심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2024년 귀속 종합부동산세 과세기준일(2024.6.1.) 현재 경기도 남양주시 OOO(이하  "쟁점토지”라 한다)를 보유하고 있다.

나. 처분청은 쟁점토지를 종합부동산세 종합합산과세대상으로 보아 2024.11.21. 청구법인에게 2024년 귀속 종합부동산세 OOO원을 결정ㆍ고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.12.13. 이의신청을 거쳐 2025.3.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 「종합부동산세법」(이하  "종부세법”이라 한다) 제15조는 종합합산과세대상인 토지에 대하여 해당연도에 납부하여야 할 재산세액상당액과 토지분 종합합산세액상당액의 합계액이 해당 납세의무자에게 직전연도에 해당 토지에 부과된 종합합산과세대상인 토지에 대한 총세액상당액의 150%를 초과하는 경우에는 그 초과하는 세액에 대해서는 토지분 종합합산세액의 계산 규정에도 불구하고 이를 없는 것으로 본다고 하였다.

(2) 청구법인은 2023.12.1. 2023년 귀속 종합부동산세(이하  "종부세”라 한다) OOO원을 고지 받고, 같은 해 12월 초에 종부세 세부담상한초과세액 적용을 요구하는 경정청구를 제기(이하  "쟁점경정청구”라 한다)하였고, 처분청은 이를 받아들여 2023년 귀속 종부세를 재산정하여 청구법인에게 재고지한바 있다.

(3) 쟁점경정청구를 반영하여 2024년 귀속 종부세를 계산하게 되면 세부담상한액은 전년도 총세액상당액 OOO원(전년도 재산세 OOO원, 전년도 종합부동산세 OOO원)의 상한비율 150%를 적용하여 OOO원이 된다.

(4) 그러나, 처분청은 2024년 귀속 종부세를 부과하면서 쟁점경정청구의 결정을 반영하지 않고 당초 고지한 OOO원을 적용한 잘못이 있다.

(5) 그 밖에 처분청의 의견에 대하여 항변하면, 다음과 같다.

청구법인은 2024.12.13. 이 건 이의신청을 제기하였고, 처분청은 2025.3.21. 청구법인에게 쟁점경정청구로 감액했던 세액을 재고지하는 과세예고통지를 하였다. 그러나 이 건 이의신청 시 2023년 귀속 종부세를 이미 재고지한 것처럼 이용하여 과세권 유지 및 행사를 위해 사용하였고 이는 허위공문서작성 및 허위공문서작성행사에 해당 될 수 있다. 또한, 2023년 귀속 종부세 과세예고통지는 처분청이 이 건 이의신청 시 불법 증거자료를 이용하여 재산정한 것으로 신의성실의 원칙에 위배된다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 2023년 귀속 종부세가 쟁점경정청구로 감액결정 되었으나, 처분청이 2024년 귀속 종부세 부과 시 종부세법 제15조 세부담의 상한을 적용하지 않아 부당하다고 주장하나,

당초 2023년 귀속 종부세는 세부담상한초과세액이 없는 적법한 고지였으며 경정청구로 감액되었어야 할 사안이 아니다.

또한, 청구법인은 2023년 귀속 종부세 과세기준일 당시 쟁점토지 중 일부가 별도합산토지에서 종합합산토지로 과세대상이 변경되어 과세표준의 연속성이 유지되지 아니하였다.

(2) 종부세법 제15조에 따르면 재산세액상당액 및 토지분 종합합산세액상당액은 실제 부담한 금액이 아니며, 종부세의 세부담상한 계산 시 직전년도 총세액 상당액은 세부담상한을 적용하기 전 표준세액을 적용하여야 한다.

그러나 청구법인은 세부담상한초과세액을 계산하여 쟁점경정청구를 제기하고 이에 따라 실제 납부한 세액으로 2024년 귀속 종부세의 세부담상한초과세액을 계산한 청구주장은 법적 근거가 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종부세법 제15조에 따른 세부담상한 규정을 적용하여 종부세를 재계산하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 종합부동산세법

제14조(세율 및 세액) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "토지분 종합합산세액"이라 한다)으로 한다.



