성동세무서장이 2025.4.3. 청구법인에게 한 2021사업연도 법인세 경정청구 거부처분(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제액 OOO원 중 OOO원)은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 컨텐츠 기획 및 개발업, 온라인 의류 판매업, 전자상거래업, 광고대행업 등을 주요 사업으로 영위하는 법인으로서 패션플랫폼 ‘OOO’, ‘OOO’ 등을 운영하고 있으며, 2021.5.13. 여성 패션플랫폼 ‘OOO’ 등을 운영하는 주식회사 A(이하  "피인수법인”이라 한다)의 주식 100%를 인수한 후 청구법인을 존속법인으로, 피인수법인 및 피인수법인의 100% 자회사 주식회사 B(이하  "B”라 한다)를 소멸법인으로 하여 청구법인이 피인수법인 및 B를 각각 흡수합병하는 거래를 추진하기로 피인수법인과 양해각서를 체결한 후 2021년 8월 주식매매(1주당 OOO원) 및 주식교환(비율 1:0.3950445)의 방식으로 피인수법인의 주식 100%를 취득(이하  "쟁점인수거래”라 한다)하였다.

이후 피인수법인은 2021.12.15. 100% 지분을 보유하고 있던 B를 흡수합병하였고, 이어서 청구법인이 2021.12.29.을 합병기일로 하여 피인수법인을 흡수합병하였다.

나. 청구법인은 쟁점인수거래를 통하여 피인수법인 주식 100%를 취득한데 대하여 「조세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것, 이하  "조특법”이라 한다) 제12조의4 및 같은 법 시행령 제11조의4(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정되기 전의 것, 조특법 제12조의4와 함께 이하  "쟁점규정”이라 한다)에 따른 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제(이하  "쟁점공제”라 한다)를 적용받고자 2024.7.11. 처분청에 경정청구를 하였다.

다. 처분청은 쟁점인수거래를 통해 취득한 주식 468,220주 중 주식매매를 통해 취득한 주식 288,845주에 대해서만 쟁점규정에 따른 세액공제(OOO원) 적용을 인정하고, 주식교환으로 취득한 주식 179,375주의 경우 세액공제 대상이 아닌 것으로 보아 2025.4.3. 청구법인의 경정청구를 일부 거부(OOO원)하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.4.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점규정은 벤처기업 인수 활성화를 도모하는 규정으로서, 청구법인이 피인수법인 지분 100%를 인수하는 내용의 구속력 있는 양해각서에 규정된 주식매매 및 주식교환을 통하여 하나의 거래로서 취득한 지분들은 그 입법취지상 쟁점규정에 따른 세액공제 대상이 된다.

(가) 쟁점규정은 벤처기업 신기술의 이전을 촉진하고 벤처자금의 선순환 구조 형성을 목적으로 2014.1.1. 신설된 규정으로서 개정법률안 발의 당시 벤처기업을 합병하여 신기술을 취득하는 "합병투자"에 대해서만 세제지원을 정하고 있었으나, 벤처기업 지분을 "인수"하는 경우에도 세제혜택을 부여하고자 개정법률안에 반영되었다.

1) 쟁점규정의 입법 취지는 벤처기업에 대한 단순 지분투자거래를 지원하기 위한 것이 아니라, 벤처기업의 경영권 확보를 위한 인수 거래에 대해 세제혜택을 부여하기 위한 것이다.

2) 청구법인의 경우, 벤처기업인 피인수법인의 경영권을 확보하기 위하여 피인수법인과 양해각서를 통해 피인수법인의 지분 100%를 인수하기로 약정한 후 이를 이행하기 위한 수단으로서, 주식매매 및 주식교환을 통한 일련의 거래로 피인수법인의 지분을 인수하였으며, 나아가 같은 해 12월 피인수법인을 합병함으로써 피인수법인이 보유하는 기술을 완전히 내재화하였는바, 청구법인이 지급한 인수대가는 위 입법 취지상 쟁점규정에 따른 세액공제 대상에 정확히 해당된다.

3) 그런데, 처분청은 쟁점규정의 입법 취지와 달리 청구법인의 피인수법인을 인수하는 하나의 거래를 주식매매와 주식교환을 통한 각각의 독립적인 단순 지분투자로 쪼개어 구분함에 따라 피인수법인 인수를 위해 주식매매와 함께 이행된 주식교환에 대해서는 세액공제 적용이 배제되는 불합리가 발생하였다.

(나) 쟁점규정의  "최초 취득일”을 해석함에 있어 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석이 필요하며, 쟁점규정의 입법취지와 쟁점인수거래 구조 등을 종합적으로 고려할 때, 100% 지분 인수가 모두 종결된 시점을 최초 취득일로 보아야 한다.

1) 대법원은 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다고 하여 합목적적 해석을 인정하고 있다(OOO).

2) 그리고, 대법원 2025.8.14. 선고 2025두32946 판결은 「조세특례제한법」은 특정분야에 대한 세제지원을 통해 국가정책목적을 달성하고자 하는 법률로서 다른 법률과 입법 목적이 달라, 「조세특례제한법」상 용어가 다른 법률의 용어와 동일한 의미라고 따로 명시되어 있지 아니한 경우 서로 다른 기준과 목적에 따른 법률 간 유사 개념을 일치되게 해석할 필요가 없다고 판단하였다.

3) 따라서, 본건의 경우 단순히 규정의 문언에 국한할 것이 아니라 기술혁신형 주식취득 세액공제 제도의 입법취지와 거래당사자인 청구법인과 피인수법인의 거래 목적 등 실질을 살펴 취득일을 판단해야 하며, 쟁점규정이 벤처기업의 경영권 확보를 목적으로 한 기업인수거래에 대한 세제지원을 입법 취지로 두고 있는 점을 고려할 때, 주식매매와 주식교환을 통해 양해각서에 따른 100% 지분 인수가 모두 종결된 시점이 쟁점규정의 최초 취득일에 해당된다.

(2) 주식매매와 주식교환은 청구법인이 피인수법인 100% 주식을 인수하는 과정에서 행하여진 경제적ㆍ사실적인 일체의 거래이다.

(가) 애초부터 청구법인은 피인수법인의 지분 100%를 취득한다는 양해각서를 피인수법인과 체결하였으며, 동 양해각서에 따라 주식매매계약 및 주식교환계약을 체결하여 피인수법인의 지분 100% 취득을 이행하였다.

1) 2021.5.13. 청구법인이 피인수법인과 체결한 양해각서에 따르면, 청구법인이 피인수법인의 주식 전부를 매수할 것을 정하면서 ‘본 양해각서는 각 당사자(OOO 및 A)에게 법적 구속력을 가진다’고 정하고 있으며, ‘청구법인이 본건 거래를 포기하거나, 진행하지 않기로 하는 등 양해각서에서 정한 피인수법인 지분 취득을 이행하지 아니할 경우, 청구법인이 별도로 손해배상 의무를 부담한다’는 점에 대해서도 구체적으로 정하고 있다.

