이 건 과세전적부심사청구는 불채택 결정합니다.

1.세무조사결과통지 내용

가.청구인은 2012.12.24. 제주시 A(이하  "쟁점 거주주택”이라 한다)를 취득하였다가 2025.2.14. 이를 412,000,000원에 양도하였다.

나. 청구인은 쟁점 거주주택 양도 당시 제주시 B(이하  "쟁점 임대주택”이라 한다)를 보유하면서 이를 임대하고 있었는데, 청구인은 위 임대주택이 「소득세법 시행령」 (2025.2.28. 대통령령 제35349호로 개정되기 전의 것) 제155조제20항(이하  "쟁점 특례조항”이라 한다)에 의하여 주택수 계산에서 제외되는 장기임대주택임을 전제로, 거주주택 비과세 특례를 적용하여 쟁점 거주주택을 1세대 1주택으로 보아 2025.3.19. 양도소득세를 신고하였다.

다.통지관서는 2025.8.18.부터 2025.9.6.까지 청구인에 대한 양도소득세 세무조사(이하  "쟁점 세무조사”라 한다)를 실시하고 2025.9.10. 청구인에게 ‘쟁점 임대주택의 임대의무기간의 2분의 1 이상 임대하지 않고 폐업하여 거주주택 1세대 1주택 비과세대상에 해당하지 않는다’는 이유로 2025년 과세연도 양도소득세 52,265,344원을 과세하겠다는 세무조사결과를 통지하였다(이하  "쟁점 결과통지”라 한다).

라.청구인은 이에 대하여 2025.9.28. 이 건 과세전적부심사를 청구하였다.

2. 청구인 주장

가.(쟁점①) 쟁점 세무조사는 비정기 세무조사 대상자 선정사유가 없음에도 개시되었으므로 위법하다.

1)비정기 세무조사는 「국세기본법」 제81조의6제3항제4호가 규정한 바와 같이  "신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우”에만 개시가 가능하다. 그러나 쟁점 세무조사의 사전통지서에는  "「국세기본법」 제81조의6제3항제4호”만 기재되어 있을 뿐, 어떤 자료가 탈루혐의에 해당하는지, 오류의 명백한 근거가 무엇인지 전혀 제시되어 있지 아니하다.

2)서울고등법원 2023.1.27. 선고 2021누63008 판결에 따르면 법원은 세무조사 사유를 명확히 하지 않은 세무조사 사전통지는 무효라고 판시하였고, 대법원 역시 대법원 2023.11.9. 선고 2020두51181 판결을 통해 ‘명백하고 중대한 절차위반으로 헌법 및 국세기본법에서 보장하는 납세자의 권익과 권리를 침해하였다면 그것은 위법에 의한 과세로 취소사유이다’라는 확고한 입장을 취하고 있다. 또한 대법원 2014.6.26. 선고 2012두911 판결에서도 대법원은 ‘명백한 자료 없이 개시된 세무조사는 위법하며, 그 결과에 기초한 과세 또한 위법’이라고 판시하였다.

3)그러나 이 건에서 통지관서는 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료를 제시하지 못하였다. 단순히 법령 검토 결과 과세 필요성이 있다는 추상적인 입장만을 밝히며 구체적인 자료, 비교표, 증빙은 전혀 없다.

4)따라서 쟁점 세무조사는 개시요건을 충족하지 못하였고 절차상 하자로 인해 과세예고 역시 무효이다.

나.(쟁점②) 쟁점 결과통지서는 처분의 근거와 이유에 관한 기재가 누락되어 위법하다.

1)쟁점 결과통지서에는 구체적인 과세사유, 법령 조항, 해석 논거 등이 결여되어 있다. 이는 「행정절차법」 제23조 위반으로 통지관서는 납세자가 소명하거나 불복할 기회를 원천적으로 차단하였다.

2)「행정절차법」 제23조는 행정처분 시 처분의 이유와 근거를 명확히 제시하도록 규정하고 있으며 대법원 및 하급심 판례는 세액 산출근거가 누락된 처분은 위법하다고 일관되게 판시하였다(창원지방법원 2014.3.25. 선고 2013구합1711 판결, 서울행정법원 2013.10.18. 선고 2012구합29899 판결 등 참조).

3)쟁점 결과통지서는 계산식과 법령 적용의 논리가 전혀 제시되지 않아 납세자의 방어권이 실질적으로 박탈되었다. 이는 명백한 처분이유 제시 의무의 위반이며, 절차상 중대한 하자이다.

다.(쟁점③) 쟁점 임대주택은 임대기간요건을 충족하였으므로 쟁점 거주주택 양도에 대해 1세대 1주택 비과세 특례가 적용되어야 한다.

1)임차인이 존재하는 한 형식적인 임대사업자 등록 말소 여부와 무관하게 실질적으로 임대사업이 계속되는 것으로 보아야 한다.

가)「소득세법 시행령」 제155조제23항은 「민간임대주택에 관한 특별법」 (이하  "민간임대주택법”이라 한다) 제6조제1항제11호에 따라 임대사업자의 임대의무기간 내 등록 말소 신청으로 등록이 말소된 경우(같은 법 제43조에 따른 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 경우에 한정한다) 해당 등록이 말소된 이후 5년 이내에 거주주택을 양도하는 경우에 한정하여 임대기간요건을 갖춘 것으로 보아 쟁점 특례조항을 적용한다고 규정하고 있다.

나)이와 관련하여 민간임대주택법 제6조제6항은 임차인이 존재하는 경우에는 그 임대사업자를 민간임대사업자로 본다고 규정하고 있다. 이 조항은 단순한 행정의무가 아니라 법률상 지위의 간주규정이다. 즉, 임차인이 존재하는 한 임대사업자의 지위는 유지되며, 형식적인 등록 말소 여부와 무관하게 실질적으로 임대사업이 계속되는 것으로 본다. 이 간주효를 부정하는 것은 법문을 삭제한 것과 다름없다.

