성동세무서장이 청구인에게 한 2019년 귀속 양도소득세 OOO원에 대한 경정청구 거부(부작위) 처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요



가. 청구인은 주식회사 A(이하  "쟁점법인”이라 한다)의 직원이었던 거주자로, 2016.3.31. 쟁점법인으로부터 부여받은 주식매수선택권(이하  "쟁점주식매수선택권”이라 한다)을 2018.4.12. 행사하여 쟁점법인의 발행주식 25,000주(이하  "쟁점주식”이라 한다)를 교부받은 것과 관련한 행사이익 OOO원(이하  "쟁점행사이익”이라 한다)에 대해 「조세특례제한법」(이하  "조특법”이라 한다) 제16조의3(벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례)에 따라 쟁점주식을 양도하는 시점에 양도소득세로 납부하는 과세특례를 신청하였고, 2019.12.24. 쟁점주식 중 23,060주를 주당 OOO원에 양도(취득가액은 OOO원)한 후, 2020.2.17. 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ 납부하였다.



나. 국세청장은 쟁점행사이익에 대한 과세특례의 적정 여부를 점검한 결과, 쟁점주식매수선택권이 비적격주식매수선택권에 해당하여 쟁점행사이익은 조특법 제16조의3 적용 대상이 아니라고 보았고, 처분청은 통보된 과세자료에 따라 2024.5.1. 청구인에게 2018년 귀속 종합소득세 OOO원을 고지하였으며, 청구인은 이에 불복하여 2024.6.4. 심판청구를 제기하였으나, 우리 원은 2025.2.5. 청구인의 심판청구를 기각하였다(조심 OOO).



다. 한편, 청구인은 2024.6.24. 처분청에 쟁점주식의 1주당 취득가액을 당초 신고한 OOO원이 아닌 OOO원을 적용하여 2019년 귀속 양도소득세 OOO원 중 OOO원(이하  "쟁점양도소득세”라 한다)의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.



라. 청구인은 이에 불복하여 2025.3.5. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구인 주장 및 처분청 의견



가. 청구인 주장



(1) 세무서장은 납세의무자가 국세로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 하고, 국세환급금으로 결정한 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 납부고지에 의하여 납부하는 국세 내지 체납된 국세 및 강제징수비에 충당하여야 하는바[「국세기본법」 제51조(국세환급금의 충당과 환급) 제1항 및 제2항 제1호, 제2호], 동 규정에도 불구하고, 처분청은 청구인이 이 건 부과처분에 대하여 다투고 있어 만약 이 건 부과처분이 취소되는 경우 양도소득세 부과제척기간이 도과할 수 있다는 이유로 청구인의 쟁점양도소득세 환급신청에 대하여 환급결정이나 충당결정을 거부함으로써, 이미 이 건 부과처분 및 그에 따른 징수절차가 개시되어 결과적으로 이중납세의 상태를 만들어 청구인의 재산권을 크게 침해하고 있는바, 처분청의 이 건 거부처분은 아무런 근거가 없어 위법하고 부당한 결정이라 하지 않을 수 없으므로 마땅히 취소되어야 한다.



(2) 처분청의 답변에 대한 청구인의 항변내용은 아래와 같다.



(가) 처분청은 거부처분이 부존재한다고 주장하며, ‘경정청구 처리기한 연장통지 안내’만을 발송하였다는 의견이나, 처분청은 경정청구를 받은 날로부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 결정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 청구인에게 통지하여야 하고, 청구인이 2개월 이내에 아무런 통지를 받지 못한 경우에는 통지를 받기 전이라도 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 불복절차를 시작할 수 있으며[「국세기본법」 제45조의2(경정 등의 청구) 제3항 참조], 경정이 곤란한 경우에는 청구인에게 관련 진행상황 및 불복절차를 진행할 수 있다는 사실을 통지할 의무가 있는데(「국세기본법」 제45조의2 제4항 참조), 처분청이 2024.12.11. 청구인에게 보낸 메일에 따르면, 처분청은 청구인에게 ‘답변 불가’라고 회신하고, ‘납세자께서도 향후 불복 등 행정적 절차 진행이 가능’하다고 답변하고 있는바, 이는 명확한 거부처분이라 할 것이고, 가사 그것이 거부처분이 아니라고 하더라도 「국세기본법」 제45조의2 제3항에 따라 청구인의 이 건 심판청구는 정당하다 할 것이므로, 이에 반하는 처분청의 답변은 이유 없다 할 것이다.



