심판청구를 기각한다.

1. 처분개요



가. 청구인은 2023.12.15. 경영컨설팅업을 주업종으로 하여 OOO(이하  "쟁점사업장”이라 한다)라는 상호의 개인사업자를 등록하였고, 2024.1.29. 쟁점사업장은 사업양수도를 통해 주식회사 a(이하  "쟁점법인”이라 한다)로 법인전환하였다.



나. 처분청은 2024.4.17.부터 2024.6.25.까지 청구인에 대한 부가가치세 조사를 실시한 결과, 청구인이 2023년 제2기 부가가치세 과세기간에 주식회사 b 및 주식회사 c로부터 실제 재화나 용역의 공급이 없는 사실과 다른 세금계산서(공급가액 합계 OOO원, 이하  "쟁점매입세금계산서”라 한다)를 수취한 것으로 보아, 매입세액을 불공제하여 2024.8.2. 청구인에게 2023년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.



다. 청구인은 이에 불복하여 2024.10.29. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구인 주장 및 처분청 의견



가. 청구인 주장



(1)과세처분 취소소송에서 과세요건사실의 증명책임은 과세관청에게 있다.



대법원 판례에 따르면 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 입증책임은 과세관청에게 있으며, 과세관청의 증명이 부족하다면 과세처분 전부를 취소하여야 하고(대법원 2009.6.23. 선고 2008두13446 판결), 대법원이 허위세금계산서 발행을 인정하지 않은 다른 사건(대법원 2009.7.9. 선고 2009두5022 판결)과 비교하여 보아도, 이 건 처분은 과세근거가 미약하다.



(2)쟁점거래 관련 용역(치과 및 치과기공소용 ERP 소프트웨어 개발) 계약 및 물품(3D 프린팅 재료)공급 계약은 실제 거래에 의한 것으로, 쟁점매입세금계산서는 가공의 세금계산서가 아니다.

(가)청구인은 치기공 관련 연구자로서 다년간 구상한 사업을 실제로 추진하였다.

청구인은 2010년경부터 치과기공사로 활동하였고, 2013년 3월에는 OOO에 입학하여 박사학위를 취득하였으며, 2016년 이후 OOO대학교 교수 및 OOO대학교 교수 등으로 재직하였다. 이처럼 청구인은 치기공 관련 사업을 하기 위한 배경을 갖고 있다. 한편, 청구인은 2018년부터는 충청북도 보은군에서 OOO라는 상호의 치과기공소를 운영하였고, 2018년 9월 구강용 의료기기 벤처기업인 주식회사 d(이하  "d”이라 한다)의 이사로 위촉되었으나, 기업부설 연구소에 소속되어 연구에 전념하였고, d의 사업에 대하여는 구체적으로 알지 못하였으며, 의사결정에 실질적으로 영향을 미칠 수 있는 지위에도 있지 아니하였으므로, 청구인은 새로운 사업을 하기 위해 별도의 사업자등록을 하였다.

청구인은 위와 같은 경험과 학력을 바탕으로 사업기회를 포착하여, ① 치과에 대한 의료시설용 부동산 임대, ② 치과 및 치과기공소용 ERP 소프트웨어 개발 및 공급, ③ 치과기공소 용역 제공, ④ 치과용 재료 및 의약품 도소매업 등 치과에서 필요한 용역과 재화를 종합적으로 제공하는 사업을 하기 위하여 2023.12.15. 쟁점사업장을 등록하였다.

한편, 청구인은 부동산 매입과 관련한 금융기관 대출을 위하여 2024.1.24. 쟁점법인을 설립한 후, 2024.1.25. 쟁점사업장을 쟁점법인에 포괄적으로 양도하였다.

(나)치과 및 치과기공소용 ERP 소프트웨어 개발 및 공급사업은 청구인의 사업 계획의 일환으로 실제 진행된 것이고, 청구인의 사업에 필수적인 요소였다.

청구인은 치과용 ERP 소프트웨어와 치과기공소용 ERP 소프트웨어를 연동하여 통합할 수 있는 ERP 소프트웨어를 개발하고자 하였고, 그 핵심 기능으로는 치과가 치과기공소에 대하여 보철물 등을 전자발주할 수 있는 대시보드 시스템 구축, 발주된 제품의 납기일 예측 및 실시간 배송추적 시스템 구축, 책임소재 명확화 및 품질향상 등을 위하여 치과와 치과기공소 사이의 실시간 채팅 및 정보교환 시스템 구축 등이 있었다.

그리고 위와 같은 사업계획은 청구인이 OOO에서 주관한 2023년 데이터바우처 지원사업에 지원할 때 제출한 사업수행계획서와 일맥상통한 것으로, 청구인이 위와 같은 내용의 새로운 사업을 하고자 하였다는 의도가 명백히 존재한다.

