심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2019.6.5. 부동산컨설팅업, 주택 및 근생 신축판매업을 영위할 목적으로 설립된 법인으로, 2021.7.26. 서울특별시 OOO 대 214.2m2 지상에 근린생활시설 및 다중주택용 건물(지하 1층∼지상 5층, 연면적 493.65m2, 30호실의 다중주택으로, 이하  "쟁점주택”이라 한다)을 신축한 후 2021.9.30. 쟁점주택을 임대목적물로 하고, 업종을 비주거용 및 주거용 건물 임대업으로 하여 사업자등록을 하였다.

나. 청구법인은 2020년 제2기부터 2021년 제2기까지 부가가치세 과세기간 동안 쟁점주택의 신축공사비 등에 관한 매입세액 합계 OOO원(이하,  "쟁점매입세액”이라 한다)을 불공제하여 부가가치세를 신고ㆍ납부하였고,

2025.4.22. 쟁점주택은 신축ㆍ판매목적으로 취득한 다중주택에 해당하므로 쟁점주택의 취득에 관한 쟁점매입세액을 공제하여야 한다는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 청구법인이 쟁점주택을 임대사업용으로 취득한 주택으로 보아 2025.6.23. 이를 거부하였다.

＜표1＞ 쟁점주택의 신축 관련 매입세액

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다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 분양, 판매할 목적으로 신축한 쟁점주택은 공부상 지하 1층은 다중주택 및 주차장, 지상 1∼2층은 제2종 근린생활시설, 3∼5층은 다중주택으로 등록되어 있고, 「건축법」에 의하여 다중주택으로 허가 및 사용승인되었으며, 이러한 다중주택을 신축, 판매하는 사업은 부가가치세 과세대상에 해당한다.

법원과 조세심판원은 다중주택(단독주택)이 「조세특례제한법」 제106조 제1항 제4호에 따른 부가가치세 면세대상에 해당하는지 여부에 대하여 가구당 전용면적이 아닌 주택의 전체 주거전용면적을 기준으로 「주택법」에 따른 국민주택 규모 이하인지 여부를 판단하여야 하는 것이고, 주택의 주거전용 면적이 국민주택 규모를 초과하므로 쟁점주택의 공급은 국민주택 규모를 초과하는 주택의 공급으로서 위 「조세특례제한법」에 따른 부가가치세 면제대상에 해당하지 아니한다고 일관되게 해석하고 있다.

그러나 청구법인은 2020년 제2기부터 2021년 제2기까지 부가가치세 과세기간 동안 부가가치세를 신고시 쟁점매입세액에 대한 매입세액공제를 신청했다면 환급받을 수 있었을 것이나, 쟁점주택의 주택면적비율(65.9%)이 과다하여 쟁점주택이 면세대상인 주택에 해당한다고 오인하였다.

청구법인의 착오로 인하여 쟁점매입세액을 매입세액 불공제대상으로 신고한 것에 대하여 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

(2) 쟁점주택은 임대목적이 아닌 신축, 판매목적으로 취득한 것이 명백하고, 현재까지도 매도를 목적으로 계속 활동 중이나 주택경기의 침체와 다중주택의 특성상 각 호실별로 판매할 수 있는 상황이 아니라 쟁점주택 전부를 양도하여야 하는 상황이므로 매물이 실현되지 않고 있는 상황이다

부가가치세 과세사업자인 청구법인은 쟁점주택을 매도할 경우, 당연히 부가가치세 세금계산서를 발급하여 건물분 공급가액의 10%에 해당하는 부가가치세를 납부할 것이고, 이러한 과세사업을 위하여 취득한 쟁점주택의 취득에 소요된 쟁점매입세액은 공제하는 것이 타당하다.

다만, 쟁점주택을 판매가 이루어지기 전까지 이를 그냥 둘 수는 없어 일시적으로 이 중 일부를 임대하고 있으나, 이는 청구법인의 주택신축판매업과는 별도의 행위이므로, 주택신축판매업에 소요된 쟁점매입세액의 공제 여부와는 무관한 것으로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 당초 신고시 분양ㆍ판매 목적으로 신축한 쟁점주택에 관한 쟁점매입세액을 착오로 공제받지 못했다고 주장하나, 쟁점건물이 사용승인된 후 쟁점건물을 비주거용, 주거용 건물 임대업으로 종사업장에 추가하였고, 청구법인은 쟁점주택을 임대업에 사용하였으므로 이에 따라 쟁점매입세액을 불공제하여 부가가치세를 신고한 것으로 보인다.

(2) 청구법인은 당초 부가가치세 신고 당시 쟁점매입세액에 대하여 매입세액공제를 신청했다면 환급받았을 것이라고 주장하나, 매입세액공제를 받은 후 주택임대사업으로 전환하게 된 경우 면세전용에 해당되어 부가가치세가 부과되었을 것이므로, 이러한 청구주장은 실익이 없다.

