심판청구를 기각한다.

1. 처분개요



가.청구인은 2003.11.17. 경기도 하남시 OOO 토지(이하  "쟁점토지1”이라 한다)를 취득하여 2009.1.28. 그 지상에 건물(지상 3층, 연면적 556.8㎡ 규모이고, 이하  "쟁점건물1”이라 한다)을 신축하고, 2011.5.13. 같은 동 342-9 토지(이하  "쟁점토지2”라 한다)를 취득하여 2011.6.28. 그 지상에 건물(지상 2층, 연면적 993.79㎡ 규모이고, 이하  "쟁점건물2”, 쟁점건물2와 합하여  "쟁점건물”이라 한다)을 신축한 다음, 쟁점건물에서 각각 부동산임대업을 영위하다가, 2022.12.27. 쟁점건물을 양도하고, 2023.2.10. 그 취득가액을 「소득세법」 제97조 제1항 제1호 나목에 따른 환산취득가액인 합계 OOO원으로 하여 2022년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였다.



나.서울지방국세청장(이하  "감사관서”라 한다)이 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점건물을 신축하면서 이에 관한 세금계산서를 수취하고 부동산임대업의 부가가치세 신고시 고정자산 매입금액을 포함한 사실을 확인하고 처분지시를 하자, 처분청은 이에 따라 청구인이 당초 신고한 쟁점건물의 환산취득가액을 부인하고 실지취득가액을 ＜별지1＞ 기재와 같이 OOO원으로 하여, 2025.5.23. 청구인에게 2022년 귀속 양도소득세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 각각 경정ㆍ 고지하였다.



다. 청구인은 이에 불복하여 2025.6.10. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구인 주장 및 처분청 의견



(1)쟁점건물의 취득가액은 청구인이 장부 등이 없는 것으로 보아 당초 신고시 적용한 환산취득가액으로 보아야 한다.



①쟁점건물의 신축시기는 15년 이상 전인데 납세자가 현재까지 그 당시의 금융거래 내역 등 거래증빙을 갖추어 두고 있어서 쟁점건물의 양도시 이를 근거로 실지거래가액으로 신고할 것을 기대하기란 어려운 점, ②납세자가 장부에 자산가액을 기재하였다 하더라도 이를 실지거래가액으로 확정하거나 납세자를 기속하는 효력은 없다 할 것인바(대법원 1988.2.9. OOO 판결, 같은 뜻임), 설령 청구인이 쟁점건물의 취득 당시 그 취득가액에 관한 제세신고를 하였다 하더라도 그 신고가액에는 보증금의 상계, 추가 공사비용 등 다양한 부동산 거래에 소요된 금액이 반영되었다고 볼 수 없으므로 쟁점건물의 실지거래가액으로 보는 결정적인 증거가 될 수 없고 납세자인 청구인으로서는 위 제세신고가액과 다른 주장을 할 수 있는 점, ③청구인은 쟁점건물의 취득 당시 제세신고한 가액이 실지거래가액이 달라서 이에 근접하는 환산취득가액으로 당초 양도소득세 예정신고를 하였음에도, 처분청이 그 객관성을 배제한 채로 그 취득가액의 일부인 위 제세신고가액만을 객관적인 가액이라 하여 실지거래가액으로 보고 나머지 금액에 대해서는 납세자인 청구인으로 하여금 오래 전의 증빙을 탐색하여 제출하도록 강요하는 것은 조세법률주의 및 납세자의 예측가능성과 법적안정성을 저해하는 것이라 할 것인 점 등을 감안하면, 처분청에서 청구인이 당초 예정신고시 적용한 쟁점건물의 환산취득가액을 부인하고 청구인의 제세신고가액을 실지거래가액으로 본 이 건 처분은 위법ㆍ 부당하다.



(2)(예비적으로) 설령 쟁점건물의 취득가액을 실지거래가액으로 산정해야 하더라도 OOO원을 쟁점건물2의 취득가액에 포함하여야 한다.



