천안세무서장이 2025.1.6. 및 2025.8.2. 청구법인에게 한 2023년 제1기 부가가치세 OOO원 및 OOO원의 부과처분은, 일반과소신고가산세(10%)를 적용하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2005.2.4. 개업한 후 충청남도 천안시 OOO에서 요양병원 등으로 사용되는 건물을 소유하면서 부동산임대업을 영위하는 법인으로, 2023년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 OOO(A)로부터 공급가액 OOO원, OOO(B)로부터 공급가액 OOO원 합계 OOO원(병원 리모델링 공사로 이하  "쟁점공사”라 한다)에 대한 각 세금계산서(합하여 이하  "쟁점세금계산서”라 한다)를 수취한 후, 관련 매입세액을 공제하여 부가가치세 환급 신고를 하였다.

나. 처분청은 청구법인에 대한 부가가치세 부분조사를 실시한 결과, 쟁점공사는 미등록사업자인 C로부터 용역을 제공받고, C의 하도급자인 OOO와 OOO로부터 쟁점세금계산서를 수취한 것으로 보아 관련 매입세액을 불공제하여, 2025.1.6. 청구법인에게 2023년 제1기 부가가치세 OOO원(신고불성실가산세 10% 적용 등)을 경정ㆍ고지하였다가 2025.8.2. 2023년 제1기 부가가치세 OOO원(신고불성실가산세 40% 적용 등)을 경정ㆍ고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.1.17. 이의신청을 거쳐 2025.5.19. 및 2025.9.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 이 건이 불법하도급계약으로 부가가치세 환급 거부 처분이 정당하다는 의견이나, C(C, 캐나다인)은 건설업 등록을 하지 않은 미등록 사업자로, 그와 체결한 도급계약은 「건설산업기본법」제9조 제1항 등을 위반하여 「민법」제103조에 따라 무효로 보는 것이 타당하다.

＜「건설산업기본법」제9조

① 건설업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 업종별로 국토교통부장관에게 등록을 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 건설공사를 업으로 하려는 경우에는 등록을 하지 아니하고 건설업을 할 수 있다.

(건설업 등록 등)＞

＜「민법」제103조(반사회질서의 법률행위)＞

선량한 풍속 기타 사회질서에 위반한 사항을 내용으로 하는 법률행위는 무효로 한다.

청구법인과 C은 최초에 맺은 계약이 미등록사업자로 인해 무효가 되는 것을 인지하여, 실제 공사를 수행한 OOO와 도급계약서를 다시 체결하게 된 것이고, 결과적으로 최초계약서는 불법하도급계약서가 아니라 계약 자체가 성립이 안되는 무효의 계약서이며, 실제 공사를 수행한 OOO의 도급용역계약서가 합법적인 도급계약서인만큼, 처분청의 불법하도급 계약이라는 의견은 사실과 다르다.

또한, 청구법인과 C은 최초 계약에 따라 대금을 지급하였고, C은 OOO 및 OOO의 하도급업체에 공사대금을 지급하였으며, 청구법인이 C에게 지급한 금액은 약 OOO원으로 이는 OOO 등이 청구법인에게 발행한 쟁점세금계산서 금액(OOO원) 보다 많은 금액이며, 이후 C은 당초 계약이 무효가 됨을 인지하고 남은 금액(약 OOO원)을 청구법인에게 반환하였다.

(2) 처분청이 제시한 C의 진술서는 신뢰성 및 증거능력이 부족하고, 이에 대하여 청구법인은 증거자료로 C로부터 직접 날인된 사실확인서를 제출하였으며, 해당 확인서에서 C은 본인이 건설업 미등록 사업자이므로 청구법인과의 최초 계약이 실질적으로 무효가 됨을 인정하고, OOO와의 도급계약이 실질적으로 진행되었음을 확인하고 있다.

또한, 청구법인으로부터 수령한 공사대금을 OOO에게 지급하였고, 실제 수행되지 않은 공사에 대한 대금은 청구법인에게 반환하였다는 내용을 명확히 확인해 주었는바, 이처럼 C의 자필 서명과 날인이 포함된 공식적인 확인서는 법적 효력과 증명력이 높다고 할 수 있는 반면에 처분청은 세무조사 당시 C이 부가가치세를 지급했다는 내용의 진술을 하였다는 의견이나, 이 진술서는 C의 날인이 없는 자료인 것으로 확인되고, 날인이 없는 자료는 C 본인의 최종 확인이나 동의가 있었다고 보기 어려우므로, 그 진술 내용의 신뢰성이나 증거로서의 가치가 현저히 낮다고 할 것이다.