2) 이에 따라, 청구법인은 피인수법인 주식 전부를 매수하기로 한 양해각서의 이행을 위하여 2021.7.7. 이사회결의를 통해 피인수법인 지분 중 61.69%에 대해서는 주식매매계약, 나머지 38.31%에 대해서는 주식교환계약을 피인수법인 및 그 주주들과 체결하여 지분 100%를 인수하기로 정하였다.

3) 위와 같이 주식매매와 주식교환은 서로 독립적인 별개의 거래가 아니라 청구법인과 피인수법인간 체결된 양해각서상 피인수법인의 지분 100% 취득한다는 약정사항을 이행하기 위해 이루어진 거래로서 양해각서라는 약정 하에 하나의 일련된 거래를 이루고 있다.

(나) 주식매매와 주식교환은 각 계약이 전체적으로 경제적, 사실적으로 일체로서 행하여진 것으로 계약조건상 그 계약 전부가 하나의 계약인 것과 같은 불가분의 관계에 있다.

1) 대법원 2006.7.28. 선고 2004다54633 판결 및 대법원 2013.5.9. 선고 2012다115120 판결은 여러 개의 계약이 체결된 경우에 그 계약 전부가 하나의 계약인 것과 같은 불가분의 관계에 있는 것인지 여부는 계약체결의 경위와 목적 및 당사자의 의사 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것이고, 각 계약이 전체적으로 경제적, 사실적으로 일체로서 행하여진 것으로 그 하나가 다른 하나의 조건이 되어 어느 하나의 존재 없이는 당사자가 다른 하나를 의욕하지 않았을 것으로 보이는 경우 등에는, 각 계약을 하나의 계약인 것과 같은 불가분의 관계에 있는 것으로 판단하였다.

2) 조세심판원(2020부362, 2020.4.27.)도 토지를 2회에 걸쳐 분할하여 양도하여 양도소득세 감면을 받은 사안에 대하여 사실상 하나의 양도로 보아 감면을 배제한 사례가 있으며, 해당 사안에 대해 법원에서도 각 양도거래는 처음부터 경제적, 사실적 일체로 행하여진 것으로 그 전부가 하나의 불가분적 일체로서 양도된 것으로 판단하였다.

3) 이와 관련하여 주식매매계약 조건을 살펴보더라도 ① 2021.8.26.을 거래 종결일로 하되 거래 선행조건으로 주식교환계약이 적법하게 체결되어 유효하게 존속하고 있을 것을 요구하여 주식교환계약이 무효가 되는 경우 주식매매계약도 효력을 상실함을 전제함으로써 두 계약이 불가분의 관계임을 나타내고 있으며, ② 거래 종결 전 확약사항으로서 피인수법인 이사회에서 주식매매 및 주식교환의 승인을 함께 요구하고 있다.

4) 그리고, 주식교환계약 조건을 살펴보더라도 해당 계약은 2021.8.27. 0시를 주식교환일로 하되 거래의 선행조건으로 주식매매계약의 체결과 거래를 정하여 주식매매계약이 무효가 되는 경우 주식교환계약도 효력을 상실함을 전제함으로써 두 계약이 불가분의 관계임을 나타내고 있다.

5) 위와 같이 피인수법인 100% 지분 인수를 정하고 있는 양해각서의 이행을 위해 체결된 주식매매계약 및 주식교환계약은 한 계약의 선행조건을 또 다른 계약의 유효함으로 하는, 상호 견련성을 바탕으로 체결된 일련의 거래이다.

6) 즉, 각 계약이 전체적으로 경제적, 사실적으로 일체로 행하여져 그 하나가 다른 하나의 조건이 되어 어느 하나의 존재 없이는 당사자가 다른 하나를 의욕하지 않았을 경우에 해당되므로, 주식매매와 주식교환은 애당초 계약조건상으로도 하나의 거래로서 상호 불가분의 관계에 있다.

(3) 위와 같이 주식매매와 주식교환은 양해각서에 따른 견련 거래이므로, 2021.8.27. 주식매매와 주식교환 모두 효력이 발생되어 양해각서에 따른 피인수법인 인수 거래가 종결된 날이 쟁점인수거래에 따른 최초 취득일에 해당된다.

(가) 청구법인은 피인수법인과 체결한 양해각서상 약정사항인 피인수법인의 지분 100%를 취득을 이행하기 위하여 주식매매와 주식교환을 하였으며, 각 거래들은 서로 독립되어 이루어지는 것이 아니라 전체적으로 하나의 거래로서 행하여진 것으로 두 거래에 의한 피인수법인 지분 100% 취득이 모두 완료하였을 때 쟁점인수거래가 종결된다.

(나) 조세심판원(조심 2018서854, 2020.2.28.)도 거래당사자간에 정한 조건이 충족되기 전까지는 해당 거래가 이행된 것이 아닌 것으로 보아 조건부로 체결된 매매계약 사례에 대해서 해당 조건이 완료된 날을 양도시기로 판단하였다.

(다) 처분청은 쟁점 인수거래에서 주식매매와 주식교환은 거래당사자ㆍ목적물ㆍ거래방법을 달리하고 있어 하나의 거래로 볼 수 없다고 주장하고 있다.

(라) 그런데, 청구법인은 서로 아무런 관련 없는 두 거래를 각각 독립적으로 진행한 것이 아니라 애당초 피인수법인과의 양해각서에 따른 지분 100% 인수를 이행하기 위한 견련 관계의 거래를 진행한 것으로서 둘 중 어느 하나만 효력이 있다고 하여 거래가 종결되었다고 볼 수는 없으며, 두 거래가 모두 이행되었을 때 거래가 종결된 것으로 보는 것이 타당하다.

(마) 따라서, 청구법인의 피인수법인에 대한 지분 인수와 관련하여 주식매매와 주식교환를 각각 따로 떼어내어 그 거래 종결일을 달리 볼 수는 없다.

(4) 설령 주식매매와 주식교환을 개별적인 거래로 보더라도 주식매매는 거래종결일인 2021.8.26. 24시, 주식교환은 2021.8.27. 0시에 효력이 발생하므로, 주식매매와 주식교환은 동시에 효력이 발생한다.

(가) 주식매매는 주식교환계약이 적법하게 체결되어 유효하게 존속할 것을 거래 종결의 선행조건으로 하면서 2021.8.26.을 거래종결일로 정하고 있고, 주식교환은 주식매매의 종결이 이루어질 것을 거래의 선행조건으로 하되, 그 거래가 종결되는 시점을 2021.8.27. 0시로 정하고 있다.

