붙임과 같습니다.

1. 사실관계 및 통지내용

가. 청구법인의 대표이사인 A는 2003.1.1.부터 경남 B시 000에서 C(이하  "쟁점사업장”이라 한다)라는 상호로 부동산 임대업을 영위하다가 2019.8.1. 쟁점사업장의 토지와 건물(이하  "쟁점부동산” 이라 한다)을 현물출자하여 청구법인을 설립하고, 2019.9.11. 쟁점부동산의 소유권을 청구법인으로 이전하였다.

나. A는 2019.10.17. 쟁점부동산 양도에 대하여 양도가액 13,415,894,480원, 취득가액 3,096,366,218원으로 하여 양도소득세를 2,981,154,077원으로 신고하면서 「조세특례제한법」 (이하  "조특법”이라 한다) 제32조의 규정에 따른 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세(이하  "법인전환이월과세”라 한다)를 신청하여 과세를 이연받았다.

다. 청구법인은 부동산 임대업을 영위하다가 2020.10.31.을 합병기일로 하여 부직포 제조업을 영위하던 D주식회사(이하  "쟁점합병법인”이라 한다)에 2020.11.2. 흡수합병(이하  "쟁점합병”이라 한다)되었으며, 2020.12.8. 쟁점부동산의 소유권을 쟁점합병법인으로 이전하였다.

라. 통지관서는 2025.6.25.부터 2025.7.24.까지 청구법인의 2020사업연도 법인 통합조사를 실시하여 청구법인이 쟁점합병으로 인하여 쟁점부동산을 쟁점합병 법인에 양도한 것으로 보아 2025.7.29. A이 법인전환이월과세받은 양도 소득세 상당액을 청구법인의 2020사업연도 법인세 4,388,050,119원(과소신고 가산세 298,115,407원, 납부지연가산세 1,108,780,635원, 합계 1,406,896,042원 포함)로 과세하겠다는 세무조사 결과를 통지하였다.

마. 청구법인은 이에 대하여 2025.9.1. 이 건 과세전적부심사를 청구하였다.

2. 청구법인 주장

가. 청구법인은 조특법 제32조 제5항 제1호와 조특법 시행령 제29조 제6항 제2호에 따라 적격합병으로 인해 쟁점부동산을 이전하여 계속해서 고유목적 사업에 사용하고 있는데도 이를 사업의 폐지로 보아 법인전환이월과세를 부인하는 것은 세법과 해석사례에도 반하여 위법ㆍ 부당하다.

1) 조특법 제32조 제1항은  "거주자가 사업용고정자산을 현물출자의 방법에 따라 법인으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용 받을 수 있다”고 규정하고, 제5항은  "제1항에 따라 설립된 법인의 설립등기일부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항을 적용받은 거주자가 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1항에 따른 이월과세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단 기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다”고 규정하고 그 제1호는  "제1항에 따라 설립된 법인이 제1항을 적용받은 거주자로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우”를 들고 있다.

2) 조특법 시행령 제29조 제6항은  "법 제32조 제1항에 따라 설립되는 법인(이하 이 조에서 ‘전환법인’)이 같은 조 제1항에 따른 현물출자의 방법으로 취득한 사업용고정자산의 2분의 1이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우 법 제32조 제5항 제1호에 따른 사업의 폐지로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다”고 규정되어 있고, <개정 2013.2.15.> 제2호는  "전환법인이 법인세법 제44조 제2항에 따른 합병의 방법으로 자산을 처분한 경우”를 들고 있다. 즉 적격합병의 경우에는 사업의 폐지로 보지 아니하도록 명백히 규정하고 있다.

따라서, 전환법인인 청구법인이 2019.8.30. 개인사업장인 A로부터 현물출자 방법으로 사업용고정자산을 승계받은 후 2020.11.2. 쟁점합병법인과 적격합병으로 승계된 후 계속하여 사업을 영위하고 있으므로 합병등기일부터 5년 이내 사업의 폐지에 해당되지 아니한다.

3) 한편, 조특법상 양도소득세의 이월과세는 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등을 현물출자 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전 사업용고정자산 등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 양도소득 산출세액상당액을 법인세로 납부하는 것인바, 법인전환에 대한 양도 소득세의 이월과세를 적용받게 되는 경우, 세목이 소득세에서 법인세로, 납세 의무자가 현물출자를 한 거주자에서 전환법인으로 각 변경됨과 아울러 양도소득 산출세액 상당액의 납부시기도 거주자의 현물출자 시에서 전환법인의 양도 시까지로 이연되는 효과가 발생하게 되는데, 이러한 과세특례는 개인기업의 법인기업으로의 전환 내지 구조조정을 촉진하기 위한 것이다(헌법재판소 2016헌바275, 2017.7.27. 결정 같은 뜻임).

