하고 있음을 알 수 있다. 즉, 청구법인은 C 지배구조의 정점에 있는 회사로서 지주회사의 역할을 수행할 수밖에 없는 구조를 가지고 있는 것이다.



＜표1＞ C그룹 지분구조(2019.6.30. 기준)

○○○



3) 특히, 쟁점합병 이후에도 청구법인은 C 지주회사 역할을 계속하여 수행하고 있는데, 순환출자구조 정리 및 청구법인의 추가적인 지분확보를 통하여 청구법인의 지주회사 지위는 더욱 강화된 것을 확인할 수 있다.



＜표2＞ C그룹 지분구조(2023.6.30. 기준)

○○○



4) 뿐만 아니라 청구법인이 쟁점부동산을 매각하기 이전의 재무제표를 보더라도, 청구법인의 주요 자산은 ‘투자부동산’이 아닌 ‘종속기업 투자주식’인 것을 알 수 있다. 합병등기일이 속하는 사업연도의 경우 청구법인의 자산 총액 중 약 69% 이상이 종속기업 투자주식에 해당하는바, 이에 비추어 볼 때 청구법인은 쟁점부동산 매각 이전에도 지배목적 주식보유를 통한 지주회사업을 주된 사업으로 수행하고 있었던 것이다.



5) 또한 청구법인은 종속기업 투자주식을 회사 설립 직후부터 계속하여 상당한 비율로 보유하고 있었고, 2001.6.5. 설립된 직후인 2003년부터 종속기업 투자주식을 보유하기 시작하였는데, 그 이후부터 합병등기일 이전까지 전체 보유자산 대비 투자주식의 비율은 50% 이상, 많게는 약 85%에 달하였으며, 합병등기일 이후에는 그 비중이 더욱 확대되어 80% 이상을 차지하고 있다. 즉, 실질에 비추어 볼 때, 청구법인이 설립 이래로 계속하여 영위한 사업은 ‘지주회사업’임이 명백하다.



(나) 청구법인은 지주회사로서 업무를 수행하였고 이를 구체적으로 살펴보면 아래와 같다.



1) 청구법인은 지배목적으로 주식을 보유하였을 뿐만 아니라, 특수관계인의 차입을 위해 보유 주식을 담보로 제공하거나, 계열회사에 자금을 대여하고, 자회사 주주총회에 출석하며, 계열회사 주식을 추가로 취득하는 등 지주회사로서의 구체적인 업무도 함께 수행하였다.



2) 청구법인은 쟁점합병 이전에 특수관계인인 ㈜N의 차입에 대하여, 보유하고 있던 ㈜B 주식 OOO주를 O에 담보로 제공함으로써 특수관계인의 자금 조달을 지원하였다.



3) 또한 청구법인은 2019.7.29. 계열회사인 ㈜P에게 OOO원을 만기일을 2020.7.28.로, 이자율을 4.6%로 하여 대여함으로써 계열회사의 원활한 사업 수행을 보조하였다.



4) 뿐만 아니라 청구법인은 쟁점합병 이전인 2019.3.25. 자회사 ㈜B의 제OOO기 주주총회에 출석하여, 재무제표 승인, 이사, 감사의 각 선임 등 안건에 대한 의결권을 행사하였다. 즉, 청구법인은 ㈜B의 주식을 보유하기만 한 것이 아니라, 과반수 지분에 해당하는 의결권을 적극적으로 행사함으로써 ㈜B를 실질적으로 지배하였고, 이를 통하여 C 전체의 경영전략에 영향력을 행사하였음을 알 수 있다.



5) 그 외에도 청구법인은 쟁점합병 이전인 2019.7.29. Q 회장으로부터 계열회사인 R의 기명식 보통주 OOO주를 OOO원에 양수함으로써 지주회사로서의 역할을 더욱 강화하기도 하였다(2019.7.18.자 이사회의사록).



6) 위와 같은 점을 종합할 때, 청구법인은 지배목적 주식 보유 및 의결권 행사를 통하여 계열회사에 대한 지배력 및 영향력을 행사하고, 계열회사의 자금조달을 지원하는 등의 역할을 수행하였는바, 청구법인은 지주회사에 해당하는 사업을 합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 영위함으로써 사업영위기간 요건을 충족하였음이 명백하다.



(다) 쟁점합병을 비적격합병으로 보아 과세한 처분은 아래와 같은 이유로 위법하다.



1) 사업영위기간 요건으로서의 ‘사업’은 등기부상 목적사업에 국한되지 않는다. 조사청은 청구법인이 수행할 수 있는 사업이 등기부상 목적사업에 한정된다는 전제에서, 청구법인의 등기부상 목적사업이 ‘부동산임대업’인데 청구법인은 임대사업을 영위할 인적ㆍ물적 설비가 없어 사실상 휴업상태였다고 판단하였다. 하지만, 사업영위기간 요건 충족 여부를 판단할 때의 ‘사업’ 영위 여부는 등기부상 목적사업이 아닌 실제 영위한 사업을 기준으로 판단하여야 하는바, 이와 다른 전제에 선 조사청의 과세근거는 위법하다.



가) 조세법률주의 위반



대법원은 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다고 판시하면서(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결 등 다수), 예컨대 구 「소득세법」 제81조 제8항 소정의 증빙불비가산세 부과대상으로서의 ‘법정증빙서류 외의 증빙을 수취한 경우’에 ‘증빙을 수취하지 않은 경우’를 포함한다고 해석하는 것은 문언의 해석 가능한 범위를 넘어 조세법률주의에 기초한 엄격해석의 원칙에 반하므로 과세관청이 증빙서류를 수취하지 않은 납세자에 대하여 한 증빙불비가산세 부과처분이 위법하다고 판단하는 등(대법원 2007.6.28. 선고 2005두13537 판결) 조세 법규를 해석함에 있어서 문언의 범위를 넘어서는 해석은 허용되지 않는 것으로 판단하고 있다.