③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액을 계산할 때 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제15조(세부담의 상한) ① 종합부동산세의 납세의무자가 종합합산과세대상인 토지에 대하여 해당 연도에 납부하여야 할 재산세액상당액(신탁토지의 경우 재산세의 납세의무자가 종합합산과세대상인 해당 토지에 대하여 납부하여야 할 재산세액상당액을 말한다)과 토지분 종합합산세액상당액의 합계액(이하 이 조에서 "종합합산과세대상인 토지에 대한 총세액상당액"이라 한다)으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액이 해당 납세의무자에게 직전년도에 해당 토지에 부과된 종합합산과세대상인 토지에 대한 총세액상당액으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액의 100분의 150을 초과하는 경우에는 그 초과하는 세액에 대해서는 제14조 제1항에도 불구하고 이를 없는 것으로 본다.

(2) 종합부동산세법 시행령

제5조3(토지분 종합부동산세의 재산세 공제) ① 법 제14조 제1항에 따른 토지분 종합합산세액에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

제6조(종합합산과세대상인 토지에 대한 세부담의 상한) ① 법 제15조 제1항에서 해당 연도에 납부하여야 할 종합합산과세대상인 토지에 대한 총세액상당액으로서  "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액”이란 해당 연도에 종합부동산세의 과세대상이 되는 종합합산과세대상인 토지(이하 이 조에서 "종합합산과세토지"라 한다)에 대한 제1호에 따른 재산세액과 제2호에 따른 종합부동산세액의 합계액을 말한다.

1. 「지방세법」에 따라 부과된 재산세액(같은 법 제112조 제1항 제1호에 따른 재산세액을 말하며, 같은 법 제122조에 따라 세부담의 상한이 적용되는 경우에는 그 상한을 적용한 후의 세액을 말한다)

2. 법 제14조 제1항, 제3항 및 제7항에 따라 계산한 종합부동산세액

② 법 제15조 제1항에서 직전 연도에 해당 토지에 부과된 종합합산과세대상인 토지에 대한 총세액상당액으로서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액"이란 납세의무자가 해당 연도의 종합합산과세토지를 직전 연도 과세기준일에 실제로 소유하였는지의 여부를 불문하고 직전 연도 과세기준일 현재 소유한 것으로 보아 해당 연도의 종합합산과세토지에 대한 제1호에 따른 재산세액상당액과 제2호에 따른 종합부동산세액상당액의 합계액을 말한다.

1. 재산세액상당액

해당 연도의 종합합산과세토지에 대하여 직전 연도의 「지방세법」(같은 법 제111조 제3항, 제112조 제1항 제2호 및 제122조는 제외한다)을 적용하여 산출한 금액의 합계액

2. 종합부동산세액상당액

해당 연도의 종합합산과세토지에 대하여 직전 연도의 법(법 제15조는 제외한다)을 적용하여 산출한 금액. 이 경우 법 제14조 제3항 중  "세액(「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받는 경우에는 그 상한을 적용받는 세액을 말한다)”을  "세액[「지방세법」(같은 법 제111조 제3항, 제112조 제1항 제2호 및 제122조는 제외한다)을 적용하여 산출한 세액을 말한다]”으로 하여 해당 규정을 적용한다.

③ 토지의 분할ㆍ합병ㆍ지목변경ㆍ신규등록ㆍ등록전환 등으로 인하여 해당 연도의 종합합산과세토지에 대한 직전 연도 과세표준액이 없는 경우에는 해당 연도 종합합산과세토지가 직전 연도 과세기준일 현재 존재하는 것으로 보아 직전 연도 「지방세법」과 직전 연도 법을 적용하여 과세표준액을 산출한 후 제2항의 규정을 적용한다.