과세당국도 전환법인이 「법인세법」 제44조제2항에 따른 적격합병인 경우에는 조특법 시행령 제29조 제6항 제2호에 따라 사업의 폐지로 보지 아니하므로 이월과세가 당연히 유지된다는 입장을 취하고 있다(서면-2015-부동산-1906, 2016.8.11., 서면-2016-법령해석재산-3439, 2017.3.30., 조심2017서2931, 2017.11.20., 조심2018중5057, 2020.11.23. 외 다수).

나. 조특법상 적격합병으로 인하여 이월과세유지가 명백한데도 40%가 넘은 가산세 1,406,896,042원(과소신고가산세 10%와 납부지연가산세 약 32%)까지 부과한 것은 너무나 가혹한 처사이다.

다. 통지관서 의견에 대한 추가의견

1) 청구법인은 적격합병으로 인하여 쟁점합병법인에 넘어간 쟁점부동산에 대하여 양도로 보지 않는다고 주장한 한 적이 없다.

2) 통지관서는 조특법 제32조는 사후관리조항이므로 이 사건 쟁점과 관련이 없다고 주장하는데 그렇다면 사후관리조항이 없는데 납세자는 양도만 하게 되면 이월과세액을 어떤 법적근거로 언제를 기산점으로 언제까지 신고납부해야 하는지 또 통지관서는 어느 시점에서 추징할 수 있는지 법적근거를 제시하여야 할 것이다.

3) 조특법 시행령 제29조 제6항은 2013.2.15. 왜 신설했고 그 조항이 현재까지 왜 존재하는지도 반문한다.

4) 통지관서는 「법인세법」 제44조와 대법원 판례(대법원 2023.3.16. 선고 2022두69223 판결)를 근거로 이월과세액의 사유발생일을 합병등기일(2020.11.2.) 로 보아 세무조사결과통지를 하였으나 다음과 같은 사유로 법리에 부합하지 않고 개정전의 법령이 적용된 판례이므로 위법ㆍ 부당하다.

가) 「법인세법」 제44조제1항은 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우 그 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다고 규정하고 있으나, 제2항은 적격합병의 경우 양도손익이 없는 것으로 규정되어 있어 통지관서의 주장에 의하더라도 합병법인이 승계받은 쟁점부동산은 양도손익이 없어 이월과세액을 추징할 수 없다.

또한 일반적으로 과세관청은 납세자가 사유발생일부터 신고납부기한까지 신고납부의무를 이행하지 않았을 때 그 기한 다음날부터 부과할 수 있는바, 통지 관서는 그 기산일을 양도일 다음날로 본 것 같은데 그런 조항이 조특법 제2조나 「법인세법」 제44조에는 찾아 볼 수 없다.

나) 통지관서가 주장하는 조특법 제2조의 ‘이월과세’의 정의는 전환법인이 승계자산을 (합병 등의 행위 없이) 5년 이후 양도하거나 사업폐지를 하는 경우의 일반적인 이월과세의 개념을 규정한 것이지 이 정의 규정이 곧 과세근거가 될 수는 없다.

다) 통지관서가 과세근거로 제시한 대법원 판례(대법원 2023.3.16. 선고 2022두 69223 판결)는

(1) 조특법 시행령의 법리와 이제까지의 유권해석과도 상반되고 합병등기 시점(2012.1.3.)도 조특법 제32조 제5항 후단이 신설(2013.1.1.) 전이며, 조특법 시행령 제29조 제6항도 신설(2013.2.15.) 전의 사건이고 쟁점도 명확하지 아니하다(존속법인이 2014.4.2. 부동산을 양도하여 납세의무성립 주체, 귀속시기, 세목 등이 쟁점).

수원지방법원과 대법원은 2012.1.3. 합병등기시점의 구 조특법 시행령 (적격합병의 경우 이월과세 계속 적용 규정이 신설된 2013.2.15. 이전의 것)을 적용한 것이다.

(2) 더구나, 「법원조직법」 제7조에 따라 정상적으로 심리한 것이 아니라 「상고심절차에 관한 특례법」 을 적용한 심리불속행 기각판결로서 기각이유나 선고를 하지 않은 약식판결이며, 일반적인 해석기준이 확립되어 있는 판결로 볼 수 없다.

(3) 국세청 소송사무처리규정 제30조 제1항 제1호에서 대법원 전원합의체 판결이 있거나 대법원에서 3회 이상 같은 판결을 한 경우 지방청장이 직권취소를 지시할 수 있다는 점을 보아도 심리불속행 기각판결 하나가 나왔다고 하여 이를 과세 근거로 삼을 수 없다.

(4) 가사, 백보양보하여 위 대법원 판결이 일반적인 해석기준이 확립되어 있는 판결로 본다고 하더라도, 청구사건의 적격합병등기일은 2020.11.2.로서 대법원 판결(2023.3.16.) 이전의 사건이므로 청구사건에는 적용할 수 없다.