쟁점토지2의 소유자였던 B은 2010.6.14. 그 지상에 쟁점건물2를 신축하기 위한 허가를 받아 2010.8.17. 시공사인 A 주식회사(이하  "A”이라 한다)로 하여금 그 건축공사의 착공을 하도록 하였는데, 2011.2.7. A이 B의 공사대금 지급 지연으로 쟁점토지2를 압류하였다. 한편 2011.4.11. B은 C에게 신축 중인 쟁점건물2를 포함하여 쟁점토지2를 OOO원에 양도하기로 하는 매매계약을 체결하고 특약으로  "쟁점건물2의 건축주를 변경(B→C)하기로 하면서 건축사와 계약한 비용 외의 비용은 매수인인 C이 부담하기로 하며 계약금 OOO원 중 OOO원은 계약일에, 나머지 OOO원은 2011.4.15.에 수수”하기로 하였는데, C은 해당 특약에 따라 2011.4.15. 양도인인 B 대신에 A에게 OOO원을 지급하였다(해당 사실은 A이 발급한 입금증을 통해 입증된다). 또한 2011.4.25. C은 청구인의 부친인 D과 전세보증금을 OOO원으로 하여 쟁점건물2에 관한 임대차계약을 체결하고, 그 다음날인 2011.4.26. 쟁점건물2의 건축주가 B에서 C으로 변경되었으나, 위 B과 C의 위 매매계약은 C의 자금부족으로 해지되어서, 청구인은 같은 날인 2011.4.26. A과 쟁점건물2에 관한 공사도급계약을 계약금액 OOO원에 체결하면서 특약으로  "청구인이 기존 기성고의 50% 공사대금을 인수하되, 계약금 OOO원 외 잔금을 위 D이 C과 체결한 임대차계약시 지급한 전세보증금 3억원과 대체”하기로 하였고, 2011.5.2. 청구인이 B으로부터 쟁점토지2만을 OOO원에 취득하는 내용의 매매계약을 체결하였다. 이러한 거래흐름 및 아래와 같은 사실관계와 관련 증빙에 의하면 OOO원을 쟁점건물2의 실지취득가액에 포함하여야 한다.



(가)청구인은 2011.5.13. C(B으로부터 쟁점토지2의 소유권과 쟁점건물2의 건축주 지위를 승계하려 한 사람)이 부담한 쟁점건물2의 건축비 OOO원 중OOO원(이하  "쟁점금액1”이라 한다)을 보전하여 주었다.



앞서 제시하였듯이 C은 B으로부터 쟁점건물2의 건축주 지위를 승계하기로 하면서 B에게 지급할 계약금 OOO원(쟁점토지2의 소유권과 쟁점건물2의 건축주 지위의 매매대금 OOO원 중 계약금OOO원의 일부) 중 OOO원을 B 대신에 A에게 지급하였고 위 OOO원은 C이 부담한 쟁점건물2의 건축비에 해당한다. ①이는 처분청이 쟁점건물2의 취득가액으로 인정한 도급공사의 계약금액 OOO원과 위 C이 부담한 공사대금인 OOO원을 합한 금액이 OOO원인데, 해당 금액은 2011.4.11. B과 C 간에 체결된 ‘쟁점토지2의 소유권과 쟁점건물2의 건축주 지위’에 관한 매매계약대금(OOO원)과 2011.5.2. B과 청구인 간에 체결된 ‘쟁점토지2의 소유권’에 관한 매매계액대금(OOO원)의 차액인 OOO원과 유사하다는 점에서 적정한 쟁점건물2의 건축비임이 뒷받침된다. ②또한 앞서 제시하였듯이 이러한 사실관계는 2011.4.11. B과 C 간에 체결된 위 매매계약의 특약(매수인인 C이 건축사와 계약한 금액 외의 비용을 부담하고 계약금 중 OOO원을 2011.4.15. 수수하기로 한다는 것)으로 뒷받침된다. 다만 청구인이 2011.5.2. B과 청구인 간에 체결된 위 매매계약을 통해 위 C이 부담한 건축비 OOO원을 승계한다는 명문 규정을 두지 않았고, 청구인이 보전해 준 금액 중 일부에 대해서만 금융증빙을 보관 중이어서 쟁점금액1에 대해서만 이 건 심판청구시 쟁점건물2의 실지거래가액으로 인정해 줄 것을 주장하는 것이다. 그리고 청구인이 C에게 청구인 본인 명의가 아니라 B 명의로 쟁점금액1을 송금한 것은 C이 B으로부터 쟁점토지2의 소유권과 쟁점건물2의 건축주 지위를 승계한 청구인에게 위 OOO원의 지급을 요구할 수 있었기 때문이다. ③나아가 쟁점금액1이 C에게 보전한 쟁점건물2의 건축비 상당이라는 점은 C이 A에게 OOO원을 입금한 날(2011.4.15.)과 청구인이 B 명의로 윤석원에게 쟁점금액1을 입금한 날(2011.5.13.)이 비슷하다는 사실로 충분히 짐작할 수 있다.



