1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2024. 5. 16. 원고에 대하여 한 2023년도 양도소득세 230,267,800원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2023. 1. 27. 보유하고 있던 ○○시 ○○구 ○○동 ○○-○○ 토지 및 지상건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 엄성원 외 1인에게 36억 4천만원에 양도하였다.

이 사건 건물은 지하 1층, 지상 5층 및 옥탑으로 된 철근콘크리트조 건물로서 건축물대장상 각 층의 용도와 면적에 대하여 지하 1층 근린생활시설(창고) 172.82㎡, 1층 다가구주택(2가구) 178.83㎡, 2층 근린생활시설(독서실) 182.32㎡, 3층 근린생활시설(독서실) 182.32㎡, 4층 다가구주택(6가구) 147.36㎡, 5층 다가구주택(4가구) 113.39㎡, 옥탑 계단실, 물탱크실(연면적 제외) 22.5㎡로 되어 있다.

나. 원고는 이 사건 건물을 양도한 다음 소득세법(2023. 12. 31. 법률 제19933호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제1항 제3호에 따른 고가주택에 대한 1세대 1주택 비과세 특례 규정을 적용하여 2023. 3. 9. 피고에게 2023년 귀속 양도소득세 374,616,900원을 신고?납부하였다.

다. 피고는 2024. 2. 26.부터 2024. 3. 16.까지 원고에 대한 양도소득세 조사를 실시한 후 이 사건 건물이 1세대 1주택 비과세 특례 규정을 적용받기 위해서는 주택으로 사용하는 층수가 3개 층 이하여야 하나 이 사건 건물 중 실제 주택으로 사용한 층수가 5개층(1층부터 5층까지를 주거용으로 사용)이므로 건축법 시행령(2023. 2. 14. 대통령령 제33249호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조의5 [별표 1]의 단독주택 중 다가구주택이 아니라 공동주택 중 다세대주택에 해당함을 전제로 이 사건 건물 내 원고가 거주한 1층만 1세대 1주택 비과세 특례 규정을 적용하고 나머지 부분은 중과세율을 적용하여 2024. 5. 21. 원고에게 추가로 2023년 귀속 양도소득세 230,267,800원을 경정?고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2024. 5. 23. 이의신청을 하였으나 받아들여지지 않았고 2024. 7. 18. 심판청구를 제기하였으나 조세심판원은 2024. 12. 9. 심판청구를 기각하였다.

[인정 근거] 갑 제1, 3, 5, 8호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지



2. 이 사건 처분의 적법 여부



가. 원고 주장의 요지

이 사건 건물의 2층과 3층은 그 양도(2023. 1. 27.) 당시 사용용도가 주택이 아니었고 설령 그렇지 않더라도 사용 용도가 분명하지 아니하여 소득세법 제88조 제7호 후문에 따라 공부상의 용도인 독서실이었다고 보아야 한다. 따라서 이 사건 건물은 주택으로 사용하는 층수가 3개층 이하로서 건축법 시행령 제3조의5 [별표 1]의 단독주택 중 다가구주택에 해당하여 이 사건 건물의 양도에 소득세법 제89조가 정하는 1세대 1주택 비과세 특례 규정이 적용되어야 함에도 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 부당하여 취소되어야 한다.



나. 관계 법령

별지 기재와 같다.



