울산세무서장이 2024.10.1. 청구법인에게 한 2020사업연도 법인세 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요



가. 청구법인은 2014.9.14. OOO된 법인으로, 프로판에서 수소를 제거하여 프로필렌을 제조하는 PDH사업(Propane De-Hydrogenation)을 주요 목적사업으로 영위하고 있고, 2016년 준공한 탈수소화설비(이하  "PDH설비”라 한다) 중 반응기(Reactor) 내부에 투입되는 촉매의 사용기간이 경과함에 따라 활성도가 저하되어 2020년 기존에 설치된 촉매를 제거한 후 동일한 종류의 촉매(이하  "쟁점촉매”라 한다)로 교체하면서 OOO원을 소요하고 이를 유형자산으로 계상하였으나, 구「조세특례제한법」(2020.12.29. 법률 제17759호로 개정되기 전의 것, 이하  "조특법”이라 한다) 제25조 제1항 제6호에 따른 특정시설 투자 등에 대한 세액공제(이하  "쟁점투자세액공제”라 한다)를 적용하지 아니하였다.



나. 이후, 청구법인은 2024.6.28. 쟁점촉매가 생산성향상시설로서 쟁점투자세액공제 적용대상에 해당하므로 관련 법인세의 환급을 요구하는 경정청구를 제기하였다.



다. 처분청은 청구법인의 위 경정청구를 검토한 결과, 쟁점촉매는 기존설비의 원상유지를 위한 부품의 교체에 해당하여 자본적 지출로서 쟁점투자세액공제 적용대상에 해당하지 아니한다고 보아 2024.10.1. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.



라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.11.11. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구법인 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인 주장



(1) 쟁점촉매는 생산성향상시설인 반응기와 일체를 이루어 프로필렌을 생산하는데 필수적인 사업용 자산으로 인정되어 청구법인이 ‘최초의 촉매 투자비’에 대하여 쟁점투자세액공제 적용을 요구하며 제기한 경정청구가 인용된 바 있다.



(가) 석유화학산업에서는 여러 설비가 하나의 기계장치처럼 유기적으로 연결되어 제품을 생산한다. 석유화학산업은 대단위 설비투자비용이 소요되는 자본집약적인 장치산업으로서, 탄소화합물의 탄소 고리를 분해하는 공정을 모체로 하며, 석유화학제품의 생산은 기본적으로 분해공정→급냉공정→압축공정→분리정제공정 단계를 거쳐 이루어진다. 이와 같이 연속적인 제조공정을 거치는 특성상 여러 설비가 유기적으로 연결되어 하나의 기계장치를 이루어 석유화학제품을 생산하게 된다.



(나) 쟁점촉매는 반응기와 구분되는 개별자산으로, PDH설비와 유기적으로 결합하여 프로필렌 생산에 사용되는 필수자산이다. 청구법인은 상호 유기적으로 연계된 생산설비들을 통해 프로판을 분해 및 분리하여 프로필렌을 생산하는데, 기계장치인 반응기에 설치되는 촉매는 프로필렌 생산을 위한 화학반응이 최적화ㆍ활성화되도록 하는 청구법인의 제품생산에 필수적인 자산이고, 반응기 등 PDH설비의 부품이 아닌 별도의 사업용자산으로서, 회계상으로도 개별자산으로 분류하여 독립적으로 감가상각하고 있다. 참고로 반응기는 촉매를 담고 있는 일종의 용기(用器)로서 촉매와는 구분되며, 고온의 프로판을 촉매와 반응시키기 위한 별도의 장치에 해당한다.



(다) 유기적으로 연결된 투자설비 전체를 하나의 투자단위로 본다는 기획재정부의 예규(재조예 46019-40, 2003.3.19.)에 따라 생산성향상시설인 PDH설비와 일체를 이루어 프로필렌을 생산하는 촉매도 세액공제대상 투자단위로 인정되었다. 투자세액공제 적용 시 투자단위의 기준에 관한 위 기획재정부 예규는 ‘개별설비 등이 유기적으로 결합되어야 제품생산이 가능한 경우 투자설비 전체를 하나의 투자단위로 보아 공제대상 투자금액을 계산한다’고 해석하고 있는바, 청구법인은 2019년 경정청구 당시 PDH설비가 분산제어시스템에 의하여 자동으로 조절되고 있고, 대상자산의 특성상 연관된 수많은 기계장치들이 유기적으로 결합되어야만 해당 제품의 생산이 가능하다는 점에서 촉매를 포함한 PDH설비 전체가 일체를 이루어 프로필렌 생산에 필수적인 사업용 자산임이 인정되어 촉매 투자비도 쟁점투자세액공제를 적용받았다.



(2) 청구법인이 활성도가 저하된 기존 촉매를 신품인 쟁점촉매로 교체하는 것은 생산성향상시설의 신규 투자 또는 기존 시설의 내용연수를 연장시키거나 당해 시설의 가치를 현실적으로 증가시키기 위한 목적의 대체투자에 해당하므로, 쟁점투자세액공제 적용대상에 해당한다.



(가) 자본적 지출 중 기존 설비의 개체(대체투자)를 위한 투자는 조특법상의 투자세액공제 적용대상에 포함된다. 구 조특법 제25조 제1항 및 같은 법 시행령 제3조에서는 쟁점투자세액공제를 적용할 때 ‘중고품 및 대통령령으로 정하는 일정한 리스에 의한 투자’만을 제외하도록 하고 있고, 세액공제대상 투자금액의 범위에서 대체투자 또는 증설투자를 특별히 제한하고 있지 않았다. 또한, 조특법 집행기준 5-0-2에서는 기존 설비에 대한 자본적 지출을 투자세액공제 적용대상에서 제외하는 것으로 해석하고 있으나, 제외하는 자본적 지출의 범위에서 기존설비를 생산능력이 큰 설비로 개체하거나 생산능력이 현저히 증가되도록 기존설비를 확장하는  "증설”은 제외하고 있다. 즉, 위 집행기준은 생산능력이 큰 설비로의  "개체” 또는  "증설”의 성격에 해당하는 투자를 투자세액공제 적용대상으로 해석하고 있다.



한편, 「법인세법 시행령」 제31조 제2항은 자본적 지출을 ‘법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비’로 규정하면서, 그 예시로서 ① 본래의 용도를 변경하기 위한 개조, ② 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치, ③ 빌딩 등에 있어서 피난시설 등의 설치, ④ 기타 개량ㆍ 확장ㆍ 증설 등 앞선 지출과 유사한 성질의 것을 들고 있다(「법인세법 시행규칙」 제17조는 조업가능한 상태의 유지를 위한 일정한 것은 수익적 지출로 열거하고 있다).



이상에서 언급한 내용을 종합하면, 조특법상 투자세액공제 적용대상은 특정시설 또는 사업용 자산을 새로이 취득하기 위한 지출 또는 투자금액을 말하므로 ‘기존 감가상각자산에 대한 수선비’인 자본적 지출은 세액공제의 적용대상에 해당하지 아니할 것이나, 다만, ‘기존 설비의 개체(대체투자)’ 또는 ‘기존설비의 확장(증설투자)’은 사업용 자산의 신규투자와 그 성격이 동일하므로 세액공제 적용대상에 포함된다.



