아산세무서장이 청구법인에게 한 2024.8.23. 2020～2023사업연도 법인세 합계 OOO원의 경정청구 거부처분 및 2024.10.11. 2019사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 이를 각각 취소한다.

1. 처분개요



가. 청구법인은 2008.3.21. 설립된 후 반도체 레일 및 산업용 자동화 시스템 등을 생산하는 제조업체이고, 2011년 6월경 벤처기업으로 인증받은 후 2012년 7월경부터 기업부설연구소(이하  "쟁점연구소”라 한다)를 인증ㆍ 운영해오고 있다.



나. 처분청은 2024.4.3.부터 2024.5.16.까지 청구법인의 2019사업연도에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 쟁점연구소에서 수행하는 연구활동이「조세특례제한법」(이하  "조특법”이라 한다) 제10조의 연구ㆍ 인력개발비에 대한 세액공제(이하  "쟁점세액공제”라 한다) 적용대상에 해당한다고 보아, 청구법인이 2019사업연도 쟁점연구소 소속의 전담 연구원들에게 지출한 인건비에 대하여 쟁점세액공제를 적용하여 2019사업연도 법인세 OOO원을 감액경정하였다.



다. 이후 청구법인은 2020～2023사업연도에 쟁점연구소 소속의 전담 연구원들에게 지출한 인건비(2019사업연도 인건비와 합하여 이하  "쟁점인건비”라 하고, 세부 내역은 아래 ＜표1＞ 참조)도 2019사업연도와 동일하게 쟁점세액공제 적용대상으로 보아, 2024.6.19. 처분청에 2020 ～2023사업연도 법인세 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 쟁점인건비가 사실상 고객사OOO의 수탁연구활동을 수행한다거나, 매출활동의 일환으로 지출된 것에 불과하므로 이를 쟁점세액공제 적용대상인 연구개발활동에 따른 것으로 볼 수 없다는 이유로, 2024.8.23. 동 경정청구를 거부하는 한편, 당초 감액경정(환급)한 2019사업연도 법인세를 다시 경정하는 것으로 하여 2024.10.11. 청구법인에게 2019사업연도 법인세 OOO원(신고 및 납부지연가산세 포함)을 경정ㆍ 고지하였다.



＜표1＞ 쟁점인건비 내역



라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.10.11. 및 2024.11.15. 심판청구를 각각 제기하였다.





2. 청구법인 주장 및 처분청 의견



가. 청구법인 주장



(1) 청구법인의 쟁점연구소는 통상적인 연구활동을 독자적으로 수행하는 과학기술정보통신부장관으로부터 인증받은 기업부설연구소로 특허기술 등의 연구결과물을 보유하고 있을 뿐만 아니라, 여기에 더하여 그 선행기술을 토대로 고객사가 요청하는 설비제작에 필요한 부가적인 연구활동까지 수행하는바, 이러한 일련의 활동은 쟁점세액공제 적용대상인 ‘자체 연구개발활동’에 해당한다.



(가) 조특법 제2조 제11호에서 ‘연구개발’이란 과학적 또는 기술적 진전 또는 새로운 서비스 및 서비스 전달체계 개발을 위한 체계적이고 창의적인 활동을 말한다고 규정하고 있고, 연구개발 전담부서를 규율하는「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」(이하  "기초연구법 시행령”이라 한다) 제2조 제5호에서 ‘연구개발활동’이란 과학기술분야 또는 서비스 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용 방법을 찾아내기 위하여 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정을 개발하기 위한 시험제품의 설계ㆍ제작 및 시험, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 등 사업화 전까지의 모든 과정을 말한다고 규정하고 있다.



(나) 청구법인은 주로 물류자동화 시스템을 취급하는 업체로 해당 시스템에도 장치의 질적 수준에 따라 청정도(먼지 발생 최소화)가 향상되거나, 불량률(위치 정밀도)이 감소되거나, 시간 단축 및 작업 효율화 등의 생산성이 향상되는 효과가 발생하는 등 쟁점연구소는 이러한 부분에 대한 연구활동을 상시적으로 수행해오고 있다.