사업영위기간 요건의 문언은  "합병등기일 현재 1년 이상 ‘사업’을 ‘계속’하던 내국법인 간의 합병일 것”이라고만 규정되어 있는바, 위 요건의 의미는 문언 그대로 어떠한 사업이든 1년 이상 계속하기만 하면 위 요건을 충족하는 것으로 해석하여야 하고, 사업의 범위를 등기된 목적사업으로 한정하는 것은 아무런 근거없이 조세법 문언을 축소해석하는 것으로서 조세법률주의에 위반된다.



나) 타 입법례와 비교를 통한 해석



다른 조세법 규정의 입법례와 비교하더라도, 업무 또는 사업의 범위를 정관 또는 등기부상 목적사업으로 한정하기 위해서는 그에 대한 명시적인 법규정이 있어야 함을 알 수 있다.



예컨대, 「지방세특례제한법」은 특정목적 부동산 취득에 대하여 지방세를 감면 또는 면제하기 위한 요건으로 ‘고유업무에 직접 사용’할 것이라는 요건을 두고 있는데, 「지방세특례제한법」 제2조 제1항 제1호는  "‘고유업무’란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다”라고 규정하고 있는바, 지방세를 감면 또는 면제받기 위한 ‘업무’의 범위는 법령의 규정에 의하여 법인등기부에 기재된 목적사업만으로 제한된다.



또한, 구 「지방세법」(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것)은 법인의 비업무용 토지에 대해서 취득세를 중과하도록 규정하고 있었는데, 같은 법 시행령(1996.12.31. 대통령령 제15211호로 개정되기 전의 것) 제84조의4 제2항은 법인의 고유업무를  "1. 법령에서 개별적으로 규정한 업무, 2. 법인등기부상 목적사업으로 정하여진 업무, 3. 행정관청으로부터 인ㆍ허가를 받은 업무”라고 열거함으로써 취득세 중과세율을 적용받지 않기 위한 업무의 범위를 구체적으로 제한하고 있었다.



법원은 위 각 규정을 해석할 때, 조세법령이 조세 감면 또는 중과세율을 적용받지 않기 위한 요건으로서의 ‘업무’(사업) 범위를 등기부상 목적사업 등으로 명확하게 규정하고 있는 경우에는, 목적사업 외의 업무를 수행하더라도 이는 ‘업무’에 해당하지 않는 것이라고 판시하고 있다(서울행정법원 2019.9.6. 선고 2019구합57305 판결, 대법원 1997.4.11. 선고 97누478 판결 참조). 이를 반대해석하면, ‘사업’의 의미를 등기부상 목적사업으로 제한하기 위해서는, 사업의 범위를 제한한다는 명시적인 법규정이 있어야 하는 것임을 알 수 있다.



그런데 이와 달리 적격합병 요건 중 사업영위기간 요건은 그 법규정에 ‘사업’을 ‘계속’할 것이라고만 규정되어 있고, 그와 달리 사업의 범위를 제한하는 어떠한 규정도 없음이 명확하므로, 위 사업의 범위를 등기부상 목적사업으로 한정하는 것은 위법하다.



이러한 점을 종합할 때, 사업의 영위 여부는 등기부상 목적사업과 같은 형식에 따라 판단하는 것이 아닌 실제 사업의 존속 여부를 실질에 따라 판단해야 하므로, ㈜B 주식을 보유하고, 계열회사 지원 등의 업무를 수행함으로써 지주회사업을 수행하였던 청구법인은 사업영위기간 요건을 충족한 것으로 보아야 한다.



2) 청구법인은 사업을 영위할 인적ㆍ물적 설비를 갖추고 있었다.



가) 조사청은 청구법인이 2019년 7월경 쟁점부동산을 매도하였고, 2019년 대표이사 S가 퇴임하였다는 점을 근거로, 청구법인이 목적사업(부동산임대업)을 영위할 물적ㆍ인적 구성이 없는 사실상 휴업상태에 있다고 판단하였다.



그러나 지주회사 사업의 경우, 보유하고 있는 주식 자체가 필수적인 물적설비에 해당하고, 종전 대표이사 S가 퇴임하였다고 하여 인적 공백이 발생하는 것은 아니므로, 조사청의 위 과세근거 역시 위법하다.



나) 법원은 적격분할의 요건인 독립된 사업부문인지 여부가 문제된 사안에서  "부동산 임대ㆍ투자사업은 그 사업의 특성상 별다른 물적ㆍ인적 자원이 필요하지 않을 수 있으므로 수익을 목적으로 하여 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성을 가지고 사업을 영위하여 왔다면 이를 토대로 독립된 사업활동을 할 수 있다”라고 판시함으로써 사업 영위 여부는 물적ㆍ인적 시설 유무에 따라 일률적으로 판단하는 것이 아니고, 그 업종의 특성, 실질적인 사업수행 여부 등을 고려하여 판단해야 한다고 판시하고 있다(서울고등법원 2019.6.28. 선고 2018누73562 판결).



이를 종합할 때, 다른 회사를 지배할 목적으로 주식을 보유함으로써 그 회사에 대한 실질적인 지배권을 취득하는 것을 목적으로 하는 지주회사의 경우에는(대전고등법원 2012.6.21. 선고 2011누2314 판결 참조) ‘보유’하고 있는 다른 회사의 주식 자체가 사업을 영위하기 위한 본질적이고 핵심적인 물적 설비라고 할 수 있다. 청구법인이 쟁점부동산을 매각하기 이전에도, 청구법인의 핵심 자산은 ‘투자부동산’이 아닌 자산총액의 약 69% 이상을 차지하는 ‘종속기업 투자주식’이었다. 즉, 지주회사업을 영위하는 청구법인이 쟁점부동산을 매각하였다고 하더라도 핵심자산으로서의 ㈜B 주식이 남아 있는 이상, 청구법인의 물적설비가 결여된 것으로 볼 수는 없다.