(나) 조세심판원의 선결정례도 ‘기존 사업용 자산의 내용연수를 연장시키거나 신품으로 교체하는 등의 대체투자’는 투자세액공제 적용대상으로 결정하였다. 조세심판원은 구 조특법 제25조와 유사한 구조의 과거 임시투자세액공제에 관하여 ‘기존 사업용 자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위한 자본적 지출 중 대체투자 또는 증설투자에 지출한 금액으로 판단되는 지출은 사업용 자산에 해당하는 시설을 새로이 취득하기 위하여 투자하는 금액에 포함되는 것으로 보는 것이 타당하다’고 일관되게 결정하였다(조심 2010서1428, 2011.3.31., 국심 2003부523, 2003.6.5. 등 다수 참조).



또한, 국세청의 유권해석에서도, ‘연속된 생산라인 중 일부 기계장치를 생산능력이 큰 설비로 개체하거나 확장하는 것(법인세과-364, 2011.5.23.)’과 ‘사업용자산에 해당하는 개별자산이 손상됨에 따라 신품으로 교체하는데 지출한 대체투자(사전-2023-법규법인-654, 2023.10.31.)’를 모두 투자세액공제 적용대상에 해당한다고 해석하였다.



(다) 위와 같이 청구법인이 활성도가 저하된 기존 촉매를 신품인 쟁점촉매로 교체하는 것은 생산성향상시설의 대체투자로서 쟁점투자세액공제 적용대상에 해당한다. 청구법인은 촉매가 사용기간이 경과함에 따라 활성도가 저하되므로 4년을 주기로 촉매를 교체하고 있고, 이는 기존 촉매를 완전히 제거하고 신규 촉매를 새로이 설치하는 방식으로 진행된다. 따라서, 청구법인의 촉매 대체투자분은 수익적 지출 또는 수선비 성격으로 볼 수 없고 새로운 자산 취득으로서 쟁점투자세액공제 적용대상에 해당한다.



설령, 쟁점촉매 교체를 기존 자산에 대한 자본적 지출로 보더라도, 이는 생산성향상시설에 해당하는 기존 개별자산(촉매)의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 증가시키기 위한 대체투자로서 투자세액공제 적용대상에 해당한다(즉, 원상회복을 위한 일부 부품의 개체 또는 수리와 같은 수익적 지출과는 전혀 성격이 다르다).



또한, 일반 제조기업이 연속된 생산라인 중 일부 기계장치를 생산능력이 큰 기계로 대체하는 경우와 비교하더라도, 청구법인이 유기적으로 결합된 PDH설비 중 더 높은 활성도를 위하여 교체하는 촉매는 기존 설비의 개체ㆍ확장이라는 점에서 실질이 동일하고, 이와 관련하여 국세청도 촉매를 교체하는 대체투자에 대하여 투자세액공제대상으로 유권해석한 바 있다(서면인터넷방문상담2팀-1992, 2006.10.2. 참조).



(3) 촉매는 반응기에 종속되는 부품이 아니므로 쟁점촉매의 투자는 마치 반응기의 부품을 단순 교체한 것이라기보다는 생산성향상시설에 대한 신규 투자 또는 기존설비를 생산능력이 큰 설비로 개체(대체투자)한 것으로 봄이 타당하다.



(가) 쟁점촉매는 반응기에 종속되는 부품이 아닌 개별자산이다. 조특법은 ‘투자’의 범위에 대하여 조특법 기본통칙 24-0…3에서 기존설비에 대한 보수 및 자본적 지출을 포함하지 않는다고 규정하면서, 자본적 지출에 해당하더라도 조특법 기본통칙 60-56…6에서 규정하는 증설은 투자세액공제 대상에 포함하는 것으로 규정하고 있는데, 여기에서 증설은 기존설비를 생산능력이 큰 설비로 개체(대체투자)하거나 생산능력이 현저히 증가되도록 기존설비를 확장하는 것을 포함하고 원상의 회복을 위한 ‘부품’의 개체는 제외하도록 하고 있다.



일반적으로 부품(部品)은 기계, 장치, 제품의 일부분을 이루고 있는 구성요소로서의 물품을 뜻하는 것으로, 촉매는 원료인 프로판과 접촉하여 분해반응을 일으키는 금속물질로서 PDH설비 중 반응기 내부에 위치하고 있으나, 반응기의 일부분을 이루고 있는 구성요소는 아니다. 즉, 촉매는 어떠한 ‘부품’이 아니라 독립적으로 화학반응을 일으키는 ‘개별자산’에 해당하므로, 원상의 회복을 위한 부품의 개체라는 내용은 촉매에 적용할 수 없다.



처분청은 반응기와 촉매가 일체로 결합하여야만 하나의 생산설비로서 기능을 할 수 있다는 의견이나, 이는 이 건 생산설비를 구성하는 개별자산의 구체적인 역할을 이해하지 못한 것에서 비롯된 결과이며, 반응기와 촉매가 일체로 결합한다고 보더라도 각각 개별자산으로서 기능할 수 있다. 반응기는 최적화된 온도ㆍ압력 등을 제공하여 촉매가 화학반응을 원활히 일으킬 수 있도록 도와주는 기능을 수행하고, 이러한 온도ㆍ압력을 조절하는 기능을 수행하는데 촉매가 필요한 것은 아니며, 촉매도 반응기가 존재하지 않더라도 그 자체로서 기능(화학반응)을 수행할 수 있고, 단지 프로필렌 생산을 위하여 반응기 내부에 배치되었을 뿐이다. 무엇보다도 촉매와 반응기가 개별자산이라는 사실은 당초 경정청구 시 반응기와 촉매 모두 쟁점투자세액공제 적용대상인 개별자산으로 인정된 사실을 통하여도 확인할 수 있다.



또한, 반응기와 촉매의 취득가액(투자금액)의 크기 및 해당 취득가액을 회계상 서로 다른 자산으로 계상하고 서로 다른 내용연수로 상각하고 있다는 점도 각각 개별자산임을 방증한다. 즉, 촉매의 물리적인 위치가 반응기 내부이고, 반응기와 촉매가 모두 존재하여야 효율적으로 프로필렌 생산을 할 수 있다고 하여 촉매를 반응기의 부품으로 간주하는 것은 불합리하며, 촉매는 그 실질에 따라 반응기와 구별하여 당초부터 개별자산으로 인정된 것이다.



(나) 청구법인의 쟁점촉매에 대한 투자는 기존설비의 보수ㆍ자본적 지출 및 부품의 개체가 아닌, 생산성향상시설에 대한 신규 투자 또는 기존 설비를 생산능력이 큰 설비로 개체(대체투자)한 것에 해당하므로, 쟁점투자세액공제 적용대상으로 보아야 한다.



청구법인은 2016년 PDH설비 준공 당시에 약 OOO원의 촉매를 최초로 투자하여 쟁점투자세액공제를 적용받았고, 이후 2020년 기존에 설치되어 있던 최초 투자촉매를 완전히 제거한 후 약 OOO원의 쟁점촉매를 새롭게 설치하였다. 이러한 청구법인의 2020년 쟁점촉매 투자는 기존설비의 보수ㆍ자본적 지출 성격으로 볼 수 없고, 기존설비를 완전히 새롭게 대체한 신규 투자로서 쟁점투자세액공제 대상에 해당한다. 설령, 쟁점촉매 교체를 기존 자산에 대한 자본적 지출로 보더라도, 이는 생산성향상시설에 해당하는 기존 개별자산을 더 높은 활성도를 위해 교체한 것이다. 즉, PDH설비를 가동함에 따라 활성도가 영구적으로 저하된 촉매를 교체하였고, 교체 전에 비해서 활성도가 증가하였으므로, 이는 원래 생산능력이 유지된 것이 아니라 원래 생산능력 대비 생산능력이 향상된 것이다.



