용산세무서장이 2024.5.29. 청구인에게 한 2018년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2013.6.3.부터 ‘OOO’라는 상호로 개업하여 국내 암환자 등을 대상으로 면역세포를 이용한 치료행위와 관련된 용역(이하  "쟁점용역”이라 한다)을 제공하고 있는 개인사업자이다.

나. 서울지방국세청장(이하  "조사청”이라 한다)은 2021.1.21.부터 2024.5.27.까지 청구인에 대한 개인통합조사 및 조세범칙조사를 실시한 결과, 청구인이 차명계좌를 이용하여 매출액을 누락한 사실 등을 확인하여 관련 과세자료를 처분청에 통보하였다.

다. 처분청은 이에 따라 2024.5.29. 청구인에게 2018년 귀속 종합소득세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 경정ㆍ고지(이하  "쟁점처분”이라 한다)하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2024.7.9. 이의신청을 거쳐 2024.12.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청은 2021.1.21. 청구인에 대한 2016년부터 2019년까지의 과세기간에 대한 개인통합 세무조사를 착수하였다. 해당 세무조사 중 조사청과 청구인 간에 청구인이 환자들로부터 수령한 면역세포요법과 관련된 면역세포배양비, 채혈 주사료, 항공료, 교통비 및 식대, 대행수수료, 면역관문억제제 구매비용 등 여러 종류의 지불금 중에서 과연 어떠한 부분이 청구인에게 귀속되는 「부가가치세법」상 공급대가에 해당하는지, 영세율이 적용되어야 하는지에 관한 의견대립이 있었다.

(가) 조사청은 2021.3.15. ‘환자들에게 받은 지불금 중 부가가치세 과세표준이 무엇인지 여부 및 영세율이 적용되는지 여부’를 과세사실판단자문위원회에 심의 요청하였다.

(나) 과세사실판단자문위원회는 2021.4.15.  "청구인이 주식회사 A에 지급한 배양비를 제외한 금액이 쟁점사업장의 부가가치세 과세표준에 해당한다”라고 의결하였다.

(다) 그러나 조사청은 환자들로부터 받은 면역세포요법에 관한 모든 대금을 과세표준으로 하여 2016년 제1기 부가가치세를 먼저 경정ㆍ고지하였다. 청구인은 이에 불복하였고, 서울행정법원은  "조사청이 결정한 과세표준에는 청구인이 제공한 용역과 대가관계가 없는 면역세포 배양비용을 포함하고 있어 위법하다”는 원고 승소로 판결하였다. 덧붙여 법원은  "과세관청 내부의 전문가들로 구성된 위원회의 판단은 특별한 사정이 없는 한 최대한 참작하고 존중함이 타당하며, 원고가 주장하는 자기구속의 원칙 위배에 관하여는 더 나아가 살피지 않는다”고 판시하였다. 이후 조사청은 서울고등법원 계류 중에 직권으로 부과처분액의 대부분(약 96%)을 결정취소하였고, 현재는 취소되고 남은 부가가치세에 대해 대법원에 계류 중이다.

(라) 한편 조사청은 2021.7.22. 개인통합조사에서 조세범칙조사로 전환하고, 조사대상 과세기간도 2016.1.1.부터 2019.12.31.에서 2020.12.31.로 그 범위를 확대하였다.

(마) 조사청은 2021.8.30. 청구인이 일본국 소재 법인 주식회사 A(이하  "A”라고 한다)로부터 수령한 입금증과 수탁금청구내역서 등에 관하여 문서감정을 신청하였으나 문서들이 특별히 위조ㆍ변조 되었거나, 문서에 지워진 문자나 부분이 있다거나, 작성시기가 사실과 다른 점은 없다는 감정결과가 나왔다.

(바) 더 나아가 조사청은 2021년 9월경 일본 국세청에 대한 국외자료 수집을 이유로 이 건 세무조사를 중지하였다. 이후에도 세무조사를 일시 재개하여 금융조사를 실시하거나 청구인의 소명자료를 받은 후, 세무조사를 중지 또는 연장하는 방식을 이용하여 무려 약 40개월 동안 청구인을 세무조사하였다. 조사청은 조사기간을 직권으로 더 이상 연장할 수 없게 되자 청구인에게 조사기간 연장 동의를 종용하였고, 이에 청구인은 어쩔수 없이 반강제적으로 응하였다.

(사) 이와 같이 당초 청구인에게 통지된 세무조사기간은 2021.1.21.부터 2021.2.19.까지였지만, 조사청은 20회에 걸친 세무조사 연장ㆍ중지를 통해 무려 2024.5.27.까지 약 40개월에 걸친 이례적인 세무조사를 강행함으로써, 납세자의 권리를 철저하게 무시하였고 청구인이 영위하던 사업은 결국 사실상 폐업에 이르게 되었다.

(아) 청구인은 2024.5.28. 세무조사 결과 통지서를 조사청으로부터 통지 받았고, 다음날인 2024.5.29. 2018년 귀속 종합소득세 OOO원의 고지서(쟁점처분)를 처분청으로부터 교부송달 받았다. 이에 청구인은 과세전적부심사를 받을 수 있는 납세자의 권리를 임의로 박탈한 것은 위법이라는 취지로 이의신청을 제기하였으나, 서울지방국세청장은 2024.9.27. 기각결정하였다.

(2) (쟁점①) 처분청이 청구인에게 세무조사결과에 대한 서면통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기 전에 한 쟁점처분은 중대한 절차상 위법이 있으므로 취소되어야 한다.

(가) 세무조사결과에 대한 서면통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기 전에 과세처분을 한 것은 중대한 위법이다.

1) 「국세기본법」 제81조의12 제1항은  "세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사를 마친 날부터 20일 이내에 세무조사내용, 결정 또는 경정할 과세표준 세액 및 산출근거, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항이 포함된 조사결과를 납세자에게 설명하고, 이를 서면으로 통지하여야 한다”고 규정하고 있고, 같은 법 제81조의15 제2항은  "제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 과세전적부심사라 한다]를 청구할 수 있다”고 규정하고 있으며, 제9항의 위임에 따른 「국세기본법 시행령」 제63조의15 제4항은  "과세전적부심사 청구를 받은 세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장은 그 청구부분에 대하여 같은 조 제4항에 따른 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보(留保)하여야 한다. 다만, 법 제81조의15 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 또는 같은 조 제8항에 따른 신청이 있는 경우에는 그러하지 아니하다”고 규정하고 있다.