(다)치과 및 치과기공소용 ERP 소프트웨어 개발 계약이 실제로 체결되었다.

개발 계약의 상대방 중 b는 미국 소재 OOO재단으로부터 투자금을 유치할 정도로 유명한 응용소프트웨어 개발 업체이고, c는 치과보철물 제조 시스템 개발 전문기업으로 잘 알려진 회사였다.

그런데 b가 응용 소프트웨어 개발 자체에는 경험과 능력을 가지고 있었던 것은 사실이나, 청구인이 새로운 사업을 하고자 하는 분야인 치과 및 치과기공소의 업무 프로세스에 대해서는 전혀 알지 못하였다. 이에 따라 b는 프로그램이 실제로 작동할 수 있게 하는 API와 데이터베이스 설계/구축(소위 ‘백 엔드 개발’)을 담당하고, c는 치과 및 치과기공소 분야에 대한 지식이 필요한 UI/UX 기획 및 디자인(소위 ‘프론트 엔드 개발’)을 담당하는 방식으로 하여, 치과용 ERP 및 치과기공소용 ERP 2건의 개발에 관한 총 4개의 계약이 청구인과 체결되었다.

또한, 소프트웨어 개발 업계에서는 OOO가 공표한 평균임금을 기초로 하여 개발 금액을 산정하는 경우가 다수 있고, b와의 개발 금액은 위와 같은 평균임금을 기초로 산정하되, 선지급 조건으로 높은 할인율(38%)을 적용하여 최종 금액에 합의하였고, c와의 개발 금액의 경우, ‘개발자 2인 × 12개월 × 월임금 OOO원 × (1 + 이윤 10%) × (1 + 부가가치세율 10%)’로 계산한 OOO원으로 산정한 후, 선지급 조건으로 높은 할인율(24%)을 적용하여 최종 금액을 정하였다. 청구인은 실제로 개발 계약의 선지급 조건에 따라, 2024.1.2. 및 2024.1.3.에 걸쳐 b에게 개발대금 OOO원을 모두 지급하였고, 2024.1.11. 및 2024.1.12.에 걸쳐 c에게 개발대금 OOO원을 모두 지급하였다.

위와 같이, 개발계약의 개발대금 선지급 조건은 높은 할인율을 적용하는 것에 대한 대가로 수용한 것이고, 청구인으로서는 사업 초기에 비용을 감소시킬 필요가 있었으며, 무엇보다도 b와 c가 업계에서 인정받는 개발 업체일 뿐만 아니라, 신뢰할 수 있는 지인이 운영하는 업체(c) 또는 지인을 통하여 소개받은 업체(b)이고, 청구인이 소속된 d과도 꾸준한 거래를 해온 업체여서 믿고 맡길 수 있었기 때문이다.

이에 더하여, 청구인은 치과기공학 연구자이자 치과기공업계 종사자인데, 치과기공업계의 경우에 억(億) 단위의 큰 금액의 계약을 할 때에는 할인조건으로 대금을 선지급하는 것이 일반적인 관행이었으며, 소프트웨어 개발기간 단축을 위해서라도 선급금을 지급하는 것이 필요하였기 때문에, 이러한 점들을 고려하여 소프트웨어 개발 대금을 선지급하게 되었던 것에 불과하다.

(라)쟁점거래처들은 개발 계약에 따른 소프트웨어 개발을 실제로 진행하였다.

c의 개발 진행 내역은 피그마 개발 화면으로 확인할 수 있는데, 피그마는 UI/UX 디자인 프로토 타이핑 툴 프로그램으로 ‘프론트 엔드 개발’을 위한 프로그램이고, 해당 프로그램에 나타난 개발자 아이디(실제 담당자인 e, f)와 저장 일시(2024년 1월 ∼ 2024년 12월)는 임의로 변경할 수 없으므로, 실제 개발에 관한 확실한 증거가 된다.

b는 c가 담당한 프론트 엔드 개발이 어느 정도 진행된 이후에 가능한 것이므로, 2024년 5월경부터 진행되었고, 그러한 개발 내용은 b의 개발 담당자인 g의 개발노트 및 개발일지, 청구인과 g 사이의 OOO메시지, 개발 상황 시연 동영상 등을 통하여 확인된다.

(마)쟁점거래 관련 물품공급계약 또한 실제 존재한다.

청구인은 2023.12.22. b로부터 3D 프린팅 재료를 OOO원에 구매하였는데, 이는 청구인의 새로운 사업목적 중 하나인 사업④  "치과용 재료 및 의약품 도소매업”과 관련된 것으로, 쟁점사업장 및 쟁점법인의 3D 프린팅 재료 판매 내역 등을 보면, 진성 거래임을 확인할 수 있다.

