심판청구를 기각한다.

1. 처분 개요



가. 청구법인은 「장애인고용촉진 및 직업재활법」(이하  "장애인고용법”이라 한다) 제33조에 따라 2019년도에 고용노동부장관에게 장애인고용부담금 OOO원을 납부하였다가, 이를 손금에 산입하지 않고 2019사업연도 법인세를 신고ㆍ납부하였다.



나. 이후 청구법인은 장애인고용부담금이 「법인세법」 제21조 제5호의 손금불산입대상 공과금에 해당하지 않는다고 보아 이를 손금산입하여 2025.4.24. 기납부한 2019사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2025.5.30. 이를 거부하였다.



다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.19. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구법인 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인 주장



(1) 장애인고용부담금은 「법인세법」상 의무불이행 또는 위반에 대한 제재로서 부과하는 공과금에 해당하지 아니하므로 손금산입 대상에 해당한다.



(가) 「법인세법」(2020.12.22. 법률 제17652호로 개정되기 전의 것) 제21조 제5호는 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’을 손금불산입 대상으로 정하고 있는데, 이때 ‘제재’는 국가 공권력의 행사와 관련된 의무불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 행정상 제재를 말하는 것이며, 이러한 ‘제재’에 부과되는 공과금을 손금으로 산입하게 되면 법인의 위법행위에 대하여 조세절감액만큼을 사실상 국가가 보조하는 것과 같은 결과가 되어, 국가 정책이나 제도의 실효성, 제재의 효과가 반감될 수 있기 때문에 손금불산입 대상으로 정한 것으로 판단된다.



(나) 한편, 장애인고용법에서는 의무고용률을 충족하지 못한 사업주로 하여금 장애인고용부담금을 납부하도록 하고 있고, 장애인고용부담금은 장애인 고용의무자인 청구법인이 의무고용률을 충족하지 못한 경우 부과된 것이므로, 청구법인의 ‘법령에 따른 의무의 불이행’에 대하여 부과된 것이라고 볼 수도 있겠으나, 장애인고용법의 문언, 장애인고용부담금의 목적과 성격 등을 종합하여 보면, 장애인고용부담금은 청구법인의 의무이행을 유도하는 성격을 띠고 있기는 하나, 법령에 따른 의무 불이행에 대한 ‘제재’로서 부과된 것이라고 단정하기는 어렵고, 재정적인 목적보다는 고용에 어려움을 겪는 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 ‘유도적ㆍ ㆍ 조정적(특별)부담금’의 성격이 강하다(헌법재판소 2003.7.24. 선고, 2001헌바96 결정).



(다) 장애인 고용률에 따라 부담기초액을 차등하여 정한 것은 장애인 고용촉진을 유도하기 위한 정책목표를 달성하기 위한 수단일 뿐, 징벌적 성격을 가지는 것은 아니고, 장애인 고용에 따르는 경제적 부담을 장애인을 고용하는 사업주와 고용하지 않는 사업주 간의 형평을 실행하고자 하는 것으로서 조정적 성격을 가지며, 장애인을 고용하는 사업주가 작업설비 등의 개선을 위하여 지는 부담을 줄이기 위한 사업주의 공동갹출금이므로 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반되어 발생하는 사업경비로서의 성격을 가진다고 볼 수 있다.



(라) 사업주가 장애인 고용의무를 이행하지 않더라도 이에 대해 처벌하는 규정이 존재하지 않고, 사업주가 정당한 사유 없이 장애인 고용의무를 불이행하면 고용노동부장관은 그 내용을 공표할 여지가 있기는 하나, 그 의무 불이행이 ‘현저한’ 정도에 이르러야 하고 ‘정당한 사유’를 증명하면 공표 조치를 면제받을 수 있도록 하고 있는바, 장애인 고용의무에 강한 규범력을 부여하였다고 보기 어렵다.



또한 사업주가 장애인고용법에 정한 의무 고용률에 못 미치는 장애인을 고용하였다면 고의나 과실 등 책임 요건의 고려 없이 일률적으로 납부의무가 발생하도록 하고 있고, 상시 50명 이상 100명 미만의 근로자를 고용하는 사업주의 경우 장애인 고용의무를 부담함에도 불구하고 장애인고용부담금은 부담하지 않도록 하고 있어 의무위반 만이 일률적인 요건으로 부과되는 부담금으로 볼 수도 없다.