다. 판단

1) 관련 규정 및 법리

가) 관련 규정

소득세법 제88조 제7호는 ‘ "주택”이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 세대의 구성원이 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로서 대통령령으로 정하는 구조를 갖추어 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.’라고 규정하고 있고, 소득세법 시행령 제152조의4는 ‘법 제88조 제7호 전단에서  "대통령령으로 정하는 구조”란 세대별로 구분된 각각의 공간마다 별도의 출입문, 화장실, 취사시설이 설치되어 있는 구조를 말한다.’라고 규정하고 있다. 한편 주택법 제2조 제1호는 ‘주택이란 세대의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하며, 단독주택과 공동주택으로 구분한다’라고 하고 있고, 제3호는 ‘공동주택이란 건축물의 벽ㆍ복도ㆍ계단이나 그 밖의 설비 등의 전부 또는 일부를 공동으로 사용하는 각 세대가 하나의 건축물 안에서 각각 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 주택을 말하며, 그 종류와 범위는 대통령령으로 정한다’고 규정하고 있다. 주택법 시행령 제2조 및 제3조에서는 ‘주택법 제2조 제2호 및 제3호에 따른 단독주택과 공동주택의 종류와 범위에 대해서 건축법 시행령 별표 1과 같다’고 규정하고 건축법 시행령 별표 1에서는 단독주택 중 다가구주택에 대하여 ‘주택으로 쓰는 층수(지하층은 제외한다)가 3개 층 이하일 것. 다만, 1층의 전부 또는 일부를 필로티 구조로 하여 주차장으로 사용하고 나머지 부분을 주택 외의 용도로 쓰는 경우에는 해당 층을 주택의 층수에서 제외한다’고 규정한다.

나) 관련 법리

주택을 양도한 자가 다른 건물을 소유하고 있는 경우, 그 다른 건물이 소득세법 제89조 제3호, 같은 법 시행령 제154조 제1항에 정한 ‘주택’에 해당하는지 여부는 건물 공부상의 용도구분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 하고, 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도 그 구조ㆍ기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이

그대로 유지ㆍ관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물의 경우에는 이를 주택으로 보아야 한다(대법원 2005. 4. 28. 선고 2004두14960 판결, 대법원 2006. 10. 26. 선고 2005두4304 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

앞의 인정사실 및 앞서 본 증거들과 갑 제4, 6, 7호증, 을 제2 내지 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정에 의하면 이 사건 건물은 그 양도 당시 실제 용도에 비추어 볼 때 주택으로 쓰는 층수가 3개층 이하로서 건축법 시행령 제3조의5 [별표 1]의 단독주택 중 다가구주택에 해당하지 않아 이 사건 건물의 양도에 소득세법 제89조가 정하는 1세대 1주택 비과세 규정이 적용되지 않고, 피고가 이 사건 건물을 공동주택으로 보고 원고가 거주한 1층만 1세대 1주택 비과세 특례 규정 적용 등을 내용으로 한 이 사건 처분에 원고 주장과 같은 잘못이 있다고 할 수 없다.

가) 이 사건 건물의 양도 당시 건축물대장의 건축물 현황에는 3개의 층(1층, 4층, 5층)만을 주택 용도로 사용하는 것으로 기재되어 있다.

나) 그러나 원고는 2020. 1. 1. 주택용 건물 임대업으로 주택임대사업자 등록을 하였고, ○○세무서장에게 사업장현황신고서를 제출하였는데, 2021년과 2022년 사업장현황신고서에 따르면 이 사건 건물의 2층 및 3층의 각 7개 호실에 대해서도 주택임대물건으로 신고하였다. 그중 2022년 사업장현황신고서상 이 사건 건물 2층 및 3층의 임대내역은 아래와 같다.

다) 이 사건 건물 2층과 3층의 임대차계약과 관련하여 2013년부터 2021년경까지 사이의 확정일자 부여 현황은 아래 도표와 같다.

라) 이 사건 건물의 2층 205호에 2019. 1. 21.부터 2022. 12. 27.까지 임차한 박??은 해당 호수에는 주방(취사가능 시설), 화장실(욕실)이 구비되어 있었고 해당 호실을 주거용으로 사용하였다는 내용의 확인서를 작성하였다. 원고는 2021. 9. 25. 최??와 사이에 이 사건 건물의 2층 206호에 대한 임대차계약서를 작성하였는데 위 계약서에는 임대차기간이 2021. 10. 11.부터 2023. 10. 10.까지로, 임대차보증금 1억원으로 기재되어 있고 특약사항으로 ‘관리비는 선불로 월 14만원(전기, 가스, 수도 포함임, 옵션품목(냉장고, 인덕션, 세탁기, 옷장, 침대, 신발장등) 모든 시설 파손 시 변상하며 노후로 인한 것은 제외함’이라고 기재되어 있다. 마) 이 사건 건물의 2층부터 5층까지의 층별 평면도는 아래와 같다. 이 사건 건물의 평면도에서 건축물대장에 주거용으로 되어 있는 2층, 4층, 5층과 사실상 주거용으로 사용되는 2층, 3층은 구조면에서 별다른 차이가 없다.