2) 이처럼 과세전적부심사 제도는 과세처분 이전의 단계에서 납세자의 주장을 반영함으로써 권리구제의 실효성을 높이기 위하여 마련된 사전구제절차로 「국세기본법」에 명시하고 있는 과세관청과 납세자를 모두 법률상 구속하는 제도이다.

3) 대법원은  "사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제 방법과 더불어, 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고, 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수하여야 하는 점 등을 고려하여 보면, 「국세기본법」 및 「국세기본법 시행령」이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세예고 통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐만 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효이다”라는 명확한 입장이다(대법원 2016.12.27. 선고 2016두49228 판결 참조). 이후에도 대법원은  "과세관청이 세무조사 결과에 대한 서면통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기 전에 과세처분을 한 경우, 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 과세처분이 무효에 해당한다”는 확고한 입장을 반복하여 밝히고 있다(대법원 2020.10.29. 선고 2017두51174 판결, 대법원 2023.11.2. 선고 2021두37748 판결 참조).

(나) 처분청이 청구인에게 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기 전에 쟁점처분을 한 것은 잘못이다.

1) 청구인은 2024.5.28. 조사청으로부터 세무조사의 결과로 2016년부터 2020년 귀속 종합소득세 합계 OOO원과 2017년 제1기부터 2020년 제1기까지의 부가가치세 합계 OOO원이 고지될 예정이라는 세무조사결과통지를 받았다.

2) 그런데 처분청은 2024.5.29. 청구인에게 위 세무조사결과통지 중 쟁점처분만을 고지한 후, 곧바로 그 고지서를 교부송달하였다.

그러나 처분청은 청구인에게 쟁점처분을 하기 전에 과세전적부심사의 기회를 부여하였어야 한다. 특별한 사정도 없이 세무조사결과통지가 있은 후 과세전적부심사 청구 또는 그에 대한 결정이 있기 전에 이루어진 쟁점처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것이며, 그 절차상 하자는 중대하고도 명백하여 무효에 해당한다.

3) 요컨대 「국세기본법」의 명확한 규정과 대법원이 여러 차례 밝히고 있는 법리에 따르면, 쟁점처분은 외관상 성립은 하였으나 그 하자가 매우 중대함으로 인하여 행정 행위가 애초부터 아무런 효력을 발생하지 않을 정도로 잘못된 것이다. 따라서 쟁점처분은 절차상의 하자가 치유될 수 없는 무효인 부과처분이므로 취소되어야한다.

(다) 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 특별한 사정에  "향후 불복절차에서 장기부과제척기간을 적용한 것이 위법하다고 판단받을 수 있는 가능성”이란 사유는 없다.

1) 조사청은 청구인이 차명계좌를 사용하여 수입금액을 누락하고 이를 현금으로 인출하는 등의 사기나 그 밖의 부정한 행위를 한 것이 확인되므로, 청구인에게는 「국세기본법」 제26조의2 제2항 제2호에서 규정하고 있는 10년의 부과제척기간이 적용되어야 한다는 의견이다.

2) 쟁점처분의 가산세 산출근거를 살펴보면 사기 기타 그 밖의 부정행위와 관련된 부정과소신고가산세 대상금액은 OOO원, 세액은 OOO원으로 처분청은 쟁점처분에 장기부과제척기간을 적용하여 부과처분을 하였다.

3) 그런데도, 처분청은 향후 진행될 소송이나 불복절차에서 통상의 부과제척기간을 적용하는 것이 타당하다는 판단을 받을 가능성이 있으므로 청구인에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 않은 것이 적법하다는 의견이다.

4) 그러나 「국세기본법」과 「국세기본법 시행령」 어디에도 과세전적부심사의 예외 사유나 특별한 사정으로  "향후 불복절차에서 장기부과제척기간을 적용한 것이 위법하다고 판단 받을 수 있는 가능성”을 규정하고 있지 않다.

5) 대법원도  "과세관청이 감사원의 감사결과 처분지시 또는 시정요구에 따라 과세처분을 하는 경우라도 국가기관 간의 사정만으로는 납세자가 가지는 절차적 권리의 침해를 용인할 수 있는 사유로 볼 수 없고, 그와 같은 처분지시나 시정요구가 납세자가 가지는 절차적 권리를 무시하면서까지 긴급히 과세처분을 하라는 취지도 아니므로, 위와 같은 사유는 과세관청이 과세예고 통지를 생략하거나 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당한다고 할 수 없다”고 판시(대법원 2016.4.15. 선고 2015두52326 판결 참조)하여, 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세할 수 있는 특별한 사정이란, 사전구제절차로서 과세예고 통지와 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제방법 등을 종합적으로 고려하여 보면, 「국세기본법」 및 구 「국세기본법 시행령」이 ① 과세예고 통지의 대상으로 삼고 있지 않다거나 ② 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 경우로 엄격하게 한정하여야 한다는 분명한 입장이다.

6) 따라서  "향후 불복절차에서 장기부과제척기간을 적용한 것이 위법하다고 판단받을 수 있는 가능성” 때문에 청구인에게 정당하게 부여되었어야 할 과세전적부심사의 기회를 처분청이 일방적으로 박탈하였다는 처분청 의견은 그 자체만으로도 과세예고 통지를 생략하거나 과세전적부심사를 거치지 않아도 되는 예외사유의 범위 등에 관한 법규정과 관련법리를 정면으로 위반하는 위법한 주장이다.

(3) (쟁점②) 쟁점처분에는 청구인의 수입금액에서 제외되어야 할 적법한 배양비용 등이 제대로 차감되지 아니함으로써, 과세표준과 세액이 과다하게 산정된 위법이 존재한다.

(가) 쟁점처분은 청구인의 수입금액으로 볼 수 없는 배양비 금액을 제대로 차감하지 않은 결과, 과세표준이 과대하게 산정된 위법이 존재한다.

1) 2016년 제1기 부가가치세에 관한 선행사건에서 서울행정법원은  "조사청이 결정한 과세표준에는 청구인이 제공한 용역과 대가관계가 없는 면역세포 배양비용을 포함하고 있어 위법하다”며 과세처분 전부가 위법하다 판결하였고, 이후 2심(서울고등법원)에서 피고(남대문세무서장)는 선행사건 부과처분액의 대부분(약 96%)을 직권으로 결정취소한바 있다.