(다) 개별자산에 해당하는지 여부는 물리적인 위치가 아닌 본질적인 기능을 고려하여 판단하여야 하는바, 촉매는 반응기에 부수되는 부속품이 아니라 반응기의 유무, 형태와 상관없이 프로판과의 접촉만으로도 독자적으로 기능하는 화학장치로서 개별자산에 해당한다.



처분청은 ‘청구법인의 프로필렌 생산을 위한 일련의 과정들을 고려하면 촉매만으로는 원료의 탈수소화 공정을 진행할 수 없는 반면, 원활한 분해공정을 위해서는 온도를 높게 하고 압력을 낮추는 등 최적의 환경이 유지되는 반응기와 촉매가 일체로 결합하여야만 하나의 생산설비로서 기능할 수 있으므로, 촉매는 반응기에 부수되는 자산으로서 그 일부를 구성하는 부속품(부품)으로 보는 것이 타당하다’는 의견이나, 이는 촉매가 반응기 내부에 배치된 외관을 중시하여 개별자산이 아닌 반응기의 부속품으로 간주한 것으로 보인다.



어떠한 자산이 다른 자산의 부품이 되려면 그 다른 자산의 기능 및 작용에 필수불가결한 물품이어야 한다는 점에서 개별자산에 해당 여부는 물리적인 위치가 아닌 본질적인 기능에 따라 판단하여야 하고, 이에 따르면 촉매는 반응기의 일부를 구성하는 부속품으로 볼 수 없다. 이 건 OOO의 핵심은 촉매와 반응기가 물리적으로 결합하는 것이 아니라 가열된 원료와 촉매가 만나 화학반응을 하는 것으로서 이는 반응기가 없이도 가능하기 때문이다.



즉, 촉매는 반응기의 존재 여부와는 상관없이 그 자체로 원료(프로판가스)를 화학적으로 가공하여 제품(프로필렌)을 만들어 내는 기계장치(화학장치)로서 이는 개별자산에 해당하는 반면, 이 건 반응기는 촉매가 화학반응을 잘 일으키도록 온도ㆍ압력을 조절해 주는 일종의 용기(用器)로서의 역할을 하며, 촉매 없이도 이러한 기능을 개별적으로 하는 개별자산에 해당한다. 이와 같이 각 개별자산의 기능이 서로 다르고 각 자산의 기능 및 작용에 있어서도 서로 필수불가결한 것도 아니므로, 단순히 물리적인 위치가 가깝다는 사실만으로 촉매를 반응기의 부속품으로 단정하는 것은 불합리하다.



참고로 이 건과 유사한 사례로 정유사의 나프타 분해시설(Naphtha Cracking Center)의 공정에서 이 건 반응기에 대응하는 ‘크래커(Cracker)’는 촉매가 없어도 독자적으로 온도ㆍ압력 유지 기능을 수행하는데, 이를 통해서도 촉매가 반응기의 기능에 필수불가결하게 필요한 부품이 아님을 알 수 있다. PDH공정의 핵심은 가열된 프로판과 촉매가 만나는 것으로서 촉매와 반응기가 결합하는 것이 아니라는 점을 고려하여야 한다. 즉, 반응기 내부에 촉매와 연결되는 특별한 장치를 설치하지 않고서도 고온으로 가열된 프로판과 접촉하는 것만으로도 PDH 반응이 발생하므로, 촉매는 이론상 반응기가 없어도 독자적인 생산설비로서 기능할 수 있다. 처분청 의견대로라면 반응기도 PDH설비에 부수되는 자산으로서 PDH설비의 일부를 구성하는 부속품에 해당하므로, 쟁점투자세액공제를 받는 개별자산은 존재하지 않을 것이다.



(4) 처분청은 청구법인이 촉매의 활성도가 생산량ㆍ가동시간에 따라 저하됨에 따라 생산능력을 유지하기 위하여 약 4년 주기로 이를 교체하면서 그 투자비용에 대하여 세액공제를 신청하는 것은 ‘기존설비를 생산능력이 큰 설비로 개체’하거나 ‘생산능력을 현저히 증가하도록 확장하는 것’이 아니라 ‘원래 생산성을 유지ㆍ복구하기 위한 부분품의 개체에 해당한다’는 의견이나, 청구법인이 약 4년을 주기로 촉매를 교체하면서 그 교체 주기에 따른 투자비용에 대하여 세액공제를 신청하는 것은 세액공제 대상 여부와 아무런 관련이 없고, 촉매에 대한 투자가 대체투자 또는 증설투자가 아니라는 근거도 될 수 없다.



조특법 기본통칙 60-56…6의 ‘기존설비를 생산능력이 큰 설비로 개체(대체투자)’ 및 ‘생산능력이 현저히 증가되도록 기존설비를 확장(증설투자)’이라는 문언을 해당 자산의 교체주기나 세액공제 신청시기를 제한하는 것으로 해석할 수는 없다. 기존자산의 교체를 배제하고 신규투자만을 세액공제 대상으로 삼기로 의도하였다면, 위와 같은 규정을 두지도 않았을 것이고 오히려, 대체투자나 증설투자에 자산의 ‘교체’가 포함된다고 봄이 타당하며, 2003년 조특법 제130조 개정 시 기존 시설의 대체투자에 대해서도 세액공제를 허용하였다는 점을 고려하더라도(조심 2020인2139, 2021.7.12. 참조), 이 건 투자는 촉매라는 개별자산의 대체투자로서 쟁점투자세액공제가 허용되어야 한다.



(5) 처분청의 의견과 같이 구 조특법 제24조 제1항의 ‘생산성 향상을 위하여’라는 문언을 고려할 때 반드시 생산성 향상이라는 결과가 도출되어야 한다고 보기는 어렵고, 그 의견이 타당하다고 하더라도 청구법인은 촉매에 투자함으로써 기존 자산의 성능을 향상시키거나 기능을 개선하는 등 실질적으로 생산성 향상을 이루어냈다.



처분청은  "구 조특법 제25조 제1항 제6호의 쟁점투자세액공제를 받기 위해서는 해당 자산에 투자함으로써 기존 자산의 성능을 향상시키거나 기능을 개선하는 등 해당 자산에 투자함으로써 생산성 향상이 있어야 하는데, 청구법인의 쟁점촉매 투자는 교체 전과 유사한 수준의 생산능력을 유지하기 위한 것이므로 쟁점투자세액공제를 적용할 수 없다는 의견이나, 이는 구 조특법 제25조가 아닌 구 조특법 제24조 제1항의 ‘생산성 향상을 위하여’라는 문언을 근거로 하는 것으로, 설령 처분청의 의견과 같이 구 조특법 제24조 제1항의 ‘생산성 향상을 위하여’라는 문언을 고려하더라도 그것만으로 생산성 향상이라는 ‘결과’가 반드시 도출되어야 한다고 보기는 어렵다.



