송파세무서장이 2025.4.14. 및 2025.5.8. 청구인에게 한 2017년 귀속 양도소득세 OOO원 및 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요



가. 청구인은 2017년에 코스닥시장 상장법인 A 주식회사(이하  "쟁점법인”이라 한다)의 주식 304,071주(이하  "쟁점주식”이라 한다)를 OOO원에 취득하여 OOO원에 양도하였으나 쟁점주식의 양도에 대한 양도소득세를 신고하지 않았다.



나. 처분청은 「소득세법 시행령」제157조(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 개정된 것으로, 이하  "쟁점조문”이라 한다) 제4항 및 제5항에 따라 쟁점주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주가 아닌 자도 그의 특수관계자인 기타주주가 보유한 주식을 포함하여 대주주 여부를 판단하여야 하는데, 2016.12.31. 기준으로 청구인의 부친 A가 보유한 쟁점법인의 주식 시가총액이 49억원이므로 청구인과 부친 A는 2017년 쟁점주식의 양도 시 대주주에 해당한다고 보아, 2025.4.14. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정ㆍ고지한 후, 이 결정고지 시 2024.1.3.부터 2025.1.2.까지의 납부지연가산세가 누락된 것을 확인하여 2025.4.15. 납부지연가산세 OOO원의 추가 과세를 예고하고, 2025.5.8. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 추가 경정ㆍ고지하였다.



다. 청구인은 이에 불복하여 2025.4.25. 심판청구를 제기하였다.





2. 청구인 주장 및 처분청 의견



가. 청구인 주장



(1) 청구인의 쟁점주식 양도가 납세의무자가 되는 대주주를 판단할 때 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일(2016.12.31.) 현재 주식소유가 ‘0주’이므로 청구인은 쟁점주식 양도 시 지분율이나 시가총액 기준 대주주에 해당하지 않으므로 이 건 과세처분은 취소되어야 한다.



(가) 청구인은 쟁점주식 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 말인 2016.12.31. 현재 쟁점주식을 소유하고 있지 아니하였고, 청구인과 특수관계자인 부친 A는 2016.12.31. 현재 377,692주, 시가총액 OOO원의 쟁점법인의 주식을 소유하고 있어 소유비율은 2% 미만인 1.052%로 비율에 의한 대주주에는 해당하지 아니하나, 시가총액 기준이 OOO원 이상인 OOO원으로서 대주주에 해당되어 양도소득세를 신고ㆍ납부하였다.



(나) 먼저, 양도시기별 지분율 및 시가총액 요건은 아래 ＜표1＞과 같고, 주식소유 비율에 의할 경우 쟁점조문 제5항에 따르면  "소유주식의 비율이 직전 사업연도 종료일 현재에는 그 기준에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 그 기준에 해당하게 되는 경우에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 대주주에 포함한다”고 규정하고 있었으므로 청구인과 부친 A는 2017년 소유비율이 2% 미만(1.902%)으로 소유비율에 의한 대주주에 해당하지 아니한다.



＜표1＞ 2017.1.1.∼2018.3.31. 양도시기별 지분율 및 시가총액 요건



(다) 시가총액 기준에 의한 대주주 판단에서 청구인은 2016.12.31. 종료일 현재 쟁점주식을 소유한 사실이 없고, 2017.1.1. 이후 쟁점주식을 취득하여 2017.12.31. 이전에 이를 모두 양도하였으며, 쟁점조문을 보면 주식 등의 양도일이 속한 사업연도의 직전 사업연도의 종료일 현재 해당 주식을 소유하지 않은 경우에는 법령의 규정에 의한 대주주에 해당하지 않는다고 규정하고 있었다.



(라) 법령의 해석은 법령에 정하여진 문언대로 해석하여야 하며 문언내용을 확대 또는 유추해석해서는 안 되는바, 쟁점조문 제5항 제1호의 규정은 아래와 같다.



＜쟁점조문 제5항 제1호＞

제4항 제1호 및 제2호에도 불구하고 주주 1인 및 기타주주의 소유주식의 비율 또는 시가총액이 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 해당하는 경우에는 해당 주주 1인 및 기타주주를 대주주로 본다. 이 경우 소유주식의 비율이 직전 사업연도 종료일 현재에는 그 기준에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 그 기준에 해당하게 되는 경우에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 대주주에 포함한다.