다)위 규정은 과세요건이 발생한 경우 일정한 법률효과를 발생시키는 간주규정(예컨대 일정 조건 시 수입으로 간주)으로, 그 적용은 강행적이고 기속적인 성격을 가지며, 과세관청의 재량이나 판단 여지를 허용하지 않는 규정이다. 그럼에도 불구하고 통지관서는 해당 간주규정을 사실상 임의규정으로 취급하며 축소해석하였다. 통지관서는 실질적 판단이나 세무공무원의 해석에 따라 적용 여부를 선택 가능한 것처럼 주장하였으나, 이는 간주규정의 입법목적을 전면 부정하는 것이며, 법령의 체계적 해석 및 입법자의 의사를 정면으로 왜곡한 것이다.

라) 조세심판원 2021.12.9.자 2020지3289 결정은 상속으로 인한 등록변경 미이행에도 불구하고 임차인이 계속 거주한 경우 실질임대가 유지되었다고 보아 추징처분을 취소하였다. 결정문은  "형식적 등록이나 신고 미이행만으로 임대 외 용도 사용 또는 등록 말소로 볼 수 없다”고 명시하였다. 이 결정은 민간임대주택법 제6조제6항의 간주효를 실질적으로 인정한 사례로, 본건과 동일한 법리구조에 해당한다. 따라서 실질임대가 지속된 이 건의 경우 역시 비과세 유지가 타당하다.

마) 이 건에서 청구인은 관련 사실에 대해 명확한 문언규정과 이를 뒷받침하는 상호 연계된 법령 체계, 즉 입법자가 명시적으로 규율한 강행적ㆍ 선언적 규정을 충실히 해석하여 법적 판단을 제시하였다. 그럼에도 불구하고 통지관서는 해당 문언을 사실상 무시하고, 문언상 존재하지 않는 요건을 자의적으로 새로이 창설하거나, 강행적 간주규정의 적용범위를 축소ㆍ 배제하였으며, 그 근거에 대한 법령ㆍ 유권해석ㆍ 내부지침조차 제시하지 못한 채 일방적 해석만으로 과세를 강행하였다. 이는 조세법률주의 원칙(헌법 제59조 및 국세기본법 제18조)에 명백히 반하며, 세무공무원이 법률을 창설한 것이나 다름없는 위헌적 행정행위이다.

바)조세법은 문언해석이 원칙이며(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결, 대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 참조) 법령의 문언을 축소하거나 확장하는 해석은 조세법률주의에 위배된다. 대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결은  "조세는 법률에 의하지 않으면 부과할 수 없으며, 그 해석은 엄격하게 이루어져야 하며 유추나 확장해석은 허용되지 않는다”라고 판시하고 있으며 서울행정법원 2013.12.5. 선고 2013구단18967 판결 역시  "문언에 없는 요건을 해석으로 끌어들이는 행위는 명백히 위헌”이라고 명시하였다. 조세심판원 2023.1.10.자 2022서6467 결정에서는 국세청이 법령에 없는 요건을 들어 신고를 무효화하려 한 사례에 대해 조세심판원은  "확대해석은 위법이며 과세는 취소되어야 한다”고 결정하였다. 따라서 통지관서의 해석은 명백히 법문을 왜곡한 자의적 해석으로서 위법하다.

2)임대사업자 등록 자진말소 후에도 임대관계가 유지되는 경우 임대기간요건을 갖춘 것으로 보아 쟁점 특례조항을 적용하여야 한다.

가)「소득세법 시행령」 제155조제23항은 제22항의 규정에 불구하고 임대사업자가 임차인과의 관계에서 계속 임대의무를 이행하는 경우에는 그 임대기간을 충족한 것으로 본다고 규정하고 있다. 이는 임대사업자 등록 자진말소 후에도 임차인이 존재하여 임대관계가 유지되는 경우, 임대기간을 간주하여 비과세 요건을 인정하는 조항이다.

나)청구인의 경우 임대사업자 등록 자진말소 후에도 임차인이 쟁점 임대주택에서 계속 거주하였으므로 법문 그대로 적용하면 비과세 요건을 충족한 것이다. 따라서 통지관서가 「소득세법 시행령」 제155조제23항제1호를 적용하면서 말소일까지만 임대기간으로 인정된다는 논리를 펴는 것은 그 명시적 규정과 정면으로 배치된다.

3)수원지방법원 2024구단10045 판결은 이 건에 원용할 수 없다.

가)통지관서는 수원지방법원 2024.6.26. 선고 2024구단10045 판결을 근거로 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대하지 못한 경우 비과세를 배제할 수 있다고 주장한다. 그러나 위 판결은 임대의무기간의 2분의 1에 미달하고 거주주택을 먼저 양도한 경우로서 「소득세법 시행령」 제155조제22항제2호를 적용한 사례이다.

나)반면, 이 건은 임대사업자 자진말소 후 임차인이 계속 거주 중인 상태에서 거주주택을 양도한 경우로서, 「소득세법 시행령」 제155조제23항이 적용되는 전혀 다른 법적구조이다. 위 판결은 임대차 관계가 종료된 상태에서의 과세 판단이므로 임대차 관계가 존속 중인 이 건에 원용할 수 없다. 따라서 통지관서가 위 판결을 인용한 것은 사실관계와 법적전제가 상이한 판례의 오용이며 그 법리적 근거가 전혀 없다.

3. 통지관서 의견

가.(쟁점①) 쟁점 세무조사는 비정기 세무조사 대상자 선정사유에 해당하여 개시되었으므로 적법하다.

1)쟁점 세무조사의 사전통지서에는 조사대상 세목ㆍ 과세기간ㆍ 조사기간ㆍ 조사사유 등이 명시되어 있고, 국세기본법 제81조의6제3항제4호에 따라 신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 세무조사를 할 수 있다고 규정되어 있어 통지관서는 관련 법령에 따라 적법하게 세무조사를 실시하였다.

