1. 처분개요

가. 청구법인은 2011.7.19. 부동산 판매 및 임대, 컨설팅업 등을 영위하기 위하여 설립된 법인으로,

2019.10.30.부터 2021.11.12.까지 취득한 서울특별시 OOO 외 1필지, 202호 등 주택 7호(아래 ＜표1＞ 기재, 이하  "쟁점주택”이라 한다)를 2022사업연도에 OOO원에 양도한 후, 쟁점주택에 관한 양도소득을 누락하여 2022사업연도 법인세를 신고ㆍ납부하였다.

＜표1＞ 쟁점주택의 양도가액 및 취득가액

ㅇㅇㅇ

나. 처분청은 양도된 쟁점주택은 「법인세법」 제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세 과세대상에 해당하고, 그 취득가액을 부동산등기부상 기재된 거래가액 등의 합계 OOO원으로 보아 2025.1.15. 청구법인에게 2022사업연도 법인세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.24. 이의신청을 거쳐 2025.8.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청은 「법인세법」 제55조의2 제6항의 토지등 양도소득은 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다는 규정에 따라 장부가액이 불분명하므로 청구법인이 제시한 실제 증빙에 의한 취득가액을 인정하지 아니하였다.

처분청은 장부가액이 불분명하다는 이유로 청구법인이 제출한 취득부대비용 관련 증빙을 인정하지 않았으나, 이 건 법인세 등을 고지할 당시 처분청이 취득가액으로 산정한 금액은 부동산등기부등본상 기재금액과 경락가액의 표시금액으로, 동일한 논리라면 전체 취득가액을 OOO원으로 하여 고지하였어야 할 것이다.

청구법인이 쟁점주택의 취득가액으로 주장하는 금액과 처분청이 취득가액으로 인정한 금액의 차이는 OOO원(이하  "쟁점비용”이라 한다)으로, 가장 큰 차이 원인은 청구법인이 부담한 취득부대비용과 법적대항력이 있는 세입자, 기타 기관에게 추가로 지급한 법적 낙찰자 부담금액 때문이다.

청구법인은 쟁점비용에 대한 증빙을 제출하였음에도 이를 쟁점주택의 양도가액에서 차감하지 아니한 처분청의 처분은 부당하다.
나. 처분청 의견

(1) 「법인세법」 제55조의2 제6항에서 토지등 양도소득은 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다고 규정하고 있고, 법인세법상 양도 당시의 장부가액에 대한 명확한 정의 규정은 없으나, 익금항목인 자산의 양도금액에 대응하는 원가로서 세무조정사항을 반영한 세무상 장부가액을 의미하는 것으로, 자산의 취득가액에 자본적 지출ㆍ자산평가증 등을 가산하고 감가상각ㆍ평가손실 등을 차감한 해당 자산의 장부상 대차잔액(세무상 취득가액에 세무상 감가상각충당금과 세무상 평가차액을 가감한 금액)을 말하는 것이다(OOO).

쟁점금액이 법인세법상 쟁점주택의 취득가액에 가산하는 항목에 해당하더라도, 쟁점금액이 청구법인의 장부에 쟁점주택의 취득가액(장부가액)으로 계상되어 있는지 또는 다른 비용 계정으로 손금 계상되었는지 여부를 확인하기 위해서는 쟁점주택의 취득 및 양도와 관련하여 청구법인의 장부에 대한 확인이 반드시 필요하다 할 것이나, 청구법인은 쟁점주택의 양도 당시 장부가액을 확인할 수 있는 취득 및 양도 관련 장부를 제출하지 아니하였다.

처분청은 청구법인의 장부에 의한 쟁점주택의 양도 당시의 장부가액을 확인할 수 없어 쟁점주택의 취득가액을 부동산등기부상 기재된 거래가액 또는 경락가액으로 보아 이를 차감하여 쟁점주택의 양도소득을 계산한 것이다.

