심판청구를 기각한다.

1.처분개요



가.청구법인은 2023.6.30. 2022사업연도 법인세 신고 시 누락한 주식회사 A로부터 수령한 OOO 공동주택 개발사업 분배금 OOO원을 익금산입하고 B 주식회사 및 법무법인 C에 지급한 수수료 등을 손금산입한 후 위 비용을 제외한 나머지 OOO원을 청구법인의 당시 대표이사 D에게 상여로 소득처분하여 2022사업연도 법인세 OOO원을 수정신고． 납부(이하  "쟁점수정신고”라 한다)하였다가, 지급수수료 등 청구법인의 사업관련 비용 합계 OOO원을 추가로 손금산입하여 기 신고． 납부한 2022사업연도 법인세를 환급하여야 한다는 취지로 2024.2.29. 처분청에 경정청구를 제기하였다.



나.처분청은 청구법인이 주장하는 지급수수료 등 청구법인이 주장하는 비용 합계 OOO원이 법인세 신고 시 손금으로 이미 산입하였거나 관련 증빙자료가 없는 경비로서 손금산입 대상 비용임이 입증되지 않는 것으로 보아 2024.5.9. 청구인의 경정청구를 거부하였다.



다.청구법인은 이에 불복하여 2024.8.5. 이의신청을 거쳐 2024.12.20. 심판청구를 제기하였다.





2.청구법인 주장 및 처분청 의견



가.청구법인 주장



(1) H이 청구법인의 대표이사로 선임되고 D이 보유한 청구법인의 주식 20,000주(지분율 100%, 이하  "쟁점주식”이라 한다)를 취득한 경위는 다음과 같다.



(가) 청구법인은 충청북도 진천구 OOO 시행사업의 시행자로서 2016년 청구법인의 대표이사 D이 E로부터 OOO원을 투자받아 F 주식회사(이하  "F”이라 한다) 및 G(F과 합하여 이하  "매도인들”이라 한다)이 보유한 OOO 소재 토지를 양수하는 계약을 체결하였으나, 위 토지양수도계약상 잔금대급 지급이 지연되자, 2017.11.3. 매매대금의 지급을 담보하기 위해 쟁점주식을 F이 저정한 H에게 양도담보 목적으로 명의신탁하고, F의 직원 3인을 청구법인의 이사로 등재한 후 그 중 H을 청구법인의 공동 대표이사로 선임하는 조건으로 토지양수도계약을 연장하기로 하되, 매매대금 지급이 완료될 경우 쟁점주식을 D에게 다시 이전하며, 청구법인의 이사로 등재된 자를 해임하기로 합의(이하  "2017.11.3.자 합의”라 한다)하였고, 2019.3.5. 주식회사 A와 공동사업을 영위하기로 한 후 위 토지양수도계약에 따른 잔금을 매도인들에 지급하였다.



(나) 2017.11.3.자 합의에 따라 쟁점주식의 반환 및 매도인들이 지정한 청구법인 대표이사 H 및 사내이사 2인의 사임을 요청하자 H을 제외한 2인의 경우 청구법인의 사내이사에서 사임하였으나 H의 경우 쟁점주식의 반환 및 청구법인의 대표이사에서 사임을 거부하였고, 2019.10.12. 매도인들이 2017.11.3.자 합의에 따라 쟁점주식의 반환 및 H의 대표이사 등기 말소 등에 동의한다는 취지로 확인서를 작성하여 2019.10.12. 쟁점주식을 소유한 D의 요청으로 주주총회를 개최하여 H을 청구법인의 공동 대표이사에서 해임처리하고 D을 청구법인의 단독 대표이사로 등기하였다.