다) 또한, 청구법인은 2019.8.16. S 대표이사의 사임 후, 같은 날 T을 대표이사로 선임하였는바, S의 대표이사 퇴임으로 인한 청구법인의 인적 공백도 발생하지도 않는다. 따라서 청구법인에는 지주회사 업무를 수행할 수 있는 대표이사가 있었음이 명백하므로, 청구법인에 인적 구성이 없었다는 조사청의 과세근거는 부당하다.



(라) 사업영위기간 요건을 엄격하게 해석하여 쟁점합병을 비적격합병으로 판단한 것은 부당하다.



1) 조사청은 사업영위기간 요건 충족 여부를 판단함에 있어서, 등기부상 목적사업을 영위하면서, 일정한 매출을 일으킨 경우에 이르러야만 위 요건이 충족한 것이라고 판단하는 등 위 요건을 매우 엄격하게 해석하고 있다.



2) 그러나 사업영위기간 요건은 합병을 하려는 법인이 과거 1년 이상 사업을 계속하였어야 한다는 요건으로서 사업상의 목적 여부와는 관련없는 지극히 형식적인 요건에 불과하다. 즉, 위 요건은 기본적으로 어떠한 목적에서 합병을 하였는지 여부와 상관없이 합병등기일로부터 1년 이상 ‘사업’을 계속하기만 하면 충족되는 것인바, 휴업 중인 법인이거나 합병등기일로부터 1년 이내에 설립된 법인만 아니라면 위 요건을 충족하지 못하는 경우는 상정하기도 어렵다(‘기업인수합병 과세제도에 관한 연구’, 한국조세연구원). 더욱이, (소멸법인이 아니라) 합병 이후에도 존속하고 계속하여 사업을 영위하고 있음이 명백한 존속법인이 위 요건을 충족하지 못하는 경우는 더더욱 상정하기 어려울 것이다.



3) 적격합병 세제는 조세의 감면 또는 면제의 혜택을 주는 것이 아니라, (기업구조조정을 촉진할 목적에서) 과세이연의 혜택만을 부여하는 것에 불과하고, 과세이연의 혜택 부여 이후에 합병법인이 사업의 계속성, 지분의 연속성, 고용의 지속성 등을 결하는 경우에는 사후추징규정도 두고 있다. 즉, 적격합병 규정은 기본적으로 세금 자체를 감면하는 것이 아니라 과세의 시기를 이연하는 혜택을 부여할 뿐이고, 설령 적격합병의 취지에 부합하지 않는 경우가 발생하더라도 사후관리규정에 따라 이연하였던 세액을 추징하면 족한 것이므로, 적격합병 요건 충족 여부(특히 지극히 형식적인 요건에 불과한 사업영위기간 요건 충족 여부)를 엄격하게 판단할 필요는 없다.



4) 또한, 청구법인은 쟁점합병 합병등기일 전 1년 이상 지주회사로서 업무를 수행함으로써 적격합병의 요건을 모두 갖추었을 뿐만 아니라, 현시점에서도 이와 같은 지주회사로서의 역할을 담당함으로써 순환출자구조를 해소하고 C 전체를 전략적으로 통제하는 역할을 하고 있는바, 이는 「법인세법」이 적격합병의 경우 과세이연의 혜택을 부여하는 취지와 정확히 일치한다.



5) 이를 종합할 때 조사청의 사업영위기간 요건에 대한 주장은 위법하고, 쟁점합병은 「법인세법」이 적격합병을 통해 달성하고자 하는 입법목적에 정확히 부합하므로 쟁점합병은 적격합병으로 보아야 한다.



(3) 예규 등에 대한 추가 의견은 아래와 같다.



(가) 국세청 및 기획재정부 예규 관련 보충 이유서



1) 국세청 및 기획재정부 역시 사업영위기간 요건을 해석할 때 ‘사업’에 해당하는지 여부는 정관 또는 등기부상 목적사업 등 형식적 요건과 관계없이 실질적으로 사업을 영위했는지 여부에 따라 판단해야 한다고 명시적으로 판단하고 있다. 그럼에도 불구하고 조사청은 각 예규와 이 사건의 구체적인 사실관계가 다르다면서, 위 예규의 법리가 이 사건에 적용될 수 없다는 납득하기 어려운 주장을 하고 있다.



2) 조사청은 해당 예규 중, 국세청 예규(법인세과-792, 2009.7.14.)는 오직 법인등기부상 목적사업으로 기재되지 않은 지주회사업만을 수행하고 다른 사업은 영위하지 않은 회사에 한하여 적용될 수 있는데, 청구법인은 부동산임대업도 영위하였기 때문에 이 사건에서는 위 예규가 적용될 수 없다는 의견이다.



하지만 ① 지주회사업만을 영위한 회사나 지주회사업과 다른 업무를 함께 수행한 회사는 모두 지주회사업을 수행하였다는 점에서 동일하므로, 위 각 회사를 달리 취급해야 할 아무런 이유가 없다. ② 조사청과 같이 해석할 경우, 사업을 많이 영위할수록 오히려 사업영위기간 요건을 충족이 어렵다는 부당한 결론에 이르게 되는바, 조사청의 주장은 지극히 자의적인 것으로서 부당한 것이다. ③ 더욱이, 이 사건 각 예규의 취지는 법인등기부상 기재되지 않은 사업이라도 사업을 실질적으로 수행하기만 하면 사업영위기간 요건을 충족한 것으로 보아야 한다는 취지인바, 달리 지주회사업 이외에 다른 사업을 함께 영위하면 위 예규의 법리가 적용될 수 없다고 볼 아무런 근거도 없다.