(나) 즉, 본건의 특유한 구체적 사정으로서, 양해각서 및 각 계약의 내용에 따라 주식매매계약과 견련관계에 있는 주식교환계약은 늦어도 2021.8.26. 24시까지 유효하게 이루어질 것이 요구되었고, 이에 따라, 주식매매계약상 거래종결시점은 2021.8.26. 24시가 만료되는 시점이 되므로 주식교환의 효력 발생시기인 2021.8.27. 0시와 시간상 차이가 발생하지 않는다.

(다) 위와 같이 주식매매와 주식교환은 그 효력이 동시에 발생하게 되어 그 취득시점을 다르다고 볼 수 없으므로, 주식교환에 의한 취득분을 주식매매 취득분과 같이 쟁점규정에 따른 세액공제 대상으로 보는 것이 타당하며, 달리 취급할 이유가 없다.

(5) 처분청은 「소득세법」상 취득시기인 대금청산일을 주식의 최초 취득일로 볼 때, 쟁점인수거래가 당사자ㆍ목적물ㆍ거래방법을 달리하는 주식매매와 주식교환으로 이루어졌으므로, 대금청산일이 서로 다르다는 의견이나, 「소득세법」상 취득시기를 준용하더라도 청구법인과 피인수법인이 계약당사자로서 체결한 양해각서에 따라 지분 100% 인수에 대한 대금이 모두 지급되어 쟁점인수거래가 종결된 시점이 대금청산일로서 최초 취득일에 해당된다.

(가) 주식매매와 주식교환은 인수기업과 피인수기업간의 양해각서에 따라 양 당사자간에 이루어진 하나의 거래로서 피인수기업의 지분 100% 인수를 전제로 이에 대한 인수대금만 주식매매와 주식교환으로 나누어 지급된 것이므로, 주식매매와 주식교환을 통해 모든 대금이 지급된 날이 대금청산일이면서 최초 취득일에 해당된다.

(나) 이와 관련하여 처분청에서 제시한 국세청 유권해석(서면-2015-법인-1426, 2015.11.26.)에서도 벤처기업의 주식에 대해 일정 지분을 취득하기로 하는 계약이 체결된 후 대금이 나누어 지급된 사례에 대해서 자산의 대금청산일을 원칙적인 취득시기로 준용해야 한다고 회신하였는데, 본건의 경우 역시 양해각서를 통해 지분 100% 인수를 약정하고, 이에 대한 대금을 주식매매와 주식교환으로 분할 지급하였으므로, 주식교환까지 종결되어 대금이 청산된 날이 주식의 취득시기로서 쟁점규정에 따른 최초 취득일에 해당된다.

(6) 처분청은 쟁점 인수거래의 거래 목적 및 과정 등 특유한 사정에 대해 종합적으로 고려하지 아니하고, 주식매매와 주식교환으로 단순히 분리해야 한다는 의견이나, 쟁점인수거래는 일반적인 주식매매거래 사례들과 비교할 수 없을 뿐더러 유사 사례 역시 확인되지 아니한바, 입법취지 및 양해각서를 포함한 거래당사자간 특수한 계약내용을 고려하여 쟁점인수거래가 모두 종결된 시점을 최초 취득일로 보는 것이 타당하다.

(7) 처분청이 주장하는 2021.12.28. 개정입법 사례 및 기존 예규는 다수의 주주를 대상으로 개별적으로 진행한 순차적인 취득거래에 적용되므로, 피인수법인의 지분 100%를 취득한 청구법인에게는 적용되지 않는다.

(가) 처분청은 단기간에 순차 취득하는 거래에 대해서는 개정 법령의 부칙 및 입법취지, 기존 예규 등에 따라 최초 취득분에 대해서만 세액공제 대상이 될 수 있다고 주장하고 있다.

(나) 그런데, 청구법인은 피인수법인의 지분을 개별적으로 순차 취득한 것이 아니라 본건 특유의 사정에 따라 피인수법인과 100% 주식인수를 약정한 후 주식매매와 주식교환을 하나의 거래로 이행하였고, 그 시기 역시 동시에 종결되었으므로 처분청에서 제시하는 사례에는 해당되지 않는다.

나. 처분청 의견

(1) 주식교환계약 따라 취득한 주식 179,375주는 쟁점규정에서의  "최초 취득일” 요건을 충족하지 아니하므로 이 건 경정청구에 대한 일부인용 처분은 정당하다.

(가) 청구법인은 2021.8.26. 주식매매로 피인수법인 발행주식의 61.69%를, 2021.8.27.에 주식교환으로 38.31%를 취득하였고, 이에 따라 피인수법인 발행주식 전체에 대하여 조특법 제12조의4의 세액공제를 적용하여 줄 것을 청구하였으나, 조특법 제12조의4에서는 각호의 요건을 모두 갖추어 피인수법인의 주식 또는 출자지분을  "취득”하는 경우에 세액공제를 할 수 있다고 규정하면서, 같은 법 제1호에서 인수법인이 피인수법인의 주식 등을  "최초 취득한 날”을  "취득일”로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제11조의4 제1항에 따라 직전 2년 이내의 기간동안 그 주식 등을 보유한 사실이 없는 때를  "최초 취득한 날”로 보고 있으므로 2021.8.26.에 최초 취득한 부분만 쟁점규정의 적용 대상이 된다.

(나) 주식매매거래와 주식교환거래는 하나의 거래가 아니다.

청구법인은 주식매매거래와 주식교환거래를 병행하면서 계약간 거래일을 달리하였지만, 이는 당초부터 청구법인이 주식회사 A의 주식 전부를 인수하고 흡수합병할 목적으로 계획한 것으로서 주식매매와 주식교환을 하나의 거래로 보아야 한다고 주장하나,

납세자는 경제활동을 할 때 특정 경제적 목적을 달성하기 위하여 어떤 법적 형식을 취할 것인지 임의로 선택할 수 있고, 과세관청으로서도 그것이 가장행위라거나 조세회피 목적이 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한 납세자가 선택한 법적 형식에 따른 법률관계를 존중해야 하며(OOO), 조세법률주의에 근거한 엄격해석의 원칙은 과세요건과 비과세 및 조세감면요건에 모두 적용되는 바, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세 요건이나 조세감면요건을 합리적 이유없이 확장ㆍ유추해석하는 것은 조세공평주의에 반하여 허용되지 아니하므로(OOO), 쟁점규정을 적용함에 있어서 주식매매거래와 주식교환거래를 하나의 거래로 보지 않는 것이 타당하다.

실제 청구법인은 재무구조 악화방지와 자본시장법상 규제회피 등을 위해 주식매매거래일(2021.8.26.)과 주식교환거래일(2021.8.27.)을 달리하여 거래한 사실이 확인되고, 주식교환계약에 따라 취득한 주식(38.3%)은 최초 취득분인 주식매매계약에 따라 취득한 주식(61.7%)과는 아래 ＜표1＞과 같이 거래당사자ㆍ목적물ㆍ거래방법 등이 모두 다르며, 주식교환계약서 제8조에 따르면,  "주식교환 이전에 주식매매계약의 종결이 이루어질 것”을 선행조건으로 정하고 있는바, 두 거래가 각각 별개의 거래임은 물론 그 성취시기도 상이하다.