해당 규정의 취지는 본질적으로 생산성 향상을 위한 시설에 투자하는 것에 대하여 세액공제를 적용하는 것이며, 생산성 향상이라는 결과가 있어야 한다고 규정하거나 이에 대한 사후관리 규정을 두고 있지도 않을 뿐만 아니라 생산성 향상을 위한 투자를 신규투자만으로 제한하고 있지도 않고, 대체투자나 증설투자까지 허용하고 있다는 점에서 처분청의 의견은 해당 규정을 자의적으로 좁게 해석한 것에 불과하다. 반면, 처분청의 의견이 타당하다고 가정하더라도, 청구법인은 쟁점촉매에 투자함으로써 기존 자산의 성능을 향상시키거나 기능을 개선하는 등 실질적인 생산성 향상을 이루어냈다.



한편, 생산성향상시설은 구 조특법 시행령 제22조의6, 같은 법 시행규칙 제13조의6 및 별표2를 통해 구체적으로 정하고 있는데, 위 관련 규정에서는 열거된 시설이 어떤 시설인지 더 구체적으로 정하고 있을 뿐, 해당 시설을 통해 생산성 향상이 있었는지 여부에 대하여 판단할 것을 요구하거나 그 판단의 기준을 제시하고 있지 않다. 결과적으로 청구법인은 2019년 및 2024년에 경정청구를 통해 촉매를 포함한 PDH설비를 생산자동화설비로 인정받은 바 있으므로, 이후의 쟁점촉매에 대한 투자도 쟁점투자세액공제 대상으로 인정되어야 한다.



(6) 처분청이 제시한 선결정례 등만으로 촉매에 대한 투자가 쟁점투자세액공제 대상에서 배제된다고 단정할 수 없고, 오히려 동일한 판단 논리에 따를 경우 쟁점투자세액공제 대상으로 봄이 타당하다.



처분청은 ‘주기적으로 촉매에 대한 대체(교체)투자가 발생한다는 점과 촉매를 반응기 내에 장착하여 사용한다는 점, 기계장치의 부품인 촉매를 교체하였다는 점 등을 근거로 쟁점촉매를 교체하는데 소요된 투자금액을 기존설비에 대한 보수ㆍ자본적 지출로 보고 있고(법인세과-1037, 2009.3.12. 참조), 쟁점촉매의 투자는 기존 생산능력을 유지하기 위한 것으로서 기존 자산에 새로운 기능을 추가하거나 성능을 개선하는 등의 생산성을 향상시킨 자산이 아니어서 쟁점투자세액공제를 적용받을 수 없다(조심 2022부5909, 2022.11.29. 참조)는 의견이나, 주기적으로 대체투자가 발생하고 반응기 내에 장착한 촉매의 교체가 이루어지더라도 촉매의 교체 건을 세액공제대상으로 볼 수 있다(서면인터넷방문 상담2팀-1992, 2006.10.2. 참조).



또한, 위 조세심판원의 선결정례에서 교체자산을 ‘기존 자산에 새로운 기능을 추가하거나 성능을 개선하는 등의 생산성을 향상시키는 자산으로 보기는 어렵다’고 판단한 이유는 교체자산의 설치가  "교통수단에서의 승객 수의 증가” 또는  "유통 분야 등에서의 거래 건수의 증가”와 같은 생산성의 향상으로 연결되지 않는다고 보았기 때문인데, 해당 사례의 관련 법인들은 교체자산을 이용하는 업체로부터 결제요금의 일정 부분을 수수료로 수취한다는 점에서 그 구조상 교체자산의 설치가 당해 법인들의 생산성을 직접적으로 향상시킨다고 보기 어렵기 때문이다.



반면, 이 건의 경우 촉매의 교체는 청구법인의 생산성과 직결되어 필연적으로 ‘생산량의 향상’으로 연결되고, 청구법인은 촉매의 사용에 있어서 수수료를 수취하는 구조를 취하고 있지 아니하므로 위 선결정례를 이 건에 원용할 수 없으며, 위 선결정례와 동일한 논리에 따라 판단하더라도 촉매의 투자는 기존 자산에 새로운 기능을 추가하거나 성능을 개선하는 등의 생산성을 실질적으로 향상시켰다는 점에서 쟁점투자세액공제 적용대상에 해당한다.



(7) 한편, 구 조특법 제25조는 생산성향상시설에 대한 투자 유인을 증대하고자 2019.12.31. 개정 시 ‘2020년 투자분에 대한 공제율을 대기업은 2%, 중견기업은 5%, 중소기업은 10%로 상향조정하고, 2021년 투자분에 대한 공제율을 중견기업은 5%, 중소기업은 10%로 상향조정하는 한편, 일몰기한을 2021년 12월 31일까지로 2년 연장’하는 등 혜택을 확대하는 방향으로 개정되었다. 이후 조특법 제24조로 기존 투자세액공제 제도(제5조, 제25조, 제25조의4, 제25조의 5 및 제25조의7)가 통합되었는데, 그 개정 이유도 기업투자 활성화를 지원하기 위하여 중소기업 등 투자세액공제와 쟁점투자세액공제 등을 통합투자세액공제로 통합하여 일원화하고, 세액공제 대상이 되는 자산의 범위를 원칙적으로 모든 사업용 유형자산으로 넓혔으며, 해당 연도 투자액에 대한 기본공제에 더하여 직전 3년 평균을 초과하여 투자한 금액에 대해서는 기본공제액의 2배를 초과하지 아니하는 범위에서 추가공제를 적용한다고 하여 이전보다 혜택을 확대하였다.



위와 같이 현행 조특법 집행기준 24-21-2에서도 통합투자세액공제대상 투자자산을 ‘일부 자산을 제외하는 네거티브방식’으로 규정하고 있고, 관련 규정도 당초에 투자세액공제 대상에 해당하지 않던 것도 새롭게 인정하거나 공제율을 상향하고 대체투자까지 인정하는 등 공제 범위를 넓히고 있는데, 이는 위 제도의 취지가 일회성 지원에 끝나는 것이 아니라 기존투자의 지속성까지 고려하고 있음을 의미한다.



즉, 생산성향상시설에 대한 투자는 반드시 일회성으로 끝난다고 단정할 수 없고, 재차 공제를 허용하지 않는다면 다수의 기업이 투자유인을 상실하게 되어 생산성 하락으로 이어질 것이며, 이는 관련 규정의 입법취지와 개정 취지를 몰각하는 것이고, 더 나아가 관련 규정도 재차 공제에 대한 제한을 두고 있지 않음이 명백하므로, 이와 달리 해석하는 것은 엄격해석의 원칙에 반한다.



따라서 청구법인은 단순히 적은 비용을 들여 일부 부품을 교체하거나 기존설비를 보수한 수준이 아니라, 최초 OOO원을 투자한 촉매를 완전히 제거한 후 약 OOO원의 쟁점촉매를 새롭게 설치하였다는 점에서 이를 신규 투자 또는 대체투자로 보아야 하고, 이러한 투자가 생산성 향상에 기여한다는 사실은 다툼이 없으며, 재차 공제에 대한 제한 규정도 없으므로 쟁점촉매에 대한 투자에 대하여 쟁점투자세액공제를 적용함이 타당하다.



