○질의인은 피부과 병원을 운영하고 있는 개인사업자로

- 주 40시간으로 근무하고 있는 간호팀 정규직 직원 甲이 육아기 근로시간 단축근무를 신청하여 변경된 근로조건(근로시간 및 휴게시간, 임금 등)을 명시한 근로계약서를 새로 작성

- 직원 甲은 ’25.6.10.부터 1년간 주 30시간으로 근로시간이 조정됨

○「조세특례제한법」 제29조의8 통합고용세액공제 적용을 위한 상시근로자 수 계산시 육아기 근로시간 단축근로자가 단시간근로자에 해당하는지 여부

「조세특례제한법 」 제29조의8에 따른 통합고용세액공제 적용 시 상시근로자는 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자로서 「조세특례제한법 시행령 」 제23조제10항 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 사람을 말하는 것이며, 「남녀고용평등과 일ㆍ 가정의 양립 지원에 관한 법률 」 제19조의2제1항에 따라 육아기 근로시간 단축을 하고 있는 근로자는 「조세특례제한법 시행령 」제23조제10항제2호의 단시간근로자에 해당하는 것입니다.

○ 조세특례제한법 제29조의8 【통합고용세액공제】
① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2025년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 " 상시근로자" 라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년(중소기업 및 중견기업의 경우에는 2년)이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.
1.청년 정규직 근로자, 장애인 근로자, 60세 이상인 근로자 또는 경력단절 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 " 청년등상시근로자" 라 한다)의 증가 인원 수(전체 상시근로자의 증가 인원 수를 한도로 한다)에 400만원[중견기업의 경우에는 800만원, 중소기업의 경우에는 1,450만원(중소기업으로서 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우에는 1,550만원)]을 곱한 금액
2.청년등상시근로자를 제외한 상시근로자의 증가 인원 수(전체 상시근로자의 증가 인원 수를 한도로 한다) × 0원(중견기업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액)
가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우: 850만원
나. 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우: 950만원
③ 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 최초로 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항을 적용하지 아니하고, 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터제1항제1호를 적용하지 아니한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액(제1항에 따른 공제금액 중 제144조에 따라 공제받지 못하고 이월된 금액이 있는 경우에는 그 금액을 차감한 후의 금액을 말한다)을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.
○조세특례제한법 시행령 제26조의8 【통합고용세액공제】
② 법 제29조의8제1항 각 호 외의 부분에서 " 대통령령으로 정하는 상시근로자" 란 제23조제10항에 따른 상시근로자(이하 이 조에서 " 상시근로자" 라 한다)를 말한다.
⑥ 법 제29조의8제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 상시근로자 수 및 청년등상시근로자 수는 다음 각 호의 구분에 따른 계산식에 따라 계산한 수(100분의 1 미만의 부분은 없는 것으로 한다)로 한다.



⑦ 제6항에 따른 상시근로자 수와 청년등상시근로자 수의 계산에 관하여는 제23조제11항 후단을 준용하며, 법 제29조의8제4항 및 제5항을 적용할 때 「근로기준법」제74조에 따른 출산전후휴가를 사용 중인 상시근로자를 대체하는 상시근로자가 있는 경우 해당 출산전후휴가를 사용 중인 상시근로자는 제6항에 따른 상시근로자 수와 청년등상시근로자 수에서 제외한다.
○ 조세특례제한법 시행령 제23조 【고용창출투자세액공제】
⑩ 제7항부터 제9항까지의 규정을 적용할 때 상시근로자는 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람은 제외한다.
1. 근로계약기간이 1년 미만인 근로자(근로계약의 연속된 갱신으로 인하여 그 근로계약의 총 기간이 1년 이상인 근로자는 제외한다)
2.「근로기준법」 제2조제1항제9호에 따른 단시간근로자. 다만, 1개월간의 소정근로시간이 60시간 이상인 근로자는 상시근로자로 본다.
3. 「법인세법 시행령」 제40조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 임원
4. 해당 기업의 최대주주 또는 최대출자자(개인사업자의 경우에는 대표자를 말한다)와 그 배우자
5. 제4호에 해당하는 자의 직계존비속(그 배우자를 포함한다) 및 「국세기본법 시행령」제1조의2제1항에 따른 친족관계인 사람
6. 「소득세법 시행령」제196조에 따른 근로소득원천징수부에 의하여 근로소득세를 원천징수한 사실이 확인되지 아니하고, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액의 납부사실도 확인되지 아니하는 자
가. 「국민연금법」제3조제1항제11호 및 제12호에 따른 부담금 및 기여금
나. 「국민건강보험법」제69조에 따른 직장가입자의 보험료
⑪ 제7항과 제8항을 적용할 때 상시근로자 수는 제1호의 계산식에 따라 계산한 수로 한다. 이 경우 제10항제2호 단서에 따른 근로자 1명은 0.5명으로 하여 계산하되, 제2호 각 목의 지원요건을 모두 충족하는 경우에는 0.75명으로 하여 계산한다.