1. 코스닥시장 상장법인[대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장(이하 " 코스닥시장" 이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식등의 경우 : 소유주식의 비율이 100분의 2이상이거나 시가총액이 20억원 이상인 경우



위 제5항은 대주주에 해당하는 주주 1인 및(and) 기타주주의 개념에 대하여 주식 등의 양도일이 속한 당해 사업연도가 아니라 직전 사업연도의 종료일 현재를 기준으로 하여 규정하고 있는바, ‘주주 1인 및(and) 기타주주’가 주식을 소유하여야 함을 요건으로 규정하고 있어 그 문언상 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주식 등을 소유하지 아니한 자는 동 항의 규정에 의한 대주주에 해당하지 않는 반면에, 처분청은 제5항의 대주주 요건에 해당하는 ‘주주 1인 및(and)을 또는(or) 기타주주’로 임의로 ‘확대 해석’하여 이 건 과세처분을 하였다.



제5항 후단 규정을 보면,  "이 경우 소유 주식의 비율이 직전 사업연도 종료일 현재에는 그 기준에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 그 기준에 해당하게 되는 경우에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 대주주에 포함한다.”고 하여 소유 비율 규정에 의한 후단 규정을 두고 있어 연중, 연말 구분 없이 항상 적용되지만, ‘시가총액’에 의한 대주주 판정 시는 소유비율 규정과 같은 후단 규정을 두고 있지 아니한 바, 시가총액 기준에 의한 대주주 판단의 경우는 주식 등의 양도일이 속한 사업연도의 직전 사업연도의 종료일 현재 해당 주식을 소유하지 않은 경우에는 기타주주가 대주주라 하더라도 대주주에 해당하지 않는다고 할 것이다.



따라서, 청구인은 소유 비율 기준에 의한 대주주 요건인 소유 비율 2% 미달로 대주주에 해당하지 않고, 시가총액 기준에 의한 대주주의 요건은 주식 등의 양도일이 속한 사업연도의 직전 사업연도의 종료일 현재 해당 주식을 소유하지 않았으므로 법령의 규정에 의한 대주주 요건에도 해당하지 않는다.



(마) 조세심판원의 선결정례(조심 2018서816, 2018.5.23., 조심 2022서8001, 2023.5.31.)를 살펴보면, ‘시가총액 기준’에 의한 대주주 판단에 있어 대주주의 요건은 주식 등의 양도일이 속한 사업연도의 직전 사업연도의 종료일 현재 해당 주식을 소유하지 않았다면 대주주 요건에 해당하지 않는다고 일관되게 엄격 해석ㆍ결정(인용)하였다.



(2) 처분청은 이 건 과세와 관련하여 3차례 걸친 해명안내 및 과세예고를 통지하였음에도 2025.4.15. 이 건 납부불성실가산세 OOO원 상당액이 과소결정되었다 하여 또다시 4번째로 청구인에게 과세예고통지를 하였다.



이는 이 건 과세처분의 국세부과제척기간 종료일(무신고 7년)이 2025.5.31.이므로, 처분청의 과세예고통지일(2025.4.15.)이 국세부과제척기간 종료일(2025.5.31.)의 3개월 이내에 해당되어「국세기본법」제81조의15의 규정에 의한 ‘과세 전 적부심사 청구’의 기회조차 상실하게 통지하였는바, 조세심판원의 선 결정 사례(조심 2022서6700, 2022.12.7. 외 다수)와 같이 이 건 과세예고통지는 ‘위법ㆍ부당한 과세예고통지’에 해당되므로 이 건 과세예고통지에 따른 이후 양도소득세액 고지결정통지는 취소되어야 할 것이다.



나. 처분청 의견



(1) 시가총액 기준으로 대주주 판단 시 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주가 아닌 자도 그와 특수관계자인 기타주주가 보유한 주식을 포함하여 법정 요건을 충족하면 대주주에 포함되어 해당 과세기간 주식 등 양도소득세의 납세의무자이다.



