심판청구를 기각한다.

1. 처분개요



가. 청구법인은 서울특별시 OOO에서 백화점사업을 영위하고 있는 내국법인으로 모법인인 청구법인과 연결자법인인 ㈜A(이하  "A”라 한다) 및 ㈜B(이하  "B”라 한다) 등이 연결납세제도를 통해 법인세를 신고ㆍ납부하고 있다.



청구법인은「장애인고용촉진 및 직업재활법」(이하  "장애인고용법”이라 한다)제33조 제1항에 따라 2019사업연도부터 2023사업연도까지 합계 OOO원(이하  "쟁점부담금”이라 한다)을 손금에 산입하지 아니하고 법인세를 신고ㆍ납부하였으나, 2025.4.30. 쟁점부담금이 손금에 해당한다고 보아 아래 ＜표1＞과 같이 경정청구를 제기하였다.



＜표1＞ 쟁점부담금 내역 및 경정청구 내역

○○○



나. 처분청은 청구법인의 경정청구를 검토한 결과 쟁점부담금이 「법인세법」제21조 제5호에 따른 손금불산입 대상 공과금에 해당한다고 보아 2025.5.28. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.



다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.14. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구법인 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인 주장



(1) 쟁점부담금은 「법인세법」상 의무불이행에 대한 제재로서 부과하는 공과금에 해당하지 않으므로 손금산입 대상으로 보아야 한다.



(가) 「법인세법」제21조 제5호는 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금을 손금불산입 대상으로 정하고 있고, 이때 제재는 국가 공권력의 행사와 관련된 의무불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 행정상 제재를 말하므로 제재로서 부과되는 공과금을 손금으로 산입 시 법인의 위법행위에 대하여 조세절감액 만큼을 사실상 국가가 보조하는 것과 같은 결과가 되어 국가정책이나 제도의 실효성, 제재의 효과가 반감될 수 있다. 즉 위법행위에 대한 제재로서 부과되는 공과금을 납부하는 것 자체는 위법한 것은 아니나 다만, 「법인세법」에서 그 원인행위에 대한 책임을 물어 손금산입 대상에서 배제하는 예외규정을 둠으로써 제재효과가 반감되지 않도록 한 것이다.



(나) 장애인 고용부담금의 경우 장애인고용법 제33조 제1항은 의무고용률을 충족하지 못한 상시 100명 이상의 근로자를 고용하는 사업주로 하여금 장애인 고용부담금을 납부하도록 하고 있고, 쟁점부담금은 장애인 고용의무자인 청구법인이 의무고용률에 못 미치게 장애인을 고용하여 부과된 것으로 청구법인의 법령에 따른 의무불이행에 대하여 부과된 것이라고 볼 수 있다.



그러나, 헌법재판소의 결정(헌법재판소 2003.7.24. 선고 2001헌바96결정), 장애인고용법의 문언, 장애인 고용부담금의 목적과 성격을 보면 쟁점부담금은 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 유도적ㆍ조정적 (특별)부담금의 성격이 강하므로, 이를 법령에 따른 의무불이행에 대한 제재로서 부과된 것이라고 단정하기는 어렵고,



장애인 고용률에 따라 부담기초액을 차등하여 정한 것은 장애인 고용촉진을 유도하기 위한 정책목표를 달성의 수단일 뿐 징벌적 성격을 갖는 것이 아니며,



장애인을 고용하는 사업주와 고용하지 않는 사업주 간 형평을 실행하고자 하는 것으로 조정적 성격을 가지므로 장애인을 고용하는 사업자가 작업설비 등의 개선을 위하여 지는 부담을 줄이기 위한 사업주의 공동 갹출금이므로 쟁점부담금은 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반되어 발생하는 사업경비로서의 성격을 가진다.



(나) 사업주가 장애인 고용의무를 이행하지 않아 장애인고용법 제28조 제1항을 위반하더라도 이에 대한 처벌규정이 존재하지 않고, 장애인 고용의무 불이행에 대한 공표는 정당한 사유를 증명하면 공표 조치를 면제받을 수 있도록 하고 있으므로 장애인 고용의무에 강한 규범력을 부여하였다고 보기도 어렵다.



