심판청구를 기각한다.

1. 처분 개요



가. 청구인은 서울특별시 서초구 OOO대지 388㎡, OOO대지 113㎡, OOO대지 1㎡ 3필지 합계 502㎡(이하  "쟁점토지”라 한다)와 같은 동 OOO지상 99.85㎡ 단층주택(이하  "쟁점주택”이라 하고 쟁점토지를 포함하여  "쟁점부동산”이라 한다)을 2024.8.5. 양도하고, 쟁점토지 전부를 쟁점주택의 부수토지로 보아 장기보유특별공제율 80%를 적용하여 2024.10.17. 양도소득세를 예정신고ㆍ ㆍ 납부하였으나, 쟁점토지 중 쟁점주택 정착면적의 3배를 초과하는 부수토지에 대하여 장기보유특별공제율 30% 및 비사업용 토지 중과세율을 적용하여 2024.11.28. 2024년 귀속 양도소득세를 수정 신고하였다.



한편, 청구인의 쟁점부동산 매매계약 당시 쟁점토지상에는 24㎡의 무허가 건물(이하  "쟁점무허가건물”이라 한다)이 존재하였으나, 쟁점부동산 매매계약 특약에 따라 잔금청산일(2024.8.5.) 전 철거하였다.



나. 청구인은 쟁점토지 전부에 대한 장기보유특별공제 및 기본세율 적용 등을 이유로 하여 2025.2.10. 쟁점부동산의 양도소득세를 경정청구하였으나, 처분청은 2025.4.23. 이를 거부하였다.



다. 청구인은 이에 불복하여 2025.6.24. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장



(1) 쟁점부동산은 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 OOO원을 초과하는 고가주택과 이에 딸린 토지에 해당하므로, 「소득세법 시행령」 제160조에 따라 쟁점주택 및 쟁점토지 전체 면적에 대하여 고가주택에 대한 양도차익 등을 산정하고 양도소득세 기본(누진)세율을 적용하여야 한다.



(가) 「소득세법」 제89조 제1항은 ‘고가주택’을 ‘주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 OOO원을 초과하는 경우’로 정의하고 있고, 주택과 이에 딸린 토지를 포함하여 ‘고가주택’의 개념으로 보고 있으며, 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 주택 보유기간이 2년 이상이고(취득 당시 조정대상지역 내 주택의 경우) 거주기간이 2년 이상일 경우, 해당 주택과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(주택부수토지)의 양도로 발생하는 소득은 비과세 양도소득으로 보지만, 해당 주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 OOO원을 초과하는 고가주택(이에 딸린 토지 포함)의 경우에는 비과세 대상에서 제외하고 있다.



또한, 고가주택(이에 딸린 토지 포함)에 해당하는 자산을 과세함에 있어서는, 그 양도차익 및 장기보유특별공제액은 같은 법 시행령 제160조 제1항에 의해 계산하도록 규정하고 있다.



즉, 고가주택에 해당하는 자산의 경우, 「소득세법」 제95조 제1항에 따른 양도차익에, 양도가액에서 OOO원을 공제한 금액을 양도가액으로 나눈 숫자를 곱하여 양도차익을 산정하며, 장기보유특별공제액 역시 양도가액에서 OOO원을 공제한 금액을 양도가액으로 나눈 숫자를 곱하여 장기보유특별공제액을 산정한다.



(나) 그 산정 과정에서, 주택 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지만을 고가주택에 딸린 토지로 본다거나, 그 기준면적을 초과하는 토지의 경우 양도가액을 안분하여 계산한다거나, 공제하는 OOO원을 안분하여 계산한다거나 하는 「소득세법」 규정은 존재하지 않는다.



따라서, 고가주택의 부수토지에 대하여는, 「소득세법 시행령」 제160조 제1항에 의해 양도차익 및 장기보유특별공제액을 산정하여 나온 자산의 양도소득금액에 대해, 같은 법 제104조 제1항 제1호에 따른 기본(누진)세율이 적용된다고 할 것이다.



(2) 쟁점부동산 양도 시 주택 정착 면적은 쟁점주택과 쟁점무허가건물의 정착 면적을 합하여 쟁점토지의 기준면적이 산정되어야 한다.



(가) 다수의 국세청 유권해석(사전 2020 법령해석재산-823, 2020.12.14. 등)은 주택에 해당하는지 여부는 양도일 현재를 기준으로 판단하되, 매매특약에 의하여 매매계약일 이후 주택을 멸실한 경우에는 매매계약일 현재를 기준으로 판단한다고 하였다.