2) 요컨대, 청구인이 환자들로부터 수령하여 그 납부만을 대행한 것으로 평가되는 면역세포 배양비용은 청구인에게 귀속되는 부가가치세 공급가액으로 볼 수 없으며 총수입금액으로도 볼 수 없으므로, 배양비용은 청구인의 소득금액과 과세표준에서 제외되어야 한다.

3) 대법원은 과세표준에 관한 입증책임에 관하여  "「부가가치세법」상의 과세요건인 재화나 용역의 공급 등 거래가 있었는지 여부나 과세표준인 공급가액에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있는 것이므로, 단지 장부상 기장되었다 하여 그 입증책임이 납세의무자에게 전환된다고 할 수 없다”고 판시(대법원 1992.9.22. 선고 92누2431 판결 참조)하였고,  "어느 사업연도의 소득에 대한 과세처분의 적법성이 다투어지는 경우 과세관청으로서는 과세소득이 있다는 사실 및 그 소득이 그 사업연도에 귀속된다는 사실을 증명하여야 하며, 그 소득이 어느 사업연도에 속한 것인지 확정하기 곤란하다 하여 과세대상 소득의 확정시기와 관계없이 과세관청이 그 과세소득을 조사ㆍ확인한 대상 사업연도에 소득이 귀속되었다고 할 수는 없다”고 판시(대법원 2020.4.9. 선고 2018두57490 판결 참조)함으로써, 설사 세무조사를 통해 확인하였다는 점만으로 과세요건의 적법성에 관한 입증책임을 손쉽게 납세의무자에게 전환시킬 수 없다는 점을 명확히 하였다.

4) 그러나 처분청은 위 법리에도 불구하고, 쟁점처분을 하면서 총수입금액에서 제외되어야 할 배양비 금액을 각 환자에 대한 면역세포치료용역과 대응관계에 있는 배양비용이 아니라, A에 현금으로 지급되었는지 여부만을 기준하여 제멋대로 산정함으로써 청구인의 소득금액과 과세표준을 과다산정한 위법이 있다.

5) 청구인과 A는 면역세포 배양비용에 관하여 매주 지급금 및 미지급금 등을 관리하여 상호 정산을 해왔다. 청구인이 A에 지급해야 할 배양비용 중 아직 엔화로 지급되지 못하고 있는 미지급액은 2018.12.26.자 기준으로 OOO엔이며, 그 중에서 2018년도 중에 발생한 미지급 배양비는 OOO엔(OOO엔에서 OOO엔을 차감한 값, 2018.12.31.자 기준환율로 환산하면 약 OOO원)에 이른다.

6) 미지급 배양비는 아직 A에 엔화로 전달되지 않았을뿐이어서 당연히 대응관계에 있는 공급대가와 수입금액에서 차감되어야 하는 배양비용이다. 그러나 처분청은 미지급된 배양비용과 대응된 환자들로부터 받은 요금은 청구인의 수입금액으로 보면서도 미지급된 배양비용은 아직 엔화로 지출되지 않았기 때문에 원고의 수입금액에서 그 금액을 차감하지 않았다.

7) 이와 같이 처분청이 산정한 쟁점처분은 정당한 소득금액과 과세표준 보다 OOO엔(2018.12.31.자 기준환율로 환산하면 OOO원)만큼 과다하게 산정되어 있는바, 위법하다.

(나) 처분청이 수입금액에서 제외한 배양비 금액은 실제로 지출한 배양비에 못 미치는 금액이어서, 쟁점처분에는 수입금액을 제대로 산정하지 않은 위법이 존재한다.

1) 처분청은 청구인의 실제로 배양비 지급을 위하여 현금 인출된 금액 중 일부만을 취사선택하여 배양비용으로 보아, 그 금액만을 수입금액에서 제외하였다.

2) 그러나 실제 환전을 하게 되면 환전 당일의 시세인 매입환율이 적용됨으로써 환전수수료 지급을 위하여 OOO엔 상당액 외에도 더 많은 현금이 환전에 사용되었기 때문에, 처분청이 배양비용으로 산정한 금액들은 실제 배양비용을 지급하기 위하여 청구인이 실제로 지출한 금액 보다 적다.

3) A는 청구인으로부터 배양비를 받으면 영수증을 발행하였으며, 그 영수증에서 확인되는 배양비용은 배양비용 관리내역의 ‘금주지급란’의 금액과 일치한다.

4) 더 나아가 이 건에 앞서 진행된 2016년 제1기 부가가치세에 관한 행정소송에서도 법원은 배양비 대장과 배양비 영수증을 사실판단에 관한 증거로 채택한 후, 그 기재된 금액 합계 OOO엔 상당의 면역세포 배양비용이 A에 지급한 것으로 판단한바 있다.

5) 따라서 처분청은 청구인의 금융거래내역 중 배양비 환전에 소요된 일부 금액(OOO원)만을 한정하여 배양비용으로 볼 것이 아니라, 배양비 영수증과 배양비 관리대장에서 실제로 A에 배양비로 지급된 것으로 확인되는 OOO엔(해당일자의 매입환율을 적용하면 OOO원) 모두를 배양비용으로 보아 그 금액을 수입금액에서 제외하여야 한다. 따라서 처분청은 청구인의 수입금액을 정당한 수입금액 보다 OOO원 과다하게 계상한 잘못이 있다.

(다) 이와 같이 처분청이 산정한 수입금액은 청구인이 A에 전달한 배양비용을 제대로 차감하지 않아서 정당하게 산정되어야 할 금액 보다 OOO원(OOO원과 OOO원의 합계)이 과다하다. 따라서 쟁점처분 중 정당한 과세표준과 세액을 초과하는 부분은 위법하니 그 부분은 취소되어야 한다.

(4) (쟁점③) 조사청이 2021.9.10.부터 일본에 정보교환을 위하여 일방적으로 세무조사를 중지한 기간에 대한 납부지연가산세는 청구인에게 그 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있으므로, 쟁점처분 중 2021.9.10. 이후 기간에 대한 납부지연가산세의 부과처분은 취소되어야 한다.

(가) 납부의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우라면, 가산세를 부과할 수 없다.

