심판청구를 기각한다.

1. 처분 개요



가. a와 b(이하  "청구인들”이라 한다)은 부부 사이로 90 : 10 비율로 공동소유하고 있는 서울특별시 중랑구 OOO소재 토지 및 건물(이하  "쟁점부동산”이라 한다)을 c 주식회사(이하  "쟁점법인”이라 한다)에 양도하는 것으로 부동산 매매계약을 2024.3.5. 체결하였고, 쟁점법인은 2024.10.29. 잔금을 납부하고 쟁점부동산 소유권등기이전을 하였으며, 청구인들은 2024.12.24. 각각 양도소득세 OOO원 및 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.



나. 쟁점법인은 2024.12.20. OOO(이하  "OOO”라 한다)와 매입약정서를 체결하고, 쟁점법인이 쟁점부동산 소재지에 도시형생활주택을 준공한 후 OOO가 소유권을 이전받기로 하였다.



다. 청구인들은 쟁점부동산을 공공매입임대주택 건설을 목적으로 양도하였으므로, 쟁점부동산 중 토지의 양도에 대해서는 「조세특례제한법」 제97조의9에 따른 양도소득세 세액감면을 적용하여 각각 OOO원 및 OOO원을 환급해달라는 내용으로 2025.1.22. 경정청구하였으나, 처분청은 2025.3.25. 이를 거부하였다.



라. 청구인들은 이에 불복하여 2025.6.17. 심판청구를 제기하였다.







2. 청구인들 주장 및 처분청 의견



가. 청구인들 주장



(1) 청구인들이 쟁점부동산을 쟁점법인에 양도한 것은 공공주택사업자와 공공매입임대주택을 건설하여 양도하기로 약정을 체결한 자에게 양도한 부동산에 해당하므로 「조세특례제한법」 제97조의9에 따라 양도소득세 세액감면을 받을 수 있다.



쟁점법인은 공공매입임대주택 건설을 목적으로 청구인들의 부동산을 매입하고자 하였고, 건설 후 공공주택사업자인 OOO에 양도할 예정이었다.



청구인들과 쟁점법인이 쟁점부동산 매매를 진행하는 기간 동안 쟁점법인은 OOO와 감정평가 등 매입약정 심의를 동시에 진행하였고, 매입심의가 완료되자 청구인들은 쟁점법인에게 쟁점부동산을 양도하였다.



그러므로 쟁점부동산의 양도는 사실상 OOO와의 매입약정이 체결된 이후에 양도된 것으로 보아야 하며, 「조세특례제한법」 제97조의9의 요건인 공공주택사업자와 공공매입임대주택을 건설하여 양도하기로 약정을 체결한 자에게 부동산을 양도한 것에 해당한다.



(2) 처분청은 OOO와의 매입약정일(2024.12.20.)이 쟁점부동산 양도일(2024.10.29.)보다 늦으므로 「조세특례제한법」 제97조의9의 요건에 해당하지 않는다는 의견이나, 2024.12.20. 이루어진 OOO와의 매입약정은 형식적인 절차에 불과하고 청구인과 쟁점법인 간 쟁점부동산의 매매계약을 체결한 2024.3.5.에서 쟁점부동산이 쟁점법인에게 양도된 2024.10.29.까지 기간 중에 이미 공공주택사업자인 OOO와 쟁점법인 간 공공임대주택 매입을 진행하고 있었다.



(3) 처분청의 의견대로라면 쟁점법인이 먼저 OOO와 주택 매입약정을 체결하고 난 후 청구인들이 쟁점법인에게 쟁점부동산을 양도해야 한다는 것인데, 이는 사회통념상 타당하지 않다.



(4) 「조세특례제한법」 제97조의9의 입법취지는 신축 매입주택 등의 약정을 통한 임대주택의 공급 확대 및 서민주거생활 안정 지원에 있고, 주택건설사업자가 토지를 양도받은 날부터 3년 이내에 공공매입임대주택을 건설하여 공공주택사업자에게 양도하지 않은 경우 감면받은 세액을 추징하는 사후관리 규정을 두어 조세정책의 목적을 달성할 수 있도록 하고 있다.



관련 법령의 입법취지에 비추어 볼 때 청구인들의 경우와 같이 사실상 매입약정이 먼저 이루어진 경우에도 공공매입임대주택 건설을 위한 토지 양도에 해당한다고 보는 것이 타당하다.