(나) 청구인은 쟁점토지 위에 쟁점주택 및 쟁점무허가건물을 소유하고 있다가, 2024.4.9. 쟁점토지와 쟁점주택ㆍ ㆍ 쟁점무허가건물을 매수인들에게 양도하는 내용의 매매계약을 체결하면서, 매매특약으로 매수인들로부터 잔금을 지급받고 쟁점무허가건물을 철거해 주기로 하는 사항을 약정하였다.



(다) 1세대1주택 비과세여부를 판정함에 있어서도 원칙적으로는 양도일 현재를 기준으로 주택에 해당하는지를 판단하는 것이지만, 매매계약 후 양도일 이전에 매매특약에 의하여 주택이 멸실된 경우에는 매매계약일 현재를 기준으로 판단하는 것으로 다수의 국세청 유권해석에서 명확히 한바, 주택부수토지를 산정함에 있어서도 그 기준이 되는 ‘주택의 정착면적’은 매매계약일 현재를 기준으로 판단하여야 할 것이다.



(3) 건축물이 철거된 토지의 경우 건축물이 철거된 날부터 2년은 부득이한 사유가 있다고 보아 비사업용 토지로 보지 않는 것이므로, 쟁점무허가건물이 철거된 날부터 2년 이내에 양도된 쟁점토지에 관하여는 비사업용 토지에 대한 양도소득세 세율이 아닌 양도소득세 기본(누진)세율을 적용하여야 한다.



「소득세법」 제104조의3 제2항, 같은 법 시행령 제168조의14 제1항 제4호, 같은 법 시행규칙 제83조의5 제1항 제9호에 의하면 건축물이 철거된 토지의 경우 건축물이 철거된 날부터 2년은 부득이한 사유가 있다고 보아 양도소득세율 적용 시 비사업용 토지로 보지 않도록 규정하고 있는바, 쟁점무허가건물이 철거된 날부터 2년 이내 양도된 쟁점토지의 전체 면적을 비사업용 토지로 보아서는 안 되고, 전체 면적 중 비과세 기준면적을 초과하는 토지 부분에 대하여는 비사업용 토지에 대한 양도소득세 세율 적용이 아닌 양도소득세 기본(누진)세율이 적용되어야 한다.



나. 처분청 의견



(1) 고가주택의 특례규정도 1세대1주택 비과세 주택의 부수토지 면적 제한 규정에 따라 계산한 부수토지면적 범위 내에서 과세ㆍ ㆍ 비과세 양도차익을 구분하여 과세대상 양도차익에 대하여 1세대1주택 장기보유특별공제를 적용하는 것이며, 주택 정착면적의 제한배율을 초과한 고가주택 부수토지는 「소득세법」제104조의3 제1항 5호 및 같은 법 시행령 제168조의12에 따라 비사업용 토지로 과세함이 타당하다.



(가) 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 1세대1주택 비과세 규정을 살펴보면, 각 목에 해당하는 주택(주택 및 그 부수토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 OOO원을 초과하는 고가주택은 제외)과 이에 딸린 토지로서 건물 정착면적에 시행령에서 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도 소득을 비과세 소득으로 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제154조 제7항에서 비과세되는 주택 부수토지 면적은 주택 정착면적 대비 면적배율을 곱하여 계산하는 것으로 규정하고 있다.



(나) 또한, 「소득세법 시행령」 제159조의4에서 「소득세법」 제95조 제2항 단서의 [표2] 적용대상을 나타내고 있는데 그 내용은  "1세대1주택은 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것”으로 되어 있고, 같은 영 제154조, 제155조, 제155조의2 등에서 양도소득세가 비과세 되는 1세대1주택 및 1세대1주택으로 보는 경우에 대해서도 그 기준을  "1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것”으로 규정한바, 그 기준이 동일한 것에 비추어 볼 때 같은 영 제154조 제1항의 비과세 주택을 전제로 [표2] 장기보유특별공제가 적용되는 것임을 알 수 있다.