(다) 실제로, 청구법인은 쟁점연구소를 설립한 이래 OOO등의 다양한 자체 연구개발을 수행(아래 ＜표2＞ 참조)해오고 있으며, 그 결과 청구법인은 다수의 특허를 보유(아래 ＜표3＞ 참조)하고 있다.


또한, 쟁점연구소는 기초연구법 시행령에서 정하는 기업부설연구소의 요건을 모두 충족하고, 해마다 연구실적을 보고해오고 있으며, 이렇게 축적된 기술력 등을 토대로 2차전지 설비까지 사업영역을 확장한 바 있다.



＜표2＞ 연구활동 조사표(일부 발췌)



＜표3＞ 청구법인의 보유 특허 목록



(라) 한편 청구법인의 쟁점연구소에서 부가적으로 이루어지는 설계용역(이하  "쟁점설계”라 한다) 및 제품 납품과정(아래 ＜표4＞ 참조)을 구체적으로 설명하면 다음과 같다.



1) (설계계약 체결) 고객사별 프로젝트가 개시되면 프로젝트의 시작이라고 할 수 있는 쟁점설계 계약을 고객사와 먼저 체결한 후, 쟁점연구소 소속 연구원들이 ① 선행기술 분석 및 고객사 요청 사양에 대한 기술적 실현 가능성을 검토하고, ② 개념설계 및 관련 특허를 검토하여 핵심부품들을 선정하며, ③ 고객사와의 협의를 통해 검토ㆍ수정 과정을 거쳐 상세 설계를 진행하고, ④ 제작된 도면의 성능을 자체적으로 평가하고 신뢰성을 테스트하며, ⑤ 단계별로 제작된 도면, 개발 완료 보고서 등이 완료되면 고객사에게 결과물을 제출한다.



2) (도급계약 체결) 이후 청구법인은 고객사와 도급계약서를 정식 체결한 후, 생산부서인 제조팀에서 설비를 제작하고, SET UP팀이 제작된 설비를 고객사에 설치하여 시험가동 등의 사후관리를 진행함으로써 납품을 완료한다.



＜표4＞ 쟁점설계 및 제품 납품 과정 요약



(마) 과학기술정보통신부와 국세청 그리고 OOO가 2023년 2월경 공동 발간한  "산업별 연구개발 가이드라인(기계금속)”에 의하면, 정밀기계산업의 개발 프로세스 중 연구개발활동으로 인정하는 ‘설계개발’이란 제품의 성능 구현을 위해 필요한 기술(SW, 소재, AI 등)을 개발하고 시뮬레이션 등을 통해 설계하는 단계까지를 말하는바, 쟁점연구소는 자체 보유한 기술을 바탕으로 고객사가 요청한 사양을 충족하는 제품성능을 구현하기 위해 필요한 기술을 개발하고 시뮬레이션 등을 통해 설계하는 일련의 과정을 모두 수행하므로, 쟁점설계 또한 쟁점연구소의 자체 연구개발활동에 해당한다고 할 것이다.



(바) 조세심판원은  "기업부설연구소가 자기 책임과 비용으로 납품조건을 충족하기 위해 선행 개발된 기술을 바탕으로 자체기술에 의한 상품화 개발 및 Application 개발을 수행하는 과정에서 발생한 연구개발 전담부서의 연구개발 관련 비용은 조특법상 연구인력개발비에 해당한다”는 취지로 결정(조심 2014전2261, 2014.9.30. 외 다수)한 바가 있고, 고객사가 의뢰한 제품 제작의 설계활동을 수행한 설계팀의 인건비도 연구인력개발비로 인정(조심 2019중3785, 2021.2.1. 외 다수)한 바가 있다.