(다) 한편 F의 직원이자 토지양수도계약의 연장계약에 따라 청구법인의 공동 대표이사로 선임된 H은 F으로부터 해고당한 이후 청구법인의 사업권과 경영권을 침탈하고자 갖은 소송과 불법 신고를 자행한 자로, 2019.4.3. 본인 명의로 담보신탁이 되어 있는 쟁점주식으로 위법한 주주결의를 통해 청구법인의 실질 사주인 D을 강제로 해임한 후 청구법인의 대표이사 직무대행자로 불법적으로 취임하였고, 기존 청구법인의 세무대리인에 대한 계약을 해지한 후 불법적인 법인결산세무조정신고 및 쟁점수정신고를 자행하여 청구법인 및 청구법인의 실질 대표이사인 D에게 사업상 손실과 경제적 피해를 끼쳤으며, 법원은 H이 2019.4.3.자로 D을 청구법인의 공동대표이사에서 해임하고 자신을 단독대표이사로 취임한 주주결의가 위법하고, 당초부터 청구법인의 대표이사가 D이었음을 확인한다는 취지로 판시(서울고등법원 2023.5.10. 선고 OOO 판결, 이하  "쟁점판결”이라 한다)하였다.



(라) 이러한 사정을 종합적으로 고려할 때 H이 쟁점수정신고일 당시 청구법인의 적법한 대표자로서 청구법인의 업무를 수행할 권리가 있는 자에 해당하였다고 보기 어렵다.



(2) 쟁점수정신고는 청구법인의 적법한 대표자가 아닌 자에 의해 이루어진 행위이고, 쟁점수정신고에 따라 증액된 청구법인의 과세표준 및 세액이 감액되어야 한다.



(가) 「민법」제52조의2의 직무대행자는 같은 법 제60조의2에 따라 가처분명령에 다른 정함이 있는 경우 외에는 법인의 통상사무에 속하지 아니한 행위를 하지 못하고, 통상사무란 법인의 현상을 유지하기 위한 일상적이고 본질적인 업무를 의미한다고 할 것이며, 계약 변경과 같이 법인의 사업방향이나 구조에 영향을 미치는 행위의 경우 대표이사 등 정식 임원의 권한에 속하는 특별사무로 분류된다.



(나) H의 경우 법원의 가처분명령에 따라 2022.7.1. 청구법인 대표이사 D을 대신하여 청구법인 대표이사 직무대행자로 선임되었는데, 청구법인 대표이사 D이 I 회계사무소와 청구법인에 대하여 2022.3.23. 체결한 세무대리계약을 일상적 사무의 범위를 위반하면서 중대한 업무인 위 계약을 법원의 허가없이 불법적으로 변경하고, 청구법인 및 청구법인의 대표이사 D을 망치게 할 의도로 비정상적인 쟁점수정신고를 한 것이다.



1) 청구법인이 2022.2.28. 및 2022.3.2. A로부터 OOO원을 지급받자 청구법인의 전 공동사업자였던 주식회사 K 대표이사 J과 H은 공모하여 법적 효력이 없는 청구법인과 주식회사 K간 2016년경 체결한 공동사업계약서를 법원에 제출하여 2022.3.2. 채권가압류신청을 하였고, 이후 2022.3.29. D에 대한 직무집행정지 가처분 신청도 한 것이다.



2) 한편 청구법인은 H 등의 가압류 신청으로 인해 청구법인 명의 계좌가 압류되고 채권의 불법적 압류를 막기 위해 청구법인 대표이사 D 명의 계좌로 모든 자금을 인출한 후 청구법인이 지급하여야 할 차입금 및 용역비 등을 지급한 것이다.



3) 이로인해 H은 청구법인의 자금을 강탈할 계획이 허사가 되자 청구법인 명의 계좌에서 D 명의 계좌로 이체된 금원을 모두 D의 상여금이라는 취지로 처분청에 쟁점수정신고를 한 것이고, 이는 악의적인 의도에 따른 것이다.



4) 청구법인은 청구법인 명의로 합의금을 지급받고, 그에 따라 청구법인의 비용을 집행하였으며, 이를 모두 청구법인 명의로 소급기장하였는바, 그에 따른 2022사업연도 청구법인의 세무신고 또한 청구법인 명의로 되어야 하는 것이 당연한 것이다. 한편 D의 경우 2016년부터 청구법인으로부터 급여를 받은 사실이 없기 때문에 추후 세무신고 시 급여로 계상하여 정산처리를 하는 것이 정상적인 회계처리라고 볼 수 있다.



5) 처분청은 이러한 사정을 모른채 H이 불법적으로 한 쟁점수정신고를 시인결정하고, 청구법인 대표이사 D에게 근로소득세를 부과한 것인데, H이 잘못된 쟁점수정신고에 따라 D의 상여금으로 신고한 OOO원이 어떻게 D 명의의 상여금으로 볼 수 있는 지 받아들이기 어렵다.