5) 더하여, 전환법인이 적격합병으로 인해 합병법인에게 양도되었다고 하더 라도 양도되었기 때문에 무조건 법인세로 과세된다는 통지관서의 주장은 법적 근거가 없는 억지주장에 불과하며 그 법리적 이유는 다음과 같다.

가) 조특법 제32조 제1항은  "거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 법인으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다”고 규정하고,

제5항은, 제1항에 따라 설립된 법인의 설립등기일부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항을 적용받은 거주자가 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1항에 따른 이월과세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다 " 고 규정하면서

그 제1호는  "제1항에 따라 설립된 법인이 제1항을 적용받은 거주자로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우”를 들고 있다.

나) 위임명령인 조특법 시행령 제29조 제6항은  "법 제32조 제1항에 따라 설립되는 전환법인이 같은 조 제1항에 따른 현물출자의 방법으로 취득한 사업용 고정자산의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우 법 제32조 제5항 제1호에 따른 사업의 폐지로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다<개정 2013.2.15. 신설> 고 규정하면서 그 제2호에서  "전환법인이 「법인세법」 제44조 제2항에 따른 합병의 방법으로 자산을 처분한 경우”를 들고 있다.

따라서, 통지관서의 주장(적격합병은 자산의 양도)에 따르더라도, 조특법 시행령 제29조 제6항에 따라 전환법인이 현물출자 받은 자산을 1/2 이상인 2/2를 합병법인에게 처분(양도)한 행위는 사업의 폐지에 해당하고, 같은 항 단서 및 그 제2호에 따라 전환법인이 적격합병으로 자산을 처분한 것은 사업의 폐지로 보지 않으므로 추징대상이 되지 아니한다.

그렇다면, 위 조항이 이 사건과 무관하다는 통지관서의 주장은 법리를 오해한 억지주장일 뿐이다.

다) 기획재정부장관이 2013.1.18. 발간한 「2012년 세법개정 후속 시행령 개정」 책자의 조특법 시행령 제29조 제6항(2013.2.15. 개정시행)의 신설이유를 보면,

「중소기업구조조정 지원을 위해 중소기업간 통합 및 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세를 항구화하면서 사후관리 강화(통합ㆍ 법인전환 후 5년내 사업폐지 또는 주식의 50%이상 처분시 이월과세 배제)하되 부득이한 사유에 따른 사업폐지 또는 주식의 50% 이상 처분시와 적격합병 등은 이월과세 계속적용 조항을 신설함」 으로 대국민에게 알렸다.

6) 한편, 통지관서는 청구법인이 제시한 국세청 해석례에 대하여 전환법인이 법인으로 전환된 시점부터 5년 이내 피합병된(적격합병) 경우 사후관리규정인 조특법 제32조 제5항 및 조특법 시행령 제29조 제6항을 위반한 것인지, 납세의무자 개인사업자인지에 대한 답변이라고 주장하나, 이 주장 또한 조특법 제32조 제5항 및 조특법 시행령 제29조 제6항은 사후관리 주장이라는 반복적인 억지주장에 불과하고, 심판례(조심2018중5057, 2020.11.23.)은 대법원 2022두69223 판결로 폐기된 사례라고 주장하나, 이 심판례는 2014년 귀속으로 보아 개정된 조특법 시행령에 따른 것이고, 대법원 심리불속행 판결은 개정전의 조특법 시행령이 적용된 것이므로 파기되었다고 볼 수 없는 것이다.

3. 통지관서 의견

가. 개인 사업자가 법인으로 전환하면서 이월과세 신청을 한 경우 전환법인이 그 자산을 양도할 때, 양도소득세 상당액을 법인세로 납부하여야 한다.

1) 이월과세란 개인이 법인을 설립하면서 사업용 고정자산을 현물출자 등을 통하여 양도하는 경우 개인에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 해당 자산을 양도할 때 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다(조특법 제2조 제1항 제6호).

2) A는 개인사업자인 쟁점사업장을 법인으로 전환하면서 쟁점부동산을 현물출자하고 양도소득세 2,981백만원에 대하여 조특법 제32조에 따라 이월 과세를 신청하였는바, 전환법인인 청구법인은 A으로부터 현물출자받은 쟁점부동산을 양도하는 경우 이월과세 신청한 A의 양도소득세 상당액을 법인세로 납부하여야 한다.

나. 법률은 두 법인 간의 합병이 있을 시 피합병법인이 자신의 자산을 합병 법인에 양도한 것으로 정의하고 있다(「법인세법」 제44조제1항).

1) 「법인세법」 제44조제1항은  "피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다”라고 규정하여 법인 간 합병의 본질을 피합병법인 자산의 ‘양도’거래로 보고 있다.