(사) 쟁점연구소의 ‘개발 전후 비교 자료’에 따르면, 안전펜스 연구 결과 내열 온도, 배수율, 최대하중이 향상되거나 개폐형 레일이 벽체 고정형에서 단독 설치형으로 변경되어 무게 및 동작 시간이 단축되는 등 기술개발의 점진적 활동이 존재함을 확인할 수 있고, 이와 달리 고객사의 요청에 따른 쟁점연구소의 연구활동이 실패하여 연구가 중지된 사례도 있는바, 이는 창의성과 불확실성 등이 존재하는 ‘연구개발활동’의 정의에 정확히 부합한다 할 것이다(아래 ＜표5＞ㆍ ＜표6＞ 참조).



＜표5＞ 연구개발활동 성공 사례 요약



＜표6＞ 연구개발활동 실패 사례 요약



(2) 처분청은 쟁점설계가 청구법인의 매출활동 일부분이고, 쟁점인건비는 그 매출에 대응하여 지출되는 매출원가에 불과하다는 의견이나, 이는 기업부설연구소로 인증받은 쟁점연구소의 연구활동 자체를 모두 부인하여야만 성립할 수 있는 것으로 다음과 같은 점에서 타당하지 않다.



(가) 쟁점연구소의 연구활동 조사표를 보면, 분명하게 독자적으로 자체 연구개발활동을 수행할 뿐만 아니라, 이를 토대로 특허를 등록하거나 기업부설연구소를 계속하여 유지해오고 있음을 알 수 있다.



(나) 고객사(세메스 등) 요청에 따라 수행하는 쟁점설계는 기존 모델보다 더 향상된, 새로운 사양을 가진 신규 장비를 새롭게 개발하는 것으로 이는 단순히 기존 기술을 그대로 적용하는 것이 아니라서 연구개발활동이 수반될 수밖에 없으며, 이러한 내용은 프로젝트별 연구일지나 국책과제 수행 중 제출하는 연구개발계획서에서도 모두 확인된다.


(다) 처분청은 청구법인과 고객사 간 체결하는 ‘설계위탁계약서’라는 명칭을 근거로 쟁점설계가 설비 납품을 위한 단순 설계에 불과하다는 의견이나, 그 명칭과 달리 설계위탁계약서는 청구법인과 고객사 간 전체 프로젝트의 초도적 계약의 성격을 지닌 것으로, 이는 그 활동이 청구법인의 책임으로 실행되는 것을 의미하며, 고객사가 그 결과물을 가져가야만 하는 반도체 업계의 보안정책상 최종 설계도면을 고객사에게 제공하는 특징이 있을 뿐이다(청구법인이 설계도면을 가지고 있어야 할 필요가 없고, 그렇다고 해서 청구법인에게 축적된 기술이 사라지는 것은 아니다).


또한, 고객사가 제시한 사양을 맞추지 못하면 그 과정에서 발생한 비용 대부분을 청구법인이 부담하는바, 만약 처분청 의견과 같이 쟁점연구소가 단순 수탁연구소에 불과하고 쟁점설계가 수탁연구활동일 경우 그 실패 시 모든 비용을 보전받는 것이 일반적이다.



(라) 쟁점세액공제 적용대상에서 ‘수탁연구활동’을 제외하는 이유는 위탁자가 쟁점세액공제를 받게 되므로 이중공제를 방지하기 위하여 수탁자에게는 그 공제의 적용을 배제하기 위함인데, 이 건의 경우 고객사OOO가 설계위탁계약에 따른 설계비를 전체 프로젝트 도급 대가의 일부로 보아 ‘외주용역비’로 회계처리하여 비용 처리하였을 뿐 쟁점세액공제는 적용받지 않았다(청구법인도 쟁점설계에 투입된 비용을 쟁점세액공제 적용대상으로 신청한 것이 아니라 쟁점연구소 전담 연구원들의 인건비만을 쟁점세액공제 적용대상으로 신청한 것이다).