(2) 공과금은 원래 법인이 일정한 사업이나 거래 등을 하는데 수반되거나 자산의 보유에 대하여 강제적으로 부과되는 것으로서 사업경비의 성격을 가지므로 손금에 산입되는 것을 원칙으로 하며, 예외적으로 비용으로서의 성격을 가지지 않거나, 조세 정책적 또는 기술적 이유로 손금에 산입하지 않는 것이 바람직하다고 보아 법률로 정하는 경우에 한하여 손금불산입 대상으로 삼는 것이 소득에 대한 과세로서의 법인세법의 본질 및 구조에 부합한다.



(가) 그런데 「법인세법」(1998.12.28. 법률 제5581호로 전부개정되기 전의 것) 제16조 제5호에서는 공과금의 손금불산입을 원칙으로 하고 다만, 해당 법률의 위임을 받은 「법인세법 시행령」(1997.12.31. 대통령령 제15564호로 개정되기 전의 것) 제25조 제1항에서 손금불산입에서 제외되는 공과금을 열거하면서 장애인고용부담금을 그 중에 하나로 포함하고 있었다.



(나) 그러나 헌법재판소는 「법인세법」(1995.12.29. 법률 제5033호로 개정되기 전의 것) 제16조 제5호에 대하여 아래와 같이 공과금은 「법인세법」상 손금에 산입되는 것이 원칙임에도 앞서 본 법률이 이를 원칙적으로 손금불산입하는 것은 입법재량의 한계를 넘는 것으로써 실질적 조세법률주의에 위반된다는 취지의 위헌결정하였다.

이에 따라 정부는 「법인세법 시행령」을 1997.12.31. 대통령령 제15564호로 개정하면서 종래 손금산입되는 공과금의 범위를 열거하였던 것을, 법령의 규정에 의하여 의무적으로 납부하는 공과금은 손금으로 인정받을 수 있도록 포괄적으로 규정하였고, 이후 「법인세법」이 1998.12.28. 법률 제5581호로 전부 개정되면서 제세공과금의 손금불산입에 관한 제21조에서 손금불산입 대상인 제세공과금의 유형을 구체적으로 규정하였으며, 다만 이 때에는 ‘법령에 의한 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 것’은 별도로 법률에서 규정하지 않고 위임입법인 대통령령으로 위 내용을 규정하였다.



「법인세법」은 2000.12.29. 법률 제6293호로 개정되면서 제21조에서 ‘법령에 의하여 의무적으로 납부하는 것이 아닌 공과금(제5호)’, ‘법령에 의한 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금(제6호)’을 법률에 직접 규정하였고, 이에 따라 현행 「법인세법」 제21조에서도 ‘법령에 따라 의무적으로 납부하는 것이 아닌 공과금(제4호)’, ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ ㆍ 제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과하는 공과금(제5호)’ 이외의 공과금은 손금에 산입되도록 함으로써 위헌결정 이전 규정(손금산입 공과금 열거주의) 보다 손금산입 공과금의 범위가 더 넓어지고 있다는 점을 고려할 때 어느 공과금이 「법인세법」 제21조 제5호에서 제시하는 손금불산입 요건을 충족하였는지 여부는 해당 규정의 문언에 따라 엄격하게 해석할 필요가 있다.



(3) 최근 내려진 서울행정법원 2023.5.2. 선고 2022구합65757 판결에서는 장애인고용부담금은 이행을 유도하는 성격을 가지고 있기는 하나, 법령에 따른 의무불이행에 대한 ‘제재’로서 부과된 것이라고 단정하기 어렵다고 보았고, 항소심인 서울고등법원 2023.12.5. 선고 2023누45325 판결에서는 제1심의 법령 해석 및 법리 설시는 모두 지극히 정당하다고 하면서 정책실현목적의 부담금, 특히 유도적 부담금은 당연히 제재의 성격을 내포한다는 피고의 주장에 대해 모든 행정상 제재가 어느 정도 정책 실현의 목적을 가진다고 볼 수 있을지 몰라도, 역으로 정책 실현의 목적에 이바지하는 모든 부담금이 제재라고 볼 수 없다는 이유로 그 주장을 배척하였다.



또한 법인세 관계 법령의 개정 연혁을 보더라도 헌법재판소의 위헌 결정에 따른 개정 전후 및 현재에 이르기까지 사회적인 변화나 정책적 전환 등으로 인해 장애인고용부담금을 손금불산입할 필요성이 새로 생겼다거나, 법령 개정 또는 입법 과정에서 그 논의가 있었다고 보기 어려운 바 장애인고용부담금을 손금불산입한 처분은 위법하다고 판시하였다.