1) 「국세기본법」 제47조의4 제1항의 납부지연가산세는 납세의무자가 최종적으로 납부하여야 할 세액의 납부의무를 이행하지 아니한 것에 대한 행정상 제재로, 납세의무자가 납부의무를 게을리한 납부의무의 불이행 기간에 비례하여 부과된다. 같은 법 제48조 제1항은  "세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다”라고 하면서, 같은 항 제2호에서  "납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우”를 가산세 감면사유로 규정하고 있다.

2) 따라서 원칙적으로 납세의무자가 세법에 따른 최종적으로 납부하여야 할 세액의 납부의무를 이행하지 아니하면, 행정상 제재로써 그 납부의무 불이행 기간에 상응하는 납부지연가산세를 부과받게 되지만, 만약 납세자의 납부이행 의무를 게을리 하였다고 비난할 수 없거나 납세자에게 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우라면 가산세를 부과하여서는 안된다.

(나) 조사청이 독단적으로 국외 정보자료 교환을 이유로 세무조사기간을 중단함으로써 납부의무가 불이행된 기간에 관하여는 청구인에게 납부이행 의무를 게을리 하였다고 비난할 수 없는 정당한 사유가 있다.

1) 서울지방국세청 과세사실판단자문위원회는  "청구인이 A에 지급한 배양비를 제외한 금액이 쟁점사업장의 부가가치세 과세표준에 해당한다”라고 의결하였으나, 조사청은 그 의결을 무시하고 조사청의 당초 의견인 환자들로부터 받은 면역세포요법에 관한 모든 대금 전부가 청구인에게 귀속되는 과세표준에 해당한다는 점을 입증하기 위해, 2021년 9월경 일본 국세청에 조세협약에 따른 정보교환 요청을 하고 그 회신을 기다려야 한다는 이유로 일방적으로 세무조사를 중지하였다.

2) 이후 조사청은 일본 국세청으로부터 정보회신을 받은 후, 청구인의 과세표준과 세액을 당초 과세사실판단자문위원회가 의결하였던 방식에 따라 면역세포요법의 대가에서 A에 지급한 배양비를 제외한 금액으로 결정하였다.

3) 그럼에도 불구하고 청구인이 처분청으로부터 최종적으로 부과받은 납부지연가산세는 만약 조사청이 과세사실판단자문위원회의 의결에 따라 곧바로 과세표준과 세액을 결정하였더라면 적용되었을 납부지연가산세가 아니라, 조사청이 일방적으로 세무조사를 중단한 기간까지 포함한 당초 법정납부기한부터 2024.5.27.까지의 기간에 대한 납부지연가산세를 부과받게 되었다.

4) 그러나 조사청이 일방적으로 세무조사기간을 중단한 기간은 청구인에게 납부이행 의무를 게을리 하였다고 비난할 수 없으며, 그 납부의무 이행을 해태하였다고 탓할 수 없다.

5) 조사청이 2021.9.10.부터 일본에 정보교환을 위하여 일방적으로 세무조사를 중지한 기간에 대한 납부지연가산세는 청구인에게 그 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있으므로, 쟁점처분 중 2021.9.10. 이후 기간에 대한 납부지연가산세의 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) (쟁점①) 청구인은 조사청이 2024.5.28. 청구인에게 세무조사결과에 대한 서면통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기 전에 한 쟁점처분은 중대한 절차상 위법이 있으므로 취소되어야 한다고 주장한다.

(가) 과세전적부심사 제도는 쟁점처분 이후의 사후적 구제제도와는 별도로 과세처분 이전 단계에서 납세자의 주장을 반영함으로써 권리구제의 실효성을 높이기 위하여 마련된 사전적 구제제도이다.

1) 과세처분 이후에 행하여지는 심사ㆍ심판청구나 행정소송은 시간과 비용이 많이 소요되어 효율적인 구제수단으로 미흡한 측면이 있다는 점과 대비하여 볼 때, 과세전적부심사 제도는 과세관청이 위법ㆍ부당한 처분을 행할 가능성을 줄이고 납세자도 과세처분 이전에 자신의 주장을 반영할 수 있도록 하는 예방적 구제제도의 성질을 가진다. 이러한 과세예고 통지와 과세전적부심사 제도는 1999.8.31. 법률 제5993호로 「국세기본법」이 개정되면서 납세자의 권익향상과 세정의 선진화를 위하여 도입되었는데, 과세예고 통지를 받은 자가 청구할 수 있는 과세전적부심사는 위법한 처분은 물론 부당한 처분도 심사대상으로 삼고 있어 행정소송과 같은 사후적 구제절차에 비하여 그 권리구제의 폭이 넓다(대법원 2016.4.15. 선고 2015두52326 판결 참조).

2) 이와 같이 사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제방법 등을 종합적으로 고려하여 보면, 「국세기본법」 및 같은 법 시행령이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세관청이 과세처분에 앞서 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로, 그 과세처분은 위법하다고 보아야 할 것이다.

3) 그러나 「국세기본법」 및 같은 법 시행령이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 과세관청이 과세예고 통지를 생략하고 과세처분을 하였다 하더라도 이를 위법하다고 볼 수는 없다(대법원 2012.10.11. 선고 2010두19713 판결, 대법원 2016.4.15. 선고 2015두52326 판결 등 참조).

4) 그리고 「국세기본법」 제81조의15 제3항 각 호는 긴급한 과세처분의 필요가 있다거나 형사절차상 과세관청이 반드시 과세처분을 할 수밖에 없는 등의 일정한 사유가 있는 경우에는 과세전적부심사를 거치지 않아도 된다고 규정하고 있다.

(나) 쟁점처분은 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유인 긴급한 과세처분의 필요가 있는 등 특별한 사정이 있는 경우에 해당한다.

1) 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호는  "세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세 부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우” 과세전적부심사의 청구와 관련된 규정을 적용하지 아니한다고 규정하고 있다.

2) 쟁점처분인 2018년 귀속 종합소득세의 경우 구 「국세기본법」(2018.12.31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제3호에 따른 일반적인 국세부과제척기간을 적용하게 되면 2024.5.31.이 국세부과제척기간의 만료일이다. 이 건의 경우 세무조사 결과 통지일이 2024.5.28.이므로 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에 해당한다.