나. 처분청 의견



청구법인은 청구법인의 전 대표이사가 한 쟁점수정신고가 부적법한 수정신고에 해당하므로 이에 따른 법인세 과세표준 및 세액을 감액하여야 한다고 주장하나, 쟁점수정신고의 경우 청구법인의 장부 및 증빙자료를 기반으로 신고된 것으로, 그 내용이 조작되었다는 등의 사정을 주장하는 청구법인이 이를 입증하여야 하나 별도의 입증자료를 제출한 사실이 없고, 청구법인의 등기사항증명서상 2022.7.1.자 서울남부지방법원 OOO 가처분결정으로 청구법인의 대표이사 직무대행자가 H으로 등재되어 있는 이상 쟁점수정신고 당시 청구법인의 대표자가 H이라고 볼 수 있으며, 2023.9.14. 위 가처분결정의 취소로 D이 청구법인의 대표이사로 복귀하였다고 하더라도 쟁점수정신고 당시 청구법인의 직무대행자로서 H이 한 쟁점수정신고 행위가 불법행위에 따른 당연무효에 해당한다고도 볼 수 없으므로 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다.





3.심리 및 판단



가.쟁점



청구법인의 전 대표이사가 수정신고한 내역을 부인하고, 수정신고 시 납부한 세액을 반환하여야 한다는 청구주장의 당부



나.관련 법령 : ＜별지＞ 기재



다.사실관계 및 판단



(1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다.



(가) 청구법인은 D이 100% 출자하여 2016.2.16. 설립된 건설업 및 부동산 개발업 등을 영위하는 법인으로, 청구법인의 사업자등록 및 정정신고 내역은 아래 ＜표1＞과 같고, 쟁점수정신고일(2023.6.30.) 당시 청구법인의 대표자는 H으로 확인된다.



＜표1＞ 사업자등록 및 정정신고 내역

○○○



(나) 청구법인의 등기사항전부증명서상 임원 등재 내역은 아래 ＜표2＞와 같다.



＜표2＞ 청구법인 등기사항전부증명서상 임원 등재내역

○○○



(다) 청구법인의 2022사업연도 법인세 정기신고 및 쟁점수정신고 시 소득금액조정합계표의 세부 내역은 아래 ＜표3＞과 같다.



＜표3＞ 2022사업연도 법인세 정기신고 및 쟁점수정신고 시 소득금액조정합계표

○○○



(라) 청구법인이 쟁점수정신고 시 제출한 청구법인과 A가 체결한 공동사업약정서는 아래 ＜표4＞와 같고, 위 공동사업약정에 따라 A로부터 청구법인 명의 계좌로 이체받은 OOO원(부가가치세 포함)을 기준으로 익금산입액을 산정하고, D 명의 계좌로 이체된 금액을 기준으로 D의 상여금액을 산정하여 쟁점수정신고를 한 것으로 확인된다.



＜표4＞ A와의 공동사업약정서

○○○



＜표5＞ 청구법인 명의 계좌 입금내역(A 관련 일부 발췌)

○○○



(마) 처분청의 쟁점수정신고에 대한 검토내용은 아래 ＜표6＞과 같고, 쟁점수정신고가 적정한 것으로 보아 신고 시인 결정을 한 것으로 확인된다.



＜표6＞ 쟁점수정신고에 대한 처분청 검토조서

○○○



(바) 청구법인은 2024.2.29. 아래 ＜표7＞ 기재와 같이 당초 법인세 신고 시 신고누락된 청구법인의 사업관련 지출비용을 손금산입하여 쟁점수정신고 시 납부된 2022사업연도 법인세를 환급해달라는 취지로 경정청구 제기하였고, 처분청은 청구법인이 주장하는 ＜표7＞ 기재의 비용 등에 대하여 증빙자료 미비 및 법인세 신고 시 이미 손금산입된 비용에 해당하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부하였다.