나. 처분청 의견



(1) 쟁점세액공제는 기업의 과학적, 기술적 진전을 이루기 위한 연구개발 및 시제품, 견본품 등 제작 비용에 대한 조세지원 제도로서, 제품의 양산, 판매 등 수익 행위와 직접 관련된 비용은 쟁점세액공제 적용대상에 해당하지 않는다.



(2) 일반적으로 발주에 의하여 제작되는 설비의 특성상 설계과정이 필수적이므로 납품 원가 구성항목에 설계 관련 비용이 포함될 수 밖에 없고, 청구법인의 전체 매출 대부분이 고객사OOO와의 거래를 통하여 발생하는바, 그 설계, 제조, 설치 등에 소요되는 비용, 손익, 발주 단가, 납품 일정이 정립되어 청구법인은 장기간 납품을 하면서 기계설비 제조와 관련한 설계기술 노하우와 기술력이 이미 축적되었을 것이다.



(3) 쟁점설계는 고객사OOO의 요청에 따라 설계, 제조, 설치에 대하여 각각 대가를 받기로 계약하고, 납품 조건에 맞는 설계도를 작성하는 과정에 불과하며, 이는 기업의 통상적인 사업 수익행위인 양산 및 용역계약에 해당하는 것이므로, 이를 쟁점세액공제 적용대상이 되는 연구개발활동이라고 볼 수 없다.



(4) 청구법인이 공급하는 설비는 그 특성상 설치장소와 제품 사양이 다양하여 지속적으로 새로운 설계만이 필요할 뿐, 장기간 동일한 업무를 수행해 오면서 이미 축적되어 있는 설계기술을 토대로 이루어지는 것들이므로, 쟁점설계를 별도의 특별한 연구개발활동이라고 볼 수 없다.



(5) 청구법인은 고객사OOO와 ‘설계위탁계약서’를 별도로 작성하고, 고객사가 설계에 소요되는 개발비용 일부분을 부담하는 내용에 따라 해당 금액에 대한 세금계산서를 발급하며, 설계의 결과물도 고객사에게 귀속되는 등 쟁점설계는 시제품이나 연구개발로 볼 여지가 없는 전형적인 용역계약에 의한 수익사업에 해당한다.



(6) 고객사OOO가 청구법인에게 위탁한 설계비에 대하여 ‘외주가공비’로 회계처리하고 있는 것을 보더라도, 쟁점설계는 쟁점세액공제 적용대상이 될 수 없는 수탁연구활동이거나 매출활동의 일부분으로 보아야 할 것이다.





3. 심리 및 판단



가. 쟁점



쟁점연구소 소속의 전담 연구원들에게 지출한 쟁점인건비를 조특법상 연구인력개발비 세액공제 적용대상이 아니라고 보아 경정청구를 거부하거나 법인세를 부과한 처분의 당부



나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재



다. 사실관계 및 판단



(1) 청구법인과 처분청 간 다툼이 없는 사실관계는 다음과 같다.



(가) 쟁점연구소가 기초연구법 시행령상 정하는 기업부설연구소의 요건을 모두 충족하여 인증받은 후 현재까지 해당 법령에서 정하는 준수사항(연구개발일지 등의 보고)을 모두 이행해오고 있다는 점과 쟁점연구소 소속의 전담 연구원들이 겸업을 하지 않는다는 점에 대해서는 처분청이 별다른 이견을 제시하지 않았다.



(나) 청구법인이 위 ＜표3＞과 같은 특허를 보유하고 있다는 점과 그 특허가 청구법인이 제조하는 물품과 관련이 있다는 점 등에 대해서는 처분청이 별다른 이견을 제시하지 않았다.



(다) 청구법인은 쟁점설계와 관련하여 고객사OOO로부터 계약내용에 따른 설계비 일부분(30%)을 수취하고 해당 금액에 상당하는 세금계산서를 발행하며, 고객사OOO는 이를 외주가공비로 회계처리하여 별도로 쟁점세액공제를 적용받지 않았다.



(2) 청구법인 설립 및 조직도는 다음과 같다.