(2) 청구법인은 이 사건의 경우 「국세기본법」 제14조 및 제16조 규정에 따라 청구법인이 제출한 증빙에 의해 쟁점주택의 토지 등 양도소득을 계산하여야 하고, 쟁점주택의 취득가액 및 부동산등기부에 기재된 거래가액 또는 경락가액 외에 취득 시 발생한 쟁점금액을 쟁점주택의 취득가액에 가산하여야 한다고 주장하고 있으나,

조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적인 이유 없이 확장 해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 아니하는 것인바,

「국세기본법」 제16조 제1항은 ‘납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다’고 규정하고 있고, 장부와 이와 관계되는 증거자료란 회계장부와 그 회계장부를 작성하기 위한 기조자료인 매입 및 매출 관련 계약서, 세금계산서 및 계산서, 각종 전표, 은행계좌 및 거래명세, 영수증, 신용카드영수증, 송장, 재고조사표 등을 말하는 것으로, 청구법인은 장부를 갖추어 기록하고 있는 것으로 보임에도 불구하고 쟁점주택의 토지 등 양도소득을 계산하는데 필수적인 쟁점주택의 취득 및 양도와 관련된 장부를 제출하지 않고 있다.

설령, 청구법인의 청구주장대로 쟁점금액이 법인세법상 쟁점주택의 취득가액에 가산하는 항목에 해당한다고 하더라도 쟁점금액이 청구법인의 장부에 쟁점주택의 취득가액(장부가액)으로 계상되어 있지 않다면, 쟁점금액을 「법인세법」 제55조의2 제6항에서 규정하고 있는 양도 당시 장부가액에 포함되는 것으로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

법인장부에 계상하지 아니한 쟁점비용을 「법인세법」 제55조의2 제6항에 따른 쟁점주택 양도당시의 장부가액에 포함하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법(2022.12.31. 법률 제19193호로 개정되기 전의 것)

제41조(자산의 취득가액) ①내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

1.타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다) : 매입가액에 부대비용을 더한 금액

2.자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산 : 제작원가(制作原價)에 부대비용을 더한 금액

3. 그 밖의 자산 : 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

②제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ①내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 「소득세법」 제88조 제9호에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서  "토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

2.대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 조에서  "별장”이라 한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 20(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액. 다만, 「지방자치법」제3조 제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 있으면서 대통령령으로 정하는 범위 및 기준에 해당하는 농어촌주택(그 부속토지를 포함한다)은 제외한다.

⑥토지등 양도소득은 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다. 다만, 비영리 내국법인이 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지등 양도소득은 양도금액에서 장부가액과 1991년 1월 1일 현재 「상속세 및 증여세법」제60조와 같은 법 제61조 제1항에 따라 평가한 가액 중 큰 가액을 뺀 금액으로 할 수 있다.

⑦제1항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 농지ㆍ임야ㆍ목장용지의 범위, 주된 사업의 판정기준, 해당 사업연도에 토지등의 양도에 따른 손실이 있는 경우 등의 양도소득 계산방법, 토지등의 양도에 따른 손익의 귀속사업연도 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령(2022.12.31. 대통령령 제33210호로 개정되기 전의 것)

제31조(즉시상각의 의제) ② 법 제23조 제4항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 자본적 지출"이란 법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 해당 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것에 대한 지출을 포함한다.

1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조

2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치

3. 빌딩 등에 있어서 피난시설 등의 설치

4. 재해 등으로 인하여 멸실 또는 훼손되어 본래의 용도에 이용할 가치가 없는 건축물ㆍ기계ㆍ설비 등의 복구

5. 그 밖에 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 제1호부터 제4호까지의 지출과 유사한 성질의 것

제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산: 매입가액에 취득세(농어촌특별세와 지방교육세를 포함한다), 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액[법인이 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 호에서 "건물등"이라 한다)을 함께 취득하여 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우 법 제52조제2항에 따른 시가에 비례하여 안분계산한다]

③ 제2항을 적용할 때 취득가액에는 다음 각 호의 금액을 포함하는 것으로 한다.