(나) 처분청은 쟁점주식의 취득가액이 OOO원이라는 의견이나, 쟁점주식매수선택권을 비적격주식매수선택권이라고 보고 청구인에게 종합소득세를 부과하였다면, 동일한 전제에서 기납부한 쟁점양도소득세에 대하여 경정하여야 하는 것은 당연한 것이다.



주식매수선택권의 일반적인 모습인 비적격주식매수선택권의 경우, 주식매수선택권을 행사하여 주식을 취득할 때 그 행사가격과 시가의 차이에 대하여 근로소득세를 부과하고, 추후 해당 주식을 양도할 때에는 취득 당시의 시가를 취득가액으로 보아 양도가액과의 차이에 대하여 양도소득세를 납부하는 반면, 조특법상 적격주식매수선택권으로 인정되는 경우 주식매수선택권의 행사로 주식을 취득할 때 과세하지 아니하고, 해당 주식을 양도할 때 행사가격을 취득가액으로 보고 행사가격과 양도가액과의 차이에 대하여 양도소득세를 납부하는 것이다.



청구인은 쟁점주식매수선택권이 조특법에 따른 과세특례가 적용되는 적격주식매수선택권이라는 판단 하에 과세특례가 적용됨을 전제로 쟁점양도소득세를 신고ㆍ납부하였으나, 처분청은 쟁점주식매수선택권이 비적격주식매수선택권으로 과세특례가 적용되지 아니한다고 판단하고 청구인에 대하여 쟁점주식매수선택권의 행사가격과 행사 당시 시가의 차이에 대하여 종합소득세를 부과하였다면, 쟁점양도소득세의 경우 행사가격이 아닌 취득 당시의 시가를 취득가액으로 보아야 함에도 불구하고, 청구인의 쟁점양도소득세 관련 경정청구를 거부하고 있는바, 하나의 주식매수선택권에 대하여 종합소득세는 비적격주식매수선택권으로, 쟁점양도소득세는 적격주식매수선택권으로 보고, 양립불가능한 두 가지의 과세가 모두 부과되어 있는 이중과세라는 부당한 재산권 침해 상황이 지속되고 있는 것이다.



처분청으로서는 이러한 위법부당한 상황이 발생하지 않도록, 종합소득세를 부과하는 경우, 기납부한 양도소득세 중 쟁점주식매수선택권 행사가격과 행사 당시 시가의 차이에 대한 쟁점양도소득세는 당연히 ‘잘못 납부’한 세액이 되는 것이므로, ‘즉시’ 그 잘못 납부한 금액을 국세환급금으로 결정하여야 하고(「국세기본법」 제51조 제1항 참조), 종합소득세를 부과한 경우, 잘못 납부한 쟁점양도소득세에 관한 국세환급금을 이미 부과처분한 종합소득세에 충당하도록 하여야 하는 것이다(「국세기본법」 제51조 제2항 참조).



청구인은 OOO원에 이르는 종합소득세의 금액이 지나치게 거액이고, 그 가산세 역시 개인이 부담하기에는 너무 큰 금액이라, 처분청에 수차례에 걸쳐 쟁점양도소득세에 관한 국세환급금을 종합소득세에 충당해 줄 것을 요청하였으나, 처분청은 종합소득세에 대한 강제징수절차는 개시하면서도 쟁점양도소득세의 경정은 미루면서, 청구인의 요청에 대해서는 ‘환급가산금이 가산될 것이니 문제가 없다’는 안일한 답변만을 반복하고 있을 뿐인바, 환급가산금과 납부불성실가산금의 차이를 도외시하고 행정편의적으로만 이 건을 처리하고자 하는 처분청이 진정으로 이해되지 아니하고, 이는  "세법을 해석ㆍ적용할 때는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다”는 「국세기본법」 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지)를 정면으로 위반하는 것이다.