(가) 청구법인의 홈페이지에 의하면, 청구법인은 2008.4.1. 설립된 후 주로 반도체 및 LCD 자동반송시스템ㆍ FA시스템 엔지니어링 제작 및 설치 등을 하는 업체로, 2015년경부터 2차전지 설비까지 사업영역을 확장한 것으로 나타난다.



(나) 국세청 전산자료 등에 의하면, 청구법인의 매출액은 2019사업연도 OOO원에서 2023사업연도 OOO원으로 약 144.2% 증가한 것으로 나타난다.



(다) 청구법인이 제시한 2024.6.27. 현재 청구법인의 현황 및 조직도상 총인원은 112명이고, 그 중 기업부설연구소에는 연구소장 1명과 전담 연구인력 10명으로 구성되어 있으며, 세부내역은 다음과 같다.



＜청구법인 조직도(2024.6.27. 현재)＞



(3) 청구법인이 제시한 쟁점연구소의 연구활동과 관련 쟁점인건비에 대한 도식화는 다음과 같고, 쟁점연구소는 상시적인 연구와 더불어 고객사의 요청이 있을 경우에 이미 개발된 기술을 토대로 그 납품조건을 충족시키기 위한 설계작업(특별연구)을 부가적으로 수행한다.



(4) 청구법인은 쟁점연구소에서 실시하는 자체 연구개발활동(물류 자동화 설비나 반도체 레일 등)에 대한 증빙으로, 과학기술정보통신부장관에게 제출한 2019～2023사업연도의 연구활동 조사표 및 연구개발계획서를 제출하였는바, 주요내용은 다음과 같다.



＜사업연도별 연구활동 조사표＞



＜연구개발계획서(프로파일 자동 세척기, 일부 발췌)＞



(5) 청구법인이 제시한 쟁점설계 예시는 다음과 같다.



(가) 청구법인은 고객사 사양 요청서 샘플, 대표 프로젝트별 연구개발 사항 요약표(아래 ＜표7＞ 참조) 및 그에 따른 연구개발일지 등을 제시하면서 고객사로부터 대략적인 제품 사양만을 적은 주문서를 받고 그에 따라 필요한 연구개발 목표를 설정하고 관련 연구방법 등을 직접 결정한다고 항변한다.



＜고객사 사양 요청서 샘플 일부＞



＜표7＞ 대표 프로젝트별 연구개발 사항 요약



＜OOO관련 연구개발일지(일부 발췌)＞



(나) 청구법인은 프로젝트 연구 결과, 개발이 성공한 사례를 다음과 같이 제시하였고, 이에 따르면, OOO프로젝트의 경우는 벽체가 없는 곳에 단독으로 설치하는데 성공하고, 규격이나 무게, 진동이 기존 모델 대비 획기적으로 개선되어 점진적 개발 활동이 있다는 내용으로 항변한다.



＜개발 전후 비교 사진 일부＞



(다) 청구법인은 각 프로젝트별 총 매출액과 쟁점설계에 따라 발주사로부터 지급받는 금액(아래 ＜표8＞ 참조)을 다음과 같이 구분하여 제시하였는데, 위 금액이 일반적인 발생원가보다 낮는 점 등을 감안할 때 쟁점설계는 사실상 전체 프로젝트의 초도적 계약의 성격(실패 시 청구법인의 위험 부담)이라고 항변한다.



＜표8＞ 각 프로젝트별 총 매출액과 쟁점설계 관련 지급받는 금액＞

(단위 : 천원, %)



(6) 청구법인과 고객사OOO 간 거래내역은 다음과 같다.



(가) 청구법인와 고객사OOO간 2020사업연도부터 2023사업연도까지 체결한 쟁점설계 및 도급 계약현황은 다음과 같고, 총 도급금액 대비 쟁점설계비용이 차지하는 비중은 5.6%(OOO원, OOO원)에 불과한 것으로 나타난다(아래 ＜표9＞ 참조).