(3) 지방세법

제111조(세율) ① 재산세는 제110조의 과세표준에 다음 각 호의 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

1. 토지

가. 종합합산과세대상



③ 지방자치단체의 장은 특별한 재정수요나 재해 등의 발생으로 재산세의 세율 조정이 불가피하다고 인정되는 경우 조례로 정하는 바에 따라 제1항의 표준세율의 100분의 50의 범위에서 가감할 수 있다. 다만, 가감한 세율은 해당 연도에만 적용한다.

제112조(재산세 도시지역분) ① 지방자치단체의 장은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 제1호에 따른 도시지역 중 해당 지방의회의 의결을 거쳐 고시한 지역(이하 이 조에서 "재산세 도시지역분 적용대상 지역"이라 한다) 안에 있는 대통령령으로 정하는 토지, 건축물 또는 주택(이하 이 조에서 "토지등"이라 한다)에 대하여는 조례로 정하는 바에 따라 제1호에 따른 세액에 제2호에 따른 세액을 합산하여 산출한 세액을 재산세액으로 부과할 수 있다.

1. 제110조의 과세표준에 제111조의 세율 또는 제111조의2 제1항의 세율을 적용하여 산출한 세액

2. 제110조에 따른 토지등의 과세표준에 1천분의 1.4를 적용하여 산출한 세액

제122조(세 부담의 상한) 해당 재산에 대한 재산세의 산출세액(제112조 제1항 각 호 및 같은 조 제2항에 따른 각각의 세액을 말한다)이 대통령령으로 정하는 방법에 따라 계산한 직전 연도의 해당 재산에 대한 재산세액 상당액의 100분의 150을 초과하는 경우에는 100분의 150에 해당하는 금액을 해당 연도에 징수할 세액으로 한다. 다만, 주택의 경우에는 적용하지 아니한다.

(4) 지방세법 시행령

제118조(세 부담 상한의 계산방법) 법 제122조 각 호 외의 부분 본문에서  "대통령령으로 정하는 방법에 따라 계산한 직전 연도의 해당 재산에 대한 재산세액 상당액”이란 법 제112조 제1항 제1호에 따른 산출세액과 같은 항 제2호 및 같은 조 제2항에 따른 산출세액 각각에 대하여 다음 각 호의 방법에 따라 각각 산출한 세액 또는 산출세액 상당액을 말한다.

1. 토지에 대한 세액 상당액

가. 해당 연도의 과세대상 토지에 대한 직전 연도의 과세표준(법 제112조 제1항 제1호에 따른 산출세액의 경우에는 법 제110조에 따른 과세표준을 말하고, 법 제112조 제1항 제2호 및 같은 조 제2항에 따른 산출세액의 경우에는 법 제110조에 따른 토지 등의 과세표준을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 있는 경우: 과세대상 토지별로 직전 연도의 법령과 과세표준 등을 적용하여 산출한 세액. 다만, 해당 연도의 과세대상별 토지에 대한 납세의무자 및 토지현황이 직전 연도와 일치하는 경우에는 직전 연도에 해당 토지에 과세된 세액으로 한다.

나. 토지의 분할ㆍ합병ㆍ지목변경ㆍ신규등록ㆍ등록전환 등으로 해당 연도의 과세대상 토지에 대한 직전 연도의 과세표준이 없는 경우 : 해당 연도 과세대상 토지가 직전 연도 과세기준일 현재 존재하는 것으로 보아 과세대상 토지별로 직전 연도의 법령과 과세표준(직전 연도의 법령을 적용하여 산출한 과세표준을 말한다) 등을 적용하여 산출한 세액.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실들이 나타난다.

(가) 국세청통합전산망으로 확인되는 쟁점토지 명세는 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 쟁점토지 명세

(단위 :㎡, 원)

○○○

(나) 처분청이 쟁점토지에 대해 부과한 2024년 귀속 종부세의 결정내역은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 2024년 귀속 종부세 결정 내역

(단위 : 원, %)

○○○

(다) 청구법인의 2022년∼2024년 귀속 종부세 종합합산토지 과세대상 물건내역과 재산세 납부액은 아래 ＜표3＞과 같이 나타난다.