한편 ①처분청은 A이 C에게 발급해 준 입금증의 작성 방식(컴퓨터 또는 수기로 작성되었다는 것)을 문제삼아 C의 쟁점건물2 신축대금 OOO원 지출사실을 인정할 수 없다는 의견이나, 입금증은 쉽게 발급되지 않는 것일 뿐만 아니라 그 형식은 수취자의 인장이 중요한 것이므로 처분청의 의견은 부당하다. ②또한 처분청은 B이 C의 계약 해지로 계약금인 OOO원 상당을 C에게 돌려주지 않아도 되었으므로 청구인과 쟁점토지2의 매매계약을 할 때는 C과의 쟁점토지2의 계약금액(OOO원에서 쟁점건물2의 도급공사대금OOO원을 차감한 OOO원 상당)보다 더 낮은 금액으로 청구인과 계약할 유인이 있었다는 의견이나, 이는 양도인인 B의 계약 미이행에 따른 위약금 지급 의무 등을 감안하지 않은 추정일 뿐이므로 부당하다.



(나)청구인은 2011.7.5. A에게 쟁점건물2의 추가 공사비로 OOO원(이하  "쟁점금액2”, 쟁점금액1과 합하여  "쟁점금액”이라 한다)을 송금하였다.



청구인은 2011.7.5. A에게 쟁점건물2의 추가 공사(상수도 및 도시가스 인입, 건축주 명의의 분담금 및 제세공과금, 경계측량 등) 명목으로 쟁점금액2를 송금하였다(이는 청구인 명의의 예금계좌 거래내역을 통해 입증된다). A은 B의 쟁점건물2 건축비 미지급을 이유로 쟁점토지2를 압류하여서 B과 B으로부터 건축주 지위를 승계한 청구인과 원만한 관계가 아니었음을 감안하면 청구인이 아무런 이유 없이 A에게 쟁점금액2를 송금할 이유가 없는 점, 그 송금시기가 쟁점건물2의 준공일(2011.6.28.) 이후인 점 등을 감안하면 쟁점금액2는 처분청이 쟁점건물2의 취득가액으로 인정한 공사도급금액 외의 추가 공사대금으로 봄이 타당하다.



나. 처분청 의견



(1)쟁점건물의 취득가액은 청구인이 쟁점건물의 취득시 제세신고한 대로 실지취득가액으로 보아야 한다.



과세관청은 납세자가 부가가치세 등 제세신고시 제출한 세금계산서, 도급계약서 등의 증빙을 근거로 양도자산의 취득가액을 산정할 수 있고(조심 2018중400, 2018.5.29., 조심 2019부3147, 2020.5.4. 등, 같은 뜻임), 취득 관련 증빙서류로 취득가액이 확인되는 때에 한하여 그것과 일치하는 장부가액만을 실지취득가액으로 인정할 수 있다고 볼 것이 아니라 반드시 취득과 관련한 증빙서류에 의하지 않더라도 장부의 기재를 실지취득가액이라고 볼 수 있는 상당한 사정이 과세관청에 의해 증명되면 족하다 할 것인데, 그러한 상당한 사정이 증명된 때에는 장부가액을 부인하려는 납세자 측에서 그 장부의 기재가 실지거래가액과 다르다거나 장부를 실제와 다르게 기재한 납득할 만한 이유를 밝혀 장부가액을 실지거래가액으로 인정할 수 없는 사정을 증명하여야 하는바(서울고등법원 2014.5.28. 선고 2013누53389 판결, 같은 뜻임), 처분청은 청구인이 쟁점건물의 취득 당시 시공사로부터 발급받은 세금계산서 및 부가가치세 등 제세신고 내역상의 취득가액을 쟁점건물의 양도시 실지취득가액으로 하여 청구인의 양도소득을 경정하였으므로 이 건 처분은 적법ㆍ 정당하다.