(가) 「소득세법」제94조 제1항 제3호 가목 1)에 따르면 양도소득이란 해당 과세기간 주권상장법인이 대주주가 당해 법인의 주식 등을 양도하면 발생하는 소득을 과세대상으로 한다는 것과 해당 과세기간에 주권상장법인의 대주주인지 여부 판단은 소유주식 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 판단하되 구체적인 내용을 대통령령에 위임하며, 쟁점조문 제4항은 같은 조에서 사용되는 용어의 정의를, 같은 조 제4항과 제5항은 주권상장법인 대주주 판단 기준인 소유주식 비율과 시가총액 기준을 제시하고 있으며, 제4항 법령 용어의 정의는 아래와 같다.



＜쟁점조문 제5항에 사용되는 용어의 정의(제4항 용어 정의에서 발췌)＞


(나) 위 용어의 정의에 따르면 「소득세법 시행령」에서 정의한  "주주 1인”은 용어의 정의와 부연 설명 개정연혁을 참고해 검토하면  "양도 당시 주식 등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인”으로 보아야 한다. 만약  "주주 1인”을  "직전사업연도 종료일 현재 주식을 소유하고 있는 주주 1인”으로 해석하려면  "기타주주” 용어 정의처럼  "주주 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재”라는 특정 시점을  "주주 1인” 앞에 넣어야 한다.



(다)  "주주 1인”의 정의 및 해석과 관련한 판례로는 ① 원고들이 소유하고 있는 주식의 시가총액 및 원고들의 상호관계 등에 비추어 원고들이 이 건 각 주식의 양도 당시 주주 1인(양도자인 원고 자신)과 기타 주주가 소유하고 있는 주식의 시가총액 합계가 000원 이상이어서 이 건 각 주식의 양도가 양도소득세 과세대상임(OOO), ② 상장주식 등을 이용한 변칙증여를 방지하기 위해서는 주식 등을 양도하는 해당 주주 1인뿐만 아니라 배우자와 자녀 등 그와 특수관계에 있는 자의 주식 등도 일체로 파악하여 과세할 필요가 있다(OOO), ③ 이 건 법률조항의 입법목적 중 하나인 상장주식을 이용한 변칙증여를 방지하기 위해서는 주식 등을 양도하는 당해 주주 1인뿐만 아니라 그와 친족 기타 특수관계에 있는 자의 주식 등을 일체로 파악하여 과세할 필요가 있는 점(OOO) 등이 있다.



(라)「소득세법 시행령」제157조 제4항 및 제5항(이하  "쟁점조항”이라 한다)의 입법 목적 중 하나인 상장주식을 이용한 변칙증여를 방지하기 위해서는 시가총액을 판단하는 시점인 주식 등의 양도일이 속하는 직전사업연도 종료일 현재에  "주주 1인”과  "기타주주”를 일체로 보고 소유한 주식을 합산하여 대주주 여부를 판단하고 대주주에 해당하면 주식을 양도일이 속하는 과세기간에  "주주 1인”과  "기타주주”는 각각 대주주에 해당하므로 양도세 납세의무자라는 판례로는 ① 쟁점주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 청구인과 특수관계자가 소유한 쟁점주식의 시가총액이 OOO원 이상이므로 청구인은 관련 법령상 양도소득세 납세의무자에 해당되는 점, 상장주식의 양도차익의 과세대상이 되는 대주주에 해당하는지 여부를 해당 주식을 양도한 주주 1인만을 기준으로 하지 아니하고, 주주 및 특수관계자를 합산하여 양도소득세를 과세하는 방식이 해당 법령의 입법목적에 비추어 타당성이 있는 점(조심 2015서5504, 2016.6.3.) ② 쟁점조항의 입법목적 중 하나인 상장주식을 이용한 변칙증여를 방지하기 위해서는 주식 등을 양도하는 당해 주주 1인뿐만 아니라 그와 친족 기타 특수관계에 있는 자의 주식 등을 일체로 파악하여 과세할 필요가 있는 점, 구 「소득세법 시행령」제157조가 규정하고 있는 대주주 등의 범위에 관한 조항이 주주에게 특수관계자의 보유 주식을 확인하여 할 부담을 지우고 있다 하더라도, 양도당시를 기준으로 시가총액을 산정하여 대주주인지 여부를 결정할 경우 동일한 과세기간에 양도하는 동일한 법인의 주식에 대하여 과세대상에 해당하는지 여부가 달라질 수 있으므로, 해당 주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일을 기준으로 하여 대주주인지 여부를 결정하도록 한 정책적 합리성이 있는 점 등을 감안할 때, 이러한 규정이 납세자의 예측가능성을 침해하는 것이라고 볼 수는 없다고 판단된다(OOO), ③ 구 「소득세법 시행령」제157조 제4항(이하 ´이 사건 시행령조항´이라 한다) 이 사건 법률조항의 입법목적 중 하나인 상장주식을 이용한 변칙증여를 방지하기 위해서는 주식 등을 양도하는 당해 주주 1인뿐만 아니라 그와 친족 기타 특수관계에 있는 자의 주식 등을 일체로 파악하여 과세할 필요가 있는 점(OOO) ④ 이 사건 시행령 조항은 주주 1인과 기타 주주가 소유한 주식을 합산하여 대주주 여부를 판단하고 있어 이 사건처럼 원고 B와 망인이 소유한 주식을 합산하여 대주주 여부를 판단하는 경우 부부별산제에 반한다고 볼 여지가 있으나, 부부가 소유한 주식의 지분 또는 시가총액을 합산한다고 하더라도 이는 양도소득의 과세대상인 대주주에 해당하는지 여부를 결정하기 위한 것에 불과하며 과세표준과 세액을 결정함에 있어서는 부부의 양도소득을 합산하는 것이 아니라 각자의 양도소득에 대하여 양도소득세를 부담하게 되는 것이므로, 이러한 경우 별산제를 규정한 「민법」에 위배되었다고 볼 수 없다(OOO) 등이 있다.