2. 지원요건
가. 해당 과세연도의 상시근로자 수(제10항제2호 단서에 따른 근로자는 제외한다)가 직전 과세연도의 상시근로자 수(제10항제2호 단서에 따른 근로자는 제외한다)보다 감소하지 아니하였을 것
나. 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결하였을 것
다.상시근로자와 시간당 임금(「근로기준법」 제2조제1항제5호에 따른 임금, 정기상여금ㆍ명절상여금 등 정기적으로 지급되는 상여금과 경영성과에 따른 성과금을 포함한다), 그 밖에 근로조건과 복리후생 등에 관한 사항에서 「기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률」제2조제3호에 따른 차별적 처우가 없을 것
라.시간당 임금이 「최저임금법」 제5조에 따른 최저임금액의 100분의 130(중소기업의 경우에는 100분의 120) 이상일 것
○ 근로기준법 제2조 【정의】
① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
8. " 소정(所定)근로시간" 이란 제50조, 제69조 본문 또는 「산업안전보건법」제139조제1항에 따른 근로시간의 범위에서 근로자와 사용자 사이에 정한 근로시간을 말한다.
9. " 단시간근로자" 란 1주 동안의 소정근로시간이 그 사업장에서 같은 종류의 업무에 종사하는 통상 근로자의 1주 동안의 소정근로시간에 비하여 짧은 근로자를 말한다.
○ 남녀고용평등과 일ㆍ가정 양립 지원에 관한 법률(이하  "남녀고용평등법”) 제19조의2 【육아기 근로시간 단축】
① 사업주는 근로자가 만 12세 이하 또는 초등학교 6학년 이하의 자녀를 양육하기 위하여 근로시간의 단축(이하 " 육아기 근로시간 단축" 이라 한다)을 신청하는 경우에 이를 허용하여야 한다. 다만, 대체인력 채용이 불가능한 경우, 정상적인 사업 운영에 중대한 지장을 초래하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
③ 사업주가 제1항에 따라 해당 근로자에게 육아기 근로시간 단축을 허용하는 경우 단축 후 근로시간은 주당 15시간 이상이어야 하고 35시간을 넘어서는 아니 된다.
④ 육아기 근로시간 단축의 기간은 1년 이내로 한다. 다만, 근로자가 제19조제2항 본문에 따른 육아휴직 기간 중 사용하지 아니한 기간이 있으면 그 기간의 두배를 가산한 기간 이내로 한다.