2) 대법원도 이 건과 유사한 사안에서, 「법인세법」 제44조제1항은 법인 간 합병으로 인한 재산의 이동을 피합병법인 자산의 양도로 규율하고 있고, 「소득세법」 제88조제1호 본문이 규정하고 있는 양도의 원인들은 예시적인 것으로서 여기에 합병이 포함되지 못할 이유가 없으므로 합병으로 인한 법인 간 재산의 이동 역시 양도로서 조특법 제2조 제1항 제6호가 규정하고 있는 양도에 해당한다고 판시하였다(대법원 2023.3.16. 선고 2022두69223 판결 참조).

3) 따라서 청구법인이 2020.11.2. 합병을 원인으로 해산하며 쟁점부동산을 쟁점합병법인에 이전한 것을 자산의 양도로 보아 이월되었던 양도소득세 상당액을 법인세로 부과하는 처분은 법률과 대법원 판례에 따른 것으로 정당하다고 할 것이다.

다. 청구주장에 대한 반박

1) 관련법리(대법원 2023.3.16. 선고 2022두69223 판결)

조특법 제2조 제1항 제6호는 이월과세에 관하여 ‘법인이 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전 사업용고정자산 등을 같은 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 같은 법 제104조의 규정에 의한 양도소득산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것’이라고 규정하고 있으므로 법인이 사업용고정자산 등을 양도한 때에 과세이연이 종료되어 법인의 법인세 납부의무가 성립한다고 보아야 하고,

「법인세법」 제44조제1항은 법인 간 합병으로 인한 재산의 이동을 피합병법인 자산의 양도로 규율하고 있고, 「소득세법」 제88조제1호 본문이 규정하고 있는 양도의 원인들은 예시적인 것으로서 여기에 합병이 포함되지 못할 이유가 없으므로 합병으로 인한 법인 간 재산의 이동 역시 양도로서 조특법 제2조 제1항 제6호가 규정하고 있는 양도에 해당한다고 봄이 타당하다.

2) 이 건 적격합병이 조특법 제2조 제1항 제6호가 규정하고 있는 ‘양도’에 해당 하는지 여부와 조특법 제32조 제5항 ‘사업의 폐지’에 해당하는지 여부는 무관하다.

가) 이월과세의 종기(終期)인 ‘양도’(조특법 제2조 제1항 제6호)와 사후관리 규정의 위반 사유인 ‘사업의 폐지’(조특법 제32조 제5항)는 명백히 구별되는 개념이다.

나) 조특법 제2조 제6호는 그 과세이연의 종기를 ‘양수한 법인이 그 사업용고정 자산 등을 양도하는 경우’로 규정하고 있는 것인 반면,

(1) 조특법 제32조 제5항은  "제1항에 따라 설립된 법인의 설립등기일부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유(사업의 폐지)가 발생하는 경우에는 제1항을 적용받는 거주자가 사유발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1항에 따른 이월과세액을 양도소득세로 납부하여야 한다”고 하여 이월과세 적용 배제를 위한 사후관리 규정이고(이는 제재의 취지로 당초 양도인인 거주자에게 이월되었던 양도소득세를 부과하는 것이다).

(2) 조특법 시행령 제29조 제6항 제2호는  "전환법인이 「법인세법」 제44조 제2항에 따른 합병의 방법(적격합병)으로 자산을 처분하는 경우”에는 사업의 폐지로 보지 않도록 사후관리의 예외를 규정하고 있다.

(3) 정리하면 청구법인이 그 주장의 근거로 들고 있는 조특법 제32조 제5항, 조특법 시행령 제29조 제6항은 이월과세에 대한 ‘사후관리’(이월과세 적용 배제ㆍ 제재의 취지로 이월되었던 양도소득세를 당초 양도인인 거주자에게 부과)에 관한 규정일 뿐, 이 사건의 쟁점인 ‘과세이연의 종기’(이월과세 적용하여 이월되었던 양도소득세 상당액을 양수법인에게 법인세로 부과)와는 규정된 납세의무자조차 다른, 전혀 관련이 없는 조문이다.

(4) 그러므로 이 건 적격합병이 ‘사업의 폐지’에 해당하지 않는다는 청구 법인의 주장으로는 위 적격합병을 ‘양도’로 보아 과세하는 처분의 정당성을 부인할 수 없다.

다) 따라서 2013.2.15. 조특법 시행령에서 제29조 제6항 제2호가 신설된 이후 「법인세법」 제44조제2항의 적격합병이 ‘사업의 폐지’에는 해당하지 않으므로 조특법 제32조 제5항에 따라 당초 양도인인 A는 양도소득세를 부과받는 제재는 받지 않으면서도, 합병이 ‘양도’에는 해당하므로 조특법 제32조 제1항 및 제2조 제1항 제6호에 따라 이월과세제도의 취지대로 청구법인이 법인세를 납부 해야 하는 것이다.