＜표1＞ 주식매매계약과 주식교환계약 비교



따라서 이처럼 각각 구분된 별개의 계약에 의해 시기를 달리하여 피인수법인의 주식을 취득한 이상, 이러한 법적 형식에 따른 법률관계를 존중하여 공제요건의 충족여부를 판단함이 타당하므로, 청구법인이 피인수법인의 주식을 100% 인수할 의도에 따라 실제 인수했다는 사실 및 흡수합병을 거쳤다는 점이 2차 취득분을 최초 취득분과 하나로 볼 수 있는 근거가 될 수 없다.

결론적으로 경제적 목적이 동일하다고 할 수 있을 뿐, 사실상 하나의 거래라고 할 수 없는 서로 다른 날의 주식취득을 조특법상 세액공제 적용시 같은 날 취득한 것으로 보는 것은 확대해석 또는 유추해석하는 것으로서 조세법률주의에 반하는 것이므로 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다.

(다) 설령 쟁점인수거래를 하나의 거래로 인정하더라도 주식매매거래와 주식교환거래는 법리상 각각의 취득일(매매거래는 명의개서일인 2021.8.26., 교환거래는 교환일인 2021.8.27.)이 있어, 주식교환거래에 의한 취득분은  "최초 취득일 후 모 시점에 취득한 주식”이 되므로 세액공제 대상으로 볼 수 없다.

즉, 조특법 제12조의4 제1항은 세액공제의 적용 대상 행위를 ‘취득’이라고 규정하고 있는바, 비록 본 건 주식매매와 주식교환이 결국 전체 주식을 취득하는 하나의 거래행위로 볼지라도 여러 차례의 주식 취득이 있는 경우 ’최초 취득한 날의 주식‘에 대해서만 세액공제를 적용한다는 것이 문언상 명확하다.

따라서 주식매매에 따른 2021.8.26.의 주식취득과 포괄적주식교환에 따른 2021.8.27. 주식 취득을 하나의 주식취득으로 보아 전체 주식지분에 대해 쟁점세액공제를 적용하는 것은 조특법 제12조의4 제1항의 문언에 반하여 허용될 수 없다.

(라) 취득요건이 완화되는 방향으로 개정되었다고 해서 주식교환계약에 따른 취득 주식을 공제대상을 볼 법적 근거가 없다.

2021.12.28. 조특법 개정시, 쟁점규정은 ‘최초 취득일’ 기준에서 ‘최초 취득일이 속하는 사업연도의 종료일 기준’으로 개정되면서, 단기간 내 순차취득의 경우에도 동일 사업연도 내 취득의 경우에는 세액공제가 가능한 것으로 취득요건을 완화하였으나, 개정법률의 적용대상은 부칙에 의해 제한되는바, 해당 부칙에 따르면 ‘2022.1.1. 이후 취득하는 분부터 적용되고, 2022.1.1. 이전 취득분은 종전규정이 적용되는 것’으로 명확히 규정되어 있으므로, 2021.8.26. 취득한 1차 거래에 대해 2022.1.1.부터 시행되는 개정입법의 취지를 고려하여 소급적용하여 달라는 청구주장은, 부칙 및 적용시기를 형해화 또는 무의미하게 만드는 견해로서 받아들이기 어렵다.

오히려 위 세법개정의 ‘개정이유’를 보면 ‘발행주식총수 또는 출자총액의 50% 초과하여 인수하여야 하는 요건의 기준일을 최초 취득일에서 최초 취득일이 속하는 사업연도의 종료일로 완화’하였다는 표현을 사용함으로써 법 개정 전에는 최초 취득일에 취득한 주식 등에 대해서만 세액공제를 적용할 수 있었음을 분명히 하고 있다.

(마) 기존 예규도 쟁점규정을 엄격하게 해석하고 있다.

조특법 제12조의4 제1항 제2호는  "인수법인이 취득일에 취득한 주식 등이 취득일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과”할 것을 세액공제의 요건으로 삼고 있는바, 취득일 현재에는 위 요건을 충족하지 못하였으나 그로부터 1달내 2차례에 걸친 주식 취득의 결과 피인수법인 발행주식총수의 100분의 50을 초과하여 취득한 사안에서 예규(기준-2020-법령해석법인-0244. 2020.11.12.)는 쟁점규정의 법문에 따라 취득일 현재 위 요건을 충족하지 못하였음을 전제로 세액공제의 적용을 부인한 바 있다.

(2) 청구법인의 항변에 대한 처분청은 답변은 다음과 같다.

(가) 조특법 제12조의4에서 쟁점공제에 대해 규정하고 있지만, 조특법에는 ‘주식의 취득시기’에 대한 별도의 규정을 두고 있지 않기 때문에, 「소득세법」 제98조 및 「소득세법 시행령」 제162조의 규정을 준용하여 자산의 대금청산일을 자산의 취득기시로 보아야 한다는 국세청의 다수 유권해석(서면-2015-법인-1426, 2020.11.12., 재산세과-2506, 2008.8.28.)을 통해서도 확인할 수 있다.

이 건의 경우에도 주식매매계약서에 의하여 매수인(청구법인)은 주식의 매매대금을 거래종결일(2021.8.26.)의 3영업일 전까지 매도인(개별 주주)에 송금하였고 이에 따라 실제 2021.8.26.에 거래가 종결되었으므로 주식매매계약에 의한 청구법인의 주식취득 시기는 늦어도 2021.8.26.이라고 보는 것이 옳다.

또한 주식교환계약서에 의하면 주식교환일(2021.8.27. 0시)에 청구법인 신주의 교부가 이루어졌기 때문에 주식교부(교환)일을 대금청산일로 보아 피인수법인 주식에 대한 청구법인의 2차 취득은 2021.8.27. 0시에 이루어졌다고 보아야 한다.

따라서 주식매매계약과 주식교환계약에 따른 취득일은 각각 대금청산일이 서로 다르므로 주식교환계약에 따라 취득한 주식은  "최초” 취득한 주식이 아니게 되어서 쟁점공제의 대상이 될 수 없다.

한편 당초 답변서에서 쟁점 규정을 엄격하게 해석하여야 하는 근거로 제시한 예규(기준-2020-법령해석법인-0244) 역시 주식의 취득일이 서로 다르다는 점에서 「소득세법」과 동일한 취지를 공유하는 사례로서 본 사안에 원용할 수 있다.

(나) 청구법인은 쟁점 인수거래는 경영권 확보를 위한 인수거래이므로 당해 인수 역시 세제 혜택 대상에 해당한다고 주장하며 아래와 같은 내용의 제321회 국회 기획재정위원회 회의록을 그 근거로 들고 있다.