(2) 청구인이 제세신고한 쟁점건물의 취득가액 외에 쟁점금액을 지출한 사실이 입증되지 않았으므로 그 취득가액에 추가할 수 없다.



(가) 쟁점금액1은 청구인이 쟁점건물2의 건축비로 지출된 사실이 입증되지 않았다.



청구인은 쟁점건물2의 실지취득가액이 2011.4.11.자 B과 C의 쟁점토지2의 소유권 및 쟁점건물2의 건축주 지위에 관한 매매계약금액(OOO원)과 2011..5.2.자 B과 청구인의 쟁점토지2의 소유권에 관한 매매계약금액(OOO원)의 차이가 623백만원 상당이고 이는 처분청이 인정한 건축비(OOO원)에 청구인이 C에게 보전해 준OOO원을 합한 OOO원 상당과 유사한 등을 이유로 위 보전액 중 금융증빙이 있는 쟁점금액1을 쟁점건물2의 실지취득가액에 포함하여야 한다고 주장하나, ①2011.5.2.자 B과 청구인의 쟁점토지2의 소유권에 관한 매매계약서를 보면 그 계약대금(OOO원)은 청구인이 A로부터 발급받은 매입세금계산서의 공급가액과 동일한 것으로 기재되어 있고 특약에도 ‘기존 기성고 50% 공사대금을 발주자가 인수하고 세금계산서도 준공시점에 발급해 준다’고만 기재되어 있을 뿐 쟁점건물2의 건축비에 관한 내용이 전혀 기재되어 있지 않은 점, ②청구인이 쟁점금액1의 지급에 관한 증빙으로 제출한 입금확인증에는 송금인이 청구인이 아니라 B이고 위 입금확인증 외에 그 지급원인을 알 수 있는 증빙이 제출되지 않아서 어떤 명목으로 그 지급이 된 것인지 알 수 없는 점, ③2011.4.11.자 B과 C의 매매계약서에는 ‘매수인이 계약금을 포기하고 본 계약을 해지할 수 있다’고 기재되어 있어서 양도인인 B 입장에서는 양수인인 C의 귀책에 의해 매매계약이 해제되어 이미 수취한 계약금을 돌려주지 않아도 되고 A의 압류로 쟁점토지2가 강제경매될 수도 있었던 상황이었으므로, 2011.5.2. 청구인과 쟁점토지2에 대한 매매계약을 할 때에는 2011.4.11.자 계약금액(쟁점건물2의 건축주 지위를 포함한 계약금액이 OOO원이었다)에서 2011.4.26.자 청구인과 A의 쟁점건물2의 공사도급계약금액(OOO원)을 제외한 금액(OOO원)보다 낮은 계약금액을 받아들일 수도 있었을 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구인이 C에게 쟁점금액2의 공사비를 보전할 목적으로 지출하였다는 청구주장을 인정할 수 없다.



(나) 쟁점금액2는 청구인의 송금사실 외에 어떤 명목으로 지출되었는지에 대한 입증이 되지 않았다.



청구인은 쟁점건물2의 취득과 관련하여 A로부터 공사비로 OOO원을, 설계자이자 공사감리자(OOO)로부터 설비비와 감리비로 OOO원을 각각 공급가액으로 하는 매입세금계산서를 발급받았는바, 처분청은 위 공사비를 쟁점건물의 취득가액으로, 나머지를 기타 필요경비로 하여 쟁점건물2의 양도시 그 실지취득가액으로 보고 이 건 처분을 하였다. 이 건 처분의 적법ㆍ 정당성은 청구인이 쟁점건물2의 신축 후 관할 지방자치단체에 취ㆍ 등록세 과세표준의 신고시 그 취득가액을 위 매입세금계산서 상의 공급가액 합계(OOO원)와 유사한 금액(OOO원)으로 신고하고, 종합소득세 신고시 쟁점건물2의 재무제표상 장부가액을 위 매입세금계산서 상의 공급가액 합계로 계상한 사실로 뒷받침된다.