(3) 계약 기간이 충분히 진행된 이후에 관련 증거에 의하여 재화와 용역의 공급 사실이 확인될 수 있음에도, 처분청은 무리하게 위법한 이 건 처분을 하였다.

사업을 처음 개시하는 경우 초기 투자비용이 많이 지출되어 매입이 매출보다 많은 것은 자연스러운 현상임에도, 이러한 점을 이유로 실제 계약기간 동안 재화와 용역이 공급되는지 확인할 수 없는 시점에 섣불리 세무조사를 진행하여 이 건 처분을 내린 것은 잘못이고, 나아가, ERP 개발 계약과 같이 개발의뢰자의 아이디어를 구현해내는 개발의 경우, 계약 초기에는 개발내용이 추상적인 수준에서 정하여지고, 개발이 진행될수록 개발내용이 구체화되는 것이 일반적이며, 청구인의 경우와 같이 새로운 사업을 시작하는 경우에는 더욱 그러한데, 이러한 개발계약의 특성에 대한 고려 없이 이 건 처분을 내렸다는 점에서도 위법하다.

(4) 수사기관에서도 혐의가 없다는 이유로 불기소 결정하였다.

처분청이 2024.8.30. 수사기관에게 쟁점거래 관련 개발 계약 및 물품공급계약 관련 사실에 관하여 청구인을 고발함에 따라, 인천삼산경찰서는 2024년 9월경 「조세범 처벌법」 제10조 제3항 제1호 위반의 혐의에 관하여 수사를 개시하였다.

인천삼산경찰서는 철저한 수사를 하였고, 약 6개월간의 수사 결과청구인에 대해 ‘혐의없음’을 이유로 불송치결정을 하였다. 이와 같은 결정의 이유는,  "쟁점법인의 대표자인 피의자 청구인은 쟁점매입세금계산서를 발급한 사업자들과 대학교 선후배관계이며, 1년에서 2년의 개발계획을 가지고 계약을 한 후, 현재 계속 진행 중인 것으로 확인”되고,  "계약 후 세금계산서를 수취한 사실은 인정되나 이는 장기간 계약을 하며 진행 중인 프로젝트로 판단되고 본건 혐의점을 인정할 증거자료는 발견되지 않는다”,  "수사결과 각 피의자의 혐의점 인정할 만한 증거자료 발견되지 않는다”는 것이었다.

(5) 처분청은 쟁점거래가 순환거래라는 의견이나, 가공의 순환거래는 명확한 일련의 거래행태, 목적 등이 규명되어야 한다.

(가) d이 지점 형태로 운영하는 치과기공소인 OOO은 OOO와 실제로 연간 수십억원 단위의 치과보철물 외주거래를 하고 있고, 처분청이 지적하는 OOO원에 딱 들어맞는 세금계산서가 존재하는 것도 아니다.

마찬가지로, 청구인이 운영하는 OOO또한 OOO와 치과보철물에 관하여 매년 수억원 단위의 외주거래를 하고 있으며, OOO사이의 거래 중에 처분청이 지적하는 OOO원에 딱 맞는 세금계산서 또한 존재하지 않는다.

개별적 거래가 우연히 연결성이 있어 보인다는 사실만으로 제재를 가해야 할 위법성이 있다고 볼 수는 없으므로, 각 사업자들이 순환거래를 할 분명한 동기가 규명되어야 하는데, 그러한 동기가 명확히 규명된 바도 없다는 점에서도 이 건 처분은 부당하다.

또한, 처분청은 순환거래의 고리 중 d과 b 사이의 거래부분과 관련하여, 처분청은 주식회사 h를 포함하여 복잡한 순환거래 구조가 있다는 의견이나, 청구인은 주식회사 h의 존재를 처분청의 조사를 통하여 처음 알게 되었으며, 알지도 못하는 회사와 복잡한 순환거래 구조를 만들 수는 없는 것이다. 즉, 거래의 실제성이 증거에 의해서 확인됨에도, 청구인이 관여하지 않는 영역의 거래구조를 토대로 소급해서 당해 거래의 실제성이 부정되는 것은 부당하다.

결과적으로, 여러 회사들 사이의 거래 내용 중 일부를 발췌하거나, 청구인이 알지도 못하는 회사의 거래관계를 포함하는 등 거래의 연결고리를 광범위하게 확장하여 억지로 순환거래의 구조를 작출한 것일 뿐이며, 특히 청구인으로서는 정확히 알 수 없는 거래를 다수 포함하여 순환거래라는 의견이므로, 이러한 의견에 근거한 이 건 처분은 적법하지 않다.

