1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 202x. x. x. 원고에 대하여 한 202x년 귀속 양도소득세 xx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1995. x. xx. ‘□□시 □□구 □□동1가 xx-xx 목조 기와 지붕 2층 주택(이하 ‘구주택’이라 한다)‘에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다. 원고는 구주택을 철거하고 4층 다세대주택 신축하여 2004. 1. xx. 사용승인을 받고, 2004. 2. xx. 소유권보존등기를 마쳤다.

나. 원고는 2021. 1. xx. 자녀 AAA에게 위 신축 다세대주택 중 10x호(이하 ’10x호‘라 한다)를 부담부 증여하고, 장기보유특별공제 70%[구 조세특례제한법(2021. 3. 16.법률 제17926호로 개정되기 전의 것, 이하 같음, 이하 ’구 조특법‘이라 한다) 제97조의 3 제1항 단서]를 적용하여 2021. 2. xx. 양도소득세 예정신고ㆍ납부하였다.

다. 원고는 2021. 2. x. 위 신축 다세대주택 중 10x호(이하 ‘10x호’라 하고, 10x호와 10x호를 함께 ‘이 사건 주택’이라 한다)를 양도하고, 장기보유특별공제 70%(구 조특법 제97조의3 제1항 단서) 및 양도소득세 100% 감면(구 조특법 제97조의5 제1항)을 중복 적용하여 2021. 4. xx. 양도소득세 예정신고를 하고, 2021. 4. xx. 수정 신고를 하였다.

라. 원고는 2022. x. xx. 이 사건 주택에 대한 양도소득세를 ‘0원’으로 202x년 귀속 양도소득세 확정 신고를 하였다.

마. 피고는 원고의 이 사건 주택 임대기간을 8년 이상[단기민간임대주택(5년) + 장기민간임대주택(2017. 10. 12.부터 양도일까지 3년)]으로 보아 장기보유특별공제율 50%(구 조특법 제97조의3 제1항 본문)를 적용하여, 202x. x. x. 원고에게 202x년 귀속 양도소득세 xx,xxx,xxx원(가산세 xx,xxx,xxx원 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).



2. 원고의 주장 요지

가. 장기보유특별공제율: 70%

이 사건 주택의 임대기간은 11년 3개월[사업자등록 개업일(2004. 4. x.)부터 2017. 10. xx.까지 13년 6개월 중 8년 + 2017. 10. xx.(준공공임대주택 변경)부터 2021. 1. xx.(10x호 처분일)까지 3년 3개월]이므로 장기보유특별공제율 70%(구 조특법 제97조의3 제1항 단서)이다. 원고는 2009. 5. xx. 변경등록하였다.

나. 양도소득세 면제

원고는 1985. 1. 1.부터 2000. 12. 31.까지 사이에 구주택을 매입하고 5가구 이상에 임대하였다. 양도소득세 면제(구 조특법 제97조 제1항 단서) 대상이다.



3. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고의 사업자등록 및 민간임대주택등록

원고는 피고에게 개업일을 2004. 4. x.로 하여 사업자등록을 마쳤고, 다음과 같이 □□구청에 임대주택 등록 및 변경등록을 마쳤다.



나. 장기보유특별공제율

1) 관계법령

? 임대주택 관련법 및 임대주택 명칭의 개정 연혁은 다음과 같다.



? 장기일반민간임대주택에 대한 양도소득세 과세특례를 규정한 구 조특법 제97조의3 제1항은 다음과 같다.



? 구 조특법 제97조의3 제4항의 위임에 따라 ‘임대기간의 계산’에 대해 규정한 구 조특법 시행령 제97조의3 규정은 다음과 같다. 즉, 2019. 2. 12. 시행령 개정 전에는, 5년의 범위에서 민간임대주택 임대기간의 50%가 장기일반민간임대주택의 임대기간에 포함되었으나, 시행령 개정으로 장기일반민간임대주택 변경등록시부터 임대기간이 산정된다.