1. 법 제15조 제2항 제1호의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

2. 법 제28조 제1항 제3호 및 같은 조 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액

3. 유형자산의 취득과 함께 국ㆍ공채를 매입하는 경우 기업회계기준에 따라 그 국ㆍ공채의 매입가액과 현재가치의 차액을 해당 유형자산의 취득가액으로 계상한 금액

제92조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ②법 제55조의2 제1항 제2호 본문에서  "대통령령으로 정하는 주택”이란 국내에 소재하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다. 다만, 제1호, 제1호의2, 제1호의4 및 제1호의12에 해당하는 임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)으로서 「민간임대주택에 관한 특별법」제6조 제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날에 등록이 말소되는 경우에는 임대의무기간이 종료한 날에 제1호, 제1호의2, 제1호의4 및 제1호의12에서 정한 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다.

1. 해당 법인이 임대하는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택 또는 「공공주택 특별법」 제2조 제1호의3에 따른 공공매입임대주택으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제7호에 따른 임대사업자의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 같은 법 제5조에 따른 임대사업자 등록과 법 제111조에 따른 사업자등록(이하 이 조에서  "사업자등록등”이라 한다)을 한 주택으로 한정한다.

가. 삭제

나. 5년 이상 임대한 주택일 것

다. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하거나 「공공주택 특별법」제2조제1호가목에 따른 공공임대주택으로 건설 또는 매입되어 임대를 개시한 날의 해당 주택 및 이에 딸린 토지의 기준시가(「소득세법」제99조에 따른 기준시가를 말한다. 이하 이 항에서 같다)의 합계액이 6억원[「수도권정비계획법」제2조제1호에 따른 수도권(이하  "수도권”이라 한다) 밖의 지역인 경우에는 3억원] 이하일 것

1의2. ~ 1의14. (생략)

2. 주주등이나 출연자가 아닌 임원 및 직원에게 제공하는 사택 및 그 밖에 무상으로 제공하는 법인 소유의 주택으로서 사택제공기간 또는 무상제공기간이 10년 이상인 주택

3. 저당권의 실행으로 인하여 취득하거나 채권변제를 대신하여 취득한 주택으로서 취득일부터 3년이 경과하지 아니한 주택

4. 그 밖에 부득이한 사유로 보유하고 있는 주택으로서 기획재정부령으로 정하는 주택

⑨ 법인이 각 사업연도에 법 제55조의2를 적용받는 2 이상의 토지등을 양도하는 경우에 토지등양도소득은 해당 사업연도에 양도한 자산별로 법 제55조의2 제6항에 따라 계산한 금액을 합산한 금액으로 한다. 이 경우 양도한 자산 중 양도 당시의 장부가액이 양도금액을 초과하는 토지등이 있는 경우에는 그 초과하는 금액(이하 이 항에서 "양도차손"이라 한다)을 다음 각 호의 자산의 양도소득에서 순차로 차감하여 토지등양도소득을 계산한다.(각 호 생략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 쟁점주택은 서울특별시 OOO 외 1필지, 202호 등 7호 주택으로, 처분청과 청구법인은 쟁점토지의 취득가액으로 산정한 금액은 아래 ＜표2＞ㆍ＜표3＞에서와 같다.

＜표2＞ 쟁점주택의 취득 및 양도가액

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＜표3＞ 쟁점주택의 취득가액에 대한 처분청과 청구법인 간 차이내역

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(나) 처분청은 쟁점주택의 취득가액을 부동산등기부등본에 기재된 거래가액 및 경매취득가액의 합계 OOO원으로 보아 2022사업연도 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 산정하여 2022.1.15. 청구법인에게 2022사업연도 법인세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.