＜표7＞ 추가 비용 상세내역

○○○



＜표8＞ 경정청구 검토조서

○○○



(2) 청구법인은 청구법인과 H 등에 대한 사실관계를 정리하면 아래 ＜표9＞와 같은 바, 쟁점수정신고 당시 H의 경우 청구법인의 적법한 대표자가 아닌 것으로 법원 판결에 따라 확정되었으므로, H이 행한 쟁점수정신고는 불법행위로서 무효이고, 법적 효력이 없다고 주장하면서 쟁점판결 판결문을 제출하였다.



＜표9＞ 청구법인 및 H 관련 사실관계

○○○



＜표10＞ 서울고등법원 판결문(쟁점판결)

○○○



(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 권한없는 대표자에 의한 쟁점수정신고가 무효이므로 이 건 경정청구 거부처분이 위법． 부당하다고 주장하나, 납세의무자의 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연무효로 되지 아니하는 한 그것이 바로 부당이득에 해당한다고 할 수 없고, 여기에서 신고행위의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효에 해당하는지의 여부에 대하여는 신고행위의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 및 하자 있는 신고행위에 대한 법적 구제수단 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 신고행위에 이르게 된 구체적 사정을 개별적으로 파악하여 합리적으로 판단하여야 할 것인바(대법원 2006.1.13. 선고 2004다64340 판결, 같은 뜻임), 쟁점수정신고 시 제출된 청구법인과 A간 체결한 공동사업약정서 및 청구법인 명의의 계좌 입금 내역 등을 고려할 때 쟁점수정신고 내용이 적정한 것으로 보이고, 처분청도 이러한 점을 고려하여 신고 시인 결정을 한 것으로 확인되며, 쟁점수정신고 당시에는 H이 청구법인의 적법한 대표이사 직무대행자인지 여부에 대한 법적 소송도 진행 중이었던 상황인 등 당시 쟁점수정신고의 하자가 명백하다고 보기는 어려워 당연무효라고 인정하기는 어려운 점, 필요경비의 경우 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분이 납세의무자가 지배하는 영역안에 있는 것이므로 납세의무자로 하여금 입증하게 하는 것이 합리적인바, 이 건 경정청구시 주장한 비용의 경우 손금으로 이미 인정되어 기신고． 납부된 법인세 과세표준 및 세액 산정시 반영된 것으로 확인되거나 청구법인의 사업 관련 비용으로 인정할만한 객관적인 증빙자료를 제출하지 못한 것으로 확인되었고, 이 건 심판청구시 이에 대하여 청구법인의 사업관련성이 있는 비용에 해당한다는 점을 입증할 수 있는 추가적인 증방자료를 제출하지 못하였으므로, 이를 손금산입 대상 비용으로 인정하기 어려운 점 등에 비추어 청구법인의 위 주장들을 인정하기는 어렵고, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.





4.결론



이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령



(1) 국세기본법



제22조의2(수정신고의 효력) ① 제22조 제2항 각 호에 따른 국세의 수정신고(과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자의 수정신고로 한정한다)는 당초의 신고에 따라 확정된 과세표준과 세액을 증액하여 확정하는 효력을 가진다.

② 제1항에 따른 국세의 수정신고는 당초 신고에 따라 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다.



제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 3개월 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액에 미치지 못할 때



(2) 법인세법



제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하  "손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.



제60조(과세표준 등의 신고) ① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(제60조의2 제1항 본문에 따라 내국법인이 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 4개월로 한다) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항에 따른 신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.

1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 개별 내국법인의 재무상태표ㆍ포괄손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서)

2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하  "세무조정계산서”라 한다)

3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 서류



제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

1. 제60조에 따른 신고

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

3. 「국세기본법」 제45조에 따른 수정신고



(3) 법인세법 시행령



제19조(손비의 범위) 법 제19조 제1항에 따른 손실 또는 비용[이하  "손비”(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

3. 인건비[내국법인이 발행주식총수 또는 출자지분의 100분의 100을 직접 또는 간접 출자한 해외현지법인에 파견된 임원 또는 직원의 인건비로서 「소득세법」 제127조 제1항에 따라 근로소득세가 원천징수된 인건비(해당 내국법인이 지급한 인건비가 해당 내국법인 및 해외출자법인이 지급한 인건비 합계의 100분의 50 미만인 경우로 한정한다)를 포함한다]