분당세무서장이 2025.5.8. 청구법인에게 한 2024년 귀속 종합부동산세 OOO원의 물적납세의무자 지정 및 납부고지 처분은 서울특별시 OOO 등 5필지 대지 2,016.65m2를 「조세특례제한법」 제104조의19에 따라 종합부동산세 과세표준 합산대상에서 제외하여 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2021.8.23. 주식회사 A(이하  "위탁자”라 한다)과 서울특별시 OOO 등 5필지 대지 2,016.65m2(이하  "이 건 토지”라 한다)와 서울특별시 OOO 등 주택 19호(이하  "쟁점주택”이라 한다)에 대한 부동산신탁계약을 체결한 수탁자이다.

나. 처분청은 2024.11.20. 위탁자에게 이 건 토지와 쟁점주택에 대한 2024년 귀속 종합부동산세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하  "쟁점체납세액”이라 한다)을 결정ㆍ고지하였으나, 위탁자가 이를 납부하지 아니하여 이 건 토지와 쟁점주택의 수탁자인 청구법인을 물적납세의무자로 지정한 후, 2025.5.8. 청구법인에게 쟁점체납세액에 대한 납부고지(이하  "이 건 처분”이라 한다)를 하였다.

다. 한편, 위탁자는 2024.3.15. 2022∼2023년 귀속 종합부동산세 등 합계 OOO원의 부과처분에 대하여 이 건 토지와 쟁점주택이 「조세특례제한법」 제104조의19 제1항(이하  "쟁점규정”이라 한다)에 따라 과세표준 합산대상에서 제외되어야 한다는 취지로 경정청구를 제기하였고,

처분청은 2024.4.24. 2022∼2023년 귀속 종합부동산세 중 이 건 토지분에 대해서는 쟁점규정에 따라 과세표준 합산대상에서 제외하여 감액경정하고, 쟁점주택분은 쟁점규정의 적용대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 경정청구를 거부하였다.

위탁자는 이에 불복하여 2024.6.24. 심판청구를 제기하였고, 우리 원은 2025.4.9. 이에 대하여 기각 결정(조심 2024중3829)하였다.

라. 청구법인은 이 건 처분에 불복하여 2025.7.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 이 건 토지는 주택건설사업자가 취득한 주택건설용 토지에 해당하므로 쟁점규정의 적용대상으로 보아야 한다.

(2) 쟁점주택은 재건축사업 건설부지로 확정된 구역 안에 있는 사실상 멸실되어 주택사업용 토지로 보아야 하므로, 이 건 종합부동산세 등에 대한 납부고지는 위법하다.

「주택법」에 의한 주택건설사업자의 주택건설용 토지를 해석함에 있어 순수토지 뿐만 아니라 주택 재건축 재개발을 위한 것이라면 주택 등 건물이 있더라도 단전, 단수되고 실제 폐허상태로 방치되어 있다면 기존 주택 등을 철거만 하지 아니하였을 뿐 실제 주택건설용 토지로 보아 쟁점규정에 따라 종합부동산세 과세표준 합산대상에서 제외되어야 한다.

주택재건축이나 주택재개발사업 등으로 철거 예정 주택으로서 세대원이 퇴거 이주하여 단전, 단수 및 출입문 봉쇄 등의 폐쇄조치가 이루어진 경우에는 그 주택의 외형에 불구하고 주택으로서의 사용가치가 상실되고 새로운 주택의 분양권으로서의 가치만 있는 것으로 보아 토지만을 과세대상으로 보도록 해석하고 있고(법제처 법령해석총괄과-868, 2008.6.18.),

법원에서도 단전, 단수조치 및 철거가 해당 주택의 취득 이후에 이루어졌다고 하더라도 이러한 행위들이 취득과 인접하여 이루어졌다면 단전, 단수조치 및 철거가 먼저 이루어진 경우와 동일하게 주택으로 보지 아니하고(OOO), 취득 당시 철거 등의 절차가 진행되어 주거용으로서의 기능을 상당부분 상실함으로써 정상적인 주거생활에 사용할 수 없는 건축물에 해당한다면 주택으로 보지 아니한다(OOO)고 판시하고 있다.

이러한 법제처의 법령해석사례나 판례 등에 비추어 볼 때 단전, 단수조치가 있고 철거예정, 출입문 봉쇄 등 주택으로서의 사용가치가 상실되어 있는 주택의 경우에는 토지만을 과세대상으로 하여야 한다.

처분청은 주택에 해당하는 부분이 주택으로서의 기능을 상실하고 방치되어 있는 현장 상황을 살펴보지 아니하고 주택의 기능을 상실한 주택이 존재한다는 사실만을 근거로 하여 주택건설용 토지에 해당하지 않는다는 것으로 판단하였으나, 이는 이러한 법령 해석이나 판례 등에 비춰볼 때 위법한 처분에 해당한다.