2) 통지관서는 2025.7.3. 청구인의 양도소득세 신고내용 적정여부를 검증하는 과정에서 청구인이 제출한 양도소득세 신고서의 첨부서류 중 ‘주택임대사업자의 거주주택 1세대 1주택 특례 적용신고서’의 임대기간인 2019.11.1.~2024.12.16.과 국토교통부 임대사업자 등록자료의 등록기간인 2020.6.23.~2023.12.14.이 불일치하는 점, 청구인이 2020.6.23. 신규로 세무서 사업자등록을 하고 2023.12.11. 폐업 후 2025.6.23.에 그 폐업일자를 2024.12.16.로 변경한 점 등을 확인하였다.

3) 이에 통지관서는 청구인이 거주주택 비과세 특례규정의 적용요건을 미충족하여 「국세기본법」 제81조의6제3항제4호의 ‘신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우’에 해당한다고 보아 2025.7.16. 비정기 조사대상자로 선정하겠다는 내용의 조사대상 선정 검토표를 작성 후 2025.7.22. 조사사무처리규정 제9조제3항에 따라 C지방국세청장의 승인을 받았다.

나.(쟁점②)쟁점 결과통지서에는 과세근거가 명확히 제시되어 있다.

청구인은 쟁점 세무조사의 결과통지서에 근거가 명확히 제시되지 않았다고 주장하나, 통지관서는 청구인에게 발송한 결과통지서에 ‘2025.2.14. 거주 주택(A아파트) 양도시 1세대 1주택 비과세 신고하였으나 의무임대기간 1/2 이상 임대하지 않고 폐업하여 거주주택 1세대 1주택 비과세 감면 부인 고지함’이라고 조사근거를 명확히 제시하였다.

다.(쟁점③) 쟁점 임대주택은 임대기간요건을 미충족하였으므로 쟁점 거주주택 양도에 대해 1세대 1주택 비과세 특례가 적용될 수 없다.

1)임대사업자 등록이 말소되기 전까지 임대한 기간만 민간임대주택법의 임대사업자로서 임대한 것으로 보아야 한다.

가)쟁점 특례조항은 장기임대주택과 2년 이상 거주한 거주주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 장기임대주택 요건을 충족하고 거주주택을 양도하는 경우에는 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 비과세를 적용한다고 규정하고 있다. 이와 관련하여 「소득세법 시행령」 제155조제23항제1호는 임대등록을 자진말소한 경우는 민간임대주택법 제43조에 따른 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 경우에 임대기간 요건을 갖춘 것으로 본다.

나) 민간임대주택법 제43조제1항은 임대사업자는 임대사업자 등록일부터 8년(장기일반민간임대주택) 동안 민간임대주택을 계속 임대하여야 하며, 같은법 제6조제1항제11호는 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택에 대하여 임대사업자가 임대의무기간 내 등록 말소를 신청할 수 있다고 규정하고 있다. 같은법 제2조제7호에 따르면 임대사업자란 공공주택사업자가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다.

다)지자체에 임대사업자를 자진말소 신청하고 말소된 경우는 임대사업자 등록을 말소한 것이므로, 말소되기 전까지 임대한 기간만 민간임대주택법의 임대사업자로서 임대한 것이다. 청구인은 민간임대주택법 제6조에 따라 장기일반민간임대주택(임대의무기간 8년) 아파트를 자진말소 신청하였고, 지자체는 청구인의 신청에 따라 2023.12.14.에 임대사업자 등록을 말소하였으므로 자진말소 이후에 임대한 기간인 2023.12.15.부터 2024.12.16.까지는 임대사업자로서 임대한 것이 아니다.

라)청구인은 조세심판원 2021.12.9.자 2020지3289 결정을 들어 형식적인 임대사업자 등록 말소 여부와 무관하게 실질적으로 임대사업이 계속되는 것으로 보아야 한다고 주장하나, 위 결정은 지방세인 취득세 감면 여부가 쟁점이므로 국세인 이 건에는 적용할 수 없다. 위 결정과 같이 임대주택을 상속받은 후 임대사업자 등록을 하지 않은 경우에 있어, 양도소득세 비과세 판단 시 임대사업자 등록을 하지 않은 장기임대주택을 주택수에서 제외하는지 살펴보면, 상속인이 미성년자여서 지자체 임대사업자 등록이 불가능한 경우에도 임대사업자 등록을 하지 않으면 쟁점 특례조항을 적용하지 않는 것이며(기획재정부 재산세제과-194, 2023.2.2. 참조), 양도일 현재 상속받은 임대주택이 임대사업자로 등록되지 않은 경우에도 주택수에서 제외되는 장기임대주택에 해당하지 않아 양도소득세 비과세가 적용되지 아니한다(사전-2017-법령해석재산-0002, 2017.2.27. 참조).

마)한편, 청구인은 통지관서의 세무공무원이 법령을 자의적으로 해석했다고도 주장하나, 통지관서는 관련 법령과 근거 규정에 따라 정당하게 과세처분을 진행하였고 납세자에게 법률 요건과 관련 판례 등을 작성하여 이메일 등으로 충실하게 회신하였다.

2)청구인은 임대사업자 등록일부터 말소일까지만 임대사업자에 해당하므로 임대기간요건을 충족하였다고 볼 수 없다.

가)민간임대주택법 제6조제6항은 임대사업자 등록이 말소된 경우에는 그 임대사업자를 이미 체결된 임대차계약의 기간이 끝날 때까지  "임차인에 대한 관계에서” 이 법에 따른 임대사업자로 본다고 규정하고 있다.

나) 조세법률주의의 원칙 상 과세요건이나 비과세 요건 또는 조세감면 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하므로(대법원 2001.3.15. 선고 2000두7131 판결 등 참조) 위 조항은 임차인과의 관계에서 임대차계약의 기간이 끝날 때까지 임대사업자로 보는 것이지, 쟁점 특례조항의 적용과는 관계가 없다.

다) 청구인은 임대사업자 등록일인 2020.6.23.부터 말소일인 2023.12.14.까지 임대사업자에 해당되어 임대사업으로서 임대한 기간은 3년5개월이므로 임대기간요건을 충족하지 못한다.

3)수원지방법원 2024구단10045 판결은 이 건의 임대기간요건 충족 여부 판단 시 원용할 수 있다.