(다) 「법인세법」상 손금산입의 원칙을 보면 공과금은 법인의 일정한 사업이나 거래 등을 하는데 수반되거나 자산의 보유에 대하여 강제적으로 부과되는 것으로서 사업경비의 성격을 가지므로 손금에 산입되는 것을 원칙으로 하며, 예외적으로 비용으로서의 성격을 가지지 않거나, 조세정책적 또는 기술적 이유로 손금에 산입하지 않는 것이 바람직하다고 보아 법률로 정하는 경우에 한하여 손금불산입 대상으로 삼는 것이 소득에 대한 과세로서의 「법인세법」의 본질 및 구조에 부합하는데,



1998.12.28. 법률 제5581호로 전부개정되기 전 「법인세법」 제16조 제5호 및 같은 법 시행령 제25조 제1항을 보면 손금불산입에서 제외되는 공과금을 열거하면서 장애인 고용부담금을 그 중에 하나로 포함하고 있다가 헌법재판소의 위헌결정(헌법재판소 1997.7.16. 선고 96헌바36 내지 49 결정)으로 정부는 1997.12.31. 대통령령 제15564호로 「법인세법 시행령」으로 개정하면서 손금산입되는 공과금의 범위를 포괄적으로 규정하였다.



이후 「법인세법」을 개정(1998.12.28. 법률 제5581호로 전부개정된 것)하여 손금불산입에 관한 제세공과금의 유형을 구체적으로 규정하였고, 이후 2000.12.29. 법률 제6293호로 「법인세법」을 개정하여 「법인세법」 제21조는 위헌결정 이전 규정(손금산입 공과금 열거주의) 보다 손금산입 공과금의 범위가 더 넓어지고 있다는 점을 고려할 때 어느 공과금이 「법인세법」제21조 제5호에서 제시하는 손금불산입 요건을 충족하였는지 여부는 해당 규정의 문언에 따라 엄격하게 해석할 필요가 있다.



(라) 최근 서울행정법원(서울행정법원 2023.5.2. 선고 2022구합65757 판결)은 장애인 고용부담금에 대하여 법령에 따른 의무불이행에 대한 제재로서 부과된 것이라고 단정하기 어렵다고 보았고,



항소심인 서울고등법원(서울고등법원 2023.12.5. 선고 2023누45325 판결) 역시 정책실현 목적의 부담금, 특히 유도적 부담금은 당연히 제재의 성격을 내포한다는 주장에 대해 모든 행정상 제재가 어느 정도 정책실현의 목적을 가진다고 볼 수 있을지 몰라도 역으로 정책 실현의 목적에 이바지하는 모든 부담금이 제재라고 볼 수 없으며, 법인세 관계 법령의 개정 연혁을 보더라도 헌법재판소의 위헌 결정에 따른 개정 전후 및 현재에 이르기까지 사회적인 변화나 정책적 전환 등으로 인해 장애인 고용부담금을 손금불산입할 필요성이 새로 생겼다거나 법령 개정 또는 입법 과정에서 그 논의가 있었다고 보기 어려운바, 장애인 고용부담금을 손금불산입한 처분은 위법하다고 판시한바 있으므로 이 건 경정청구 거부처분은 취소하는 것이 타당하다.



(2) 처분청 답변에 대한 청구법인의 항변내용은 다음과 같다.



(가) 기획재정부는 2023.12.27. 국회를 통과한 2023년 개정세법이 위임한 사항 등을 규정하기 위하여 2024.1.23. 2023년 세법개정 후속 시행령 개정안을 발표하였고, 여기에는 「법인세법 시행령」 제21조를 개정하여 법령상 의무 불이행에 대한 제재로 부과되는 공과금에 장애인 고용부담금을 손금불산입대상 공과금으로 명확히 하려는 내용이 포함되어 있었다가,



불과 한 달 뒤인 2024.2.27. 기획재정부에서 발표한 2023년 세법개정 후속 시행령 개정안 수정사항에서는 시행령에 명확히 하고자 했던 장애인 고용부담금 손금불산입 규정 개정안을 다시 삭제하고 현행유지하는 것으로 결정하였는데, 이는 기획재정부와 관계부처간 조정결과 장애인 고용부담금의 법적 성격을 손금불산입으로 단정하기 어렵다고 판단한 결과라고 할 수 있으며, 결국 현행 법령상 장애인 고용부담금을 손금으로 인정할 수 있는 여지가 충분함을 의미한다고 볼 수 있다.