(마) 주식 등의 양도일이 속하는 직전사업연도 종료일 현재 주식을 보유하지 아니한  "주주 1인”이 대주주인지 여부 판단과 관련한 판례 중 서울행정법원 2010.7.15. 선고 OOO판결은  "원고처럼 직전 사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식을 전혀 보유하지 아니한 경우에는 이후 당해 연도에 주식을 3%이상 취득하였다가 매도하더라도 양도소득세의 과세대상에 해당하지 아니하는 것으로 「소득세법 시행령」제157조 제4항 제1호를 제한하여 해석할 만한 합리적인 근거를 찾기 어렵고, 그와 같은 해석은 과세형평의 측면에서도 타당성을 인정하기 어렵다. 따라서 같은 호 단서에서 말하는 ‘직전 사업연도 종료일 현재 (지분율이) 100분의 3에 미달한 자’에는 ‘직전 사업연도 종료일 현재 주식 등을 전혀 보유하지 아니한 자’도 포함되는 것으로 해석함이 상당하다”라고 하였으며 이는 쟁점조문 제4항 제1호 전체 문언을 제한 해석할 근거가 없으므로 단서 또한 제한 해석할 이유가 없다고 한 것이고, 위 판례가 소유주식 비율에 대한 판례이지만 이러한 해석의 취지는 입법자의 변칙증여 방지라는 입법 목적에 비추어 같은 법 시행령 동조 제5항에도 적용되며, 위 판례는 동법 시행령 동조 제4항 후단 부분에 관한 불복이어서 제4항의 전후단의 경우를 나누어 대주주 판단 시점과 대주주의 기간에 대해 상세히 설명하고 있다.