바) 이 사건 건물에 대한 부동산매매계약 체결일(2022. 5. 27.) 당시 이 사건 건물의 2층과 3층은 앞서 본 바와 같이 실질적으로 주택 용도로 사용되고 있었다.

3) 원고 주장에 대한 판단

이에 대해 원고는 이 사건 건물의 양도 당시 임차인들이 모두 퇴거하고 주택용 취사?난방 겸용 도시가스 계약을 해지한 상태였으며 이 사건 건물의 양수인들은 이 사건 건물을 철거할 목적으로 취득하였고 실제로 2023년경 이 사건 건물이 철거되었으므로, 이 사건 건물 2층과 3층은 양도 당시 그 용도가 주택이 아니었거나 적어도 사용 용도가 분명하지 아니한 경우에 해당한다고 주장한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 건물의 2층과 3층은 그 양도 당시 구조ㆍ기능이나 시설 등이 주거용에 적합한 상태에 있었고 주거기능이 그대로 유지ㆍ관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있었으므로 이 사건 건물의 양도 당시 그중 2층 및 3층의 실질적인 용도가 주택용이었다고 봄이 타당하고, 이 사건 건물의 양도 당시까지 2층 및 3층을 비롯한 건물 전체의 사용용도가 주거용으로 유지ㆍ관리되고 있었던 이상, 이 사건 건물의 양수인들이 이 사건 건물을 철거할 목적으로 취득하고 실제로 양수 후 이 사건 건물을 철거하였다는 사정은 그에 별다른 영향을 주지 않는다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.



3. 결론

원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.





별지



관계 법령



▣ 소득세법(2023. 12. 31. 법률 제19933호로 개정되기 전의 것)



제88조(정의)

이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

7. "주택"이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.



제89조(비과세 양도소득)

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택



제98조(양도 또는 취득의 시기)

자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.



▣ 소득세법 시행령(2023. 2. 28. 대통령령 제33267호로 개정되기 전의 것)



제154조(1세대 1주택의 범위)

① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

1.「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간건설임대주택이나「공공주택 특별법」에 따른 공공건설임대주택 또는 공공매입임대주택을 취득하여 양도하는 경우로서 해당 임대주택의 임차일부터 양도일까지의 기간 중 세대전원이 거주(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 거주하지 못하는 경우를 포함한다)한 기간이 5년 이상인 경우

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 5년이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다.

가. 주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다)의 전부 또는 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우

나. 「해외이주법」에 따른 해외이주로 세대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우로서 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다.

다. 1년 이상 계속하여 국외거주를 필요로 하는 취학 또는 근무상의 형편으로 세대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우로서 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다.

3. 1년이상 거주한 주택을 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 양도하는 경우

4. 삭제

5. 거주자가 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우로서 해당 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우



제155조(1세대 1주택의 특례)

⑮ 제154조제1항을 적용할 때「건축법 시행령」 별표 1 제1호다목에 해당하는 다가구주택은 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 본다. 다만, 해당 다가구주택을 구획된 부분별로 양도하지 아니하고 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 본다.



▣ 건축법



제2조(정의)

② 건축물의 용도는 다음과 같이 구분하되, 각 용도에 속하는 건축물의 세부 용도는 대통령령으로 정한다.

1. 단독주택

2. 공동주택



▣ 건축법 시행령(2023. 2. 14. 대통령령 제33249호로 개정되기 전의 것)



제3조의5(용도별 건축물의 종류)

법 제2조제2항 각 호의 용도에 속하는 건축물의 종류는 별표 1과 같다.



■ 건축법 시행령 [별표 1]

용도별 건축물의 종류(제3조의5 관련)

1. 단독주택[단독주택의 형태를 갖춘 가정어린이집ㆍ공동생활가정ㆍ지역아동센터ㆍ공동육아나눔터(「아이돌봄 지원법」제19조에 따른 공동육아나눔터를 말한다. 이하 같다)ㆍ작은도서관(「도서관법」 제4조제2항제1호가목에 따른 작은도서관을 말하며, 해당 주택의 1층에 설치한 경우만 해당한다. 이하 같다) 및 노인복지시설(노인복지주택은 제외한다)을 포함한다]

가. 단독주택

나. 다중주택: 다음의 요건을 모두 갖춘 주택을 말한다.