(나) 청구법인은 장애인 고용확대를 위하여 장애인 채용공고를 여러 차례 진행하는 등 적극적인 노력을 기울였으나, 법정 고용률을 충족하지 못하여 불가피하게 쟁점부담금을 납부하여 왔고, 이와 같은 상황에서 발생한 부담금을 추가로 손금불산입하여 세법상 불이익을 부과하는 것은 장애인 고용확대라는 제도의 취지에도 부합하지 않으며, 장애인 고용을 장려하기 위한 정책수단이 기업에 이중의 부담(부담금 + 세부담)을 지우는 결과를 초래하게 되어 제도의 실효성을 악화시킬 우려가 있으므로 쟁점부담금을 손금산입하는 것이 타당하다.



나. 처분청 의견



(1) 장애인 고용부담금은「법인세법상」‘법령에 따른 의무의 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금’으로 보는 것이 타당하다.



장애인고용법은 사업주에게 장애인 고용률 준수의무를 부여하고 있고 의무고용률(3.1%)에 미달하는 경우 부담금을 부과하고 있으므로 장애인 고용부담금은 의무불이행에 대한 제재로서 납부하는 공과금에 해당한다.



장애인 고용부담금 산정의 중요한 요소인 부담기초액은 「최저임금법」상 최저임금액의 100분의 60 이상 범위에서 장애인 고용의무 불이행의 중한 정도에 따라 가산되도록 하고 있고, 특히, 장애인 고용의무 불이행의 정도가 가장 중한 정도로서 장애인을 1명 이상 고용하지 아니한 달이 있는 경우 기초부담액은 「최저임금법」상의 최저임금액을 그대로 적용하도록 하고 있는바, 이는 장애인 고용부담금이 ‘징벌’적 성격이 있는 것을 보여준다.



또한, 장애인고용법 제37조는 장애인 고용부담금 납부의무자가 그 의무를 이행하지 않으면 국세 체납처분의 예에 따라 강제징수할 수 있도록 하고 있으므로 장애인 고용부담금은 조세와 마찬가지로 공법상의 금전지급의무에 해당한다.



(2) 장애인 고용부담금은 손금불산입 대상에 해당한다.



장애인 고용부담금은 장애인고용법의 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활이라는 목적을 달성하기 위하여 각 사업주에게 장애인 고용의무를 이행하도록 강제하면서 이러한 의무를 불이행한 사업주에게 장애인 고용부담금을 납부하도록 하고 있고,



기획재정부 또한 유권해석을 통하여 장애인 고용부담금을 손금불산입 대상 공과금으로 보고 있는 점 등을 종합하면 장애인 고용부담금을 「법인세법」제21조 제5호의 공과금에 포함된다고 해석하는 것이 사회통념상 타당하다.


기획재정부 법인세제과-145, 2018.02.21.



「장애인고용촉진 및 직원재활법」제33조제1항에 따라 고용노동부장관에게 납부하는 장애인 고용부담금은 「법인세법」제21조 제5호에 따른 공과금에 해당되는 것임. 다만, 동 예규는 회신일 이후 장애인 고용부담금을 신고ㆍ ㆍ 납부하여야 하는 분부터 적용하는 것임





또한, 장애인 고용부담금이 손금으로 인정될 경우 제도 취지와 달리 장애인 고용을 기피하고 전액 손금이 인정되는 부담금 납부를 선택하게 되는 역효과 문제가 예상되고 그 경우 당초 정책적 목적달성을 저해할 수 있는 점 등을 고려할 때 장애인 고용부담금을 손금불산입 대상으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 타당하다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