나. 처분청 의견



(1) 쟁점투자세액공제는 열거된 특정시설에  "투자”하는 경우 지원하는 세제혜택으로, ‘쟁점투자세액공제 적용대상이 되는 투자’란 신규투자 내지는 이에 준하여 생산능력이 큰 설비로 개체하거나 생산능력이 현저히 증가하도록 기존설비를 확장하는 증설투자에 해당하여야 하는 반면, 원상회복 등을 위하여 지출한 기존 설비의 보수ㆍ ㆍ 자본적 지출 및 부품의 개체는 신규투자로 보기 어려우므로 쟁점투자세액공제 적용대상에 해당하지 아니한다.



(가) 구 조특법 제25조 제1항에서는 각 호에 열거된 특정시설에 투자하는 분에 대해서 세액공제를 적용하는 한편, 중고품 및 리스에 의한 투자는 제외하도록 규정하고 있으며, 조특법상  "투자”의 범위에 관하여 조특법 기본통칙 24-0…3에서는 기존설비에 대한 보수 및 자본적 지출을 포함하지 않는다고 규정하면서, 자본적 지출에 해당하더라도 조특법 기본통칙 60-56…6에서 규정하는 증설은 투자세액공제 적용대상 자산에 포함하고 있다.



(나) 쟁점촉매는 청구법인의 PDH설비 중 반응기에 종속되는 부품에 불과하다. 청구법인은 쟁점촉매를 PDH설비의 부품이 아닌 별도의 사업용 자산으로서 회계상 개별자산으로 분류하고 있으므로, 쟁점촉매의 대체투자가 자본적 지출이 아닌 개별자산에 대한 신규투자라고 주장하나, 쟁점촉매는 독립적으로 운용할 수 있는 생산설비가 아닌  "반응기”에 종속되는 부속품이므로, 원상유지를 위한 부품의 개체는 쟁점투자세액공제를 적용받을 수 없는 자본적 지출에 해당한다.



(다) PDH설비는 마이크로프로세서에 의해 작동되는 분산제어시스템(Distributed Control System)에 의해서 생산공정이 자동제어되는 설비로서 조특법 시행규칙 별표2의 ‘공정개선ㆍ자동화ㆍ정보화시설 및 첨단기술설비’에 열거된 생산자동화설비 및 생산자동화제어설비 중 ‘주공정 또는 기능의 제어가 마이크로프로세서 또는 수치제어장치에 의하여 자동으로 조절되는 기계장치 또는 설비’에 해당하고, 동 설비 중 반응기는 주요 생산공정인  "분해공정”을 수행하는 반응설비로, 단순히 촉매를 위한 물리적 공간을 제공하는 것이 아니고 원활한 분해반응을 위해 특정 촉매에 최적화된 온도ㆍ ㆍ 압력 등을 자동으로 제어하여 생산에 기여하는 생산자동화설비에 해당한다.



(라) 위와 같은 과정에서 촉매는 반응기 내부에 투입되어 원료가 반응기를 통과할 때 원료와 접촉하여 화학반응을 촉진하는 역할을 하는 다량의 금속물질로서, 프로필렌 생산량에 비례하여 활성도가 저하되는 소모성 자산이므로 생산성 유지를 위하여 주기적인 교체가 필요한 반면, 탈수소화 공정에서 반응기는 프로판에서 수소를 제거하는 분해반응을 수행하는 핵심장치이다. 따라서 촉매는 생산 목적을 달성하기 위하여 필수적으로 부수되는 자산으로, 반응기와 일체로 결합하여야만 하나의 생산설비로서 기능을 할 수 있는 독립된 기계설비이므로, 촉매는 반응기의 일부를 구성하는 부속품(부품)으로 봄이 타당하다.



(마) 한편, 부품에 대하여 별도의 내용연수 관리를 위하여 회계상 개별자산으로 회계처리를 하였다고 하더라도 성격에 따라 자본적 지출 또는 수익적 지출 해당 여부를 판단하여야 하는바, 쟁점촉매의 교체비용은 그로 인한 경제적 효익이 당기 이후까지 발생하여 자본화된 비용이므로, 촉매의 대체투자는 자본적 지출에 해당한다.



(2) 부품인 쟁점촉매의 대체투자는 기존 설비의 원상유지를 위한 보수 및 자본적 지출에 해당하므로, 쟁점투자세액공제 적용대상인  "투자”에 해당하지 아니한다.



(가) 청구법인은 촉매의 대체투자가 자본적 지출에 해당하더라도 기존 시설의 내용연수를 연장시키거나 기존 시설의 가치를 현실적으로 증가시키기 위한 목적의 대체투자에 해당하므로 투자세액공제를 적용받을 수 있다고 주장하나, 쟁점촉매에 대한 투자는 제품생산의 능률을 유지하기 위한 기존 시설의 보수 및 자본적 지출로서 기존 시설의 생산능력을 증가ㆍ ㆍ 확장시키는  "증설투자”에 해당하지 아니하므로 쟁점투자세액공제 적용대상 자산에 해당하지 않는다.



(나) 청구법인은 생산량 및 가동시간에 따라 촉매의 활성도가 저하되므로 생산능력을 유지하기 위하여 약 4년 주기로 이를 교체하고, 이를 통하여 프로필렌 생산능력을 매년 약 60만톤 규모로 유지하고 있는바, 조특법 기본통칙 60-56…6에서 투자세액공제의 적용대상이 되는  "증설”을  "기존설비를 생산능력이 큰 설비로 개체하거나 생산능력이 현저히 증가하도록 확장하는 것”으로 규정하고 있는데, 이는 기존 상태보다 질적ㆍ ㆍ 양적으로 더욱 향상시키는 투자를 의미하므로, 기존의 생산성을 유지하기 위하여 노후화된 일부 부품을 교체하는 대체투자의 경우는  "증설”로 볼 수 없고, 쟁점투자세액공제 적용대상에서 제외하는  "기존 설비에 대한 보수ㆍ ㆍ 자본적 지출”로 봄이 타당하다.



(다) 또한, 국세청장도 석유정제업을 영위하는 법인의 탈황시설 등에 장착되는 기계장치의 부품인 촉매를 교체하는데 소요된 투자금액을 기존 설비에 대한 보수ㆍ ㆍ 자본적 지출로 보아 투자세액공제를 적용할 수 없는 것으로 해석하였다(법인세과-1037, 2009.3.12. 참조). 청구법인과 위 질의법인의 업종이 다르다고 하더라도 주기적으로 촉매에 대한 대체(교체) 투자가 발생한다는 점과 촉매를 반응기 내에 장착하여 사용한다는 점, 기계장치의 부품인 촉매를 교체하였다는 점 등은 서로 동일하므로 위 유권해석에 따라 쟁점촉매를 교체하는데 소요된 투자금을 기존설비에 대한 보수ㆍ자본적 지출로 볼 수 있다.



(3) 한편, 쟁점투자세액공제를 적용받기 위해서는 해당 투자가 생산성 향상에 기여하여야 하나, 쟁점촉매 대체는 기존에 설치한 촉매가 사용량ㆍ ㆍ 사용시간에 따라 생산성이 저하됨에 따라 기존 생산수율을 유지하기 위하여 동일한 종류의 촉매로 교체한 것으로, 기존 설비에 대한 자본적 지출에 불과하고, 해당 투자를 통해 생산성이 향상된 것이 아니라 기존 생산능력을 유지하기 위한 투자에 해당하므로 쟁점투자세액공제를 적용할 수 없다.