(나) 처분청은 ERP 개발 계약에 따라 개발되는 소프트웨어가 OOO의 소프트웨어와 사실상 동일하다는 의견이나, 우선 치과기공소인 OOO이 치과기공소 운영을 위하여 사용하는 소프트웨어는, 소프트웨어 자체를 판매하려는 목적을 가지고 개발된 청구인의 소프트웨어와는 당초 개발 목적 자체가 다른 것이다.

그리고 ERP 개발 계약에 따라 실제 개발된 소프트웨어의 세부적인 내용을 보면, 치아번호 확인을 위한 화면 구성, 치아에 대한 3D 스캔 파일 관리 방법, 개별 치아 정보 저장 방식 등의 측면에서 OOO의 소프트웨어와는 다르며, 청구인이 치과기공사로서의 경험을 기초로 하여 환자 ㆍ - 치과의사 - 치과기공소로 이어지는 업무흐름에서 오류가능성을 낮추고 업무효율성은 높이는 개발이 이루어진 것이다.

즉, 처분청은 청구인의 소프트웨어 개발사항에 대하여 충분히 확인하지 못한 채, 섣불리 OOO의 소프트웨어와 청구인의 소프트웨어가 사실상 동일하다고 판단한 것이고, 그러한 잘못된 판단에 근거한 이 건 처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점거래는 청구인이 임원이자 근로소득자로 근무하고 있는 d 및 자회사 OOO에서 매출세금계산서를 쟁점거래처들에게 발급하면, 다시 쟁점거래처들은 청구인에게 매출세금계산서를 발급하고, 관련 거래대금은 세금계산서의 거래 방향과 반대로 움직인다. 거래대금의 원천은 OOO의 치과기공소 거래처들과의 별도의 순환거래를 통해 청구인에게 전달하는 것으로 확인된다.

(가) b가 청구인에게 발급한 매출세금계산서(공급가액 OOO원)의 발급내역은 아래 < 표1> 과 같은데, b가 청구인에게 2023.12.28.과 2023.12.29.에 총 공급가액 OOO원의 세금계산서를 발급하기 전에 d이 b와 주식회사 i(이하  "i”라 한다)에게 2023.12.26.과 2023.12.27. 총 공급가액 OOO원의 세금계산서를 발급한 내역이 확인된다.

< 표1> b가 청구인에게 발급한 세금계산서의 상세 내역

i는 d, b와 다른 순환거래가 있었는데, 아래 < 그림1> 과 같이 ‘d → b → i → ㈜h → b’로 이어지는 b를 중심으로 한 총 공급가액 OOO원의 매출ㆍ매입 거래가 완성되게 된다.

< 그림1> i 관련 순환거래

청구인이 b에게 지급하여야 할 거래대금의 원천은 dOOO→ OOO(이하  "OOO”라 한다) 및 OOO(대표자는 j, 이하  "OOO”라 한다) → OOO→ 쟁점사업장으로 이어지게 된다.

금융거래일자는 모두 2024.1.2.과 2024.1.3.에 발생되고, d에서 2024.1.2. OOO로 거래대금을 지급하면, OOO로 대금이 이체되고, 다시 청구인 계좌OOO로 대금이 들어오게 되면 동일 날짜에 b로 대금이 들어가게 된다.

< 표2> OOO를 통한 순환거래 자금이동 내역

(나) c가 청구인에게 발급한 매출세금계산서(공급가액 OOO원)의 발급내역은 아래 < 표3> 과 같으며, 2024.1.8.에 세금계산서 발급이 모두 이뤄진다.

< 표3> c가 청구인에게 발급한 세금계산서의 상세 내역

청구인은 c에게 지급하여야 할 공급대가 OOO원을 2024.1.11.에 OOO원, 2024.1.12.에 OOO원을 지급하였고, 자금 원천인 dOOO→ OOO와 OOO → OOO → 쟁점사업장(청구인)으로 이어지는 금융거래 흐름도 모두 2024.1.11.과 2024.1.12.에 이뤄졌음이 확인된다.

종합하여 보면, d에서 OOO와 OOO로 거래대금을 이체하면, OOO와 OOO는 청구인의 다른 개인사업장인 OOO로 대금을 지급하고, OOO는 청구인의 계좌로 대금을 이체한다. 청구인의 계좌에서 쟁점매입세금계산서 거래대금만큼이 쟁점거래처들의 계좌로 이체된 후 최종적으로는 다시 d에게 대금이 이체되어 자금이 순환되는 결과가 되는 것이다.

쟁점거래는 불과 하루 이틀사이에 자금순환거래가 이뤄지며 d의 주도하에 자금순환거래를 염두에 두고 세금계산서 등을 발급 및 수취하여 정상거래임을 위장한 거래이고, 순환거래의 특성상 당연히 일련의 거래증빙으로 일치되도록 한 것이다.