장애인 고용부담금이 법인세법 제21조 제5호의 손금불산입 대상 공과금에 해당하는지 여부



나. 관련 법률



(1) 법인세법(2019.1.1. 법률 제16096호로 개정된 것)



제21조(세금과 공과금의 손금불산입) 다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

3. 벌금, 과료(통고처분에 따른 벌금 또는 과료에 상당하는 금액을 포함한다), 과태료(과료와 과태금을 포함한다), 가산금 및 체납처분비

4. 법령에 따라 의무적으로 납부하는 것이 아닌 공과금

5. 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금



(2) 장애인고용촉진 및 직업재활법(2017.11.28. 법률 제15110호로 개정된 것)



제1조(목적) 이 법은 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활을 꾀하는 것을 목적으로 한다.



제28조(사업주의 장애인 고용 의무) ① 상시 50명 이상의 근로자를 고용하는 사업주(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 공사 실적액이 고용노동부장관이 정하여 고시하는 금액 이상인 사업주)는 그 근로자의 총수(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공사 실적액을 근로자의 총수로 환산한다)의 100분의 5의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율(이하  "의무고용률”이라 한다) 이상에 해당(그 수에서 소수점 이하는 버린다)하는 장애인을 고용하여야 한다.

② 제1항에도 불구하고 특정한 장애인의 능력에 적합하다고 인정되는 직종에 대하여는 장애인을 고용하여야 할 비율을 대통령령으로 따로 정할 수 있다. 이 경우 그 비율은 의무고용률로 보지 아니한다.

③ 의무고용률은 전체 인구 중 장애인의 비율, 전체 근로자 총수에 대한 장애인 근로자의 비율, 장애인 실업자 수 등을 고려하여 5년마다 정한다.

④ 제1항에 따른 상시 고용하는 근로자 수 및 건설업에서의 공사 실적액 산정에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.



제33조(사업주의 부담금 납부 등) ① 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주(상시 50명 이상 100명 미만의 근로자를 고용하는 사업주는 제외한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매년 고용노동부장관에게 부담금을 납부하여야 한다.

② 부담금은 사업주가 의무고용률에 따라 고용하여야 할 장애인 총수에서 매월 상시 고용하고 있는 장애인 수를 뺀 수에 제3항에 따른 부담기초액을 곱한 금액의 연간 합계액으로 한다.

③ 부담기초액은 장애인을 고용하는 경우에 매월 드는 다음 각 호의 비용의 평균액을 기초로 하여 고용정책심의회의 심의를 거쳐 「최저임금법」에 따라 월 단위로 환산한 최저임금액의 100분의 60 이상의 범위에서 고용노동부장관이 정하여 고시하되, 장애인 고용률(매월 상시 고용하고 있는 근로자의 총수에 대한 고용하고 있는 장애인 총수의 비율)에 따라 부담기초액의 2분의 1 이내의 범위에서 가산할 수 있다. 다만, 장애인을 상시 1명 이상 고용하지 아니한 달이 있는 경우에는 그 달에 대한 사업주의 부담기초액은 「최저임금법」에 따라 월 단위로 환산한 최저임금액으로 한다.

1. 장애인을 고용하는 경우 필요한 시설ㆍ장비의 설치, 수리에 드는 비용

2. 장애인의 적정한 고용관리를 위한 조치에 필요한 비용

3. 그 밖에 장애인을 고용하기 위하여 특별히 드는 비용 등

④ 고용노동부장관은 제22조의4 제1항에 따라 인증을 받은 장애인 표준사업장 또는 「장애인복지법」 제58조 제1항 제3호의 장애인 직업재활시설에 도급을 주어 그 생산품을 납품받는 사업주에 대하여 부담금을 감면할 수 있다.

⑤ 사업주는 다음 연도 1월 31일(연도 중에 사업을 그만두거나 끝낸 경우에는 그 사업을 그만두거나 끝낸 날부터 60일)까지 고용노동부장관에게 부담금 산출에 필요한 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항을 적어 신고하고 해당 연도의 부담금을 납부하여야 한다.