(3) 「국세기본법」에 따른 실질과세원칙과 이에 따른 대법원 판례(2014.5.16. 선고 2011두9935 판결)에 따르면, 명의자에게 부과하는 것이 아닌 실질적으로 귀속된 자에게 부과하여야 한다고 명시하고 있는바, 청구인은 실질적으로 리모델링 공사를 한 OOO로부터 세금계산서를 발급받았고, 임차인이 사업(요양 병원) 운영을 위해 요청하여 리모델링이 진행되었던 것으로, 실제 리모델링 공사가 완료되어 임차인이 실제 병원을 운영하고 있는바, 처분청은 청구법인과 OOO의 도급계약서, 임대차계약서 및 입출금내역 등 증빙자료 및 현장방문을 통해 실질적인 공사가 진행되었음을 확인하였음에도, 계약서상 대금수령방식을 문제 삼아 부가가치세를 환급해 주지 않았다.

처분청이 제시한 조심 2004서2805, 2005.4.29.는 실제 공사를 수행한 자가 세금계산서를 발급하는 것이 타당하다고 판단한 만큼, 이 건은 실제 공사한 업체(OOO)가 세금계산서를 발급한 것인 만큼 부가가치세를 환급하여야 할 것이다.

또한 처분청이 제시한 조심 2013광2316, 2013.12.19.의 선결정례를 살펴보면, 법적으로 하도급계약을 할 수 없는 공사계약을 진행하기 위해 하도급업체 직원을 청구인 업체에 위장취업하면서 발생한 사건으로, 이 건과는 사례가 다른 것으로 판단되고, 위 선결정례의 사건이 더 엄중함에도 불구하고 「조세범 처벌법」무혐의 처분이 된 점을 본다면, 처분청의 이 건에 대한 조세범처벌(통고처분액 OOO원)을 한 것은 부당하다.

마지막으로, 처분청이 제시한 의정부지방법원 2013.1.29. 선고, 2012구합2394 판결을 살펴보면, 실제 공사를 수행한 자를 공급의 주체로 판단해야 한다는 실질과세원칙이 명확하게 나타나는 판결로, 이 건의 경우 실질적으로 공급받은 주체가 청구법인이므로, 실질과세원칙에 따라 부가가치세 환급은 되어야 할 것이다.

(4) 가산세는 납세자의 성실한 세법 이행을 유도하고 불성실한 신고 행위에 대한 제재를 목적으로 하나 청구법인은 이 건과 관련하여 조세를 포탈하려는 고의나 부정한 의도가 전혀 없었고, 실제 용역이 이루어졌으며, 이에 대한 대가를 지급했음에도 불구하고, 처분청이 해당 매입세액 공제를 부인하여 환급을 거부하는 것은 물론, 납세자의 예측 가능성을 넘어 추가적인 가산세까지 부과하는 것은 가산세 제도의 본래 취지에 부합하지 않는 과도하고 부당한 처분이다.

처분청은 청구법인이 사실과 다른 세금계산서를 수취했다는 이유로 공급가액의 2%에 해당하는 세금계산서 미발급 등 가산세를 부과하였으나, 쟁점세금계산서의 발급자인 OOO는 청구법인에게 실질적으로 용역을 제공하고 이에 대한 세금계산서를 발행하였으며, 해당 용역 공급에 대한 부가가치세 신고를 적법하게 완료한바, 처분청이 실질적인 세수를 확보하였음을 의미하는 것으로 실질적인 과세 문제가 발생하지 않았음에도 불구하고 세금계산서의 형식적 하자를 이유로 이중적인 과세를 하는 것에 해당한다.

또한, 세무조사 결과 통지서상 "일반과소신고"로 표기되어 있고 "세율 10%"가 기재되어 있음에도 불구하고, 실제 계산된 가산세액(OOO원)은 대상 금액(OOO원)의 40%가 적용되었는바, 처분청은 이 건을 "사기나 그 밖의 부정한 행위"로 간주하여 부정과소신고가산세율(40%)을 적용한 것으로, 청구법인은 조세 포탈을 위한 고의적인 "부정한 행위"를 저지른 바 없고, 실제 용역을 제공받고, 대금도 지급한 것 등을 고려할 때, 청구법인의 행위를 부정으로 판단한 것은 부당하다.