3) 다만, 2016년 제1기분 부가가치세에 대한 1심의 판단처럼, 청구인이 차명계좌를 이용하여 매출을 누락한 행위가 구 「국세기본법」 제47조의3 제1항 제1호의 ‘부정행위로 과소신고한 행위’에 해당한다면, 구 「국세기본법」(2018.12.31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제1호에 따른 10년의 국세 부과 제척기간이 적용될 수 있다. 이 경우 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에 해당하지 않게 된다.

4) 그러나, 과세처분이 당연무효라고 하기 위하여는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는 부족하고 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고 명백한지 여부를 판별할 때에는 그 과세처분의 근거가 되는 법규의 목적ㆍ의미ㆍ기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰하여야 한다. 그리고 어느 법률관계나 사실관계에 대하여 어느 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 한 경우 그 법률관계나 사실관계에 대하여는 그 법령의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀져서 그 해석에 다툼의 여지가 없음에도 과세관청이 그 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 하였다면 그 하자는 중대하고도 명백하다고 할 것이나, 그 법률관계나 사실관계에 대하여 그 법령의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 그 해석에 다툼의 여지가 있는 때에는 과세관청이 이를 잘못 해석하여 과세처분을 하였더라도 이는 과세요건사실을 오인한 것에 불과하여 그 하자가 명백하다고 할 수 없다(대법원 2013.12.26. 선고 2011다103809 판결, 대법원 2018.7.19. 선고 2017다242409 전원합의체 판결 등 참조).

5) 과세전적부심사 예외규정 사유가 있는지를 판단하는 기준일은 ‘세무조사결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날’이므로(대법원 2020.4.9. 선고 2018두57490 판결 참조), 이 건의 경우 세무조사결과 통지를 한 날인 2024.5.28. 현재 청구인의 2016년 제1기 부가가치세 부과 처분에 대해 행정소송(2심)이 진행 중이고, 1심에서는 청구인이 차명계좌를 사용하여 매출을 누락한 행위에 대해 ‘부정행위로 과소신고한 행위’에 해당한 것으로 본 반면, 「조세범 처벌절차법」 제5조에 따른 조세범칙조사심의위원회에서는 청구인의 행위를 「조세범 처벌법」 제3조 조세포탈 등에 해당하지 않는 것으로 판단한 사실이 있다.

6) 이는 쟁점처분에 대해 구 「국세기본법」(2018.12.31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제3호(5년)를 적용해야 할지, 같은 법 같은 조 같은 항 제1호(10년)를 적용해야 할지에 대해 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 그 해석에 다툼의 여지가 있는 경우에 해당하는 것이고, 최종적으로 불복과정 등에서 국세 부과의 제척기간을 10년으로 적용하여야 한다는 결론이 나더라도, 청구인의 부과제척기간 적용에 관한 법리는 그 무렵 비로소 명백히 밝혀졌다 할 것이므로 조사청은 세무조사결과 통지를 하는 날 현재 과세요건 사실을 오인한 것에 불과하여 그 하자가 명백하다고 할 수 없는 것이다.

7) 또한, 청구인에 대한 세무조사가 쟁점처분인 2018년 귀속 종합소득세의 부과제척기간에 임박하여 종결될 수 밖에 없던 이유는, 청구인이 아래 ＜표1＞과 같이 2023.12.20.부터 4차례에 걸쳐 조사중지를 신청하였기 때문이다.

＜표1＞ 세무조사 중지신청 내역

○○○

8) 따라서, 과세관청이 특별한 사유 없이 의도적으로 청구인의 과세전적부심사 청구의 기회를 배제함으로써 과세권을 남용한 것으로 볼 수 있는 특별한 사정이 있다고 보기 어려우며, 조사청이 정당한 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 아니함으로써 납세자로 하여금 과세전적부심사청구권을 행사할 수 있는 권리를 침해한 것으로 보기도 어렵다.

(2) (쟁점②) 청구인은 쟁점처분에 청구인의 수입금액에서 제외되어야 할 배양비용 등이 차감되지 않아 과세표준과 세액이 과다하게 산정되었다고 주장한다.

(가) 청구인은 청구인과 A가 면역세포 배양비용에 관하여 지급금 및 미지급금 등을 관리하면서 매주 상호 정산을 해왔으므로, 그 배양비 관리대장과 영수증에 따른 금액을 인정하여 수입금액에서 제외하여야 한다고 주장하나, 청구인은 A에 지급할 배양비를 정식 외국환은행을 통해 송금하지 않고, 사업용계좌와 차명계좌 등에서 현금으로 인출하여 명동의 사설 환전소에서 환전 후 일본으로 출국해 엔화로 직접 지급하는 방법으로 정산하였다고 진술하고 있어, 배양비 지급에 관한 객관적인 증빙은 없는 상황이다.

(나) 청구인이 배양비 지급의 근거로 주장하고 있는 배양비 관리대장의 ‘금주지급’란의 금액은 청구인 스스로 기술한 내용과 같이 A가 발행한 영수증의 금액과 지급일, 지급액 등이 동일하다. 따라서, 청구인이 주장하는 내용이 인정되려면 A가 발행한 영수증의 진실성이 담보되어야 하나, A가 발행한 영수증은 일본 국세청과의 정보교환 결과 진실하지 않은 것으로 회신되었다. 또한, 배양비 관리대장은 단순 엑셀파일로 작성시점, 작성주체 등이 확인되지 않는다.

(다) 이에 따라, 처분청에서는 객관적 증빙에 해당하는 차명계좌 및 사업용계좌 등의 입출금 내역을 기준으로 OOO원을 배양비용로 인정하여 부과처분을 한 것이며, 선행사건인 2016년 제1기분 부가가치세 과세에 대한 2심(서울행정법원 2024.10.11. 선고 OOO 판결)에서도 청구인의 이 건 심판청구와 유사한 주장은 기각되었다.

1) 2심의 판결내용을 살펴보면  "환자들은 이 사건 용역을 신청하면서 회당 OOO원의 비용을 입금하고 2주간의 배양기간을 거쳐 면역세포가 배양되면 원고가 이를 수령하여 곧바로 환자에게 투여하는 사실, 청구인은 계좌로 송금받은 대가를 신청서로만 관리하고 별도의 장부관리를 하지 않는 사실이 인정되고, 이 사건 용역을 신청하는 환자들의 급박한 사정이나 면역세포 배양주사의 유효기간이 짧아 전달된 후 바로 수혈이 진행된 점 등을 감안하면 이 사건 용역대금의 수령시점과 면역세포 배양주사 투여시점의 간격이 크지 않을 것으로 보이고, 나아가 이 사건 처분에 있어 이 사건 용역의 공급시기가 잘못 확정되어 위법하다고 단정할 것은 아니다.” 라고 판시하고 있다.