＜표9＞ 청구법인와 고객사OOO간 쟁점설계 및 도급 계약현황

(단위 : 건, 백만원)



(나) 청구법인과 고객사OOO간 체결한 설계위탁계약서 및 도급계약서상 주요내용은 다음과 같다.



＜설계위탁계약서＞



＜도급계약서＞


(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.



(가) 처분청은 쟁점세액공제라 함은 기업의 과학적, 기술적 진전을 이루기 위한 연구개발 및 시제품, 견본품 등 제작 비용에 대한 조세지원 제도로서, 제품의 양산, 판매 등 수익 행위와 직접 관련된 비용은 쟁점세액공제 적용대상에 해당하지 아니하고, 청구법인은 고객사OOO와 거래를 통해 그 설계, 제조, 설치 등에 소요되는 비용, 손익, 발주 단가, 납품 일정이 정립되어 있으며, 청구법인이 장기간의 납품을 하면서 기계설비 제조와 관련한 설계기술 노하우와 기술력이 이미 축적되었을 것이므로, 쟁점설계는 납품 조건에 맞는 설계도를 단순 작성하는 과정에 불과하고, 이는 기업의 통상적인 사업 수익행위인 양산 및 용역계약에 해당하는 것으로 볼 수 있으며, 쟁점설계에 따라 공급되는 설비는 이미 축적되어 있는 설계기술을 토대로 만들어지는 것으로 보는바, 쟁점설계는 쟁점세액공제 적용대상이 될 수 없는 수탁연구활동이거나 매출활동의 일부분이고 쟁점인건비는 매출활동에 대응하는 매출원가이므로 이 건 처분이 정당하다는 의견이나,



기초연구법 시행령 제2조 제5호에서 연구개발활동이라 함은 과학기술 분야 등에서 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정(工程)을 개발하기 위한 설계ㆍ제작 및 시험, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 등 사업화 전까지의 모든 과정으로 정의하고 있고 조특법 시행령 [별표6]에서 연구개발비용에 전담부서 등의 인건비도 자체 연구개발비에 해당하는 것으로 규정하고 있는바, 쟁점연구소가 기초연구법 시행령상 정하는 기업부설연구소의 요건을 모두 충족하여 인증받은 후 현재까지 해당 법령에서 정하는 준수사항(연구원의 겸직없음, 연구개발일지 등 보고)을 모두 이행해오고 있는 점, 청구법인의 현황 및 조직도상 총인원은 112명이고, 그 중 기업부설연구소에는 연구소장 1명과 전담 연구인력 약 10명 내외로 구성되어 있는 점, 쟁점연구소의 연구활동 조사표 등에 따르면, 청구법인은 쟁점연구소 설립 후 단독 연구 및 산학 연구 등의 다양한 자체 연구개발을 수행해오고 있고, 다수의 특허를 보유(＜표3＞ 참조)하고 있는 점, 청구법인와 고객사OOO간 2020사업연도부터 2023사업연도까지의 총 도급금액 대비 쟁점설계 비용이 차지하는 비중이 약 5.6%이고, 청구법인의 총 매출액 대비 쟁점설계 관련 발주사로부터 지급받는 금액의 비중이 0.9%～3.0%에 불과하여 쟁점설계가 양산이 아닌 전체 프로젝트의 초도적 계약 성격에 해당하는 것으로 보이는 점,