추가로, 「국세기본법」상 납세자의 법적 안정성과 예측 가능성을 보장하기 위해 한 번의 세무조사를 통해 과세할 사항은 한 번에 종결하는 것이 원칙이고, 청구법인은 이미 1차 통지를 통해 세무조사가 진행되었고, 이에 대한 이의신청 절차까지 완료하여 관련 사항이 종결된 것으로 인지하고 있었으나, 이러한 상황에서 명확하고 합리적인 사유 없이 동일한 과세기간 및 동일한 쟁점에 대해 "2차 통지"라는 명목으로 추가적인 세금을 부과하고 가산세를 늘리는 것은 재조사 금지 원칙(「국세기본법」제81조의4)에 위배되며, 납세자의 정당한 권익을 침해하는 중대한 절차적 흠결에 해당하므로, 2차 과세통지는 그 절차적 위법성으로 인해 취소되어야 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 C이 「건설산업기본법」에 따라 건설업 등록을 하지 않아 하도급 계약이 무효라고 주장하나, C이 「건설산업기본법」에 의거 건설업에 등록하지 않더라도 여러 사실 관계와 2025.1.17. 이의신청 결정서 내용과 같이 실질과세 원칙에 따라 C이 미등록사업자의 지위에서 쟁점공사를 진행한 것이며 OOO(A) 등에게 재하도급한 것이다.

청구법인은 C과의 계약이 무효됨을 인지하고 청구법인에게서 수령하고 남은 금액을 C이 청구법인에게 반환하였다고 주장하나, 이는 사실이 아니고, 처분청의 환급 현장확인 시 부인된 부가가치세와 공사지연에 대한 대가를 지불한 것이며, C이 처분청의 질의 내용에 대해 서명 날인을 불응한 사유는 실제 사실관계는 인정하지만 C의 쟁점공사 하도급 매출누락 과세자료 통보 시 과세자료로 활용될 수 있다는 사실을 인지하고 날인을 불응한 것에 불과하였을뿐 조사과정에서 청구법인과의 거래 정황을 모두 인정한 바 있고, 당초 질의 내용을 뒤집는 계약 무효에 따른 공사비 및 손실보상금을 반환할 목적으로 지급한 것이라는 사실확인서를 처분청에 제출한 사실도 없다.

(2) 청구법인은 OOO와 계약을 통해 쟁점공사를 진행하여 쟁점세금계산서는 정상적인 거래로 OOO가 실질 시공자라고 주장하나, C은 서울, 인천 지역에서 5개의 부동산 임대업(임차인 모두 요양병원)을 영위하면서 서울 지역 병원 인허가 경력이 있는 의료시설 인허가 전문가로 알려진 자로, 지인이 요양병원 리모델링 공사를 원하는 청구법인의 D(대표자 E의 남편)을 소개시켜 이 건의 리모델링 공사 계약을 하게 되었고, C이 다른 병원 하자보수 공사로 알고 지내던 A(OOO), F과 공사비 총 OOO원(공급가액) 하도급 계약을 통해 리모델링 공사를 진행한 것이다.

C은 청구법인과의 계약 내용에 따라 계약금 OOO원을 시작으로 총 OOO원의 공사대금을 수취하였고, OOO A는 C의 지시에 따라 의료시설 인허가에 맞는 구조, 설계, 기계, 설비, 방수, 소방 공사를 진행하면서 그 공정별 진행 정도에 따라 OOO원을 수취하였으며, C은 그 외 차익금을 본인 소유 OOO 공사대금으로 사용한 사실이 C 계좌내역을 통해 확인된다.

또한 C은 계약 내용에 따라 병원 인허가 관련해서 소방감리업체 여명기술단을 통해 최종적으로 소방감리하여 2023.6.9. 의료기관 개설허가를 받았으며 계약 내용에 따라 하자보수(책임기간 2년) 이행을 위해 보수공사를 진행하였으며 청구법인은 하자보증보험증권을 제출하며 OOO가 실질 시공자라고 주장하나 해당 하자보증보험증권 제출은 부가가치세 환급을 받기 위한 형식적인 행위에 불과하다.

C은 쟁점공사와 관련하여 처분청 법인세과에서 실시한 환급 현장확인 결과 부가가치세 환급이 거부되고, 그 외 공사의 지연 등으로 D과 다툼이 발생하자 청구법인에게 2024.7.5. 본인 계좌에서 환급 거부된 부가가치세 OOO원을 지급하였고, 공사지연 대가로 2024.1.31. OOO B 명의로 2억, 총 OOO원을 지급하였다고 진술하였다.