결론적으로 처분청이 쟁점주식매수선택권을 비적격주식매수선택권으로 판단하여 쟁점주식의 취득시점에 시가인 OOO원과 행사가격인 OOO원의 차액을 근로소득으로 보아 청구인에게 종합소득세를 부과하였다면, 쟁점양도소득세의 취득금액은 OOO원으로 보는 것이 당연하다 할 것인바, 처분청은 양립불가능한 모순된 주장을 하고 있는 것이다.



(다) 처분청은 선행 소송의 결과에 따라 쟁점주식의 취득가액에 변동이 없는 경우 특례제척기간 적용이 불가하다는 의견인바, 이는 청구인이 종합소득세 부과처분에 대하여 다투고 있다는 점을 들어, 만약 처분청이 쟁점양도소득세를 환급한 이후 청구인의 불복절차의 결과 종합소득세 부과처분이 취소되는 경우에 쟁점양도소득세에 대한 제척기간이 도과하여 다시 부과할 수 없다는 취지로 이해되나, 「국세기본법」 어디에도 위와 같은 이유로 과세관청에게 경정청구를 거부하거나 환급을 하지 아니할 권능을 부여한 규정은 전혀 없으므로, 처분청의 답변은 이유 없는 것으로, 처분청은 자의적인 유추 내지 확대해석으로 청구인의 헌법상의 재산권을 침해하고 있는 것에 지나지 아니하며, 헌법상의 조세법률주의 원칙에 따라 처분청은 거부처분의 명확한 근거를 밝혀야 한다.



가사 처분청의 의견과 같이 청구인의 불복으로 종합소득세 부과처분이 취소된다면, 처분청이 들고 있는 「국세기본법」 제26조의2(국세의 부과제척기간) 제6항 제5호에 규정된 바와 같이 그 판결이 확정된 날로부터 1년이 지나기 전까지 경정이나 그 밖의 필요한 처분을 할 수 있을 뿐만 아니라, 「국세기본법」 제51조 제8항에서 환급금의 결정이 취소를 예정하고 있는 것으로 보아, 이러한 규정들을 적용하여 종합소득세 부과처분이 취소되는 경우에도 충분히 대비할 수 있는 것인바, 신의성실의무[「국세기본법」 제15조(신의ㆍ 성실)]를 가지고 있는 처분청으로서는 양립불가능한 이중과세의 상황이 유지되는 모순된 행정을 제거하는 것이 우선되어야 할 것이다.



더불어 「국세기본법」 제45조의2 제1항에서  "최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할세무서장에게 청구할 수 있다”고 규정하고 있는 것은 기존 ‘3년 이내’라는 규정을 납세자의 권익보호를 위하여 과다납부한 경우 경정청구기간을 부과제척기간과 일치시킬 필요가 있다고 판단하여 2014.12.23. 개정한 것으로, 이는 납세자가 경정청구를 하는 경우 부과제척기간의 도과도 감수한 것이며, 이후 시정의 필요가 있다면 「국세기본법」 제26조의2 제6항의 특례에 따라 시정하면 충분하기 때문이다.



나. 처분청 의견



(1) 청구인이 주장하는 쟁점양도소득세 경정청구 거부처분은 부존재하는 것으로, 처분청은 청구인의 경정청구에 대한 거부처분을 하지 아니하였다.



경정청구 당시 취득가액에 영향을 줄 수 있는 사건이 소송중이었고, 해당 소송의 결과가 쟁점양도소득세 환급 여부에 영향을 미치는지에 대한 검토가 필요하여 청구인에게도 처분청의 그런 의견을 담은  "경정청구 처리기한 연장통지 안내”를 2024.8.13. 발송하였는바, 처분청의 이런 행위는 청구인의 경정청구 내용 검토와 법적 적용범위 등을 명확히 하고, 향후 선행 소송의 결과에 따른 후속조치를 예상한 것이다.