(가) 구 조특법 제25조 제1항 제6호에 따라 쟁점투자세액공제를 적용하기 위해서는 단지 대통령령으로 정하는  "생산성향상시설”에 투자하였다는 이유만으로 세액공제를 적용하는 것이 아니라, 해당 투자를 통해 기존 자산의 성능을 향상시키거나 기능을 개선하는 등 실질적인 생산성 향상에 기여하여야 한다. 특정시설 등에 대한 투자세액공제로 각 투자세액공제 항목을 통합하여 구 조특법 제25조로 정비하기 전의 규정인 구 조특법 제24조는  "생산성 향상을 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설”에 투자하는 경우 세액공제를 적용하도록 규정하고 있어서 그 취지를 명백히 하고 있다.



(나) 구 조특법 제25조 제1항 제6호에 따라 쟁점투자세액공제를 적용받기 위해서는 해당 자산에 투자함으로써 기존 자산의 성능을 향상시키거나 기능을 개선하는 등 생산성 향상이 있어야 하는데, 이는 구 조특법 제25조를 정비하기 전의 규정인 구 조특법 제24조를 보면 더욱 명확히 알 수 있다. 구 조특법 제24조는 2019년 개정 시 구 조특법 제25조로 통합된 것으로, 생산성향상시설에 대한 투자의 촉진을 유도하기 위해 도입된 규정이라는 제도 도입의 취지가 동일하므로 구 조특법 제24조 제1항을 고려할 때 해당 투자를 통해 생산성 향상이 있어야 함에도 청구법인의 쟁점촉매 투자는 교체 전과 유사한 수준의 생산능력을 유지하기 위한 것일 뿐 생산성이 향상된 것으로 볼 수 없다.



(다) 쟁점투자세액공제는 첨단기술 사업자의 설비투자 확대를 장려하여 우리나라 경제의 성장잠재력을 확충하고 기업의 생산성 혁신을 지원하기 위하여 도입된 것인바, 이는 공정개선 내지 자동화시설 등과 같이 거액의 설비투자가 필요하나 그에 대한 투자금 회수 여부가 불확실하거나 간접적인 방법으로 회수될 것으로 예상되어 기업의 설비투자 유인이 줄어들 경우에 대비하여 국가 차원에서 기업의 설비투자를 촉진ㆍ 지원하기 위한 특혜규정에 해당한다(대구지방법원 2023.10.18. 선고 2022구합20992 판결 참조). 따라서 법에 규정된 지원대상에 따라 그 지원목적에 부합하는 범위 내에서 제한적으로 적용하여야 하고, 그 목적에 부합하지 않는 범위까지 확장하여 적용할 수 없으므로, 쟁점투자세액공제는 포괄적인 투자자산에 대하여 세액공제를 적용하는 통합투자세액공제 또는 중소기업투자세액공제 등의 세제와는 그 지원 목적이 상이하므로 적용범위에도 차이가 있다.



(라) 청구법인은 생산성향상시설에 대한 투자증대 지원이라는 정책목표를 2016년 PDH설비 준공 시 최초로 투자한 촉매를 포함한 생산자동화설비에 대하여 투자세액공제를 적용함으로써 이미 달성하였고, 생산량에 따라 감모된 소모성 자재를 주기마다 반복적으로 교체하는데 소요되는 비용은 투자 확대를 위한 선택적인 지출이 아닌 지속적인 생산을 유지하는 과정에서 발생하는 필수적인 비용이므로, 이를 국가가 보전하는 것은 투자세액공제의 목적에 부합하지 아니한다.



(4) 쟁점투자세액공제를 적용하기 위해서는 해당 투자가 신규투자 또는 이에 준하여 생산능력이 큰 설비로 개체하거나 생산능력이 현저히 증가하도록 기존 설비를 확장하는 증설투자에 해당하여야 하며 특히, 쟁점투자세액공제는 단지 특정시설에 대한 투자행위만으로 공제받을 수 있는 것이 아니라 그 투자를 통해 법인의 생산성 향상이 전제되어야 하는바, 청구법인의 투자금액은 기존에 설치한 촉매가 사용량ㆍ ㆍ 사용시간에 따라 생산성이 저하됨에 따라 원상회복을 위하여 동일한 종류의 촉매로 교체한 것이므로 기존시설에 대한 보수ㆍ ㆍ 자본적 지출에 불과하고, 그 투자행위로 인하여 원상태를 복구하는 효과만 있을 뿐 생산성 향상이 이루어진 것이 아니므로 쟁점투자세액공제를 적용할 수 없다.



(5) 청구법인은 쟁점촉매에 대한 투자는 생산성향상시설에 대한 신규 투자 또는 기존 설비를 생산능력이 큰 설비로 개체(대체투자)한 것이라고 주장하나, 청구법인은 PDH설비를 통해 프로필렌을 생산하는 업체로, 프로필렌을 생산하기 위해 가열된 프로판을 반응기 내부에 있는 촉매와 반응시켜 수소를 분리시키는 작업을 수행한다. PDH설비 중 반응기는 주요 생산공정인 ‘분해공정’을 수행하는 것으로, 분해공정을 위해 최적화된 온도ㆍ압력 등을 자동으로 제어하고 촉매는 이러한 반응기 내부에 위치해 반응기와 유기적으로 결합하여 원료에 화학반응을 유도해 탈수소화 작업을 진행하는데, 이러한 일련의 과정이 프로필렌 생산을 위한 필수적인 것임을 감안하면 촉매만으로는 원료의 탈수소화 공정을 진행할 수 없고 원활한 분해공정을 위해서는 온도를 높게 하고 압력을 낮추는 등 최적의 환경이 유지되는 반응기와 일체로 결합하여야만 하나의 생산설비로서 기능할 수 있으므로, 촉매는 PDH설비에 필수자산인 반응기의 일부를 구성하는 부속품에 해당한다.



(6) 청구법인은 개별자산 해당 여부는 물리적인 위치가 아닌 본질적인 기능을 고려하여 판단하여야 하는데, 쟁점촉매는 반응기의 유무ㆍ형태와 상관없이 프로판과의 접촉만으로도 독자적으로 기능하는 화학 장치이므로 개별자산에 해당한다고 주장하나, 반응기 내부에 촉매가 존재한다는 사유만으로 촉매를 반응기의 부속품으로 보는 것이 아니라 프로필렌 생산이 원활하게 진행되기 위해서 가열된 프로판의 온도와 압력을 적정수준으로 유지하는 반응기와 내부의 촉매가 같이 결합하여 탈수소화 작업이 이루어진다. 따라서 반응기와 촉매는 일체로 운용되어야만 프로필렌 생산이 가능하므로 촉매를 반응기의 부속품으로 보아야 한다는 것이다.



한편, 청구법인이 2016년 최초투자한 촉매에 대한 경정청구가 인용되었다고 하더라도 처분청은 촉매를 2016년 준공한 PDH설비 중 반응기와 일체를 이루는 사업용 자산으로 보고 반응기의 일부로서 생산성향시설로 인정한 것일 뿐 개별자산으로 인정한 것이 아니다. 쟁점촉매의 교체는 기존 생산성을 유지ㆍ복구하기 위한 부속품의 개체에 해당한다. 따라서 청구법인의 주기적인 촉매의 교체는 조특법 기본통칙 60-56…6에 따른 ‘기존설비를 생산능력이 큰 설비로 개체하거나 생산능력이 현저히 증가하도록 확장’하는 것이 아닌 원 생산능력을 유지하기 위해 노후화된 촉매를 교체하는 투자로 봄이 합리적이다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



쟁점촉매가 생산성향상시설로서 쟁점투자세액공제 적용대상에 해당하는지 여부



나. 관련 법령 등



(1) 조세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것)



제24조【생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제】① 내국인이 생산성 향상을 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 2019년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 1(대통령령으로 정하는 중견기업의 경우에는 100분의 3, 중소기업의 경우에는 100분의 7)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.