판례를 인용하면  "쟁점조문 제4항 제1호 제1문(전단)에서 직전 사업연도 종료일 현재 3% 이상의 지분을 보유한 경우 당해 연도에 양도하는 주식 전부에 대하여 대주주의 지위에서 양도한 것으로 보아 양도소득세를 부과하는 점에 비추어 볼 때, 같은 호 제2문에 따라 당해 연도 중에 3% 이상의 지분을 보유하게 된 경우 그 이후부터 당해 사업연도의 종료일까지 사이에 양도하는 주식 전부에 대하여 계속하여 대주주의 지위에서 양도한 것으로서 양도소득세의 과세대상에 해당한다고 봄이 상당하다. 즉, 직전 사업연도 종료일 현재 대주주에 해당한다면 당해 연도에 거래하는 모든 주식의 거래를 대주주로서 거래한 것으로 보는 것과 마찬가지로, 당해 연도 중에 대주주가 되었다면 그 이후 당해 사업연도 종료일까지 거래하는 모든 주식에 대하여도 대주주로서 거래한 것으로 봄이 타당하다. 1999.12.31. 대통령령 제16664호로 개정되기 전의 구 「소득세법 시행령」제157조 제6항은 양도소득세 부과대상이 되는 대주주의 해당 여부를 주식을 양도하는 날 현재의 주식보유비율을 기준으로 개별적으로 판단하는 입장이었으나, 1999.12.31. 개정시 ‘직전 사업연도 종료일’이라는 특정 시점을 기준으로 대주주의 해당 여부를 판단하는 방식으로 개정되었는데, 이러한 입법 연혁도 위와 같은 해석을 뒷받침한다(OOO)”라고 되어 있다.



(바) 따라서 청구인이 주장하는 쟁점조문 제4항 제1호 후단 규정을 보면  "이 경우 소유 주식의 비율이 직전 사업연도 종료일 현재에는 그 기준에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 그 기준에 해당하게 되는 경우에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 대주주에 포함한다”라고 되어 있어 연중 연말 구분없이 항상 적용되지만, 시가총액 기준은 후단 규정이 없어 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주식을 소유하지 아니한 주주1인은 기타주주인 청구인의 부친이 대주주이더라도 청구인은 대주주가 아니라고 주장하는 해석은, 해당 후단 규정인 「소득세법 시행령」이 대통령령 제16664호(1999.12.31.)로 개정되어 대주주 판단시점이 주식 양도당시에서 주식 등의 양도일이 속하는 직전사업연도 종료일로 특정시점으로 판단시점이 개정되면서 예측가능성을 고려하여 소유주식비율은 후단 규정을 추가하여 대주주 적용시기를 확장하였고 시가총액의 경우 수시로 변동하는 주식시장에서 예측가능성이 떨어지므로 후단규정을 넣지 않은 것인데 청구인은 이를 자의적인 해석하여 대주주 판단시점과 대주주 적용시기를 잘못 이해하고 있는 것인바, 청구인은 주장은 이유 없으며 청구인에 대한 처분청의 2017년 귀속 양도소득세 부과처분은 적법하다.



(2)「국세기본법」제81조의15(과세전적부심사) 제2항은 과세예고통지에 대한 과세전적부심사를 청구할 수 있다는 조항이며 같은 조 제3항 제3호는 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세 부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에는 제2항의 과세전적부심사를 적용하지 아니한다고 되어 있다.



과세전적부심사제도가 사전적 구제제도이기는 하나, 조세 부과 제척기간이 임박한 경우 등에는 이를 생략할 수 있어 과세처분의 필수적 전제가 되는 것은 아니고(OOO). 청구인은 과세전적부심사 절차를 거치지 않더라도 이의신청, 심사청구, 심판청구, 행정소송 등을 통하여 과세처분에 대하여 다툴 수 있는 절차적 기회가 보장되어 있다.



청구인이 인용한 결정례(조심 2022서6700, 2022.12.7.)는 처분청이 상당기간 전 과세자료를 통보받은 후 청구인에 대한 과세자료 관련 소명요구 등 없이 장기간(4년) 처리하지 아니하다가 부과제척기간 만료일이 임박하여 과세처분을 한 바 처분청이 정당한 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 아니함으로써 납세자로 하여금 사전적인 권리구제인 과세전적부심사청구권을 행사할 수 있는 권리를 침해한 것으로 절차상 중대한 하자가 있다고 봄이 타당하다는 결정이다.



이 건의 2017년 귀속 양도소득세 납부지연가산세 누락 분 과세예고통지 OOO원은 상장법인 대주주여부 판단과 관련하여 2024.11.22. 과세예고통지를 하여 이미 국세청 적부-2024-0270(2025.3.26.)를 경유한 과세자료 관련으로 납부지연가산세 계산 착오(미납일수 착오)로 인한 추가 과세예고 건이고, 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재 성격이며, 당해 상장법인 대주주 판단과 관련한 과세자료 처리에 있어 정당한 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 아니한 것으로 볼 수 없으므로 가산세 계산 착오로 인한 추가 과세예고 건이 과세전적부심사에 대한 권리를 박탈하는 결과를 초래하는 중대한 하자로 볼 수 없다.