(3) C의 하도급업체인 OOO A는 2023년 3월경 마무리 공사 중 D이 부가가치세 환급 문제를 제기하자 C의 제의로 청구법인과 별도의 공사 계약서를 작성하고 당시까지 수취된 대금 OOO원에 맞게 세금계산서를 발행해 주었으나, 더 이상 대금 지급이 되지 않자 부가가치세 납부에 부담을 갖고 마이너스(△) 세금계산서를 발행하였고, 이후 대금 지급을 해주겠다는 C의 제의로 전자세금계산서를 재발급하였으며 별도로 OOO원의 종이세금계산서도 발행해 준 사실이 있다고 거래사실확인 문답서를 통해 진술하였다.

청구법인과 OOO A 간의 계약서를 보면 실제 리모델링 공사가 2022년 12월경에 시작하여 2023년 3월경에 마무리되었음에도 공사기간이 2023.2.20.∼2023.5.30.로 되어 있고, 계약금도 C이 A에게 지급한 OOO원에 맞게 계약서를 작성한 것으로 보아 2023년 3월경 공사가 마무리될 즈음 부가가치세 환급을 위해 계약서를 다시 작성하고 세금계산서를 OOO가 발행해 주었다는 A의 진술을 입증하는 것이다.

위와 같이 C이 청구법인과 요양병원 리모델링 공사계약을 하고 계약 내용에 따라 대금을 수취하여 공정 진행에 따라 하도급자에게 지급한 사실, 의료시설 인허가에 맞는 공사를 A(F)와 하도급 계약한 사실, 환급 거부와 공사 지연에 대한 책임으로 부가가치세 등을 청구법인에게 지급한 사실, C이 계약 내용에 따라 책임기간 동안 배연창, 방수 등 하자보수 공사를 진행하였고 현재까지 하자보수 책임기간 진행 중인 사실 등으로 볼 때, 쟁점공사는 하도급업자 OOO가 아닌 원도급업자인 C이 미등록사업자의 지위에서 실제로 진행한 것으로 청구법인이 OOO와 OOO로부터 수취한 OOO원은 C로부터 수취해야 할 것을 C의 하도급자 OOO로부터 수취한 거짓 기재 세금계산서에 해당한다.

(4) 청구법인은 이 건 가산세 처분도 부당하다고 주장하나, 청구법인은 미등록사업자 지위의 C로부터 진행한 리모델리공사에 대해 C의 하도급자 OOO 등으로부터 수취한 쟁점세금계산서는 거짓 기재 세금계산서에 해당하여 「부가가치세법」제60조 제3항 제4호에 따른 그 공급가액의 2퍼센트를 부과 대상자이며, OOO A는 C의 하도급계약에 따라 병원 리모델링 공사를 진행하던 중 청구법인이 C에게 부가세 환급 문제를 제기하자 C이 세금계산서를 발행할 수 없어 C의 제안으로 청구법인과 별도의 용역계약를 체결하였으며 별도 계약 당시까지 원도급자 C로부터 수취한 대금만큼 청구법인에게 쟁점세금계산서를 발행하였다고 거래사실확인 문답서를 통해 진술하는 등 이는 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’의 부정과소신고가산세(40%) 대상에 해당하므로 당초 처분청의 과세처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부

② 부정과소신고가산세 부과처분의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 국세기본법

제14조[실질과세] ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

제47조의3[과소신고ㆍ초과환급신고가산세] ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 제9조에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 「농어촌특별세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우 : 다음 각 목의 금액을 합한 금액

가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액 등의 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액

나. 과소신고납부세액 등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액 등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제1호 외의 경우 : 과소신고납부세액 등의 100분의 10에 상당하는 금액

제81조의4[세무조사권 남용 금지] ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

③ 세무공무원은 세무조사를 하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 장부 등의 제출을 요구하여야 하며, 조사대상 세목 및 과세기간의 과세표준과 세액의 계산과 관련 없는 장부 등의 제출을 요구해서는 아니 된다.