(2) 청구인과 d(자회사 OOO)은 인적ㆍ물적 깊은 관련성을 가지고 있다.

(가) 청구인이 현재도 근무 중인 d은 2017.7.4. 사업자등록신청을 하였는데, 사업자등록신청서류 중 법인등기부등본을 보면 청구인은 ‘감사’로서, 이미 d의 사업자등록 신청 당시부터 임원이었음을 확인할 수 있다. 이후 2018.9.17. 사내이사로 취임하여 현재까지 사내이사임이 확인된다.

또한 조사 당시 작성한 심문조서를 보면 d에서의 직함에 대해 ‘전무’라고 진술한바 있고, d의 대표이사 k에 대해 청구인은 OOO박사 후배라고 진술한 적이 있으며, d(자회사 OOO)과 쟁점법인의 인적구성 또한 깊이 연관되어 있다(< 표4> 참조).

< 표4> 쟁점법인과 d의 인적 구성
위와 같이 청구인, 쟁점법인, d(자회사 OOO포함)의 임원 및 OOO의 사업소득지급자들 간의 인적요소들이 깊이 연결되어 있음을 알 수 있다.

(나) 청구인이 운영하는 쟁점법인의 사업장은 ‘인천광역시 부평구 OOO’(2024.1.26. 폐업한 쟁점사업장도 동일)이고, 같은 건물인 OOO에는 청구인이 근로자로 근무하는 d의 지점 OOO의 사업장이 위치하고 있다.

청구인은 세무조사 당시 현재 ‘서울특별시 용산구 OOO’에 위치한 d 연구소 사무실에서 기업부설 연구소 프로젝트 관련 업무를 하며 실험과 논문 작성 등을 주로 하고 있다고 진술한 사실이 있으며, 주소지는 ‘서울특별시 성북구’이다.

청구인의 사무실이 현재 d 연구소 근무지 및 주소지와 원거리인 ‘인천광역시 부평구’에 그것도 OOO의 사업장과 동일한 건물에 위치한 것 또한 청구인과 OOO의 연관성을 보여준다.

(다) OOO은 d이 1990년부터 운영하던 OOO를 합병하여 설립된 것으로, 300만건 이상의 보철물 제작, 3D 장비, 구강스캐너의 사용에 따른 적은 오차율로 개인별 1:1 맞춤 제작, 안전하고 위생적인 배송시스템 구축, 기존 아날로그 의뢰 시스템을 전자 시스템으로 구축하였다고 광고를 하고 있다.

청구인은 OOO전공 후 박사학위를 소지한 자로 주로 치과기공소와 관련된 일을 하다가 d의 창립멤버로 참가하게 되었고, d의 자회사인 OOO은 치과기공과 관련하여 치과와 치과기공소를 연결하여 보철물을 제작하여 치과에 공급하고 있다.

청구인이 쟁점거래처들로부터 공급받으려는 프로그램 또한 보철물과 관련이 깊게 있는 사실이 처분청에 제출한 문서 중 ‘치과운영 컨설팅 솔루션 구축사업 요구사항 정의서’와 ‘스마트 팩토리 제조 및 운영관리 플랫폼 기능대비표’ 등을 통해서 확인된다.

청구인이 보철물과 관련하여 쟁점거래처들로부터 제공받기로 되어있는 ERP 소프트웨어는 이미 OOO에서 상용화하여 사용하고 있거나, 좀 더 개발이 필요한 부분은 OOO측에서 구입이 필요할 것으로 보이고, 현재도 d(자회사 OOO)의 전무(사내이사)로 근무 중인 청구인이 본인의 명의로 사업장을 개설하여 OOO과 동일하거나 관련이 깊은 사업 내용을 진행하겠다고 하는 것은 상식적이지 않다.

결론적으로 청구인과 OOO은 인적 및 물적으로 연결되어 있고, 사업내용도 동일하며 본인이 근무하고 있는 dOOO과 관련있는 프로그램을 개발하여 공급한다는 것도 상식적으로 맞지 않으므로, 쟁점거래는 순환거래를 통해 실체가 없이 쟁점매입세금계산서만 주고받은 가공거래로 판단된다.

(3) 청구인은 d의 기업부설연구소의 연구인력으로 채용된 것이어서, d의 의사결정에 영향을 미칠 수 있는 지위에 있지 아니하였다고 하나, 청구인은 d의 임직원으로서 d의 사업내용과 추진 방향에 대해 잘 알고 있었을 것이며, 임원으로서 d의 사업내용과 관련있는 사업을 d과 별개로 개시하려고 하였다는 것은 신빙성이 떨어지는 주장이다.