따라서 2017년 귀속 양도소득세 납부지연가산세 누락분에 대해 2025.4.15. 과세예고통지 후 OOO원을 과세한 처분은 중대한 절차상의 하자로 인한 위법 부당한 처분이 아니다 할 것이다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



① 쟁점주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일에 쟁점주식을 보유하고 있지 않아 대주주 요건을 충족하지 않으므로 양도소득세 과세대상이 아니라는 청구주장의 당부



② 납부불성실가산세 관련 과세예고통지가 위법 부당하다는 청구주장의 당부



나. 관련 법령



(1) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정된 것)



제94조[양도소득의 범위] ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 등의 양도로 발생하는 소득

가. 주권상장법인의 주식 등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식 등

1) 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식 등



(2) 소득세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 개정된 것)



제157조[주권상장법인 대주주의 범위 등] ④ 법 제94조 제1항 제3호 가목 1)에서 " 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주" 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 조 및 제167조의8에서 " 주권상장법인대주주" 라 한다)를 말한다.

1. 주식 등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 " 주주 1인" 이라 한다) 및 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 다음 각 목의 구분에 따른 자(이하 이 장에서 " 기타주주" 라 한다)가 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식 등의 합계액이 해당 법인의 주식 등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 이 조 및 제167조의8에서 " 소유주식의 비율" 이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 1에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 1 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

나. 주주 1인 등의 소유주식 비율의 합계가 해당 법인의 주주 1인 등 중에서 최대가 아닌 경우 : 다음의 어느 하나에 해당하는 자

1) 직계존비속

2. 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식 등의 시가총액(이하 이 조 및 제167조의8에서 " 시가총액" 이라 한다)이 다음 각 목의 구분에 따른 금액 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주

가. 2018년 3월 31일까지 주식 등을 양도하는 경우 : 25억원

나. 2018년 4월 1일부터 2020년 3월 31일까지의 기간 동안 주식 등을 양도하는 경우 : 15억원

다. 2020년 4월 1일 이후 주식 등을 양도하는 경우 : 10억원

⑤ 제4항 제1호 및 제2호에도 불구하고 주주 1인 및 기타주주의 소유주식의 비율 또는 시가총액이 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 해당하는 경우에는 해당 주주 1인 및 기타주주를 대주주로 본다. 이 경우 소유주식의 비율이 직전 사업연도 종료일 현재에는 그 기준에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 그 기준에 해당하게 되는 경우에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 대주주에 포함한다.

1. 코스닥시장상장법인[대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부 개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장(이하 " 코스닥시장" 이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식 등의 경우 : 소유주식의 비율이 100분의 2 이상이거나 시가총액이 다음 각 목의 구분에 따른 금액 이상인 경우

가. 2018년 3월 31일까지 주식 등을 양도하는 경우: 20억원

⑥ 제4항 제2호 및 제5항에 따른 시가총액은 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액으로 한다. 다만, 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액이 없는 경우에는 직전거래일의 최종시세가액에 따른다.



(3) 국세기본법



제81조의15[과세전적부심사] ① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 " 과세예고통지" 라 한다)하여야 한다.

1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만, 다음 각 목의 경우는 제외한다.

가. 「감사원법」 제33조에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우

나. 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자가 납부하여야 할 세액을 납부하지 아니하거나 과소납부한 경우로서 세무서장 또는 지방국세청장이 해당 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액과 동일하게 과세표준 및 세액을 결정하는 경우

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 " 과세전적부심사" (課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.

1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지

2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.

1. 「국세징수법」 제9조에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우

2. 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우. 다만, 고발 또는 통고처분과 관련 없는 세목 또는 세액에 대해서는 그러하지 아니하다.

3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구인은 쟁점법인 주식 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주식을 보유하지 아니한 것으로 확인되고, 특수관계인 부친 A의 쟁점법인 주식 보유현황은 아래 ＜표2＞와 같다.