청구인은 쟁점금액2를 쟁점건물2의 추가 공사비로 지출하였다고 주장하나, 이에 관한 계약서 및 세금계산서 등 적격 증빙이 제출되지 않아서 쟁점금액2가 청구인이 A로부터 기발급받은 매입계산서상의 공급가액과 별도로 지출된 것으로 인정할 수 없다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



①쟁점건물의 취득가액을 청구인이 당초 신고한 환산취득가액(OOO원)으로 보아야 한다는 청구주장의 당부



②(예비적으로)쟁점건물의 취득가액을 실지거래가액(OOO원)으로 산정해야 하더라도 쟁점금액(OOO원)을 쟁점건물2의 취득가액에 포함해야 한다는 청구주장의 당부



나. 관련 법령 : ＜별지2＞ 기재



다. 사실관계 및 판단



(1) 처분청이 확인한 사실관계는 아래와 같다.



(가)쟁점건물의 건축물대장 및 등기사항전부증명서에 의하면 청구인은 쟁점건물1과 쟁점건물2를 2009.1.28. 및 2011.6.28. 각 취득하였고, 쟁점건물2의 건축허가는 2010.6.14., 신축공사의 착공은 2010.8.17., 그 사용승인일은 2011.6.28.이며 설계자와 공사감리자는 E, 공사시공자는 A로 기재되어 있다. 한편 국세청 전산자료에 의하면 청구인은 쟁점건물1과 쟁점건물2에서 각각 2008.12.9. 및 2011.6.13. 개업하여 부동산임대업을 영위하였다가 2022.12.31. 폐업한 것으로 나타난다.



(나)청구인은 2022.12.27. 쟁점건물을 양도하고 2023.2.10. 그 취득가액을 환산취득가액인 OOO원으로 하여 2022년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였으나, 처분청은 감사관서에서 청구인이 쟁점건물을 신축하면서 아래와 같이 이에 관한 세금계산서를 수취하고 부동산임대업의 부가가치세 신고시 고정자산 매입금액을 포함한 사실을 근거로 한 처분지시에 따라 쟁점건물의 취득가액을 ＜별지1＞ 기재와 같이 실지거래가액인 OOO원으로 감액하여 청구인에게 이 건 과세처분을 하였다.



1)쟁점건물1의 시공사인 충효종합건설 주식회사는 2018년 제2기 부가가치세 과세기간 중 공급가액 OOO원의 매입세금계산서를 발급하였고, 청구인의 2002년 귀속 종합소득세 신고 내역에 의하면 제무제표에 쟁점건물1의 취득가액이 OOO원(감가상각누계액은 OOO원)으로 나타나며, 청구인의 취ㆍ 등록세 신고 내역에 의하면 쟁점건물1의 취득가액이 OOO원으로 나타난다.



2)쟁점건물2의 시공사인 A은 2011년 제1기 부각가치세 과세기간 중 공급가액 OOO원의, OOO는 같은 과세기간 중 공급가액 OOO원의 각 매입세금계산서를 발급하였고, 청구인의 2002년 귀속 종합소득세 신고 내역에 의하면 제무제표에 쟁점건물2의 취득가액이 OOO원으로 기재되어 있으며, 청구인의 취ㆍ 등록세 신고 내역에 의하면 쟁점건물2의 취득가액이 OOO원으로 나타난다.



(2) 청구인이 제출한 심리자료는 아래와 같다.



(가)청구인은 쟁점토지2의 소유자였던 B이 건축허가를 받아 A과 도급공사계약을 체결하여 쟁점건물2의 신축공사를 개시하여 쟁점금액을 추가 공사비로 지출한 경위를 정리하였다면서 쟁점건물2의 취득 경위서를 제출하였다.



(나)청구인은 2011.4.11. B은 C에게 신축 중인 쟁점건물2를 포함하여 쟁점토지2를 OOO원에 양도하기로 하는 매매계약을 체결하고 특약으로  "쟁점건물2의 건축주를 변경하기로 하면서 건축사와 계약한 비용 외의 비용은 매수인인 C이 부담하기로 하며 계약금 OOO원 중 OOO원은 계약일에, 나머지 OOO원은 2011.4.15.에 수수”하기로 하였는데, C은 해당 특약에 따라 2011.4.15. 양도인인 B 대신에 A에게 OOO원을 지급하였다고 주장하면서, 위 매매계약서 및 A이 C에게 발급하였다는 입금증을 각각 제출하였다.