＜표4＞ 처분청이 제출한 경정결의서

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(다) 쟁점주택의 양도가 「법인세법」 제55조의2 제1항 제2호에 따른 토지 등 양도소득에 대한 과세특례대상에 해당한다는 점에 대하여는 청구법인과 처분청 간 다툼이 없다.

(라) 청구법인은 쟁점비용에 대한 증빙으로, 취ㆍ등록세 납부서, 수입인지대, 국민채권매입영수증, 등기비용 납부영수증, 쟁점주택의 전소유자가 체결한 부동산임차계약서, 간이영수증 등을 제출하였다.

＜표5＞ 쟁점비용 관련 청구법인 제출 증빙 내역

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(마) 처분청은 청구법인에게 쟁점주택의 장부가액을 확인하기 위한 법인장부 등을 요청하였으나, 청구법인이 쟁점주택의 취득 및 양도 등에 관해 법인장부 및 관련 증빙을 제출하지 아니한 것으로 답변하였다.

(바) 청구법인이 2022사업연도 법인세 신고시 제출한 합계표준재무상태표를 살펴보면, 재고자산의 대변잔액이 OOO원으로 기재되어 있고, 청구법인은 2025.10.29. 이 건 심판관회의에서 2022사업연도 합계표준재무제표상 재고자산의 차감항목으로 기재된 금액이 쟁점주택의 장부가액에 해당한다고 진술하였다.

＜2022사업연도 법인세 신고시 첨부된 재무제표＞

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(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

처분청은 청구법인이 쟁점주택의 양도 당시 장부가액을 확인할 수 있는 취득 및 양도 관련 장부를 제출하지 아니하였으므로 부동산등기부등본 등으로 확인된 쟁점주택의 거래가액 또는 경락가액을 쟁점주택의 취득가액으로 보아야 한다는 의견이나,

양도 당시의 장부가액이란 회계상의 장부가액이 아니라 세무회계에 따라 수정된 장부상 평가가액으로서 법률적으로 세법 해석에 맞게 회계상 장부가액을 수정한 가액이므로, 당해 법인이 회계처리를 하지 않았다고 하더라도 세법상 자산의 가액에 해당하는 비용을 회계상 장부가액에 가산하여 세무상 장부가액으로 수정하는 것이 가능한 것으로 판단되고(OOO), 쟁점주택의 장부가액에 쟁점비용을 포함할지 여부는 쟁점비용이 쟁점주택에 대한 자본적 지출액으로 세무상 장부가액이 될 수 있는지 여부에 따라 정해진다 할 것인바,

청구법인은 이의신청 단계에서 쟁점주택에 대한 취득부대비용으로 쟁점비용을 지출하였다고 주장하면서 그 증빙으로 쟁점주택의 취득시 소요된 취ㆍ등록세 납부서, 수입인지대, 국민채권매입영수증, 등기비용 납부영수증 등을 제출(＜표5＞ 기재)하였고, 청구법인이 2022사업연도 법인세 신고시 제출한 합계표준재무상태표상 재고자산의 대변잔액은 OOO원으로 기재되어 있으며, 이는 청구법인이 쟁점주택의 취득가액으로 주장하는 금액(OOO원)과 유사해 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 제시한 비용은 취득가액에 해당할 가능성이 매우 높아 보이고, 제출된 증빙은 쟁점주택의 취득에 소요된 비용 등을 확인할 수 있는 객관적인 자료로, 그 신빙성을 부인하기는 어려워 보이므로 이를 토대로 쟁점주택의 실지취득가액을 인정함이 타당하다고 판단된다.

다만, 처분청은 쟁점비용의 증빙으로 제출된 자료에 대하여 구체적으로 검토한 사실이 없으므로, 쟁점비용의 지출여부, 취득과의 관련성, 적격증빙 구비 유무 및 쟁점비용이 인정될 경우 감가상각을 고려하여 쟁점주택 양도 당시의 장부가액에 미치는 영향을 재조사하여 그 결과에 따라 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.