3) 청구법인이 제시한 국세청 해석례와 심판례는 구체적 사실관계와 적용 규정이 이 건과 다르거나 파기된 결정례이다.

가) 청구법인이 제시하는 국세청 해석례(서면-부동산-2015-1906, 2016.8.11.. 서면-2016-법령해석재산-3439, 2017.3.30.), 조세심판원 심판례(조심2017서2931, 2017.11.20.)는 그 내용을 살펴보면,

(1) 해당 사례의 당사자인 전환법인이 법인으로 전환된 시점부터 5년 이내 피합병(적격합병)된 경우 ① 사후관리 규정인 조특법 제32조 제5항, 조특법 시행령 제29조 제6항을 위반한 것인지, ② 이에 따라 납세의무자가 법인 전환 전의 개인인지 여부에 대하여 답변한 예규이고, 유사한 사실관계에서 전환법인의 합병을 사후관리 위반으로 보아 법인전환 전 개인 사업자에게 과세한 처분에 불복하여 심판 청구한 사례이다.1)

(2) 반면 이 건은 앞서 살펴본 바와 같이 전환법인이 피합병된 것을 양도라고 보아 합병된 그 시점에 조특법 제2조 제6호에 따라 전환법인에게 법인세를 과세 하고자 하는 것이어서 위 예규, 심판례와 사실관계, 쟁점 및 적용 규정이 모두 다르다.

나) 그 외에 청구법인 주장의 주요 근거가 되는 조세심판원 심판례(조심 2018중5057, 2020.11.23.)의 결정 내용은 비록 청구법인 주장과 일치2)하나 그 후에 진행되었던 1심부터 최종심까지 모든 단계에서 일관되게 법리가 부인되어 파기되었던 사례3)이다.

다) 따라서 이 건과 사실관계 및 적용 규정을 달리하는 해석례와 심판례 및 파기된 심판례의 법리를 인용한 청구법인의 주장은 부당하다고 할 것이다.

4) 법령의 오인은 세법상 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는다.

가) 세법상 가산세는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있는 등 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없지만(대법원 2002.8.23. 선고 2022두66 판결 참조),

가산세는 일종의 행정상의 제재에 해당하므로, 납세자의 고의ㆍ과실은 고려 되지 아니하고 법령의 부지 또는 오인은 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는다(대법원 2017.11.23. 선고 2017두54586 판결, 대법원 2013.5.23. 선고 2013두1829 판결 참조).

나) 따라서 청구법인이 기존에 생성된 국세청 해석례를 통해 전환법인이 피합병된 경우에는 이월과세 받은 양도소득세 산출세액 상당액을 법인세로 납부 해야 하는 것을 충분히 알 수 있었던 점(법인세과-1025, 2011.12.23.), 청구법인이 신설된 조특법 시행령 제29조 제6항 제2호 사후관리 규정이 이 건에 적용되는 것으로 착오하여 이 건 적격합병이 사업의 폐지에 해당하지 않아 이월된 양도 소득세의 추징 대상이 아닌 것으로 최종 판단하였고, 결과적으로 법인세를 납부하지 아니한 사실은 청구법인의 법령에 대한 오인에서 비롯된 것인 만큼 판례에 따를 때 정당한 사유로 인정되지 않는 점을 모두 고려할 때 청구법인에게 과소신고 및 납부지연가산세를 부과하는 것은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

현물출자로 설립된 청구법인이 적격합병으로 소멸되는 경우 사업용 고정자산을 양도한 것이 아니므로 현물출자자의 이월과세된 양도소득세 상당액을 법인세로 과세하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

1) 조세특례제한법 제2조【정의】(2020.12.29. 법률 제17759호로 일부개정 되기 전의 것)

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

6. " 이월과세(移越課稅)" 란 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 " 종전사업용고정자산등" 이라 한다)을 현물출자(現物出資) 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는 「소득세법」 제94조에 따른 양도소득에 대한 소득세(이하 " 양도소득세" 라 한다)를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용 고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전사업용고정자산등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 같은 법 제104조에 따른 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다.

② 제1항에 규정된 용어 외의 용어에 관하여는 이 법에서 특별히 정하는 경우를 제외하고는 제3조 제1항 제1호부터 제19호까지에 규정된 법률에서 사용하는 용어의 예에 따른다.

1-1) 조세특례제한법 제3조【조세특례의 제한】

① 이 법, 「국세기본법」 및 조약과 다음 각 호의 법률에 따르지 아니하고는 조세특례를 정할 수 없다.

1. 「소득세법」

2. 「법인세법」

1-2) 소득세법 제88조【정의】(2020.12.29. 법률 제17757호로 일부개정되기 전의 것)

이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. " 양도" 란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상(有償)으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 부담부증여(負擔附贈與)의 채무액에 해당하는 부분은 양도로 보며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 에는 양도로 보지 아니한다.