청구인은 치과에 대한 의료시설용 부동산 임대업과 관련하여, 쟁점법인이 2023.12.21. 취득한 경기도 광주시 OOO분양권과 관련하여, 2023.12.21. OOO은행에서 대출금 OOO원을 실행하였고, 매도인 l(1101∼1105호), m(1106∼1109호)에게 지급하였다.

대출금 OOO원은 위 순환거래에서처럼 d → OOO 및 OOO → OOO→ 쟁점사업장(청구인)으로 이어지는 자금순환거래를 통해 상환됨이 확인된다. 또한 부동산 취득과 관련하여 잔금 지급일인 2024.2.22. 청구인 계좌에서 쟁점법인의 계좌로 OOO원을 지급 시에도 위 자금순환거래 흐름과 동일한 계좌 거래흐름이 등장한다. 실질적인 자금순환거래의 자금 원천은 d임이 확인된다.

(4) 치과 및 치과기공소용 ERP 소프트웨어 개발 및 공급과 관련하여, 청구인은 사업개시 전에 2023.3.26. OOO이 진행한 2023년 데이터바우처 지원사업에 지원하였다고 주장하나, 지원 시 첨부한 서류에 따르면, 치과 보철물 생산에 관한 약 80,000 케이스 이상의 임상 3D 모델링 데이터는 청구인 개인이 보유한 것이 아니라 d이 보유한 데이터로 추정되고, 개인사업자로서 신규 개업한 청구인이 이러한 방대한 양의 데이터를 어떻게 보유하게 되었는지 상식적으로 이해되지 않는 부분이며,

또한, 치과 및 치과기공소용 ERP 소프트웨어 개발 및 공급 사업은 청구인의 사업에 필수적인 요소라고 주장하고, 그 핵심기능으로 치과가 치과기공소에 대하여 보철물 등을 전자 발주할 수 있는 대시보드 시스템 구축, 발주된 제품의 납기일 예측 및 실시간 배송추적 시스템 구축, 책임 소재 명확화 및 품질 향상 등을 위하여 치과와 치과기공소 사이의 실시간 채팅 및 정보교환 시스템 구축 등을 제시하고 있는데, 이는 OOO의 광고 내용이 과장되거나 허위의 광고가 아니라면 OOO에서 이미 상당부분이 상용화하여 사용되고 있음을 알 수 있다.

청구주장처럼 b는 치과 및 치과기공소의 업무 프로세스에 대해 전혀 알지 못하는 회사임에도 d의 주요 거래처인 b에게 업무를 맡긴 점(2023년 기준 b는 세금계산서 관련 매출거래처 중 거래규모가 가장 큰 업체임)도 상식적으로 이해가 되지 않는다.

(5) 청구인은 ERP 소프트웨어 개발 계약과 관련된 거래대금의 선지급과 관련하여, 치과기공업계의 경우에 억(億) 단위의 큰 금액의 계약을 할 때에는 할인조건으로 대금을 선지급 하는 것이 관행이라고 주장하나, 치과운영과 관련된 프로그램 및 치과기공소 업무 관련 프로그램은 이미 다수 개발되어 업계에서는 상용화되어 있는 프로그램임에도 불구하고 사업아이템의 구상이 온전히 되지 않은 상태에서 OOO원의 거래대금을 선금으로 완납한 점은 상식적으로 이해가 되지 않고, 거래대금의 지급 원천과 관련하여 청구인은 당초에는 부동산대출금이 자금 원천이라고 주장하다가, 청구인의 다른 사업장인 스마일기공소의 수입금액을 기반으로 지급하였다고 주장한 사실이 있다.

< 심문조서상 소프트웨어 개발관련 내용>

그러나 OOO는 OOO와 OOO와의 거래에 대해 청구인은 다른 치과의 물량만 현지에서 기공을 하고, OOO와 OOO로부터 맡게 되는 외주가공 업무는 전부 바로 외주를 준다고 진술한 사실도 있다. 즉, 청구인의 다른 개인사업장인 OOO와의 거래처 OOO와 OOO와의 거래는 전부 바로 외주가공을 맡긴 것이기에 수익창출이 이뤄지기 어려운 구조이다.


청구인의 2023년 귀속 종합소득세 신고서상 OOO의 총수입금액은 OOO원이고, 필요경비는 OOO원으로 소득금액은 OOO원임이 확인된다. 이에 따르면, 청구인이 쟁점매입세금계산서의 거래대금(공급대가) OOO원과 쟁점법인의 부동산 취득대금 관련 계약금 OOO원(대출금) 및 잔금 OOO원의 지급 등 청구인이 지급하는 모든 사업 관련 자금원천이 청구인의 소득이 아닌 d에서 OOO와 OOO를 통해 전달된 자금임을 알 수 있다.