또한, 주택건설사업자에 대한 과세특례의 입법취지를 고려할 때 쟁점주택은 쟁점규정에 따른 과세특례대상에 해당한다.

주택건설사업의 특성상 대규모 주택건설용 토지를 사전에 확보해야 하고, 사업계획승인까지 3년이 걸리는 점 등을 고려할 때 과중한 종합부동산세 부담이 주택가격에 전가되어 분양가격이 상승하는 문제를 해소하기 위하여 「주택법」에 의한 주택건설사업자의 주택건설용 토지를 종합부동산세 과세대상에서 제외하도록 관련 규정을 두고 있는 것이다.

이는 주택건설사업자 등에 대한 조세지원을 통하여 주택 수요자에게 조세가 전가되지 않도록 함으로써 국민의 주거 안정 및 주거수준 향상을 위한 주택의 건설 및 공급이 원활하게 이루어질 수 있도록 하기 위한 취지임에 비추어 볼 때 쟁점주택은 이 건 토지와 같이 쟁점규정에 따른 과세특례 적용대상에 해당한다고 보아야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 위탁자는 이 건 토지와 쟁점주택에 대한 2022∼2023년 귀속 종합부동산세의 부과처분에 대해 경정청구를 제기하였고, 처분청은 이 중 이 건 토지에 대하여는 청구주장에 따라 쟁점규정의 과세특례를 적용하여 일부 감액경정하였고, 2024년 귀속 종합부동산세 또한 이 건 토지를 쟁점규정의 과세특례 적용대상으로 보아 직권으로 감액 경정하였다.

(2) 쟁점주택은 세대상 건축물대장이 말소되지 않았고, 실제 주택의 외형이 유지되고 있으며, 2024년도 재산세 부과현황을 살피더라도 주택분으로 부과된 것으로 나타나는 등 그 실질과 형식이 모두 주택에 해당한다.

처분청이 2024.7.5. 쟁점주택에 현장방문하여 확인한 결과, 쟁점주택의 구조나 외형이 그대로 유지되고 있고, 호실마다 구분등기되어 있는 대경연립(공동주택)의 경우에는 실제 거주 중인 호실도 있는 것으로 현황 확인되었으며, 공부상으로도 철거 또는 멸실되지 아니하였다.

쟁점주택은 2024년 귀속 종합부동산세 과세기준일(2024.6.1.) 현재 건축물 대장상 존치 중인 건물로 확인되고, 주택분 재산세가 부과된 것으로 확인되어 쟁점주택이 실질적으로 멸실된 상태라는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

또한, 원납세자인 위탁자가 쟁점주택을 쟁점규정의 적용대상으로 보아야 한다는 취지로 2022∼2023년 귀속 종합부동산세의 경정청구 거부처분에 대해 심판청구를 제기한 것에 대하여 조세심판원은 이를 2025.4.9. 기각 결정(조심 2024중3829)하였는바, 동일한 과세대상물건인 쟁점주택을 쟁점규정의 과세특례 대상으로 보기는 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 이 건 토지를 「조세특례제한법」 제104조의19에 따라 과세표준 합산배제하여 원납세자의 종합부동산세를 감액경정하였으므로, 이 건 납부고지에 대해서도 이 건 토지를 과세표준 합산대상에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

② 위탁자가 취득한 쟁점주택은 사실상 멸실되었으므로 주택건설용 토지로 보아 「조세특례제한법」 제104조의19에 따라 종합부동산세 과세표준 합산대상에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법

제104조의19(주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자(이하 이 조에서  "주택건설사업자”라 한다)가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지(토지를 취득한 후 해당 연도 종합부동산세 과세기준일 전까지 주택건설사업자의 지위를 얻은 자의 토지를 포함한다) 중 취득일부터 5년 이내에「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 「종합부동산세법」제13조 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1.「주택법」에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자

2.「주택법」제11조에 따른 주택조합 및 고용자인 사업주체

3.「도시 및 주거환경정비법」제24조부터 제28조까지 및「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제17조부터 제19조까지의 규정에 따른 사업시행자

4. 제104조의31 제1항에 따른 법인

② 제1항을 적용받으려는 자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 토지의 보유현황을 신고하여야 한다.

③ 주택건설사업자가 제1항에 따라 취득한 날부터 5년 이내에「주택법」에 따른 주택건설을 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다.

(2) 종합부동산세법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다.

3.  "주택”이라 함은「지방세법」제104조 제3호에 의한 주택을 말한다. 다만, 같은 법 제13조 제5항 제1호에 따른 별장은 제외한다.

4.  "토지”라 함은「지방세법」제104조 제1호에 따른 토지를 말한다.

5.  "주택분 재산세”라 함은「지방세법」 제105조 및 제107조에 따라 주택에 대하여 부과하는 재산세를 말한다.