(다) 고가주택의 양도차익 특례규정인 「소득세법」 제95조 제3항(이하  "고가주택 특례규정”이라 한다)은 같은 법 제89조 제1항 제3호의 비과세 대상에서 제외되는 고가주택의 양도차익 계산방법을 같은 법 시행령 제160조 제1항에 위임하고 있고, 같은 영 제160조 제1항에서는 양도가액과 양도가액에서 OOO원을 차감한 금액을 나눈 비율로 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 비과세 주택과 같이 OOO원 이하분에 해당하는 비과세 양도차익과 OOO 초과분에 해당하는 과세되는 양도차익을 구분하고 있는 문언 체계 등을 감안할 때,



고가주택의 특례규정도 1세대1주택 비과세 주택의 부수토지 면적제한 규정에 따라 계산한 부수토지면적 범위내에서 과세ㆍ ㆍ 비과세 양도차익을 구분하여 과세대상 양도차익에 대하여 1세대1주택 장기보유특별공제[표2]를 적용하는 것이며, 주택 정착면적의 제한배율을 초과한 고가주택 부수토지는 「소득세법」 제104조의3 제1항 5호 및 같은법 시행령 제168조의12에 따라 비사업용 토지로 과세함이 타당하고, 기획재정부 유권해석(기획재정부 재산세제과-915, 2011.10.27.)에서도 이를 명확히 한바 있다.



(라) 한편, 청구인은 고가주택 특례규정 및 그 계산규정에서 부수토지 면적한도를 적용해야 한다는 명시적인 내용이 없으므로 고가주택은 그 부수토지의 면적 제한 없이 전체 부수토지를 주택의 부수토지로 적용해야 한다고 주장하나,



청구주장대로 고가주택 특례규정을 해석한다면, 고가주택이 OOO원 이하 주택의 경우에 비하여 더 유리한 결과를 낳게 되어 조세형평에 반하고, 고가주택 양도의 경우 주택 정착면적의 일정배율을 곱한 면적을 초과하는 토지를 비사업용 토지로 보아 중과세하고자 하는 입법취지에도 부합하지 않는다(서울행정법원 2019.9.10. 선고 2018구단74696 판결).



(2) 양도소득세는 양도로 인해 발생하는 소득에 대해 과세하는 것으로 양도일 현재를 기준으로 판정하는 것이 문언해석 및 양도소득세 기본법리에도 부합하고 대법원 2012.7.12. 선고 2011두31963 판결에서도 양도소득세의 면제나 중과 요건의 판정은 양도 시를 기준으로 하는 것이 원칙이라고 판시하고 있다.



(가) 「소득세법」상 1세대1주택 비과세는 1세대가  "양도일 현재” 국내에 1주택을 보유하고 있으면서, 해당 주택의 보유기간이 2년 이상일 때 비과세를 적용하는 것이므로 양도물건이 1세대1주택인지, 보유기간이 2년 이상인지 여부의 판정시기를  "양도일 현재”로 명확히 규정하고 있다.



또한, 「소득세법」상 양도시기는 원칙적으로 대금청산일로, 대금청산일 현재 양도하는 주택에 대하여 1세대1주택 비과세를 여부를 판정하는 것이고, 이 건은 대금청산일 전에 무허가주택을 멸실하였으므로, 무허가주택과 그 부수토지에 관하여 1세대1주택 비과세를 적용할 수 없으며, 「소득세법」 제95조 제3항의 고가주택 특례규정은  "제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택”을 적용대상으로 함에 따라 1세대1주택 비과세 주택을 전제로 계산하는 규정임이 문언상 명확한 바, 양도일 현재 양도하는 주택과 그 부수토지에 한정하여 적용함이 타당하다.



(나) 한편 청구인이 처분청 유권해석으로 주장하는 사례는 양도일 현재로 판정한다는 기획재정부의 새로운 유권해석[재산세제과-1543(2022.12.20.)]에 따라 삭제된 것이므로 이 건 양도의 경우 새로운 기획재정부 유권해석을 적용하는 것이 타당하다.



(3) 「소득세법」 제104조의3에 따라 비사업용 토지를 판정함에 있어 공익, 기업의 구조조정 또는  "불가피한 사유”로 법령상 제한, 토지의 현황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 토지의 경우, 일정 기간을 비사업용 토지로 보지 않는 것이고, 같은 법 시행규칙 제83조의5 제1항 제9호에서는 건축물이 멸실ㆍ ㆍ 철거되거나 무너진 토지는 당해 건축물이 멸실ㆍ ㆍ 철거된 날부터 2년 이내까지는 비사업용 토지에서 제외하고 있는데 청구인의 쟁점무허가건물(24㎡)은 2015년에 「건축법」 위반 건축물로 지정된 사실이 건축물 대장에서 확인되고, 쟁점무허가건물을 무단 증축한 혐의로 이행강제금이 2015년부터 2023년까지 부과된 사실과 2024.7.25. 「건축법」 위반 건축물에서 해제된 사실이 확인된다.