3) 또한 조사청은 기획재정부 예규(법인세제과-1053, 2019.7.29.)에서 지주회사가 수행할 수 있는 업무(주주총회 참여를 통한 의결권 행사, 주식인수를 위한 차입금 원리금의 상환, 외부감사 수감, 각종 회계ㆍ법률 수수료의 지출, 경영활동에 대한 모니터링, 주식의 관리 및 이사회 결의에 의한 재무제표 승인 등)를 한정적으로 열거하고 있으므로, 위 업무를 수행하여야만 지주회사에 해당하는 것이라는 취지로 주장하나, 이는 위 기획재정부 예규의 취지를 왜곡하는 것이다.



기획재정부는  "내국법인이 직원을 고용하거나 물리적인 사무실을 보유하는 등 형식적 요건을 갖추지 않더라도 주주총회 참여를 통한 의결권 행사, 주식인수를 위한 차입금 원리금의 상환, 외부감사 수감, 각종 회계ㆍ법률 수수료의 지출, 경영활동에 대한 모니터링, 주식의 관리 및 이사회 결의에 의한 재무제표 승인 등 실질적으로 다른 기업체의 지배적 지분을 소유하거나 회사의 경영 전략에 영향력을 행사할 목적으로 주식을 확보ㆍ유지하는 한국표준산업분류상 지주회사에 해당하는 사업을 1년 이상 계속하여 영위한 경우에는 「법인세법」 제44조 제2항 제1호의 요건을 갖춘 것으로 보는 것”이라고 해석하였다(법인세제과-1053, 2019.7.29.).



위 예규의 문언을 보더라도, 지주회사란 ‘주식을 확보ㆍ유지’하는 회사라고 정의하고 있고, 차입금 원리금 상환, 외부감사 수감 등은 지주회사의 요건을 한정적으로 열거한 것이 아니라, 지주회사가 수행할 수 있는 업무를 예시한 것에 불과한 것을 알 수 있다. 달리 위 예시된 업무를 수행한 경우에만 위 예규가 적용된다고 볼 아무런 이유가 없고, 지주회사가 예시된 업무를 수행하지 않으면 지주회사에 해당하지 않게 된다고 볼 근거도 전혀 없다.



(조사청의 주장과 같이, 지주회사에 해당하려면 예시된 업무를 반드시 수행해야 하는 것이라고 하더라도) 청구법인은 주주총회 출석 및 의결권 행사를 통한 피지배회사들에 대한 영향력 행사, 피지배회사들에 대한 차입 및 담보제공, 경영활동에 대한 모니터링, 주식의 관리 등 지주회사로서의 구체적인 업무들을 수행하였으므로 조사청의 의견은 타당하지 않다.



(나) 지주업을 영위하였다는 근거로 매출내역이 존재하여야 하는지 여부



1) 지주회사는 순수지주회사와 사업지주회사로 분류할 수 있는데, ‘순수지주회사(pure holding company)’는 어떠한 사업활동을 하지 않고 다른 회사의 주식을 소유함으로써 그 회사를 지배하는 것을 유일한 목적으로 하는 회사를 말하고, ‘사업지주회사(operating holding company)’는 직접 어떠한 사업활동을 함과 동시에 다른 회사를 지배하기 위하여 주식을 소유하는 회사를 말한다.



2) 즉, 청구법인과 같은 ‘순수지주회사(pure holding company)’는 주식을 소유함으로써 그 회사를 지배하는 것을 유일한 목적으로 하므로, 지주회사업 또는 다른 별도 영업을 하면서 매출을 창출해야만 하는 것은 아니다.



3) 조사청이 예시하고 있는 업무(주주총회 참여를 통한 의결권 행사, 주식인수를 위한 차입금 원리금의 상환, 외부감사 수감, 각종 회계ㆍ법률 수수료의 지출, 경영활동에 대한 모니터링, 주식의 관리 및 이사회 결의에 의한 재무제표 승인)의 개별적인 성격을 보더라도, 위 업무는 현금창출을 목적으로 하는 활동이 아니므로 이를 통하여 ‘매출’이 발생할 수 있다고 보기도 어렵다.



(다) 지주업을 영위하였다는 근거로 반드시 특정 활동을 하였다는 증빙이 있어야 하는지 여부



1) 앞서 설명한 것처럼, 지주회사에 해당하기 위해서는 ‘① 주식 등의 보유(holding), ② 다른 회사를 지배할 목적’이 있으면 족하고, 지주회사가 수행해야 하는 구체적인 업무가 정해져 있는 것이 아니며, 해당 업무를 수행하지 않으면 지주회사로 볼 수 없는 것도 아니다.



2) 특히, 조사청이 제시하고 있는 업무들(주주총회 참여를 통한 의결권 행사, 주식인수를 위한 차입금 원리금의 상환, 외부감사 수감, 각종 회계ㆍ법률 수수료의 지출, 경영활동에 대한 모니터링, 주식의 관리 및 이사회 결의에 의한 재무제표 승인)은 모두 지주회사가 수행할 수 있는 업무의 예시에 불과할 뿐, ‘주주총회 참여를 통한 의결권 행사’를 제외하면, 위 업무들이 지주회사의 본연적인 업무라고 보기도 어렵다.



나. 처분청 의견



(1) 청구법인은 법인등기부상 목적사업인 부동산임대업을 합병등기일 6개월 전부터 영위한 사실이 없는 합병등기일 현재 사실상 휴업상태인 법인에 해당하므로 쟁점합병을 비적격합병으로 보아 과세한 처분은 정당하다.



(가) 청구법인은 법인등기부상 목적사업인 부동산임대업을 영위하다가 합병등기일 6개월 전 사업을 중단하였다.