가)수원지방법원 2024.6.26. 선고 2024구단10045 판결은 임대주택의 임대개시일로부터 임대의무기간의 2분의 1 이상인 2년이 경과하기 전 원고의 등록말소 신청으로 주택임대사업자등록이 말소되었음이 분명하므로 1세대 1주택 비과세가 적용될 수 없다고 본 판결이다.

나)통지관서는 조사기간 중 청구인에게 위 판결을 제시하였으나, 청구인은 해당 판결은 「소득세법 시행령」 제155조제22항 장기임대주택의 요건 충족 전에 먼저 거주주택을 양도한 사례이므로 장기임대주택 자진말소 후 거주주택을 양도하여 「소득세법 시행령」 제155조제23항이 적용되는 이 건과는 무관하다고 주장한다.

다)그러나 위 판결은 쟁점 특례조항 적용 시 장기임대주택의 임대의무기간 충족 여부가 쟁점이었으므로 이 건의 임대의무기간 충족 여부 판단 시 적용가능하다.

4.심리 및 판단

가.쟁점

1)쟁점 세무조사는 비정기 세무조사 대상자 선정사유가 없음에도 개시되었으므로 위법하다는 청구주장의 당부

2)쟁점 결과통지서는 처분의 근거와 이유에 관한 기재가 누락되어 위법하다는 청구주장의 당부

3)쟁점 임대주택은 임대기간요건을 충족하였으므로 쟁점 거주주택 양도에 대해 1세대 1주택 비과세 특례가 적용되어야 한다는 청구주장의 당부

< 쟁점① 관련>

1)국세기본법 제81조의6【세무조사 관할 및 대상자 선정】

③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.

4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

1-1)조사사무처리규정 제9조【조사대상자의 선정방법】

③ 비정기선정은 공평과세와 세법질서의 확립을 위하여 「국세기본법」 제81조의6제3항에서 정한 범위에서 지방국세청장과 세무서장이 선정한다. 이 경우 세무서장이 실시하여야 하는 긴급조사, 부분조사, 통합조사가 아닌 자료상 조사 및 거짓 (세금)계산서 수취자 조사 등을 제외하고는 지방국세청장의 사전 승인을 받아야 한다.

< 쟁점② 관련>

1)행정절차법 제23조【처분의 이유 제시】

① 행정청은 처분을 할 때에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당사자에게 그 근거와 이유를 제시하여야 한다.

1. 신청 내용을 모두 그대로 인정하는 처분인 경우

2. 단순ㆍ반복적인 처분 또는 경미한 처분으로서 당사자가 그 이유를 명백히 알 수 있는 경우

3. 긴급히 처분을 할 필요가 있는 경우

② 행정청은 제1항제2호 및 제3호의 경우에 처분 후 당사자가 요청하는 경우에는 그 근거와 이유를 제시하여야 한다.

1-1)행정절차법 시행령 제14조의2 【처분의 이유제시】

행정청은 법 제23조의 규정에 의하여 처분의 이유를 제시하는 경우에는 처분의 원인이 되는 사실과 근거가 되는 법령 또는 자치법규의 내용을 구체적으로 명시하여야 한다.

2)국세기본법 제81조의12 【세무조사의 결과 통지】

① 세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사를 마친 날부터 20일(제11조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 40일) 이내에 다음 각 호의 사항이 포함된 조사결과를 납세자에게 설명하고, 이를 서면으로 통지하여야 한다. 다만, 납세관리인을 정하지 아니하고 국내에 주소 또는 거소를 두지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 세무조사 내용

2. 결정 또는 경정할 과세표준, 세액 및 산출근거

3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

2-1)국세기본법 시행령 제63조의13 【세무조사의 결과 통지 및 예외】

① 법 제81조의12제1항제3호에서 " 대통령령으로 정하는 사항" 이란 다음 각 호의 사항을 말한다.

1. 세무조사 대상 세목 및 과세기간

2. 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하는 경우 그 사유(근거 법령 및 조항, 과세표준 및 세액 계산의 기초가 되는 구체적 사실관계 등을 포함한다)

2의2. 가산세의 종류, 금액 및 그 산출근거

3. 관할세무서장이 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지 법 제45조에 따른 수정신고가 가능하다는 사실

4. 법 제81조의15에 따른 과세전적부심사를 청구할 수 있다는 사실

< 쟁점③ 관련>

1)소득세법 제89조【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 " 양도소득세" 라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 " 주택부수토지" 라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

1-1)소득세법 시행령 제154조【1세대1주택의 범위】(2025.2.28. 대통령령 제35349호로 개정되기 전의 것)

① 법 제89조제1항제3호가목에서 " 대통령령으로 정하는 요건" 이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 " 조정대상지역" 이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

1-2)소득세법 시행령 제155조【1세대1주택의 특례】

20. 제167조의3제1항제2호에 따른 주택{같은 호 가목 및 다목에 해당하는 주택의 경우에는 해당 목의 단서에서 정하는 기한의 제한은 적용하지 않되, 2020년 7월 10일 이전에 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 주택으로 한정하며, 같은 호 마목에 해당하는 주택의 경우에는 같은 목 1)에 따른 주택[같은 목 2) 및 3)에 해당하지 않는 경우로 한정한다]을 포함한다. 이하 이 조에서 " 장기임대주택" 이라 한다} 또는 같은 항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 " 장기어린이집" 이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호또는제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 " 거주주택" 이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 「영유아보육법」제13조제1항에 따른 인가를 받거나 같은 법 제24조제2항에 따른 위탁을 받아 어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 " 직전거주주택" 이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우로 한정한다. 이하 이 항에서 " 직전거주주택보유주택" 이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다.

1. 거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날, 「영유아보육법」제13조제1항에 따른 인가를 받은 날 또는 같은 법 제24조제2항에 따른 위탁의 계약서상 운영개시일 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 " 임대료등" 이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」제44조제4항의 전환 규정을 준용한다.

