심판청구를 기각한다.

1.처분개요



가.청구법인은 2018.3.9. 설립되어 비주거용 건물개발 및 공급업을 영위하는 법인으로, 2018.9.21. 충청남도 천안시 OOO 소재의 건물(이하  "쟁점부동산”이라 한다)을 매입한 후 2019.10.26. 주식회사 a(이하  "신탁회사”라 한다)에게 신탁하였다.



나.신탁회사는 2019.12.16. 쟁점부동산에 대하여 「종합부동산세법 시행령」제4조 제1항 제3호에 따른 합산배제 사원용주택등(주택신축판매업자의 미분양주택)으로 보아 합산배제 대상으로 신고하였고, 이후 「종합부동산세법」제7조가 2020.12.29. 법률 제17760호로 일부개정되어 신탁재산의 납세의무자가 수탁자에서 위탁자로 변경되었다.



다.처분청은 쟁점부동산이 주택신축판매업자가 보유하는 미분양주택이 아니므로 「종합부동산세법 시행령」제4조 제1항 제3호에 따른 합산배제 사원용주택등에 해당되지 아니하고, 충청남도 천안시 서북구가 조정대상지역으로 지정된 2020.12.18. 이전에 「종합부동산세법 시행령」제3조 제1항에 따른 합산배제 임대주택으로 신고된 사실도 없으므로, 합산배제 대상에 해당하지 아니한다고 보아, 2025.3.11. 청구법인에게 2021년 귀속 종합부동산세 OOO원(농어촌특별세 포함), 2022년 귀속 종합부동산세 OOO원(농어촌특별세 포함) 합계 OOO원을 결정ㆍ고지하였다.



라.청구법인은 이에 불복하여 2025.5.30. 심판청구를 제기하였다.





2.청구법인 주장 및 처분청 의견



가.청구법인 주장



(1) 실질과세원칙에 따라 이 사건 처분은 취소되어야 한다.



청구법인의 당초 종합부동산세 합산배제 신고가 당시 납세의무자인 신탁회사에 의해서 「종합부동산세법 시행령」제3조 제1항에 따른 주택이 아닌 사실과 다르게 「종합부동산세법 시행령」제4조 제1항에 따라 신고가 되었으나, 청구법인은 쟁점부동산을 과세기준일(2021.6.1.) 현재 임대주택으로 사용하여 임대한 사실이 객관적으로 확인되므로 「국세기본법」상의 실질과세원칙에 의해 「종합부동산세법 시행령」제3조 제1항에 따른 합산배제 대상 임대주택으로 분류함이 타당하다.



한편 처분청은 쟁점부동산이 설령 「종합부동산세법 시행령」제3조 제1항에 따른 합산배제 대상 임대주택이라 할지라도 부동산 조정대상지역으로 지정된 2020.12.18.(지정일)부터 2022.9.26.(해제일)까지의 기간 동안에는 종합부동산세 합산배제 대상에서 제외되어 과세대상이라는 의견이나, 「종합부동산세법 시행령」제3조 제1항 제8호 나목에 의하면 법인의 경우 조정대상지역의 공고가 있은 날(2020.12.18.) 이전에 사업자 등록을 신청한 경우는 종합부동산세 합산배제대상인 장기일반임대주택으로 분류함이 타당하다.



쟁점부동산이 부동산 조정대상지역 지정일(2020.12.18.) 및 과세기준일(2021.6.1.) 현재 임대사업자 등록이 되어 있지 아니한 이유는 당초 신탁회사가 종합부동산세 합산배제 신청한 내용의 효력을 존중하여 그 종료시점인 2022.5.30.에 임대사업자 등록을 하였기 때문이다. 따라서 쟁점부동산은 실질적으로 「종합부동산세법 시행령」제3조 제1항 제8호의 요건을 갖춘 임대주택으로 부동산 조정대상지역 지정일(2020.12.18.) 및 종합부동산세 과세기준일(2021.6.1.) 현재 청구법인이 실제로 임대사업을 유지하고 있었으므로 단순히 임대사업자 등록이 되어 있지 않다는 사유만으로 사실관계를 고려하지 않고 종합부동산세 합산배제 요건을 충족하지 않은 것으로 판단해서는 안된다.