2) 또한, 청구인이 배양비로 차감하여야 한다고 주장하는 금액과 관련하여서도  "해당 일자에 청구인의 계좌에서 a의 계좌로 이체된 사실 외에 배양비 명목으로 지출되었음을 인정할 증거가 없다”는 이유로 청구인의 주장을 기각하였다.

(라) 이 건에서 처분청이 청구인의 사업용계좌 및 차명계좌 등의 출금내역을 확인하여 배양비용으로 인정한 금액과 인정하지 않은 금액은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 청구인 등의 계좌 출금액에서 배양비로 인정ㆍ불인정한 금액

(단위 : 천원)

○○○

(마) 배양비로 불인정한 금액 OOO원의 상세내역을 살펴보면, 아래 ＜표3＞과 같이 OOO원은 청구인의 배우자인 a의 계좌로 이체된 사실 외에 배양비 명목으로 지출되었음을 인정할 증거가 없으며, 청구인 등 명의의 다른 계좌로 청구인의 ‘급여’ 등 명목으로 이체된 OOO원(신원 미상의 ‘b’에게 이체된 OOO원 포함) 역시 배양비 명목으로 지출되었음을 인정할 증거가 없다.

＜표3＞ 배양비로 인정하지 않은 출금액 상세내역

(단위 : 천원)

○○○

한편, 배양비 환전을 위한 청구인의 일반적인 입ㆍ출금 형태는 환자들이 차명계좌 또는 사업용계좌에 용역대가를 입금하면 OOO원 등의 단위로 현금출금하거나, 직원 역할을 했던 c, d, e 등의 계좌로 이체된 후 현금출금하는 형태를 띄었다.

(바) 배양비용 영수증과 청구인 등 배양비 지급 역할을 한 자들의 출입국 내역을 보면, 영수증 날짜 중 2018.1.3., 2018.3.16., 2018.4.9., 2018.4.20., 2018.5.4., 2018.5.21., 2018.5.31., 2018.6.22., 2018.7.27., 2018.8.12., 2018.8.20., 2018.8.31., 2018.10.8., 2018.10.26. 등 14건의 지급내역에 해당하는 출국기록은 확인되지 않는다.

(사) 따라서, 처분청이 사업용계좌와 차명계좌 등의 출금내역 중에서 A에게 배양비 명목으로 지출된 증거가 없는 금액을 제외하여 과세표준을 산정한 당초 처분은 정당하다.

(3) (쟁점③) 청구인은 조사청이 정보교환요청을 위하여 세무조사를 중지한 기간에 대해 납부지연가산세를 취소하여야 한다고 주장한다.

(가) 「국세기본법」 또는 개별세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 「국세기본법」상의 기한연장 사유에 해당하거나 의무 불이행에 대한 정당한 사유가 있는 때 등의 경우에는 해당 가산세를 부과하지 않고 있다.

1) ‘정당한 사유가 있는 경우’란 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 이를 정당화할 수 있는 사정이 있거나, 그 의무이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있는 때를 말한다(「국세기본법」 집행기준 48-0-3, 대법원 1998.7.24. 선고 99두3515 판결 참조).

2) 또한, 「국세기본법」 집행기준(48-0-4, 48-0-5)에서는 판례와 해석사례에서 나타난 정당한 사유 관련 몇 가지 예시들을 모아 제시하고 있고, 세법상 가산세를 면할 정당한 사유에 관한 대법원 판례의 법리는 다음과 같다.

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이므로, 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다고 판시하여 왔다(대법원 2002.8.23. 선고 2002두66 판결, 대법원 2016.10.27. 선고 2016두44711 판결 등 참조).

(나) 또한 가산세 면제의 입증책임은  "일반적으로 과세요건 사실을 추단할 수 있는 사실이 밝혀진 이상 이러한 가산세 면제의 정당한 사유는 납세의무자가 그 존재에 대하여 주장ㆍ입증책임을 부담한다”고 보는 것이 타당하다(창원지방법원 2014.4.29. 선고 2013구합2608 판결, 대법원 2015.9.24. 선고 2015두44646 심리불속행 판결 참조).

(다) 이 건이 「국세기본법」 의무 불이행에 대한 정당한 사유가 있는 때 등의 경우에 해당하는지를 살펴보면 다음과 같다.

1) 가산세는 세법에서 규정하는 각종 의무 불이행에 대한 행정상 제재의 성격을 지님과 동시에 조세의 형식으로 부과되는 부가세적 성격도 지니고 있으므로 납세자의 고의 또는 과실, 책임능력, 책임조건 등을 고려하지 아니하고 과세요건의 충족 여부만을 확인하여 조세의 부과절차에 따라 부과ㆍ징수하게 된다. 동시에「국세기본법」제48조는 가산세를 부과하는 경우 납세의무자에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다. 그러나 이러한 ‘정당한 사유’는 일종의 불확정 법개념으로서 매우 추상적임에도 세법 어디에도 그 의미가 명확하게 제시되어 있지 아니하므로 그것이 존재하는지 여부는 결국 납세자가 의무를 불이행하게 된 경위 등 각 사안의 구체적 사실관계에 따라 개별적으로 판단할 수 밖에 없다.

2) 이 건과 관련하여 청구인이 주장하는 정보교환 요청에 대해 살펴보면, 청구인은 조사 당시 OOO는 한국암환자들에게 수령하는 대가 전체에 대한 모든 결정권한, 환자들에 대한 관리 책임 등 모두는 A에게 있으며 OOO는 1회당 수령하는 대가 OOO원 중 10%만이 OOO에게 귀속되는 금액이라고 주장하였다. 또한 OOO에서는 해당 치료비를 외국환 은행을 통한 송금이 아니라 현금으로 지급하였다고 주장하면서 A에게 받은 영수증을 제출하였다.