1. 사실관계
○질의인은 피부과 병원을 운영하고 있는 개인사업자로
- 주 40시간으로 근무하고 있는 간호팀 정규직 직원 甲이 육아기 근로시간 단축근무를 신청하여 변경된 근로조건(근로시간 및 휴게시간, 임금 등)을 명시한 근로계약서를 새로 작성
- 직원 甲은 ’25.6.10.부터 1년간 주 30시간으로 근로시간이 조정됨
2. 질의요지
○「조세특례제한법」 제29조의8 통합고용세액공제 적용을 위한 상시근로자 수 계산시 육아기 근로시간 단축근로자가 단시간근로자에 해당하는지 여부

3. 관련 법령
○ 조세특례제한법 제29조의8 【통합고용세액공제】
① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2025년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 " 상시근로자" 라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년(중소기업 및 중견기업의 경우에는 2년)이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.
1.청년 정규직 근로자, 장애인 근로자, 60세 이상인 근로자 또는 경력단절 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 " 청년등상시근로자" 라 한다)의 증가 인원 수(전체 상시근로자의 증가 인원 수를 한도로 한다)에 400만원[중견기업의 경우에는 800만원, 중소기업의 경우에는 1,450만원(중소기업으로서 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우에는 1,550만원)]을 곱한 금액
2.청년등상시근로자를 제외한 상시근로자의 증가 인원 수(전체 상시근로자의 증가 인원 수를 한도로 한다) × 0원(중견기업의 경우에는 450만원, 중소기업의 경우에는 다음 각 목에 따른 금액)
가. 수도권 내의 지역에서 증가한 경우: 850만원
나. 수도권 밖의 지역에서 증가한 경우: 950만원
③ 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 내국인이 최초로 공제를 받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지의 기간 중 전체 상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터 제1항을 적용하지 아니하고, 청년등상시근로자의 수가 최초로 공제를 받은 과세연도에 비하여 감소한 경우에는 감소한 과세연도부터제1항제1호를 적용하지 아니한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액(제1항에 따른 공제금액 중 제144조에 따라 공제받지 못하고 이월된 금액이 있는 경우에는 그 금액을 차감한 후의 금액을 말한다)을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.
○조세특례제한법 시행령 제26조의8 【통합고용세액공제】
② 법 제29조의8제1항 각 호 외의 부분에서 " 대통령령으로 정하는 상시근로자" 란 제23조제10항에 따른 상시근로자(이하 이 조에서 " 상시근로자" 라 한다)를 말한다.
⑥ 법 제29조의8제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 상시근로자 수 및 청년등상시근로자 수는 다음 각 호의 구분에 따른 계산식에 따라 계산한 수(100분의 1 미만의 부분은 없는 것으로 한다)로 한다.
1. 상시근로자 수:



2. 청년등 상시근로자 수:



⑦ 제6항에 따른 상시근로자 수와 청년등상시근로자 수의 계산에 관하여는 제23조제11항 후단을 준용하며, 법 제29조의8제4항 및 제5항을 적용할 때 「근로기준법」제74조에 따른 출산전후휴가를 사용 중인 상시근로자를 대체하는 상시근로자가 있는 경우 해당 출산전후휴가를 사용 중인 상시근로자는 제6항에 따른 상시근로자 수와 청년등상시근로자 수에서 제외한다.
○ 조세특례제한법 시행령 제23조 【고용창출투자세액공제】
⑩ 제7항부터 제9항까지의 규정을 적용할 때 상시근로자는 「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람은 제외한다.
1. 근로계약기간이 1년 미만인 근로자(근로계약의 연속된 갱신으로 인하여 그 근로계약의 총 기간이 1년 이상인 근로자는 제외한다)
2.「근로기준법」 제2조제1항제9호에 따른 단시간근로자. 다만, 1개월간의 소정근로시간이 60시간 이상인 근로자는 상시근로자로 본다.
3. 「법인세법 시행령」 제40조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 임원
4. 해당 기업의 최대주주 또는 최대출자자(개인사업자의 경우에는 대표자를 말한다)와 그 배우자
5. 제4호에 해당하는 자의 직계존비속(그 배우자를 포함한다) 및 「국세기본법 시행령」제1조의2제1항에 따른 친족관계인 사람
6. 「소득세법 시행령」제196조에 따른 근로소득원천징수부에 의하여 근로소득세를 원천징수한 사실이 확인되지 아니하고, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액의 납부사실도 확인되지 아니하는 자
가. 「국민연금법」제3조제1항제11호 및 제12호에 따른 부담금 및 기여금
나. 「국민건강보험법」제69조에 따른 직장가입자의 보험료
⑪ 제7항과 제8항을 적용할 때 상시근로자 수는 제1호의 계산식에 따라 계산한 수로 한다. 이 경우 제10항제2호 단서에 따른 근로자 1명은 0.5명으로 하여 계산하되, 제2호 각 목의 지원요건을 모두 충족하는 경우에는 0.75명으로 하여 계산한다.
1. 계산식