(2) 양도자산의 필요경비 계산 시 양도자산의 취득가액은 취득에 지급한 실제 거래금액으로 계산하게 되어 있고, 청구인은 회사로부터 쟁점주식을 OOO원에 취득하였는바, 동 금액이 실지 매입가액으로 취득가액이다.



(3) 선행 소송의 결과에 따라 쟁점주식의 취득가액에 변동이 없는 경우에는 쟁점양도소득세에 대한 특례제척기간 적용이 불가하다.



주식매수선택권 부여 및 행사 관련 분쟁이 있거나 조정하는 소송이 진행중인 경우 해당 판결에 따라 쟁점양도소득세의 환급이 이루어져야 하고, 설령 선행 소송 진행중에 미리 환급이 이루어진다면 향후에 다시 고지할 경우에 대한 법적 근거가 명확해야 할 것인데, 「국세기본법」 제26조의2 제6항 제5호를 보면, 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그 거래ㆍ행위 등과 관련된 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)에 의하여 다른 것으로 확정된 경우 특례제척기간을 적용할 수 있도록 하였으나, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 할 것이고 그 중 예외규정 내지 특례규정은 더욱 엄격한 해석이 필요한바, 청구인이 진행중인 2018년 귀속 종합소득세 고지처분 취소의 소송이 쟁점양도소득세 관련 쟁점주식의 취득이나 양도 행위와 관련된 소송이라 볼 수 없고, 설령 취득가액에 영향을 미친다면 취득행위 보다 폭넓은 확대해석이 필요하다.



(4) 청구인의 항변에 대한 처분청의 답변내용은 아래와 같다.



(가) 청구인은 경정청구 처리기한 연장통지가 거부통지라고 주장하나, 청구인은 2024.6.24. 이 건 경정청구를 제기하였고, 같은 시기에 2018년 귀속 종합소득세 부과처분 취소에 대한 심판청구를 제기한 상황으로, 법률적 판단 및 세목 간 상충관계 등을 검토하기 위해 청구인에게 2024.8.19. 경정청구 처리기한 연장통지 안내를 발송한 것인바, 이는 「국세기본법」 제45조의2 제3항에 따라 청구인이 통지를 받지 못하더라도 불복을 제기할 권한이 있음을 안내한 것일 뿐, 처분청의 거부처분이라 볼 수 없다.



(나) 청구인은 쟁점주식의 취득가액이 주당 OOO원이라고 주장하나, 「소득세법」 제97조(양도소득의 필요경비 계산)는 양도차익을 계산할 때 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 소요된 실지거래가액으로 규정하고 있는바, 청구인이 주당 OOO원에 쟁점주식을 취득한 사실에 변함이 없고, 취득가액이 최초 계약 당시 가액인 주당 OOO원이 아닌 행사 시 부여가액인 주당 OOO원으로 볼 근거는 부족하다.



(다) 청구인은 처분청이 「국세기본법」 제26조의2 제6항 제5호를 자의적인 유추 내지 확대해석한다고 주장하나, 동 규정은 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그 거래ㆍ행위 등과 관련된 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 경우 특례제척기간을 적용할 수 있도록 명시하고 있어 법문 그대로 해석한다면, 쟁점주식의 취득 관련 계약 및 대금지급 등에 대한 행위에 대한 소송이나 판결이 이 건 경정청구에 영향을 줄 것인데, 특례제척기간을 적용할 수 있는 취득과 관련된 소송은 진행중이지 아니하고, 원칙적으로 청구인이 2018년 귀속 종합소득세 부과처분과 관련하여 진행중인 소송이 동 규정의 그 거래ㆍ행위 등과 관련된 소송이라 보기 어렵다.