(다)청구인은 2011.4.25. C은 청구인의 부친인 D과 전세보증금을 OOO원으로 하여 쟁점건물2에 관한 임대차계약을 체결하고, 그 다음날인 2011.4.26. 쟁점건물2의 건축주가 B에서 C으로 변경되었다고 주장하면서 위 임대차계약서 및 건축주 명의 변경에 관한 공문(2011.4.26. 경기도 하남시가 시행한 것)을 각각 제출하였다.



(라)청구인은 B과 C의 위 매매계약은 C의 자금부족으로 해지되어서, 청구인이 같은 날인 2011.4.26. A과 쟁점건물2에 관한 공사도급계약을 계약금액 OOO원에 체결하면서 특약으로  "청구인이 기존 기성고의 50% 공사대금을 인수하되, 계약금 OOO원 외 잔금을 위 D이 C과 체결한 임대차계약시 지급한 전세보증금 OOO원과 대체”하기로 하였고, 2011.5.2. 청구인이 B으로부터 쟁점토지2만을 OOO원에 취득하는 내용의 매매계약을 체결하였다고 주장하면서, 위 공사도급계약서 및 매매계약서를 제출하였다.



(마)청구인은 2011.5.13. B 명의로 C에게 C이 2011.4.15. 부담한 쟁점건물2의 공사비 OOO원의 일부인 쟁점금액1을 송금하였다고 주장하면서, 2011.5.13.자 금융거래 내역을 제출하였다.



(바)청구인은 2011.7.5. A에게 쟁점건물2의 추가 공사(상수도 및 도시가스 인입, 건축주 명의의 분담금 및 제세공과금, 경계측량 등) 명목으로 쟁점금액2를 송금하였다고 주장하면서, 청구인 명의의 금융거래내역을 제출하였다.



(3)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,



(가)먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점건물의 신축시기가 15년 이상 오래되어서 거래증빙을 갖추어 두고 이를 근거로 쟁점건물의 양도시 실지거래가액으로 그 취득가액을 신고할 것을 기대하기 어렵고 설령 청구인이 장부에 쟁점건물의 자산가액을 기재하였다 하더라도 그 취득 당시 지출한 추가 공사비 등이 해당 자산가액에 모두 반영되었다고 보기 어려우므로 해당 자산가액과 다른 금액을 취득가액으로 주장할 수 있다는 등의 이유로 청구인이 쟁점건물의 취득 당시 장부 및 그 밖의 증빙서류가 없는 경우로 보아 당초 신고한 환산취득가액이 인정되어야 한다고 주장하나, 과세관청은 납세자가 부가가치세 등 제세신고시 제출한 세금계산서, 도급계약서 등의 증빙서류를 근거로 양도자산의 취득가액을 산정할 수 있고, 이러한 증빙서류에 의하지 않더라도 장부의 기재를 실지취득가액이라고 볼 수 있는 상당한 사정이 과세관청에 의해 증명되면 족하다 할 것이며, 이러한 상당한 사정이 증명된 때에는 장부가액을 부인하려는 납세자 측에서 그 장부의 기재가 실지거래가액과 다르다는 납득할 만한 이유를 밝혀 장부가액을 실지거래가액으로 인정할 수 없는 사정을 증명하여야 한다 할 것이다. 이 건의 경우 청구인이 쟁점건물의 취득 당시 부가가치세, 종합소득세 등의 제세신고시 세금계산서(시공사인 A 및 설계자이자 공사감리자인 OOO로부터 발급받은 것) 및 공사도급계약서 등을 첨부하여 쟁점건물2의 취득가액을 OOO원으로 신고하였고 청구인의 재무제표(위 청구인의 취득 당시 종합소득세 신고시 첨부서류로 제출된 것)에도 같은 금액이 기재되어 있는 점, 청구인이 위 장부가액이 실지거래가액과 다르다는 사정에 대하여 구체적ㆍ 객관적으로 입증한 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청에서 청구인이 쟁점건물의 취득 당시 부가가치세 등의 제세신고를 할 때 제출한 세금계산서, 재무제표 등에 기재된 쟁점건물의 취득가액 및 공사도급계약서 등의 증빙서류를 근거로 실지거래가액으로 쟁점건물의 양도시 취득가액을 적용하여야 한다고 보아 청구인이 쟁점건물의 양도시 적용한 환산취득가액을 부인하고 실지취득가액으로 과세표준과 세액을 경정하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.