청구법인은 부동산임대업을 법인등기부상 목적사업으로 영위하고 있는 법인으로서 사업에 공하고 있는 자산은 쟁점부동산뿐이었다. 그러나 2018.9.6. 청구법인은 비특수관계자인 ㈜U에게 쟁점부동산을 양도하는 매각계약에 관한 건을 이사회 결의를 통해 가결하였으며, 같은 날인 ㈜U과 쟁점부동산을 OOO원에 양도하는 부동산 매매계약을 체결하였고, 2019.7.26. 쟁점부동산을 처분하였다.



(나) 쟁점부동산 매각 후 쟁점합병에 관한 합병등기일까지 청구법인은 어떠한 매출도 발생하지 않았으며, 2019년 감사보고서상 포괄손익계산서에 부동산 매각차익을 포함한 부동산임대업 관련 영업이익을 중단영업이익으로 계상하여 계속사업과 관련된 당기 매출 및 매출원가는 OOO인 것으로 공시하였다[2018년 및 2019년 손익계산서상 영업손익에 관한 사항, 2018년 귀속 계정별원장(임대매출 및 광고매출), 2019년 귀속 계정별원장(임대매출 및 광고매출) 등].



(다) 이상에서 기술한 바와 같이 청구법인은 2019.12.31. 합병등기일 현재 사실상 휴업상태인 법인이므로 쟁점합병은 사업목적성 요건을 불충족하여 비적격합병에 해당한다.



(2) 청구법인은 실제로 지주사업을 영위한 사실이 없으므로 지주업을 영위하여 적격합병요건을 충족하였다는 청구주장은 타당하지 않다.



(가) 청구법인이 제시한 예규(국세청 법인세과-792, 2009.7.14., 기획재정부 법인세과-1053, 2019.7.29.)는 쟁점합병과 사실관계가 달라 이 건에 적용할 수 없다.



1) 청구법인은  "내국법인이 정관이나 등기부에 자회사의 주식보유를 목적사업으로 규정하고 있지 아니하나, 합병등기일 현재 사실상 한국표준산업분류상 비금융 지주회사(71520)에 해당하는 사업을 1년 이상 계속하여 영위한 경우에는「법인세법」제44조 제1항 제1호의 요건을 갖춘 것으로 보는 것이나, 실제 지주회사에 해당하는 사업을 영위하였는지 여부는 자회사의 주주총회 참여를 통한 의결권 행사, 각종 수수료 지출, 외부감사 수감 등 실질내용에 따라 판단할 사항임(법인세과-792, 2009.7.14.)” 예규를 인용하여 등기부 상 목적사업에 지주사업이 없다 하더라도 실제 지주사업을 영위하였다면 사업목적성 요건을 충족한 것이라고 주장하고 있다.



2) 국세청(법인세과-792, 2009.7.14.) 예규와 관련하여 질의내용 요약 상 사실관계를 살펴보면, 질의법인은 정관상 목적사업으로 기업컨설팅, 외자유치 자문용역, 기업 재무자문서비스 등을 영위하고 있고, 의결권 행사, 외부감사 수감 등의 지주회사로서의 사업행위를 실제로 영위하고 있으며, 지주회사업 이외의 다른 사업활동은 없다.



3) 질의법인은 법인등기부상에는 지주회사업이 등재되어 있지 않으나, ① 정관상 목적사업으로 지주회사업으로 볼 수 있는 내용이 기재되어 있으며, ② 실제로 지주회사로서의 사업행위를 영위하였고, ③지주회사업 이외의 다른 사업활동은 하지 아니한 법인이다.



4) 상기 예규에서 법인등기부상 목적사업을 영위하지 아니하였더라도 실제 지주회사업을 1년 이상 계속하여 영위한 경우에는 사업목적성 요건을 충족한 것으로 본다고 판단한 사유는 질의법인은 다른 사업활동 없이 등기부상 목적사업에 등재되지 않은 지주사업만을 사실상 영위하고 있는데, 적격 요건을 충족시키기 위하여 등기부상 등록 되어있는 사업을 인위로 영위하게 하는 것은 불합리한 점, 「공정거래법 시행령」제3조 지주회사 요건을 충족하기 위해서는 자산총액 5천억원 이상이어야 하는데 이에 미달하는 법인들은 실제로 지주사업을 영위하고 있음에도 타법에서 정한 요건 때문에 지주사업 등기가 불가능한 것이고 이럴 경우 적격합병에 대한 길이 원천적으로 막히게 되므로 나온 예규라 사료된다.



5) 하지만 청구법인은 부동산 임대업을 실제로 영위하던 법인이었으므로 쟁점합병 등기일 현재 해당 사업을 계속 영위하였더라면 사업목적성 요건을 충족할 수 있었다. 또한 청구법인의 정관 및 등기부등본을 살펴보면 지주회사로서의 업무로 볼 수 있는 사업이 전무함을 확인할 수 있다.



6) 질의법인과 달리 청구법인은 실제로 지주회사로서의 사업행위를 영위하였다는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 청구법인이 인용한 국세청 예규는 등기부상 목적사업에 지주사업이 등록되지 아니하였으나 사실상 지주사업을 영위한 법인에 대한 예규이므로, 이 사건 심판청구와 사실관계를 달리하여 쟁점합병에 인용될 여지가 없다.