청구인은 처분청이 「국세기본법」 제15조 등에 따라 신의성실의무를 가지고 잘못된 행정처분을 제거해야 한다고 주장하나, 세무공무원은 직무를 수행할 때에 과세의 형평과 해당 세법의 목적에 비추어 일반적으로 적당하다고 인정되는 한계를 엄수하여야 하고, 청구인과 「국세기본법」 제26조의2 제6항 제5호에 대한 법문 해석에 이견이 있어 경정청구의 처리를 연장하였는바, 청구인이 심판청구를 제기한 것은 조세심판원의 심리 결과에 따라 사실을 판단받고자 하는 것으로 처분청의 자의적인 유추 내지 확대 해석으로 청구인의 헌법상의 재산권을 침해하였다고 볼 수 없다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



쟁점주식매수선택권 행사 관련 쟁점행사이익에 대해 종합소득세를 부과하였음에도 청구인이 당초 신고한 쟁점양도소득세의 환급을 거부한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부



나. 관련 법률



(1) 국세기본법



제15조(신의ㆍ성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.



제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 " 부과제척기간" 이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. (단서 생략)

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

5. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그 거래ㆍ행위 등과 관련된 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)에 의하여 다른 것으로 확정된 경우 : 판결이 확정된 날부터 1년



제45조의2(경정 등의 청구) ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 된 과세표준 및 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 또는 세액을 초과할 때

③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. 다만, 청구를 한 자가 2개월 이내에 아무런 통지(제4항에 따른 통지를 제외한다. 이하 이 항에서 같다)를 받지 못한 경우에는 통지를 받기 전이라도 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구 또는 「감사원법」에 따른 심사청구를 할 수 있다.

④ 제1항과 제2항에 따라 청구를 받은 세무서장은 제3항 본문에 따른 기간 내에 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정이 곤란한 경우에는 청구를 한 자에게 관련 진행상황 및 제3항 단서에 따라 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구 또는 「감사원법」에 따른 심사청구를 할 수 있다는 사실을 통지하여야 한다.



제51조(국세환급금의 충당과 환급) ① 세무서장은 납세의무자가 국세 및 강제징수비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부ㆍ이중납부로 인한 환급청구는 대통령령으로 정하는 바에 따른다.

② 세무서장은 국세환급금으로 결정한 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 국세 및 강제징수비에 충당하여야 한다. 다만, 제1호(「국세징수법」 제9조에 따른 납부기한 전 징수 사유에 해당하는 경우는 제외한다) 및 제3호의 국세에의 충당은 납세자가 그 충당에 동의하는 경우에만 한다.

1. 납부고지에 의하여 납부하는 국세

2. 체납된 국세 및 강제징수비(다른 세무서에 체납된 국세 및 강제징수비를 포함한다)

3. 세법에 따라 자진납부하는 국세



(2) 조세특례제한법



제16조의3(주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례) ① 벤처기업의 임직원으로서 대통령령으로 정하는 자(이하 이 조에서 " 벤처기업 임직원" 이라 한다)가 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 주식매수선택권(이하 이 조에서 " 적격주식매수선택권" 이라 한다)을 행사(벤처기업 임직원으로서 부여받은 주식매수선택권을 퇴직 후 행사하는 경우를 포함한다)함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서 벤처기업 임직원이 제2항을 적용받을 것을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청한 경우에는 「소득세법」 제20조 또는 제21조에도 불구하고 주식매수선택권 행사시에 소득세를 과세하지 아니할 수 있다.

1. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3에 따른 주식매수선택권으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖출 것

2. 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권의 행사일부터 역산하여 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 해당 행사일이 속하는 과세기간까지 전체 행사가액의 합계(이하 이 조에서 " 전체 행사가액" 이라 한다)가 5억원 이하일 것

② 적격주식매수선택권 행사시 제1항에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우 적격주식매수선택권 행사에 따라 취득한 주식(해당 주식의 보유를 원인으로 해당 벤처기업의 잉여금을 자본에 전입함에 따라 무상으로 취득한 주식을 포함한다)을 양도하여 발생하는 양도소득에 대해서는 「소득세법」 제94조 제1항 제3호 각 목에도 불구하고 주식등에 해당하는 것으로 보아 양도소득세를 과세한다.