2. 지원요건
가. 해당 과세연도의 상시근로자 수(제10항제2호 단서에 따른 근로자는 제외한다)가 직전 과세연도의 상시근로자 수(제10항제2호 단서에 따른 근로자는 제외한다)보다 감소하지 아니하였을 것
나. 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결하였을 것
다.상시근로자와 시간당 임금(「근로기준법」 제2조제1항제5호에 따른 임금, 정기상여금ㆍ명절상여금 등 정기적으로 지급되는 상여금과 경영성과에 따른 성과금을 포함한다), 그 밖에 근로조건과 복리후생 등에 관한 사항에서 「기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률」제2조제3호에 따른 차별적 처우가 없을 것
라.시간당 임금이 「최저임금법」 제5조에 따른 최저임금액의 100분의 130(중소기업의 경우에는 100분의 120) 이상일 것
○ 근로기준법 제2조 【정의】
① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
8. " 소정(所定)근로시간" 이란 제50조, 제69조 본문 또는 「산업안전보건법」제139조제1항에 따른 근로시간의 범위에서 근로자와 사용자 사이에 정한 근로시간을 말한다.
9. " 단시간근로자" 란 1주 동안의 소정근로시간이 그 사업장에서 같은 종류의 업무에 종사하는 통상 근로자의 1주 동안의 소정근로시간에 비하여 짧은 근로자를 말한다.
○ 남녀고용평등과 일ㆍ가정 양립 지원에 관한 법률(이하  "남녀고용평등법”) 제19조의2 【육아기 근로시간 단축】
① 사업주는 근로자가 만 12세 이하 또는 초등학교 6학년 이하의 자녀를 양육하기 위하여 근로시간의 단축(이하 " 육아기 근로시간 단축" 이라 한다)을 신청하는 경우에 이를 허용하여야 한다. 다만, 대체인력 채용이 불가능한 경우, 정상적인 사업 운영에 중대한 지장을 초래하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
③ 사업주가 제1항에 따라 해당 근로자에게 육아기 근로시간 단축을 허용하는 경우 단축 후 근로시간은 주당 15시간 이상이어야 하고 35시간을 넘어서는 아니 된다.
④ 육아기 근로시간 단축의 기간은 1년 이내로 한다. 다만, 근로자가 제19조제2항 본문에 따른 육아휴직 기간 중 사용하지 아니한 기간이 있으면 그 기간의 두배를 가산한 기간 이내로 한다.
○ 남녀고용평등법 제19조의3 【육아기 근로시간 단축 중 근로조건 등】
① 사업주는 제19조의2에 따라 육아기 근로시간 단축을 하고 있는 근로자에 대하여 근로시간에 비례하여 적용하는 경우 외에는 육아기 근로시간 단축을 이유로 그 근로조건을 불리하게 하여서는 아니 된다.
② 제19조의2에 따라 육아기 근로시간 단축을 한 근로자의 근로조건(육아기 근로시간 단축 후 근로시간을 포함한다)은 사업주와 그 근로자 간에 서면으로 정한다.
③ 사업주는 제19조의2에 따라 육아기 근로시간 단축을 하고 있는 근로자에게 단축된 근로시간 외에 연장근로를 요구할 수 없다. 다만, 그 근로자가 명시적으로 청구하는 경우에는 사업주는 주 12시간 이내에서 연장근로를 시킬 수 있다.
④ 육아기 근로시간 단축을 한 근로자에 대하여 「근로기준법」제2조제6호에 따른 평균임금을 산정하는 경우에는 그 근로자의 육아기 근로시간 단축 기간을 평균임금 산정기간에서 제외한다.