21. 1세대가 장기임대주택의 임대기간요건(이하 이 조에서 " 임대기간요건" 이라 한다) 또는 장기어린이집의 운영기간요건(이하 이 조에서 " 운영기간요건" 이라 한다)을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 해당 임대주택 또는 어린이집을 장기임대주택 또는 장기어린이집으로 보아 제20항을 적용한다.

22. 1세대가 제21항을 적용받은 후에 임대기간요건 또는 운영기간요건을 충족하지 못하게 된(장기임대주택의 임대의무호수를 임대하지 않은 기간이 6개월을 지난 경우를 포함한다) 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1호의 계산식에 따라 계산한 금액을 양도소득세로 신고ㆍ납부해야 한다. 이 경우 제2호의 임대기간요건 및 운영기간요건 산정특례에 해당하는 경우에는 해당 규정에 따른다.

2. 임대기간요건 및 운영기간요건 산정특례

라. 제167조의3제1항제2호가목 및 다목부터 마목까지의 규정에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)이 다음의 어느 하나에 해당하여 등록이 말소되고 제167조의3제1항제2호가목 및 다목부터 마목까지의 규정에서 정한 임대기간요건을 갖추지 못하게 된 때에는 그 등록이 말소된 날에 해당 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다.

1) 「민간임대주택에 관한 특별법」제6조제1항제11호에 따라 임대사업자의 임대의무기간 내 등록 말소 신청으로 등록이 말소된 경우(같은 법 제43조에 따른 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 경우로 한정한다)

23. 제167조의3제1항제2호가목 및 다목부터 마목까지의 규정에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하여 등록이 말소된 경우에는 해당 등록이 말소된 이후(장기임대주택을 2호 이상 임대하는 경우에는 최초로 등록이 말소되는 장기임대주택의 등록 말소 이후를 말한다) 5년 이내에 거주주택을 양도하는 경우에 한정하여 임대기간요건을 갖춘 것으로 보아 제20항을 적용한다.

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」제6조제1항제11호에 따라 임대사업자의 임대의무기간 내 등록 말소 신청으로 등록이 말소된 경우(같은 법 제43조에 따른 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 경우에 한정한다)

1-3)소득세법 시행령 제167조의3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조제7항제3호에서 " 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택" 이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호 또는 제12호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자 등록[이하 이 조에서 " 사업자등록등" 이라 하고, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 " 기존사업자기준일" 이라 한다) 현재 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자등록을 했으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 않은 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다]을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 " 장기임대주택" 이라 한다). 다만, 이 조, 제167조의4, 제167조의10 및 제167조의11을 적용할 때 가목 및 다목부터 마목까지의 규정에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)으로서 「민간임대주택에 관한 특별법」제6조제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소되는 경우에는 임대의무기간이 종료한 날 해당 목에서 정한 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다.

가. 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제3호에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 않고 임대보증금 또는 임대료(이하 이 조에서 " 임대료등" 이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택(임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」제44조제4항의 전환 규정을 준용한다). 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.

2)민간임대주택에 관한 특별법 제2조 【정의】 (2020.8.18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것)

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. " 민간임대주택" 이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 " 준주택" 이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

3. " 민간매입임대주택" 이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5. " 장기일반민간임대주택" 이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

3)민간임대주택에 관한 특별법 제6조 【임대사업자 등록의 말소】 (2023.8.16. 법률 제19680호로 개정되기 전의 것)

① 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다.

11. 제43조에도 불구하고 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률에 따라 개정되기 전의 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 제2조제5호의 장기일반민간임대주택 중 아파트(「주택법」제2조제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택 또는 제2조제6호의 단기민간임대주택에 대하여 임대사업자가 임대의무기간 내 등록 말소를 신청(신청 당시 체결된 임대차계약이 있는 경우 임차인의 동의가 있는 경우로 한정한다)하는 경우

⑥ 제1항 각 호(제5호 중 제43조제2항에 따라 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도하는 경우는 제외한다)및 제5항에 따라 등록이 말소된 경우에는 그 임대사업자(해당 주택을 양도한 경우에는 그 양수한 자를 말한다)를 이미 체결된 임대차계약의 기간이 끝날 때까지 임차인에 대한 관계에서 이 법에 따른 임대사업자로 본다.

4)민간임대주택에 관한 특별법 제43조 【임대의무기간 및 양도 등】

① 임대사업자는 임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점부터 제2조제4호 또는 제5호의 규정에 따른 기간(이하 " 임대의무기간" 이라 한다) 동안 민간임대주택을 계속 임대하여야 하며, 그 기간이 지나지 아니하면 이를 양도할 수 없다.

4-1)민간임대주택에 관한 특별법 시행령 제34조【민간임대주택의 임대의무기간 등】 (2025.6.2. 대통령령 제35581호로 개정되기 전의 것)

① 법 제43조제1항에서 " 임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점" 이란 다음 각 호의 구분에 따른 시점을 말한다.

2. 민간매입임대주택: 임대사업자 등록일. 다만, 임대사업자 등록 이후 임대가 개시되는 주택은 임대차계약서상의 실제 임대개시일로 한다.

5)민간임대주택에 관한 특별법 부칙 < 제17482호, 2020.8.18>

제5조(폐지되는 민간임대주택 종류에 관한 특례) ① 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 단기민간임대주택을 등록한 임대사업자 및 그 민간임대주택은 임대사업자 및 그 민간임대주택의 등록이 말소되기 전까지 이 법에 따른 임대사업자 및 장기일반민간임대주택으로 보아 이 법을 적용한다. 다만, 임대의무기간은 종전의 규정에 따른다.

다.사실관계

1)기초사실관계

가)일자별 사건흐름 요약

(표 생략)

나)청구인은 2012.12.24. 쟁점 거주주택을 취득하였다가 2025.2.14. 이를 412,000,000원에 양도하였으며, 양도 당시 청구인의 주택보유 현황은 아래와 같다.

(표 생략)

다)청구인이 쟁점 거주주택 양도에 대해 신고한 양도소득세 예정신고서의 양도소득금액 계산명세서와 취득가액 및 필요경비계산 상세 명세서를 요약하면 아래와 같다.