처분청은 「국세기본법」제14조 제2항에서 규정하는 실질과세원칙에 따라 신탁회사가 신고한 「종합부동산세법 시행령」제4조 제1항이 아닌 그 실질 내용에 따라 「종합부동산세법 시행령」제3조 제1항에 따라 종합부동산세 합산배제 사유 여부를 판단하여야 하며 임대주택의 합산배제 요건 충족여부 또한 행위의 명칭이나 형식과 관계 없이 그 실질내용에 따라 판단하여야 한다.



따라서 쟁점부동산은 「종합부동산세법 시행령」제3조 제1항에 따라 종합부동산세 합산배제대상으로 보아야 하는바, 이 사건 부과처분은 취소되어야 한다.



(2) 신의성칠 원칙에 따라 이 사건 처분은 취소되어야 한다.



2019년 당시 종합부동산세 납세의무자인 신탁회사가 「종합부동산세법 시행령」제4조 제1항 제3호에 따른 종합부동산세 합산배제 신고를 한 2019.12.12. 이후 상당기간 동안 처분청은 그 신고내용에 대해서 어떠한 통지 혹은 처분이 없었다.



이에 청구법인은 2021, 2022년 귀속 종합부동산세에 대해서 사실관계에 따라 부동산 조정대상지역 지정일(2020.12.18.) 이전에 임대사업자 등록과 더불어 「종합부동산세법 시행령」제3조 제1항에 따른 종합부동산세 합산배제 신고를 할 수 있었음에도 불구하고 이러한 과세관청의 부작위 상태를 당초 신고한 내용이 적법하다는 과세관청의 공적 견해 표시로 신뢰하였고, 이를 기초로 하여 「종합부동산세법 시행령」제4조 제1항 제5호에 따라 합산배제기간의 종료시점인 2022.5.30. 임대사업자 등록을 하고 「종합부동산세법 시행령」제3조 제1항에 따라 2022년 귀속 종합부동산세 합산배제 신고를 하였다.



따라서 처분청은 「국세기본법」제15조 신의성실의 원칙에 따라 청구법인이 신뢰하고 있는 과세관청의 견해표시에 반하여 한 이 사건 처분은 취소되어야 한다.



나.처분청 의견



처분청은 2024.12.17. 국세청의 2024년 귀속 종합부동산세 합산배제 및 과세특례 종합 점검 계획에 따라 청구법인의 합산배제 적용 요건을 검토한 결과, 청구법인은 쟁점부동산을 매입한 것이지 신축한 것이 아니어서 주택신축판매업자에 해당하지 아니하고, 쟁점부동산은 조정대상지역에 소재하고 있어 종합부동산세 합산배제 대상에 해당하지 아니하므로 이 사건 종합부동산세 부과처분을 하였다.



(1) 실질과세원칙은 이 건에서 적용되지 않는다.



선결정례(조심 2024서2392, 2024.6.26.외 다수)에 따르면 임대사업자 등록이 말소되어 쟁점부동산은 종합부동산세 과세기준일 현재 종합부동산세 합산배제 임대주택의 요건을 충족하지 못하였고, 처분청의 공적견해 표명사실이 없었으므로 처분은 잘못이 없다고 결정한바, 종합부동산세 합산배제 임대주택으로서 인정받으려면 임대 사업자 등록 등 기본적 요건이 성립하여야 하며, 요건을 충족하지 않은 상태에서는 실제 임대사업을 영위한다 하더라도 합산배제 대상이 될 수 없다.



충청남도 천안시는 2020.12.18. 부동산 조정대상지역으로 지정되어 2022.9.26. 해제되었다. 청구법인이 2022.5.31. 사업자 등록사항에 임대사업을 부업종으로 등록한 사실만으로는 합산배제 요건을 충족하지 못한다.



(2) 신의성실원칙에 위반된다고 보기 어렵다.



선결정례(조심 2021중566, 2021.7.19.)에 따르면 신의성실의 원칙이 적용되려면 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공식적인 의견표명이 있어야 한다. 여기에는 사전에 과세관청이 의견을 제시 혹은 각종 예규를 게시하여 이 내용을 공시하는 경우가 포함된다. 그 행위로 인하여 납세자가 과세관청의 견해표명을 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하여 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다.