처분청의 의견대로 형식적으로 매매이행 약정을 체결한 이후 양도된 토지에 한정하여 세액감면을 받을 수 있다고 한다면 사실상 「조세특례제한법」 제97조의9의 요건을 충족하기 어려울 것이고 관련 법령을 형해화하는 결과를 가져올 것이다.





나. 처분청 의견



(1) 조세법규를 엄격 해석하는 대법원 판례의 입장, 「조세특례제한법」 제97조의9 법문언, 국세청 유권해석, 유사 심판결정례 등에 비추어 볼 때, 쟁점법인과 쟁점부동산 매매를 진행하는 동안 쟁점법인과 OOO가 감정평가 등 매입심의를 진행 및 완료하였으므로 쟁점부동산 양도일인 2024.10.29.에 사실상 매입약정이 체결된 것으로 보아야 한다는 청구인들의 주장은 타당하지 않다.



대법원은 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 판시(대법원 1998.3.27. 선고 97누20090 판결)하고 있다.



「조세특례제한법」 제97조의9 제1항 본문은 ‘주택건설사업자’를  "공공주택사업자와 공공매입임대주택을 건설하여 양도하기로 약정을 체결한 자로 한정한다.”고 명시하여 그 범위를 한정하고 있고, 국세청도 공공주택사업자와 주택건설사업자 간 공공매입임대주택 건설 등에 관한 약정이 체결되기 전에 거주자가 토지를 먼저 양도한 경우에는 과세특례가 적용되지 않는 것으로 해석(사전-2022-법규재산-1303, 2022.12.30.)하였다.



쟁점법인이 OOO와 체결한 매입약정서에 따르면, 매입약정 체결일은 2024.12.20.인데, 쟁점법인은 청구인들에게 2024.10.29. 쟁점부동산 잔금을 지급하여 쟁점부동산을 취득하였으므로, 청구인들이 쟁점부동산을 양도할 당시 쟁점법인은 「조세특례제한법」 제97조의9에 따라  "공공주택사업자와 공공매입임대주택을 건설하여 양도하기로 약정을 체결한 자”에 해당하지 않는다.



다수의 심판결정례(조심 2024서818, 2024.5.8., 조심 2024서1978, 2024.12.26., 조심 2023중7683, 2023.7.12. 등)도 이와 유사한 사건에서 일관되게 기각 결정을 하고 있으며, 주택건설사업자의 판단 기준일을 매입심의일 등으로 해석하여야 한다는 청구인 주장에 대하여 엄격해석의 원칙, 양도일 당시 매매약정이 체결되지 않아 공공매입임대주택 건설을 목적으로 양도한 토지에 해당하는지 여부의 불분명함 등을 이유로 기각하였다.



(2) 청구인들은 사회통념상 쟁점부동산의 양도일 이전에 주택건설사업자와 공공주택사업자 간 매입약정이 체결되기는 어려우며 법령을 형해화하는 것이라고 주장하나, 「조세특례제한법」 제97조의9가 ‘매입약정 체결’을 요건으로 규정한 것은 임대주택 공급 확대 및 서민주거안정 정책의 실행 주체인 공공주택사업자와 약정을 맺은 민간건설사업자로 주택건설사업자를 한정함으로써 토지가 실제 공공주택 건설 부지로 활용될 수 있도록 담보하는 데에 그 목적이 있는 것으로 타당하지 않다.



(3) 토지 매매계약서 특약사항에 공공임대주택 신축용으로 매입하는 것임을 명시하여 매매거래의 목적이 명백히 확인되는 경우 토지를 취득한 이후 공공주택사업자와 매입약정을 체결했음에도 「지방세특례제한법」 제31조의5 제1항을 충족하는 것으로 보아 취득세의 100분의 10을 경감해 주는 것이 타당하다고 본 심판결정례(조심 2022지1848)도 있으나, 이 건의 경우 쟁점부동산 매매계약서에는 이러한 특약사항이 확인되지 않는다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁 점



쟁점부동산의 양도 당시 쟁점법인이 「조세특례제한법」제97조의9에서 규정한 공공매입임대주택을 건설하여 양도하기로 약정한 주택건설업자에 해당한 것으로 보아야 한다는 청구주장의 당부



나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구인들이 쟁점법인에게 쟁점부동산을 양도한 것에 대한 양도소득세 신고 및 경정청구 관련 내용은 다음과 같다.