3) 그러나, OOO가 A로부터 수령하였다고 제출한 영수증 일자와 출입국 날짜가 맞지 않을 뿐만 아니라 영수증 일부에서 같은 날짜임에도 금액과 양식이 틀려 그 진위여부를 확인할 수가 없었다. 또한 A가 결정권한 및 책임이 있다고 주장하면서도 지시한 근거서류 및 보고한 서류 등을 제출하지 않아 정보교환 요청 외에는 영수증의 진위여부 등 과세에 필요한 정보를 확보하는 것이 불가능하여 2021.10.19. 국외 정보교환 요청을 하였고, 2023.9.15. 회신을 받았다.

4) 따라서 조사청이 일방적으로 세무조사를 중지하고 정보교환 요청을 하였다는 청구주장은 사실을 왜곡한 것이며, 조사청은 과세요건에 대한 입증책임이 과세권자에게 있으므로 구체적인 과세요건 사실을 충족시키기 위하여 정보교환을 요청하였고 회신 결과에 따라 적법하게 과세했을 뿐이다.

5) 또한 이 건은 종전 판례에서 가산세 면제의 정당한 사유로 판단한 적이있는 ① 세법해석에서의 의의로 인한 견해의 대립이 있는 경우로서 국세 관행 등이 달랐거나 세법해석이 불분명했던 경우(대법원 2002.8.23. 선고 2002두66 판결) 또는 소득구분 또는 손익 귀속시기 등의 구분 문제인 경우(대법원 2017.7.11. 선고 2017두36885 판결), ② 과세관청의 언동을 신뢰한 경우로서 과세관청의 처분 등 공적인 견해 표명을 신뢰한 경우(대법원 2016.10.27. 선고 2016두44711 판결) 또는 과세관청의 질의회신을 신뢰한 경우(대법원 1995.11.14. 선고 95누10181 판결), ③ 기타의 경우로서 정당한 사유 판단 시점과 고의ㆍ과실 유무를 고려한 경우(대법원 1989.10.24. 선고 89누2134 판결) 등 어느 곳에도 해당되지 않는다.

(라) 결국, 「국세기본법」상 의무 불이행에 대한 정당한 사유는 세법상 협력의무를 불이행 또는 해태한 것에 불가피한 사정이 있어서 결과적으로 그 의무 해태자에게 가산세를 부과하는 것이 가혹하게 되는 경우를 의미한다고 해석될 수 있는데, 이 건은 조사청이 과세요건사실을 충족시키기 위하여 정보교환 요청ㆍ회신하여 과세한 건으로 납세자의 의무불이행에 정당한 사유가 있는 경우에 해당하지 않아 납부지연가산세를 부과한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 과세전적부심사를 청구할 권리를 침해한 쟁점처분은 절차상 중대한 하자가 있어 무효에 해당한다는 청구주장의 당부

② 배양비용 등이 청구인의 수입금액에서 차감되어야 한다는 청구주장의 당부

③ 납부지연가산세를 제외할 만한 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실들이 나타난다.

(가) 처분청은 청구인에 대한 개인통합조사 및 조세범칙조사를 실시한 결과, 청구인이 차명계좌, 사업용계좌를 이용하여 매출액을 신고누락한 사실 등을 확인하여 청구인에게 아래 ＜표4＞와 같이 2016년 제1기∼2020년 제1기 부가가치세 합계 OOO원 및 2016∼2020년 귀속 종합소득세 합계 OOO원을 각 경정ㆍ고지하였다.

＜표4＞ 세목별 부과처분 내역

(단위 : 원)

○○○

(나) 쟁점용역과 관련된 매출은 대부분 면역세포 치료용역을 제공하는 부문과 면역관문억제제(OOO)를 판매하는 부문에서 발생하는 것으로 나타나는바, 청구인은 환자들로부터 용역대금을 동서지간인 f 명의의 차명계좌 또는 OOO의 사업용계좌를 통하여 아래 ＜표5＞ㆍ＜표6＞과 같이 입금받은 것으로 조사되었는데, 처분청은 아래 ＜표7＞과 같이 사업관련 입금액에서 ‘기신고액’과 ‘면역세포 배양을 위하여 A에게 전달한 금액’을 차감한 금액을 수입금액 누락액으로 산정하여 쟁점처분을 하였다는 의견이다.

＜표5＞ 차명계좌로 입금된 매출액

(단위 : 천원, 공급대가)

○○○

＜표6＞ 사업용계좌로 입금된 매출액

(단위 : 천원, 공급대가)

○○○

＜표7＞ 쟁점처분 시 적용된 공급가액

(단위 : 천원, 공급대가)

○○○

(다) 쟁점처분의 가산세 산출근거를 살펴보면 납부불성실가산세는 OOO원, 부정과소신고가산세는 OOO원이다.

(라) 조사청은 조사진행 중 부과제척기간이 임박한 2016년 제1기ㆍ제2기 부가가치세에 대한 세무조사를 부분종결하고, 남대문세무서장은 2021.7.1. 청구인에게 2016년 제1기 부가가치세를, 2024.1.3. 2016년 제2기 부가가치세를 부과처분하였다. 청구인은 2016년 제1기 부가가치세에 대하여 행정소송을 제기하였고, 조사청은 다른 과세기간에 대한 세무조사를 종결하면서 2016년 제1기를 포함하여 청구인이 ‘면역세포 배양을 위해 A에게 전달한 금액’을 부가가치세 과세표준에서 제외하여 경정하였다. 경정 후 2016년 제1기 부가가치세는 OOO원, 2016년 제2기 부가가치세는 OOO원이다.

(마) 조사청은 2024.5.28. 청구인의 대리인 및 배우자 a에게 2017년 제1기∼2020년 제1기 부가가치세와 쟁점처분을 포함한 2016년∼2020년 귀속 종합소득세에 대해 세무조사결과를 통지하였고, 처분청은 2024.5.29. 배우자 a에게 쟁점처분의 고지서를 교부송달한 것으로 나타난다.

(바) 조사청은 당초 2021.1.21.부터 2021.2.19.까지를 조사기간으로 하여 청구인의 2016~2019년 과세연도에 대한 개인통합 세무조사를 착수하였으나, 세무조사 진행 중 청구인의 세무조사 중지 신청, 조사청의 직권 중지, 조사기간 연장, 일본과의 국외정보자료 수집 등으로 인하여 조사기간이 2024.5.17.까지 연장되었는바, 청구인에 대한 개인통합조사의 진행 경과를 요약하면 아래 ＜표8＞과 같다.