③ 제2항에 따라 양도소득세를 과세하는 경우에는 적격주식매수선택권 행사 당시의 실제 매수가액을 「소득세법」 제97조 제1항 제1호에 따른 취득가액으로 한다.

⑤ 벤처기업 임직원이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 제1항에도 불구하고 「소득세법」 제20조 또는 제21조에 따라 소득세로 과세하며(제2호의 경우에는 제1항 제2호에 따른 기간 내에 주식매수선택권을 행사함으로써 얻은 모든 이익을 대상으로 한다), 이 경우 소득의 귀속시기는 다음 각 호의 구분에 따른 날이 속하는 과세연도로 한다.

1. 적격주식매수선택권 행사로 취득한 주식을 증여하거나 행사일부터 1년이 지나기 전에 처분하는 경우(해당 벤처기업의 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우는 제외한다) : 증여일 또는 처분일

2. 전체 행사가액이 5억원을 초과하는 경우 : 전체 행사가액이 5억원을 초과한 날



다. 사실관계 및 판단



(1) 처분청이 2024.8.19. 청구인에게 한 경정청구 처리기한 연장통지 안내의 내용은 아래 ＜표1＞과 같다.



＜표1＞ 경정청구 처리기한 연장통지 안내의 내용


청구인이 2024.6.24. 제출한 쟁점양도소득세 경정청구와 관련하여 청구주장의 적정 여부에 대한 추가 검토가 필요하여 처리기한이 연장됨을 알려 드리며, 「국세기본법」 제45조의2 제3항 및 제4항에 따라 통지를 받기 전이라도 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 이의신청, 심사청구, 심판청구 또는 「감사원법」에 따른 심사청구를 할 수 있으니 참고하시기 바랍니다.





(2) 처분청이 2024.12.11. 청구인에게 보낸 메일의 내용은 아래 ＜표2＞와 같다.



＜표2＞ 처분청이 2024.12.11. 청구인에게 보낸 메일의 내용

청구인 경정청구 관련 사전 안내드린 ‘과세기준자문’에 대한 결과가 회신되어 안내드립니다.



해당 건에 대해 경정청구 쟁점사항인 스톡옵션 행사이익에 대한 종합소득세 과세관련 불복이 진행중으로 답변 불가함을 회신받았습니다.

향후 종합소득세 과세관련 소송결과 회신 시 쟁점양도소득세 경정청구를 진행할 예정이나, 이 건 결과와 별개로 납세자께서도 향후 불복 등 행정적 절차 진행이 가능함을 안내드립니다.





(3) 청구인은 처분청의 2018년 귀속 종합소득세 부과처분과 관련하여 2025.5.2. 종합소득세 부과처분 무효 확인 소송을 제기한 것으로 확인된다(서울행정법원 OOO).



(4) 처분청이 청구인에게 고지한 2018년 귀속 종합소득세 OOO원과 관련한 우리 원의 결정내용(조심 OOO, 2025.2.5.)은 아래 ＜표3＞과 같다.



＜표3＞ 청구인의 종합소득세와 관련한 우리 원의 결정내용

[쟁점]

① (주위적 청구) 과세전적부심사의 기회를 부여하지 않는 등 중대한 절차적 하자가 있어 무효인 처분인지 여부

② (예비적 청구 1) 이 사건 처분은 부과제척기간 도과, 소급과세금지원칙ㆍ 신뢰보호원칙 위반 등 위법 사유로 취소되어야 한다는 청구주장의 당부

③ (예비적 청구 2) 청구인에게 가산세를 감면할 수 있는 정당한 사유가 있는지 여부



[판단]

쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 처분청이 이 사건 처분을 함에 있어 청구인에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니하여 중대한 절차적 하자가 있고, 양도소득세를 경정하지 아니하여 이중과세의 문제가 있어 이 사건 처분이 취소되어야 한다고 주장하나, 아래와 같은 사정을 종합하면 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 보인다. 이 사건 과세예고통지는 2018년 귀속 종합소득세 부과제척기간인 2024.5.31.로부터 3개월이 채 남지 않은 2024.3.12.에 이루어져 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호에 따라 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유인 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세 부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’에 해당하는 점, 처분청은 이 사건 처분에 앞서 2022.4.20. 종합소득세 수정신고를 권장하고 해명자료 제출을 안내하였고, 이에 청구인은 처분청에 최대한 협조할 뜻임을 밝히는 등 사전에 소명할 기회를 충분히 보장받은 것으로 보이는 점, 과세관청이 우선적으로 원천징수의무자인 쟁점법인에 징수권을 행사하는 과정에서 이 사건 처분에 이르기까지 다소 시간이 지체되기는 하였으나, 처분청이 이 사건 처분 절차의 진행을 게을리하였다거나 고의로 장기간 방치한 것으로 보기는 어려운 점 등에 비추어 청구인이 과세전적부심사의 기회를 보장받지 못하였다 하더라도 그것만으로 이 사건 처분에 중대한 절차적 하자가 있는 것으로 보기는 어렵다 할 것이다. 근로소득이 속하는 종합소득과 양도소득은 과세단위를 달리하는 것으로 과세표준을 구분하여 계산하여야 하고 그 세액도 별도의 절차에서 이루어지는 신고 또는 결정ㆍ 경정에 따라 과세단위별로 정하여지는 것이므로, 청구인이 경정청구를 통하여 쟁점행사이익에 대한 양도소득세를 환급받을 수 있음을 별론으로 하더라도, 양도소득세가 경정되지 않은채 이 사건 처분이 이루어졌다는 이유로 이와 과세단위를 달리하는 2018년 귀속 종합소득세에 대한 이 사건 처분이 이중과세로 위법하다고 보기는 어렵다 할 것이다.