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그러나, 경영권 확보를 위해 주식의 100%를 온전히 취득하는 것이 필수인 것은 아니고, 인용된 해당 국회 회의록에는 수 회에 걸친 인수가 이루어지는 경우까지 그 전체 인수분에 대해 혜택 적용이 가능해야 한다는 문구는 보이지 않는다.

또한, 국회 회의록에 나오는 지배권 확보를 위한 ‘최소한도 50%’는 청구법인의 주식매매(61.7%) 취득일인 2021.8.26.자로 충족되었다 할 것이므로, 2021.8.27.자 주식교환(38.3%) 취득은 지배권 확보와 관련성이 결여된 매수로 보아야 할 것이기에 청구법인의 주장은 타당하지 아니하다.

(다) 청구법인이 체결한 양해각서, 주식매매계약, 주식교환계약의 거래상대방이 각각 다르고, 특히 피인수법인의 주주 중 양해각서의 당사자로 참여한 주주는 지분의 17.52%를 보유하는 A에 불과하며, 실제 주식교환계약 거래 당사자는 B 외 36인으로서 A은 주식매매계약에 참여하였을 뿐, 주식교환계약의 당사자가 아니었다.

즉 양해각서는 청구법인이 피인수법인의 주주 전체가 아닌 최대주주인 A과 작성한 것에 불과하고, 주식교환계약 체결의 매도 당사자에는 A이 아닌 다른 당사자와의 계약이므로 양 계약을 동일한 계약이라고 볼 정도의 상호견련성은 인정할 수는 없어, 양해각서를 기준으로 전체 인수거래의 종결을 판단할 수는 없다.

(라) 청구법인은 대법원 2006.7.28. 선고 2004다54633 판결 등을 인용하면서 수개의 계약이 불가분 관계에 있다면 그 전체가 일체로서 행하여진 것으로 볼 수 있어 그 전부가 세액공제 대상이라고 주장하나, 계약의 불가분성이 계약의 목적물의 취득일의 불가분성으로 직결되는 것은 아니고, 형식적으로 하나의 계약에서 수개의 거래행위를 상정하는 경우에도 개별 거래행위의 효력발생일은 각 정해진 바에 따르는 것이며, 이는 실질적 불가분 관계인 계약이라고 하여도 다르지 않은 것이라 하겠다.

설령 이 건 주식매매계약과 주식교환계약이 불가분 관계에 해당한다 하더라도 주식매매와 주식교환을 통한 각 취득일은 후술하는 바와 같이 각 2021.8.26.과 2021.8.27.로 보아야 한다.

(마) 청구법인은 주식매매계약서상 거래종결일을 2021.8.26.로 정하고 있으므로 이를 2021.8.26. 24시로 보아 주식교환계약에 따른 거래의 종결시점(2021.8.27. 0시)과 동일하다고 주장하나, 실제 주식매매계약의 거래종결일은 당사자의 이행사항 및 선행조건이 충족되는 2021.8.26.의 모(某) 시점이 되는 것이므로 주식매매계약의 거래종결시점을 2021.8.26. 24시로 보아 주식교환계약에 따른 거래의 종결시점과 동일하게 해석할 수는 없다.

또한 주식매매계약서에서는 주식교환계약이 유효하게 존속하고 있기만 하면 되는 것으로 표현한 반면, 주식교환계약서에서는 주식매매계약의 종결을 주식교환계약 거래 종결의 선행조건으로 하고 있는데, 이때 ‘선행조건’과 ‘동시의 효력발생’은 양립할 수 없는 개념이기 때문에 주식매매와 주식교환은 동시에 효력이 발생하였다는 청구법인의 주장은 타당하지 아니하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 주식교환계약을 통해 쟁점주식을 취득한 것과 관련하여, 조특법 제12조의4에 따른 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제 적용이 가능한지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 2024.7.11. 처분청에 2021사업연도 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제액 OOO원을 적용하여 달라는 취지의 경정청구를 한 데 대해, 처분청은 쟁점인수거래 중 주식매매계약을 통해 취득한 주식 288,845주 취득가액의 10%(OOO원)는 인정하고, 주식교환계약을 통해 취득한 주식 179,375주(OOO원)는 세액공제대상이 아닌 것으로 보아 2025.4.3. 2021~2023사업연도 법인세환급금 합계 OOO원(2021사업연도 OOO원, 2022사업연도 OOO원, 2023사업연도 OOO원)을 적용하고, 청구법인의 나머지 경정청구는 거부하였다.

(2) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2012.6.25. 설립된 법인으로 컨텐츠 기획 및 개발업, 온라인 의류 판매업, 전자상거래업, 광고대행업 등을 주요 사업으로 영위하고 있고, 2021사업연도 중 여성복 부문 경쟁력 강화를 위하여 아래 ＜표2＞와 같이 피인수법인의 주식 100%를 취득한 후 같은 해 피인수법인을 흡수합병하였다.

＜표2＞ 청구법인의 피인수법인 주식취득 및 흡수합병 과정

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(나) 청구법인의 이 건 주식인수거래 관련 양해각서 및 매매ㆍ교환계약의 거래당사자는 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 양해각서 및 매매ㆍ교환계약의 거래당사자 비교

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(다) 쟁점인수거래 관련 양해각서, 이사회 의사록, 계약서 주요 내용은 아래 ＜표4＞ㆍ＜표5＞ㆍ＜표6＞ㆍ＜표7＞과 같다.

＜표4＞ 2021.5.13. 체결된 양해각서의 주요 내용

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＜표5＞ 2021.7.7. 청구법인 이사회의사록의 주요 내용

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＜표6＞ 2021.7.7. 청구법인이 피인수법인의 주주들과 체결한 주식매매계약의 주요 내용

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＜표7＞ 2021.7.8. 청구법인이 피인수법인과 체결한 주식교환계약의 주요 내용

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(라) 청구법인 제시한 피인수법인 주주명부 내역은 아래 ＜표8＞과 같다.

＜표8＞ 피인수법인 주주명부 내역

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(3) 기획재정부 「2021년 개정세법 주요내용(2022.2.)」에 의하면, 조특법 제12조의4는 벤처투자를 활성화하기 위하여 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제 적용기한을 2024년 12월 31일까지로 3년 연장하고, 세액공제의 요건 중 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(경영권을 실질적으로 지배하는 경우는 100분의 30)을 초과하여 인수하여야 하는 요건의 기준일을 ‘취득일 현재’에서 ‘취득일이 속하는 사업연도의 종료일 현재’로 완화하여 2022.1.1. 이후 최초로 취득하는 경우부터 적용하였다.





(4) 이 건 세액공제액 산정 내역은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 조특법 시행령 제11조의4 제4항에 따라 취득일 전후 3개월 이내에 피인수법인이 보유한 특허권 등을 평가한 금액이 없는 관계로 인수법인이 지급한 매입가액에서 취득일 현재의 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130에 해당하는 금액에 취득일 현재의 지분율을 곱한 금액을 뺀 금액을 기준으로 공제세액을 계산하였다.