(3) 한편, 청구법인은 쟁점부동산을 일시적ㆍ잠정적으로 임대한 것이라고 주장하나, 과세관청은 조세행정의 명확성과 조세채무에 관한 법적안정성과 예측가능성을 보장하기 위하여 미분양주택일시임대에 대한 부가가치세과세기준을 두고 있는바,

청구법인은 당초 신고시 쟁점매입세액을 면세사업으로 구분하여 신고하였고, 임대차계약서상 분양목적의 주택임을 표시하지 아니한 채로 임대기간을 2년 이상으로 기재하였으며, 쟁점주택의 취득일로부터 4년여가 경과한 현재까지 쟁점주택이 판매되지 않은 것으로 확인되는 등 쟁점주택을 일시적ㆍ잠정적으로 임대한 것으로 보기도 어렵다.

따라서 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

신축판매업을 영위하는 사업자로서 분양판매목적으로 다중주택을 신축하였으므로, 관련 부가가치세 매입세액을 공제하여야 한다는 청구주장의 당부
나. 관련 법령 등

(1) 부가가치세법

제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

12. 주택과 이에 부수되는 토지의 임대 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

제41조(주택과 이에 부수되는 토지의 임대 용역으로서 면세하는 것의 범위) ① 법 제26조 제1항 제12호에 따른 주택과 이에 부수되는 토지의 임대 용역은 다음 각 호의 임대 용역으로 한다.

1. 상시주거용(사업을 위한 주거용의 경우는 제외한다)으로 사용하는 건물(이하 이 조에서  "주택”이라 한다)과 이에 부수되는 토지의 임대 용역

2. 「주택법」 제2조 제9호에 따른 토지임대부 분양주택(같은 조 제6호의 국민주택규모로 한정한다)에 부수되는 토지의 임대 용역

③ 주택에 부가가치세가 과세되는 사업용 건물(이하  "사업용건물”이라 한다)이 함께 설치되어 있는 경우에는 주택과 이에 부수되는 토지의 임대의 범위는 다음 각 호에 따른다.

1. 주택 부분의 면적이 사업용 건물 부분의 면적보다 큰 경우에는 그 전부를 주택의 임대로 본다. 이 경우 그 주택에 부수되는 토지임대의 범위는 제1항과 같다.

제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

(2) 조세특례제한법

제106조(부가가치세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다.

4. 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역(대통령령으로 정하는 리모델링 용역을 포함한다)

(3) 조세특례제한법 시행령

제51조의2(자기관리부동산투자회사 등에 대한 과세특례) ③ 법 제55조의2 제4항에서 "대통령령으로 정하는 규모"란 「주택법」에 따른 국민주택 규모(기획재정부령이 정하는 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한 면적을 말한다)를 말한다.

제106조(부가가치세의 면제 등) ④ 법 제106조 제1항 제4호에서 "대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역"이란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 제51조의2 제3항에 규정된 규모 이하의 주택

(4) 조세특례제한법 시행규칙

제20조(다가구주택의 정의) 영 제51조의2 제3항에서  "기획재정부령이 정하는 다가구주택”이라 함은 「건축법 시행령」 별표 1 제1호 다목에 해당하는 것을 말한다. 이 경우 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 본다.

(5) 주택법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "주택"이란 세대의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하며, 단독주택과 공동주택으로 구분한다.

6. "국민주택규모"란 주거의 용도로만 쓰이는 면적(이하 "주거전용면적"이라 한다)이 1호(戶) 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택(「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권을 제외한 도시지역이 아닌 읍 또는 면 지역은 1호 또는 1세대당 주거전용면적이 100제곱미터 이하인 주택을 말한다)을 말한다. 이 경우 주거전용면적의 산정방법은 국토교통부령으로 정한다.

(6) 주택법 시행령

제2조(단독주택의 종류와 범위) 「주택법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제2호에 따른 단독주택의 종류와 범위는 다음 각 호와 같다.

1. 「건축법 시행령」 별표 1 제1호 가목에 따른 단독주택

2. 「건축법 시행령」 별표 1 제1호 나목에 따른 다중주택

3. 「건축법 시행령」 별표 1 제1호 다목에 따른 다가구주택

(7) 건축법시행령

별표 1【용도별 건축물의 종류】

1. 단독주택[단독주택의 형태를 갖춘 가정어린이집ㆍ공동생활가정ㆍ지역아동센터 및 노인복지시설(노인복지주택은 제외한다)을 포함한다]

가. 단독주택

나. 다중주택: 다음의 요건을 모두 갖춘 주택을 말한다.