(나)다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 설령 쟁점건물의 취득가액을 청구인의 장부에 기재된 가액으로 보더라도 청구인이 C에게 지급한 쟁점금액1 및 시공사인 A에게 지급한 쟁점금액2를 각각 쟁점건물2의 건축비로 인정하여 그 취득가액에 가산하여야 한다고 주장하나, 쟁점금액1은 청구인이 제시한 사정(C이 쟁점토지2의 전 소유자인 B이 시공사인 A에게 지급할 공사대금 중 OOO원을 대신 부담하여서 C과 B 간의 2011.4.11.자 쟁점토지2의 소유권 매매 및 쟁점건물2의 건축주 지위 이전 계약의 해지 후인 2011.5.2. 청구인과 B 간의 쟁점토지2의 소유권 매매 계약의 체결로 청구인이 B을 대신하여 C에게 위 OOO원을 보전해 줄 의무가 발생하였다는 것)이 구체적ㆍ 객관적으로 입증되지 않아서 청구인이 쟁점건물2의 취득과 관련하여 지출한 것으로 인정하기 어려운 점(청구인이 위 OOO원 중 일부인 쟁점금액1을 지출한 근거로 제출한 금융증빙은 송금인란에 청구인이 아니라 B이 기재되어 있고, 청구인과 B 간에 체결ㆍ 작성된 위 매매계약서, 2011.4.26. 청구인과 시공사인 A 간에 작성된 공사도급계약서 등에 위 OOO원에 관한 내용이 기재되어 있지 않다는 이유 등으로 신뢰하기 어렵다), 쟁점금액2는 청구인이 제시한 관련 공사항목이 위 청구인과 시공사 간에 체결ㆍ 작성된 공사도급계약서에 기재된 공사항목 외에 추가로 시행되었다는 등의 사정이 구체적ㆍ 객관적으로 입증되지 않은 점 등에 비추어, 쟁점금액을 쟁점건물2의 취득가액에 포함하기는 어렵다 할 것이므로 위 청구인의 주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.



＜별지1＞ 쟁점건물의 취득가액 경정 내역



① 쟁점건물1

○○○



② 쟁점건물2

○○○





＜별지2＞ 관련 법령



(1) 국세기본법



제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.



(2) 소득세법(2024.12.31. 법률 제20615호로 일부개정되기 전의 것)



제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1.취득가액(괄호 생략). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액.

나.대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것



제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지) ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑦제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.



(3)소득세법 시행령(2024.12.31. 대통령령 제35121호로 일부개정되기 전의 것)



제67조(즉시상각의 의제) ② 제1항에서 ㆍ " 자본적 지출ㆍ " 이란 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 해당 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위해 지출한 수선비를 말하며, 다음 각 호에 해당하는 지출을 포함하는 것으로 한다.

1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조

2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치

3. 빌딩 등의 피난시설 등의 설치

4.재해 등으로 인하여 건물ㆍ기계ㆍ설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구

5. 기타 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것



제89조(자산의 취득가액등) ① 법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다.

1.타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액

2.자기가 행한 제조ㆍ생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록면허세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액



제163조(양도자산의 필요경비) ⑫법 제97조 제1항 제1호 나목에서 ㆍ " 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액ㆍ " 이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다.



제163조(양도자산의 필요경비) ① 법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.

1.제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(괄호 생략)

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 ㆍ " 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것ㆍ " 이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

3.양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용(재해ㆍ노후화 등 부득이한 사유로 인하여 건물을 재건축한 경우 그 철거비용을 포함한다)

4.제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것



제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 ㆍ " 대통령령으로 정하는 사유ㆍ " 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1.양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2.장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등(이하 이 조에서 ㆍ " 감정평가법인등ㆍ " 이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우

② 법 제114조 제7항에서 ㆍ " 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액ㆍ " 이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 가액을 말한다.

2.법 제94조 제1항 제1호 및 제2호 가목에 따른 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 계산식에 따른 금액. (후단 및 계산식 생략)

③법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차적으로 적용(괄호 생략)하여 산정한 가액에 따른다. (단서 생략)

1.양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(괄호 생략)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2.양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(괄호 생략)에 대하여 둘 이상의 감정평가법인등이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한정한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액. (단서 생략)

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

4. 기준시가



(4) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 일부개정되기 전의 것)



제111조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. (단서 및 각호 생략)