다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. 청구인은 부과제척기간 도과, 소급과세금지원칙 위반, 신뢰보호원칙 위반을 이유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장하나, 아래와 같은 사정을 종합할 때, 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 보인다. 청구인이 주장하는 부과제척기간의 기산일(2019.2.11.)은 원천징수의무자에게 원천징수세액을 징수하는 경우를 전제로 하는 것이나, 원천납세의무자인 청구인에게 부과권을 행사한 이 사건 처분은 일반 부과제척기간을 규정하고 있는 「국세기본법 시행령」 제12조의3 제1항에 따라 신고기한의 다음 날(2019.6.1.)부터 부과제척기간을 기산하여야 하는 것으로 보이므로 부과제척기간을 도과한 것으로 보기는 어렵다. 쟁점스톡옵션 부여 당시 구 조특법 제16조의3 제1항은 소득세를 과세하지 아니할 수 있는 적격주식매수선택권의 요건 중 하나로 벤처기업육성특별법 제16조의3에 따른 주식매수선택권일 것을 규정하고 있고, 벤처기업육성특별법 제16조의3 제1항 및 같은 법 시행령 제11조의3은 주식매수선택권의 부여방법으로 행사가격이 상증세법 제54조를 준용하여 평가한 해당 주식의 시가 이상이어야 할 것을 규정하고 있었으며, 이에 대한 예외는 규정되어 있지 아니하였던바, 시가 미만으로 부여된 쟁점스톡옵션은 당시 시행되고 있던 법령에 의하여 부여 당시부터 적격주식매수선택권의 요건을 갖추지 못하여 구 조특법 시행령의 개정과 관계없이 이 사건 과세특례의 적용 대상이 아니므로 이 사건 처분이 소급과세금지원칙 위반하였다는 청구주장은 이유 없다. 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 「국세기본법」 제15조의 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 또한 「국세기본법」 제18조 제3항에서 말하는 비과세관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며, 한편 위와 같은 공적 견해나 의사는 묵시적으로도 표시될 수 있지만, 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당 기간의 비과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 할 것인바(대법원 1993.2.23. 선고 92누12919 판결 등, 참조), 과세관청이 청구인에게 쟁점행사이익이 근로소득세 비과세 대상이라는 공적인 견해표명을 한 사실이 나타나지 아니하는 점, 청구인이 쟁점스톡옵션을 행사한 후 쟁점법인이 과세관청에 이 사건 특례의 적용을 신청하고 약 6년이 경과한 후 처분청이 이 사건 과세처분을 하였다 하더라도, 그 사실만으로 이 사건 과세처분이 신의성실의 원칙을 위반하였다거나, 비과세관행이 성립되었다고 보기는 어려운 점(대법원 1993.2.23. 선고 92누12919 판결, 참조) 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 보인다. 한편, 청구인은 쟁점스톡옵션이 관련 법령을 위반한 비적격주식매수선택권으로 인정된다면, 쟁점스톡옵션의 행사가격과 시가의 차액 부분이 무효이므로 일부무효의 법리 내지 무효행위의 전환의 법리에 따라 쟁점스톡옵션이 당사자의 가정적 의사에 따라 상증세법상 시가로 체결된 것으로 보아 적격주식매수선택권으로 보아야 한다고 주장하나, 부여 당시 관련 법령을 따르지 않은 채 시가 미만의 행사가격으로 주식매수선택권 계약을 체결한 것이 무효인지 여부는 별론으로 하더라도, 시가 이하의 행사가격으로 체결된 쟁점스톡옵션계약이 유효한 것으로 취급되어 청구인이 쟁점주식을 취득하고 이후 제3자에게 양도하였으며, 청구인이 양도대금을 수수하여 그대로 보유하고 있어 종국적으로 쟁점스톡옵션 행사와 관련한 경제적 이익이 청구인에게 귀속되었으므로 쟁점행사이익에 대하여는 이 사건 특례를 적용할 수 없다고 봄이 타당하다 할 것이다(대법원 2011.7.21. 선고 2010두23644 전원합의체 판결, 참조).

마지막으로, 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구인은 납부지연가산세의 납부의무가 존재하지 않는다고 주장하나, 쟁점법인이 쟁점스톡옵션이 비적격주식매수선택권에 해당한다는 사실을 인지한 후 청구인에게 원천징수분 근로소득세 수정신고의 협조를 구하였음에도 청구인은 이를 이행하지 아니하였고, 쟁점행사이익에 관한 종합소득세 기한후신고를 하였다가 철회하는 등 청구인이 자기 나름의 해석에 의하여 납세의무 여부를 잘못 판단한 것으로 보이는바, 단순한 법령의 부지 내지 오해는 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않으므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.





(5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인이 쟁점주식매수선택권 행사 관련 쟁점행사이익에 대해 당초 2019년 귀속 양도소득세를 신고하였으나, 처분청은 쟁점주식매수선택권이 비적격주식매수선택권에 해당하여 쟁점행사이익이 조특법 제16조의3 적용 대상이 아니라고 보아 청구인에게 2018년 귀속 종합소득세를 부과한바, 처분청이 청구인에게 종합소득세를 부과할 당시 쟁점양도소득세 만큼에 해당하는 금액을 환급함이 타당한 것으로 보이고, 적어도 청구인이 종합소득세 부과처분에 불복하여 제기한 심판청구에 대해 우리 원이 기각결정한 이후에라도 처분청이 자진하여 쟁점양도소득세 상당액을 환급함이 타당해 보임에도 그러하지 아니한 것은 불합리한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구인이 2018년 귀속 종합소득세 부과처분과 관련하여 제기한 소송의 결과 동 종합소득세 부과처분이 취소되어 처분청이 그 판결이 확정된 날부터 1년 내에 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있는지 여부는 별론으로 하더라도, 처분청이 쟁점양도소득세의 환급을 구하는 청구인의 이 건 경정청구를 거부(부작위)한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.





4.결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.