그러나 본 건에 관하여는 과세관청이 공식적인 의견 표명 혹은 각종 경로로 의견제시 및 예규를 게시한 일이 없으므로 이 사건 처분이 이에 신의성실원칙에 위반된다고 보기는 어렵다.



또한, 유사사례인 선결정례(조심 2023서10153, 2023.12.18.)를 살펴보면, 당시 청구법인은  "처분청이 매년 9월에 합산배제 신청 안내문을 보내 합산배제를 납세자의 선택에 따른 책임으로만 전가할 뿐이고, 일방적으로 합산배제가 적용된 종합부동산세 고지서를 보내 납세의무자에게 어떠한 문제의식을 갖지 않도록 하였으므로 이는 신의성실의 원칙 위반”이라고 주장하였으나, 조세심판원은  "일반적으로 새로운 과세대상을 설정하거나 세율의 인상 또는 과세표준 산정방법을 변경하는 경우 행위 당시의 법령이 계속 바뀌지 않을 것이라는 기대를 했다고 하더라도 이는 법적으로 보호되는 신뢰라고 보기 어려운 점(헌법재판소 2008.9.25. 선고 헌바74 결정 등)”을 근거로 들어 처분은 정당하였다고 결정하였다.



본 건 또한 법령의 변경 또는 상황의 변경에 따른 법규를 따르지 않은 것을 이후에 처분청이 알고 부과한 것이 위 사례와 유사하다고 판단된다. 그러므로 이 사건에서 처분청은 신의성실의 원칙을 위반하지 않았다.



종합부동산세 합산배제 임대주택으로서 인정받으려면 임대사업자 등록 등 기본적 요건 성립을 우선으로 하며, 요건을 만족하지 않은 상태에서는 실제 임대사업을 영위한다 하더라도 합산배제를 적용할 수 없다는 다수 심판례 등에 비추어 실질과세원칙을 적용하여 달라는 청구주장은 받아들이기 어렵다.



또한 과세관청이 공적인 의견 표명을 하지 않거나 혹은 관련한 내용을 충분히 예규 혹은 게시물로서 공시한 경우에 그것을 믿거나 납세자의 행동에 영향을 미쳤을 때 신의성실의 원칙이 적용되는 것이므로, 본 건과 같이 이전에 과세관청이 교정 혹은 통지하지 않았다며 신의성실의 원칙을 주장하는 것 또한 받아들이기 어렵다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



① 쟁점부동산이 합산배제 대상이 아니라고 보아 종합부동산세를 부과한 처분은 실질과세원칙을 위반하여 위법하다는 청구주장의 당부



② 처분청이 신의성실원칙을 위반하였다는 청구주장의 당부



나. 관련 법령 : ＜별지＞ 참조



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다.



(가) 쟁점부동산이 소재한 충청남도 천안시 서북구는 2020.12.18. 조정대상지역으로 지정되었고, 2022.9.26. 해제된 것으로 나타난다.



(나) 청구법인은 쟁점부동산에 대하여 2022.5.30. 임대사업자로 등록한 것으로 나타난다.



(다) 청구법인은 쟁점부동산에서 임대사업을 하였다고 주장하며 손익계산서, 거래처별 임대료수입 원장을 제시하였다.



(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.



(가) 먼저 쟁점①에 관하여 살피건대, 청구법인은 처분청이 쟁점부동산을 합산배제 대상이 아니라고 보아 종합부동산세를 부과한 처분은 실질과세원칙을 위반하여 위법하다고 주장하나, 「종합부동산세법 시행령」제3조 제1항 제8호는 매입임대주택 중 요건을 모두 갖춘 주택은 합산배제 임대주택으로 보면서, 같은 호 나목에서 제외요건을 두고 있는바, 나목 2)에서  "법인 또는 법인으로 보는 단체가 조정대상지역의 공고가 있은 날이 지난 후에 사업자등록등을 신청한 조정대상지역에 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택”은 제외된다고 명시적으로 규정하고 있는 점, 쟁점부동산이 소재한 충청남도 천안시 서북구는 2020.12.18. 조정대상지역으로 지정되었고 청구법인은 그 이후인 쟁점부동산에 대하여 2022.5.30. 임대사업자로 등록한 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점부동산은 합산배제 대상이 아니라고 보아 청구법인에게 종합부동산세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.