(표 생략)

2)쟁점 세무조사 관련 사항

가)통지관서가 제출한 조사대상선정검토표 및 관련 자료에 따르면 통지관서는 청구인이 제출한 양도소득세 신고서, 주택임대사업자의 거주주택 1세대 1주택 특례 적용 신고서, 국토교통부의 임대사업자 등록자료, 사업자세적변경이력자료에 의해 청구인이 임대의무기간 2분의 1 이상 임대하지 않고 임대사업자를 폐업하여 거주주택 비과세 특례 적용요건 확인을 위해 2025.7. 청구인을 양도소득세 세무조사 대상자로 선정하는 내용의 조사대상선정검토표를 작성하고 2025.7.22. C지방국세청장으로부터 이를 승인하는 공문을 접수한 것으로 나타난다.

나)통지관서가 제출한 조사대상선정 관련 자료 중 청구인이 통지관서에 제출한 거주주택 1세대 1주택 특례 적용 신고서에는 임대기간 개시일이 2019.11.11., 종료일이 2024.12.16.으로 나타나고 그 우측에 ‘20.6.23.(등록)~23.12.14.(자진말소)’라는 내용과 함께 물음표가 수기로 기재되어 있는 것으로 나타난다.

다)통지관서가 제출한 조사대상선정 관련 자료 중 사업자세적변경이력자료에는 청구인의 쟁점 임대주택에 대한 사업자등록사항(등록일자, 개업일자, 폐업일자 등)이 기재되어 있고 그 하단에 ‘23.12.11. 폐업 후 일자정정’이라는 내용이 수기로 기재되어 있으며, 국토교통부의 임대사업자 등록자료에는 임대사업자 최초등록일자는 2020.6.23., 폐업일자는 2023.12.14.인 것으로 나타난다.

라)청구인이 제출한 쟁점 세무조사의 사전통지서에 따르면 조사사유란에 ‘국세기본법 제81조의6제3항제4호의 규정에 따라 신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당하여 세무조사 실시’라고 기재된 것으로 나타난다.

마)통지관서가 조사과정에서 청구인에게 이메일 등으로 충실하게 처분이유를 제시하였다고 주장하면서 제출한 이메일 본문은 아래와 같다.

바)통지관서는 위 이메일에 ‘양도세 조사에 대한 보충답변에 대한 답변서’라는 제목으로 4페이지 분량의 파일을 첨부하였는데, 그 내용을 요약하면 아래와 같다.

(표 생략)

사)통지관서가 쟁점 세무조사와 관련하여 청구인으로부터 받은 이메일 수신내역을 정리하면 아래와 같다.

(표 생략)

아)청구인이 제출한 쟁점 결과통지서에 따르면 세무조사 결과의 ‘조사한 내용’란에 ‘25.2.14. 거주주택(A아파트) 양도시 1세대 1주택 비과세 신고하였으나 의무 임대기간 1/2 이상 임대하지 않고 폐업하여 거주 주택 1세대 1주택 비과세 감면 부인 고지함’이라고 기재되어 있고, 조사항목별 세부내역의 ‘결정ㆍ 경정 사유’란과 ‘근거법령’란에도 위와 동일하게 기재된 것으로 나타난다.

3)쟁점 임대주택 관련 사항

가)청구인이 제출한 임대사업자 등록증에 따르면 청구인은 2020.6.23. 쟁점 임대주택을 민간임대주택으로 하여 임대사업자 등록을 한 것으로 나타난다.

나)국세청 대내포털시스템에서 조회한 국토교통부 임대사업자 등록자료에 따르면 쟁점 임대주택에 대한 임대사업자 폐업일은 2023.12.14.인 것으로 나타난다.

다)쟁점 임대주택의 임대차계약서에 따르면 청구인은 2019.9.26. D와의 사이에 2019.11.1.부터 2021.11.1.까지 쟁점 임대주택을 임대하는 임대차계약을 체결한 것으로 나타난다.

라)쟁점 임대주택의 임차인인 D의 주민등록초본에 따르면 D는 2019.11.4. 쟁점 임대주택에 전입하여 2024.12.16. 전출한 것으로 나타난다.

마)국세청 대내포털시스템에서 조회한 사업자등록변경이력에 따르면 청구인은 2020.6.23. 쟁점 임대주택에 대하여 주거용 건물 임대업으로 사업자등록하였다가 2023.12.11. 폐업신고하였고, 2025.6.23. 통지관서에 폐업일자 정정신청서를 제출하여 그 폐업일자를 2024.12.16.로 정정한 것으로 나타난다.

4)「소득세법 시행령」 제155조제23항 입법 관련 사항

가)「소득세법 시행령」 은 2020.10.7. 대통령령 제31083호로 개정되면서 제155조제23항이 신설되었으며, ‘개정이유 및 주요내용’에 따르면 그 개정의 배경에는 민간임대주택법 개정과 2020.7.10. 정부가 발표한 ‘주택시장 안정 보완대책’이 있었던 것으로 나타난다.

나) 정부가 관계부처합동으로 2020.7.10. 발표한 ‘주택시장 안정 보완대책’에 따르면 등록임대사업제 제도 보완 사항으로 ‘폐지되는 단기 및 아파트 장기 일반 매입임대로 등록한 기존 주택은 임대의무기간 경과 즉시 자동 등록말소되도록 하고, 임대의무기간 종료 전에도 자진말소 희망 시 공적의무를 준수한 적법사업자에 한해 자발적인 등록말소를 허용하되, 기 등록주택은 등록말소 시점까지 세제혜택에 대해 유지’하는 것으로 나타난다.

다)2021년 개정세법해설에 따르면 「소득세법 시행령」 제155조의 개정취지는 ‘민간임대주택법 개정에 따른 세제지원 보완’이고, 기 등록주택에 대해 임대등록 자진말소 및 자동말소시 임대등록 말소 후 5년 내 1거주주택 양도 시 비과세하고 임대주택 자진ㆍ 자동말소로 의무임대기간 미충족하더라도 기양도자에 대해 미추징하는 세제혜택을 부여하도록 개정하면서 자진말소의 경우 ‘자진’의 우측에 위첨자로 ‘*’표시를 한 후 하단에  "* 의무임대기간의 1/2이상 임대한 경우”라는 문구를 추가한 것으로 나타난다.