(가) 국세청 유권해석(서면상담4팀-3290, 2007.11.14. 외 다수)은 「건축법」을 위반하여  "철거를 목적”으로 이행강제금 등이 부과되었던 무허가 건물을 철거한 경우, 해당 토지는 「소득세법 시행규칙」 제83조의5 제1항 제9호에 따른 건축물이 철거되거나 무너져 2년이 경과되지 않은 토지로 보지 않고 있고, 대법원 2010.8.19. 선고 2010두7291 판결에서도 가설건축물인 모델하우스의 경우, 일반건축물과 달리 2년 이내 존치기간이 정해져 있고, 존치기간이 경과할 경우 철거하는 것을 전제로 축조된 것이므로 모델하우스 철거를  "부득이한 사유로 볼 수 없는 점” 등을 종합할 때, 가설건축물인 모델하우스는 「소득세법 시행규칙」 제83조의5 제1항 제3호의 건축물에 해당한다고 볼 수 없다고 판시한바, 「건축법」을 위반하여 철거될 예정인 무허가 건물이 철거된 토지는 「소득세법 시행규칙」 제83조의5 제1항 제9호의  "부득이한 사유”로 건축물이 멸실ㆍ ㆍ 철거된 날부터 2년 이내에 있는 토지로 볼 수 없다.



(나) 설령, 청구인의 쟁점무허가건물이 「소득세법 시행규칙」 제83조의5 제1항 제9호에 해당하는 무허가 건물이라 하더라도, 청구인은 철거된 쟁점무허가건물 정착면적(24㎡)과 1세대1주택 비과세를 적용받지 못한 정착면적의 3배를 초과한 주택의 부수토지 면적 모두를 「소득세법 시행규칙」 제83조의5 제1항 제9호에 해당(건축물이 멸실ㆍ ㆍ 철거된 토지)하는 면적이라고 주장하나,



「소득세법 시행규칙」 제83조의5 제1항 제9호에서  "건축물이 멸실ㆍ ㆍ 철거되거나 무너진 토지 면적”으로 그 범위를 명확히 규정하고 있는 바, 쟁점무허가건물의 정착면적(24㎡)만 「소득세법 시행규칙」 제83조의5 제1항 제9호의 건축물이 멸실ㆍ ㆍ 철거되거나 무너진 날부터 2년 이내 토지 여부인지 판단하는 것이 타당하다.



청구주장대로 「소득세법 시행규칙」 제83조의5 제1항 제9호의 건축물이 멸실 철거되거나 무너진 토지의 해당여부 판정 사례에만, 면적제한 없이 부수토지면적 전체를 건물이 철거된 토지 면적으로 적용한다면, 철거하지 않고 양도하는 주택의 정착면적의 일정배율을 초과하는 토지를 비사업용 토지로 보아 중과세하고자 하는 「소득세법 시행령」 제168조의12와 그 취지가 배치되고 과세형평성도 침해하므로 타당하지 않다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁 점



① 「소득세법」 제89조 제1항 제3호에서 규정하는 고가주택의 범위를 주택부수토지의 면적배율 규정 적용없이 전체 주택 부수토지면적을 포함하는 것으로 보아 그 양도차익에 대하여 장기보유특별공제와 양도소득세 기본세율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부



② 쟁점부동산의 잔금청산일 전 멸실된 쟁점무허가건물의 부수토지를 주택의 부속토지로 보아야 한다는 청구주장의 당부



③ 쟁점토지상의 쟁점무허가건물이 철거된 날부터 2년 이내에 양도되었으므로 쟁점무허가건물의 부수토지는 비사업용 토지에 해당되지 아니한다는 청구주장의 당부



나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재



다. 사실관계 및 판단



(1) 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.



(가) 청구인은 쟁점토지 전부를 주택의 부수토지로 보아 장기보유특별공제율 80%를 적용하여 2024.10.17. 2024년 귀속 양도소득세 예정신고ㆍ ㆍ 납부하였으나, 쟁점토지 중 쟁점주택 정착면적의 3배를 초과하는 부수토지에 대하여 장기보유특별공제율 30% 및 비사업용 토지 중과세율을 적용하여 2024.11.28. 양도소득세를 수정 신고ㆍ ㆍ 납부한 것으로 나타난다.



(나) 청구인의 이 건 경정청구 내역은 아래 ＜표＞와 같고 쟁점별 세액 산출 근거는 아래 그림과 같다.



＜표＞ 청구인의 경정청구시 산출세액 내역



(단위 : 백만원)



(2) 청구인이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.