2024년 3월경 조사 이전에 처분청에서 현장확인 시, 청구인은 쟁점거래처들에서 프로그램이 완성되면 쟁점법인이 특허권 등록을 할 예정으로 ‘독점판매권’이 쟁점법인에게 있다고 주장하였으나, ‘독점판매권’과 같은 중요사항을 구두로만 계약하였다고 진술한 사항도 있다. 또한, 현재 치과에서 기공소에 보철물 의뢰주문 방식이 수기로 이루어지고 있어 개발하려는 전자의뢰 방식의 소프트웨어가 가치가 있다고 진술한 사실도 있는데, OOO의 광고를 보면 이미 전자의뢰시스템을 상용화하여 사용하고 있음이 확인된다.

청구인이 제출한 자료들에 대하여 초반에는 프로그램이 구체적으로 확정되지 않은 상황에서, 처분청의 현장확인과 세무조사를 통해 점점 구체화되고 있는 것이 아닌지 의심이 된다.

(5) b가 청구인에게 발급한 세금계산서와 관련하여 청구인은 심문조서 작성 시 본인이 운영하는 OOO에서 외주를 맡길 때 필요하여 구매하였다고 진술하였다.

OOO가 외주를 맡길 때 필요한 물품을 OOO가 아닌 쟁점사업장이 구입한 것으로 세금계산서를 수취하였고, 쟁점사업장의 대금 지급의 원천도 d인 것으로 확인되어 실제 거래가 아닌 것으로 보인다.

쟁점사업장은 2024.1.11.을 작성일자로 ‘OOO’에 품목명 ‘3d프린팅 재료’로 공급가액 OOO원의 세금계산서를 발급하였고, 사업용 계좌(OOO1059-1044-*****-**)에 2024.1.11. 공급대가 OOO원이 입금(입금자명은 n)된다.

공급대가 OOO원의 자금흐름을 보면 2024.1.11. OOO→ n → 청구인 → c → d이며, d의 지점 OOO의 자금이 다시 d으로 돌아오게 되는 자금순환 내역이 확인된다.


3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점매입세금계산서를 재화나 용역의 공급이 없는 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법(2022.12.31. 법률 제19194호로 일부개정된 것)


제9조(재화의 공급) ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.
② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제11조(용역의 공급) ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.
1. 역무를 제공하는 것

제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 ㆍ " 세금계산서ㆍ " 라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호
3. 공급가액과 부가가치세액
4. 작성 연월일
5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)
② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 ㆍ " 필요적 기재사항ㆍ " 이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 부가가치세법 시행령(2023.2.28. 대통령령 제33271호로 일부 개정된 것)

제75조(세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제) 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 ㆍ " 대통령령으로 정하는 경우ㆍ " 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 사업이력은 아래 < 표5> 와 같다.

< 표5> 청구인의 사업이력

(2) 청구인이 쟁점거래가 정상거래라고 주장하며 제출한 자료는 다음과 같다.

(가) 쟁점거래처들과 작성한 치과 및 치과기공소용 ERP 소프트웨어 개발 및 공급관련 계약서(일부발췌)는 아래와 같다.

< b와의 기술도입 컨설팅계약서>

< c와의 기술도입 컨설팅계약서>

(나) 청구인은 용역 대금의 산출 근거(OOO에서 공표한 SW기술자 평균임금 참조)를 아래와 같이 제시하였다.

< 용역 대금의 산출 내역서>

(다) 청구인은 c의 소프트웨어 개발 진행 내역 및 b의 개발 노트, 개발자와의 대화 내용 등을 제출하였다.

< 월별 진행 내역>

< b의 개발노트>

< b 개발자와의 대화 내용>

(라) 청구인은 b로부터 3D 프린팅 재료를 구입하였다고 주장하며 물품 공급계약서와 거래명세서를 제출하였다.

< 물품 공급계약서>

< 거래명세서>

(3) 처분청이 쟁점매입세금계산서를 재화나 용역의 공급이 없는 사실과 다른 세금계산서로 본 근거는 다음과 같다.

(가) 처분청은 청구인과 쟁점거래처들이 아래와 같이 순환거래를 하였다는 의견이다.

< 순환거래 흐름도>

(나) 처분청은 2024.6.10. 쟁점거래의 사실관계 확인을 위해 OOO를 현장확인한바, 청구인의 부친 o은, OOO는 대부분 동 건물 1층 OOO의 보철물과 관련된 작업만 진행하고, OOO가 작업하지 못하는 어려운 작업은 서울에 있는 OOO으로 보낸다고 진술하였고, 청구인도 심문조서 작성 시 같은 진술을 한 사실이 있다는 의견이다.