가. 「도시개발법」 이나 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 보류지(保留地)로 충당되는 경우

나. 토지의 경계를 변경하기 위하여 「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」 제79조에 따른 토지의 분할 등 대통령령으로 정하는 방법과 절차로 하는 토지 교환의 경우

1-3) 법인세법 제44조【합병 시 피합병법인에 대한 과세】(2020.12.22. 법률 제17652호로 일부개정되기 전의 것)

① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병 법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액

2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 " 순자산 장부가액" 이라 한다)

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 " 적격합병" 이라 한다)의 경우에는 제1항제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령 으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호ㆍ제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격합병으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것.(단서 생략)

2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다)의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일 까지 그 주식등을 보유할 것

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인 으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

4. 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자 중 합병법인이 승계한 근로자의 비율이 100분의 80 이상이고, 합병 등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지할 것

2) 조세특례제한법 제32조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】

① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ 양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영 하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월 과세를 적용받을 수 있다.

⑤ 제1항에 따라 설립된 법인의 설립등기일부터 5년 이내에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 제1항을 적용받은 거주자가 사유 발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1항에 따른 이월과세액(해당 법인이 이미 납부한 세액을 제외한 금액을 말한다)을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 사업 폐지의 판단기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 제1항에 따라 설립된 법인이 제1항을 적용받은 거주자로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

2. 제1항을 적용받은 거주자가 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우

2-1) 조세특례제한법 시행령 제29조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월 과세】(2020.12.29. 대통령령 제31295호로 일부개정되기 전의 것)

⑥ 법 제32조 제1항에 따라 설립되는 법인(이하 이 조에서 " 전환법인" 이라 한다)이 같은 조 제1항에 따른 현물출자 또는 사업 양도ㆍ양수의 방법으로 취득한 사업용고정자산의 2분의 1이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우 법 제32조 제5항 제1호에 따른 사업의 폐지로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다.

2. 전환법인이 「법인세법」 제44조제2항에 따른 합병, 같은 법 제46조제2항에 따른 분할, 같은 법 제47조제1항에 따른 물적분할, 같은 법 제47조의2제1항에 따른 현물출자의 방법으로 자산을 처분한 경우

⑦ 법 제32조 제5항 제2호의 처분은 주식 또는 출자지분의 유상이전, 무상이전, 유상감자 및 무상감자(주주 또는 출자자의 소유주식 또는 출자지분 비율에 따라 균등하게 소각하는 경우는 제외한다)를 포함한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 해당 거주자가 「법인세법」 제44조제2항에 따른 합병이나 같은 법 제46조제2항에 따른 분할의 방법으로 주식 또는 출자지분을 처분하는 경우

다. 사실관계

1) 일자별 사건흐름 요약

2). A의 쟁점부동산 현물출자 및 양도소득세 이월과세

가) A이 2019.8.1. 청구법인에 현물출자한 쟁점부동산의 세부내역은 다음과 같이 토지 3필지 9,158.2㎡, 건물 2동 9,117.19㎡, 합계 18,275.39㎡이며, 현물출자 당시 감정평가한 가액은 13,415,894,480원이다

<쟁점부동산 내역>

나) A는 다음과 같이 쟁점부동산 13,415,894,480원, 현금출자 20억원 등 13,073,000,000원을 출자하여 청구법인을 설립하고 발행주식 2,614,600주(지분 100%, 액면가 @5,000원)를 취득하였다.



다) A는 2019.10.17. 쟁점부동산 양도에 대하여 양도가액 13,415,894,480원, 취득가액 3,096,366,218원으로 하여 양도소득세를 2,981,154,077원으로 신고하면서 조특법 제32조의 규정에 의한 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세를 신청 하여 과세를 이연받았다.

2) 청구법인의 설립, 법인세 신고 및 합병 등

가) 청구법인은 A의 현물출자로 2019.8.1. 설립되어 부동산임대업을 영위하다가 1993.7.20. 설립 이후 경남 B시에서 부직포 제조업을 영위하는 쟁점합병법인에 2020.11.2. 흡수합병되었으며, 청구법인과 쟁점합병법인의 법인세 신고내역은 다음과 같다.

<청구법인의 2019～2020사업연도 법인세 신고>

<쟁점합병법인의 2019～2021사업연도 법인세 신고>

나) 쟁점합병법인은 2020.8.31. 청구법인과 「합병계약서」 (이하  "쟁점합병 계약서”라 하며 문맥에 따라  "쟁점합병계약”이라고도 한다)를 체결하였으며, 이에 따라 쟁점합병법인은 존속하고 청구법인은 해산하게 되었다.