＜표1＞ 양도소득세 신고 및 경정청구 내역

(단위 : 원)



(2) 청구인들의 쟁점부동산 매매 및 쟁점법인의 OOO와의 매입약정 관련 내용은 다음과 같다.



(가) 청구인들은 2024.3.5. 쟁점법인에게 쟁점부동산을 OOO원에 양도하는 것으로 매매계약서를 작성하고, 계약당시 계약금 OOO원, 2024.10.29.에 잔금 OOO원을 지급받았으며, 매도인은 지질조사, 석면조사, 철거심의에 협조하고 비용은 매수인이 부담한다는 특약사항이 기재되어 있는 것으로 나타난다.



(나) 쟁점법인은 2024.9.9. 아래 ＜그림1＞과 같이 OOO 서울지역본부장에게 건축 예정인 주택의 매입약정을 신청한 것으로 나타난다.



＜그림1＞ 건축 예정인 주택 매입약정 신청서



(다) 청구인 a는 아래 ＜그림2＞와 같이 2024.10.22. OOO 서울지역본부장에게 쟁점법인이 쟁점부동산의 감정평가 의뢰 동의서에 동의하였고, 청구인 b도 동일하게 동의한 것으로 나타난다.







(＜그림＞ 삽입을 위한 여백)





＜그림2＞ 감정평가 의뢰 동의서



(라) OOO는 2024.12.6. 쟁점법인에게 매입약정 심의결과 조건부 통과되었음을 아래 ＜그림3＞과 같이 안내하였다.



＜그림3＞ 매입약정 심의결과



(마) 쟁점법인과 OOO는 2024.12.20. 쟁점법인이 쟁점부동산 소재지에 건설 예정인 도시형생활주택을 준공 후 OOO가 매입하여 소유권을 이전받는 것으로 아래 ＜그림4＞와 같이 매입약정서를 체결하였다.



(＜그림＞ 삽입을 위한 여백)



＜그림5＞ 쟁점법인과 OOO 간에 작성한 매입약정서



(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인들은 쟁점부동산 양도 당시 쟁점법인이 OOO와 매입약정 심의를 진행하고 있었으므로 쟁점부동산을 취득한 이후 매입약정서를 체결하였다 하더라도 입법취지에 따라 쟁점법인을 「조세특례제한법」 제97조의9에서 규정한 주택건설업자로 보아 양도소득세를 감면하여야 한다고 주장하나,



조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 납세자에게 유리하다고 하여 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본 이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되므로 허용되어서는 아니된다. 특히 감면요건 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2007.5.10. 선고 2006두16182 판결 등, 같은 뜻임) 할 것인바,



「조세특례제한법」 제97조의9는 거주자가 「공공주택 특별법」 제2조 제1호의3에 따른 공공매입임대주택을 건설할 자(같은 법 제4조에 따른 공공주택사업자와 공공매입임대주택을 건설하여 양도하기로 약정을 체결한 자로 한정한다)에게 양도한 토지로 규정하여 약정을 체결한 자에게 양도한 토지로 한정하고 있는 점, 청구인들이 2024.3.5. 쟁점법인과 쟁점부동산을 매매계약하고 쟁점법인이 매입약정을 신청하였다 하더라도 2024.10.29. 쟁점부동산을 양도한 이후인 2024.12.6. 매입약정 심의 결과 조건부로 통과되고 2024.12.20. 쟁점법인이 OOO와 공공매입임대주택 매입약정을 체결한 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 청구인들이 쟁점부동산을 양도할 당시에는 쟁점법인은 OOO와 약정을 체결하지 아니하여 공공매입임대주택을 건설할 자에 해당하지 아니하므로 공공매입임대주택 건설을 목적으로 양도한 토지에 해당하는 것으로 보기 어렵다 할 것이다(조심 2024서1978, 2024.12.26. 외 다수, 같은 뜻임).