(나) 청구법인은 아래 ＜표9＞과 같이 피인수법인의 주식 468,220주(지분율 100%)를 주식매매 및 주식교환의 방법으로 총 OOO원에 전량 매입하였고, 「법인세법 시행령」 제89조 제1항 및 제2항을 적용하여 피인수법인의 순자산시가를 OOO원(자산가액 OOO원-부채가액 OOO원+영업권가산액 OOO원)으로 산정하였다.

＜표9＞ 기술혁신형 주식취득 세액공제 금액 계산내역

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* 청구법인의 경우 중소기업진흥공단, 기술보증기금 등 「벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령」 제2조의3 제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관이 특허권 등을 평가한 가액이 없음에 따라 조특법 시행령 제11조의4 제4항 제2호의 규정에 따라 아래와 같이 기술가치를 계산함

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(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 이 건 주식교환을 통한 주식 취득시기는 주식교환을 통해 자산을 인도한 날인 2021.8.27.로 보아야 하고, 조특법(2021.12.28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것) 제12조의4 제1항 제1호에서 인수법인이 피인수법인의 주식 등을  "최초 취득한 날”을  "취득일”로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제11조의4 제1항에 따라 직전 2년 이내의 기간동안 그 주식 등을 보유한 사실이 없는 때를  "최초 취득한 날”로 보므로 2021.8.26.에 주식매매에 따라 최초 취득한 부분만 세액공제대상이라는 의견이나, 조특법 시행령 제11조의4 제1항을 해석함에 있어서는 단순히 형식상의 기록내용과 명의 등에 따라 판단할 것이 아니라, 거래 당시의 정황 및 계약 체결 경위와 목적, 당사자들의 의사 등을 종합적으로 고려하여 판단하는 것이 타당할 것인바, 이 건 주식매매계약서에 의하면, 거래 선행조건으로 주식교환계약이 적법하게 체결되어 유효하게 존속하고 있을 것을 요구하여 주식교환계약이 무효가 되는 경우 주식매매계약도 효력을 상실함을 전제함으로써 두 계약이 불가분의 관계임을 나타내고 있는 점, 거래 종결 전 확약사항으로서 피인수법인 이사회에서 주식매매거래 및 주식교환의 승인을 함께 요구하고 있는 점, 거래 종결 후 확약사항 및 손해배상의무로서 주식인수거래 및 주식교환에 따른 본건 피인수법인 주주의 청구법인 지분 취득 및 합병의 상황을 함께 예정하고 있는 점, 주식교환계약 상 주식매매계약의 체결과 거래를 전제로 주식교환계약을 체결함을 기재하고 있고 공통의 선행조건으로서 주식매매계약에 따른 거래를 요건으로 하는 점, 주식매매계약서 및 주식교환계약서 모두에서 피인수법인 발행주식 전부(100%)를 거래 대상 주식으로 설시하고 있는 점, 「소득세법」 제88조 제1항에서 자산의 양도라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 교환 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것이라고 규정되어 있고, 완전자회사 주주의 주식 양도 시기는 「상법」 제360조의2 및 제360조의3에 따라 주식교환계약 및 이사회 결의 등으로 주식을 교환하는 날이 되는바, 이 건의 경우 2021.7.7.「상법」 제360조의10 소규모 주식교환규정에 의해 2021년 8월 27일 0시를 주식교환일로 하는 주식교환계약 및 효력발생에 대한 주주총회를 갈음한 이사회 결의가 있었고 이에 따라 2021.8.27.자 피인수법인의 주주명부상 청구법인이 피인수법인의 주식 100%(468,220주)를 소유한 사실이 확인되는 점 등을 고려하면, 주식매매계약과 주식교환계약을 통한 청구법인의 피인수법인 주식 취득이 사실상 하나의 거래를 이루고 있다고 볼 수 있는 점, 청구법인은 당초부터 피인수법인을 100% 주식인수 및 흡수합병할 목적으로 인수거래를 계획하였고, 실제로 계획에 따라 동일 사업연도 내에 주식인수부터 흡수합병까지 모두 완료하였으므로, 이 건 인수거래 전체를 하나의 거래로 보아 청구법인이 취득한 피인수법인 주식 100%에 대해 이 건 세액공제를 적용하는 것이 벤처 창업자의 원활한 투자금회수를 지원하고, 기업인수형 기술거래 활성화를 목적으로 하는 조특법상 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제 규정의 입법취지에 보다 부합하는 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 처분청이 이 건 주식교환으로 청구법인이 취득한 주식의 취득시기를 주식매매로 취득한 주식의 취득시기와 다른 것으로 보아 이 건 청구법인의 경정청구를 일부 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.



＜별지＞ 관련 법령

(1) 조세특례제한법

(가) 2018.12.24. 법률 제16009호로 일부 일부개정된 것

제12조의4(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제) ① 내국법인(이하 이 조에서 "인수법인"이라 한다)이 2021년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(이하 이 조에서 "피인수법인"이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득(대통령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외한다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다.

1. 인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 날(이하 이 조에서 "취득일"이라 한다) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것

2. 인수법인이 취득일에 취득한 주식등이 취득일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(인수법인이 피인수법인의 최대출자자로서 피인수법인의 경영권을 실질적으로 지배하는 경우는 100분의 30으로 하고, 이하 이 조에서 "기준지분비율"이라 한다)을 초과하고, 인수법인이 해당 주식등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

3. 인수법인이 취득일에 취득한 주식등의 매입가액이 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액 이상일 것

가. 취득일 현재 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130

나. 취득일에 취득한 주식등이 취득일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액에서 차지하는 비율(이하 이 조에서 "당초지분비율"이라 한다)

4. 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 "주주등"이라 한다)가 해당 주식등을 양도한 날부터 그 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하지 아니할 것

5. 피인수법인이 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 종전에 영위하던 사업을 계속할 것

부칙 ＜법률 제16009호, 2018.12.24.＞

제1조(시행일) 이 법은 2019년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제121조의2의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제126조의2의 개정규정(박물관ㆍ미술관 입장료와 관련된 부분에 한정한다)은 2019년 7월 1일부터 시행한다.

제4조(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제에 관한 적용례) 제12조의4제2항의 개정규정은 이 법 시행 이후 같은 항 제3호에 따른 사유가 발생하는 경우부터 적용한다.

(나) 2021.12.28. 법률 제18634호로 개정된 것

제12조의4(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제) ① 내국법인(이하 이 조에서 "인수법인"이라 한다)이 2024년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(이하 이 조에서 "피인수법인"이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득(대통령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외한다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 그 취득한 주식등이 제2호의 기준지분비율을 최초로 초과하는 사업연도(이하 이 조에서 "기준충족사업연도"라 한다)의 법인세에서 공제한다.