＜표8＞ 청구인에 대한 개인통합조사 진행 경과

○○○

(사) 조사청은 2024.5.17. 「조세범 처벌절차법」 제5조에 따라 조세범칙조사심의위원회에 청구인의 차명계좌를 이용한 매출누락 행위가 「조세범 처벌법」 제3조 제6항을 위반한 것인지 여부에 관하여 심의를 요청한 결과, 동 위원회는 청구인의 행위가 「조세범 처벌법」 제3조에 해당하지 아니하는 것으로 보아 같은 법 제19조에 따라 무혐의로 결정한 것으로 나타난다.

(아) 조사청은 청구인이 면역세포치료 서비스를 제공하기 위해 일본 A와 체결한 용역계약서의 진위여부 및 계약상 권한과 의무 등 구체적인 계약내용을 확인하고, 청구인이 면역세포 배양비 명목으로 지급하고 받은 영수증의 진위 여부를 확인하기 위하여 2021.10.19. 일본 국세청에 정보교환 요청을 하였고, 일본 국세청은 2023.9.15. A가 발행한 총 243매 영수증의 진위여부에 대해 O(145매), X(98매)로 표기, 당초 영수증 총금액 OOO엔 중 OOO엔만 사실에 부합하는 것으로 회신하였다.

(자) 청구인은 2022.1.3. 처분청이 2021.7.1. 청구인에게 한 2016년 제1기 부가가치세 부과처분에 불복하여 행정소송(서울행정법원 OOO)을 제기하였고, 동 소송은 1심ㆍ2심 법원을 거쳐 2025.3.13. 3심 법원에서 심리불속행 기각으로 선고되었는바(대법원 OOO 판결), 청구인이 차명계좌를 이용하여 매출 누락한 사실에 대해 구 「국세기본법」 제47조의3 제1항 제1호의 ‘부정행위로 과소신고한 행위’에 해당하여 부당과소신고가산세 부과가 적법한 것으로 판단하였다.

(차) 청구인은 위 ＜표4＞에서 2016년 제1기 부가가치세 부과처분과 쟁점처분을 제외한 부과처분에 대하여 심판청구를 제기하였는바, 청구인이 차명계좌를 이용하여 매출을 누락한 행위가 부정행위에 해당하는 이상 처분청이 10년의 부과제척기간을 적용한 부과처분은 잘못이 없는 것으로 결정[조심 OOO, 2025.3.26.]하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점처분의 국세부과 제척기간을 5년으로 보아 청구인에게 세무조사결과 통지 후 바로 2018년 귀속 종합소득세를 경정ㆍ고지하였다고 하나,

「국세기본법」에서 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 세무조사결과통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐만 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 그 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효(대법원 2016.12.27. 선고 2016두49228 판결, 같은 뜻임)라고 할 것인바, 처분청이 2024.5.28. 청구인에게 세무조사결과를 통지하고, 청구인이 그 통지를 받은 날부터 30일이 경과하기 전인 2024.5.29. 청구인에게 이 건 종합소득세를 고지함으로써 청구인에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하므로 이 건 종합소득세 부과처분은 이를 취소함이 타당한 점, 「국세기본법」제81조의15 제2항에서  "같은 법 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구할 수 있다”고 하면서, 「국세기본법」제81조의15 제3항 제2호에서 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우는 같은 조 제2항을 적용하지 아니하되, 고발 또는 통고처분과 관련 없는 세목 또는 세액에 대해서는 그러하지 아니한다고 규정하고 있는바, 처분청은 조세범칙심의위원회의 결정에 따라 청구인의 행위를 「조세범 처벌법」 제3조의 조세포탈에 해당하지 않는 것으로 보아 고발 또는 통고처분을 하지 아니한 점, 청구인이 차명계좌를 이용하여 매출을 누락한 행위가 부정행위에 해당하는 이상 처분청이 10년의 부과제척기간을 적용한 부과처분은 잘못이 없는 것으로 결정된 점[조심 2024서2641ㆍ5501ㆍ5502(병합), 2025.3.26.] 등에 비추어, 처분청이 과세전적부심사 기회를 부여하지 않은 채 종합소득세를 부과한 쟁점처분은 잘못이 있다고 판단된다.

다음으로 쟁점②ㆍ③은 쟁점①에 대한 청구주장이 인용되어 심리실익이 없으므로 이를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

국세기본법(2017.12.19. 법률 제15220호로 개정된 것)

제26조의2 (국세 부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하  "조세조약”이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」제 25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다)에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년간]. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(국제거래에서 발생한 부정행위로 법인세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받아 「법인세법」제 67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세의 경우에는 15년간)으로 한다.

1의2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간

가. 「소득세법」 제81조 제3항 제4호

나. 「법인세법」 제76조 제9항 제4호

다. 「부가가치세법」 제60조 제2항 제2호ㆍ제3항 및 제4항

3. 제1호ㆍ제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

제47조의4(납부불성실ㆍ환급불성실가산세) ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하  "과소납부”라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하  "초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.(단서 생략)

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

② 정부는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이 법 또는 세법에 따른 해당 가산세액에서 다음 각 호에서 정하는 금액을 감면한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액

가. 제81조의15에 따른 과세전적부심사 결정ㆍ통지기간에 그 결과를 통지하지 아니한 경우(결정ㆍ통지가 지연됨으로써 해당 기간에 부과되는 제47조의4에 따른 가산세만 해당한다)

제81조의12(세무조사의 결과 통지) 세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사 결과를 서면으로 납세자에게 통지하여야 한다. 다만, 폐업 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

제81조의15(과세전적부심사) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서  "과세전적부심사”(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.

1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지

2. 그 밖에 대통령령으로 정하는 과세예고 통지

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

1. 「국세징수법」 제14조에 규정된 납기전징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우

2. 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우

3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우

⑦ 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 과세전적부심사를 청구하지 아니하고 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지받은 내용의 전부 또는 일부에 대하여 과세표준 및 세액을 조기에 결정하거나 경정결정해 줄 것을 신청할 수 있다. 이 경우 해당 세무서장이나 지방국세청장은 신청받은 내용대로 즉시 결정이나 경정결정을 하여야 한다.