(2) 조세특례제한법(2020.12.29. 법률 제17759호로 개정되기 전의 것)



제25조【특정시설 투자 등에 대한 세액공제】① 내국인이 제1호부터 제3호까지, 제5호 및 제6호에 해당하는 시설에 2021년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하거나 제4호에 해당하는 시설을 2021년 12월 31일까지 취득(신축, 증축, 개축 또는 구입을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 제2항에 따라 계산한 금액에 상당하는 세액을 투자를 완료한 날 또는 취득일이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

6. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 생산성향상시설

가. 대통령령으로 정하는 공정(工程) 개선 및 자동화 시설

나. 대통령령으로 정하는 첨단기술시설

다. 자재조달ㆍ생산계획ㆍ재고관리 등 공급망을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신시설, 그 밖의 유형ㆍ무형의 시설로서 감가상각기간이 2년 이상인 시설

② 제1항에 따라 공제할 금액은 제1항 각 호의 시설에 대한 투자금액 또는 취득금액(해당 시설에 딸린 토지의 매입대금은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에 다음 표에 따른 공제율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 제1항 제6호의 시설에 2020년 1월 1일부터 2020년 12월 31일까지(중견기업 및 중소기업의 경우에는 2020년 1월 1일부터 2021년 12월 31일까지) 투자하는 경우에 대한 제1항에 따라 공제할 금액은 그 투자금액에 100분의 2(중견기업의 경우에는 100분의 5, 중소기업의 경우에는 100분의 10)를 곱한 금액으로 한다.

③ 제1항에 따른 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에는 그 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 제1항을 적용받을 수 있다.



(3) 조세특례제한법(2024.12.31. 법률 제20617호로 개정되기 전의 것)



제24조【통합투자세액공제】① 대통령령으로 정하는 내국인이 제1호 가목 또는 나목에 해당하는 자산에 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 제2호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액을 해당 투자가 이루어지는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 2023년 12월 31일이 속하는 과세연도에 투자하는 경우에는 제3호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액을 공제한다.



(4) 조세특례제한법 시행령



제3조【투자세액공제 제외 대상 리스】법 제5조 제1항 각 호 외의 부분, 제8조의3 제3항 전단, 제25조 제1항 각 호 외의 부분, 제25조의4 제1항 전단, 제25조의5 제1항 각 호 외의 부분, 제25조의7 제1항 및 제26조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서  "대통령령으로 정하는 리스”란 각각 내국인에게 자산을 대여하는 것으로서 기획재정부령으로 정하는 금융리스를 제외한 것을 말한다.



제22조의6【생산성향상시설의 범위】① 법 제25조 제1항 제6호 가목에서  "대통령령으로 정하는 공정(工程) 개선 및 자동화 시설”이란 공정을 개선하거나 시설의 자동화 및 정보화를 위해 투자하는 시설로서 기획재정부령으로 정하는 시설을 말한다.

② 법 제25조 제1항 제6호 나목에서  "대통령령으로 정하는 첨단기술시설”이란 첨단기술을 이용하거나 응용하여 제작된 시설로서 기획재정부령으로 정하는 시설을 말한다.



(5) 조세특례제한법 시행규칙



제13조의6【생산성향상시설의 범위】① 영 제22조의6 제1항에서  "기획재정부령으로 정하는 시설”이란 별표 2의 공정개선ㆍ자동화 및 정보화시설로서 해당 사업에 직접 사용되는 것을 말한다.

② 영 제22조의6 제2항에서  "기획재정부령으로 정하는 시설”이란 별표 2의 첨단기술설비로서 해당 사업에 직접 사용되는 것을 말한다.



(6) 법인세법 시행령



제31조【즉시상각의 의제】② 법 제23조 제4항 제2호에서  "대통령령으로 정하는 자본적 지출”이란 법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 해당 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것에 대한 지출을 포함한다.

1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조

2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치

3. 빌딩 등에 있어서 피난시설 등의 설치

4. 재해 등으로 인하여 멸실 또는 훼손되어 본래의 용도에 이용할 가치가 없는 건축물ㆍ 기계ㆍ 설비 등의 복구

5. 그 밖에 개량ㆍ 확장ㆍ 증설 등 제1호부터 제4호까지의 지출과 유사한 성질의 것



(7) 조세특례제한법 기본통칙



24-0…3【투자세액공제대상 자산의 범위】이 법의 투자세액공제 적용대상이 되는 투자에는 다음 각 호의 금액을 포함하지 아니한다.

2. 기존설비에 대한 보수

3. 기존설비에 대한 자본적 지출. 다만, 통칙 60-56…6【증설의 범위】에서 규정하는 증설은 제외한다.



60-56…6【증설의 범위】영 제56조 제3항 제3호에 따른 증설에는 기존설비를 생산능력이 큰 설비로 개체하거나 생산능력이 현저히 증가되도록 기존설비를 확장하는 것을 포함하고 원상의 회복을 위한 부품의 개체는 제외한다.



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구법인은 2024.6.28. 아래 ＜표1＞과 같이 2020년 쟁점촉매 교체비용으로 지출한 OOO원에 대하여 쟁점투자세액공제를 적용하여 관련 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 쟁점촉매는 기존설비의 원상유지를 위한 부품의 교체에 해당하여 자본적 지출로서 쟁점투자세액공제 적용대상에 해당하지 아니한다고 보아 2024.10.1. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.



＜표1＞ 청구법인의 경정청구 내역

○○○



(2) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.



(가) 청구법인은 2014.9.14. 설립되어 프로판을 원료로 하여 프로필렌을 생산ㆍ 판매하는 업체로, 2016년 준공한 청구법인의 PDH설비를 통한 프로필렌 생산 과정은 다음과 같다.

○○○



1) 프로판을 약 600℃의 고온으로 상승시킨 후 촉매가 설치된 반응기에 투입하여 프로판이 촉매와 접촉하여 반응하면 고온의 프로필렌과 수소 등이 혼합된 가스로 분해된다(①단계).



2) 위 혼합가스를 열교환기 및 압축기 등을 통하여 냉각ㆍ압축시킨 후 혼합가스에 포함된 프로필렌을 비점(끓는점) 차에 의해 분리한다(②단계).



3) PDH설비 중 반응기는 다음과 같이 총 8대가 병렬로 설치되어 있고, 각 반응기 내부에는 촉매가 4개의 층으로 설치되어 있다.

○○○



(나) 반응기 내부에 설치된 촉매는 다음과 같고, OOO 등이 사용된다.

○○○



(다) 청구법인은 2016년 PDH설비 준공 시 OOO원의 촉매를 최초로 취득하였고, 사용기간이 경과함에 따라 촉매의 활성도가 저하되어 2020년 이를 대체하기 위하여 OOO원을 추가로 투자하였다.