1) 학생 또는 직장인 등 여러 사람이 장기간 거주할 수 있는 구조로 되어 있는 것

2) 독립된 주거의 형태를 갖추지 아니한 것(각 실별로 욕실은 설치할 수 있으나, 취사시설은 설치하지 아니한 것을 말한다. 이하 같다)

3) 연면적이 330제곱미터 이하이고 층수가 3층 이하인 것

다. 다가구주택: 다음의 요건을 모두 갖춘 주택으로서 공동주택에 해당하지 아니하는 것을 말한다.

1) 주택으로 쓰는 층수(지하층은 제외한다)가 3개 층 이하일 것. 다만, 1층의 바닥면적 2분의 1 이상을 필로티 구조로 하여 주차장으로 사용하고 나머지 부분을 주택 외의 용도로 쓰는 경우에는 해당 층을 주택의 층수에서 제외한다.

2) 1개 동의 주택으로 쓰이는 바닥면적의 합계가 660제곱미터 이하일 것

3) 19세대 이하가 거주할 수 있을 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인의 법인등기사항증명서, 사업자등록증을 살펴보면, 청구법인은 2019.6.5. 부동산 주택 및 근생 임대업, 신축판매업 등을 영위할 목적으로 설립된 법인으로, 2021.10.1. 쟁점주택을 종된사업장으로 하여 비주거용/주거용 건물 임대업에 관한 사업자등록을 한 것으로 나타난다.

(나) 건축물대장 등을 살펴보면, 쟁점주택은 연면적이 493.65m2, 용도가 근린생활시설 및 다중주택으로 등록되어 있고, 2021.7.26. 사용승인된 후 2021.7.30. 청구법인 명의로 소유권보존등기되었다.

＜쟁점주택의 건축물대장 중 일부＞

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(다) 청구법인은 쟁점주택을 분양 및 판매목적으로 신축한 것이라고 주장하면서, 이에 대한 증빙으로 부동산물건중개의뢰확인서, 부동산뱅크 매물등록화면 등을 제출하였다.

＜ 부동산물건 중개의뢰 확인서 중 일부＞

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(라) 처분청이 제출한 임대차계약서, 쟁점주택의 임차인 현황 등에 따르면, 청구법인은 쟁점주택의 대부분을 임대용 원룸으로 사용하고 있는 것으로 나타나고, 이에 대하여는 청구법인과 처분청간 다툼이 없다.

1) 처분청이 제출한 쟁점주택의 임대차계약서 상 임대기간은 2년으로 되어 있고, 특약사항에 전입신고 등이 가능한 것으로 기재되어 있다.

＜쟁점주택 중 203호 임대차계약서 일부 - 처분청 제출＞

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＜표2＞ 쟁점주택의 임차인 현황 중 일부

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(마) 청구법인은 쟁점주택에 관하여 재무상태표상 2020사업연도말에 재고자산으로 계상하였다가, 2021사업연도말에 이를 유형자산으로 계정대체하였다.

(바) 청구법인의 부가가치세 신고서 등에 따르면, 쟁점매입세액의 거래처 및 세액은 아래 ＜표3＞과 같고, 청구법인은 당초 부가가치세 신고시 쟁점매입세액을 면세사업 관련 매입세액으로 구분하여 매출세액에서 불공제한 것으로 나타난다.

＜표3＞ 쟁점매입세액 내역

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(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 다중주택인 쟁점주택의 신축판매업을 영위할 목적으로 취득하였으므로 쟁점매입세액을 공제하여야 한다고 주장하나,

청구법인은 설립 당시부터 법인등기사항증명서상 목적사업에 부동산 주택 및 근생 임대업이 포함되어 있었고, 쟁점주택을 취득(2021.7.26.)한 후 2021.10.1. 쟁점주택의 주소지를 종된사업장으로 하고, 업종을 주거용 건물 임대업으로 하여 사업자등록을 한 점, 청구법인은 쟁점주택의 취득일이 속하는 2021사업연도 재무제표상 쟁점주택을 재고자산이 아닌 유형자산으로 인식한 점, 쟁점주택의 실제 사용현황에 의하면, 청구법인은 쟁점주택의 대부분을 부가가치세가 면제되는 주택임대업에 사용하고 있고, 쟁점주택은 2021년 제2기 부가가치세 과세기간에 취득된 후 이 건 심리일 현재까지 약 4년이 경과되었음에도 판매되지 아니하였으며, 청구법인은 쟁점주택에 관한 임대차계약체결시 계약기간을 2년 이상으로 정하여 임대 중인 것으로 나타나는 등 청구법인은 신축한 쟁점주택을 임대사업용으로 사용하고 있는 것으로 보이는 반면, 청구법인이 쟁점주택을 일시적, 잠정적으로 임대하였다고 볼 만한 객관적인 증빙은 제출되지 아니한 점 등에 비추어 청구법인의 주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.