라)국세청이 2022.6.20. 홈페이지에 게시한 ‘제4회 사례로 풀어보는 양도소득세 월간질의 TOP10’ 모바일 책자에 따르면 임대주택이 자동말소된 경우 언제까지 거주주택을 양도해야 비과세 가능한지에 대해 장기임대주택이 자동말소되는 경우 그 등록이 말소된 후 5년 이내에 거주주택을 양도하면 거주주택 비과세 특례 적용이 가능하고 ‘임대의무기간의 1/2 이상 임대 후 자진말소하는 경우도 동일’하다고 기재되어 있다.

라.판단

1)쟁점① 관련

가)관련 법리

(1)「국세기본법」 제81조의6제3항은 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다고 규정하면서, 제4호에서 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’를 세무조사대상자 선정사유로 들고 있다.

(2)「국세기본법」 제81조의6이 정한 세무조사대상자 선정사유가 없음에도 세무조사대상으로 선정하여 과세자료를 수집하고 그에 기하여 과세처분을 하는 것은 적법절차의 원칙을 어기고 「국세기본법」 제81조의6을 위반한 것으로서 특별한 사정이 없는 한 그 과세처분은 위법하다(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두911 판결 참조).

(3)한편, 「국세기본법」 제81조의6제3항제4호에서 규정한 ‘신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’의 의미는 통상 정당한 세액의 전부 또는 일부를 부과하지 않았거나 부족하게 신고하여 누락한 세액이 있을 가능성을 뒷받침하는 객관적인 자료가 있는 경우라고 해석함이 타당하다(대법원 2022.10.14.자 2022두48202 판결로 확정된 서울고등법원 2022.6.7. 선고 2021누67307 판결 참조).

나)쟁점 세무조사가 비정기 세무조사 대상자 선정사유가 없음에도 개시되어 위법한지에 대한 판단

(1)위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 쟁점 세무조사가 비정기 세무조사 대상자 선정사유가 없음에도 개시되었다고 보기는 어렵다.

(가)통지관서가 제출한 조사대상선정검토표 및 관련 자료에 따르면 통지관서는 청구인이 제출한 양도소득세 신고서, 주택임대사업자의 거주주택 1세대 1주택 특례 적용 신고서, 국토교통부의 임대사업자 등록자료, 사업자세적변경이력자료에 의해 청구인이 임대의무기간 2분의 1 이상 임대하지 않고 임대사업자를 폐업하였다고 보고 거주주택 비과세 특례 적용요건 확인을 위해 청구인을 양도소득세 세무조사 대상자로 선정한 것으로 나타난다.

(나)쟁점 세무조사 개시 당시를 기준으로 위 자료들은 모두 ‘정당한 세액의 전부 또는 일부를 부과하지 않았거나 부족하게 신고하여 누락한 세액이 있을 가능성을 뒷받침하는 객관적인 자료’에 해당한다고 볼 수 있다.

(다)청구인은 쟁점 세무조사의 사전통지서에 탈루나 오류의 명백한 근거가 제시되어 있지 않다고 주장하나, 세무조사통지는 납세자에게 세무조사의 대상, 범위, 기간과 세무조사를 실시하게 된 경위를 개략적으로 알려주기 위한 것으로, 과세관청에게는 세무조사통지서에 세무조사 사유 모두를 일일이 특정하여 밝힐 의무는 없다고 할 것이므로 비정기 세무조사 대상자 선정의 적정성을 세무조사통지서를 기준으로 판단할 것은 아니다(대법원 2016.12.15.자 2016두49242 판결로 확정된 대전고등법원 2016.8.11. 선고 2015누13909 판결 참조).

(2)따라서, 통지관서가 청구인을 비정기 세무조사 대상자로 선정한 것은 위법하다고 보기 어렵다고 판단된다.

2)쟁점② 관련

가)관련 법리

(1)「행정절차법」 제23조제1항에 따르면 행정청이 처분을 할 때에는 원칙적으로 당사자에게 그 근거와 이유를 제시하여야 하고 이 경우 행정청은 「행정절차법 시행령」 제14조의2에 따라 처분의 원인이 되는 사실과 근거가 되는 법령 또는 자치법규의 내용을 구체적으로 명시하여야 한다.

(2)다만 행정청의 자의적 결정을 배제하고 당사자로 하여금 행정구제절차에서 적절히 대처할 수 있도록 하는 처분의 근거 및 이유제시 제도의 취지에 비추어, 처분을 하면서 당사자가 그 근거를 알 수 있을 정도로 이유를 제시한 경우에는 처분의 근거와 이유를 구체적으로 명시하지 않았더라도 그로 말미암아 그 처분이 위법하다고 볼 수는 없고, 이때 ‘이유를 제시한 경우’는 처분서에 기재된 내용과 관계 법령 및 당해 처분에 이르기까지의 전체적인 과정 등을 종합적으로 고려하여, 처분 당시 당사자가 어떠한 근거와 이유로 처분이 이루어진 것인지를 충분히 알 수 있어서 그에 불복하여 행정구제절차로 나아가는 데 별다른 지장이 없었다고 인정되는 경우를 뜻한다(대법원 2019.1.31. 선고 2016두64975 판결 참조).

(3)한편, 「국세기본법」 제81조의12 제1항은 세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사를 마친 날부터 20일 이내에 세무조사 내용, 결정 또는 경정할 과세표준, 세액 및 산출근거, 세무조사 대상 세목 및 과세기간, 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하는 경우 그 사유(근거 법령 및 조항, 과세표준 및 세액 계산의 기초가 되는 구체적 사실관계 등을 포함한다), 가산세의 종류, 금액 및 그 산출근거 등이 포함된 조사결과를 납세자에게 설명하고, 이를 서면으로 통지하여야 한다고 규정하고 있다.