(가) 청구인이 매도한 쟁점부동산의 위치는 아래와 같이 확인된다.



＜쟁점 부동산 위치＞



(나) 청구인은 2024.4.9. 쟁점부동산을 a, b에게 OOO원에 매도하기로 매매계약을 체결하고, 2024.8.5. 잔금 OOO원을 지급받았으며, 2024.8.12. a, b에게 소유권이전한 사실이 부동산 매매계약서 및 등기사항전부증명서에서 확인된다.



＜쟁점부동산 매매계약서＞



(다) 청구인은 2015년부터 2023년까지 쟁점무허가건물로 인해 서울특별시 서초구청장에게 과태료(건축이행강제)를 납부해온 것으로 확인된다.



(라) 일반건축물대장에 의하면, 쟁점주택(89-7)은 대지면적 382㎡, 연면적 142.19㎡, 건축면적 및 용적율 산정용 연면적 99.85㎡, 연와조 슬라브위지붕잇기 지하1층, 지상1층 단독주택이며, 청구인의 쟁점무허가건물(24㎡)은 2015.12.9. 위반건축물로 지정되었고, 2024.7.25. 위반건축물 해제[구조 : 판넬, 용도 : 주거(창고), 면적 : 24㎡ 자진정비]된 것으로 나타난다.



(마) 주민등록표에 의하면, 청구인은 쟁점주택 소재지로 2001.11.12. 전입한 후 2024.10.24. 전출한 것으로 확인된다.



(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.



(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 「소득세법」 제89조 제1항 제3호에서 규정하는 고가주택의 범위에 주택부수토지의 면적배율 규정 적용없이 쟁점토지 전체가 주택부수토지 면적에 포함되므로 초과된 부수토지에 대하여도 장기보유특별공제와 양도소득세 기본세율을 적용하여야 한다고 주장하나,



「소득세법」 제89조 제1항 제3호는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(주택부수토지)의 양도로 발생하는 소득으로 규정하고 있는바, 이는 주택과 주택부수토지의 양도소득에 대한 비과세 대상을 규정하고 있고, 주택의 괄호부분에서 주택과 주택부수토지의 가액을 정하고 있으며, 위 법에서 위임한 주택부수토지의 배율을 「소득세법 시행령」 제155조 제7항에서 정하고 있어, 고가주택의 범위를 주택과 제한배율을 곱한 주택부수토지의 가액이 OOO원을 초과하는 주택으로 해석하는 것이 합리적인 점,



「소득세법」제104조의3 제1항 제5호 및 같은 법 시행령 제168조의12에서 「지방세법」 제106조 제2항에 따른 주택부속토지 중 주택이 정착된 면적에 지역별로 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지는 비사업용 토지로 규정하고 있는 점, 고가주택의 양도차익 계산방법을 「소득세법」제95조 제3항 및 같은 법 시행령 제160조 제1항에서 양도가액으로 양도가액에서 OOO원을 차감한 금액을 나눈 비율 등을 차등적용하여 양도차익을 계산하고 있는 점, 주택정착면적 배율과 관계없이 주택부수토지 전체에 대해 1세대1주택에 해당하는 특례를 적용할 경우, 고가주택의 양도차익을 비과세 규정에서 배제하는 입법취지에 반하는 점 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.



(나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산의 잔금청산일 전 멸실된 쟁점무허가건물의 부수토지를 주택의 부속토지로 보아야 한다고 주장하나,



「소득세법 시행령」 제154조 제1항은 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 ㆍ " 대통령령으로 정하는 요건ㆍ " 이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년 이상인 것을 말한다고 규정하고 있는바, 「소득세법」 제98조에서 자산의 양도시기는 원칙적으로 대금청산일로 규정하고 있고, 쟁점무허가건물은 쟁점부동산의 잔금청산일(2024.8.5.) 전에 멸실(2024.7.25.)되어 양도일 현재에는 쟁점무허가건물(24㎡)이 없는 상태이므로 쟁점무허가건물 면적을 쟁점주택의 면적에 포함하여 부수토지의 배율을 산정하기는 어려운 점 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.