1. 인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 날(이하 이 조에서 "최초취득일"이라 한다) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것

2. 인수법인이 최초취득일이 속하는 사업연도 내에 또는 최초취득일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 종료일까지 취득한 주식등이 해당 사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(인수법인이 피인수법인의 최대출자자로서 피인수법인의 경영권을 실질적으로 지배하는 경우는 100분의 30으로 하고, 이하 이 조에서 "기준지분비율"이라 한다)을 초과하고, 인수법인이 해당 주식등을 기준충족사업연도의 종료일까지 보유할 것

3. 인수법인이 최초취득일부터 기준충족사업연도의 종료일까지 취득한 주식등의 매입가액이 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액 이상일 것

가. 기준충족사업연도의 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130

나. 최초취득일부터 기준충족사업연도의 종료일까지 취득한 주식등이 기준충족사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액에서 차지하는 비율(이하 이 조에서 "당초지분비율"이라 한다)

4. 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 "주주등"이라 한다)가 기준충족사업연도의 종료일에 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하지 아니할 것

5. 피인수법인이 기준충족사업연도의 종료일까지 종전에 영위하던 사업을 계속할 것

부칙 ＜법률 제18634호, 2021.12.28.＞

제1조(시행일) 이 법은 2022년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.

제26조(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 주식 또는 출자지분을 취득한 경우의 세액공제에 관하여는 제12조의4제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2024.2.29. 대통령령 제34263호로 일부개정되기 전의 것)

제11조의4(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제) ① 법 제12조의4 제1항 제1호에 따른 최초 취득한 날(이하 이 조에서  "취득일”이라 한다)은 인수법인이 피인수법인의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서  "주식등”이라 한다)을 취득한 날부터 직전 2년 이내의 기간 동안 그 주식등을 보유한 사실이 없는 경우로 한다. 다만, 인수법인이 「법인세법 시행령」 제50조 제2항에 따른 소액주주등에 해당하는 기간은 주식등을 보유한 것으로 보지 아니한다.

② 법 제12조의4 제1항 각 호 외의 부분에서  "대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 중소기업을 말한다.

1. 취득일까지 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업

③ 법 제12조의4 제1항 각 호 외의 부분에서  "대통령령으로 정하는 특수관계인”이란 「법인세법 시행령」 제2조 제5항에 따른 특수관계인을 말한다.

④ 법 제12조의4 제1항 각 호 외의 부분에서  "대통령령으로 정하는 기술가치 금액”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액 중에서 인수법인이 선택한 금액을 말한다.

1. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령」 제2조의3 제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관이 취득일 전후 3개월 이내에 피인수법인이 보유한 특허권등을 평가한 금액의 합계액에 취득일 현재의 지분비율을 곱하여 계산한 금액. 이 경우 그 계산한 금액은 인수법인이 피인수법인에 지급한 매입가액에서 취득일 현재의 피인수법인의 순자산시가에 지분비율을 곱하여 계산한 금액을 뺀 금액[음수(陰數)인 경우에는 영으로 본다]을 한도로 한다.

2. 인수법인이 피인수법인에 지급한 매입가액에서 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액을 뺀 금액

가. 취득일 현재의 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130에 해당하는 금액

나. 취득일 현재의 지분비율

⑤ 법 제12조의4 제1항 제3호와 이 영 제4항 제1호에 따른 피인수법인의 순자산시가는 취득일 현재의 피인수법인의 자산총액(특허권등의 가액은 제외한다)에서 부채총액을 뺀 금액으로 한다.

⑥ 법 제12조의4 제1항 제4호에서  "대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주 또는 출자자” 및 같은 조 제2항 제1호에서  "대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주등”이란 각각 피인수법인의 「법인세법 시행령」 제43조 제3항 및 제7항에 따른 지배주주등 중 다음 각 호에 해당하는 자를 제외한 자를 말한다.

1. 「법인세법 시행령」 제43조 제8항 제1호 가목의 친족 중 4촌 이상의 혈족 및 인척

2. 취득일 현재 피인수법인에 대한 지분비율이 100분의 1 미만이면서 시가로 평가한 그 지분가액이 10억원 미만인 자

⑦ 법 제12조의4 제1항 제4호 및 같은 조 제2항 제1호에 따른 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등의 범위에 관하여는 「법인세법 시행령」 제43조 제3항 및 제7항을 준용한다.

⑧ 법 제12조의4 제1항 제5호 및 같은 조 제2항 제2호에 따른 피인수법인의 사업의 계속 및 폐지 여부의 판정에 관하여는 「법인세법 시행령」 제80조의2 제7항을 준용한다.

⑨ 법 제12조의4 제2항 각 호 외의 부분에서  "대통령령으로 정하는 기간”이란 취득일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 2년을 말한다. 다만, 법 제12조의4 제2항 제3호의 경우는 취득일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 4년으로 한다.

⑩ 법 제12조의4 제2항 각 호 외의 부분에서  "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액”이란 같은 조 제1항에 따른 공제세액에 제1호의 기간과 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 공제받은 사업연도 종료일의 다음 날부터 납부사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 종료일까지의 기간

2. 1일 10만분의 25

⑪ 법 제12조의4 제3항에서  "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우”란 피인수법인이 파산하거나 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 보유한 자산을 처분한 경우를 말한다.

⑫ 법 제12조의4 제1항에 따라 세액공제를 받으려는 내국법인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서 및 공제세액계산서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

(3) 법인세법 시행령

제43조(상여금 등의 손금불산입) ③ 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 직원에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 직원에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

⑦ 제3항에서 "지배주주등"이란 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주등 중 가장 많은 경우의 해당 주주등(이하 "지배주주등"이라 한다)을 말한다.

제80조의2(적격합병의 요건 등) ⑦ 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일 이전에 피합병법인으로부터 승계한 자산가액(유형자산, 무형자산 및 투자자산의 가액을 말한다. 이하 이 관 및 제156조 제2항에서 같다)의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 법 제44조 제2항 제3호에 해당하지 아니하는 것으로 한다. 다만, 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 승계받아 자기주식을 소각하는 경우에는 해당 합병법인의 주식을 제외하고 피합병법인으로부터 승계받은 자산을 기준으로 사업을 계속하는지 여부를 판정하되, 승계받은 자산이 합병법인의 주식만 있는 경우에는 사업을 계속하는 것으로 본다.

제68조(자산의 판매손익 등의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

3. 상품 등외의 자산의 양도 : 그 대금을 청산한 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다.

(4) 소득세법

제88조(양도의 정의) ① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서  "양도 ”라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다.

제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다.

(5) 상법

제360조의2(주식의 포괄적 교환에 의한 완전모회사의 설립) ① 회사는 이 관의 규정에 의한 주식이 포괄적 교환에 의하여 다른 회사의 발행주식의 총수를 소유하는 회사(이하  "완전모회사”라 한다)가 될 수 있다. 이 경우 그 다른 회사를  "완전자회사”라 한다.