7) 다음으로 기획재정부 예규(법인세과-1053, 2019.7.29.)를 보면,청구법인은  "내국법인이 직원을 고용하거나 물리적인 사무실을 보유하는 등 형식적 요건을 갖추지 않더라도 주주총회 참여를 통한 의결권 행사, 주식인수를 위한 차입금 원리금의 상환, 외부감사 수감, 각종 회계ㆍ법률 수수료의 지출, 경영활동에 대한 모니터링, 주식의 관리 및 이사회 결의에 의한 재무제표 승인 등 실질적으로 다른 기업체의 지배적 지분을 소유하거나 회사의 경영 전략에 영향력을 행사할 목적으로 주식을 확보ㆍ유지하는 한국표준산업분류상 지주회사(64992)에 해당하는 사업을 1년 이상 계속하여 영위한 경우에는 「법인세법」 제44조 제2항 제1호의 요건을 갖춘 것으로 보는 것이며, 귀 질의가 이에 해당하는 지는 사실판단 할 사함임”이라는 해당 예규를 인용하여 청구법인이 사업목적성 요건을 충족하였다고 주장하고 있다.



8)그러나 청구법인은 주주로서 반드시 행해야 하는 의무인 주주총회 참여를 통한 의결권 행사 이외에 주식인수를 위한 차입금 원리금의 상환, 외부감사 수감, 각종 회계ㆍ 법률 수수료의 지출, 경영활동에 대한 모니터링 등을 행한 바 없으므로, 오히려 청구법인이 인용한 기획재정부 예규는 쟁점합병이 사업목적성 요건을 충족하지 아니한 합병에 해당한다는 것을 뒷받침하는 예규이다.



(나) 쟁점합병이 사업목적성 요건을 충족하지 아니한 것이라는 다수의 예규가 존재한다. 국세청은 사업목적성 요건과 관련하여  "법인등기부상의 목적사업을 영위한 경우”라는 다수의 유권해석을 한 바 있다.



1) 국세청의 다수의 예규에 따라 청구법인은 합병등기일 현재 법인등기부상의 목적사업을 1년 이상 휴업 등 사업 중단한 바 없이 영위하지 아니하였으므로 쟁점합병은 사업목적성 요건 불충족으로 인한 비적격합병에 해당한다.



2) 청구법인은 세법에서  "지배목적으로 보유한 주식 등과 그와 관련된 자산ㆍ 부채만으로 구성된 사업부문을 독립된 사업부문으로 인정”하고 있으며,  "지주회사업의 경우 보유하고 있는 주식 자체가 필수적 물적설비에 해당”하므로 쟁점합병이 사업목적성 요건을 충족한 합병이라 주장하고 있으나, 독립된 사업부문으로 인정되거나 사업에 필요한 필수적 물적설비를 보유하고 있다는 것은 실제로 사업을 영위하기 위한 필요조건일 뿐 충분조건에 해당하지 않는다.



3) 또한 국세청은 예규(법규법인 2010-0339, 2010.12.2., 서면2팀-1087, 2006.6.13.)를 통해 목적사업에 따른 수입금액이 발생하지 아니한 경우 사업목적성 요건을 충족하지 못한 것으로 보았다.



(다) 청구법인은 조사청의 과세근거를 왜곡하고 있다.



1) 청구법인은 조사청이  "2019년 대표이사 S가 퇴임하였다는 점을 근거로 사실상 휴업상태에 있었다고 판단”하였으며,  "S 대표이사의 사임 후, 같은 날 T을 대표이사로 선임하였는바, 청구법인에는 지주회사 업무를 수행할 수 있는 대표이사가 있었음이 명백하므로, 청구법인에 인적 구성이 없었다는 조사청의 과세근거는 부당하다”라고 주장하고 있으나 이는 사실과 다르다.



2) 「상법」제389조(대표이사)에 따라, 회사는 대표이사를 선정하여야 한다. 즉, 대표이사란 주식회사에서 반드시 두어야 하는 필수 상설기관이다. 조사청은 쟁점합병과 관련하여 청구법인을 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인으로 볼 수 있을 만한 용역제공 내역 및 수익ㆍ 비용 발생 이력이 확인되지 않아 사업목적성 요건 위배로 판단한 것이다.



3) 청구법인은 조사청이 과세근거로써 주장하지 않은 사실을 사실인양 주장함으로써 이 사건 심판청구에 관한 조사내용을 왜곡하고 있는 것으로 청구주장은 타당하지 않다.



(라) 사업목적성 요건충족을 위한 사업 영위 여부는 그 규모ㆍ 횟수 등에 비추어 사업활동으로 볼 수 있을 정도로 계속성과 반복성이 있는지 여부를 고려하여 사회통념에 비추어 판단하여야 한다.



1) 사업목적성 요건 충족의 입증책임은 납세자에게 있다.



가) 청구법인은 쟁점합병 등기일 현재 지주회사로서의 업무를 수행하였다고 주장하고 있으므로 청구법인은 경영컨설팅 약정서나 대가 수수내역 등을 통하여 쟁점합병 등기일 현재 지주회사로서의 업무를 수행하고 있었다는 것을 쉽게 입증할 수 있다.



나) 반면, 휴업상태임을 입증하는 것은 이른바 ‘악마의 증명(Probatio Diabolica)’에 해당하여 현실적으로 불가능한 점을 고려하면, 일단 조사청이 부동산업은 휴업상태이며 지주회사업은 부존재하여 쟁점합병 등기일 현재 청구법인이 휴업상태였음을 주장ㆍ 입증하면 계속사업상태였다는 점에 대해서는 납세자가 입증의 부담을 진다고 보아야 할 것이다.



다) 또한 청구법인은 세무조사 과정에서  "합병등기일 전 약 6개월 간 청구법인은 사업 중단으로 인한 휴업상태였음을 확인합니다”라는 확인서를 작성하였다.



라) 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 사업 중단으로 인한 휴업상태였음을 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없다(대법원 2002.12.6. 선고 2001두2560 판결 외 다수).



마) 조사청은 쟁점합병과 관련된 조사를 통해 청구법인이 합병등기일 전 약 6개월 간 사업중단으로 인한 휴업상태였음을 확인하였고, 이를 시인하는 확인서를 작성, 교부받아 이에 근거한 과세처분을 한 것이다.