쟁점연구소의 ‘개발 전후 비교 자료’에 따르면, 쟁점설계를 통한 기술개발의 점진적 활동이 있는 것으로 보이고, 한편 고객사의 요청에 따른 쟁점연구소의 연구활동이 실패하여 연구가 중지된 사례도 있는 것으로 나타나는바, 이는 창의성과 불확실성 등이 존재하는 ‘연구개발활동’의 정의에 부합하는 점, 쟁점설계를 통해 기존 모델보다 더 향상된, 새로운 사양을 가진 신규 장비를 새롭게 개발하고 있음을 프로젝트별 연구일지나 연구개발계획서 등을 통해 확인할 수 있는 점, 청구법인과 고객사 간 체결한 ‘설계위탁계약서’상 명칭과 달리 동 계약내용은 청구법인과 고객사 간 전체 프로젝트의 초도적 계약 성격을 지닌 것으로, 그 활동이 청구법인의 책임과 대부분의 비용부담으로 실행되고 있는 점, 청구법인은 쟁점설계에 투입된 비용 전체가 아닌 쟁점연구소 소속의 전담 연구원들의 인건비만을 쟁점세액공제 적용대상으로 신청하였고, 고객사OOO는 청구법인에게 지급한 쟁점설계 관련 비용을 전체 프로젝트에 대한 도급 대가의 일부로 보아 이를 ‘외주용역비’로 회계처리하였을 뿐, 별도의 쟁점세액공제를 적용받지 아니하여 이중공제의 소지도 없어 보이는 점 등에 비추어, 쟁점인건비는 쟁점세액공제 적용대상인 연구개발활동에 따른 것으로 보인다.



따라서 처분청이 쟁점인건비에 대하여 쟁점세액공제 적용대상이 아닌 것으로 보아, 2020~ 2023사업연도 법인세 경정청구를 거부하고, 청구법인에게 당초 감액경정한 2019사업연도 법인세를 재경정ㆍ 고지한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.





4. 결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1) 조세특례제한법



제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

11. " 연구개발" 이란 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하며, 대통령령으로 정하는 활동을 제외한다.

② 제1항에 규정된 용어 외의 용어에 관하여는 이 법에서 특별히 정하는 경우를 제외하고는 제3조 제1항 제1호부터 제19호까지에 규정된 법률에서 사용하는 용어의 예에 따른다.



제10조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구개발 및 인력개발에 지출한 금액 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 " 연구ㆍ인력개발비" 라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2021년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

3. 제1호에 해당하지 아니하거나 제1호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 " 일반연구ㆍ인력개발비" 라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. (단서 생략)

나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1) 중소기업인 경우 : 100분의 25

⑥ 자체 연구개발을 위한 연구개발비가「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조의3 제1항 각 호에 해당하는 사유 등 대통령령으로 정하는 사유로 인하여 연구개발비에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 대통령령으로 정하는 날 이후 발생하는 비용에 대하여 제1항에 따른 세액공제를 적용하지 아니한다.



(2) 조세특례제한법 시행령



제1조의2(정의)「조세특례제한법」(이하 " 법" 이라 한다) 제2조 제1항 제11호에서 " 대통령령으로 정하는 활동" 이란 다음 각 호의 활동을 말한다.

7. 위탁받아 수행하는 연구활동



제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) ① 법 제10조 제1항 각 호 외의 부분 전단에서  "대통령령으로 정하는 비용”이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. (단서 생략)

⑬ 법 제10조 제1항을 적용받으려는 내국인은 연구개발계획서, 연구개발보고서 및 연구노트 등 증거서류를 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 작성ㆍ보관해야 한다.
17. 법 제10조 제1항을 적용받으려는 내국인은 제14항에 따른 신고를 하기 전에 지출한 비용이 연구ㆍ인력개발비에 해당하는지 여부 등에 관해 국세청장에게 미리 심사하여 줄 것을 요청할 수 있다. 이 경우 심사 방법 및 요청 절차 등에 필요한 사항은 국세청장이 정한다.
18. 법 제10조 제6항에서  "「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조의3 제1항 각 호에 해당하는 사유 등 대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나의 해당하는 경우를 말한다.

1.「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정이 취소된 경우



[별표6] 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제9조 제1항 관련)



1. 연구개발

가. 자체연구개발

1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하  "전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원(연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. (단서 생략)



(3) 조세특례제한법 시행규칙



제7조(연구 및 인력개발비의 범위) ① 영 별표 6 제1호 가목 1) 가)부터 다)까지 외의 부분 본문에서  "기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하  "전담부서등”이라 한다)를 말하며, 영 별표 6 제1호 가목 1) 가)부터 다)까지 외의 부분 본문에 따른 연구개발서비스업이란「연구산업진흥법」에 따른 전문연구사업자가 영위하는 같은 법 제2조 제1호 가목의 연구산업(이하 이 조에서  "연구개발서비스업”이라 한다)을 말한다.