1) 학생 또는 직장인 등 여러 사람이 장기간 거주할 수 있는 구조로 되어 있는 것

2) 독립된 주거의 형태를 갖추지 않은 것(각 실별로 욕실은 설치할 수 있으나, 취사시설은 설치하지 않은 것을 말한다)

3) 1개 동의 주택으로 쓰이는 바닥면적(부설 주차장 면적은 제외한다. 이하 같다)의 합계가 660제곱미터 이하이고 주택으로 쓰는 층수(지하층은 제외한다)가 3개 층 이하일 것. 다만, 1층의 전부 또는 일부를 필로티 구조로 하여 주차장으로 사용하고 나머지 부분을 주택(주거 목적으로 한정한다) 외의 용도로 쓰는 경우에는 해당 층을 주택의 층수에서 제외한다.

4) 적정한 주거환경을 조성하기 위하여 건축조례로 정하는 실별 최소 면적, 창문의 설치 및 크기 등의 기준에 적합할 것

다. 다가구주택: 다음의 요건을 모두 갖춘 주택으로서 공동주택에 해당하지 아니하는 것을 말한다.

1) 주택으로 쓰는 층수(지하층은 제외한다)가 3개 층 이하일 것. 다만, 1층의 전부 또는 일부를 필로티 구조로 하여 주차장으로 사용하고 나머지 부분을 주택(주거 목적으로 한정한다) 외의 용도로 쓰는 경우에는 해당 층을 주택의 층수에서 제외한다.

2) 1개 동의 주택으로 쓰이는 바닥면적의 합계가 660제곱미터 이하일 것

3) 19세대(대지 내 동별 세대수를 합한 세대를 말한다) 이하가 거주할 수 있을 것

라. 공관(公館)

2. 공동주택[공동주택의 형태를 갖춘 가정어린이집ㆍ공동생활가정ㆍ지역아동센터ㆍ공동육아나눔터ㆍ작은도서관ㆍ노인복지시설(노인복지주택은 제외한다) 및「주택법 시행령」 제10조제1항제1호에 따른 소형 주택을 포함한다]. 다만, 가목이나 나목에서 층수를 산정할 때 1층 전부를 필로티 구조로 하여 주차장으로 사용하는 경우에는 필로티 부분을 층수에서 제외하고, 다목에서 층수를 산정할 때 1층의 전부 또는 일부를 필로티 구조로 하여 주차장으로 사용하고 나머지 부분을 주택(주거 목적으로 한정한다) 외의 용도로 쓰는 경우에는 해당 층을 주택의 층수에서 제외하며, 가목부터 라목까지의 규정에서 층수를 산정할 때 지하층을 주택의 층수에서 제외한다. 다. 다세대주택: 주택으로 쓰는 1개 동의 바닥면적 합계가 660제곱미터 이하 이고, 층수가 4개 층 이하인 주택(2개 이상의 동을 지하주차장으로 연결하는 경우에는 각각의 동으로 본다)



제119조(면적 등의 산정방법)

① 법 제84조에 따라 건축물의 면적ㆍ높이 및 층수 등은 다음 각 호의 방법에 따라 산정한다.

9. 층수: 승강기탑(옥상 출입용 승강장을 포함한다), 계단탑, 망루, 장식탑, 옥탑, 그 밖에 이와 비슷한 건축물의 옥상 부분으로서 그 수평투영면적의 합계가 해당 건축물 건축면적의 8분의 1(「주택법」제15조제1항에 따른 사업계획승인 대상인 공동주택 중 세대별 전용면적이 85제곱미터 이하인 경우에는 6분의 1) 이하인 것과 지하층은 건축물의 층수에 산입하지 아니하고, 층의 구분이 명확하지 아니한 건축물은 그 건축물의 높이 4미터마다 하나의 층으로 보고 그 층수를 산정하며, 건축물이 부분에 따라 그 층수가 다른 경우에는 그 중 가장 많은 층수를 그 건축물의 층수로 본다. 끝.