⑥ 고용노동부장관은 사업주가 제5항에서 정한 기간에 신고를 하지 아니하였을 때에는 이를 조사하여 부담금을 징수할 수 있다.

⑦ 고용노동부장관은 제5항에 따라 부담금을 신고(제8항에 따른 수정신고를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 납부한 사업주가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이를 조사하여 해당 사업주가 납부하여야 할 부담금을 징수할 수 있다.

1. 사업주가 신고한 부담금이 실제로 납부하여야 할 금액에 미치지 못하는 경우

2. 사업주가 납부한 부담금이 신고한 부담금에 미치지 못하는 경우

3. 사업주가 신고한 부담금을 납부하지 아니한 경우

⑧ 사업주는 제5항에 따라 신고한 부담금이 실제 납부하여야 하는 부담금에 미치지 못할 때에는 해당 연도 2월 말일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정신고하고 그 부담금의 차액을 추가로 납부할 수 있다.

⑨ 고용노동부장관은 사업주가 납부한 부담금이 실제 납부하여야 할 부담금을 초과한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 초과한 금액에 대통령령으로 정하는 이자율에 따라 산정한 금액을 가산하여 환급하여야 한다.

⑩ 부담금은 대통령령으로 정하는 대로 분할 납부를 하게 할 수 있다. 이 경우 분할 납부를 할 수 있는 부담금을 제5항에 따른 납부 기한에 모두 납부하는 경우에는 그 부담금액의 100분의 5 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 금액을 공제할 수 있다.

⑪ 제4항에 따른 도급의 기준, 그 밖에 부담금 감면의 요건ㆍ기준 등에 필요한 사항은 고용노동부장관이 정한다.



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.



(가) 청구법인은 위 ＜표1＞과 같이 쟁점부담금을 납부하였고, 이를 손금불산입하여 법인세를 신고ㆍ납부하였다가, 2025.3.19. 쟁점부담금이 손금에 해당한다고 보아 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2025.3.31. 이를 거부하였다.



(나) 장애인 고용부담금 관련 법인세법령의 개정연혁은 아래 ＜표2＞와 같다.




(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점부담금이 「법인세법」제21조 제5호의 손금에 산입하지 않는 공과금에 해당하지 않는다고 주장하나,

「법인세법」상 공과금은 국가 또는 공공단체에 의하여 국민 또는 공공단체의 구성원에게 강제적으로 부과되는 모든 공적 부담으로 법인의 일정한 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반하여 강제적으로 부과되는 것이기 때문에 사업경비의 성격을 띠는 것이어서 손금에 산입됨이 원칙이고 예외적으로 그 성질상 비용성을 갖지 않거나 조세정책적 또는 기술적 이유에 의하여 손금에 산입함이 바람직하지 않아 법률이 정한 경우에 한하여 손금산입이 부정되는 것으로 보는 것(대법원 2004.3.18. 선고 2001두1949 전원합의체 판결, 같은 뜻임)이며,

이때 어떠한 공과금이 「법인세법」제21조 제5호에서 정하고 있는 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’에 해당하여 손금불산입 대상이 되는지 여부는 단순히 그 명칭만을 가지고 판단할 것이 아니라 그 공과금을 부과하는 목적과 그로 인한 효과, 공과금의 성격, 공과금이 강제하고자 하는 행정법상의 의무 및 의무불이행의 내용, 근거 법령의 제개정 경위 내지 연혁, 규정 형식과 내용등 해당 공과금에 관한 실질적인 내용을 두루 종합하여 판단하여야 할 것인바,

장애인고용법은 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활이라는 목적을 달성하기 위하여 각 사업주에게 장애인고용의무를 이행하도록 강제하면서 이러한 의무를 불이행한 사업주에게 장애인 고용부담금을 납부하도록 하고 있는 점, 쟁점부담금은 손금불산입 대상인 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점부담금은 「법인세법」제21조 제5호에 따라 손금에 산입하지 않는 공과금에 포함된다고 해석함이 사회통념상 타당하다고 보이므로 쟁점부담금을 손금으로 산입하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.


4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.