② 주식의 포괄적 교환(이하 이 관에서  "주식교환”이라 한다)에 의하여 완전자회사가 되는 회사의 주주가 가지는 그 회사의 주식은 주식을 교환하는 날에 주식교환에 의하여 완전모회사가 되는 회사에 이전하고, 그 완전자회사가 되는 회사의 주주는 그 완전모회사가 되는 회사가 주식교환을 위하여 발생하는 신주의 배정을 받음으로써 그 회사의 주주가 된다.

제360조의3(주식교환계약서의 작성과 주주총회의 승인 및 주식교환대가가 모회사 주식인 경우의 특칙) ① 주식교환을 하고자 하는 회사는 주식교환계약서를 작성하여 주주총회의 승인을 얻어야 한다.

② 제1항의 승인결의는 제434조의 규정에 의하여야 한다.

③ 주식교환계약서에는 다음 각호의 사항을 적어야 한다.

1. 완전모회사가 되는 회사가 주식교환으로 인하여 정관을 변경하는 경우에는 그 규정

2. 완전모회사가 되는 회사가 주식교환을 위하여 신주를 발행하거나 자기주식을 이전하는 경우에는 발행하는 신주 또는 이전하는 자기주식의 총수ㆍ종류, 종류별 주식의 수 및 완전자회사가 되는 회사의 주주에 대한 신주의 배정 또는 자기주식의 이전에 관한 사항

3. 완전모회사가 되는 회사의 자본금 또는 준비금이 증가하는 경우에는 증가할 자본금 또는 준비금에 관한 사항

4. 완전자회사가 되는 회사의 주주에게 제2호에도 불구하고 그 대가의 전부 또는 일부로서 금전이나 그 밖의 재산을 제공하는 경우에는 그 내용 및 배정에 관한 사항

5. 각 회사가 제1항의 결의를 할 주주총회의 기일

6. 주식교환을 할 날

7. 각 회사가 주식교환을 할 날까지 이익배당을 할 때에는 그 한도액

8. (삭제, 2015. 12. 1.)

9. 완전모회사가 되는 회사에 취임할 이사와 감사 또는 감사위원회의 위원을 정한 때에는 그 성명 및 주민등록번호

④ 회사는 제363조의 규정에 의한 통지에 다음 각호의 사항을 기재하여야 한다.

1. 주식교환계약서의 주요내용

2. 제360조의5 제1항의 규정에 의한 주식매수청구권의 내용 및 행사방법

3. 일방회사의 정관에 주식의 양도에 관하여 이사회의 승인을 요한다는 뜻의 규정이 있고 다른 회사의 정관에 그 규정이 없는 경우 그 뜻

⑤ 주식교환으로 인하여 주식교환에 관련되는 각 회사의 주주의 부담이 가중되는 경우에는 제1항 및 제436조의 결의 외에 그 주주 전원의 동의가 있어야 한다.

⑥ 제342조의2 제1항에도 불구하고 제3항 제4호에 따라 완전자회사가 되는 회사의 주주에게 제공하는 재산이 완전모회사가 되는 회사의 모회사 주식을 포함하는 경우에는 완전모회사가 되는 회사는 그 지급을 위하여 그 모회사의 주식을 취득할 수 있다.

⑦ 완전모회사가 되는 회사는 제6항에 따라 취득한 그 회사의 모회사 주식을 주식교환 후에도 계속 보유하고 있는 경우 주식교환의 효력이 발생하는 날부터 6개월 이내에 그 주식을 처분하여야 한다.

제360조의4(주식교환계약서 등의 공시) ① 이사는 제360조의3 제1항의 주주총회의 회일의 2주전부터 주식교환의 날 이후 6월이 경과하는 날까지 다음 각호의 서류를 본점에 비치하여야 한다.

1. 주식교환계약서

2. 완전모회사가 되는 회사가 주식교환을 위하여 신주를 발행하거나 자기주식을 이전하는 경우에는 완전자회사가 되는 회사의 주주에 대한 신주의 배정 또는 자기주식의 이전에 관하여 그 이유를 기재한 서면

3. 제360조의3 제1항의 주주총회의 회일(제360조의9의 규정에 의한 간이주식교환의 경우에는 동조 제2항의 규정에 의하여 공고 또는 통지를 한 날)전 6월 이내의 날에 작성한 주식교환을 하는 각 회사의 최종 대차대조표 및 손익계산서

② 제1항의 서류에 관하여는 제391조의3 제3항의 규정을 준용한다.

제360조의10(소규모 주식교환) ① 완전모회사가 되는 회사가 주식교환을 위하여 발행하는 신주 및 이전하는 자기주식의 총수가 그 회사의 발행주식총수의 100분의 10을 초과하지 아니하는 경우에는 그 회사에서의 제360조의3 제1항의 규정에 의한 주주총회의 승인은 이를 이사회의 승인으로 갈음할 수 있다. 다만, 완전자회사가 되는 회사의 주주에게 제공할 금전이나 그 밖의 재산을 정한 경우에 그 금액 및 그 밖의 재산의 가액이 제360조의4 제1항 제3호에서 규정한 최종 대차대조표에 의하여 완전모회사가 되는 회사에 현존하는 순자산액의 100분의 5를 초과하는 때에는 그러하지 아니하다.

② 삭제 ＜2015. 12. 1.＞

③ 제1항 본문의 경우에는 주식교환계약서에 완전모회사가 되는 회사에 관하여는 제360조의3 제1항의 규정에 의한 주주총회의 승인을 얻지 아니하고 주식교환을 할 수 있는 뜻을 기재하여야 하며, 동조 제3항 제1호의 사항은 이를 기재하지 못한다.

④ 완전모회사가 되는 회사는 주식교환계약서를 작성한 날부터 2주내에 완전자회사가 되는 회사의 상호와 본점, 주식교환을 할 날 및 제360조의3 제1항의 승인을 얻지 아니하고 주식교환을 한다는 뜻을 공고하거나 주주에게 통지하여야 한다.

⑤ 완전모회사가 되는 회사의 발행주식총수의 100분의 20 이상에 해당하는 주식을 가지는 주주가 제4항에 따른 공고 또는 통지를 한 날부터 2주 내에 회사에 대하여 서면으로 제1항 본문에 따른 주식교환에 반대하는 의사를 통지한 경우에는 이 조에 따른 주식교환을 할 수 없다.

⑥ 제1항 본문의 경우에 완전모회사가 되는 회사에 관하여 제360조의4 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 동조 동항 각호외의 부분중  "제360조의3 제1항의 주주총회의 회일의 2주전” 및 동조 동항 제3호중  "제360조의3 제1항의 주주총회의 회일”은 각각  "이 조 제4항의 규정에 의한 공고 또는 통지의 날”로 한다.

⑦ 제1항 본문의 경우에는 제360조의5의 규정은 이를 적용하지 아니한다.

(6) 국세기본법

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.