나. 처분청 의견



(1) 쟁점장애인고용부담금은 「법인세법」상 ‘법령에 따른 의무의 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금’으로 보는 것이 타당하다.



(가) 장애인고용법은 사업주에게 장애인 고용률 준수의무를 부여하고 있고, 의무고용률(3.1%)에 미달하는 경우 부담금을 부과하므로 의무불이행에 대한 제재로서 납부하는 공과금에 해당되며, 장애인고용부담금 산정의 중요한 요소인 ‘부감기초액’은 「최저임금법」상 최저임금액의 100분의 60이상 범위에서 장애인 고용의무 불이행의 ‘중한 정도’에 따라 ‘가산’되어 있고, 특히, 장애인 고용의무 불이행의 정도가 가장 중한 정도로서 장애인을 1명 이상 고용하지 아니한 달이 있는 경우 ‘기초부담액’은 「최저임금법」상의 최저임금액을 그대로 적용하도록 하고 있으므로 이는 장애인고용부담금이 ‘징벌’적 성격이 있는 것을 보여주는 것이다.



(나) 또한, 조세와 마찬가지로 공법상의 금전지급의무에 해당하므로 장애인고용부담금 납세의무자가 그 의무를 이행하지 않으면 국세체납처분의 예에 따라 강제징수 있는바, 장애인고용부담금은 「법인세법상」 ‘법령에 따른 의무의 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금’에 해당된다.



(2) 장애인고용부담금은 장애인고용법의 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활이라는 목적을 달성하기 위하여 각 사업주에게 장애인고용의무를 이행하도록 강제하면서 이러한 의무를 불이행한 사업주에게 장애인고용부담금을 납부하도록 하고 있는 것이고, 기획재정부 유권해석(법인세제과-145, 2018.2.21.)에서도 장애인고용부담금을 손금불산입 대상 공과금으로 보고 있는 점 등을 종합하면 장애인고용부담금을 「법인세법」 제21조 제5호의 공과금에 포함된다고 해석하는 것이 사회통념상 타당하다.



또한 장애인고용부담금이 손금으로 인정될 경우 제도 취지와 달리 장애인 고용을 기피하고 전액 손금 인정되는 부담금 납부를 선택하게 되는 역효과가 예상되므로 당초 정책적 목적 달성을 저해할 우려가 있는 점을 감안할 때, 장애인고용부담금은 「법인세법」 제21조 제5호에 따라 손금에 산입하지 않는 공과금에 포함된다고 해석함이 사회통념상 타당하다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁 점



장애인고용부담금이 「법인세법」 제21조 제5호의 손금불산입 대상 공과금에 해당하는지 여부



나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재



다. 사실관계 및 판단



(1) 처분청의 경정청구 처리결과 통지서에 따르면, 처분청은 장애인고용부담금은 「법인세법」 제21조 제5호의 의무 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금으로 손금불산입 대상에 해당한다고 판단하였다.



(2) 장애인고용부담금 관련 법인세법령 개정연혁은 아래 ＜표＞와 같다.



＜표1＞ 장애인고용부담금 관련 법인세법령 개정연혁



(3) 1997.12.31. 개정전 「법인세법 시행령」 제25호에서 손금불산입 대상 공과금의 예외로 장애인고용부담금을 포함하였다가, 1997.12.31. 이후 ‘법령에 의한 의무 불이행 위반에 대한 제재로 부과되는 공과금’은 손금불산입 대상이라는 내용으로 법령이 개정되면서 장애인고용부담금을 손금대상으로 열거한 조항은 삭제되었다.



이후 실무상 장애인고용부담금은 예규(질의회신 서이46012-10673, 2001.12.5.) 등을 통해 손금으로 인정하였으나, 2018.2.21. 기획재정부의 유권해석에 따라 2018년 2월 이후 신고ㆍ ㆍ 납부분부터는 장애인고용부담금을 손금불산입 대상으로 판단한 것으로 나타난다.



(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 장애인고용부담금이 장애인 고용촉진 등의 재원을 마련하기 위한 부담금이므로 「법인세법」 제21조 제5호의 공과금에 해당하지 않는다고 주장하나,



「법인세법」상 공과금은 국가 또는 공공단체에 의하여 국민 또는 공공단체의 구성원에게 강제적으로 부과되는 모든 공적부담으로 법인의 일정한 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반하여 강제적으로 부과되는 것이기 때문에 사업경비의 성격을 띠는 것이어서 손금에 산입됨이 원칙이고 예외적으로 그 성질상 비용성을 갖지 않거나 조세정책적 또는 기술적 이유에 의하여 손금에 산입함이 바람직하지 않아 법률이 정한 경우에 한하여 손금산입이 부정되는 것으로 보는 것(대법원 2004.3.18. 선고 2001두1949 전원합의체 판결)이다.