2) 청구법인이 지주사업을 영위하였다는 근거(지분보유, 담보 제공, 자금대여)는 지주사업을 영위하지 않는 일반 법인에게서도 흔히 일어나는 사실관계 및 거래 내역이다.



가) 청구법인은 ㈜B의 지분을 50.53% 보유한 점, ㈜N에게 ㈜B 주식 OOO주를 담보로 제공한 점, P㈜에게 OOO원 자금 대여한 점, 주주총회에 출석하여 의결권을 행사한 점을 근거로 지주회사업을 영위하였다고 주장한다.



나) 계열법인의 주식을 보유한 것은 지주사업을 영위하기 위한 최소한의 필요조건에 해당하는 것이지, 주식 보유만을 사유로 곧바로 지주사업을 사업목적으로 영위하고 있다는 객관적인 사실관계가 존재한다고 볼 수 없다.



다) 마찬가지로 계열법인에게 자산을 담보로 제공하거나 자금을 대여하는 행위는 일반적으로 계열사 중 자산 여력이 있는 법인이 제공하는 것이지, 지주사업 본연의 영업 행위로 보기는 어렵다.



라) 또한 주주총회 출석하여 의결권 행사한 점 역시 주주로서 주권을 행사한 행위일 뿐, 사업성이 있는 행위로 볼 여지가 없으므로 청구주장은 타당하지 않다.



마) 청구법인이 인용한 예규에서처럼 지주사업을 실지로 사업적으로 영위하고 있기 위해서는 외부감사 수감, 각종 회계ㆍ법률 수수료의 지출, 경영활동에 대한 모니터링 등의 경영지원 용역을 실제로 자회사에게 제공했어야 함은 물론이고, 제공한 용역에 대한 대가를 자회사로부터 수취하고 용역을 제공하기 위한 비용을 부담하는 등 그 행위의 규모, 횟수, 태양 등에 비추어 사업활동으로 볼 수 있을 정도로 계속성과 반복성이 있어야 한다.



바) 청구법인은 2019년 7월 부동산임대업을 중단함에 따라 2019년 귀속 감사보고서에 당기(2019년) 및 전기(2018) 발생 매출이 OOO원인 바, 쟁점합병과 관련된 합병등기일로부터 소급하여 1년 이내 지주사업을 영위한 것이 확인되지 아니하므로 청구주장은 타당하지 않다.



3) 청구법인이 지주사업을 영위하였음을 확인할 수 있는 객관적이고 명백한 사실관계가 존재하지 않는다.



가) 청구법인의 법인등기부, 정관, 감사보고서 어디에서도 지주사업을 영위한다는 사실을 확인할 수 없으며, 국세통합전산망상 업종에서도 지주사업 관련 내용이 존재하지 않는다.



나) 또한 청구법인은 자회사로부터 경영지원용역 대가 수취 및 관련 비용 지급 내역이 없을 뿐만 아니라 자회사로부터 배당받은 이력도 없다.



다) 따라서 청구법인이 지주사업을 실지로 영위하였음을 확인할 수 있는 사실관계까지 존재하지 아니하므로 청구주장은 타당하지 않다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



청구법인이 합병등기일 현재 법인등기부상 목적사업이 아닌 지주회사업을 1년 이상 영위하였으므로 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인에 해당하여 적격합병요건을 충족하였다는 청구주장의 당부



나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.



(가) 청구법인은 2019.10.8. 피합병법인을 흡수합병하면서 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인간 합병에 해당하는 등 적격합병 요건을 충족한 것으로 보아 피합병법인의 이월결손금을 승계하는 등 법인세 신고 시 이를 반영하여 신고하였으나, 조사청은 청구법인이 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인에 해당하지 않아 적격합병 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 이 건 부과처분을 하였다.



(나) 청구법인과 피합병법인의 기본정보 및 주주 변동상황은 아래 ＜표3＞, ＜표4＞와 같다



＜표3＞ 청구법인과 피합병법인의 기본정보

○○○



＜표4＞ 주주변동내역

○○○



(다) 청구법인의 법인등기부상 목적사업과 정관상 목적사업은 아래 ＜표5＞와 같고, 목적사업에 지주사업은 나타나지 않는다.



＜표5＞ 청구법인의 법인등기부상 목적사업과 정관상 목적사업

○○○



(라) 청구법인이 법인등기부상 목적사업과 관계없이 실제 지주사업을 영위하였다는 주장의 증빙으로 제출한 자료는 아래와 같다.



1) 청구법인이 쟁점합병 이전에 보유한 ㈜B의 주식보유내역은 아래 ＜표6＞과 같다.



＜표6＞ 청구법인의 ㈜B 주식 보유 내역

○○○



2) 청구법인의 2019사업연도 재무상태표는 아래 ＜표7＞과 같고, 2018사업연도에 계상되어 있던 매각예정비유동자산 약 OOO원이 처분된 것으로 보이고, 종속기업투자주식 약 OOO원은 계속 보유하고 있는 것으로 나타난다.



＜표7＞ 청구법인의 2019년 재무상태표

○○○



3) 청구법인이 제출한 2019사업연도 감사보고서는 아래 ＜표8＞과 같고, 해당 감사보고서를 보면 청구법인이 ㈜N을 위하여 청구법인 소유의 종속기업투자주식을 담보로 제공한 사실이 확인된다.



＜표8＞ 청구법인의 2019년 감사보고서 중 일부

○○○



4) 청구법인의 2003년부터 2022년까지 재무정보를 보면 총 자산에서 지분법 투자주식이 차지하는 비중이 2003년(49.3%)를 제외한 모든 기간동안 60%를 상회(61.3%~86.9%)하는 것으로 나타난다.