(2) 부가가치세법

제11조[용역의 공급] ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제32조[세금계산서 등] ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제39조[공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제60조[가산세] ③ 사업자가 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표 등(이하 "세금계산서 등"이라 한다)을 발급한 경우 : 그 세금계산서 등에 적힌 금액의 3퍼센트

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서 등을 발급 받은 경우 : 그 세금계산서 등에 적힌 금액의 3퍼센트

3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서 등을 발급한 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트

4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서 등을 발급받은 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트

다. 사실관계 및 판단

(1) 비거주용 건물 임대업을 영위하는 청구법인은 OOO 요양병원 G와 리모델링 공사 조건으로 임대차 계약을 체결하고, 2022년 12월 C과 요양병원 리모델링 공사 용역계약서를 아래 ＜표1＞과 같이 계약하였다.

＜표1＞ 청구법인과 C의 용역 계약 내용

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(2) 청구법인은 2022.12.28. C과 작성하였던 용역계약서와 유사한 내용으로 OOO와 리모델링 공사계약을 체결하였고, 공사대금을 발주자인 청구법인이 C에게 지급하고 C이 OOO와 거래처에게 지급하는 형태로 아래 ＜표2＞와 같이 계약서를 작성하였다.

＜표2＞ 청구법인과 OOO의 용역 계약내용

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(3)OOO 등이 청구법인에게 발행한 세금계산서 내역은 아래 ＜표3＞과 같고, 청구법인이 제출한 금융 자료에 따르면, 공사대금으로 2022.12.13.∼2023.6.15. 동안 12차례에 걸쳐 OOO원을 C의 계좌에 입금하였으며, C은 2022.12.15.∼2023.4.3. 동안 18차례에 걸쳐 OOO원을 OOO에게 지급한 것으로 확인된다.

＜표3＞ 리모델링 공사 관련 세금계산서 수수 내역

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(4) 청구법인에 대한 부가가치세 조사당시인 2024.11.15. 작성한 처분청과 OOO A의 거래사실확인 문답서 중 일부 내용은 아래와 같고, OOO(A) 등은 C과 공사계약서를 별도 작성(OOO원, 하도급)하였고, 쟁점공사의 책임자는 C이라는 내용이 나타난다.

＜A의 거래사실확인 문답서＞

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(5) 청구법인은 C이 2025.5.9. 작성하고 기명ㆍ날인되어 있는 확인서를 제출하였고, C이 청구법인과 한 당초 공사계약이 무효로 대금 전액을 청구법인에게 반환하여야 하나, OOO 등에 지급한 기성금액이 있어 OOO가 청구법인에게 쟁점세금계산서를 발행한 것이고, 남은 공사대금 OOO원을 청구법인에게 반환하였다는 내용이 나타난다.

＜C의 확인서＞

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(6) 이 건 과세와 관련하여, 처분청은 청구법인에게 2024.12.2. 세무조사결과통지(1차)를 하면서 신고불성실가산세를 10%로 하였다가, 2025.6.19. 청구법인에게 세무조사결과통지(2차)를 하면서 신고불성실가산세를 40% 등으로 하여 통지한 사실이 확인된다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 OOO로부터 공사용역을 공급받았으므로 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니라고 주장하나, 처분청의 조사당시 OOO의 A는 청구법인과 OOO가 공사계약서를 작성하였으나, 당초 쟁점공사의 원도급자는 C로 OOO는 C과 하도급계약서를 작성한 사실이 있고, 공사 미수금에 대하여도 청구법인이 아닌 C을 통하여 해결하였다고 진술한 점, 청구법인은 2022.12.28. C과 쟁점공사에 대한 용역계약서를 작성한 사실이 있고, C은 의료시설 인허가 전문가로 의료시설 인허가에 맞는 구조ㆍ설계 등에 따른 공사를 진행하면서 청구법인으로부터 총 OOO원을 수령하고 OOO A에게 OOO원을 지급한 사실이 계좌내역을 통하여 확인되는 점 등에 비추어 C이 청구법인에게 쟁점공사용역을 제공하고, OOO 등은 C로부터 쟁점공사용역을 하도급받아 수행한 것으로 보이므로, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 공급자가 사실과 다른 세금계산서인 쟁점세금계산서를 수취하였으나 실제 쟁점공사 용역을 제공받고 대금을 지급한 점, C이 건설업 면허가 없다는 사실을 알고 OOO와 공사계약을 다시 체결한 것에 대하여 청구법인이 쟁점세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈하고 매입세액의 공제를 받아 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 구체적 의도나 인식이 있었다고 보이지 않는 점 등에 비추어, 쟁점금계산서와 관련하여 부정과소신고가산세가 아닌 일반과소신고가산세를 적용하여 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.


4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.