(다) OOO홈페이지 등에서 치과의사에게 OOO이 이미 개발한 전자의뢰시스템을 홍보하는 내용에 따르면, 기공물 전자의뢰, 제작과정 실시간 모니터링, 치과재료 확인, 기공사 확인, 보철물 배송과 3D 장비, 구강스캐너 사용을 통해 적은 오차율로 보철물을 맞춤형으로 제작 및 배송이 가능하다고 홍보하고 있다는 의견이다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 과세관청이 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 입증을 한 경우라면, 그 세금계산서가 허위가 아니라고 주장하면서 처분의 위법성을 다투는 납세의무자인 청구인이 관련 증빙과 자료를 제시하기가 용이한 지위에 있음을 감안해 볼 때, 청구주장에 부합하는 입증을 할 필요가 있다고 할 것인바(대법원 1997.9.26. 선고 96누8192 판결 등 참조),

청구인은 실제 소프트웨어 개발이 진행되었다고 주장하며 기술도입 컨설팅 계약서, 소프트웨어 개발 화면, 개발자와의 대화 내용 등을 제출하였으나, 일반적으로 소프트웨어 개발은 결과물형 용역계약이기 때문에 청구주장과 달리 단계별(계약금, 중도금, 잔금)로 대금을 분할 지급하는 경우가 일반적으로, 용역대가의 지급 시 제공받은 용역의 세부명세, 발생원가, 용역제공자의 이윤 등을 명시한 청구서 등을 검토한 후 대금을 지급하는 것이 통상적이나, 청구인의 경우 사업아이템의 정리가 온전히 되지 않은 상태에서 결과물의 검수과정도 없이 OOO원의 거액을 선금으로 완납하는 것은 상거래 관행상 일반적으로 보이지 않는 점,

처분청의 현장 확인 시 청구인은 쟁점거래처들과 소프트웨어 개발이 완료되면 쟁점법인이 특허권 등록을 할 예정이라고 진술하였으나, 컨설팅 계약서에는 그러한 내용이 확인되지 않고, 청구인이 제출한 개발화면(FIGMA)과 개발자와의 대화내용만으로는 이미 상용화되어 있는 OOO이 사용하고 있는 소프트웨어의 기능 향상 및 쟁점법인을 소프트웨어에 포함시키는 것인지, 청구인이 독자적으로 개발하는 것인지 전혀 구분되지 않고 현재까지 의뢰한 용역의 결과물도 제출하지 못하는 점,

처분청이 제출한 쟁점거래 관련 거래대금의 이동 내역을 보면 불과 하루 이틀인 단기간에 d에서 OOO와 OOO로 거래대금을 이체하면, OOO와 OOO는 청구인의 다른 개인사업장인 OOO로 대금을 지급하고, OOO는 청구인의 계좌로 대금을 이체하며, 청구인의 계좌에서 쟁점매입세금계산서의 거래대금만큼이 쟁점거래처들의 계좌로 이체된 후 최종적으로는 다시 d에게 이체되어 자금이 순환되는 결과가 나타나, 이는 거래처 간 협의를 통해 세금계산서를 발급 및 수취하고 자금을 순환시킨 것으로 보이는 점,

또한, 청구인은 3D 프린팅 재료를 매입 함에 따라 쟁점매입세금계산서를 수취한 것이라고도 주장하나, 청구인은 관련 입증자료로 물품공급 계약서 및 거래명세표만을 제출할 뿐, 소액의 거래가 아님에도 재고 파악과 실사에 대한 구체적인 입증자료를 제출하지 못하며, 제품이 어떻게 운반이 되어졌는지에 관한 증빙 등 객관적ㆍ구체적인 입증자료를 제출하지 못하는 점, 청구인은 2023.12.22. b로부터 3D 프린팅 재료를 OOO원에 구매한 이후, 대부분의 매출이 OOO와 OOO에만 발생하였고, 특히 OOO에 공급가액 OOO원의 세금계산서를 발급하고, 쟁점사업장의 사업용 계좌에 2024.1.11. 공급대가 OOO원이 입금되는데, 공급대가 OOO원의 자금흐름을 보면 2024.1.11. OOO → n(OOO) → 청구인 → c → d으로 이어져, d의 지점 OOO의 자금이 다시 d으로 돌아오게 되는 자금순환 내역이 확인되는 점,

처분청이 청구인을 「조세범 처벌법」에 따라 고발한 것에 대해 경찰이 불송치 결정을 하였으나, 심판청구는 수사기관의 불송치결정에 구속받는 것이 아니고 증거에 따른 자유심증으로 그와 반대되는 사실을 충분히 인정할 수 있다고 할 것이며, 수사결과만으로 쟁점매입세금계산서를 정상적인 세금계산서라고 단정하기도 어려운 점 등에 비추어, 처분청에서 쟁점매입세금계산서를 재화나 용역의 공급이 없는 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.


4.결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.