(1) 쟁점합병계약에 따라 2020.6.30. 현재의 청구법인의 순자산가액 9,594,282,360원을 기초로 합병비율 1:0.37179(청구법인 주식 1주에 대하여 쟁점합병법인의 주식 0.37179주 교부)을 산정하였으며, A는 쟁점합병법인의 주식 711,829주를 취득하였다

(2) A는 쟁점합병 결과 쟁점합병법인의 발행주식 791,482주(98.11%)를 보유하게 되었으며, 주주별 지분내역은 다음과 같다.

<쟁점합병법인의 주식수 변동내역>

(3) 청구법인과 쟁점합병법인은 쟁점합병을 「법인세법」 제44조제2항에 따른 ‘적격합병’으로 처리하였으며, 쟁점부동산은 2020.12.8. 쟁점합병법인으로 소유권 이전등기(등기원인: 2020.11.2. 회사합병)되었다.

4) 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세 개정 이력

가) 이월과세의 용어를 정의하고 있는 조특법 제2조의 개정이력은 다음과 같으며, 1997.12.13. 조문 신설 당시 현물출자 등을 통하여 사업용고정자산을 양수한 법인이 이를 양도하는 경우 양수한 법인의 양도가액을 기준으로 법인의 특별 부가세로 과세하였으나, 2001.12.31. 특별부가세 폐지에 따른 조문정비를 통해 현물출자 당시 양도자의 양도소득 산출세액 상당액을 양수한 법인의 법인세로 납부하도록 변경되었다.

<조특법 제2조 제1항 제6호의 ‘이월과세’ 개정 이력>

나) 법인전환이월과세를 정의하고 있는 조특법 제32조의 개정이력은 다음과 같으며, 1987.11.28. 신설된 양수법인 추징규정과 1989.12.30. 신설된 개인 추징규정은 1997.12.13. 일괄 삭제되었다가 2011.12.31. 양수법인이 5년 이내 사업폐지 시 개인에게 양도소득세를 추징하는 규정이 신설되었다.

<조특법 제32조 개정 이력>

다) 법인전환이월과세와 관련된 조특법 시행령 제29조의 개정이력은 다음과 같으며, 1987.5.16. 양수법인과 개인에 대한 추징조항이 삭제되었다가 2012.2.2. 개인에 대한 추징규정이 신설되었으며 2013.2.5. 양수법인이 적격합병에 따라 고정자산을 처분하는 것은 개인에게 양도소득세를 추징하는 ‘사업폐지’에 해당 하지 않는다는 규정을 추가하였다.

<조특법 시행령 제29조 개정 이력>

라. 판단

1) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

가) 관련 법리

(1) 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세 특례는 현물출자를 통해 얻은 양도차익은 양도소득세의 과세대상이 됨이 원칙이나(「소득세법」 제4조 제1항 제3호, 제88조 제1호), 현물출자가 널리 이용되는 구조조정 방법의 하나라는 점을 고려하여 일정한 요건을 갖추어 현물출자한 경우, 거주자에게는 그 사업용 고정자산에 대한 양도소득세를 과세하지 않고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 고정자산을 양도하는 경우 개인이 종전사업용 고정자산 등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하도록 하는 제도이다.

이러한 과세특례는 개인기업의 법인기업으로의 전환 내지 구조조정을 촉진 하기 위한 것이다. 일반적으로 개인기업에 비하여 법인기업이 기업의 영속성과 발전성이 강하고, 법인전환을 통하여 기업의 대외신용도를 높일 수 있으며, 자본조달의 원활화ㆍ 다양화가 가능함과 동시에 회계가 투명하여 세수 증대를 기대할 수 있기 때문이다(헌법재판소 2017.7.27. 선고 2016헌바275 결정 참조).

(2) 한편, 법인전환에 따라 양도소득세를 이월과세하는 특례를 적용함에 있어서, 이러한 특례를 적용받은 거주자가 법인 전환 후 단기간 내에 당해사업을 폐지하거나 당해 현물출자자산을 처분하거나 법인전환으로 취득한 주식 내지 출자 지분을 처분하는 등 그 경제적 실질에 변화가 생기게 되면, 경영의 발전성 및 영속성을 위한 법인기업으로의 전환 내지 구조조정 촉진이라는 이월과세 특례 제도의 목적이 상실되는 것이고 오히려 이월과세 제도가 조세회피수단으로 악용될 소지가 있으므로 조세특례에 따른 효과를 배제하는 ‘사후관리 규정’을 두게 되었다(헌법재판소 2017.7.27. 선고 2016헌바275 결정 참조).