이때 어떠한 공과금이 「법인세법」제21조 제5호에서 정하고 있는 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’에 해당하여 손금불산입 대상이 되는지 여부는 단순히 그 명칭만을 가지고 판단할 것이 아니라 그 공과금을 부과하는 목적과 그로 인한 효과, 공과금의 성격, 공과금이 강제하고자 하는 「행정법」상의 의무 및 의무불이행의 내용, 근거 법령의 제개정 경위 내지 연혁, 규정 형식과 내용(문언) 해당 공과금에 관한 실질적인 내용을 두루 종합하여 판단함이 타당한바,



장애인고용법은 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활이라는 목적(제1조)을 달성하기 위하여 각 사업주에게 장애인고용의무를 이행하도록 강제(제28조)하면서 이러한 의무를 불이행한 사업주에게 장애인고용부담금을 납부(제33조)하도록 하고 있는 점, 제세공과금의 손금불산입 항목 관련 규정의 제ㆍ개정 경위 및 연혁 등에 비추어 볼 때 손금불산입 항목은 입법정책 내지 조세정책의 문제라고 볼 수 있는데 당초 장애인고용부담금의 손금성을 인정하였던 규정이 1997.12.31. 대통령령 제15564호로 개정된「법인세법 시행령」에서 삭제되었고, 과거에 비하여 장애인 고용촉진 및 직업재활에 대한 사회적 인식이 월등히 높아졌으며, 기획재정부 또한 이 건 유권해석을 통하여 장애인고용부담금을 손금불산입 대상 공과금으로 보고 있는 점 등에 비추어, 장애인고용부담금은 손금불산입 대상으로 규정하고 있는 「법인세법」제21조 제5호의 공과금에 포함된다고 해석함이 사회통념상 타당하다고 보이므로 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률



(1) 법인세법(2021.12.21. 법률 제18590호 개정되기 전의 것)



제21조(세금과 공과금의 손금불산입) 다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

5. 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금



(2) 장애인고용촉진 및 직업재활법(2021.7.20. 법률 제18308호로 개정되기 전의 것)



제1조(목적) 이 법은 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활을 꾀하는 것을 목적으로 한다.



제28조(사업주의 장애인 고용 의무) ① 상시 50명 이상의 근로자를 고용하는 사업주(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 공사 실적액이 고용노동부장관이 정하여 고시하는 금액 이상인 사업주)는 그 근로자의 총수(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공사 실적액을 근로자의 총수로 환산한다)의 100분의 5의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율(이하 ㆍ " 의무고용률ㆍ " 이라 한다) 이상에 해당(그 수에서 소수점 이하는 버린다)하는 장애인을 고용하여야 한다.



제33조(사업주의 부담금 납부 등) ① 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주(상시 100명 미만의 근로자를 고용하는 사업주는 제외한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매년 고용노동부장관에게 부담금을 납부하여야 한다.

② 부담금은 사업주가 의무고용률에 따라 고용하여야 할 장애인 총수에서 매월 상시 고용하고 있는 장애인 수를 뺀 수에 제3항에 따른 부담기초액을 곱한 금액의 연간 합계액으로 한다.

③ 부담기초액은 장애인을 고용하는 경우에 매월 드는 다음 각 호의 비용의 평균액을 기초로 하여 고용정책심의회의 심의를 거쳐 「최저임금법」에 따라 월 단위로 환산한 최저임금액의 100분의 60 이상의 범위에서 고용노동부장관이 정하여 고시하되, 장애인 고용률(매월 상시 고용하고 있는 근로자의 총수에 대한 고용하고 있는 장애인 총수의 비율)에 따라 부담기초액의 2분의 1 이내의 범위에서 가산할 수 있다. 다만, 장애인을 상시 1명 이상 고용하지 아니한 달이 있는 경우에는 그 달에 대한 사업주의 부담기초액은 「최저임금법」에 따라 월 단위로 환산한 최저임금액으로 한다.

1. 장애인을 고용하는 경우 필요한 시설ㆍ장비의 설치, 수리에 드는 비용

2. 장애인의 적정한 고용관리를 위한 조치에 필요한 비용

3. 그 밖에 장애인을 고용하기 위하여 특별히 드는 비용 등

④ 고용노동부장관은 제22조의4제1항에 따라 인증을 받은 장애인 표준사업장 또는 「장애인복지법」 제58조제1항제3호의 장애인 직업재활시설에 도급을 주어 그 생산품을 납품받는 사업주에 대하여 부담금을 감면할 수 있다.