(나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 청구법인은 처분청이 신의성실원칙을 위반하였다고 주장하나, 처분청은 쟁점부동산이 합산배제 임대주택에 해당한다는 공적견해를 표명한 사실이 없는 점, 청구법인이 쟁점부동산이 조정대상지역으로 지정되기 전에 사업자등록 등을 신청하지 못한 것에 처분청의 귀책사유가 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령



(1) 종합부동산세법



제7조(납세의무자) ① 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

② 「신탁법」 제2조에 따른 수탁자(이하  "수탁자”라 한다)의 명의로 등기 또는 등록된 신탁재산으로서 주택(이하  "신탁주택”이라 한다)의 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 조에 따른 위탁자(「주택법」 제2조 제11호 가목에 따른 지역주택조합 및 같은 호 나목에 따른 직장주택조합이 조합원이 납부한 금전으로 매수하여 소유하고 있는 신탁주택의 경우에는 해당 지역주택조합 및 직장주택조합을 말한다. 이하  "위탁자”라 한다)가 종합부동산세를 납부할 의무가 있다. 이 경우 위탁자가 신탁주택을 소유한 것으로 본다.



제8조(과세표준) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간임대주택, 「공공주택 특별법」에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택



(2) 종합부동산세법 시행령



제3조(합산배제 임대주택) ① 법 제8조 제2항 제1호에서  "대통령령으로 정하는 주택”이란 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자(이하  "공공주택사업자”라 한다) 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호에 따른 임대사업자(이하  "임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서  "사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지, 제10호 또는 제11호의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호 또는 제9호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 주택(이하  "합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 주택의 보유현황 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

8. 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 가목1)부터 3)까지의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 나목1)부터 4)까지에 해당하는 주택의 경우는 제외한다.

가. 적용요건

1) 다음의 구분에 따른 공시가격이 그 구분에 따른 금액 이하일 것

가) 30호 미만의 주택을 임대하는 경우: 해당 주택의 임대를 개시한 날 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일을 기준으로 하여 다음의 구분에 따른 금액

(1) 해당 주택의 소재지가 수도권인 경우: 6억원

(2) 해당 주택의 소재지가 수도권 밖의 지역인 경우: 3억원

나) 30호 이상의 주택을 임대하는 경우: 30호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(30호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대를 개시한 날) 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일을 기준으로 하여 다음의 구분에 따른 금액

(1) 해당 주택의 소재지가 수도권인 경우: 9억원

(2) 해당 주택의 소재지가 수도권 밖의 지역인 경우: 6억원

2) 10년 이상 계속하여 임대하는 것일 것. 이 경우 임대기간을 계산할 때 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조제3항에 따라 같은 법 제2조제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 제7항제1호에도 불구하고 같은 법 시행령 제34조 제1항 제3호에 따른 시점부터 그 기간을 계산한다.

3) 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항에 따라 정한 기준을 준용한다.

나. 제외되는 주택

1) 1세대가 국내에 1주택 이상을 보유한 상태에서 세대원이 새로 취득(제7항 제2호 또는 제7호에 따라 임대기간이 합산되는 경우의 취득은 제외한다)한 조정대상지역(「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역을 말한다. 이하 같다)에 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 주택(주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다)을 취득하거나 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다]

2) 법인 또는 법인으로 보는 단체가 조정대상지역의 공고가 있은 날(이미 공고된 조정대상지역의 경우 2020년 6월 17일을 말한다)이 지난 후에 사업자등록등을 신청(임대할 주택을 추가하기 위한 등록사항의 변경신고를 포함하며, 제7항 제7호에 따라 임대기간이 합산되는 경우는 멸실된 주택에 대한 신청을 말한다)한 조정대상지역에 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택

3) 2020년 7월 11일 이후 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조제1항에 따라 등록 신청한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택

4) 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택으로서 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조 제3항에 따라 같은 법 제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택으로 변경신고한 주택



제4조(합산배제 사원용주택등) ① 법 제8조 제2항 제2호 전단에서  "대통령령으로 정하는 주택”이란 다음 각 호의 주택(이하  "합산배제 사원용주택등”이라 한다)을 말한다.

3. 과세기준일 현재 사업자등록을 한 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 자가 건축하여 소유하는 주택으로서 기획재정부령이 정하는 미분양 주택

가. 「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인을 얻은 자

나. 「건축법」제11조에 따른 허가를 받은 자