＜표3＞ 2022년∼2024년 귀속 종부세 종합합산토지 과세대상 내역

(단위 : ㎡, 천원)

○○○

(라) 국세통합전산망상 당초 2023년, 2024년 귀속 종부세 세부담상한초과세액은 OOO원이고, 계산 내역은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 2023년ㆍ2024년 귀속 종부세 세부담상한초과세액 계산 내역

(단위 : 원)

○○○

(마) 청구법인은 2023.12.21. 아래 ＜표5＞와 같이 세부담상한초과세액을 적용하여 2023년 귀속 종부세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기(쟁점경정청구)하였다.

＜표5＞ 2023년 귀속 종부세 경정청구 내역

(단위 : 원)

○○○

(바) 쟁점경정청구에 대해 처분청은 2023.12.27. 아래＜표6＞과 같이 2023년 귀속 종부세 OOO원을 경정ㆍ환급하였고, 쟁점경정청구 경정 시 세부담상한초과세액을 계산한 내역은 아래＜그림＞과 같다.

＜표6＞ 2023년 귀속 종부세 및 농어촌특별세액 경정내역

(단위 : 원)

○○○

＜그림＞ 쟁점경정청구 경정 시 세부담상한초과세액 계산내역

(단위 : 원)

○○○

(사) 청구법인은 처분청이 2024년 귀속 종부세 부과처분 시 아래 ＜표7＞과 같이 세부담상한초과세액 OOO원을 적용하였어야 한다며 계산내역을 제시하였다.

＜표7＞ 청구법인이 제시한 2024년 귀속 종부세 산정 내역

(단위 : 원)

○○○

(아) 처분청은 이 건 이의신청 이후, 쟁점경정청구로 감액 경정한 종부세 및 농어촌특별세에 대하여 가산세 부과없이 재경정하여 2025.3.21. 청구법인에게 과세예고통지하였고, 이에 청구법인은 2025.4.16. 과세적부심사청구를 제기하였으나 2025.5.23. 불채택되어 2025.6.9. 청구법인에게 2023년 귀속 종부세 OOO원을 재고지한 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지에 대한 종부세 세부담상한초과세액을 적용받지 못하여 2024년 귀속 종부세가 과다하게 고지되었다고 주장하나, 종부세법 제15조에서 종합부동산세의 납세의무자가 종합합산과세대상인 토지에 대하여 해당연도에 납부하여야 할 재산세액상당액과 토지분 종합합산세액상당액의 합계액으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액이 해당 납세의무자에게 직전년도에 해당 토지에 부과된 종합합산과세대상인 토지에 대한 총세액상당액으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액의 100분의 150을 초과하는 경우에는 그 초과하는 세액에 대해서는 없는 것으로 본다고 규정하고, 한편, 종부세법 시행령 제6조 제3항에서는 세부담상한액의 산정과 관련하여 토지의 분할ㆍ합병ㆍ지목변경ㆍ신규등록ㆍ등록전환 등으로 인하여 해당 연도의 종합합산과세토지에 대한 직전연도 과세표준액이 없는 경우에는 해당 연도 종합합산과세토지가 직전연도 과세기준일 현재 존재하는 것으로 보아 직전 연도 「지방세법」과 직전연도 「종합부동산세법」을 적용하여 과세표준액을 산출한 후 제2항의 규정을 적용한다고 규정하고 있으며, 나아가 같은 영 제6조 제2항에서는 직전연도의 「지방세법」과 직전연도 「종합부동산세법」을 적용할 때 세부담상환에 관한 규정은 적용하지 않도록 규정하고 있는바, 쟁점토지 중 경기도 남양주시 OOO은 2023년 귀속 종부세 산정 시 별도합산토지에서 종합합산토지로 변경된 것으로 나타나는 점, 처분청은 위 법령에 따라 청구법인에 대한 종부세를 정당하게 산정한 것으로 보이는 점, 청구법인은 쟁점경정청구의 인용결정을 전제로 하여 이 건 심판청구를 제기한 것으로 보이고, 처분청은 쟁점경정청구의 인용결정을 번복하여 재고지한바, 그 전제를 상실하여 이 건 심판청구이유가 타당하다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.