따라서, 처분청이 청구인들의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령



(1) 조세특례제한법



제97조의9(공공매입임대주택 건설을 목적으로 양도한 토지에 대한 과세특례) ① 거주자가 「공공주택 특별법」 제2조 제1호의3에 따른 공공매입임대주택(이하 이 조에서 ㆍ " 공공매입임대주택ㆍ " 이라 한다)을 건설할 자[같은 법 제4조에 따른 공공주택사업자(이하 이 조에서 ㆍ " 공공주택사업자ㆍ " 라 한다)와 공공매입임대주택을 건설하여 양도하기로 약정을 체결한 자로 한정한다. 이하 이 조에서 ㆍ " 주택건설사업자ㆍ " 라 한다]에게 2024년 12월 31일까지 주택 건설을 위한 토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10에 상당하는 세액을 감면한다.

② 제1항에 따라 세액감면을 적용받으려는 사람은 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 세액감면 신청을 하여야 한다.

③ 주택건설사업자가 토지를 양도받은 날(인허가 지연 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유로 공공매입임대주택으로 사용할 주택을 건설하여 양도하지 아니한 경우에는 해당 사유가 해소된 날)부터 3년 이내에 해당 토지에 공공매입임대주택으로 사용할 주택을 건설하여 공공주택사업자에게 양도하지 아니하는 경우 주택건설사업자는 제1항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준을 신고할 때 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

④ 제1항에 따라 감면받은 세액을 제3항에 따라 납부하는 경우에는 제63조 제3항을 준용하여 이자상당가산액을 납부하여야 한다.

⑤ 제1항에 따른 감면 대상 양도소득금액의 계산 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.



(2) 조세특례제한법 시행령



제97조의9(공공매입임대주택 건설을 목적으로 양도한 토지에 대한 과세특례) ① 법 제97조의9 제1항을 적용받으려는 자가 토지와 건물 등을 함께 양도하는 경우 토지와 건물 등의 양도가액 또는 취득가액의 구분이 불분명할 때에는 「소득세법 시행령」 제166조 제6항을 준용하여 안분계산한다.

② 법 제97조의9 제2항에 따라 세액감면 적용을 받으려는 사람은 해당 토지의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서에 토지를 양수하는 자가 「공공주택 특별법」 제2조 제1호의3에 따른 공공매입임대주택을 건설할 자로서 같은 법 제4조에 따른 공공주택사업자와 공공매입임대주택을 건설하여 양도하기로 약정을 체결한 자임을 증명할 수 있는 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 한다.

③ 법 제97조의9 제3항에서 ㆍ " 인허가 지연 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유ㆍ " 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

1. 「공공주택 특별법」 제2조 제1호의3에 따른 공공매입임대주택으로 사용할 주택의 건설에 필요한 인가ㆍ허가 등의 지연

2. 주택건설사업자의 파산선고

3. 천재지변



(3) 공공주택 특별법



제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1의3.  "공공매입임대주택”이란 제4조에 따른 공공주택사업자가 직접 건설하지 아니하고 매매 등으로 취득하여 공급하는 공공임대주택을 말한다.



제4조(공공주택사업자) ① 국토교통부장관은 다음 각 호의 자 중에서 공공주택사업자를 지정한다.

1. 국가 또는 지방자치단체

2. 「한국토지주택공사법」에 따른 한국토지주택공사

3. 「지방공기업법」 제49조에 따라 주택사업을 목적으로 설림된 지방공사

4. 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제5조에 따른 공공기관 중 대통령령으로 정하는 기관

5. 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 자가 총지분의 100분의 50을 초과하여 출자ㆍ설립한 법인

6. 주택도시기금 또는 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 자가 총지분의 전부(도심 공공주택 복합사업의 경우에는 100분의 50을 초과한 경우를 포함한다)를 출자(공동으로 출자한 경우를 포함한다)하여 「부동산투자회사법」에 따라 설립한 부동산투자회사

② 국토교통부장관은 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 자와 「주택법」 제4조에 따른 주택건설사업자를 공동 공공주택사업자로 지정할 수 있다.

③ 제1항 제5호 및 제2항에 따른 공공주택사업자의 선정방법ㆍ절차 및 공동시행을 위한 협약 등에 필요한 사업은 국토교통부장관이 정하여 고시한다.

④ 공공주택사업자는 공공주택사업을 효율적으로 시행하기 위하여 필요한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 설계ㆍ공사 등 공공주택사업의 일부를 「주택법」 제4조에 따른 주택건설사업자로 하여금 대행하게 할 수 있다. 이 경우 공공주택사업자는 대행의 대가로 토지를 공급할 수 있다.