(마) 쟁점부동산의 매매계약서(2018.9.6.)를 보면 쟁점부동산을 매매대금 OOO원에 양도하는 내용이 나타나고, 쟁점부동산의 양도 이후 청구법인이 부동산임대업을 영위하지 않았다는 사실에 대하여 다툼이 없다.



(바) 청구법인의 대표이사 T은 아래 ＜표9＞와 같이 합병등기일 전 약 6개월간 청구법인이 휴업상태였다는 확인서를 작성하였고, 이에 대하여 청구법인은 해당 확인서는 ‘부동산임대업’을 중단하였다는 의미로 작성한 것이므로, ‘지주업’을 영위하지 않았다는 근거자료로 볼 수 없다는 의견이다.



＜표9＞ 청구법인 대표이사(T)의 확인서

○○○



(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.



(가) 「법인세법」제44조 제2항은 적격합병의 요건으로 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인간의 합병일 것, 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것 등을 규정하고 있고, 한국표준산업분류에서는 지주회사(64992)를 ‘다른 기업체의 지배적 지분을 소유하거나 회사의 경영 전략에 영향력을 행사할 목적으로 주식을 확보ㆍ유지하는 산업활동을 말한다. 그러나 지주회사는 소속 회사의 운영 및 관리 등에 관한 직접적인 경영활동에는 관여하지 않는다’고 규정하고 있다.



(나) 처분청은 청구법인이 쟁점합병 당시 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인에 해당하지 않아 쟁점합병이 적격합병 요건을 충족하지 못하였다는 의견이나, 청구법인은 쟁점합병 이전부터 계속하여 ㈜B의 주식을 50% 이상 소유하고 있었고, 이를 통해 ㈜F 등 C그룹 내 타 법인들을 간접적으로 지배하면서 그룹 내 회사들의 경영 전략에 상당한 영향력을 행사할 수 있는 지위에 있었던 것으로 보이며, 그룹 내 법인인 ㈜N을 지원하기 위해 보유하고 있던 주식을 담보로 제공하는 등 사실상 지주회사업을 영위하고 있었던 것으로 보이는 점, 「국세기본법」제14조 실질과세원칙에 따라 청구법인의 법인등기부상 목적사업에 지주회사업이 포함되어 있는 지 여부보다는 실제 청구법인이 지주회사업을 영위하였는지 여부에 따라 적격합병여부를 판단하여야 할 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1) 국세기본법



제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.



(2) 법인세법



제16조(배당금 또는 분배금의 의제) ① 다음 각 호의 금액은 다른 법인의 주주 또는 출자자(이하  "주주등”이라 한다)인 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 다른 법인으로부터 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 금액으로 본다.

5. 피합병법인의 주주등인 내국법인이 취득하는 합병대가가 그 피합병법인의 주식등을 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액

② 제1항 제5호 및 제6호, 제44조 및 제46조에서 합병대가와 분할대가는 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 합병대가 : 합병법인으로부터 합병으로 인하여 취득하는 합병법인(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 포함한다)의 주식등의 가액과 금전 또는 그 밖의 재산가액의 합계액

③ 제1항을 적용할 때 이익의 배당 또는 잉여금의 분배 시기, 주식등 재산가액의 평가 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.



제44조(합병 시 피합병법인에 대한 과세) ① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액

2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서  "순자산 장부가액”이라 한다)

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하  "적격합병”이라 한다)의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호ㆍ제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격합병으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것. 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 본문의 요건을 갖춘 것으로 본다.

2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다)의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것. 다만, 피합병법인이 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인인 경우에는 본문의 요건을 갖춘 것으로 본다.

4. 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 중 합병법인이 승계한 근로자의 비율이 100분의 80 이상이고, 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지할 것



제44조의2(합병 시 합병법인에 대한 과세) ① 합병법인이 합병으로 피합병법인의 자산을 승계한 경우에는 그 자산을 피합병법인으로부터 합병등기일 현재의 시가(제52조 제2항에 따른 시가를 말한다. 이하 이 관에서 같다)로 양도받은 것으로 본다. 이 경우 피합병법인의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 등은 대통령령으로 정하는 것만 합병법인이 승계할 수 있다.

② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 시가로 양도받은 것으로 보는 경우로서 피합병법인에 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산총액에서 부채총액을 뺀 금액(이하 이 관에서  "순자산시가”라 한다)보다 적은 경우에는 그 차액을 제60조 제2항 제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등하게 나누어 익금에 산입한다.

③ 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 시가로 양도받은 것으로 보는 경우에 피합병법인에 지급한 양도가액이 합병등기일 현재의 순자산시가를 초과하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그 차액을 제60조 제2항 제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등하게 나누어 손금에 산입한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 익금산입액 및 손금산입액의 계산과 그 산입방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.



제44조의3(적격합병 시 합병법인에 대한 과세특례) ① 적격합병을 한 합병법인은 제44조의2에도 불구하고 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다.

② 적격합병을 한 합병법인은 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조 제1항 제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.



(3) 법인세법 시행령



제85조(합병 및 분할 시의 자산ㆍ부채의 승계) 내국법인이 합병 또는 분할하는 경우 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우 외에는 법 제44조의2 제1항 후단, 제44조의3 제2항, 제46조의2 제1항 후단, 제46조의3 제2항 또는 물적분할에 따라 피합병법인등의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액(이하 이 조에서  "세무조정사항”이라 한다)의 승계는 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 적격합병 또는 적격분할의 경우: 세무조정사항(분할의 경우에는 분할하는 사업부문의 세무조정사항에 한정한다)은 모두 합병법인등에 승계

2. 제1호 외의 경우: 법 제33조 제3항ㆍ제4항 및 제34조 제4항에 따라 퇴직급여충당금 또는 대손충당금을 합병법인등이 승계한 경우에는 그와 관련된 세무조정사항을 승계하고 그 밖의 세무조정사항은 모두 합병법인등에 미승계