⑤ 사업주는 다음 연도 1월 31일(연도 중에 사업을 그만두거나 끝낸 경우에는 그 사업을 그만두거나 끝낸 날부터 60일)까지 고용노동부장관에게 부담금 산출에 필요한 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항을 적어 신고하고 해당 연도의 부담금을 납부하여야 한다.

⑥ 고용노동부장관은 사업주가 제5항에서 정한 기간에 신고를 하지 아니하였을 때에는 이를 조사하여 부담금을 징수할 수 있다.

⑦ 고용노동부장관은 제5항에 따라 부담금을 신고(제8항에 따른 수정신고를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 납부한 사업주가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이를 조사하여 해당 사업주가 납부하여야 할 부담금을 징수할 수 있다.

1. 사업주가 신고한 부담금이 실제로 납부하여야 할 금액에 미치지 못하는 경우

2. 사업주가 납부한 부담금이 신고한 부담금에 미치지 못하는 경우

3. 사업주가 신고한 부담금을 납부하지 아니한 경우

⑧ 사업주는 제5항에 따라 신고한 부담금이 실제 납부하여야 하는 부담금에 미치지 못할 때에는 해당 연도 2월 말일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정신고하고 그 부담금의 차액을 추가로 납부할 수 있다.

⑨ 고용노동부장관은 사업주가 납부한 부담금이 실제 납부하여야 할 부담금을 초과한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 초과한 금액에 대통령령으로 정하는 이자율에 따라 산정한 금액을 가산하여 환급하여야 한다.

⑩ 부담금은 대통령령으로 정하는 대로 분할 납부를 하게 할 수 있다. 이 경우 분할 납부를 할 수 있는 부담금을 제5항에 따른 납부 기한에 모두 납부하는 경우에는 그 부담금액의 100분의 5 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 금액을 공제할 수 있다.

⑪ 제4항에 따른 도급의 기준, 그 밖에 부담금 감면의 요건ㆍ기준 등에 필요한 사항은 고용노동부장관이 정한다.



제37조(독촉 및 체납처분) ① 고용노동부장관은 부담금, 그 밖에 이 법에 따른 징수금을 납부 의무자가 납부하지 아니하였을 때에는 기한을 정하여 독촉하여야 한다.

② 고용노동부장관은 제1항에 따라 독촉을 하는 경우에는 독촉장을 발부하여야 한다. 이 경우에는 10일 이상의 납부 기간을 주어야 한다.

③ 제1항에 따라 독촉을 받은 자가 그 납부 기한까지 부담금이나 그 밖에 이 법에 따른 징수금을 납부하지 아니하였을 때에 고용노동부장관은 국세 체납처분의 예에 따라 징수할 수 있다.



(3) 부담금관리 기본법(2021.6.15. 법률 제18243호로 개정되기 전의 것)



제2조(정의) 이 법에서  "부담금”이란 중앙행정기관의 장, 지방자치단체의 장, 행정권한을 위탁받은 공공단체 또는 법인의 장 등 법률에 따라 금전적 부담의 부과권한을 부여받은 자(이하  "부과권자”라 한다)가 분담금, 부과금, 기여금, 그 밖의 명칭에도 불구하고 재화 또는 용역의 제공과 관계없이 특정 공익사업과 관련하여 법률에서 정하는 바에 따라 부과하는 조세 외의 금전지급의무(특정한 의무이행을 담보하기 위한 예치금 또는 보증금의 성격을 가진 것은 제외한다)를 말한다.



제3조(부담금 설치의 제한) 부담금은 별표에 규정된 법률에 따르지 아니하고는 설치할 수 없다.

■ 부담금관리 기본법 [별표] ＜개정 2020. 2. 18.＞



이 법에 따라 설치하는 부담금(제3조 관련)



67. 「장애인고용촉진 및 직업재활법」 제33조에 따른 장애인 고용부담금





(4) 국세기본법(2021.12.21. 법률 제18586호로 개정되기 전의 것)



제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. ㆍ " 공과금ㆍ " (公課金)이란 「국세징수법」에서 규정하는 강제징수의 예에 따라 징수할 수 있는 채권 중 국세, 관세, 임시수입부가세, 지방세와 이와 관계되는 강제징수비를 제외한 것을 말한다.