나)쟁점 결과통지서는 처분의 근거와 이유에 관한 기재가 누락되어 위법한지에 대한 판단

(1)위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 쟁점 결과통지서에 처분의 근거와 이유에 관한 기재가 누락되어 위법하다고 보기는 어렵다.

(가)청구인에게 송달된 쟁점 결과통지서에는 세무조사 내용, 결정 또는 경정할 과세표준, 세액 및 산출근거, 세무조사 대상 세목 및 과세기간, 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하는 경우 그 사유, 가산세의 종류, 금액 및 그 산출근거 등이 구체적으로 기재되어 있다.

(나)비록 쟁점 결과통지서에 근거 법령 및 조항의 기재가 누락되어 있으나, 쟁점 세무조사 과정에서 조사청과 청구인 사이에 오고 간 이메일의 내용에 비추어 청구인은 그 근거 법령 및 조항을 알 수 있었을 것으로 보인다.

(다)나아가 청구인은 이 건 과세전적부심사청구에서 세무조사결과통지의 근거와 이유를 충분히 인식한 채 그 주장을 펼치고 있는 것으로 보이는바 청구인이 행정구제절차에 지장을 받았다거나 불측의 불이익을 받았다고 볼 만한 사정도 확인되지 아니한다.

(2)따라서, 쟁점 결과통지가 「행정절차법」 제23조제1항의 이유제시의무를 위반하여 위법하다고 보기는 어렵다고 판단된다.

3)쟁점③ 관련

가)관련 법리

(1)「소득세법 시행령」 제155조제23항은 제167조의3제1항제2호가목 및 다목부터 마목까지의 규정에 해당하는 장기임대주택이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하여 등록이 말소된 경우에는 해당 등록이 말소된 이후 5년 이내에 거주주택을 양도하는 경우에 한정하여 임대기간요건을 갖춘 것으로 보아 쟁점 특례조항을 적용한다고 규정하면서 제1호에서 ‘민간임대주택법 제6조제1항제11호에 따라 임대사업자의 임대의무기간 내 등록 말소 신청으로 등록이 말소된 경우(같은 법 제43조에 따른 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 경우에 한정한다)’를 규정하고 있다.

(2)한편, 민간임대주택법상 임대사업자로 등록하게 되면 각종 세제 혜택을 부여받는 대신에, 임대주택의 매각제한, 임대조건의 신고, 임대주택의 관리 등 민간임대주택법상 각종 제한을 받게 되고, 민간임대주택법상의 각종 의무조항을 위반한 경우에는 임대사업자의 등록이 말소될 뿐 아니라 일정한 경우에는 형사처벌까지 받는 것을 예정하고 있는 등 민간임대주택법상 임대사업자로 등록을 하게 되면 관계 법령상의 각종 세제혜택과 규제를 동시에 받는 임대사업자로서의 자격을 부여받는다(대법원 2015.8.19.자 2015두41685 판결로 확정된 부산지방법원 2014.10.2. 선고 2014구합20248 판결 참조).

나)쟁점 임대주택이 임대기간요건을 충족하였는지에 대한 판단

(1)위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 쟁점 임대주택이 임대기간요건을 충족하였다고 보기는 어렵다.

(가)「소득세법 시행령」 제155조제23항제1호는 임대사업자 등록이 말소된 경우에도 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 경우에 한정하여 세제혜택을 부여하려는 규정이므로 그 임대한 기간 동안 임대사업자로서 민간임대주택법상의 각종 제한과 규제를 부담할 것을 전제로 한다고 해석함이 합리적이고, 그렇다면 임대사업자 등록 말소일을 기준으로 임대의무기간의 2분의 1 이상 임대 여부를 판단하는 것이 타당해 보인다.

(나)민간임대주택법 제43조제1항 및 같은 법 시행령 제34조제1항제2호에 따라 민간매입임대주택은 임대사업자 등록일을 임대주택의 임대개시일로 보도록 규정하고 있는바, 쟁점 임대주택의 임대개시일은 2020.6.23.이고 그로부터 임대의무기간의 2분의 1 이상인 4년이 경과하기 전인 2023.12.14. 청구인의 등록말소 신청으로 임대사업자등록이 말소되었음이 분명하다.

(다)청구인은 민간임대주택법 제6조제6항에서 ‘제1항 각 호 및 제5항에 따라 등록이 말소된 경우에는 그 임대사업자를 이미 체결된 임대차계약의 기간이 끝날 때까지 임차인에 대한 관계에서 이 법에 따른 임대사업자로 본다’고 규정하고 있음을 들어 쟁점 임대주택에 대한 임대차계약이 종료되는 2024.12.16.까지를 임대기간으로 보아야 한다고 주장하나, 위 조항은 임대사업자 등록말소 후 임대사업자로서 각종 세제혜택을 더 이상 받을 수 없게 되더라도 그와는 별도로 그 임대사업자와 임대차계약을 체결한 임차인을 보호하기 위하여 기존에 임차인에 대하여 부담하는 각종 의무를 그대로 존속시키는 규정이고(대법원 2015.8.19.자 2015두41685 판결로 확정된 부산지방법원 2014.10.2. 선고 2014구합20248 판결 참조), 위 조항의 문언에 따르더라도 ‘임차인에 대한 관계에서’ 임대사업자로 본다는 것일 뿐이므로, 임대사업자 등록 말소 후 임대차계약 유지 여부에 따라 임대기간요건 충족 여부를 달리 볼 것은 아니다.

(라)청구인의 주장과 같이 등록이 말소된 날이 아닌 임대차계약 종료일을 기준으로 임대기간을 판단한다면 임대사업자로서 민간임대주택법상의 각종 제한과 규제를 부담한 기간이 매우 단기간에 그치더라도 임대의무기간의 2분의 1 이상 임대차관계를 유지하기만 하면 세제혜택을 부여하여야 한다는 불합리한 결론에 이르게 된다.

(2)따라서, 통지관서가 쟁점 임대주택이 임대기간요건을 미충족하였다고 보아 쟁점 거주주택 양도에 대해 1세대 1주택 비과세 특례 적용을 배제하겠다는 이 건 세무조사결과통지는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로「국세기본법」제81조의15제5항제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.