6.  "토지분 재산세”라 함은「지방세법」제105조 및 제107조에 따라 토지에 대하여 부과하는 재산세를 말한다.

제7조(납세의무자) ① 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

②「신탁법」 제2조에 따른 수탁자(이하  "수탁자”라 한다)의 명의로 등기 또는 등록된 신탁재산으로서 주택(이하  "신탁주택”이라 한다)의 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 조에 따른 위탁자(「주택법」제2조 제11호 가목에 따른 지역주택조합 및 같은 호 나목에 따른 직장주택조합이 조합원이 납부한 금전으로 매수하여 소유하고 있는 신탁주택의 경우에는 해당 지역주택조합 및 직장주택조합을 말한다. 이하  "위탁자”라 한다)가 종합부동산세를 납부할 의무가 있다. 이 경우 위탁자가 신탁주택을 소유한 것으로 본다.

제7조의2(신탁주택 관련 수탁자의 물적납세의무) 신탁주택의 위탁자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 종합부동산세 또는 강제징수비(이하  "종합부동산세등”이라 한다)를 체납한 경우로서 그 위탁자의 다른 재산에 대하여 강제징수를 하여도 징수할 금액에 미치지 못할 때에는 해당 신탁주택의 수탁자는 그 신탁주택으로써 위탁자의 종합부동산세등을 납부할 의무가 있다.

1. 신탁 설정일 이후에 「국세기본법」 제35조 제2항에 따른 법정기일이 도래하는 종합부동산세로서 해당 신탁주택과 관련하여 발생한 것

2. 제1호의 금액에 대한 강제징수 과정에서 발생한 강제징수비

제8조(과세표준) ① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액[과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하  "1세대 1주택자”라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액]서 6억원을 공제(납세의무자가 법인 또는 법인으로 보는 단체로서 제9조 제2항 각호의 세율이 적용되는 경우는 제외한다)한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

2. 제1호의 주택 외에 종업원의 주거에 제공하기 위한 기숙사 및 사원용 주택, 주택건설사업자가 건축하여 소유하고 있는 미분양주택, 가정어린이집용 주택,「수도권정비계획법」제2조 제1호에 따른 수도권 외 지역에 소재하는 1주택 등 종합부동산세를 부과하는 목적에 적합하지 아니한 것으로서 대통령령으로 정하는 주택

제12조의2(신탁토지 관련 수탁자의 물적납세의무) 신탁토지의 위탁자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 종합부동산세등을 체납한 경우로서 그 위탁자의 다른 재산에 대하여 강제징수를 하여도 징수할 금액에 미치지 못할 때에는 해당 신탁토지의 수탁자는 그 신탁토지로써 위탁자의 종합부동산세등을 납부할 의무가 있다.

1. 신탁 설정일 이후에 「국세기본법」 제35조 제2항 에 따른 법정기일이 도래하는 종합부동산세로서 해당 신탁토지와 관련하여 발생한 것

2. 제1호의 금액에 대한 강제징수 과정에서 발생한 강제징수비

제13조(과세표준) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

(3) 종합부동산세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32425호로 개정ㆍ신설된 것)

제4조(합산배제 사원용주택등) ① 법 제8조 제2항 제2호 전단에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 다음 각 호의 주택(이하 "합산배제 사원용주택등"이라 한다)을 말한다.

21. 다음 각 목의 자가 주택건설사업을 위하여 멸실시킬 목적으로 취득하여 그 취득일부터 3년 이내에 멸실시키는 주택(기획재정부령으로 정하는 정당한 사유로 3년 이내에 멸실시키지 못한 주택을 포함한다)

마.「주택법」에 따른 주택조합 및 같은 법 제4조 제1항 본문에 따라 등록한 주택건설사업자(같은 항 단서에 해당하여 등록하지 않은 자를 포함한다)

(4) 종합부동산세법 시행규칙

제4조의4(주택을 멸실시키지 못한 정당한 사유) 영 제4조 제1항 제21호 각 목 외의 부분에서 "기획재정부령으로 정하는 정당한 사유"란 다음 각 호에 해당하는 경우를 말한다.

1. 법령에 따른 제한으로 주택의 멸실이 지연되거나 주택을 멸실시킬 수 없는 경우

2. 천재지변이나 이에 준하는 재해로 주택의 멸실이 지연되거나 주택을 멸실시킬 수 없는 경우

3. 그 밖에 주택 취득 당시 예측할 수 없었던 사유가 발생하여 주택의 멸실이 지연되거나 주택을 멸실시킬 수 없는 경우로서 통상적인 주택건설사업 시행방식을 고려할 때 해당 사유가 발생하면 주택의 멸실이 곤란하다고 관할 세무서장이 인정하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 위탁자는 이 건 토지와 쟁점주택에 대하여 2021.8.6. 매매를 원인으로 하여 2021.9.10. 소유권이전등기를 하였다.