＜표2＞ 2016.12.31. 현재 쟁점법인 주식 보유현황

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청구인은 2017.1.4.부터 2017.12.31.까지 쟁점법인의 주식을 아래 ＜표3＞과 같이 취득하여 양도하였고, 청구인이 대주주가 아니므로 양도소득세 신고 의무가 없다고 하여 양도소득세를 신고하지 않았다.



＜표3＞ 청구인의 주식 취득 및 양도

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(2) 2019년 당시 이 건 양도소득세 관할이었던 잠실세무서장은 2019.5.20. 대주주 주식 양도소득세 해명자료를 청구인에게 발송하였고 청구인은 대주주가 아니므로, 신고 의무가 없다는 해명으로 과세관청과 청구인 간 이견이 있어 잠실세무서장은 과세기준 자문(재산세과-76, 2020.1.9.)을 신청하였으며, 2020.12.29. 이에 대한 회신[기준-2020-법령해석재산-10(법령해석과-4307)]을 받았다.



처분청은 당해 과세기준 자문 결과  "시가총액 기준으로 대주주 판단 시 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주가 아닌 자도 그와 특수관계자인 기타주주가 보유한 주식을 포함하여 법정요건을 충족하면 대주주에 포함되는 것”이라는 회신 내용에 따라 2022.9.28. 청구인에게 2017년 귀속 쟁점주식 양도소득세 기한 후 신고 안내문을 발송하였으나 양도소득세를 신고하지 아니하자 쟁점주식 양도와 관련하여 시가총액 기준 코스닥상장법인 대주주로 판단하여 2024.10.14. 1차 과세예고 통지를 하였다.



1차 과세예고 통지를 수령한 청구인은 당시 양도자료가 청구인의 자료와 일부 상이한 부분이 있다는 소명과 함께 청구인의 증권거래내역을 제출하였고, 이 자료에 근거하여 2024.11.22. 2차로 양도소득세 OOO원을 과세예고 통지(아래 ＜표4＞의 가산세를 포함)를 하였으며, 과세전적부심사 후 2025.4.14. 2017년 귀속 양도소득세 OOO원에 대한 결정ㆍ고지하였다.



＜표4＞ 양도소득세 과세예고 당시 납부지연 가산세 계산 내역

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이후 처분청은 2025.4.14. 2017년 귀속 양도소득세 고지 결정 시 2024.1.3.~2025.1.2. 납부지연가산세 누락을 확인하고 해당 납부지연가산세 OOO원에 대해 2025.4.15. 과세예고 통지 후 2025.5.8. 추가 경정ㆍ고지하였다.



(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주가 아닌 자도 그의 특수관계자인 기타주주가 보유한 주식을 포함하여 대주주인지 여부를 판단하여야 한다는 의견이나, 「소득세법 시행령」 제157조(쟁점조문) 제4항은 대주주에 해당하는 주주 1인 및 기타주주의 개념에 대하여 주식 등의 양도일이 속한 당해 사업연도가 아니라 직전 사업연도 종료일 현재를 기준으로 한다고 규정하고 있는바, 그렇다면 그 문언상 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주식 등을 소유하고 있지 아니한 자는 같은 항에서 규정한 대주주에 해당하지 아니하는 것으로 해석(조심 2018서816, 2018.5.23., 같은 뜻임)되는 점, 쟁점조문 제4항 제1호는 그 단서에서 직전사업연도 종료일 현재에는 대주주 소유주식의 비율이 100분의 1에 미달하였다가 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 1 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주 역시 대주주에 포함하는 것으로 규정하고 있는 반면 같은 항 제2호에는 그와 같은 규정을 두고 있지 아니한바, 같은 항 제1호 단서의 규정은 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주식 등을 소유한 주주 1인을 전제로 하여 예외적으로 직전사업연도 종료일 현재 주식 등을 소유하지 아니한 경우라 하더라도 이를 동 단서 규정에 의해 대주주에 포함함으로써 양도소득세 대상에 포함하고자 하는 취지로 보이므로, 쟁점주식 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 쟁점주식을 보유하고 있지 아니한 청구인은 쟁점조문 제4항 제2호의 대주주 요건에 해당하지 아니하는 점 등에 비추어, 처분청이 청구인을 대주주로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.



다음으로 쟁점②는 쟁점①이 인용되어 심리의 실익이 없으므로 심리를 생략한다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.