(다) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지상의 쟁점무허가건물이 철거된 날부터 2년 이내에 양도되었으므로 쟁점무허가건물의 부수토지는 비사업용 토지에 해당되지 아니한다고 주장하나,



「소득세법 시행령」 제168조의14 제1항 제4호에서 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준을 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지로 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제83조의5 제1항 제9호에서 건축물이 멸실ㆍ철거되거나 무너진 토지는 그 날부터 2년 기간 동안은 비사업용 토지에 해당하지 아니한다고 규정하고 있는바, 쟁점무허가건물(24㎡)은 위반건축물로 등재되어 있어 정비대상 건물로서 쟁점무허가건물의 부수토지는 「소득세법 시행령」 제168조의14 제1항 제4호에서 규정한 부득이한 사유가 있어 건물이 멸실ㆍ철거된 토지로 보기는 어려운 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다 할 것이다.



따라서 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등



(1) 소득세법



제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하  "양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 ㆍ " 주택부수토지ㆍ " 라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택



제95조(양도소득금액과 장기보유 특별공제액) ② 제1항에서 ㆍ " 장기보유 특별공제액ㆍ " 이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.



③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하  "양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.
1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산 : 제55조 제1항에 따른 세율(분양권의 경우에는 양도소득 과세표준의 100분의 60)
2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에서 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것 : 양도소득 과세표준의 100분의 40[주택(이에 딸린 토지로서 대통령령으로 정하는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다), 조합원입주권 및 분양권의 경우에는 100분의 60]
8. 제104조의 3에 따른 비사업용 토지


제104조의3(비사업용 토지의 범위) ① 제104조 제1항 제8호에서 ㆍ " 비사업용 토지ㆍ " 란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
5. 「지방세법」 제106조 제2항에 따른 주택부속토지 중 주택이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지
② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령(2025.2.28. 대통령령 제35349호로 일부개정되기 전의 것)

제154조(1세대1주택의 범위) ①법 제89조 제1항 제3호 가목에서 ㆍ " 대통령령으로 정하는 요건ㆍ " 이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 ㆍ " 조정대상지역ㆍ " 이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.(각 호 생략)
⑦ 법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서  "지역별로 대통령령으로 정하는 배율”이란 다음의 배율을 말한다.
1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 제1호에 따른 도시지역 내의 토지: 다음 각 목에 따른 배율
가. 「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권(이하 이 호에서  "수도권”이라 한다) 내의 토지 중 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역 내의 토지: 3배
나. 수도권 내의 토지 중 녹지지역 내의 토지: 5배
다. 수도권 밖의 토지: 5배
2. 그 밖의 토지: 10배

제155조(세대1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 ㆍ " 종전의 주택ㆍ " 이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 ㆍ " 신규 주택ㆍ " 이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 같은 항 제2호 가목 및 같은 항 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 않으며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

제159조의4(장기보유특별공제) 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서 및 같은 조 제5항 각 호 외의 부분에서  "대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 각각 1세대가 양도일(주택의 매매계약을 체결한 후 해당 계약에 따라 주택을 주택 외의 용도로 용도변경하여 양도하는 경우에는 해당 주택의 매매계약일을 말한다) 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2ㆍ제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 이 경우 해당 1주택이 제155조 제3항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 해당 주택에 거주한 공동상속인 중 그 거주기간이 가장 긴 사람이 거주한 기간으로 판단한다.

제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택(하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 않는다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 12억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.



제168조의12(주택부수토지의 범위) 법 제104조의3 제1항 제5호에서  "지역별로 대통령령으로 정하는 배율”이란 다음 각 호의 배율을 말한다.

1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 제1호에 따른 도시지역 내의 토지: 다음 각 목에 따른 배율
가. 「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권(이하 이 호에서  "수도권”이라 한다) 내의 토지 중 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역 내의 토지 : 3배
나. 수도권 내의 토지 중 녹지지역 내의 토지 : 5배
다. 수도권 밖의 토지 : 5배
2. 그 밖의 토지 : 10배

제168조의14(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등) ① 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 ㆍ " 비사업용 토지ㆍ " 라 한다)에 해당하는지를 판정한다.
1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간
2. 토지를 취득한 후 「문화유산의 보존 및 활용에 관한 법률」 또는 「자연유산의 보존 및 활용에 관한 법률」에 따라 지정된 보호구역 안의 토지 : 보호구역으로 지정된 기간
3. 제1호 및 제2호에 해당되는 토지로서 상속받은 토지 : 상속개시일부터 제1호 및 제2호에 따라 계산한 기간
4. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령으로 정하는 기간

(3) 소득세법 시행규칙

제83조의5(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 영 제168조의14 제1항 제4호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.
9. 건축물이 멸실ㆍ철거되거나 무너진 토지 : 당해 건축물이 멸실ㆍ철거되거나 무너진 날부터 2년