(나) 청구법인은 2021.8.23. 위탁자와 이 건 토지와 쟁점주택에 대하여 OOO신용협동조합 등 5개 금융기관을 우선수익자로 하는 부동산담보신탁계약을 체결하였고, 2021.9.10. 신탁등기를 하였다.

(다) 서울특별시 양천구청장이 발급한 사업계획승인서 등에 의하면, 대경연립에 대한 재건축주택조합 및 B(주)는 2003.6.30.「주택건설촉진법」제33조 등에 따라 이 건 토지 및 쟁점주택을 취득한 후 서울특별시 양천구청장으로부터 주택건설사업계획을 승인받은 것으로 나타난다.

ㅇㅇㅇ

(라) 위탁자는 2024.3.15. 이 건 토지와 쟁점주택에 대한 2022∼2023년 귀속 종합부동산세 등 합계 OOO원의 부과처분에 대하여 이 건 토지와 쟁점주택이 쟁점규정에 따라 과세표준 합산대상에서 제외되어야 한다는 취지로 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2024.4.24. 이 건 토지분에 대해서는 쟁점규정에 따라 과세표준 합산대상에서 제외하여 감액경정하였으며, 쟁점주택분은 쟁점규정의 적용대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 경정청구를 거부하였다.

(마) 위탁자는 이에 불복하여 2024.6.24. 심판청구를 제기하였고, 우리 원은 2025.4.9. 이에 대하여 기각 결정(조심 2024중3829)하였다.

(바) 처분청은 2025.4.23. 위탁자가 납부하지 아니한 쟁점체납세액(2024년 귀속 종합부동산세)에 대하여 청구법인을 물적납세의무자로 지정한 후, 2025.5.8. 납부고지를 하였고, 위탁자에 대한 쟁점체납세액 중 이 건 토지분 OOO원을 감액경정하면서, 청구법인에 대한 납부고지는 경정하지 아니하였다.

(사) 처분청이 제출한 2024년도 재산세 부과내역, 건축물대장 등에 의하면, 쟁점주택은 2024년 귀속 종합부동산세 과세기준일 현재 멸실 또는 철거되지 아니한 것으로 나타나고, 쟁점주택을 주택으로 보아 재산세가 위탁자에게 부과된 것으로 나타난다.

(아) 처분청은 2024.7.24. 쟁점주택에 대한 현장확인시 건축물이 존치하는 것으로 확인하였다고 답변하면서 현장확인내용 요약서를 증빙으로 제출하였다.

(자) 청구법인이 제출한 쟁점주택의 현황(2025년 7월 또는 날짜미상)에 관한 사진자료는 아래와 같다.

ㅇㅇㅇ



(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 쟁점규정에서 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일부터 5년 이내에「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는「종합부동산세법」제13조 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다고 규정하고 있고, 처분청은 2025.5.19. 이 건 토지를 쟁점규정에 따른 과세표준 합산제외대상으로 보아 위탁자에게 쟁점체납세액 중 이 건 토지분 OOO원을 감액경정한 점, 처분청은 2025.5.8. 청구법인에게 쟁점체납세액에 납부고지를 한 후, 2025.5.19. 위탁자에게 쟁점체납세액 중 이 건 토지분 OOO원을 감액경정하면서, 청구법인에 대한 납부고지는 경정하지 아니한 점, 신탁재산에 대한 물적납세의무는 보충성과 부종성을 갖는 납세의무로, 주된 납세자인 위탁자가 체납한 세액에 대하여 수탁자인 청구법인이 납부의무를 갖게 되는 것이므로, 청구법인에 대해서도 이 건 토지분에 대한 납부고지를 감액경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점주택은 주택건설사업자인 위탁자가 취득한 주택으로, 2024년 귀속 종합부동산세 과세기준일 현재 사실상 멸실되었으므로 이 건 토지와 동일하게 종합부동산세 과세표준 합산제외대상에 해당한다고 주장하나,

쟁점규정은 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위해 취득한 ‘토지’에 한하여 종합부동산세 합산과세대상에서 제외하도록 한 과세특례이고, 쟁점주택은 이러한 과세특례적용대상에 해당하지 아니하는 점, 쟁점주택의 2024년도 재산세 부과내역, 건축물대장, 처분청의 현장확인결과(2024.7.24.) 등에서 2024년 귀속 종합부동산세 과세기준일 현재 쟁점주택은 멸실 또는 철거되지 아니한 것으로 나타나는 반면, 청구법인은 법령에 따른 제한 등으로 쟁점주택의 멸실이 지연되거나 멸실하지 못한 정당한 사유를 달리 제시하지 못한 점 등에 비추어 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.