○질의법인은 학생들의 창업지원을 목적으로 설립된 비영리법인임
○ 질의법인은 매년 고유목적사업준비금을 손금산입해 왔으며, 「 조세특례제한법」 제13조에 따라 주식 양도차익에 대하여 비과세 특례를 적용하고자 함

○ 「 조세특례제한법」 상 비과세 특례를 적용하는 경우 특례를 적용하지 않는 수익사업 소득에 대하여 고유목적사업준비금을 손금산입할 수 있는지 여부

비영리내국법인이 「 조세특례제한법」 제13조 제1항에 따라 벤처투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세 규정을 적용하는 경우에는 동일 사업연도에 「 법인세법」 제29조 제1항에 따른 고유목적사업준비금 손금산입 규정을 적용할 수 없는 것입니다.

○ 법인세법 제29조【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조제3항제1호에 따른 일반기부금(이하 이 조에서 " 고유목적사업등" 이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

1. 다음 각 목의 금액

가. 「 소득세법」 제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

나. 「 소득세법」 제17조제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 「 상속세 및 증여세법」 제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다.

다. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「 공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」 에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

② 제1항을 적용할 때 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」제2조제7호 및 제9조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 제60조제2항제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 본다.

③ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 고유목적사업등에 지출한 금액이 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과한 경우 초과하는 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 본다.

④ (생략)

⑤ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액(제5호의 경우에는 고유목적사업등이 아닌 용도에 사용한 금액을 말하며, 이하 이 조에서 같다)은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

⑥ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인은 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 그 잔액 중 일부를 감소시켜 익금에 산입할 수 있다. 이 경우 먼저 손금에 산입한 사업연도의 잔액부터 차례로 감소시킨 것으로 본다.

⑦ 제5항제4호ㆍ제5호 및 제6항에 따라 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부하여야 한다.

⑧ 제1항은 이 법이나 다른 법률에 따라 감면 등을 적용받는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 적용하지 아니한다.

⑨∼⑩ (생략)

○ 법인세법 시행령 제56조【고유목적사업준비금의 손금산입】

①∼② (생략)

③ 법 제29조제1항제2호에 따른 수익사업에서 발생한 소득은 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법 제24조제2항제1호에 따른 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액에서 법 제66조제2항에 따른 경정으로 증가된 소득금액 중 제106조에 따라 해당 법인의 특수관계인에게 상여 및 기타소득으로 처분된 금액은 제외한다)에서 법 제29조제1항제1호에 따른 금액, 법 제13조제1항제1호에 따른 결손금(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 따라 각 사업연도 소득의 100분의 80을 이월결손금 공제한도로 적용받는 법인은 공제한도 적용으로 인해 공제받지 못하고 이월된 결손금을 차감한 금액을 말한다) 및 법 제24조제2항제1호에 따른 기부금을 뺀 금액으로 한다.

④ < 삭제>

⑤ 법 제29조제1항 각 호 외의 부분에 따른 고유목적사업은 해당 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 따른 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제3조제1항에 따른 수익사업 외의 사업으로 한다.

⑥∼⑦ (생략)

⑧ 법 제29조제8항에서 " 대통령령으로 정하는 경우" 란 해당 비영리 내국법인의 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 법 또는 「조세특례제한법」에 따른 비과세ㆍ면제, 준비금의 손금산입, 소득공제 또는 세액감면(세액공제를 제외한다)을 적용받는 경우를 말한다. 다만, 고유목적사업준비금만을 적용받는 것으로 수정신고한 경우는 제외한다.

⑨∼⑭ (생략)

○ 조세특례제한법 제13조【벤처투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대해서는 법인세를 부과하지 아니한다.

1. 「벤처투자 촉진에 관한 법률」에 따른 벤처투자회사(이하 " 벤처투자회사" 라 한다) 및 창업기획자(이하 " 창업기획자" 라 한다)가 「중소기업창업 지원법」에 따른 창업기업(이하 " 창업기업" 이라 한다), 벤처기업 또는 「벤처기업육성에 관한 특별법」에 따른 신기술창업전문회사(「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업에 한정한다. 이하 " 신기술창업전문회사" 라 한다)에 2025년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

2. 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업금융업자(이하 " 신기술사업금융업자" 라 한다)가 「기술보증기금법」에 따른 신기술사업자(이하 " 신기술사업자" 라 한다), 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 2025년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

3. 벤처투자회사, 창업기획자, 「벤처투자 촉진에 관한 법률」제50조제1항제5호에 따른 「상법」상 유한회사(이하 이 조에서 " 벤처기업출자유한회사" 라 한다) 또는 신기술사업금융업자가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 조합(이하 " 벤처투자조합등" 이라 한다)을 통하여 창업기업, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 2025년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

가.∼마. (생략)

4.∼7. (생략)

②∼⑤ (생략)