(라) 청구법인은 회계상 촉매를 별도의 유형자산으로 계상하고, 그 취득가액을 생산량비례법 또는 정액법으로 감가상각하고 있는바, 반응기와 촉매의 회계처리 내역 등은 아래 ＜표2＞와 같다.



＜표2＞ 반응기와 촉매의 회계처리 내역 등

○○○



(마) 청구법인은 생산량 및 가동시간에 따른 생산능력을 유지하기 위하여 약 4년 주기로 촉매를 교체하고 있는바, 청구법인의 사업보고서에 따르면 PDH설비의 생산능력 및 생산실적은 아래 ＜표3＞과 같다.



＜표3＞ PDH설비의 생산능력 및 생산실적

ㅇ ㅇ ㅇ



(바) 청구법인이 쟁점투자세액공제와 관련하여 제기한 경정청구 이력 등은 다음과 같다.



1) 청구법인은 2016년 PDH설비 준공 당시 촉매 OOO원을 최초로 투자하였고, 이후 최초투자한 촉매의 활성도가 저하됨에 따라 2020년 기존에 설치되어 있던 촉매를 완전히 제거한 후 OOO원을 추가로 투입하여 쟁점촉매를 설치하였으며, 2016년 PDH설비(촉매 제외) 투자금액에 대하여 당초 고용창출투자세액공제를 적용하여 법인세를 신고하였으나, 2019.7.11. 이를 쟁점투자세액공제 대상으로 변경하여 경정청구를 제기함에 따라 처분청은 이 부분 주장에 대하여 인용하였다.



2) 이후, 청구법인은 2024.5.29. 2016년 투자한 최초투자한 촉매에 대하여도 쟁점투자세액공제를 적용해 줄 것을 요구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 이를 PDH설비 중 반응기와 일체를 이루는 사업용 자산으로서 생산성향상시설에 해당하는 것으로 보아 쟁점투자세액공제를 적용하여 관련 법인세를 환급하였다.



3) 또한, 청구법인은 2024.6.28. 2020년 투자한 쟁점촉매도 쟁점투자세액공제 적용대상이라고 주장하며 이 건 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 쟁점촉매는 기존설비의 원상유지를 위한 부품의 교체에 해당하여 쟁점투자세액공제 적용대상에 해당하지 아니한다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부하였다.



(사) 우리 원은 2025.8.22. 청구법인의 신청으로 청구법인의 울산 용연공장을 방문하여 현장확인조사를 실시하였는바, 현장확인조사 결과 작성한 보고서의 주요 내용은 다음과 같다.

○○○



(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점촉매를 기존설비의 원상유지를 위한 부품의 교체에 해당하여 쟁점투자세액공제 적용대상에 해당하지 아니한다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부하였으나, 구 조특법 제24조 제1항 제1호는 ‘내국인이 생산성 향상을 위하여 공정 개선 및 자동화 시설 중 대통령령으로 정하는 시설에 투자하는 경우에 그 투자금액의 일부에 상당하는 금액을 법인세 등에서 공제한다’고 규정하고 있고, 그 위임에 따른 조특법 시행령 제22조의6 제1항은 ‘대통령령으로 정하는 공정 개선 및 자동화 시설이란 공정을 개선하거나 시설의 자동화 및 정보화를 위해 투자하는 시설로서 기획재정부령으로 정하는 것을 말한다’고 규정하고 있으며, 그 위임에 따른 조특법 시행규칙 제13조의6 제1항 [별표 2] 제1호는 ‘주공정 또는 기능의 제어가 마이크로프로세서 또는 수치제어장치에 의하여 자동으로 조절되는 기계장치 또는 설비(다목)’, ‘화학물질의 합성과정에서 요구되는 반응온도ㆍ압력 및 시간농도를 자동으로 일정하게 유지되도록 하는 자동제어시스템ㆍ화학반응합성장치 및 부속설비(사목)’ 등을 생산자동화설비 및 생산자동화제어설비라고 규정하고 있는바,



이에 청구법인은 최초 투자 시 설치된 약 OOO톤의 촉매를 완전히 제거하고 더 큰 적재량인 약 OOO톤의 신품으로 대체하기 위하여 OOO원에 이르는 금액을 투자하여 쟁점촉매를 설치하였고, 그에 따라 청구법인의 프로필렌 생산량 역시 2020년 OOO톤에서 2021년 OOO톤으로 증가한 것으로 보이는 등의 사정에 비추어 쟁점촉매의 설치는 단순히 ‘원상유지를 위한 개체’라기보다는 ‘생산능력 증대를 위한 대체투자’로 볼 수 있는 점,



청구법인은 쟁점촉매는 기계장치인 반응기와는 별도인 사업용 자산으로 분류하여 4년의 내용연수에 걸쳐 감가상각비를 계상하고 있고, 상호 유기적으로 연계된 PDH설비를 통하여 프로판을 분해 및 분리하여 프로필렌을 생산하는데, 이때 반응기에 설치되는 촉매는 화학반응이 최적화ㆍ활성화되도록 기능하는 반면, 반응기는 최적화된 온도ㆍ압력 등을 제공하여 촉매가 화학반응을 원활히 일으킬 수 있도록 도와주는 일종의 용기로서의 기능을 수행하는바, 이러한 촉매 및 반응기의 기능이나 역할 등을 고려해 보면 쟁점촉매를 반응기의 일부인 부속품으로 보기보다는 프로필렌 생산을 위한 필수적인 자산으로서 PDH설비의 일종으로 봄이 타당해 보이는 점,



기획재정부는 개별설비 등이 유기적으로 결합되어야 제품생산이 가능한 경우 투자설비 전체를 하나의 투자단위로 보아 공제대상 투자금액을 계산한다고 해석하였는데(재조예 46019-40, 2003.3.19.), 다수의 개별 사업용 자산으로 구성된 PDH설비 전체를 신설하거나 대체하는 경우는 최초 화학공장을 건설할 때 외에는 일반적으로 발생하지 아니하는바, 처분청 의견과 같이 PDH설비와 같은 상위 시스템 전체만을 ‘개별 사업용 자산의 최소단위’로서 투자세액공제의 대상으로 본다면 결국 PDH설비를 운용하는 사업을 영위하는 사업자가 촉매의 소모 또는 경제적 효율성 감소에 따른 원상유지 목적의 개체를 넘어 구체적인 생산능력 증대를 위해서 거액의 촉매를 개체하는 투자를 하였음에도 해당 투자에 대한 세액공제를 인정받을 수 있는 경우는 현실적으로 발생하기 어려운 점,



그 밖에 처분청도 PDH설비가 분산제어시스템에 의하여 자동으로 조절되고 있고, 대상자산의 특성상 연관된 수많은 기계장치들이 유기적으로 결합되어야만 해당 제품의 생산이 가능하다고 보아 청구법인이 2016년 최초 투자한 PDH설비(촉매 포함) 전체 금액을 쟁점투자세액공제 대상으로 인정하여 관련 법인세를 환급한 점 등에 비추어, 쟁점촉매는 반응기와 구분되는 개별자산으로서 프로필렌 생산에 필수적인 사업용 자산이라 할 수 있으므로, 처분청이 생산능력 증대를 위해서 거액의 촉매를 개체하고 하는 쟁점촉매 교체비용을 쟁점투자세액공제 적용대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.