1.「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조의2 제1 항에 따라 과학기술정보통신부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

③ 영 별표 6 제1호 가목 1) 가)부터 다)까지 외의 부분 본문에서  "기획재정부령으로 정하는 자”란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」에 따른 연구전담요원(산업디자인전문회사의 경우 연구업무에 종사하는 「산업디자인진흥법 시행규칙」제9조 제1항 제1호에 따른 전문인력을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 및「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」에 따른 17. 법 제10조 제1항을 적용받으려는 내국인은 해당 과세연도에 수행한 연구개발 과제별로 별지 제3호의2서식에 따른 연구개발계획서, 연구개발보고서 및 연구노트를 작성(괄호 생략)하고 해당 과세연도의 종료일로부터 5년 동안 보관해야 한다.



(4) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률



제14조의2(기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정 등) ① 과학기술정보통신부장관은 기업의 연구개발활동을 효율적으로 지원하고 관리하기 위하여 연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서를 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 인정할 수 있다.



제14조의3(기업부설연구소등의 인정취소) ① 과학기술정보통신부장관은 기업부설연구소등 또는 기업부설연구소등이 소속된 기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 기업부설연구소등의 인정을 취소할 수 있다. 다만, 제1호 또는 제2호에 해당하는 경우에는 그 인정을 취소하여야 한다.

1. 거짓 또는 그 밖의 부정한 방법으로 인정을 받거나 변경신고를 한 경우

2. 기업부설연구소등이 소속된 기업이 기업부설연구소등의 인정취소를 요청한 경우

3. 기업부설연구소등이 소속된 기업이 폐업하거나 기업부설연구소등의 폐쇄 사실을 과학기술정보통신부장관이 확인한 경우

4. 제14조의2 제1항에 따른 인정기준에 미달되어 과학기술정보통신부장관이 그 보완을 명한 날부터 1개월이 지날 때까지 미달된 사항을 보완하지 아니한 경우

5. 제14조의2 제3항에 따른 변경신고를 변경사유가 발생한 날부터 1년 이내에 하지 아니한 경우

6. 기업부설연구소등의 연구개발활동이 없다고 과학기술정보통신부장관이 인정한 경우

7. 기업부설연구소등이 제14조의4에 따른 준수사항을 위반한 경우

8.「연구실 안전환경 조성에 관한 법률」제17조 등 다른 법률에 따라 기업부설연구소등의 연구개발활동이 제한된 경우



제14조의4(기업부설연구소등의 준수사항) 기업부설연구소등은 다음 각 호의 사항을 준수하여야 한다.

1. 기업부설연구소등에 근무하는 자는 연구개발활동과 관련된 업무 외에 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 아니할 것(다만, 창업일로부터 3년이 경과하지 아니한 「중소기업기본법」제2조 제2항에 따른 소기업의 기업부설연구소등에 근무하는 자가 해당 소기업의 대표자를 겸하는 경우에는 제외한다)

2.「건축법」에 따라 허가받지 아니한 건물 또는 가건물, 건축물 의 용도가 주거용인 건물에는 기업부설연구소등을 설치하지 아니할 것

3. 그 밖에 기업부설연구소등의 건실한 운영을 위하여 대통령령으로 정하는 사항



(5) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령



제2조(정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

5.  "연구개발활동”이란 과학기술 분야 또는 서비스 분야(별표 1의 유흥 등 관련분야는 제외한다)의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정(工程)을 개발하기 위한 시험제품의 설계ㆍ제작 및 시험, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 등 사업화 전까지의 모든 과정을 말한다.

7.  "연구전담요원”이란 연구개발활동과 관련된 연구업무를 하면서 다른 업무를 겸하지 아니하는 사람을 말한다.