나) 청구법인이 적격합병으로 소멸되면 이월과세된 양도소득세 상당액을 법인세로 납부하여야 하는지에 대한 판단

청구법인은 당초 현물출자로 설립되었다가 적격합병으로 소멸된 것일 뿐, 당초 A이 현물출자한 사업용 고정자산을 처분한 것이 아니므로 청구법인에게 이월과세된 양도소득세 상당액을 법인세로 과세하려는 이 건 통지는 부당하다고 주장하나, 다음과 같은 이유에서 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

첫째, 「법인세법」 제44조 제1항은 ‘피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다’라고 규정하고 있다. 이와 같이 「법인세법」 제44조 제1항은 법인 간 합병으로 인한 재산의 이동을 피합병 법인 자산의 양도로 규율하고 있고, 「소득세법」 제88조 제1호 본문이 규정하고 있는 양도의 원인들은 예시적으로 들고 있는데, 여기에 합병이 포함되지 못할 이유가 없으므로 합병으로 인한 법인 간 재산의 이동 역시 양도로서 조특법 제2조 제1항 제6호가 규정하고 있는 ‘고정자산 등을 양도하는 경우’에 해당한다고 봄이 타당하다(수원지방법원 2022.1.13. 선고 2021구합62608 판결 참조, 이후 2023.3.16. 대법원 심리불속행(2022두69223)으로 종결됨).

둘째, 「법인세법」 제44조 제2항이 적격합병의 경우에는 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다는 특례를 규정하고 있기는 하지만, 이는 합병으로 인한 법인 간 재산의 이동이 양도에 해당한다는 것을 전제로 한 특례규정이므로 위와 같은 해석을 부정할 근거가 되지 못한다 하겠다(수원지방법원 2022.1.13. 선고 2021구합62608 판결 참조).

셋째, A이 쟁점부동산을 현물출자하여 청구법인으로 법인전환하였고, 청구법인이 다시 쟁점합병법인과 적격합병하여 소멸되면서 쟁점부동산 소유권이 쟁점합병법인으로 이전되었는바, 이는 청구법인이 소유하고 있던 쟁점부동산이 쟁점합병법인으로 양도된 것에 해당하므로 조특법 제2조 제1항 제6호에 따라 청구법인이 이월과세된 A의 양도소득세 상당액을 법인세로 납부함이 타당하다.

넷째, 청구법인은 적격합병의 경우 사업의 폐지에 해당하지 않는다는 조특법 시행령 제29조 제6항 제2호를 들어 이 건 통지가 부당하다고 주장하나, 동 조항은 당초 쟁점부동산의 소유자인 A에게 이월과세된 양도소득세를 추징하지 않는 예외사항을 규정한 것일 뿐이므로 청구법인이 쟁점부동산을 쟁점합병법인에 양도한 것으로 보아 법인세를 과세하겠다는 이 건에는 적용하기 어렵다.

다) 한편, 청구법인은 이 건 통지가 적법하여 법인세가 과세되더라도 가산세를 부과하는 것은 부당하다고 주장한다.

(1) 세법상 가산세는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있는 등 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없지만, 가산세는 일종의 행정상의 제재에 해당하므로 납세자의 고의ㆍ과실은 고려 되지 아니하고 법령의 부지 또는 오인은 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는다(대법원 2013.5.23. 선고 2013두1829 판결 등 참조).

(2) 청구법인이 유권해석례(법인세과-1221, 2009.11.5., 법인세과-1025, 2011.12.23.)를 통하여 청구법인이 피합병된 경우에는 이월과세 받은 양도소득세 상당액을 법인세로 납부해야 하는 것을 충분히 알 수 있었던 보이는 점, 조특법 시행령 제29조 제6항 제2호는 이월과세가 적용된 개인 양도소득세에 대한 사후관리 규정이기 때문에 이 건에 적용될 수 없음에도 청구법인이 착오로 적격합병이 사업의 폐지에 해당하지 않으므로 이월과세가 적용된 양도소득세 상당액 역시 법인세로 납부하지 않아도 되는 것으로 오인한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다고 판단된다.

2) 따라서, 통지관서가 청구법인이 흡수합병(피합병)으로 소멸되면서 쟁점부동산이 쟁점합병법인으로 양도된 것으로 보아 이월과세된 양도소득세 상당액을 법인세로 과세예고(가산세 포함)한 이 건 통지는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결론

이 건 과세전적부심사청구는 심리결과 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 「국세기본법」제81조의15 제5항 제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1) 이에 대하여 국세청은 적격합병은 사후관리 규정을 위반한 것이 아니므로 개인사업자에게 양도소득세를 추징하지 않는 것으로 회신하고, 조세심판원도 그와 동일한 취지로 인용 결정함

2) 전환법인이 합병된 시점이 아니라 전환법인을 합병한 법인이 그 사업용 자산을 양도한 시점에 그 법인에게 법인세 과세하는 것으로 결정함

3) 통지관서가 인용한 대법원 판례(대법원 2023.3.16. 선고 2022두69223 판결)의 전심에 해당함