? 2019. 2. 12. 개정 시행령은 부칙에서, 2019. 2. 12. 시행 전에 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택으로 변경 등록한 자의 신뢰를 보호하기 위해 임대기간 산정에 대해 종전 규정을 적용하도록 경과조치를 정하였다.



2) 원고의 장기보유특별공제율: 50%

? 원고는 2004. 4. x. 사업자등록, 2004. 2. 0x. 임대주택 등록 후 이 사건 주택을 임대하기 시작하였고, 2017. 10. xx. 이 사건 주택을 준공공임대주택으로 변경등록하였다. 원고는 2019. 2. 12. 개정 시행령 시행 전에 변경등록을 마쳤으므로 구 조특법 시행령 부칙 제29조에 따라 종전 규정이 적용되고, 5년의 범위에서 민간임대주택 임대기간의 50%가 장기일반민간임대주택의 임대기간에 포함되므로 결국 변경등록 전 5년이 장기일반민간임대주택 임대기간이 된다. 원고는 2021. 1. xx. 10x호를 양도하여 2017. 10. xx. 변경등록 후부터 10x호 처분일까지 3년 3개월간 장기일반민간임대주택을 임대하였다. 결국 원고의 장기일반민간임대주택 임대기간은 8년 3개월(5년+3년 3개월)이어서 ‘8년 이상’에 해당하고, 구 조특법 제97조의3 제1항 본문에 따라 장기보유 특별공제율은 50%이다.

? 원고는 2017. 10. xx. 장기일반민간임대주택(변경 전 명칭 준공공)으로 변경등록을 마쳐, 2017. 10. xx.부터 10x호 양도일인 2021. 1. xx. 10년 이상 계속하여 장기일반민간임대주택을 임대한 후 양도한 경우에 해당하지 않는다. 구 조특법 제97조의3 제1항 단서가 적용될 수 없다.

? 준공공임대주택(2018. 7. 17. 이후 ‘장기일반민간임대주택’)에 대한 양도소득세 과세특례를 규정한 조특법 97조의3은 2014. 1. 1. 신설되었고, 과세특례를 적용받기 위해서는 준공공임대주택 등록을 마쳐야 한다. 원고의 2009. 5. 26.자 변경등록 내용은 ‘10x호, 10x호’ 모두 ‘5년임대주택(민간)(건설)’이고, 원고는 2017. 10. xx. 비로소 ‘준공공임대(건설)’로 변경등록을 마쳤다. 과세특례 규정의 신설 시기나 요건에 비춰 2009. 5. xx.자 변경등록 내용을 준공공임대 등록으로 볼 수 없다.



다. 면제대상 여부

1) 관계 법령



2) 대상 아님

? 처분의 경위에서 본 바와 같이, 원고는 1995. 1. xx. 구주택을 취득하였다가 구주택을 철거하고 2004. 1. xx. 이 사건 주택이 포함된 다세대 주택을 신축하였으며, 신축 후 이 사건 주택(10x, 10x호)을 양도하였다. 장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면은 ‘해당 장기임대주택’을 양도하는 경우에 적용된다. 원고는 임대주택인 이 사건 주택 (10x, 10x호)을 양도하였으므로 이 사건 주택의 양도소득세 감면을 위해서는 이 사건 주택이 구 조특법 제97조 요건에 해당하여야 한다. 이 사건 주택은 2000. 12. 31. 이전에 신축되거나 1985. 12. 31. 이전에 신축된 공동주택이 아니다.

? 구주택은 ‘목조 기와 지붕 2층 주택’으로 공동주택이 아니다. 구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 조세특례제한법으로 전부개정되기 전의 것) 제67조 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면도 구 조특법 제97조와 같은 구조이고, 당해 임대주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세 감면을 규정하였다. 구주택은 1986. 1. 1. 이후 신축된 주택도 아니고, 1985. 12. 31. 이전에 신축된 공동주택도 아니어서, 구 조세감면규제법 제67조 감면대상에도 해당하지 않는다.



라. 소결론

장기보유특별공제율 50%를 적용하여 한 이 사건 처분은 적법하다.



4. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.